Генеральный округ Эстония (нем. Generalbezirk Estland, эст. Eesti kindralkomissariaat) — административно-территориальная единица в составе рейхскомиссариата Остланд с центром в Таллине, образованная 17 июля 1941 года. Весь период существования округа генеральным комиссаром был Карл Зигмунд Лицман.
5 августа 1941 года части 18 армии подошли к Таллину. Началась Таллинская оборонная операция, которая продолжалась 23 дня после чего части РККА эвакуировались. 6 сентября началась оборона Моонзундских островов, продолжавшееся около месяца. После эвакуации советских войск с островов Эстония оказалась под полным контролем нацистов.
Ещё 17 июля 1941 Гитлер подписал указ «О введении гражданского управления на оккупированных Восточных территориях», согласно которому оккупированные земли были разделены на три Рейхскомиссариата. На западе был создан Рейхскомиссариант Остланд, в состав которого был включён Генеральный округ Эстония. Сразу после создания начали создаваться эстонские коллаборационистские формирования. В то же время началось формирование эстонских партизанских отрядов. В августе 1941 года были сформированы Эстонские подразделения люфтваффе. В ноябре того же года были сформированы два эстонских батальона шуцманшафт, а в декабре 1942 года — ещё один.
Уже в июле 1941 года немцами было создано марионеточная структура для управления эстонской территорией — так называемое «Эстонское самоуправление». Его главой обербургомистр тыла группы армий Север Франц фон Роке назначил бывшего члена пронацистского Эстонского союза участников Освободительной войны и базировавшегося в Финляндии Эстонского освободительного комитета Хяльмара Мяэ. В это же время началось формирование отрядов сотрудничающей с нацистами организации «Омакайтсе», в которые до конца года добровольно вступило 43.757 человек.
После занятия немецкими войсками Тарту, летом-осенью 1941 года в противотанковом рву у селения Лемматси участники «Омакайтсе» убили более 12 тысяч мирных жителей и советских военнопленных[2][3]. К 1 ноября 1941 года «Омакайтсе» провела 5033 облавы, было арестовано 41 135 человек, из которых 7357 человек были казнены на месте «из-за оказанного сопротивления»[2]. 5 декабря 1941 года Эстония была передана под гражданское управление и включена в состав Рейхскомиссариата Остланд.
На территории Эстонии было создано 25 концлагерей. Силами местных полицейских подразделений с помощью немцев были уничтожены 61 тысяч граждан и 64 тысяч советских пленных. На момент начала немецкой оккупации в стране находилось около тысячи евреев из 4,5 тысячной еврейской общины Эстонии; уже в декабре 1941 года Эстония была объявлена «Юденфрай».