Аму́рская флоти́лия — несколько раз создававшееся объединение военных кораблей вооружённых сил России, различных периодов времени, на реке Амур и других реках Дальнего Востока.
В литературе встречаются наименования — «Амурская речная флотилия», «Краснознамённая Амурская флотилия», «Амурская Красная речная флотилия», «КАФ»[1].
Первые документальные упоминания об Амуре, других реках и прилегающих к ним территориях доставил в Якутск атаман М. Перфильев, промышлявший со своим отрядом казаков (государев людей) летом 1636 года[1] на реке Витим. В период с 1639 года по 1640 год приходят отрывочные сведения об Амурской земле от И. Ю. Москвитина, собравшего их у туземных племён, населявших берега Охотского моря.
Первые русские боевые суда появились на реке Амур летом 1644 года — это были струги казачьего головы Василия Пояркова, который с небольшим отрядом в 85 человек совершил сплав по реке и после зимовки в низовьях Амура вернулся через Охотское море в Якутский острог.
Второй экспедиции под руководством атамана Ерофея Хабарова, которая вышла на Амур в 1650 году также на стругах, удалось на время создать русские поселения по Амуру, но после неудачных военных действий с цинским Китаем в 1689 г. по условиям неравноправного Нерчинского мира русские были вынуждены оставить Амур на 160 лет.
10 июля 1850 года в результате экспедиции капитан-лейтенанта Геннадия Невельского (впоследствии преобразованной в Амурскую экспедицию) низовья Амура стали вновь доступны для России, и 18 мая 1854 года построенный на реке Шилке пароход «Аргунь» Сибирской военной флотилии вышел в Амур и впервые осуществил сплав до низовьев, став первым кораблем Военно-Морского Флота России в верхнем и среднем течении этой реки.
Почти одновременно, в 1855 году в низовьях Амура совершила плавание винтовая шхуна «Восток» той же флотилии и паровой баркас «Надежда» Амурской экспедиции.