Апартаменты Борджиа (итал. Appartamento Borgia) — апартаменты папы Александра VI (Родриго де Борджиа), расположенные этажом ниже станц Рафаэля. Эта часть дворца Николая V была в конце XV в. перестроена под личные апартаменты Александра VI и в 1490-х гг. украшена росписями Бернардино Пинтуриккьо и художников его мастерской. После смерти Александра VI папа Юлий II не захотел больше жить в этих помещениях, и они были надолго покинуты. В 1816 г. по приказу Пия VII здесь разместили картины, возвращённые из Парижа после падения Наполеона, а при Льве XIII апартаменты были отреставрированы и открыты для публики.
В Зале сивилл (Sala de Sibille) Чезаре Борджиа приказал убить Альфонсо д’Арагона, мужа его сестры Лукреции, чтобы дать ей возможность выйти замуж за герцога Феррарского. Зал находится в Башне Борджиа, украшен фигурами Сивилл и пророков, а также астрологическими символами семи планет.
Зал таинств веры (Sala dei Misteri della Fede): представлены 7 таинств из жизни Христа и Девы Марии: украшен фресками Благовещение, Рождество, Поклонение волхвов, Воскресение, Вознесение, Сошествие Святого Духа, Вознесение Марии.
Зал святых (Sala dei Santi) почти целиком расписан самим Пинтуриккьо. Сюжеты росписей — сцены из жизни святых: Посещение Марии Елизаветой, Встреча святых Антония аббата и Павла Отшельника в пустыне, Мученичество св. Себастьяна, Диспут св. Екатерины Александрийской с философами перед императором Максимином, Сусанна со старцами, Мученичество св. Варвары. Потолок зала украшен сюжетом из мифа о Изиде, Осирисе и быке Аписе — редкая тема в иконографии Ренессанса.
Анфилада комнат ведёт к большому и роскошному Залу понтификов (Sala dei Pontefici), названному так, поскольку раньше его стены украшали портреты пап (не сохранились до наших дней). Зал являлся самым большим помещением апартаментов и использовался для торжественных церемоний.
Зал свободных искусств (Sala delle Arti Liberali): Риторика, Грамматика, Диалектика, Геометрия, Арифметика, Музыка и Астрономия аллегорически изображены в виде дам, в их окружении деятели искусства XV века: писатель Паоло Кортези изображен как Цицерон на фреске Риторика; возможно Браманте, преклонившийся перед Евклидом, на фреске Геометрия. Этот зал, вероятно, являлся рабочим кабинетом папы.