Штефан Уде, Хеннинг Рюменапп и Деннис Пошватта с 1994 года играли вместе[4] и пригласили Сандру Насич в 1996 году для участия в конкурсе «Local Heroes», организованном немецким музыкальным телеканалом VIVA. Guano Apes одержали победу над более чем тысячей участников, а их дебютный сингл «Open Your Eyes» в 1996 году попал в десятку лучших хитов в Германии и оставался в сотне лучших хитов на протяжении 30 недель. Благодаря усиленному продвижению VIVA видеоклипа «Open Your Eyes», Guano Apes подписали контракт с Gun Records, которая выпустила их альбом «Proud Like A God» в 1997 году. Второй сингл группы, «Lords of the Boards», который был написан для Чемпионата Европы по сноуборду 1998 года, стал ещё большим хитом и сделал их альбом платиновым в Германии и золотым в других странах Европы. RCA выпустила альбом «Proud Like a God» в США в 1999 году.
Немалую популярность группа приобрела, записав кавер-версию композиции «Big In Japan» популярной в конце 1980-х группы Alphaville. Этот трек вошёл во второй альбом группы под названием Don't Give Me Names.
В 2005 году группа приостановила свою деятельность, так как каждый из участников стал заниматься сольными проектами[5]. Сандра Насич выпустила сольный альбом под названием The Signal, Деннис Пошватта организовал группу Tamoto (в записи дебютного альбома принял участие и Штефан Уде).
В 2006 году вышел альбом «Lost (T)apes», содержащий ранние записи группы на аудиокассетах (1994 и 1995 годов).
В 2009 году группа воссоединилась, чтобы отыграть на серии летних фестивалей. Первое выступление группы после долгого перерыва состоялось в Португалии на фестивале Enterro da Gata 10 мая 2009 года[6].
27 января 2011 года в прямом эфире немецкой радиостанции 1Live Radio был представлен сингл «Oh What A Night», а 1 апреля вышел и сам новый альбом «Bel Air».