Часть протестированных кыпсаков (хуун, санкем, бошман, часть карый), в основном являются представителями гаплогруппы R1a[1], субклад R1a-Z2123[2]
Кара-кыпчакский уран Токсаба указывает на этническое происхождение башкирских кара-кыпчаков от средневекового половецкого племени токсаба (кунов) — одного из древних племён Дешт-и-Кипчака, имевших тюрко-монгольское происхождение[4]. Ю. А. Евстигнеев также считает, что этническую основу кыпчаков-башкир составили средневековые токсоба[5].
Как полагают исследователи, куны (токсобичи) в составе половцев были отуреченною ветвью монгольского народа, пришельцами из Восточной Азии, появившимися в Европе между 1030 и 1049 гг.[6] В. В. Бартольд писал, что куны, как предполагается, народ в основе монгольского происхождения[7]. По некоторым данным (в том числе, по географии расселения) можно предположить, что куны были более монголоидны, чем половцы и, тем более, куманы. По сообщению Ибн Халдуна, они имели татарское[8] (монгольское) происхождение[9][10].
Кипчаки двигались в Башкортостан с юга и юго-запада. В преданиях и шежере говорится, что «отцы и деды наши ата-бабалар пришли с Азовского моря» и поселились на новой родине, «перейдя через реку Итиль».[11] Среди части башкирских кипчаков ещё недавно было распространено представление, что древняя родина их предков — кубанские степи. В XIII—XIV вв. кипчаки широко расселились по всему Приуралью, концентрируясь в междуречье Белой и Ика. Ныне территория расселения племени входит в Абзелиловский, Альшеевский, Баймакский, Белорецкий, Бижбулякский, Бурзянский, Гафурийский, Зианчуринский, Зилаирский, Илишевский, Ишимбайский, Кугарчинский, Куюргазинский, Мелеузовский, Миякинский, Хайбуллинский районы Республики Башкортостан; Абдулинский, Александровский, Гайский, Красногвардейский, Кувандыкский, Матвеевский, Новосергиевский, Октябрьский, Переволоцкий, Саракташский, Тоцкий, Тюльганский районы Оренбургской области; Большеглушицкий, Большечерниговский районы Самарской области; Перелюбский, Пугачёвский районы Саратовской области; Азнакаевский и Актанышский районы Республики Татарстан.[12]