Гаплогруппа R является потомком макрогруппы N и по древности, широте распространения и количеству групп-потомков сама может быть названа макрогруппой. Вероятно, возникла на Ближнем Востоке вскоре (всего через несколько тысяч лет) после заселения его людьми (около 55 тыс. л. н.). В дальнейшем из этого региона была осуществлена экспансия, так что носители группы R (зачастую вместе с другими субкладами группы N) распространились: на юг в Аравию и северо-восточную Африку, на восток по Иранскому нагорью, далее в Центральную Азию до Алтая и на Индостан, на север в Анатолию, на Кавказ и далее в восточную Европу.
Субклады R5, R6, R7, R8, R30, R31 являются автохтонными гаплогруппами в Индии. В наборе данных по Центральной Азии (Comas et al. 2004) из 232 линий только 2 принадлежат к R5[1].
К потомкам этой группы относятся B, UK (и её потомки U и K), F, R0 (и её потомки HV, H, и V), а также pre-JT (и её потомки JT, J и T).
Митохондриальная гаплогруппа R* была обнаружена у палеосибиряка из Усть-Ишима (Усть-ишимский человек), жившего 45 тыс. лет назад[2], но в 2016 году команда Позника классифицировала у усть-ишимца митохондриальную гаплогруппу U*[3].
Гаплогруппу R определили у представителея культуры линкомбьен-ранис-ежмановице из пещеры Ильзенхёле (Ранис, Тюрингия), жившего около 45 тыс. лет назад[4].
Гаплогруппа R определена у позднепалеолитического образца CC7-2289 (ок. 44 тыс. л. н.) из пещеры Бачо Киро в Болгарии[5]