Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Сшитая ДНК извлечена из 4000-летней печени древнеегипетского жреца Нехт-Анха.

Древняя ДНК (аДНК) - это ДНК, выделенная из древних образцов . [1] [2] Из-за процессов деградации (включая перекрестное связывание , дезаминирование и фрагментацию ) древняя ДНК более разрушается по сравнению с современным генетическим материалом. [3] Даже при наилучших условиях сохранности существует верхняя граница 0,4–1,5 миллиона лет для образца, чтобы содержать достаточно ДНК для технологий секвенирования. [4] Генетический материал был извлечен из палео / археологических и исторических скелетных материалов, мумифицированткани, архивные коллекции незамерзших медицинских образцов, консервированные растительные остатки, лед и керны вечной мерзлоты , морские и озерные отложения и грязь раскопок .

История древних исследований ДНК [ править ]

1980-е [ править ]

Первое исследование того, что впоследствии будет называться аДНК, было проведено в 1984 году, когда Расс Хигучи и его коллеги из Калифорнийского университета в Беркли сообщили, что следы ДНК от музейного экземпляра квагги не только остались в образце более 150 лет спустя. смерть человека, но может быть извлечена и секвенирована. [5] В течение следующих двух лет, проводя исследования естественных и искусственно мумифицированных образцов, Сванте Паабо подтвердил, что это явление не ограничивается относительно недавними музейными образцами, но, по-видимому, может быть воспроизведено в ряде мумифицированных человеческих образцов, датируемых еще несколько тысяч лет. [6] [7] [8]

Трудоемкие процессы, которые требовались в то время для секвенирования такой ДНК (посредством клонирования бактерий ), были эффективным тормозом в развитии области древней ДНК (аДНК). Однако с развитием полимеразной цепной реакции (ПЦР) в конце 1980-х эта область стала быстро развиваться. [9] [10] ПЦР-амплификация аДНК с двойным праймером (ПЦР с переходом) может приводить к сильно искаженным и неаутентичным артефактам последовательности. Стратегия вложенной ПЦР с множественными праймерами использовалась для преодоления этих недостатков.

1990-е [ править ]

Эпоха пост-ПЦР ознаменовала волну публикаций, поскольку многочисленные исследовательские группы заявили об успехе в выделении аДНК. Вскоре была опубликована серия невероятных открытий, в которых утверждалось, что подлинная ДНК может быть извлечена из образцов, которым миллионы лет, в области того, что Линдал (1993b) назвал допотопной ДНК. [11] Большинство таких заявлений было основано на извлечении ДНК организмов, сохраненных в янтаре . Насекомые, такие как пчелы без жала, [12] [13] термиты, [14] и лесные мошки, [15] [ требуется полная ссылка ], а также растения [16] и бактерии [17]Считается, что последовательности были извлечены из доминиканского янтаря, датируемого эпохой олигоцена . Еще более старые источники ливанских долгоносиков в янтаре , относящиеся к эпохе мелового периода, как сообщается, также дали подлинную ДНК. [18] Заявления об извлечении ДНК не ограничивались янтарем.

Были опубликованы сообщения о нескольких сохранившихся отложениях остатков растений, датируемых миоценом . [19] [20] Затем в 1994 году Woodward et al. сообщил о том, что на тот момент называлось самыми захватывающими результатами на сегодняшний день [21] - последовательностями митохондриального цитохрома b, которые, по-видимому, были извлечены из костей динозавров, датируемых более 80 миллионами лет назад. Когда в 1995 году еще два исследования сообщили о последовательностях ДНК динозавров, извлеченных из мелового яйца [22] [23], казалось, что эта область произведет революцию в знаниях об эволюционном прошлом Земли. Даже этот необычный возраст был отмечен заявленным извлечением из галита последовательностей галобактерий возрастом 250 миллионов лет .[24] [25]

Развитие лучшего понимания кинетики сохранения ДНК, рисков контаминации образцов и других усложняющих факторов привело к тому, что исследователи восприняли эти результаты более скептически. Многочисленные тщательные попытки воспроизвести многие из результатов не удалось, и все заявления десятилетия об аДНК возрастом в несколько миллионов лет будут отвергнуты как недостоверные. [26]

2000-е [ править ]

Амплификация с удлинением одного праймера была введена в 2007 году для устранения посмертных повреждений при модификации ДНК. [27] С 2009 года в области исследований аДНК произошла революция с введением гораздо более дешевых исследовательских методов. [28] Использование высокопроизводительных методов секвенирования следующего поколения (NGS) в области исследований древней ДНК было важным для реконструкции геномов древних или вымерших организмов. Метод подготовки библиотеки одноцепочечной ДНК (оцДНК) вызвал большой интерес у исследователей древней ДНК (аДНК). [29] [30]

В дополнение к этим техническим инновациям, в начале десятилетия в этой области начали разрабатываться лучшие стандарты и критерии для оценки результатов анализа ДНК, а также лучше понимать возможные подводные камни. [26] [31]

Проблемы и ошибки [ править ]

Процессы деградации [ править ]

Из-за процессов деградации (включая сшивание, дезаминирование и фрагментацию) древняя ДНК имеет более низкое качество по сравнению с современным генетическим материалом. [3] Характеристики повреждений и способность аДНК выживать во времени ограничивают возможные анализы и устанавливают верхний предел возраста успешных образцов. [3] Существует теоретическая корреляция между временем и деградацией ДНК, [32] хотя различия в условиях окружающей среды усложняют ситуацию. Маловероятно, что образцы, подвергшиеся воздействию различных условий, предсказуемо соответствуют однородному соотношению возраст-деградация. [33] Воздействие на окружающую среду может даже иметь значение после раскопок, поскольку скорость распада ДНК может увеличиваться, [34]особенно при нестабильных условиях хранения. [35] Даже при наилучших условиях хранения существует верхняя граница в 0,4–1,5 миллиона лет для образца, чтобы содержать достаточно ДНК для современных технологий секвенирования. [4]

Исследования распада митохондриальной и ядерной ДНК в костях моа смоделировали деградацию митохондриальной ДНК до средней длины в 1 пару оснований через 6 830 000 лет при температуре −5 ° C. [3] Кинетика распада была измерена в экспериментах по ускоренному старению, что еще раз продемонстрировало сильное влияние температуры и влажности хранения на распад ДНК. [36] Ядерная ДНК разлагается как минимум в два раза быстрее, чем мтДНК. Таким образом, ранние исследования, в которых сообщалось об извлечении гораздо более старой ДНК, например, из останков меловых динозавров , могли быть связаны с загрязнением образца.

Возрастное ограничение [ править ]

Критический обзор древней литературы по ДНК посредством развития этой области подчеркивает, что немногие исследования, проведенные примерно после 2002 года, преуспели в амплификации ДНК из останков старше нескольких сотен тысяч лет. [37] Повышенное понимание рисков загрязнения окружающей среды и исследования химической стабильности ДНК привели к обеспокоенности по поводу ранее опубликованных результатов. Позже утверждал ДНК динозавра было обнаружено, что человеческий Y-хромосома , [38] в то время как ДНК сообщили из инкапсулированных галобактерий была подвергнута критике на основании его сходства с современными бактериями, которые намеки на загрязнение. [31]Исследование 2007 года также предполагает, что эти образцы бактериальной ДНК, возможно, не сохранились с древних времен, но вместо этого могут быть продуктом долгосрочной низкоуровневой метаболической активности. [39]

аДНК может содержать большое количество посмертных мутаций , увеличивающихся со временем. Некоторые области полинуклеотида более восприимчивы к этой деградации, поэтому данные последовательности могут обходить статистические фильтры, используемые для проверки достоверности данных. [26] Из-за ошибок секвенирования следует проявлять большую осторожность при интерпретации размера популяции. [40] Замены в результате дезаминирования из цитозина остатков значительно более широко представлены в древних ДНК - последовательностей. Ошибочное кодирование C в T и G в A является причиной большинства ошибок. [41]

Загрязнение [ править ]

Еще одна проблема с образцами древней ДНК - это заражение ДНК современного человека и микробной ДНК (большая часть которой также является древней). [42] [43] В последние годы появились новые методы предотвращения возможного загрязнения образцов аДНК, в том числе проведение экстракции в экстремальных стерильных условиях с использованием специальных адаптеров для идентификации эндогенных молекул образца (по сравнению с теми, которые могли быть введены во время анализа) и применение биоинформатики к результирующим последовательностям на основе известных считываний в порядке приблизительной скорости заражения. [44]

Нечеловеческая аДНК [ править ]

Несмотря на проблемы, связанные с «допотопной» ДНК, в настоящее время опубликован широкий и постоянно увеличивающийся диапазон последовательностей аДНК для ряда таксонов животных и растений . Изученные ткани включают искусственно или естественно мумифицированные останки животных, [5] [45] кости, [46] [47] [48] [49] палеофекалии, [50] [51] образцы, консервированные спиртом, [52] остатки грызунов, [53] ] высушенные остатки растений [54] [55], а недавно и экстракция ДНК животных и растений непосредственно из образцов почвы . [56]

В июне 2013 года группа исследователей , включая Эск Виллерслевы , Маркус Томас Пий Гилберт и Орландо Лодовико~d из Центра Geogenetics , Музей естественной истории Дании в Университете Копенгагена , объявила , что они расшифровали ДНК в 560-780 тысяч года старая лошадь с использованием материала, извлеченного из кости ноги, найденной в вечной мерзлоте на территории Юкона в Канаде . [57] [58] [59] Немецкая группа ученых также сообщила в 2013 году о реконструированном митохондриальном геноме медведя Ursus deningeri.возрастом более 300 000 лет, что доказывает, что подлинная древняя ДНК может сохраняться в течение сотен тысяч лет вне вечной мерзлоты. [60] Последовательность ДНК еще более старой ядерной ДНК была обнаружена в 2021 году из сохранившихся в вечной мерзлоте зубов двух сибирских мамонтов , возраст которых превышает миллион лет. [61] [62]

В 2016 году исследователи измерили ДНК хлоропластов в кернах морских отложений и обнаружили ДНК диатомовых водорослей, возраст которой составляет 1,4 миллиона лет. [63] Эта ДНК имела период полураспада значительно дольше, чем в предыдущих исследованиях, до 15000 лет. Команда Киркпатрика также обнаружила, что ДНК распадалась только с периодом полураспада примерно до 100 тысяч лет, после чего она следовала более медленной, степенной скорости распада. [63]

Человеческая аДНК [ править ]

Из-за значительного антропологического , археологического и общественного интереса к человеческим останкам они привлекли значительное внимание сообщества ДНК. Существуют также более серьезные проблемы загрязнения, поскольку образцы принадлежат к тому же виду, что и исследователи, собирающие и оценивающие образцы.

Источники [ править ]

Из-за морфологической сохранности мумий во многих исследованиях 1990-х и 2000-х годов мумифицированные ткани использовались в качестве источника древней ДНК человека. Примеры включают в себя как экземпляры, сохранившиеся естественным образом, например, сохранившиеся во льду, такие как Эци-Ледяной человек , [64] или путем быстрого высыхания , такие как высотные мумии из Анд, [8] [65], так и различные источники искусственно сохраненных тканей (например, химически обработанные мумии Древнего Египта). [66] Однако мумифицированные останки - ограниченный ресурс. Большинство исследований аДНК человека были сосредоточены на извлечении ДНК из двух источников, которые гораздо чаще встречаются в археологических записях.- кость и зубы . Кость, которая чаще всего используется для извлечения ДНК, - это каменистая кость, поскольку ее плотная структура обеспечивает хорошие условия для сохранения ДНК. [67] Несколько других источников также дали ДНК, в том числе палеофекалии , [68] и волосы . [69] [70] Загрязнение остается серьезной проблемой при работе с древним человеческим материалом.

ДНК древнего патогена была успешно извлечена из образцов, которым более 5000 лет у людей и 17000 лет назад у других видов. В дополнение к обычным источникам мумифицированной ткани, костей и зубов, в таких исследованиях также был изучен ряд других образцов тканей, включая кальцинированную плевру , [71] ткань, залитую парафином , [72] [73] и ткань, закрепленную формалином . [74] Были разработаны эффективные вычислительные инструменты для анализа аДНК патогенов и микроорганизмов в малом (QIIME [75] ) и большом масштабе (FALCON [76] ).

Результаты [ править ]

Тем не менее, предприняв профилактические меры против такого заражения, в исследовании 2012 года были проанализированы образцы костей группы неандертальцев в пещере Эль-Сидрон, и были обнаружены новые идеи о потенциальном родстве и генетическом разнообразии на основе аДНК. [77] В ноябре 2015, ученые сообщили об обнаружении 110 000-летние зуб , содержащих ДНК из Денисовского человека hominin , Ан вымерших видов из человека в роду Homo . [78] [79]

Исследование сделало население Евразии более сложным. Он также выявил новую информацию о связях между предками выходцев из Центральной Азии и коренными народами Америки. В Африке более старая ДНК быстро деградирует из-за более теплого тропического климата, хотя в сентябре 2017 года были обнаружены образцы древней ДНК возрастом 8100 лет. [80]

Более того, древняя ДНК помогла исследователям оценить расхождение современного человека. [81] Секвенировав африканские геномы трех охотников-собирателей каменного века (2000 лет) и четырех фермеров железного века (300-500 лет), Шлебуш и его коллеги смогли отодвинуть дату самого раннего расхождения между человеческими популяциями до 350 000 до 260 000 лет назад.

Исследователи, специализирующиеся на древней ДНК [ править ]

  • Алан Купер
  • Кирстен Бос
  • Иоахим Бургер
  • М. Томас П. Гилберт
  • Йоханнес Краузе
  • Сванте Паабо
  • Хендрик Пойнар
  • Дэвид Райх
  • Бет Шапиро
  • Марк Г. Томас
  • Эске Виллерслев
  • Карлес Лалуэса-Фокс

См. Также [ править ]

  • Геномика древних патогенов
  • Древний белок
  • Археогенетика
  • Экологическая ДНК
  • Список мумий, проверенных на ДНК
  • Молекулярная палеонтология
  • Палеогенетика

Ссылки [ править ]

  1. ^ Певзнер J (2015). Биоинформатика и функциональная геномика (3-е изд.). Вили-Блэквелл. ISBN 978-1118581780.
  2. Перейти ↑ Jones M (2016). Открывая прошлое: как археологи переписывают историю человечества с помощью древней ДНК . Аркада. ISBN 978-1628724479.
  3. ^ a b c d Allentoft ME, Коллинз М., Харкер Д., Хейл Дж., Оскам К.Л., Хейл М.Л. и др. (Декабрь 2012 г.). «Период полураспада ДНК в кости: измерение кинетики распада в 158 датированных окаменелостях» . Ход работы. Биологические науки . 279 (1748): 4724–33. DOI : 10.1098 / rspb.2012.1745 . PMC 3497090 . PMID 23055061 .  
  4. ^ a b Виллерслев Э., Хансен А.Дж., Рённ Р., Бранд ТБ, Барнс I, Вьюф С. и др. (Январь 2004 г.). «Долгосрочная устойчивость бактериальной ДНК» (PDF) . Текущая биология . 14 (1): R9-10. DOI : 10.1016 / j.cub.2003.12.012 . PMID 14711425 . S2CID 12227538 .   
  5. ^ a b Хигучи Р., Боуман Б., Фрейбергер М., Райдер О.А., Уилсон А.С. (1984). «Последовательности ДНК квагги, вымершего члена семейства лошадиных». Природа . 312 (5991): 282–4. Bibcode : 1984Natur.312..282H . DOI : 10.1038 / 312282a0 . PMID 6504142 . S2CID 4313241 .  
  6. ^ Pääbo S (1985a). «Сохранение ДНК в древнеегипетских мумиях». J. Archaeol. Sci . 12 (6): 411–17. DOI : 10.1016 / 0305-4403 (85) 90002-0 .
  7. ^ Pääbo S (1985b). «Молекулярное клонирование ДНК древнеегипетской мумии». Природа . 314 (6012): 644–5. Bibcode : 1985Natur.314..644P . DOI : 10.1038 / 314644a0 . PMID 3990798 . S2CID 1358295 .  
  8. ^ а б Пэабо S (1986). «Молекулярно-генетические исследования останков древнего человека». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии . 51 Пет 1: 441–6. DOI : 10.1101 / SQB.1986.051.01.053 . PMID 3107879 . 
  9. ^ Маллис KB, Faloona FA (1987). «Специфический синтез ДНК in vitro с помощью цепной реакции, катализируемой полимеразой» . Методы в энзимологии . 155 : 335–50. DOI : 10.1016 / 0076-6879 (87) 55023-6 . ISBN 978-0-12-182056-5. PMID  3431465 .
  10. ^ Сайки Р.К., Гельфанд Д.Х., Стоффель С., Шарф С.Дж., Хигучи Р., Хорн Г.Т. и др. (Январь 1988 г.). «Праймер-направленная ферментативная амплификация ДНК с термостабильной ДНК-полимеразой». Наука . 239 (4839): 487–91. Bibcode : 1988Sci ... 239..487S . DOI : 10.1126 / science.239.4839.487 . PMID 2448875 . 
  11. ↑ Lindahl T (октябрь 1993 г.). «Восстановление допотопной ДНК» . Природа . 365 (6448): 700. Bibcode : 1993Natur.365..700L . DOI : 10.1038 / 365700a0 . PMID 8413647 . S2CID 4365447 .  
  12. ^ Cano RJ, Пойнар H, Пойнар Jr GO (1992a). «Выделение и частичная характеристика ДНК пчелы Problebeia dominicana (Apidae: Hymenoptera) в янтаре возрастом 25–40 миллионов лет». Med Sci Res . 20 : 249–51.
  13. ^ Cano RJ, Пойнар HN, Roubik DW, Пойнар Jr GO (1992b). «Ферментативная амплификация и нуклеотидное секвенирование частей гена 18S рРНК пчелы Problebeia dominicana (Apidae: Hymenoptera), выделенной из доминиканского янтаря возрастом 25–40 миллионов лет». Med Sci Res . 20 : 619–22.
  14. Перейти ↑ Matson, E., Ottesen, E., & Leadbetter, J. (2007). Извлечение ДНК из кишечных микробов термитов (Zootermopsis nevadensis). Журнал визуализированных экспериментов: JoVE , (4), 195. https://doi.org/10.3791/195
  15. ^ ДеСалле, Роб; Гримальди, Дэвид (1994). «Очень старая ДНК» . Текущее мнение в области генетики и развития . 4 (6): 810–815. DOI : 10.1016 / 0959-437X (94) 90064-7 .
  16. Перейти ↑ Poinar H, Cano R, Poinar G (1993). «ДНК вымершего растения» . Природа . 363 (6431): 677. Bibcode : 1993Natur.363..677P . DOI : 10.1038 / 363677a0 . S2CID 4330200 . 
  17. ^ Cano RJ, Borucki MK, Higby-Швейцер M, Пойнар HN, Пойнар Jr GO, Поллард KJ (1994). "ДНК Bacillus в ископаемых пчелах: древний симбиоз?" . Appl Environ Microbiol . 60 (6): 2164–67. DOI : 10.1128 / aem.60.6.2164-2167.1994 . PMC 2016 18 . PMID 8031102 .  
  18. ^ Кано, Рауль Дж .; Пойнар, Херидрик Н .; Pieniazek, Norman J .; Акра, Афтим; Пойнар, Джордж О. (июнь 1993 г.). «Амплификация и секвенирование ДНК долгоносика, которому 120–135 миллионов лет» . Природа . 363 (6429): 536–538. DOI : 10.1038 / 363536a0 . ISSN 0028-0836 . 
  19. ^ Golenberg EM (сентябрь 1991). «Амплификация и анализ ископаемой ДНК миоценовых растений». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки . 333 (1268): 419–26, обсуждение 426–7. DOI : 10.1098 / rstb.1991.0092 . PMID 1684052 . 
  20. ^ Golenberg Е.М., Giannasi ДЕ, Клегг МТ, Смайли CJ, Дарбина М, Хендерсон Д, Zurawski С (апрель 1990 г.). «Последовательность ДНК хлоропласта из миоценовых видов магнолии». Природа . 344 (6267): 656–8. Bibcode : 1990Natur.344..656G . DOI : 10.1038 / 344656a0 . PMID 2325772 . S2CID 26577394 .  
  21. ^ Вудворд С.Р., штат Нью - Джерси Weyand, Баннелл М (ноябрь 1994 года). «Последовательность ДНК из фрагментов костей мелового периода». Наука . 266 (5188): 1229–32. Bibcode : 1994Sci ... 266.1229W . DOI : 10.1126 / science.7973705 . PMID 7973705 . 
  22. ^ CC, Li Y, Чжу YX (1995). «Молекулярное клонирование и секвенирование рДНК 18S из специализированных окаменелостей яиц динозавров, найденных в Xixia Henan, Китай». Acta Sci Nat Univ Pekinensis . 31 : 140–47.
  23. ↑ Li Y, An CC, Zhu YX (1995). «Выделение ДНК и анализ последовательности ДНК динозавров из яиц мелового динозавра в Сися Хэнань, Китай». Acta Sci Nat Univ Pekinensis . 31 : 148–52.
  24. ^ Vreeland RH, Розенцвейг WD, Пауэрс DW (октябрь 2000). «Выделение галотолерантной бактерии возрастом 250 миллионов лет из первичного кристалла соли». Природа . 407 (6806): 897–900. Bibcode : 2000Natur.407..897V . DOI : 10.1038 / 35038060 . PMID 11057666 . S2CID 9879073 .  
  25. ^ Рыба SA, Shepherd TJ, McGenity TJ, Грант WD (май 2002). «Извлечение фрагментов гена 16S рибосомальной РНК из древнего галита». Природа . 417 (6887): 432–6. Bibcode : 2002Natur.417..432F . DOI : 10.1038 / 417432a . PMID 12024211 . S2CID 4423309 .  
  26. ^ a b c Паабо С., Пойнар Х., Серр Д., Янике-Депре В., Хеблер Дж., Роланд Н. и др. (2004). «Генетический анализ древней ДНК» (PDF) . Ежегодный обзор генетики . 38 (1): 645–79. DOI : 10.1146 / annurev.genet.37.110801.143214 . PMID 15568989 . Архивировано из оригинального (PDF) 17 декабря 2008 года.  
  27. ^ Бротертон Р, Р Эндикот, Санчес JJ, Бомонт М, Барнетта R, Остин Дж, Купер (2007). «Новая характеристика древней ДНК с высоким разрешением показывает, что события модификации оснований C> U-типа являются единственной причиной посмертных повреждений с неправильным кодированием» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (17): 5717–28. DOI : 10.1093 / NAR / gkm588 . PMC 2034480 . PMID 17715147 .  
  28. ^ Рейх 2018 .
  29. ^ Уэльс Н., Карё С., Сандовал-Веласко М., Гамба С., Барнетт Р., Саманьего Дж. А. и др. (Декабрь 2015 г.). «Новые взгляды на подготовку библиотеки одноцепочечной ДНК по сравнению с двухцепочечной ДНК для древней ДНК» . Биотехнологии . 59 (6): 368–71. DOI : 10.2144 / 000114364 . PMID 26651516 . 
  30. ^ Беннет Е.А., Massilani D, G Лизо, Daligault Дж, Geigl Е.М., Grange Т (июнь 2014). «Создание библиотеки для древней геномики: однониточная или двунитная?» . Биотехнологии . 56 (6): 289–90, 292–6, 298, passim. DOI : 10.2144 / 000114176 . PMID 24924389 . 
  31. ^ a b Николлс H (февраль 2005 г.). «Древняя ДНК достигает зрелости» . PLOS Биология . 3 (2): e56. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0030056 . PMC 548952 . PMID 15719062 .  
  32. ^ Hebsgaard MB, Phillips MJ, Виллерслев E (май 2005). «Геологически древняя ДНК: факт или артефакт?». Тенденции в микробиологии . 13 (5): 212–20. DOI : 10.1016 / j.tim.2005.03.010 . PMID 15866038 . 
  33. ^ Hansen AJ, Mitchell DL, Wiuf C, Paniker L, Brand TB, Binladen J и др. (Июнь 2006 г.). «Сшивки, а не разрывы цепей определяют доступ к древним последовательностям ДНК из замороженных отложений» . Генетика . 173 (2): 1175–9. DOI : 10.1534 / genetics.106.057349 . PMC 1526502 . PMID 16582426 .  
  34. ^ Pruvost M, Schwarz R, Correia VB, Champlot S, Braguier S, Morel N и др. (Январь 2007 г.). «Свежевыкопанные ископаемые кости лучше всего подходят для усиления древней ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (3): 739–44. Bibcode : 2007PNAS..104..739P . DOI : 10.1073 / pnas.0610257104 . PMC 1783384 . PMID 17210911 .  
  35. ↑ Burger J, Hummel S, Hermann B, Henke W (июнь 1999 г.). «Сохранение ДНК: исследование микросателлитной ДНК на останках древних скелетов». Электрофорез . 20 (8): 1722–8. DOI : 10.1002 / (sici) 1522-2683 (19990101) 20: 8 <1722 :: help-elps1722> 3.0.co; 2-4 . PMID 10435438 . 
  36. ^ Грасс Р.Н., Хеккель R, Puddu М, Пэунеску D, Старк WJ (февраль 2015). «Надежное химическое сохранение цифровой информации о ДНК в диоксиде кремния с кодами, исправляющими ошибки». Angewandte Chemie . 54 (8): 2552–5. DOI : 10.1002 / anie.201411378 . PMID 25650567 . 
  37. ^ Willerslev E, Hansen AJ, Binladen J, Brand TB, Gilbert MT, Shapiro B и др. (Май 2003 г.). «Разнообразные генетические записи растений и животных из отложений голоцена и плейстоцена». Наука . 300 (5620): 791–5. Bibcode : 2003Sci ... 300..791W . DOI : 10.1126 / science.1084114 . PMID 12702808 . S2CID 1222227 .  
  38. ^ Zischler Н, Гесс М, Handt О, фон Haeseler А, ван - дер - Kuyl AC, Гаудсмит J (май 1995 г.). «Обнаружение ДНК динозавров» . Наука . 268 (5214): 1192–3, ответ автора 1194. Bibcode : 1995Sci ... 268.1191B . DOI : 10.1126 / science.7605504 . PMID 7605504 . 
  39. ^ Джонсон SS, Hebsgaard MB, Christensen TR, Mastepanov M, Nielsen R, Munch K и др. (Сентябрь 2007 г.). «Древние бактерии демонстрируют доказательства восстановления ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (36): 14401–5. Bibcode : 2007PNAS..10414401J . DOI : 10.1073 / pnas.0706787104 . PMC 1958816 . PMID 17728401 .  
  40. ^ Джонсон PL, Слаткин M (январь 2008). «Учет систематической ошибки из-за ошибки секвенирования в генетических оценках популяций» (Полный текст) . Молекулярная биология и эволюция . 25 (1): 199–206. DOI : 10.1093 / molbev / msm239 . PMID 17981928 .  
  41. ^ Briggs AW, Stenzel U, Johnson PL, Green RE, Kelso J, Prüfer K и др. (Сентябрь 2007 г.). «Паттерны повреждений геномных последовательностей ДНК неандертальца» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (37): 14616–21. Bibcode : 2007PNAS..10414616B . DOI : 10.1073 / pnas.0704665104 . PMC 1976210 . PMID 17715061 .  
  42. ^ Gansauge MT, Meyer M (сентябрь 2014). «Селективное обогащение поврежденных молекул ДНК для секвенирования древнего генома» . Геномные исследования . 24 (9): 1543–9. DOI : 10.1101 / gr.174201.114 . PMC 4158764 . PMID 25081630 .  
  43. ^ Пратас Д., Хоссейни М., Грило Г., Пинхо А.Дж., Сильва Р.М., Каэтано Т. и др. (Сентябрь 2018 г.). "Анализ метагеномного состава древней секвенированной челюстной кости белого медведя со Свальбарда" . Гены . 9 (9): 445. DOI : 10.3390 / genes9090445 . PMC 6162538 . PMID 30200636 .  
  44. ^ Слаткин M, Racimo F (июнь 2016). «Древняя ДНК и история человечества» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (23): 6380–7. DOI : 10.1073 / pnas.1524306113 . PMC 4988579 . PMID 27274045 .  
  45. ↑ Thomas RH, Schaffner W, Wilson AC, Pääbo S (август 1989 г.). «ДНК-филогения вымершего сумчатого волка». Природа . 340 (6233): 465–7. Bibcode : 1989Natur.340..465T . DOI : 10.1038 / 340465a0 . PMID 2755507 . S2CID 4310500 .  
  46. ^ Hagelberg E, Sykes B, Hedges R (ноябрь 1989). «Древняя костная ДНК усилена». Природа . 342 (6249): 485. Bibcode : 1989Natur.342..485H . DOI : 10.1038 / 342485a0 . PMID 2586623 . S2CID 13434992 .  
  47. ↑ Cooper A, Mourer-Chauviré C, Chambers GK, von Haeseler A, Wilson AC, Pääbo S (сентябрь 1992 г.). «Независимое происхождение новозеландских моа и киви» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (18): 8741–4. Bibcode : 1992PNAS ... 89.8741C . DOI : 10.1073 / pnas.89.18.8741 . PMC 49996 . PMID 1528888 .  
  48. ^ Hagelberg Е, Томас М., Кук CE, Sher А.В., Барышников Г.Ф., Lister AM (август 1994). «ДНК из костей древнего мамонта». Природа . 370 (6488): 333–4. Bibcode : 1994Natur.370R.333H . DOI : 10.1038 / 370333b0 . PMID 8047136 . S2CID 8694387 .  
  49. ^ Hanni С, Laudet В, D Stehelin, Taberlet Р (декабрь 1994). «Отслеживание происхождения пещерного медведя (Ursus spelaeus) путем секвенирования митохондриальной ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (25): 12336–40. Bibcode : 1994PNAS ... 9112336H . DOI : 10.1073 / pnas.91.25.12336 . PMC 45432 . PMID 7991628 .  
  50. ^ Пойнар HN, Hofreiter М, Сполдинг РГ, Мартин PS, Станкевич BA, Бленд H и др. (Июль 1998 г.). «Молекулярная копроскопия: навоз и рацион вымершего наземного ленивца Nothrotheriops shastensis». Наука . 281 (5375): 402–6. Bibcode : 1998Sci ... 281..402P . DOI : 10.1126 / science.281.5375.402 . PMID 9665881 . 
  51. ^ Hofreiter M, Пойнар HN, Сполдинг WG, Bauer K, Мартин PS, Possnert G, Pääbo S (декабрь 2000). «Молекулярный анализ питания наземного ленивца во время последнего оледенения». Молекулярная экология . 9 (12): 1975–84. DOI : 10.1046 / j.1365-294X.2000.01106.x . PMID 11123610 . 
  52. ^ Junqueira AC, AC Лессингер, Azeredo-Espin AM (март 2002). «Методы восстановления последовательностей митохондриальной ДНК из музейных образцов мух, вызывающих миаз» . Медицинская и ветеринарная энтомология . 16 (1): 39–45. DOI : 10,1046 / j.0269-283x.2002.00336.x . PMID 11963980 . 
  53. ^ Куч M, N Роланда, Бетанкур JL, Latorre C, Steppan S, Пойнар HN (май 2002). «Молекулярный анализ 11 700-летней кучи грызунов из пустыни Атакама, Чили». Молекулярная экология . 11 (5): 913–24. DOI : 10.1046 / j.1365-294X.2002.01492.x . PMID 11975707 . 
  54. ^ Goloubinoff P, S Pääbo, Wilson AC (март 1993). «Эволюция кукурузы на основе разнообразия последовательностей сегмента гена Adh2 из археологических образцов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 90 (5): 1997–2001. Bibcode : 1993PNAS ... 90.1997G . DOI : 10.1073 / pnas.90.5.1997 . PMC 46007 . PMID 8446621 .  
  55. ^ Dumolin-Lapègue S, Pemonge MH, Gielly L, Taberlet P, Petit RJ (декабрь 1999). «Амплификация ДНК дуба из древней и современной древесины». Молекулярная экология . 8 (12): 2137–40. DOI : 10.1046 / j.1365-294x.1999.00788.x . PMID 10632865 . 
  56. ^ Виллерслевы Е, Купер (январь 2005). «Древняя ДНК» . Ход работы. Биологические науки . 272 (1558): 3–16. DOI : 10.1098 / rspb.2004.2813 . PMC 1634942 . PMID 15875564 .  
  57. ↑ Эрика Чек Хайден (26 июня 2013 г.). «Первые лошади возникли 4 миллиона лет назад» . Природа. DOI : 10.1038 / nature.2013.13261 .
  58. ^ Ли JJ (7 ноября 2017 г.). «Самый старый в мире геном, полученный из ДНК лошади, возрастом 700 000 лет» . National Geographic . Проверено 19 мая 2019 года .
  59. ^ Орландо Л, Гинолхак А, Чжан Г, Фрозе Д., Альбрехтсен А, Стиллер М и др. (Июль 2013). «Перекалибровка эволюции Equus с использованием последовательности генома лошади раннего среднего плейстоцена». Природа . 499 (7456): 74–8. Bibcode : 2013Natur.499 ... 74O . DOI : 10,1038 / природа12323 . PMID 23803765 . S2CID 4318227 .  
  60. ^ Dabney J, Knapp M, Glocke I, Gansauge MT, Weihmann A, Nickel B и др. (Сентябрь 2013). «Полная последовательность митохондриального генома пещерного медведя среднего плейстоцена, реконструированная из ультракоротких фрагментов ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (39): 15758–63. Bibcode : 2013PNAS..11015758D . DOI : 10.1073 / pnas.1314445110 . PMC 3785785 . PMID 24019490 .  
  61. ↑ Хант, Кэти (17 февраля 2021 г.). «Самая старая ДНК в мире, полученная от мамонта, жившего более миллиона лет назад» . Новости CNN . Проверено 17 февраля 2021 года .
  62. ↑ Callaway, Ewen (17 февраля 2021 г.). «Геном мамонта, которому миллион лет, бьет рекорды по старейшей древней ДНК - сохранившиеся в вечной мерзлоте зубы возрастом до 1,6 миллиона лет позволяют идентифицировать новый вид мамонта в Сибири» . Природа . DOI : 10.1038 / d41586-021-00436-х . Проверено 17 февраля 2021 года .
  63. ^ a b Киркпатрик JB, Уолш EA, D'Hondt S (2016-07-08). «Устойчивость и распад ископаемой ДНК в морских отложениях в масштабах от сотни тысяч лет до миллиона лет» . Геология . 44 (8): 615–18. Bibcode : 2016Geo .... 44..615K . DOI : 10.1130 / g37933.1 . ISSN 0091-7613 . 
  64. ^ Handt O, Richards M, Trommsdorff M, Kilger C, Simanainen J, Georgiev O и др. (Июнь 1994 г.). «Молекулярно-генетический анализ тирольского ледяного человека». Наука . 264 (5166): 1775–8. Bibcode : 1994Sci ... 264.1775H . DOI : 10.1126 / science.8209259 . PMID 8209259 . 
  65. ^ Монтьель R, Malgosa A, Francalacci P (октябрь 2001). «Подтверждение подлинности митохондриальной ДНК древнего человека». Биология человека . 73 (5): 689–713. DOI : 10,1353 / hub.2001.0069 . PMID 11758690 . S2CID 39302526 .  
  66. ^ Hanni С, Laudet В, Coll - J, Stehelin D (июль 1994 года). «Необычный вариант последовательности митохондриальной ДНК из египетской мумии». Геномика . 22 (2): 487–9. DOI : 10.1006 / geno.1994.1417 . PMID 7806242 . 
  67. ^ Пинхаси Р., Фернандес Д., Сирак К., Новак М., Коннелл С., Альпаслан-Роденберг С. и др. (2015-06-18). «Оптимальные выходы древней ДНК из части внутреннего уха каменистой кости человека» . PLOS ONE . 10 (6): e0129102. Bibcode : 2015PLoSO..1029102P . DOI : 10.1371 / journal.pone.0129102 . PMC 4472748 . PMID 26086078 .  
  68. ^ Пойнар HN, Кучи М, Sobolik К.Д., Барнс Я, Станкевич А.Б., Кудер Т, и др. (Апрель 2001 г.). «Молекулярный анализ диетического разнообразия трех архаичных коренных американцев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (8): 4317–22. Bibcode : 2001PNAS ... 98.4317P . DOI : 10.1073 / pnas.061014798 . PMC 31832 . PMID 11296282 .  
  69. ^ Baker LE (2001). Гаплотип митохондриальной ДНК и анализ последовательности исторических образцов волосяного стержня чокто и меномини (кандидатская диссертация). Университет Теннесси, Ноксвилл.
  70. ^ Гилберт М.Т., Уилсон А.С., Банс М., Хансен А.Дж., Виллерслев Э., Шапиро Б. и др. (Июнь 2004 г.). «Древняя митохондриальная ДНК из волос» . Текущая биология . 14 (12): R463-4. DOI : 10.1016 / j.cub.2004.06.008 . PMID 15203015 . 
  71. ^ Донохью HD, Шпигельман M, Zias J, Gernaey-Child AM, Minnikin DE (1998). «Комплексная ДНК Mycobacterium tuberculosis в кальцинированной плевре из останков возрастом 1400 лет». Lett Appl Microbiol . 27 (5): 265–69. DOI : 10,1046 / j.1472-765x.1998.t01-8-00449.x . PMID 9830142 . 
  72. ^ Джексон П.Дж., Хью-Джонс М.Э., Адаир Д.М., Грин Дж., Хилл К.К., Куске С.Р. и др. (Февраль 1998 г.). «ПЦР-анализ образцов тканей от больных сибирской язвой 1979 г. Свердловской области: наличие множественных штаммов Bacillus anthracis у разных пострадавших» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (3): 1224–9. Bibcode : 1998PNAS ... 95.1224J . DOI : 10.1073 / pnas.95.3.1224 . PMC 18726 . PMID 9448313 .  
  73. ^ Basler CF, Reid AH, Dybing JK, Janczewski TA, Fanning TG, Zheng H и др. (Февраль 2001 г.). «Последовательность сегмента неструктурного гена (NS) вируса пандемического гриппа 1918 г. и характеристика рекомбинантных вирусов, несущих гены NS 1918 г.» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (5): 2746–51. Bibcode : 2001PNAS ... 98.2746B . DOI : 10.1073 / pnas.031575198 . PMC 30210 . PMID 11226311 .  
  74. ^ Таубенбергер JK, Reid AH, Крафт А.Е., Bijwaard KE, Фаннинг TG (март 1997). "Первоначальная генетическая характеристика" испанского "вируса гриппа 1918 года" . Наука . 275 (5307): 1793–6. DOI : 10.1126 / science.275.5307.1793 . PMID 9065404 . S2CID 8976173 .  
  75. ^ QIIME
  76. ^ Pratas D, Пиньо AJ, Сильва Р. М., Родригес Ю.М., Хоссеини М, Каэтано Т, Ferreira PJ (февраль 2018). «FALCON: метод определения метагеномного состава древней ДНК» . bioRxiv . DOI : 10.1101 / 267179 .
  77. ^ Лалуеза-Fox C, Росас А, де - ла - Rasilla M (январь 2012). «Палеогенетические исследования на неандертальском участке Эль-Сидрон». Анналы анатомии = Anatomischer Anzeiger . Спецвыпуск: Древняя ДНК. 194 (1): 133–7. DOI : 10.1016 / j.aanat.2011.01.014 . ЛВП : 10261/79609 . PMID 21482084 . 
  78. ↑ Zimmer C (16 ноября 2015 г.). «В зубе, ДНК очень старых кузенов, денисовцев» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 16 ноября 2015 года .
  79. ^ Sawyer S, Renaud G, Viola B, Hublin JJ, Gansauge MT, Shunkov MV и др. (Декабрь 2015 г.). «Последовательности ядерной и митохондриальной ДНК двух денисовцев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (51): 15696–700. Bibcode : 2015PNAS..11215696S . DOI : 10.1073 / pnas.1519905112 . PMC 4697428 . PMID 26630009 .  
  80. ↑ Zimmer C (21 сентября 2017 г.). «Ключи к загадочному прошлому Африки, найденные в древних скелетах» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 21 сентября 2017 года .
  81. ^ Schlebusch CM, Malmström H, Günther T, Sjödin P, Coutinho A, Edlund H, et al. (Ноябрь 2017 г.). «Древние геномы южной Африки оценивают расхождение современного человека от 350 000 до 260 000 лет назад» . Наука . 358 (6363): 652–655. Bibcode : 2017Sci ... 358..652S . DOI : 10.1126 / science.aao6266 . PMID 28971970 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Рейх Д. (2018). Кто мы и как мы сюда попали - древняя ДНК и новая наука о человеческом прошлом . Книги Пантеона . ISBN 978-1101870327.
  • Diamond J (20 апреля 2018 г.). «Совершенно новая версия нашей истории происхождения» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 23 апреля 2018 года .
  • Орландо Л. (2014). «Митохондриальный геном возрастом 400 000 лет ставит под сомнение филогенетические отношения между архаическими гомининами: с использованием последних достижений древней геномики была расшифрована последовательность митохондриального генома гоминина возрастом 400 000 лет» . BioEssays . 36 (6): 598–605. DOI : 10.1002 / bies.201400018 .

Внешние ссылки [ править ]

  • «Древняя ДНК» . Путешествие предков . Архивировано из оригинала 3 октября 2016 года.
  • Знаменитая мтДНК , isogg wiki
  • Древняя мтДНК , isogg wiki
  • Древняя ДНК , y-str.org
  • Свидетельства прошлого: карта и статус древних останков - образцы из США, здесь нет данных о последовательности.
  • «Раскрытие тайны мумии - с помощью ДНК» . Архивировано из оригинального 14 декабря 2009 - нет данных по YDNA, только мтДНК