Основатель монастыря — инок Переславского Никитского монастыря Даниил († 7 апреля 1540), духовник великого князя Василия III. Среди его учеников, живших в обители, был святой Герасим Болдинский — впоследствии основатель Троицкого Болдина монастыря.
В 1530—1532 годах в честь рождения великокняжеского наследника — будущего Ивана Грозного — в монастыре был возведён Троицкий собор; старец Даниил стал, согласно летописному известию[1], восприемником (крёстным отцом) ребёнка.
Обитель серьёзно пострадала в Смутное время: «Въ Переславлѣ стояли Польскіе и Литовскіе люди, Сапѣга съ товарищи, монастырь выжгли и храмы разорили, и монастырскія жалованныя грамоты, и вотчинныя крѣпости, изодрали», — записано в грамоте царя Михаила Фёдоровича в Данилов монастырь от 7123 года (1615). Значительный ущерб был нанесен и монастырским вотчинам: крестьяне убиты, дома разграблены.
С XVII века основатель обители инок Даниил чтится Русской церковью в лике преподобных (память — 7 апреля по Юлианскому календарю). Его мощи, обретённые в 1652 году, открыто почивали в Троицком соборе монастыря. Церковное почитание преподобного Даниила привлекло к монастырю внимание паломников.
Разбогатевшая обитель была заново отстроена во второй половине XVII века. Крупнейшим благотворителем стал дипломат боярин Иван Барятинский, который пожертвовал обители свыше 20 тысяч рублей и был погребён у северной стены настоятельских покоев в 1701 году. Троицкий собор был во второй половине XVII века расписан артелью костромского изографа Гурия Никитина.
Похвалинская церковь с трапезной палатой и настоятельскими покоями, выстроенная в 1695 году, выделяется необычными архитектурными формами.