Бифидобактерии

Бифидобактерии

Бифидобактерии подростки
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	актиномицеты
Сорт:	актиномицеция
Заказ:	Бифидобактерии Штакебрандт и др . . 1997 ^[1]
Семья:	Бифидобактерии Штакебрандт и др . . 1997 ^[1]
Роды ^[2]
Аэрискардовия Симпсон и др . . 2004 г. Аллоскардовия Хьюс и др . . 2007 г. Bifidobacterium Orla-Jensen 1924 (утвержденные списки 1980 г.) Бомбискардовия Киллер и др . 2014 Galliscardovia Pechar et al . 2017 Гарднерелла Гринвуд и Пикетт 1980 г. Neoscardovia García-Aljaro et al . 2015 Параскардовия Цзянь и Донг, 2002 г. Pseudoscardovia Killer и др . . 2014 Скардовия Цзянь и Донг, 2002 г.

Bifidobacteriaceae — единственное семейство бактерий порядка Bifidobacteriales . _ _ ^[3] Согласно выпуску 106 LTP на основе 16S рРНК , опубликованному проектом «Всевидовое живое дерево» , отряд Bifidobacteriales является кладой, вложенной в подотряд Micrococcineae , а также род Bifidobacterium является парафилетическим по отношению к другим родам внутри семейства. , т.е. другие роды вложены в Bifidobacterium .

Геномика

В филогенетическом дереве порядка Bifidobacteriales , основанном на RpoB , RpoC и ДНК-гиразе B , Gardnerella vaginalis разветвляется между различными видами Bifidobacterium , что делает род Bifidobacterium полифилетическим . Род можно было бы сделать монофилетическим , если бы G. vaginalis поместили в состав Bifidobacterium . Сравнительный анализ выровненных белковых последовательностей привел к открытию двух консервативных сигнатурных инделей , специфичных для порядка Bifidobacteriales . Первыйindel , делеция 1 аминокислоты в рибосомном белке L13 , обнаружена у всех видов Bifidobacteriales и ни у каких других Actinomycetota , что обеспечивает потенциальный молекулярный маркер для всего отряда Bifidobacteriales . Вторая идентифицированная индель представляет собой вставку из 1 аминокислоты в глюкозо-6-фосфатдегидрогеназу , обнаруженную у всех видов Bifidobacterium и G. vaginalis , но не у других Actinomycetota . Таким образом, эта индель характерна для клады , состоящей из видов Bifidobacterium и G. vaginalis.и может использоваться для отличия этих родов от остальной части порядка Bifidobacteriales . Также было идентифицировано 16 консервативных сигнатурных белков, которые являются уникальными для отряда Bifidobacteriales и могут использоваться в качестве молекулярных маркеров для этого отряда. Кроме того, были идентифицированы 6 консервативных сигнатурных белков, которые являются уникальными для Bifidobacterium и Gardnerella , что является дополнительным доказательством того, что виды из этих двух родов тесно связаны, и обеспечивает молекулярные маркеры для клады, состоящей из этих родов. ^[4]

филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке имен прокариот со статусом в номенклатуре (LPSN). ^[2] Филогения основана на анализе всего генома. ^[5]^[а]

Бифидобактерии

	Гарднерелла

	Бифидобактерии

Аллоскардовия

	Скардовия

	Параскардовия

аутгруппа

актиномицеты

Примечания

^ Aeriscardovia , Bombiscardovia , Galliscardovia , Neoscardovia и Pseudoscardovia не включены в это филогенетическое дерево.

использованная литература

^ a b Stackebrandt E, Rainey FA, Ward-Rainey NL. (1997). «Предложение по новой иерархической системе классификации Actinobacteria classis nov». Междунар. Дж. Сист. Бактериол . 47 (2): 479–491. doi : 10.1099/00207713-47-2-479 .{{cite journal}}: CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
^ a b Euzéby JP, Parte AC. « Бифидобактерии » . Список имен прокариот со статусом в номенклатуре (LPSN) . Проверено 15 июня 2021 г. .{{cite web}}: CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
^ Манцурани М., Фенлон М., Бейтон Д. (февраль 2009 г.). «Связь между Bifidobacteriaceae и клинической тяжестью корневого кариеса». Оральный микробиол. Иммунол . 24 (1): 32–7. doi : 10.1111/j.1399-302X.2008.00470.x . PMID 19121067 .
^ Гао, Б .; Гупта, Р. С. (2012). «Филогенетическая структура и молекулярные признаки основных кладов типа Actinobacteria» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. doi : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПВК 3294427 . PMID 22390973 .
^ Нуиуи И., Карро Л., Гарсия-Лопес М., Мейер-Колтофф Дж. П., Войке Т., Кирпидес Н. С., Пукалл Р., Кленк Х. П., Гудфеллоу М., Маркус Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация типов Actinobacteria » . Передний. микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМС 6113628 . PMID 30186281 . {{cite journal}}: CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )

внешние ссылки

Systema Naturae 2000 / Классификация - Семейство Bifidobacteriaceae

Wikispecies содержит информацию о Bifidobacteriaceae .

[6] Aeriscardovia , Bombiscardovia , Galliscardovia , Neoscardovia и Pseudoscardovia не включены в это филогенетическое дерево.

[Stackebrandt-1] Stackebrandt E, Rainey FA, Ward-Rainey NL. (1997). «Предложение по новой иерархической системе классификации Actinobacteria classis nov». Междунар. Дж. Сист. Бактериол . 47 (2): 479–491. doi : 10.1099/00207713-47-2-479 .{{cite journal}}: CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )

[LPSN-2] Euzéby JP, Parte AC. « Бифидобактерии » . Список имен прокариот со статусом в номенклатуре (LPSN) . Проверено 15 июня 2021 г. .{{cite web}}: CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )

[pmid19121067-3] Манцурани М., Фенлон М., Бейтон Д. (февраль 2009 г.). «Связь между Bifidobacteriaceae и клинической тяжестью корневого кариеса». Оральный микробиол. Иммунол . 24 (1): 32–7. doi : 10.1111/j.1399-302X.2008.00470.x . PMID 19121067 .

[4] Гао, Б .; Гупта, Р. С. (2012). «Филогенетическая структура и молекулярные признаки основных кладов типа Actinobacteria» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. doi : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПВК 3294427 . PMID 22390973 .

[Nouioui-5] Нуиуи И., Карро Л., Гарсия-Лопес М., Мейер-Колтофф Дж. П., Войке Т., Кирпидес Н. С., Пукалл Р., Кленк Х. П., Гудфеллоу М., Маркус Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация типов Actinobacteria » . Передний. микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМС 6113628 . PMID 30186281 . {{cite journal}}: CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )

[1]