Обсуждение: Феном

(Рейтинг начального класса, низкая важность)

	Эта статья находится в рамках WikiProject Computational Biology , совместной работы по улучшению освещения вычислительной биологии в Википедии. Если вы хотите принять участие, посетите страницу проекта, где вы можете присоединиться к обсуждению и увидеть список открытых задач.
Начинать	Эта статья была оценена как Start-Class по шкале качества .
Низкий	Эта статья была оценена как маловажная по шкале важности .

Эта страница была переведена в Викисловарь .
В статье есть контент, полезный в Викисловаре . Поэтому статью можно найти здесь или здесь ( журналы 1 журналы 2 .)
Примечание. Это означает, что статья была скопирована в пространство имен Викисловаря Transwiki для оценки и форматирования. Это не означает, что статья находится в основном пространстве имён Викисловаря или что она была удалена из Википедии. Кроме того, викисловари могут удалить статью из Викисловаря, если они не сочтут ее подходящей для Викисловаря.
Удаление этого тега обычно приводит к срабатыванию CopyToWiktionaryBot.для повторной трансвики записи. Эту статью следовало удалить из категории:Копировать в Викисловарь и не добавлять туда повторно.

Архивы

Предыдущие обсуждения по темам

/Перенаправление страницы на Фенотип

Запрос

Просто просьба, я случайно наткнулся на эту область, и я хотел бы сделать все возможное, чтобы немного успокоить ситуацию. Можем ли мы пока не форсировать перенаправление и продолжить обсуждение? У меня нет ощущения, является ли перенаправление хорошей или плохой идеей, но это приближается к войне правок. Мысли? -- Nuujinn ( разговор ) 19:37, 1 мая 2010 г. (UTC)

Звучит неплохо. -- Crusio ( разговор ) 19:58, 1 мая 2010 г. (UTC)

Сохранить, перенаправить или преобразовать

Прежде всего, я заархивировал предыдущее обсуждение здесь , просто для очистки дома. Там много полезной информации, ее стоит прочитать.

Во-вторых, я не являюсь экспертом в этой теме — моей предыдущей областью исследований была философия языка и литературная критика, и я работаю в сфере информационных технологий. Так что я хорошо знаком с жаргоном.

Что касается определения проблемы, я считаю, что нам нужно рассмотреть два принципиально независимых вопроса:

Является ли Феном по существу синонимом Фенотипа?
Достаточно ли широко используется Phenome, чтобы оправдать статью о нем?

Отмечу, что User:Colonel Warden внес некоторые правки и нашел ссылку, датированную 1949 годом, так что ясно, что термин имеет долгую историю. Я также отмечаю, что User:Crusio привел в архиве несколько убедительных аргументов в пользу того , что этот термин по сути является жаргоном и на самом деле просто синонимом фенотипа . Есть также третий родственный термин, Феномика , и из того, что я читал, кажется, что для этой статьи есть оправдание хотя бы по той причине, что теперь есть центры и группы, использующие этот термин в своих названиях.

Я также думаю, что на данный момент у нас есть три основных варианта:

Перенаправить эту страницу на фенотип
Поддерживайте эту страницу и улучшайте ее
Измените эту страницу на страницу значений неоднозначности, ссылающуюся на фенотип и феномику.

Учитывая недавнее редактирование User:Colonel Warden , я намерен поддерживать эту страницу и улучшать ее. Что думают все остальные? -- Нууджинн ( разговор ) 15:33, 2 мая 2010 г. (UTC)

Я рад видеть, что некоторые другие думают так же, как я, по поводу перенаправления Крузио слова «феном» на «фенотип». Как видно из заархивированного обсуждения здесь , я долго пытался вразумить его по существу, но уперся в кирпичную стену. Если почитать обсуждение, то будет понятно почему:
Феном - это НЕ просто синоним фенотипа.
Использование Phenome действительно достаточно широкое и разнообразное, чтобы оправдать статью.

Я рад видеть, что страница была восстановлена, но я немного обеспокоен тем, что некоторая исходная полезная информация на странице была удалена в процессе. Как бы то ни было, у меня нет цели, и я надеюсь, что более опытные пользователи помогут восстановить больше исходной полезной информации. — Пфьосеф ( разговор ) 14:19, 9 мая 2010 г. (UTC)

Что ж, я также испытываю сильную симпатию к его позиции. С точки зрения обозначения, я думаю, что это синонимы, но я также вижу, что люди пытаются различать их. У меня сложилось впечатление, что термин «феномен» на данный момент является просто жаргоном и не имеет четкого определения, но со временем он станет более укоренившимся, и, надеюсь, появится более четкое различие. Такие сдвиги не являются чем-то необычным — например, я вижу те же проблемы с биоинформатикой как с термином. Но в любом случае, каким бы ни было наше мнение, важны источники, так что любые источники приветствуются. Не стесняйтесь приносить сюда материалы для обсуждения дополнений или быть смелым и помещать все, на что есть ссылки. -- Нууджинн ( разговор ) 14:33, 9 мая 2010 г. (UTC)

В качестве примера источников, поиск «Phenome NOT Phenomena» в Pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed дает около 100 релевантных ссылок в уважаемых журналах, начиная с 1998 г., и многие из них были добавлены в последнее время. Возможно, с самого начала это было «жаргоном», но теперь оно широко используется и означает нечто отличное от фенотипа. Некоторые из этих цитат были в исходной версии, но были удалены в процессе перенаправления и последующего изменения — Пфьосеф ( разговор ) 12:29, 14 мая 2010 г. (UTC)

Я согласен с тем, что это обычное использование, но я совсем не уверен, что оно хорошо определено или чем-то отличается от фенотипа. Но в конечном итоге это не имеет значения, не стесняйтесь добавлять дополнительные источники или восстанавливать старые, если считаете, что это улучшит статью. -- Нууджинн ( разговор ) 15:35, 14 мая 2010 г. (UTC)

Точность

Эта статья все еще беспорядок. нет (я думаю, что неудивительно) четкого определения феномена. Поскольку набор всех характеристик, проявляемых организмом, является его фенотипом, здесь есть некоторое совпадение. Кроме того, фенотип является «наблюдаемой характеристикой», и поэтому трудно говорить о «фенотипе» вида... — Крузио ( обсуждение ) 14:25, 10 марта 2011 г. (UTC)

Системный подход

Я видел на странице Обсуждения четкое объяснение разницы между "феномом" и "фенотипом" (по сравнению с "геномом" и "генотипом"). Чего здесь не хватает (и в объяснении феномена!) так это лежащего в основе системного подхода в феноменике (см. http://en.wikipedia.org/wiki/Systems_biology ; вы увидите там ссылки на «общую теорию систем»), что означает взгляд на организм как на « динамическую систему » ( динамический — изменяющийся; sistem — структурно-интегрированное «целое») изменяющееся,видоизменяет себя под воздействием внешних факторов в рамках сохранения своей внутренней устойчивости («своей «жизни»). Касательновнутренние факторы, не забывайте, живое существо - это, по сути, «система систем», где уровни сложности уменьшаются:

медицинские системы (нервная, опорно-двигательная и др.)
органы (сердце, печень, головной мозг и др.)
компоненты органов (мозжечок и др.)
...
клетка
...
атомы
...
Фундаментальные «кирпичи» Вселенной,

и каждая из этих подсистем на своем уровне (биология, химия, физика) действует как динамическая система !. Что касается отношения между «феноменом» и «фенотипом», то я думаю, что «фенотип» есть статическое (в определенный момент времени) выражение «феномека». Поэтому я считаю, что страницу нужно поддерживать и улучшать системным подходом. Gillcv ( разговор ) 12:32, 3 октября 2011 г. (UTC)

Фенотип не обязательно статичен. Были проведены генетические анализы фенотипов, таких как изменения во время развития (например, увеличение веса). И, конечно же, фенотип — это совокупность наблюдаемых признаков организма. Это, очевидно, включает в себя динамические аспекты. -- Crusio ( разговор ) 15:15, 3 октября 2011 г. (UTC)

Позвольте мне быть немного более явным!

i/ См. « Различие генотипа/фенотипа » в Стэнфордской философской энциклопедии;

Необходимо отличать дескрипторы организма, его генотип и фенотип, от описываемых материальных объектов. Генотип — это дескриптор генома, который представляет собой набор физических молекул ДНК, унаследованных от родителей организма. Фенотип — это дескриптор феномена, проявляющиеся физические свойства организма, его физиология, морфология и поведение.

Итак, это философское (лингвистически отраженное) различение «объекта» (фонемы) и его «описания» (фенотипа).

ii/ О соотношении «структуры» и «функциональности» «объекта» и необходимости рассматривать этот объект как динамическую систему пусть говорят биологи;

a/ Wolkenhauer O (2001) Системная биология: реинкарнация теории систем, применяемая в биологии? Краткий биоинформ 2: 258–270. [1]

Системная биология — это новая область биологических исследований, направленная на понимание генетических или метаболических путей на системном уровне путем изучения взаимосвязей (организация или структура) и взаимодействий (динамика или поведение) генов, белков и метаболитов.

Геномика — это область биологических исследований, которая ведет нас от последовательности ДНК гена к структуре продукта, который он кодирует (обычно это белок), к активности этого белка и его функции в клетке и, в конечном счете, в организме. Пересекая несколько масштабных слоев от молекул к организмам, мы обнаруживаем, что организмы, клетки, гены и белки определяются как сложные структуры взаимозависимых и подчиненных компонентов, отношения и свойства которых во многом определяются их функцией в целом. Это определение совпадает с наиболее общим определением системы как совокупности компонентов или объектов и отношений между ними. Тогда теория систем является изучением организации и поведения как таковых, и поэтому естественным выводом будет рассмотрение системной биологии как приложения теории систем к геномике.

б/ Винтер РГ. Системный дарвинизм. Proc Natl Acad Sci US A. 2008; 105:11833. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ]

Значительная часть исследований 21 века сосредоточена на системах (например, геномных, клеточных, организменных и экологических/глобальных). В этом контексте возникает системный дарвинизм. Он следует «композиционной парадигме», согласно которой сложные системы и их иерархические сети частей находятся в центре биологического исследования. Через исследование систем системный дарвинизм обещает реинтегрировать каждое измерение исходного логического пространства Дарвина. Более того, эта идеально и потенциально единая теория биологической онтологии координирует и интегрирует множество математических биологических теорий (например, самоорганизация/структура, кладистика/история и эволюционная генетика/функция). Интегративный системный дарвинизм требует совместной артикуляции с множества точек зрения. Хотя это более общее, чем эти,он опирается на предыдущие достижения в теории систем, системной биологии и теории иерархии.

Это : i/ «системный подход», о котором я говорю, ii/ «динамизм» феномена и iii/ «статичность» характеристики фенотипа.

Примечания :

i/ Системный подход является относительно новым только в медицине. Теория систем хорошо известна в философии, кибернетике, автоматике и т. д. с 1950-х гг.

ii/ Я твердо уверен, что этот аспект должен быть представлен в описании феномена. -- Gillcv ( разговор ) 10:41, 4 октября 2011 г. (UTC)

Феном как особая область изучения

Здравствуйте, я не хочу вновь разжигать, очевидно, очень горячие споры о том, является ли феномен отдельной «вещью» или синонимом фенотипа, но я работаю в Национальном центре феноменов MRC-NIHR, который открылся в 2013 году, и вопрос нас чаще всего спрашивают, что такое феномен? У нас есть некоторые описания, которые мы используем, чтобы объяснить как экспертам, так и непрофессионалам, а также наш директор опубликовал несколько статей об этом, объясняющих использование феномена человека в качестве полезного инструмента в стратификации пациентов и населения. Я рад попробовать отредактировать страницу, но не хочу этого делать, если 1. люди считают, что здесь есть конфликт интересов и 2. это вызовет серьезные проблемы. Советы/комментарии с благодарностью принимаются, пожалуйста. DancingBal ( обсуждение ) 15:51, 13 ноября 2014 г. (UTC)

Лично я думаю, что «феном» — это модный термин (в эту эпоху «омики») для чего-то, чего не существует, или, в лучшем случае, это неуклюжий синоним фенотипа. Чего люди, говорящие о «феноме», не понимают, так это того, что «фенотип» не обязательно является одномерным и может охватывать множество различных характеристик индивидуума, и что если подразумевать коллективные фенотипы групп индивидуумов или видов, то у нас уже есть такие термины, как « норма реакции» и тому подобное. Но мне начинает казаться, что я сражаюсь здесь с ветряными мельницами, так как мало кого интересуют эти старомодные понятия (все, что старше 10 лет, устарело, верно?) — Randykitty ( обсуждение ) 20:12, 13 ноября 2014 г. (UTC )

Спасибо за ваши комментарии, Рэнди Китти. То, как я думаю о феномене, я считаю, принимает во внимание тот факт, что фенотипы неодномерный. Я использую феномен в том смысле, что на каждого человека влияет взаимодействие между его генами и окружающей средой. Таким образом, мы можем использовать изучение феномена для стратификации пациентов или популяции в группе риска, т. е. это дает нам возможность понять, почему при рассмотрении двух людей с одной и той же генетической мутацией, которая увеличивает риск заболевания раком, только один может развиться рак. Я считаю, что феномен, как я его понимаю, дает нам возможность начать смотреть на взаимодействие этой более широкой среды с генами человека. Это не полет фантазии,В настоящее время проводится большое количество исследований, посвященных влиянию питания на больных раком, поскольку ранее разработка новых методов лечения была затруднена неизвестными причинами, по которым одно и то же лекарство не работает так же хорошо у разных людей - одна из основных причин, которая не до сих пор изучалось, но все больше признается в качестве значительного влияния на такие методы лечения и испытания, является питание пациентов (влияния которого можно начать понимать, понимая феномен с помощью методов анализа метаболитов. Таким образом, я считают, что более тщательное изучение и понимание феномена является важным следующим шагом в понимании риска заболевания и риска для населения и поможет исследователям понять, почему простого генотипирования пациента никогда не будет достаточно, чтобы получить полную картину.Таким образом, я считаю, что более тщательное изучение и понимание феномена является важным следующим шагом в понимании болезней и популяционного риска и поможет исследователям понять, почему простого генотипирования пациента никогда не будет достаточно, чтобы получить полную картину.Таким образом, я считаю, что более тщательное изучение и понимание феномена является важным следующим шагом в понимании болезней и популяционного риска и поможет исследователям понять, почему простого генотипирования пациента никогда не будет достаточно, чтобы получить полную картину.DancingBal ( обсуждение ) 10:38, 14 ноября 2014 г. (UTC)

Извини, DancingBal, но твой ответ лишь иллюстрирует то, что я пытаюсь сказать. Если вы замените «феноме» в приведенном выше абзаце на «фенотип», значение не изменится. Кроме того, я подозреваю, что вас на самом деле интересует вовсе не феномен или фенотип, а взаимодействие генотип*среда и/или эпигенетика. Никто, насколько мне известно, так и не придумал толкового определения «фенома» и не смог объяснить, чем это понятие отличается от «фенотипа». -- Randykitty ( разговор ) 06:26, 19 ноября 2014 г. (UTC)

Должен согласиться с Randkitty здесь на 100%.