TreeBASE [1] - это хранилище филогенетических данных, опубликованных в научных журналах . В филогенетических исследованиях собираются или генерируются исследовательские данные, такие как сравнительные наблюдения (например, матрицы состояний признаков или множественные сопоставления последовательностей ), сделанные на наборе таксонов , метаданные об этих таксонах и филогенетические деревья, которые, как предполагается, лучше всего описывают эволюционные отношения. между таксонами.
Миссия
Цель проекта TreeBASE - предоставить стабильные записи и идентификаторы для этих данных, чтобы другие работники могли ссылаться на свои депонированные данные в своей публикации, а другие ученые могли найти данные и использовать их для проверки оригинального исследования или для включения или расширить их в дальнейшем анализе.
История и финансирование
Проект был начат в 1994 году [2] [3] при финансовой поддержке Национального научного фонда США . После этого прототипа был инициирован редизайн в рамках проекта CIPRES [4] . Эта новая версия была выпущена в марте 2010 г. и поддерживалась, среди прочего, проектом pPOD [5], который профинансировал добавление интерфейса веб-службы RESTful с возможностями поиска CQL [6] и Национальным центром эволюционного синтеза (NESCent). , на котором размещены база данных и веб-сервер.
Начиная с зимы 2010 года, TreeBASE была реорганизована и стала ассоциироваться с Фондом филлоинформатических исследований [7]
Рекомендации
- ^ "TreeBASE" . Проверено 5 апреля 2011 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ Сандерсон, MJ; MJ Donoghue; В. Пиль; Т. Эрикссон (1994). «TreeBASE: прототип базы данных филогенетического анализа и интерактивный инструмент для просмотра филогении жизни». Американский журнал ботаники . 81 (6): 183. DOI : 10,2307 / 2445447 . JSTOR 2445447 .
- ^ Пиль, WH; MJ Donoghue; MJ Сандерсон (2002). «TreeBASE: база данных филогенетических знаний». К интероперабельному «Каталогу жизни» с партнерами по видам 2000 Asia Oceanea. Отчет об исследовании Национального института экологических исследований (171): 41–47.
- ^ «Киберинфраструктура для филогенетических исследований» . Проверено 5 апреля 2011 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ «обработка PhylOData» . Проверено 5 апреля 2011 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
- ^ Vos, Rutger A .; Хильмар Лапп; Уильям Х. Пил; Вал Таннен (2010). «TreeBASE2: Восстание машин» . Предшествующая природа . DOI : 10.1038 / npre.2010.4600 .
- ^ «Фонд исследований в области филоинформатики» . Проверено 5 апреля 2011 года . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )