Оне́жская военная флотилия, Онежская флотилия — флотское формирование в составе ВМФ (РККФ) РСФСР и ВС Союза ССР.
Флотилия действовала в бассейне Онежского и Ладожского озёр в периоды Гражданской и Великой Отечественной войн.
Сформирована в июне 1918 года. В состав вошли два минных заградителя и, переоборудованные в военные корабли, суда речного и озёрного транспорта. Главной базой являлся Петрозаводск, промежуточными — Лодейное Поле и Новая Ладога. В 1919 году действовала в Видлицкой, Лижемской и Повенецкой операциях против белогвардейцев и финских войск.[1] В октябре 1919 года провёла неудачную десантную операцию у Медвежьей Горы.[2]
Участвовала в Гражданской войне, в Онежском бассейне, находясь в оперативном подчинении 6-й армии, после окончания боевых действий в марте 1920 года расформирована. Корабли были переданы в состав Балтийского флота РККФ. 6 февраля 1921 года из Онежской флотилии перечислили в Амударьинскую флотилию три канлодки ГВТУ (№ 1 («Интернационал»), № 2 («Коммунист») и № 4).
С началом советско-финской войны (1941—1944) Онежская флотилия была образована вновь 7 августа 1941 года на основе Онежской военно-морской базы Ладожской военной флотилии приказом заместителя наркома Военно-морского флота СССР Исакова И. С.[3]. Боевым ядром флотилии стали канонерские лодки (мобилизованные и вооружённые гражданские буксирные пароходы, 5 вымпелов), большинство других кораблей и катеров флотилии также были мобилизованными из народного хозяйства [4]
Главная база — Петрозаводск, манёвренные базы: Вознесенье и Вытегра[5]. Вела боевые действия против захватчиков совместно с войсками Карельского фронта.