7 канонерских лодок
2 сторожевых корабля
2 бронекатера
8 сторожевых катеров
13 тральщиков
1 ПЛ «М-77»
Базировалась на Ладожском озере и прилегающих водных путях. Существовала в период 1939—1940 годах и 1941—1944 годах в составе Краснознамённого Балтийского флота. Участвовала в Советско-финской и Великой Отечественной войнах.
В соответствии с договорами между СССР и Финляндией Советский Союз на 1939 год не имел вооружённых сил на Ладожском озере, по которому проходила на тот момент советско-финская граница. При подготовке к войне, проводившейся во второй половине 1939 года для противодействия финскому ВМФ на Ладоге и поддержки наступления сухопутных войск в прибрежных районах было решено создать на озере военную флотилию.
Флотилия была официально сформирована в октябре 1939 года. Главной базой флотилии был Шлиссельбург, после начала войны корабли базировалась в Саунасаари, ныне бухта Далёкая. Состав: канонерская лодка, два сторожевых корабля, 7 тральщиков, 12 сторожевых катеров, отдельная авиационная эскадрилья из 13 самолётов МБР-2.
Командование флотилии (1-го формирования): командующие — капитан 1-го ранга С. М. Кобыльских (ноябрь—декабрь 1939), капитан 1-го ранга П. А. Трайнин (декабрь 1939 — март 1940), капитан 1-го рангаа М. А. Смирнов (март 1940)[2]; военный комиссар — полковой комиссар А. М. Акимов; начальник штаба — капитан 1-го ранга П. А. Трайнин[3].
Первой боевой задачей, поставленной перед флотилией, была высадка десанта в заливе Сортанлакс (Владимирский). С 6 по 23 ноября флотилия осуществляла переброску из Шлиссельбурга в Олонку 75-й стрелковой дивизии. В конце ноября перед флотилией поставили новые задачи: уничтожение финских кораблей на Ладожском озере, недопущение десантов противника, поддержка огнём флангов наступающих 7-й и 8-й армий, уничтожение береговых батарей противника на островах. В полном объёме поставленные задачи флотилия выполнить не смогла: помешала и недостаточная укомплектованность кораблями, и слабое знание командирами театра военных действий, и отсутствие баз, и недостаточная подготовка командного состава. Тем не менее, флотилия поддерживала огнём войска и защищала свою базу. С начала января, когда лёд на озере установился и передвижение кораблей стало невозможно, флотилия выполняла задачи по обороне базы, артиллерийской поддержки правого фланга 13-й армии, разведки (по льду), в целом достигнув главной цели — недопущения выхода противника в тыл наступающим войскам. При налётах на базу флотилии было сбито несколько самолётов противника[4].