Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Тэнди Варнов
Тэнди Варнов
Тэнди Варнов выступает на конференции Интеллектуальные системы для молекулярной биологии (ISMB) в 2018 году
Родившийся
Тэнди Джо Варнов
Альма-матерКалифорнийский университет в Беркли (бакалавр, доктор философии)
Супруг (а)Джордж Чако [1]
Награды
Научная карьера
ПоляКомпьютерные науки
Вычислительная биология
Филогенетика
Метагеномика
Выравнивание множественных последовательностей [2]
УчрежденияИллинойсский университет в Урбане-Шампейн,
Пенсильванский
университет Техасский университет
ТезисКомбинаторные алгоритмы построения филогенетических деревьев  (1991)
ДокторантЮджин Лоулер [3]
Другие научные консультантыМайкл Уотерман
Саймон Таваре [ необходима ссылка ]
ДокторантыЛуай Накле [4]
Интернет сайтtandy .cs .illinois .edu

Тэнди Варноу - американский ученый-компьютерщик, заслуженный руководитель инженерного факультета Университета Иллинойса в Урбане-Шампейне . [5] [6] Она известна своей работой по реконструкции эволюционных деревьев , как в биологии, так и в исторической лингвистике , а также методами множественного выравнивания последовательностей. [7]

Биография [ править ]

Варнов закончила бакалавриат и аспирантуру по математике в Калифорнийском университете в Беркли , получив степень бакалавра в 1984 году и докторскую степень [3] в 1991 году под руководством Юджина Лоулера . Другими членами ее диссертационного комитета были Ричард Карп , Мануэль Блюм , Дэн Гасфилд и Дэвид Гейл . [3]

Исследования и карьера [ править ]

После докторантуры в Университете Южной Калифорнии с 1991 по 1992 год (научные руководители Майкл Уотерман и Саймон Таваре ) и в Sandia National Laboratories в Альбукерке с 1992 по 1993 год она заняла должность преподавателя в Университете Пенсильвании , где оставалась до переезда. в 1999 году в Техасский университет. В 2014 году Варнов присоединилась к преподавательскому составу Университета Иллинойса в Урбане-Шампейне, где она является основателем, профессором инженерии и заместителем главы Департамента компьютерных наук. Варноу были любезно назначены на должности в отделах биологии животных, биоинженерии, электротехники и вычислительной техники, энтомологии, математики, биологии растений и статистики.[6] [8]

В 1995 году исследования Варноу, Дональда Ринга и Энн Тейлор из Пенсильванского университета, основанные на точных вычислениях филогении, предоставили исчерпывающую теорию определения времени ранних подразделений в индоевропейских языках . Их вычисления подтвердили индо-хеттскую гипотезу, согласно которой первым из этих подразделений, отделившихся от остальных индоевропейских языков, были анатолийские языки . Их результаты также подтверждают греко-армянскую гипотезу, согласно которой армянский язык и греческий язык составляют подсемейство индоевропейских. Они подходят германским языкамв эволюционное древо индоевропейских языков, ранее считавшихся проблематичными, предполагая, что протогерманский язык был тесно связан с балто-славянскими языками, но затем был изменен миграциями германских племен на запад, которые привели их к контакту с курсивом и Кельтские колонки. [9] Этот идеальный подход к филогенезу был позже расширен Варнов и его коллегами, чтобы учесть необнаруженные заимствования между языками, так что эволюция языка моделируется сетью, а не деревом. [10]

В 2009 году Варнов и ее коллеги выпустили свою программу SATé для совместной оценки множественных биологических выравниваний последовательностей и эволюционных деревьев. [11] Их программное обеспечение в меньшей степени основано на твердых математических принципах, чем некоторые предыдущие методы совместной оценки (например, BAli-Phy [12] ), но оно значительно быстрее, что позволяет быстро создавать высокоточные деревья и выравнивания для тысяч видов. . Для сравнения, низкая производительность предыдущих методов ограничивала их одновременным сравнением только нескольких десятков видов. [13] [14]

Ее работа с 2014 по 2018 год была сосредоточена на трех темах: масштабирование нескольких выравниваний последовательностей до сверхбольших наборов данных, оценка дерева видов с использованием нескольких генов (и устранение неоднородности дерева генов из-за неполной сортировки по происхождению ) и метагеномика. Ее основной вклад в эти темы включает метод PASTA для совместной оценки выравниваний и деревьев, который улучшает SATé и может производить высокоточные выравнивания до 1 000 000 последовательностей. [15] Она также разработала метод ASTRAL для оценки деревьев видов, который представляет собой статистически согласованный метод построения деревьев видов при неполной сортировке по родословным. [16]

Награды и награды [ править ]

Варнов был назначен профессором-основателем инженерных наук в Университете Иллинойса в Урбана-Шампейн в 2014 году, а Дэвид Брутон-младший стал профессором компьютерных наук в Техасском университете в Остине в 2010 году. [6] Варнов также получил ученую степень Джона Саймона. Guggenheim Foundation Fellowship в 2011 году Рэдклифф институт стипендий в 2003 году, Дэвида и Люсиль Паккард Стипендия Фонда в 1996 году и премию НФС Молодой исследователь в 1994 году [6] в 2015 году она была названа сотрудником из Ассоциации по вычислительной технике (ACM ) «За вклад в математическую теорию, алгоритмы и программное обеспечение для крупномасштабной молекулярной филогенетики и исторической лингвистики». [17]В 2017 году она была избрана членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [18]

Личная жизнь [ править ]

Матерью Варноу был известный архивист Джоан Варноу-Блюетт , а ее отцом был Мортон Варнов, сын лидера группы Марка Варноу и племянник композитора Рэймонда Скотта . Ее сестра-близнец - Киммен Шоландер , исследователь биоинформатики и преподаватель Калифорнийского университета. Она замужем за Джорджем Чако. [1]

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б http://tandy.cs.illinois.edu/family.html
  2. ^ Публикации Тэнди Варнов, проиндексированные Google Scholar
  3. ^ a b c Warnow, Тэнди Джо (1991). Комбинаторные алгоритмы построения филогенетических деревьев (кандидатская диссертация). Калифорнийский университет в Беркли. OCLC  25765772 . ProQuest 303937362 . 
  4. ^ Nakhleh, Luay (2004). Филогенетические сети (кандидатская диссертация). Техасский университет в Остине. ЛВП .handle .net / 2152 /2126 .
  5. ^ Официальный сайт Тэнди Уорнов
  6. ^ a b c d "Биографические данные Тэнди Уорнов" (PDF) . , получено 10 сентября 2020.
  7. ^ Варнов, Тэнди (2017), Вычислительная филогенетика: введение в методы проектирования для оценки филогении , Cambridge University Press, ISBN 9781107184718
  8. ↑ Тэнди Джо Варнов в проекте « Математическая генеалогия»
  9. ↑ Джонсон, Джордж (2 января 1996 г.), «Новое семейное древо построено для индоевропейцев» , New York Times.
  10. ^ Nakhleh, Луай; Ринге, Дональд А .; Варнов, Тэнди (2005). «Совершенные филогенетические сети: новая методология реконструкции эволюционной истории естественных языков». Язык . 81 (2): 382–420. DOI : 10.1353 / lan.2005.0078 . S2CID 162958 . 
  11. ^ Лю, К .; Raghavan, S .; Nelesen, S .; Linder, CR; Варнов, Т. (18 июня 2009 г.). «Быстрая и точная крупномасштабная оценка последовательностей выравнивания и филогенетических деревьев». Наука . 324 (5934): 1561–1564. Bibcode : 2009Sci ... 324.1561L . DOI : 10.1126 / science.1171243 . PMID 19541996 . S2CID 8667974 .  
  12. ^ Сушард, Марк; Redelings, Бен (2006). "BAli-Phy: одновременный байесовский вывод выравнивания и филогении" . Биоинформатика . 22 (16): 2047–2048. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl175 . PMID 16679334 . 
  13. ^ "Метод вычисления эволюционных деревьев может произвести революцию в эволюционной биологии" , ScienceDaily , 18 июня 2009 г..
  14. ^ Клок, Джо (1 июля 2009 г.), «Как построить лучшее древо жизни: нетрадиционный подход к анализу молекулярных последовательностей позволяет исследователям построить более крупные эволюционные деревья» , Seed.
  15. ^ Mirarab, S .; Nguyen, N .; Guo, S .; Wang, L.-S .; Kim, J .; Варнов, Т. (2014). «PASTA: сверхбольшое выравнивание множественных последовательностей нуклеотидных и аминокислотных последовательностей» . Журнал вычислительной биологии . 22 (5): 377–386. DOI : 10,1089 / cmb.2014.0156 . PMC 4424971 . PMID 25549288 .  
  16. ^ Mirarab, S .; Варнов, Т. (2015). «ASTRAL-II: оценка деревьев видов на основе слияния с сотнями таксонов и тысячами генов» . Биоинформатика . 31 (12): i44 – i52. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btv234 . PMC 4765870 . PMID 26072508 .  
  17. ^ «Стипендиаты ACM названы за компьютерные инновации, которые продвигают технологии в эпоху цифровых технологий» . ACM. 8 декабря 2015. Архивировано из оригинала 9 декабря 2015 года . Дата обращения 9 декабря 2015 .
  18. ^ «13 февраля 2017: Международное общество вычислительной биологии называет семь членов как класс стипендиатов ISCB 2017 года» . www.iscb.org . Проверено 13 февраля 2017 года .