Y-ДНК гаплогруппа J2 определяется мутацией в SNP маркере M172. Гаплогруппа J2 происходит от мутации гаплогруппы J, произошедшей у мужчины, жившего около 31 600 лет назад[3]. Гаплогруппа J2 делится на две подгруппы: J2a-M410 и J2b-M102 (исходя из базы данных YFull возраст обеих около 27 700 лет[4]).По мужской линии, определена гаплогруппа J2a, субклад SK1313. Данный субклад является древнейшим, из найденных на Кавказе, и был обнаружен у образца у мезолитического охотника из карстового грота Котиас Клде в Западной Грузии, который жил почти 10 тысяч лет назад.
Снип BY84499, обнаруженный у Борчаева, помещает его в одну из двух ветвей этого большого субклада — менее распространенную Y12599. Здесь, кроме отдаленных единичных результатов из Свердловской области России, Коста Рики и Египта, мы видим немало грузин, осетин и чеченцев. Однако ни с кем из них результат Борчаева не сближается и остается в корне ветви, а значит не обнаруживает близких родственников на расстоянии около 6500 лет, то есть является довольно реликтовым[источник не указан 16 дней].
Эта гаплогруппа — одна из древнейших по времени обитания в Европе. Представители гаплогруппы J2, вероятно, составляли значительную часть населения мезолитических ближневосточных культур, которые считаются первооткрывателями сельского хозяйства (см. неолитическая революция). В частности, гаплогруппа J2-M172 определена у анатолийских земледельцев из Халлан-Чеми и Чайоню[5]. Вариант J2a (M410) был распространён как в Анаталии, так и западнее: на Пелопоннесе и Крите[5]. Эта гаплогруппа определяется у древних греков и финикийцев[6]. В начале нашей эры, вероятно, распространялась с римскими легионерами.
Частоты J2 (включая все субклады): Северный Кавказ, Азербайджан, Армения, Восточный Туркестан, Узбекистан, Ливан, Мальта, Турция, Албания, Италия, Греция, Иран, Грузия, Македония, Сербия, Черногория, Белоруссия, Россия (Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия, Адыгея, Краснодарский край, Ингушетия и Чечня), Венгрия и т. д.[28]Частоты J2-M172 в некоторых русских областях из публикации Angela Fechner et al. (2008)[29]