Обсуждение в Википедии: WikiProject Molecular Biology

Фантастические базы данных и где их найти: веб-приложения для спешащих (занятых?) Исследователей [ править ]

Список биологических баз данных

• Национальный центр биотехнологической информации - NCBI [1]
• Omictools [2]

- Kurop1n ( разговор ) 12:12, 16 апреля 2020

Википедия: Органайзер песочницы [ править ]

Организатор песочницы Место, чтобы помочь вам организовать вашу работу

всем привет

Последние несколько месяцев я работал над инструментом, который может вам пригодиться. Википедия: Органайзер песочницы - это набор инструментов, которые помогут вам лучше организовать черновики статей и другие страницы в пользовательском пространстве. Он также включает области для хранения ваших списков дел, закладок, списка инструментов. Вы можете настроить органайзер песочницы, чтобы добавить новые функции и разделы. После создания вы можете получить к нему доступ, просто щелкнув ссылку песочницы вверху страницы. Вы можете создать, а затем настроить свой собственный органайзер песочницы, просто нажав кнопку на странице. Все идеи по улучшению и другие версии были бы очень признательны.

Огромное спасибо PrimeHunter и NavinoEvans за их работу над технической частью, без них этого бы не случилось.

Джон Каммингс ( разговор ) 11:09, 6 февраля 2021 (UTC)

10-й конкурс Википедии ISCB [ править ]

Уважаемые, напоминаем, что заявки на участие в 10-м конкурсе ISCB Wikipedia еще открыты (крайний срок - 14 мая). Конкурс направлен на улучшение охвата Википедией вычислительной биологии и биоинформатики и представляет прекрасную возможность для студентов развивать свои навыки научного общения, улучшая при этом жизненно важный общественный информационный ресурс. А также денежные призы до 500 долларов за лучший вклад! Подробнее по ссылке выше.

Для тех, кто занимается биоинформатикой или вычислительной биологией в образовательных целях : поделитесь этой ссылкой со своими учениками! Мы также призываем преподавателей помогать студентам улучшать соответствующие статьи в Википедии в ходе классного занятия - см. Нашу недавнюю статью в PLOS Computational Biology :

Килпатрик, Аластер М .; Анджум, Одра; Уэлч, Лонни (14 мая 2020 г.). «Десять простых правил для разработки учебного процесса, которые включают в себя улучшение статей в Википедии по вычислительной биологии». PLOS Вычислительная биология . 16 (5): e1007868. DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1007868 .

Поделись, пожалуйста! Также рад ответить на любые вопросы. Спасибо, Амкилпатрик ( разговор ) 12:28, 16 февраля 2021 (UTC)

Neoblast [ править ]

Neoblast рассматривается как GA. Может ли кто-нибудь указать мне критерии этого проекта для создания статьи по молекулярной биологии? Спасибо. - Akrasia25 ( разговорное ) 13:49, 18 февраля 2021 (UTC)

Привет, Akrasia25 , если такое руководство существует, оно упоминается достаточно редко, чтобы я никогда о нем не слышал (быстрый поиск открывает Wikipedia: WikiProject_Molecular_Biology / Style_guide_ (gene_and_protein_articles) для статей о генах / белках, но ничего, что подходило бы для необластов ). Если вы ищете вдохновения для того, чтобы улучшить эту статью, я мог бы предложить поискать другие текущие GA и FA, чтобы увидеть, как они выглядят. Я только что заметил, что система категоризации для этого проекта не работает должным образом, всего шесть статей в категории: статьи по молекулярной биологии класса GA , но вы все еще можете увидеть список GA и FA из предыдущих итераций этого проекта здесь для WikiProject Genetics издесь для молекулярной и клеточной биологии . В любом случае используйте раскрывающееся меню в верхнем левом углу, чтобы выбрать «GA» или «FA».

Часть проблемы, которую вы, несомненно, обнаружите, заключается в том, что в настоящее время относительно немного редакторов работают над статьями по молекулярной биологии. Таким образом, вы можете обнаружить, что многие GA / FA были пересмотрены и продвинуты в далеком прошлом. Тем не менее, нас все еще здесь. Так что, если мы можем чем-то помочь, пожалуйста, свяжитесь с нами. Всего наилучшего, Айполино ( разговор ) 01:34, 19 февраля 2021 (UTC)

Решение раздражающей проблемы с Викиданными в поле зрения [ править ]

Проблема, заключающаяся в том, что статьи Википедии охватывают несколько концепций Викиданных, получит решение с возможностью связать концепции Викиданных со страницами перенаправления Википедии. Сейчас это находится в процессе реализации.

Может быть, вы уже хотите подумать о том, как это использовать. Очевидно, что статьи, посвященные семейству ген + белок + белок, в идеале должны иметь отдельные абзацы для каждого из них и перенаправлять страницы, ссылающиеся на эти разделы. - SCIdude ( разговор ) 10:47, 19 февраля 2021 (UTC)

Время для обзора? [ редактировать ]

В последнее время , слияние было сделано между статьями простагландин-F - синтазы и простагландина F - синтазы (не легкая задача , поскольку они явно охватывает ту же тему) по Reba16 . Я заметил предложение о слиянии и заинтересовался новой статьей. Это побудило меня обсудить с Реба16 (см. [3] ) вопросы, которые имеют отношение ко многим статьям о генах, ферментах и ​​продуктах их реакций. Я считаю, что это химик-органик, но Реба16 (который не согласен) со мной согласился. Теперь мы ищем мнения других и некоторые рекомендации. Я проиллюстрирую это конкретными примерами, но подозреваю, что проблемы широко распространены.

• Почему реакция в коде синтазы простагландина F написана так, как если бы это было окисление, а не восстановление? Этот фермент превращает кетон в спирт или (если PGH2 в PGF2) разрывает связь OO. Ответ : база данных ферментов IUBMB ( EC 1.1.1.188 ) часто ошибается. См. «Запись в базе данных METACYC» .для подробностей: подтверждает известную физиологическую направленность реакции. Исходная статья в Википедии, похоже, была создана полуавтоматическим способом из базы данных EC.
• Чем синтаза простагландина F отличается от AKR1C3, для которой есть другая статья в Википедии, где некоторые идентификаторы PDB совпадают, например 1RY0? Ответ : одна статья написана, чтобы сосредоточиться на генетике, а другая - на биохимии, но на самом деле они охватывают одни и те же химические реакции. (см. «вторую запись в базе данных METACYC» .).
• Почему в статье о простагландине H2 не описывается синтез PGF2α как одна из реакций от PGH2? Действительно, диаграмма в этой статье ( файл: Eicosanoid_synthesis.svg, который очень широко используется в Википедии) создаст у читателя впечатление, что PGF2α образуется не напрямую, а только через PGE2, что химически странно, поскольку E2 более окислен, чем любой H2. или F2α. Ответ : статья «правильная», но вводящая в заблуждение. Существует путь от PGH2 к PGE2, EC 5.3.99.3 и от PGE2 к PGF2α EC 1.1.1.189, но также имеет место прямой одностадийный процесс, а именно EC 1.1.1.188 .
• Точно так же, почему в статье о простагландине D2 не описывается синтез PGF2α из него? (Ответ: еще никто не написал.)

Вывод : многие статьи создавались за долгие годы без достаточного обзора. Мне кажется, что это одна из ролей, которую группы проектов могли бы с пользой взять на себя.

• • Я хочу разработать предложение по устранению такого рода несоответствий, но перед этим было бы полезно получить комментарии от заинтересованных сторон и (вкратце!) Другие примеры из путей, не связанных с простагландинами. Майк Тернбулл ( разговорное ) 14:07, 24 марта 2021 (UTC)

1. Я согласен, что было ошибкой придавать какое-либо направление реакциям наших автоматизированных текстов по ферментам. В Викиданных участники реакции получают квалификатор «часть» ---> «левая / правая сторона реакции» без указания того, какая из них является предпочтительной в качестве входных данных. Ваш пример в Викиданных: https://www.wikidata.org/wiki/Q21105043#P527 . Обратите внимание, что мы помещаем реакцию на элемент активности, а не на фермент. Почему? Потому что ферменты могут иметь несколько видов активности. Обратите внимание, что мы используем физиологически правильные ионы, а не нейтральные соединения.
2. такие статьи, как AKR1C3 , посвящены генам, и соглашение о том, что такие статьи называются именем гена, является правильным. Если вы хотите объединить ген и белок, разделите эти концепции в новой статье в отдельные разделы, чтобы их можно было связать.

Спасибо. - SCIdude ( разговор ) 16:30, 24 марта 2021 г. (UTC)