Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Альфа-кетоглутарат-зависимые гидроксилазы представляют собой основной класс негемовых белков железа, которые катализируют широкий спектр реакций. Эти реакции включают реакции гидроксилирования, деметилирования, расширения кольца, замыкания кольца и десатурации. [1] [2] Функционально αKG-зависимые гидроксилазы сравнимы с ферментами цитохрома P450 . Оба используют O 2 и восстанавливающие эквиваленты в качестве косубстратов, и оба производят воду. [3]

Биологическая функция [ править ]

αKG-зависимые гидроксилазы играют разные роли. [4] [5] У таких микроорганизмов, как бактерии, αKG-зависимые диоксигеназы участвуют во многих биосинтетических путях. [6] [7] [8] У растений αKG-зависимые диоксигеназы участвуют в различных реакциях метаболизма растений. [9] К ним относятся биосинтез флавоноидов [10] и биосинтез этилена. [11] У млекопитающих и человека αKG-зависимая диоксигеназа играет функциональную роль в биосинтезе (например, биосинтезе коллагена [12] и биосинтезе L-карнитина [13] ), посттрансляционных модификациях (например, гидроксилировании белка [14] ), эпигенетической регуляции ( напримердеметилирование гистонов и ДНК [15] ), а также сенсоры энергетического обмена . [16]

Многие αKG-зависимые диоксигеназы также катализируют несвязанный оборот, при котором окислительное декарбоксилирование αKG в сукцинат и диоксид углерода происходит в отсутствие субстрата. Каталитическая активность многих αKG-зависимых диоксигеназ зависит от восстановителей (особенно аскорбата), хотя точная роль не ясна. [17] [18]

Каталитический механизм [ править ]

αKG-зависимые диоксигеназы катализируют реакции окисления путем включения одного атома кислорода из молекулярного кислорода (O 2 ) в свои субстраты. Это преобразование сопровождается окислением косубстрата αKG до сукцината и диоксида углерода. [1] [2] При использовании меченого O 2 в качестве субстрата одна метка появляется в сукцинате, а другая - в гидроксилированном субстрате: [19] [20]

R 3 CH + O 2 + - O 2 CC (O) CH 2 CH 2 CO 2 - → R 3 C O H + CO 2 + - O O CCH 2 CH 2 CO 2 -

Первый шаг включает связывание αKG и субстрата с активным сайтом. αKG координируется как бидентатный лиганд для Fe (II), в то время как субстрат удерживается нековалентными силами в непосредственной близости. Впоследствии молекулярный кислород на конце связывается с цис-цис-ферментом двух доноров αKG. Некоординированный конец супероксидного лиганда атакует кетоуглерод, вызывая высвобождение CO 2 и образуя промежуточное соединение Fe (IV) -оксо . Этот центр Fe = O затем насыщает субстрат кислородом за счет механизма отскока кислорода . [1] [2]

Альтернативные механизмы не получили поддержки. [21]

Консенсусный каталитический механизм суперсемейства αKG-зависимых диоксигеназ.

Структура [ править ]

Белок [ править ]

Все αKG-зависимые диоксигеназы содержат консервативную двухцепочечную β-спиральную складку (DSBH, также известную как купин), которая образована двумя β-листами. [22] [23]

Металлофактор [ править ]

Активный центр содержит высококонсервативный мотив триады аминокислотных остатков 2-His-1-карбоксилата (HXD / E ... H), в котором каталитически важный Fe (II) удерживается двумя остатками гистидина и одной аспарагиновой кислотой / остаток глутаминовой кислоты. Триада N 2 O связывается с одной стороной центра Fe, оставляя три лабильных сайта на октаэдре для связывания αKG и O 2 . [1] [2] Похожий лицевой Fe-связывающий мотив, но с массивом his-his-his, обнаружен в цистеиндиоксигеназе .

Связка субстрата и косубстрата [ править ]

Связывание αKG и субстрата было проанализировано с помощью рентгеновской кристаллографии, расчетов молекулярной динамики и ЯМР-спектроскопии. Связывание кетоглутарата наблюдали с использованием ингибиторов ферментов. [24]

Некоторые αKG-зависимые диоксигеназы связывают свой субстрат посредством механизма индуцированной подгонки. Например, значительные структурные изменения белка наблюдались при связывании субстрата изоформы 2 пролилгидроксилазы человека (PHD2), [25] [26] [27] αKG-зависимой диоксигеназы, которая участвует в восприятии кислорода, [28] и изопенициллина N синтаза (IPNS), микробная αKG-зависимая диоксигеназа. [29]

Упрощенный вид активного сайта изоформы 2 пролилгидроксилазы (PHD2), αKG-зависимой диоксигеназы человека. Fe (II) координируется двумя имидазолами и одним карбоксилатом, обеспечиваемым белком. Другие лиганды на железе, которые временно заняты αKG и O 2 , опущены для ясности.

Ингибиторы [ править ]

Учитывая важную биологическую роль, которую играет αKG-зависимая диоксигеназа, были разработаны многие ингибиторы αKG-зависимой диоксигеназы. Ингибиторы, которые регулярно использовались для нацеливания на αKG-зависимую диоксигеназу, включают N-оксалилглицин ( NOG ), пиридин-2,4-дикарбоновую кислоту (2,4-PDCA), 5-карбокси-8-гидроксихинолин, FG-2216 и FG- 4592, которые все были разработаны, имитируют кособстрат αKG и конкурируют против связывания αKG в активном центре фермента Fe (II). [30] [31] Хотя они являются мощными ингибиторами αKG-зависимой диоксигеназы, им не хватает селективности, и поэтому их иногда называют так называемыми ингибиторами «широкого спектра действия». [32] Были также разработаны ингибиторы, которые конкурируют с субстратом, такие как ингибиторы на основе пептидила, которые нацелены на человека.домен 2 пролилгидроксилазы (PHD2) [33] и милдронат , лекарственная молекула, которая обычно используется в России и Восточной Европе, нацелена на гамма-бутиробетаиндиоксигеназу . [34] [35] [36]

Общие ингибиторы αKG-зависимых диоксигеназ. Они конкурируют с косубстратом αKG за связывание с активным центром Fe (II).

Анализы [ править ]

Многие анализы были разработаны для изучения αKG-зависимых диоксигеназ, чтобы можно было получить такую ​​информацию, как кинетика фермента, ингибирование фермента и связывание лиганда. Спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР) широко применяется для изучения αKG-зависимых диоксигеназ. [37] Например, были разработаны анализы для изучения связывания лиганда, [38] [39] [40] кинетики фермента, [41] способов ингибирования [42], а также изменения конформации белка. [43] Масс-спектрометрия также широко применяется. Его можно использовать для характеристики кинетики ферментов [44], чтобы направлять разработку ингибиторов ферментов [45], изучения связывания лигандов и металлов [46]а также проанализировать конформационные изменения белка. [47] Также использовались спектрофотометрические анализы [48], например, те, которые измеряют окисление 2OG, [49] образование побочного продукта сукцината [50] или образование продукта. [51] Также применялись другие биофизические методы, включая (но не ограничиваясь ими) изотермическую калориметрию титрования (ITC) [52] и электронный парамагнитный резонанс (ЭПР). [53] Радиоактивные анализы , которые используют 14 C меченных субстратов были также разработаны и использованы. [54] Учитывая, что αKG-зависимые диоксигеназы нуждаются в кислороде для их каталитической активности, был также применен анализ потребления кислорода. [55]

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Мартинес, Салетт; Хаузинджер, Роберт П. (2015-08-21). «Каталитические механизмы Fe (II) - и 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ» . Журнал биологической химии . 290 (34): 20702–20711. DOI : 10.1074 / jbc.R115.648691 . ISSN  0021-9258 . PMC  4543632 . PMID  26152721 .
  • Hegg EL, Que L Jr (декабрь 1997 г.). «Лицевая триада 2-His-1-карбоксилата - новый структурный мотив в мононуклеарных негемовых ферментах железа (II)». Евро. J. Biochem . 250 (3): 625–629. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.1997.t01-1-00625.x . PMID  9461283 ..
  • Мюллюля Р., Тудерман Л., Кивирикко К.И. (ноябрь 1977 г.). «Механизм пролилгидроксилазной реакции. 2. Кинетический анализ последовательности реакций» . Евро. J. Biochem . 80 (2): 349–357. DOI : 10.1111 / j.1432-1033.1977.tb11889.x . PMID  200425 .
  • Валегард К., Тервисша ван Шелтинга А.С., Дубус А., Рангино Г., Остер Л.М., Хайду Дж., Андерссон И. (январь 2004 г.). «Структурные основы образования цефалоспоринов в мононуклеарном ферменте железа» (PDF) . Nat. Struct. Мол. Биол . 11 (1): 95–101. DOI : 10.1038 / nsmb712 . PMID  14718929 . S2CID  1205987 .
  • Прайс Дж. К., Барр Е. В., Тирупати Б., Боллинджер Дж. М. мл., Кребс С. (июнь 2003 г.). «Первая прямая характеристика промежуточного соединения высоковалентного железа в реакции альфа-кетоглутарат-зависимой диоксигеназы: высокоспиновый комплекс FeIV в таурин / альфа-кетоглутаратдиоксигеназе (TauD) из Escherichia coli». Биохимия . 42 (24): 7497–7508. DOI : 10.1021 / bi030011f . PMID  12809506 .
  • Прошляков Д.А., Хеншоу Т.Ф., Монтероссо Г.Р., Райл М.Дж., Хаусингер Р.П. (февраль 2004 г.). «Прямое обнаружение кислородных промежуточных продуктов в негемовом ферменте Fe таурин / альфа-кетоглутарат диоксигеназе». Варенье. Chem. Soc . 126 (4): 1022–1023. DOI : 10.1021 / ja039113j . PMID  14746461 .
  • Hewitson KS, Granatino N, Welford RW, McDonough MA, Schofield CJ (апрель 2005 г.). «Окисление 2-оксоглутарат оксигеназами: негемные системы железа в катализе и передаче сигналов». Фил. Пер. R. Soc. . 363 (1829): 807–828. Bibcode : 2005RSPTA.363..807H . DOI : 10,1098 / rsta.2004.1540 . PMID  15901537 . S2CID  8568103 .
  • Вик Ч.Р., Ланиг Х., Джегер С.М., Бурцлафф Н., Кларк Т. (ноябрь 2012 г.). «Структурное понимание пролилгидроксилазы PHD2: молекулярная динамика и исследование методом DFT». Евро. J. Inorg. Chem . 2012 (31): 4973–4985. DOI : 10.1002 / ejic.201200391 .

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d Flashman E, Schofield CJ (февраль 2007 г.). «Самый универсальный из всех реакционноспособных интермедиатов?». Nat. Chem. Биол . 3 (2): 86–87. DOI : 10.1038 / nchembio0207-86 . PMID 17235343 . 
  2. ^ a b c d Hausinger RP (январь – февраль 2004 г.). «Fe (II) / α-кетоглутарат-зависимые гидроксилазы и родственные ферменты». Крит. Rev. Biochem. Мол. Биол . 39 (1): 21–68. DOI : 10.1080 / 10409230490440541 . PMID 15121720 . S2CID 85784668 .  
  3. ^ Соломон Э.И., Декер А., Ленерт Н. (апрель 2003 г.). «Негемовые ферменты железа: в отличие от гемового катализа» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 100 (7): 3589–3594. DOI : 10.1073 / pnas.0336792100 . PMC 152966 . PMID 12598659 .  
  4. Перейти ↑ Prescott AG, Lloyd MD (август 2000). «Железо (II) и 2-оксокислот-зависимые диоксигеназы и их роль в метаболизме». Nat. Prod. Rep . 17 (4): 367–383. DOI : 10.1039 / A902197C . PMID 11014338 . 
  5. ^ Loenarz C, Шофилд CJ (январь 2011). «Физиологические и биохимические аспекты гидроксилирования и деметилирования, катализируемого человеческими 2-оксоглутаратоксигеназами». Trends Biochem. Sci . 36 (1): 7–18. DOI : 10.1016 / j.tibs.2010.07.002 . PMID 20728359 . 
  6. ^ Скотти Дж. С., Люнг И. К., Ге В., Бентли М. А., Папс Дж., Крамер Х. Б., Ли Дж., Айк В., Чой Х., Паульсен С. М., Боуман Л. А., Лойк Н. Д., Хорита С., Хо СН, Кершоу Н. Дж., Тан С. М., Кларидж Т. Д., Престон Г. М., Макдонау Массачусетс, Скофилд С.Дж. (сентябрь 2014 г.). «Чувствительность человека к кислороду может быть связана с пролилгидроксилированием прокариотического фактора элонгации Tu» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 111 (37): 13331–13336. Bibcode : 2014PNAS..11113331S . DOI : 10.1073 / pnas.1409916111 . PMC 4169948 . PMID 25197067 .  
  7. ^ Клифтон IJ, Доан LX, Sleeman MC, Topf M, Suzuki H, Wilmouth RC, Schofield CJ (июнь 2003 г.). «Кристаллическая структура карбапенемсинтазы (CarC)» . J. Biol. Chem . 278 (23): 20843–20850. DOI : 10.1074 / jbc.M213054200 . PMID 12611886 . S2CID 9662423 .  
  8. ^ Kershaw NJ, Caines ME, Слиман MC Шофилд CJ (сентябрь 2005). «Энзимология биосинтеза клавама и карбапенема». Chem. Commun. (34): 4251–4263. DOI : 10.1039 / b505964j . PMID 16113715 . 
  9. ^ Фэрроу SC, Facchini PJ (октябрь 2014). «Функциональное разнообразие 2-оксоглутарат / Fe (II) -зависимых диоксигеназ в метаболизме растений» . Фронт. Plant Sci . 5 : 524. DOI : 10.3389 / fpls.2014.00524 . PMC 4191161 . PMID 25346740 .  
  10. ↑ Cheng AX, Han XJ, Wu YF, Lou HX (январь 2014 г.). «Функция и катализ 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ, участвующих в биосинтезе флавоноидов растений» . Int. J. Mol. Sci . 15 (1): 1080–1095. DOI : 10.3390 / ijms15011080 . PMC 3907857 . PMID 24434621 .  
  11. ↑ Zhang Z, Ren JS, Clifton IJ, Schofield CJ (октябрь 2004 г.). «Кристаллическая структура и механистические последствия оксидазы 1-аминоциклопропан-1-карбоновой кислоты - этилен-образующего фермента». Chem. Биол . 11 (10): 1383–1394. DOI : 10.1016 / j.chembiol.2004.08.012 . PMID 15489165 . 
  12. ^ Myllyharju J (март 2003). «Пролил-4-гидроксилазы, ключевые ферменты биосинтеза коллагена». Matrix Biol . 22 (1): 15–24. DOI : 10.1016 / S0945-053X (03) 00006-4 . PMID 12714038 . 
  13. ^ Leung IK, Krojer TJ, Кочан GT, Генри L, фон Делфт F, Claridge TD, Oppermann U, МакДонох MA, Шофилд CJ (декабрь 2010). «Структурные и механистические исследования γ-бутиробетаингидроксилазы» . Chem. Биол . 17 (12): 1316–1324. DOI : 10.1016 / j.chembiol.2010.09.016 . PMID 21168767 . 
  14. ^ Марколович, Сузана; Уилкинс, Сара Э .; Скофилд, Кристофер Дж. (21 августа 2015 г.). «Гидроксилирование белков, катализируемое 2-оксоглутарат-зависимыми оксигеназами» . Журнал биологической химии . 290 (34): 20712–20722. DOI : 10.1074 / jbc.R115.662627 . ISSN 1083-351X . PMC 4543633 . PMID 26152730 .   
  15. ^ Walport LJ, RJ Гопкинсона Шофилд CJ (декабрь 2012). «Механизмы деметилаз гистонов и нуклеиновых кислот человека». Curr. Opin. Chem. Биол . 16 (5–6): 525–534. DOI : 10.1016 / j.cbpa.2012.09.015 . PMID 23063108 . 
  16. ^ Салминен, А; Кауппинен, А; Каарниранта, К (2015). «2-оксоглутарат-зависимые диоксигеназы являются датчиками энергетического метаболизма, доступности кислорода и гомеостаза железа: потенциальная роль в регуляции процесса старения». Cell Mol Life Sci . 72 (20): 3897–914. DOI : 10.1007 / s00018-015-1978-z . PMID 26118662 . S2CID 14310267 .  
  17. ^ Мюллюль R, Majamaa К, Günzler В, Hanauske-Абель НМ, Kivirikko КИ (май 1984 г.). «Аскорбат расходуется стехиометрически в несвязанных реакциях, катализируемых пролил-4-гидроксилазой и лизилгидроксилазой» . J. Biol. Chem . 259 (9): 5403–5405. DOI : 10.1016 / S0021-9258 (18) 91023-9 . PMID 6325436 . 
  18. ^ Flashman E, Davies SL, Йео KK, Шофилд CJ (март 2010). «Изучение зависимости индуцируемого гипоксией фактора гидроксилаз (фактор, ингибирующий HIF и домен 2 пролилгидроксилазы) от аскорбата и других восстановителей» (PDF) . Биохим. Дж . 427 (1): 135–142. DOI : 10.1042 / BJ20091609 . PMID 20055761 .  
  19. ^ Велфорд RW, Киркпатрик JM, McNeill LA, Puri M, Oldham NJ, Schofield CJ (сентябрь 2005 г.). «Включение кислорода в побочный продукт сукцината железа (II) и зависимых от 2-оксоглутарата оксигеназ из бактерий, растений и людей». FEBS Lett . 579 (23): 5170–5174. DOI : 10.1016 / j.febslet.2005.08.033 . hdl : 10536 / DRO / DU: 30019701 . PMID 16153644 . S2CID 11295236 .  
  20. ^ Grzyska PK, Appelman EH, Hausinger RP, Прошляков DA (март 2010). «Понимание механизма диоксигеназы железа путем разрешения шагов, следующих за FeIV = HO» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 107 (9): 3982–3987. DOI : 10.1073 / pnas.0911565107 . PMC 2840172 . PMID 20147623 .  
  21. ^ Tarhonskaya Н, Szöllössi А, Leung И.К., Буш Джей Ти, Генри L, R Чоудхури, Икбал А, Кларидж ТД, Шофилд CJ, Флэшмен Е (апрель 2014). «Исследования деацетоксицефалоспорин С-синтазы подтверждают консенсусный механизм для 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ». Биохимия . 53 (15): 2483–2493. DOI : 10.1021 / bi500086p . PMID 24684493 . 
  22. ^ МакДонох MA, Loenarz C, Чоудхури R, Клифтон IJ, Шофилд CJ (декабрь 2010). «Структурные исследования 2-оксоглутарат зависимых оксигеназ человека». Curr. Opin. Struct. Биол . 20 (6): 659–672. DOI : 10.1016 / j.sbi.2010.08.006 . PMID 20888218 . 
  23. ^ Клифтон IJ, McDonough MA, Ehrismann D, Kershaw NJ, Granatino N, Schofield CJ (апрель 2006 г.). «Структурные исследования 2-оксоглутарат оксигеназ и родственных двухцепочечных белков складки бета-спирали». J. Inorg. Биохим . 100 (4): 644–669. DOI : 10.1016 / j.jinorgbio.2006.01.024 . PMID 16513174 . 
  24. ^ Вы, Z .; Омура, S .; Ikeda, H .; Cane, DE; Джогл, Г. (2007). «Кристаллическая структура негемовой диоксигеназы железа PtlH в биосинтезе пенталенолактона» . J. Biol. Chem . 282 (2): 36552–60. DOI : 10.1074 / jbc.M706358200 . PMC 3010413 . PMID 17942405 .  
  25. ↑ McDonough MA, Li V, Flashman E, Chowdhury R, ​​Mohr C, Liénard BM, Zondlo J, Oldham NJ, Clifton IJ, Lewis J, McNeill LA, Kurzeja RJ, Hewitson KS, Yang E, Jordan S, Syed RS, Schofield CJ (июнь 2006 г.). «Клеточное зондирование кислорода: кристаллическая структура индуцируемого гипоксией фактора пролилгидроксилазы (PHD2)» . Proc. Natl. Акад. Sci. США . 103 (26): 9814–9819. Bibcode : 2006PNAS..103.9814M . DOI : 10.1073 / pnas.0601283103 . PMC 1502536 . PMID 16782814 .  
  26. ^ Чоудхури R, МакДонох М.А., Mecinović Дж, Loenarz С, Флэшмен Е, Hewitson К.С., Domene С, Шофилд CJ (июль 2009 г.). «Структурная основа связывания фактора, индуцируемого гипоксией, с чувствительными к кислороду пролилгидроксилазами». Структура . 17 (7): 981–989. DOI : 10.1016 / j.str.2009.06.002 . PMID 19604478 . 
  27. ↑ Chowdhury R, ​​Leung IK, Tian YM, Abboud MI, Ge W, Domene C, Cantrelle FX, Landrieu I, Hardy AP, Pugh CW, Ratcliffe PJ, Claridge TD, Schofield CJ (август 2016). «Структурная основа селективности домена деградации кислорода пролилгидроксилаз HIF» . Nat. Commun . 7 : 12673. Bibcode : 2016NatCo ... 712673C . DOI : 10.1038 / ncomms12673 . PMC 5007464 . PMID 27561929 .  
  28. Перейти ↑ William C, Nicholls L, Ratcliffe P, Pugh C, Maxwell P (2004). «Ферменты пролилгидроксилазы, которые действуют как кислородные сенсоры, регулирующие разрушение индуцируемого гипоксией фактора α». Адван. Enzyme Regul . 44 : 75–92. DOI : 10.1016 / j.advenzreg.2003.11.017 . PMID 15581484 . 
  29. ^ Роуч ЛП, Клифтон И.Я., Hensgens СМ, Шибата N, Шофилд CJ, Хайду Дж, Baldwin JE (июнь 1997 г.). «Структура изопенициллин-синтазы в комплексе с субстратом и механизм образования пенициллина». Природа . 387 (6635): 827–830. DOI : 10.1038 / 42990 . PMID 9194566 . S2CID 205032251 .  
  30. ^ Rose NR, МакДонох MA, King ON, КАВАМУРА A, Шофилд CJ (август 2011). «Ингибирование 2-оксоглутарат зависимых оксигеназ». Chem. Soc. Ред . 40 (8): 4364–4397. DOI : 10.1039 / c0cs00203h . PMID 21390379 . 
  31. ^ Yeh TL, Leissing TM, Abboud MI, Thinnes CC, Atasoylu O, Holt-Martyn JP, Zhang D, Tumber A, Lippl K, Lohans CT, Leung IK, Morcrette H, Clifton IJ, Claridge TD, Kawamura A, Flashman E , Лу Х, Рэтклифф П.Дж., Чоудхури Р., Пью К.В., Скофилд С.Дж. (сентябрь 2017 г.). «Молекулярные и клеточные механизмы ингибиторов пролилгидроксилазы HIF в клинических испытаниях» . Chem. Sci . 8 (11): 7651–7668. DOI : 10.1039 / C7SC02103H . PMC 5802278 . PMID 29435217 .  
  32. ↑ Hopkinson RJ, Tumber A, Yapp C, Chowdhury R, ​​Aik W, Che KH, Li XS, Kristensen JB, King ON, Chan MC, Yeoh KK, Choi H, Walport LJ, Thinnes CC, Bush JT, Lejeune C, Rydzik AM, Rose NR, Bagg EA, McDonough MA, Krojer T, Yue WW, Ng SS, Olsen L, Brennan PE, Oppermann U, Muller-Knapp S, Klose RJ, Ratcliffe PJ, Schofield CJ, Kawamura A (август 2013 г.). «5-Карбокси-8-гидроксихинолин представляет собой ингибитор 2-оксоглутаратоксигеназы широкого спектра действия, который вызывает транслокацию железа» . Chem. Sci . 4 (8): 3110–3117. DOI : 10.1039 / C3SC51122G . PMC 4678600 . PMID 26682036 .  
  33. ↑ Kwon HS, Choi YK, Kim JW, Park YK, Yang EG, Ahn DR (июль 2011 г.). «Ингибирование домена пролилгидроксилазы (PHD) пептидами-аналогами субстрата». Биоорг. Med. Chem. Lett . 21 (14): 4325–4328. DOI : 10.1016 / j.bmcl.2011.05.050 . PMID 21665470 . 
  34. ^ Sesti C, Симхович BZ, Kalvinsh I, Kloner RA (март 2006). «Милдронат, новый ингибитор окисления жирных кислот и антиангинальное средство, уменьшает размер инфаркта миокарда, не влияя на гемодинамику». Журнал сердечно-сосудистой фармакологии . 47 (3): 493–9. doi : 10.1097 / 01.fjc.0000211732.76668.d2 (неактивен 2021-01-10). PMID 16633095 . CS1 maint: DOI неактивен с января 2021 г. ( ссылка )
  35. ^ Лиепиньш E, Vilskersts R, Loca D, Кирьянова O, Pugovichs O, Kalvinsh I, Dambrova M (декабрь 2006). «Милдронат, ингибитор биосинтеза карнитина, вызывает увеличение содержания гамма-бутиробетаина и кардиопротекцию при изолированном инфаркте сердца крысы». Журнал сердечно-сосудистой фармакологии . 48 (6): 314–9. DOI : 10.1097 / 01.fjc.0000250077.07702.23 . PMID 17204911 . S2CID 1812127 .  
  36. ^ Hayashi Y, Kirimoto Т, Асака Н, Накано М, Тадзима К, Miyake Н, Н Матсуура (май 2000 г.). «Благоприятные эффекты MET-88, ингибитора гамма-бутиробетаингидроксилазы у крыс с сердечной недостаточностью после инфаркта миокарда». Европейский журнал фармакологии . 395 (3): 217–24. DOI : 10.1016 / S0014-2999 (00) 00098-4 . PMID 10812052 . 
  37. ^ Mbenza Н.М., Vadakkedath PG, McGillivray DJ, Leung IK (декабрь 2017). «ЯМР исследования негемных Fe (II) и 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ». J. Inorg. Биохим . 177 : 384–394. DOI : 10.1016 / j.jinorgbio.2017.08.032 . PMID 28893416 . 
  38. ^ Леунг И.К., Деметриадес М., Харди А.П., Лежен С., Смарт Т.Дж., Сёллёсси А., Кавамура А., Скофилд С.Дж., Claridge TD (январь 2013 г.). «Метод ЯМР-скрининга репортерного лиганда для ингибиторов 2-оксоглутаратоксигеназы» . J. Med. Chem . 56 (2): 547–555. DOI : 10.1021 / jm301583m . PMC 4673903 . PMID 23234607 .  
  39. Перейти ↑ Leung IK, Flashman E, Yeoh KK, Schofield CJ, Claridge TD (январь 2010 г.). «Использование ЯМР-растворителя для релаксации воды для исследования взаимодействий связывания металлофермента и лиганда». J. Med. Chem . 53 (2): 867–875. DOI : 10.1021 / jm901537q . PMID 20025281 . 
  40. ^ Хан А., Лесняк Р.К., Брем Дж., Рыдзик А.М., Чой Х, Люнг И.К., Макдоноу М.А., Шофилд С.Дж., Claridge TD (февраль 2017 г.) «Разработка и применение скрининговых анализов ЯМР на основе лигандов для γ-бутиробетаингидроксилазы» . Med. Chem. Commun . 7 (5): 873–880. DOI : 10.1039 / C6MD00004E .
  41. ^ Гопкинсона RJ Хамед RB, Rose NR, Claridge TD, Шофилд CJ (март 2010). «Мониторинг активности 2-оксоглутарат-зависимых гистоновых деметилаз с помощью ЯМР-спектроскопии: прямое наблюдение формальдегида». ChemBioChem . 11 (4): 506–510. DOI : 10.1002 / cbic.200900713 . PMID 20095001 . S2CID 42994868 .  
  42. ^ Поппе л, Tegley СМ, Ли В, Льюис Дж, Zondlo Дж, Ян Е, Kurzeja RJ, Сайед R (ноябрь 2009 г.). «Различные способы связывания ингибитора с пролилгидроксилазой при совместном использовании рентгеновской кристаллографии и ЯМР-спектроскопии парамагнитных комплексов» . Варенье. Chem. Soc . 131 (46): 16654–16655. DOI : 10.1021 / ja907933p . PMID 19886658 . 
  43. ^ Bleijlevens В, Shivarattan Т, Флэшмен Е, Ян Y, Симпсон PJ, Коивисто Р, Седгвик В, Шофилд CJ, Мэттьюз SJ (сентябрь 2008). «Динамические состояния фермента репарации ДНК AlkB регулируют высвобождение продукта» . EMBO Rep . 9 (9): 872–877. DOI : 10.1038 / embor.2008.120 . PMC 2529343 . PMID 18617893 .  
  44. ^ Flashman E, Бэгг Е.А., Чоудхури R, Mecinović J, Loenarz C, МакДонох MA, Hewitson KS Шофилд CJ (февраль 2008). «Кинетическое обоснование селективности в отношении субстратов N- и C-концевых кислородзависимых доменов деградации, опосредованных петлевой областью пролилгидроксилаз индуцируемого гипоксией фактора» . J. Biol. Chem . 283 (7): 3808–3815. DOI : 10.1074 / jbc.M707411200 . PMID 18063574 . S2CID 34893579 .  
  45. ^ Деметриадес М., Люнг И.К., Чоудхури Р., Чан М.С., Макдонау М.А., Йео К.К., Тиан Ю.М., Кларидж Т.Д., Рэтклифф П.Дж., Вун ЕС, Скофилд С.Дж. (июль 2012 г.). «Динамическая комбинаторная химия с использованием бороновых кислот / эфиров бороната приводит к сильным ингибиторам оксигеназы». Энгью. Chem. Int. Эд . 51 (27): 6672–6675. DOI : 10.1002 / anie.201202000 . PMID 22639232 . 
  46. ^ Mecinović J, Chowdhury R, ​​Liénard BM, Flashman E, Buck MR, Oldham NJ, Schofield CJ (апрель 2008 г.). «Исследования ESI-MS на пролилгидроксилазном домене 2 выявили новый сайт связывания металла». ChemMedChem . 3 (4): 569–572. DOI : 10.1002 / cmdc.200700233 . PMID 18058781 . S2CID 37628097 .  
  47. ^ Стаббс CJ, Loenarz С, Mecinović Дж, Иеох К.К., Хиндли N, Льенара БМ, Sobott Ж, Шофилд CJ, Флэшмен E (май 2009 г.). «Применение метода протеолиза / масс-спектрометрии для исследования влияния ингибиторов на структуру гидроксилазы». J. Med. Chem . 52 (9): 2799–2805. DOI : 10.1021 / jm900285r . PMID 19364117 . 
  48. ^ Прошляков Д.А., Маккракен Дж., Хаусингер Р.П. (апрель 2016 г.). «Спектроскопический анализ 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ: TauD в качестве примера» . J. Biol. Неорг. Chem . 22 (2–3): 367–379. DOI : 10.1007 / s00775-016-1406-3 . PMC 5352539 . PMID 27812832 .  
  49. ↑ McNeill LA, Bethge L, Hewitson KS, Schofield CJ (январь 2005 г.). «Анализ на основе флуоресценции для 2-оксоглутарат-зависимых оксигеназ». Анальный. Биохим . 336 (1): 125–131. DOI : 10.1016 / j.ab.2004.09.019 . PMID 15582567 . 
  50. ^ Ло L, Паппаларди MB, Tummino PJ, Copeland RA, Fraser ME, Grzyska PK, Hausinger RP (июнь 2006). «Анализ Fe (II) / 2-оксоглутарат-зависимых диоксигеназ с помощью ферментативного обнаружения образования сукцината». Анальный. Биохим . 353 (1): 69–74. DOI : 10.1016 / j.ab.2006.03.033 . PMID 16643838 . 
  51. ^ Rydzik AM, Leung IK, Кочан GT, Thalhammer A, Oppermann U, Claridge TD, Шофилд CJ (июль 2012). «Разработка и применение флуоресцентного анализа на основе обнаружения фторидов для γ-бутиробетаингидроксилазы». ChemBioChem . 13 (11): 1559–1563. DOI : 10.1002 / cbic.201200256 . PMID 22730246 . S2CID 13956474 .  
  52. ^ Хуанг CW, Лю ХК, Шен CP, Чен Ю.Т., Ли SJ, Ллойд MD, Ли Х.Дж. (май 2016 г.). «Различные каталитические роли металлсвязывающих лигандов в человеческой 4-гидроксифенилпируватдиоксигеназе» (PDF) . Биохим. Дж . 473 (9): 1179–1189. DOI : 10.1042 / BCJ20160146 . PMID 26936969 .  
  53. ^ Флэгг SC, Martin CB, Taabazuing CY, Холмс ВЕ, Кнапп MJ (август 2012). «Скрининг ингибиторов хелатирования HIF-пролилгидроксилазы домена 2 (PHD2) и фактора, ингибирующего HIF (FIH)» . J. Inorg. Биохим . 113 : 25–30. DOI : 10.1016 / j.jinorgbio.2012.03.002 . PMC 3525482 . PMID 22687491 .  
  54. ^ Канлифф CJ, Франклин TJ, Гаскелл RM (декабрь 1986). «Анализ пролил-4-гидроксилазы хроматографическим определением [14C] янтарной кислоты на ионообменных мини-колонках» . Биохим. Дж . 240 (2): 617–619. DOI : 10.1042 / bj2400617 . PMC 1147460 . PMID 3028379 .  
  55. ^ Ehrismann D, E Flashman, Genn Д.Н., Mathioudakis N, Hewitson KS, Ratcliffe PJ, Шофилд CJ (январь 2007). «Исследования активности гидроксилаз фактора, индуцируемого гипоксией, с использованием анализа потребления кислорода» . Биохим. Дж . 401 (1): 227–234. DOI : 10.1042 / BJ20061151 . PMC 1698668 . PMID 16952279 .