Катакомбы Сан-Джованни (итал. catacombe di San Giovanni) — раннехристианские катакомбы IV — VI веков в Сиракузах (Сицилия). Детально исследованы археологом Паоло Орси в 1893 — 1909 годах; в настоящее время единственные сиракузские катакомбы, открытые для публики.
Катакомбы Сан-Джованни являются самыми поздними из известных в настоящее время сиракузских катакомб. Подземное кладбище использовались христианской общиной Сиракуз в IV — VI веках, уже после прекращения гонений. В связи с этим катакомбы Сан-Джованни имеют чёткий план и являются наиболее украшенными. О первоначальном захоронении здесь какого-либо святого или о посвящении катакомб этому святому нет никаких сведений. Крипта, в которой был погребён первый епископ Сиракуз Маркиан (итал. Marziano di Siracusa), не является частью кладбища и лишь в настоящее время объединена с ним в единый музей.
Современное название катакомб связано с норманнской церковью в честь Иоанна Богослова, построенной над криптой святого Маркиана (Сан-Марчано). Церковь была изначально возведена в романском стиле, затем была перестроена с элементами готики и окончательно разрушена землетрясением 1693 года.
Находящиеся рядом с церковью катакомбы, хоть и заброшенные к VI веку, были известны в последующие столетия. В 1872 году археологом Саверио Каваллари в них был найден хорошо сохранившийся саркофаг V века (по сохранившейся эпитафии называется саркофагом Адельфии). Эта находка привлекла внимание исследователей к катакомбам; детальное же их исследование было осуществлено в 1893 — 1909 годах Паоло Орси. Во время Второй мировой войны катакомбы Сан-Джованни использовались местным населением в качестве бомбоубежища, вследствие чего большинство останков было перенесено на обычное кладбище.
В настоящее время развалины церкви Сан-Джованни, крипта Сан-Марчано и катакомбы Сан-Джованни находятся под управлением Папской комиссии по священной археологии и открыты для посещения.
В отличие от большинства известных катакомб, возникших на основе каменоломен, катакомбы Сан-Джованни устроены на базе античного акведука. В связи с этим, катакомбы имеют чёткий план: имеется широкая центральная галерея (бывший decumanus maximus), от которой отходят второстепенные галереи; пересекающиеся галереи образуют круглые помещения — ротонды (бывшие цистерны для накопления воды). Катакомбы Сан-Джованни возникли уже после окончания гонений на христиан, в связи с чем они отличаются от других сиракузских катакомб гораздо большим разнообразием типов захоронений (в Санта-Лючия и Винья-Касия основными являются локули). Характерной особенностью Сан-Джованни является отсутствие семейных захоронений в виде кубикул, их заменяют большие семейные аркосолии.