Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Филогенетическое дерево, показывающее разнообразие бактерий, архей и эукариот. [1] Главным родословным выделены произвольные цвета и названия с хорошо описанными названиями родословных выделены курсивом. Линии, в которых отсутствует отдельный представитель, выделяются не курсивом и красными точками.

Типы бактерий составляют основные ветви домена Bacteria . В то время как точное определение бактериального типа обсуждается, популярное определение состоит в том, что бактериальный тип - это монофилетическая линия бактерий, чьи гены 16S рРНК имеют парную идентичность последовательностей ~ 75% или меньше с таковыми у представителей других бактериальных типов. [2]

Было подсчитано, что существует около 1300 типов бактерий. [2] По состоянию на май 2020 года 41 бактериальный тип официально принят LPSN , [3] 89 бактериальных типов признаны в базе данных Silva , еще десятки предложены, [4] [5] и сотни, вероятно, еще предстоит обнаружить. . [2] По состоянию на 2017 г. примерно 72% широко признанных бактериальных типов были кандидатными типами [6] (т.е. не имели культивируемых представителей).

Нет никаких фиксированных правил для номенклатуры бактериальных типов. Было предложено использовать суффикс «-бактерии» для слов типа.

Список бактериальных типов [ править ]

Ниже приводится список предложенных типов бактерий.

ТипАльтернативные названияГруппаКультурный представительЗаметки
10bav-F6 [7]Нет
Abawacabacteria [4] [8]РИФ46СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
Абдитибактериота [9]FBPДа [9]
Absconditabacteria [10] [8]SR1СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
1 ПБЯ [11]OD1-ABY1 [12]СЛР; ПаркубактерииНет
Ацетотермия [13]OP1
АцидобактерииДа [14]
АктинобактерииТеррабактерииДа [15]
Адлербактерии [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Аэрофобота / АэрофобетCD12, BHI80-139
Амесбактерии [16]СЛР; Патесибактерии;

Микрогеноматы

Нет
Андерсенбактерии [4]RIF9СЛР; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 4Нет
Арматимонадеты [13]OP10ТеррабактерииДа [17]
Аминиценанты [13]OP8
AncK6 [7]
Apal-E12 [7]
Атрибактерии [13]OP9, JS1Нет
Водные
Азамбактерии i [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНетраскол Anantharaman et al. …
Азамбактерии II [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет… (Октябрь 2016 г.) как полифилетический
BacteroidetesГруппа FCBда
Бальнеолаеота [18]да
Бделловибрионота
Beckwithbacteria [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Berkelbacteria [19] [8]ACD58СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямиНет
BHI80-139 [7]
Блэкбернбактерии [4]РИФ35СЛР; МикрогеноматыНет
Бреннербактерии [4] [8]РИФ18СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Браунбактерии [20]СЛР; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет
Бьюкененбактерии [4] [8]RIF37; Parcubacteria; Паркубактерии 1СЛРНет
Кальдизерика [13]OP5 [21]Группа FCBДа [22]
Calditrichaeota [23]CaldithrixГруппа FCB [24]
CalescamantesEM19
Бактерии Кэмпбелла [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 4Неткажутся полифилетическими: две клады
Хламидии [25]Группа ПВХ
ХлоробиГруппа FCB
ХлорофлексиТеррабактерии
Чизолмбактерии [4]РИФ36СЛР; МикрогеноматыНет
Chrysiogentes
Cloacimonetes [26]WWE1Группа FCB [24]
Coatesbacteria [4]RIF8Нет
Collierbacteria [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Колвеллбактерии [4] [8]РИФ41СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Curtissbacteria [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
CPR-1 [1]СЛРНет
CPR-3 [1]СЛРНет
ЦианобактерииТеррабактерии
Дадабактерии [27]Нет
Daviesbacteria [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Дельфибактерии [6]Группа FCBНет
Бактерии Делонг [4]РИФ26, Н-178Нет
Deferribacteres
Дейнококк – ТермусТеррабактерии
Dependentiae [28]TM6
Диктиогломи [29]
Дойкабактерии [8]WS6СЛР; СЛР, связанная с микрогеноматами
Dormibacteraeota [30]AD3Нет
Доуднабактерии [16] [8]SM2F11СЛР; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 1Нет
Edwardsbacteria [5] [4]РИФ29, УБП-2 [31]Нет
Эйзенбактерии [4]RIF28Группа FCBНет
Элузимикробия [13]OP7, группа термитов 1 (TG1) [21]Да [32]
Eremiobacteraeota [33] [30]WPS-2, Palusbacterota [34]Нет
Falkowbacteria [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Ферментибактерии [35]Hyd24-12Нет
Фертабактерии [6]СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
ФибробактерииГруппа FCB
Firestonebacteria [4]RIF1Нет
ФервидибактерииОктябрьSpa1-106
Fischerbacteria [4]РИФ25Нет
ФирмикутыТеррабактерии
Fraserbacteria [4]RIF31Нет
Фузобактерии
Гемматимонадетес [36]Группа FCB [24]Да [36]
Глассбактерии [4]RIF5Нет
Джованнонибактерии [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 4Нет
Gottesmanbacteria [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Грацилибактерии [37] [8]ГН02, БД1-5, СН-2СЛР; Патесибактерии; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
Грибальдобактерии [4] [8]СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Handelsmanbacteria [4]RIF27Нет
Harrisonbacteria [4] [8]РИФ43СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Howlettbacteria [8]СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямиНет
Hugbacteria [20]СЛР; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет
HydrogenedentesNKB19Нет
ИгнавибактерииZB1Группа FCB
Джексонбактерии [4] [8]RIF38СЛР; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Jorgensenbacteria [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Кайзербактерии [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Катанобактерии [38] [8]WWE3СЛР; Связанные с микрогеноматамиНет
Казанбактерии [8] [4]СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямиНет
Kerfeldbacteria [4] [8]RIF4СЛР; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Комейлибактерии [4] [8]RIF6СЛР; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нетиногда неправильно пишется как «Komelilbacteria» [4]
Криптония [39]Нет
KSB1Нет
Krumholzibacteriota [31]
Kuenenbacteria [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Лямбдапротеобактерии [4]РИФ24ПротеобактерииНет
ЛатесцибактерииWS3Группа FCB [24]Нет
LCP-89 [40]
LentisphaeraevadinBE97Группа ПВХ
Левибактерии [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Линдовбактерии [4]RIF2СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямиНет
Liptonbacteria [4] [8]РИФ42СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Lloydbacteria [4] [8]РИФ45СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Magasanikbacteria [16] [41] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Маргулисбактерии [4]РИФ30Нет
МаринимикробияSAR406, морская группа AГруппа FCB [24]да
Мелаинабактерии [42]Нет
Микрогеноматы [43]OP11СЛР; ПатесибактерииНетSuperphylum
Модулибактерии [37] [44]КСБ3, ГН06Нет
Moranbacteria [16] [8]OD1-i [16]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет
Мупротеобактерии [4]RIF23ПротеобактерииНет
NC10 [45] [11]Нет
Nealsonbacteria [4] [8]RIF40СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Нийогибактерии [4]РИФ11СЛР; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 4Нет
Nitrospinae [46]Да [47] [48]
Нитроспирыда
Номурабактерии [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Omnitrophica [13]OP3Группа ПВХНет
Пацебактерии [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Паркубактерии [10]OD1СЛРНетSuperphylum
Паркубактерии 1 [8]СЛР; ПаркубактерииНет
Паркубактерии 2 [8]СЛР; ПаркубактерииНет
Паркубактерии 3 [8]СЛР; ПаркубактерииНет
Parcubacteria 4 [8]СЛР; ПаркубактерииНет
Паркунитробактерии [49]СЛР; Parcubacteria; неклассифицированные Parcubacteria [50]НетSuperphylum
PAUC34f [51]ассоциированная с губкой неклассифицированная линия (SAUL)Группа FCB
Перегринибактерии [52] [53] [54] [55] [8]PERСЛР; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
Перибактерии [8]СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
ПланктомицетыГруппа ПВХ
Порибактерии [56]Группа ПВХ
Портнойбактерии [4]RIF22СЛР; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 4Нет
Протеобактерии
Раймондбактерии [4]RIF7Нет
Рифлебактерии [4]RIF32Нет
Roizmanbacteria [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Рокубактерии [27]Нет
Райанбактерии [4] [8]РИФ10СЛР; Parcubacteria; Parcubacteri 4-связанныеНет
Сахарибактерии [28] [8]TM7СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямида
Сальтатореллота [57]
Шекманбактерии [4]RIF3ПротеобактерииНет
Шапиробактерии [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Спехтбактерии [4] [8]RIF19СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Спирохеты
Staskawiczbacteria [4] [8]РИФ20СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Сумерлаэота [58] [59]BRC1
Сунгбактерии [4] [8]RIF17СЛР; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 4Нет
Synergistetes
TA06 [60]Нет
Tagabacteria [4] [8]РИФ12СЛР; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 4Нет
Тейлорбактерии [4] [8]РИФ16СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Тектомикробия [61]
Tenericutes
Террибактерии [4] [8]RIF13СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Термодесульфобактерии
Термомикробия
ТермотогиOP2, EM3 [21]Да [62]
Торобактерии [8]СЛР; Parcubacteria; неустановленные паркубактерииНет
УБП-1 [5]Нет
УБП-3 [5]Нет
УБП-4 [5]Нет
УБП-5 [5]Нет
УБП-6 [5]Нет
УБП-7 [5]Нет
УБП-8 [5]Нет
УБП-9 [5]Нет
УБП-10 [5]Нет
УБП-11 [5]Нет
УБП-12 [5]Нет
УБП-13 [5]Нет
УБП-14 [5]Нет
УБП-15 [5]Нет
УБП-16 [5]Нет
УБП-17 [5]Нет
Урбактерии [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Неткажутся полифилетическими: две клады
Вебленбактерии [4]RIF39СЛР; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 1Нет
ВеррукомикробияГруппа ПВХ
Фогельбактерии [4] [8]RIF14СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Wallbacteria [4]РИФ33Нет
Wildermuthbacteria [4] [8]РИФ21СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Виртбактерии [63]Бактерии, связанные с СЛРНет
Woesebacteria [16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Вулфебактерии [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Woykebacteria [4] [20]РИФ34СЛР; МикрогеноматыНет
WOR-1 [60]Нет
WOR-2 [60]Нет
WOR-3 [60]Нет
Yanofskybacteria [16] [8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет
Йонатбактерии [4] [8]РИФ44СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Замбрыскибактерии [4] [8]RIF15СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
ZB2OD1-ZB2 [12]СЛР; ПаркубактерииНет
Зиксибактерии [64]Группа FCBНет

Супергруппы [ править ]

Несмотря на неясный порядок ветвления для большинства бактериальных типов, несколько групп типов последовательно группируются вместе и называются супергруппами или суперфилами. В некоторых случаях бактериальные клады четко группируются вместе, но неясно, как назвать эту группу. Например, группа Candidate Phyla Radiation включает группу Patescibacteria, которая включает группу Microgenomates, которая включает более 11 бактериальных типов.

Радиация кандидата филы (CPR) [ править ]

Основная статья: Кандидат филы радиации

CPR - это описательный термин, относящийся к массивному монофилетическому излучению типов-кандидатов, которое существует в пределах бактериального домена. [65] Он включает две основные клады, группы Microgenomates и Parcubacteria, каждая из которых содержит одноименный суперфил и несколько других типов.

Patescibacteria [ править ]

Superphylum Patescibacteria первоначально был предложен , чтобы охватить фил Microgenomates (OP11), Parcubacteria (OD1) и Gracilibacteria (GNO2 / BD1-5). [24] Более поздние филогенетические анализы показывают, что последним общим предком этих таксонов является тот же узел, что и у CPR. [66]

Сфингобактерии [ править ]

Основная статья: Сфингобактерии

Sphingobacteria (FCB группа) включает в себя Bacteroidetes, Calditrichaeota, Chlorobi, кандидат Филюм Cloacimonetes, Fibrobacteres, Gemmatimonadates, кандидат Филюм Ignavibacteriae, кандидат Филюм Latescibacteria, кандидат Филюм Marinimicrobia и кандидат Филюм Zixibacteria. [24] [67]

Микрогеноматы [ править ]

Первоначально считалось, что микрогеноматы представляют собой один тип, хотя данные свидетельствуют о том, что на самом деле он охватывает более 11 бактериальных типов [16] [4], включая Curtisbacteria, Daviesbacteria, Levybacteria, Gottesmanbacteria, Woesebacteria, Amesbacteria, Shapirobacteria, Roizmanbacteria, Beckwithbacteria, Collierbacteria, Pacebacteria.

Parcubacteria [ править ]

Первоначально Parcubacteria были описаны как единый тип с использованием менее 100 последовательностей 16S рРНК. Учитывая, что в настоящее время доступно большее разнообразие последовательностей 16S рРНК из некультивируемых организмов, предполагается, что она может состоять из до 28 бактериальных типов. [2] В соответствии с этим в настоящее время в группе Parcubacteria описано более 14 типов [16] [4], включая Kaiserbacteria, Adlerbacteria, Campbellbacteria, Nomurabacteria, Giovannonibacteria, Wolfebacteria, Jorgensenbacteria, Yanofskybacteria, Azambacteria, Moranbacteria и Uhrbacteria. Magasanikbacteria.

Протеобактерии [ править ]

Было высказано предположение, что некоторые классы филума Proteobacteria могут быть филумом сами по себе, что сделало бы Proteobacteria супертипом. [68] Например, группа Deltaproteobacteria не всегда образует монофилетическую линию с другими классами Proteobacteria. [69]

Планктобактерии [ править ]

Основная статья: Планктобактерии

Planctobacteria (группа ПВХ) включает в себя хламидии, Lentisphaerae, кандидат фила Omnitrophica, Planctomycetes, кандидат фила Poribacteria и Verrucomicrobia. [24] [67]

Террабактерии [ править ]

Предлагаемый супертип Terrabacteria [70] включает актинобактерии, цианобактерии, Deinococcus-Thermus, Chloroflexi, Firmicutes и кандидатный тип OP10. [70] [71] [24] [67]

Загадочная суперфила [ править ]

Несколько кандидата фил ( Microgenomates , Omnitrophica, Parcubacteria и Saccharibacteria ) и несколько общепринятый фил (Elusimicrobia, Caldiserica и Armatimonadetes) были предложены на самом деле быть superphyla , которые были неправильно описаны как фил , потому что правила для определения бактериального фила отсутствуют или из - за отсутствие разнообразия последовательностей в базах данных, когда тип был впервые установлен. [2] Например, предполагается, что тип-кандидат Parcubacteria на самом деле является супертипом, который включает 28 подчиненных типов, а тип Elusimicrobia на самом деле является супертипом, который включает 7 подчиненных типов. [68]

Историческая перспектива [ править ]

Для исторической классификации бактерий см. Бактериальную систематику .
Для порядка ветвления см. Порядок ветвления бактериальных типов (Woese, 1987) .
Атомная структура 30S субъединицы рибосомы из Thermus thermophilus, часть которой составляет 16S. Белки показаны синим цветом, а отдельная цепь РНК - желтовато-коричневым. [72]

Учитывая богатую историю области бактериальной таксономии и скорость изменений в ней в наше время, часто бывает полезно иметь историческую перспективу того, как эта область прогрессировала, чтобы понять ссылки на устаревшие определения или концепции.

Когда номенклатура бактерий контролировалась в соответствии с Ботаническим кодексом , использовался термин « деление» , но теперь, когда номенклатура бактерий (за исключением цианобактерий ) находится под контролем Бактериологического кодекса , предпочтение отдается термину « тип» .

В 1987 году Карл Вёзе , считающийся предшественником революции в молекулярной филогении, разделил Eubacteria на 11 подразделений на основе последовательностей 16S рибосомной РНК (SSU), перечисленных ниже. [73] [74]

  • Пурпурные бактерии и их родственники (позже переименованные в Proteobacteria [75] )
    • альфа-подразделение ( пурпурные несернистые бактерии , ризобактерии , Agrobacterium , Rickettsiae , Nitrobacter )
    • бета-подразделение ( Rhodocyclus , (некоторые) Thiobacillus , Alcaligenes , Spirillum , Nitrosovibrio )
    • гамма-подразделение (кишечные бактерии, флуоресцентные псевдомонады , пурпурные серные бактерии , легионелла , (некоторые) Beggiatoa )
    • подразделение дельты (Сера и сульфатредукторы ( Desulfovibrio ), Myxobacteria , Bdellovibrio )
  • Грамположительные эубактерии [Примечание 1]
    • Виды с высоким содержанием G + C (позже переименованные в Actinobacteria [79] ) ( Actinomyces , Streptomyces , Arthrobacter , Micrococcus , Bifidobacterium )
    • Виды с низким содержанием G + C (позже переименованные в Firmicutes [79] ) ( Clostridium , Peptococcus , Bacillus , Mycoplasma )
    • Фотосинтезирующие виды ( гелиобактерии )
    • Виды с грамотрицательными стенками ( Megasphaera , Sporomusa )
  • Цианобактерии и хлоропласты ( Aphanocapsa , Oscillatoria , Nostoc , Synechococcus , Gloeobacter , Prochloron )
  • Спирохеты и родственники
    • Спирохеты ( Spirochaeta , Treponema , Borrelia )
    • Лептоспиры ( Leptospira , Leptonema )
  • Зеленые серные бактерии ( Chlorobium , Chloroherpeton )
  • Bacteroides , Flavobacteria и родственники (позже переименованные в Bacteroidetes
    • Бактероиды ( Bacteroides , Fusobacterium )
    • Группа флавобактерий ( Flavobacterium , Cytophaga , Saprospira , Flexibacter )
  • Planctomyces и родственники (позже переименованные в Planctomycetes )
    • Группа Planctomyces ( Planctomyces , Pasteuria [ sic ] [Примечание 2] )
    • Термофилы ( Isocystis pallida )
  • Хламидии ( Chlamydia psittaci , Chlamydia trachomatis )
  • Радиорезистентные микрококки и их родственники (теперь обычно называемые Deinococcus – Thermus [80] или Thermi ) [Примечание 3]
    • Группа дейнококков ( Deinococcus radiodurans )
    • Термофилы ( Thermus aquaticus )
  • Зеленые бактерии, не содержащие серы, и их родственники (позже переименованные в Chloroflexi [84] )
    • Группа хлорофлексус ( Chloroflexus , Herpetosiphon )
    • Группа термомикробий ( Thermomicrobium roseum )
  • Термотоги ( Thermotoga maritima )

Традиционно филогения предполагалась, а таксономия устанавливалась на основе исследований морфологии. Появление молекулярной филогенетики позволило лучше понять эволюционные взаимоотношения видов путем анализа их ДНК и белковых последовательностей, например их рибосомной ДНК . [85] Отсутствие легко доступных морфологических признаков, таких как те, что присутствуют у животных и растений , препятствовало ранним попыткам классификации и привело к ошибочной, искаженной и запутанной классификации, примером которой, как отметил Карл Вёзе , является Pseudomonasэтимология, по иронии судьбы совпадающая с его таксономией, а именно «ложная единица». [73] Многие бактериальные таксоны были переклассифицированы или переопределены с использованием молекулярной филогенетики.

Появление технологий молекулярного секвенирования позволило извлекать геномы непосредственно из образцов окружающей среды (т. Е. В обход культивирования), что привело к быстрому расширению наших знаний о разнообразии типов бактерий. Эти методы представляют собой метагеномику с разрешением генома и геномику одной клетки .

См. Также [ править ]

  • Бактериальная таксономия # окончания типа
  • Международный кодекс номенклатуры бактерий
  • Список родов бактерий
  • Список бактериальных заказов
  • Список секвенированных бактериальных геномов

Сноски [ править ]

  1. ^ До недавнего времени считалось, что только Firmicutes и Actinobacteria являются грамположительными. Однако кандидат типа TM7 также может быть грамположительным. [76] Chloroflexi, однако, имеет единственный бислой, но имеет отрицательное окрашивание (за некоторыми исключениями [77] ). [78]
  2. ^ Пастеурия теперь относится к типу Bacilli , а не к типу Planctomycetes .
  3. ^ Было предложено называть кладу Xenobacteria [81] или Hadobacteria [82] (последнее считается незаконным названием [83] ).

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Hug, Laura A .; Бейкер, Бретт Дж .; Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т .; Пробст, Александр Дж .; Кастель, Синди Дж .; Баттерфилд, Кристина Н .; Hernsdorf, Alex W .; Амано, Юки; Исэ, Котаро; Судзуки, Йохей (11 апреля 2016 г.). «Новый взгляд на древо жизни» . Природная микробиология . 1 (5): 16048. DOI : 10.1038 / nmicrobiol.2016.48 . ISSN  2058-5276 . PMID  27572647 .
  2. ^ a b c d e Ярза, Пабло; Йылмаз, Пелин; Прюсс, Эльмар; Глёкнер, Фрэнк Оливер; Людвиг, Вольфганг; Шлейфер, Карл-Хайнц; Уитмен, Уильям Б.; Евзеби, Жан; Аманн, Рудольф; Росселло-Мора, Рамон (сентябрь 2014 г.). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК» . Обзоры природы микробиологии . 12 (9): 635–645. DOI : 10.1038 / nrmicro3330 . ISSN 1740-1534 . PMID 25118885 . S2CID 21895693 .   
  3. ^ Запись бактериального типа в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  4. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z aa ab ac ad ae af ag ah ai aj ak al am an ao ap aq ar as at au av aw топор ай аз Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т .; Hug, Laura A .; Шарон, Итаи; Кастель, Синди Дж .; Пробст, Александр Дж .; Томас, Брайан Ч .; Сингх, Андреа; Уилкинс, Майкл Дж .; Караоз, Улас; Броди, Эоин Л. (24 октября 2016 г.). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в системе водоносного горизонта» . Nature Communications . 7 (1): 13219. Bibcode : 2016NatCo ... 713219A . DOI : 10.1038 / ncomms13219 . ISSN  2041-1723 . PMC  5079060 . PMID  27774985 .
  5. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r Паркс, Донован Х .; Ринке, Кристиан; Чувочина Мария; Шомей, Пьер-Ален; Вудкрофт, Бен Дж .; Evans, Paul N .; Гугенгольц, Филипп; Тайсон, Джин В. (ноябрь 2017 г.). «Восстановление почти 8000 геномов, собранных из метагеномов, существенно расширяет древо жизни» . Природная микробиология . 2 (11): 1533–1542. DOI : 10.1038 / s41564-017-0012-7 . ISSN 2058-5276 . PMID 28894102 .  
  6. ^ a b c Дудек, Наташа К .; Сан, Кристин Л .; Бурштейн, Дэвид; Кантор, Роза С .; Алиага Гольцман, Даниэла С .; Бик, Элизабет М .; Томас, Брайан Ч .; Банфилд, Джиллиан Ф .; Релман, Дэвид А. (18 декабря 2017 г.). «Новое микробное разнообразие и функциональный потенциал в оральном микробиоме морских млекопитающих» . Текущая биология . 27 (24): 3752–3762.e6. DOI : 10.1016 / j.cub.2017.10.040 . ISSN 1879-0445 . PMID 29153320 .  
  7. ^ a b c d "ARB-Silva: обширная база данных рибосомных РНК" . Команда разработчиков ARB . Проверено 2 января +2016 .
  8. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z aa ab ac ad ae af ag ah ai aj ak al am an ao ap aq ar as at au av aw топор ay az ba bb Александр Л. Джаффе, Синди Дж. Кастель, Паула Б. Матеус Карневали, Симонетта Грибальдо, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Рост разнообразия метаболических платформ через излучение кандидата филы . В: BMC Biology Vol. 18, № 69; Июнь 2020 г.); DOI: 10.1186 / s12915-020-00804-5
  9. ^ a b Тахон, Гийом; Титгат, Бьорн; Леббе, Лисбет; Карлье, Орельен; Виллемс, Энн (1 июля 2018 г.). «Abditibacterium utsteinense sp. Nov., Первый культивируемый представитель филума-кандидата FBP, выделенный из незамерзающих образцов антарктической почвы» . Систематическая и прикладная микробиология . 41 (4): 279–290. DOI : 10.1016 / j.syapm.2018.01.009 . ISSN 0723-2020 . PMID 29475572 .  
  10. ^ а б Харрис, Дж. Кирк; Келли, Скотт Т .; Пейс, Норман Р. (февраль 2004 г.). "Новый взгляд на некультивируемый бактериальный филогенетический отдел OP11" . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (2): 845–849. DOI : 10,1128 / AEM.70.2.845-849.2004 . ISSN 0099-2240 . PMC 348892 . PMID 14766563 .   
  11. ^ a b Раппе, Майкл С .; Джованнони, Стивен Дж. (2003). «Культурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии . 57 : 369–94. DOI : 10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759 . PMID 14527284 . 
  12. ^ a b Кенли А. Хиллер, Кеннет Х. Форман, Дэвид Вейсман, Дженнифер Л. Боуэн: проницаемые реактивные барьеры, разработанные для смягчения последствий эвтрофикации, изменяют состав бактериального сообщества и окислительно-восстановительные условия водоносного горизонта. В: Appl Environ Microbiol v.81 (20); 2015 окт; С. 7114–7124. DOI: 10.1128 / AEM.01986-15 . PMC  4579450 . PMID 26231655 . 
  13. ^ Б с д е е г Hugenholtz Р; и другие. (1998). «Новое бактериальное разнообразие уровня подразделения в горячих источниках Йеллоустона» . Журнал бактериологии . 180 (2): 366–76. DOI : 10.1128 / JB.180.2.366-376.1998 . PMC 106892 . PMID 9440526 .  
  14. ^ Трэш, Дж. Кэмерон; Коутс, Джон Д. (2010), "Филюм XVII Acidobacteria Phyl ноября.", Manual® Бергея систематической бактериологии , Springer Нью - Йорк, стр 725-735,. DOI : 10.1007 / 978-0-387-68572-4_6 , ISBN 978-0-387-95042-6
  15. Перейти ↑ Goodfellow, Michael (2012). "Тип XXVI. Тип актинобактерий. Ноябрь". Bergey's Manual® по систематической бактериологии . Springer Нью-Йорк. С. 33–2028. DOI : 10.1007 / 978-0-387-68233-4_3 . ISBN 978-0-387-95043-3.
  16. ^ Б с д е е г ч я J к л м п о р Q R сек т у V ш х у г аа аЬ ас объявлений Кристофер Т. Браун, Лаура А. Hug, Brian C. Thomas и соавт. ; и другие. (2015). «Необычная биология в группе, включающей более 15% доменных бактерий» . Природа . 523 (7559): 208–11. Bibcode : 2015Natur.523..208B . doi :10.1038 / природа14486 . ОСТИ  1512215 . PMID  26083755 . S2CID  4397558 .CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  17. ↑ Тамаки, Хидеюки; Танака, Ясухиро; Мацудзава, Хироаки; Мурамацу, Мидзухо; Мэн, Сиань-Инь; Ханада, Сатоши; Мори, Казухиро; Камагата, Йоичи (июнь 2011 г.). «Armatimonas rosea gen. Nov., Sp. Nov., Нового бактериального типа Armatimonadetes phyl. Nov., Официально названного кандидатным типом OP10» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (Pt 6): 1442–1447. DOI : 10.1099 / ijs.0.025643-0 . ISSN 1466-5034 . PMID 20622056 .  
  18. ^ Hahnke, Ричард Л .; Meier-Kolthoff, Jan P .; Гарсиа-Лопес, Марина; Мукерджи, Супратим; Huntemann, Марсель; Иванова Наталья Н .; Войке, Таня; Kyrpides, Nikos C .; Кленк, Ханс-Петер; Гёкер, Маркус (2016). «Таксономическая классификация Bacteroidetes на основе генома» . Границы микробиологии . 7 : 2003 DOI : 10,3389 / fmicb.2016.02003 . ISSN 1664-302X . PMC 5167729 . PMID 28066339 .   
  19. ^ Райтон, Келли C .; Кастель, Синди Дж .; Уилкинс, Майкл Дж .; Hug, Laura A .; Шарон, Итаи; Томас, Брайан Ч .; Хэндли, Ким М .; Маллин, Шон У .; Никора, Кэрри Д .; Сингх, Андреа; Липтон, Мэри С. (июль 2014 г.). «Метаболические взаимозависимости между филогенетически новыми ферментерами и респираторными организмами в неограниченном водоносном горизонте» . Журнал ISME . 8 (7): 1452–1463. DOI : 10.1038 / ismej.2013.249 . ISSN 1751-7370 . PMC 4069391 . PMID 24621521 .   
  20. ^ a b c Роберт Э. Данчак, М. Д. Джонстон, К. Кенах, М. Слэттери, К. К. Райтон, М. Дж. Уилкинс (сентябрь 2017 г.). «Члены кандидатной филы радиации функционально различаются способностями к круговороту углерода и азота» . Микробиом . 5 (1): 112. DOI : 10,1186 / s40168-017-0331-1 . PMC 5581439 . PMID 28865481 .  CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  21. ^ a b c Данфилд, Питер Ф .; Тамаш, Ивица; Ли, Кевин С.; Morgan, Xochitl C .; Макдональд, Ян Р .; Стотт, Мэтью Б. (2012). «Выбор кандидата: умозрительная история бактериального типа OP10» . Экологическая микробиология . 14 (12): 3069–3080. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2012.02742.x . ISSN 1462-2920 . PMID 22497633 .  
  22. ^ Мори, К .; Yamaguchi, K .; Sakiyama, Y .; Урабе, Т .; Судзуки, К.-и. (23 июля 2009 г.). "Caldisericum exile gen. Nov., Sp. Nov., Анаэробная термофильная нитчатая бактерия нового бактериального типа, Caldiserica phyl. Nov., Первоначально называвшаяся кандидатным типом OP5, и описание Caldisericaceae fam. Nov., Caldisericales ord" . nov. и Caldisericia classis nov " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (11): 2894–2898. DOI : 10.1099 / ijs.0.010033-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 19628600 .  
  23. ^ Кубланов, Илья В .; Сигалова Ольга М .; Гаврилов, Сергей Н .; Лебединский, Александр В .; Ринке, Кристиан; Ковалева, Ольга; Черных, Николай А .; Иванова Наталья; Даум, Крис; Редди, ТБК; Кленк, Ханс-Петер (20 февраля 2017 г.). «Геномный анализ Caldithrix abyssi, термофильных анаэробных бактерий нового бактериального типа Calditrichaeota» . Границы микробиологии . 8 : 195. DOI : 10,3389 / fmicb.2017.00195 . ISSN 1664-302X . PMC 5317091 . PMID 28265262 .   
  24. ^ Б с д е е г ч я Ринк С; и другие. (2013). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи» . Природа . 499 (7459): 431–7. Bibcode : 2013Natur.499..431R . DOI : 10,1038 / природа12352 . PMID 23851394 . 
  25. ^ Бун, Дэвид Р .; Кастенхольц, Ричард В .; Гаррити, Джордж М., ред. (2001). Bergey's Manual® по систематической бактериологии . DOI : 10.1007 / 978-0-387-21609-6 . ISBN 978-1-4419-3159-7. S2CID  41426624 .
  26. ^ Чуари, Ракия; Ле Пелье, Дени; Дауга, Екатерина; Дэгелен, Патрик; Вайссенбах, Жан; Сгир, Абдельгани (апрель 2005 г.). «Новое отделение основных бактериальных кандидатов в муниципальном анаэробном варочном котле» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (4): 2145–2153. DOI : 10.1128 / aem.71.4.2145-2153.2005 . ISSN 0099-2240 . PMC 1082523 . PMID 15812049 .   
  27. ^ a b Hug, Laura A .; Томас, Брайан Ч .; Шарон, Итаи; Браун, Кристофер Т .; Шарма, Ритин; Hettich, Robert L .; Уилкинс, Майкл Дж .; Уильямс, Кеннет Х .; Сингх, Андреа; Банфилд, Джиллиан Ф. (2016). «Критические биогеохимические функции в недрах связаны с бактериями из новых типов и малоизученных линий» . Экологическая микробиология . 18 (1): 159–173. DOI : 10.1111 / 1462-2920.12930 . ISSN 1462-2920 . ОСТИ 1328276 . PMID 26033198 .   
  28. ^ a b Реймс, H; Рейни, FA; Stackebrandt, E (сентябрь 1996 г.). «Молекулярный подход к поиску разнообразия среди бактерий в окружающей среде». Журнал промышленной микробиологии и биотехнологии . 17 (3–4): 159–169. DOI : 10.1007 / bf01574689 . ISSN 0169-4146 . S2CID 31868442 .  
  29. ^ Patel, Бхарат KC (2010). "Тип XX. Dictyoglomi phyl. Ноябрь". Bergey's Manual® по систематической бактериологии . Springer Нью-Йорк. С. 775–780. DOI : 10.1007 / 978-0-387-68572-4_9 . ISBN 978-0-387-95042-6.
  30. ^ а б Джи, Мукан; Гриннинг, Крис; Ванвонтергхем, Инка; Carere, Carlo R .; Бэй, Шон К .; Стин, Джейсон А .; Монтгомери, Кейт; Линии, Томас; Бирдалл, Джон; ван Дорст, Джози; Снейп, Ян (декабрь 2017 г.). «Атмосферные газы поддерживают первичное производство в почве антарктической пустыни» . Природа . 552 (7685): 400–403. Bibcode : 2017Natur.552..400J . DOI : 10.1038 / nature25014 . ISSN 1476-4687 . PMID 29211716 .  
  31. ^ a b Юсеф, Ноха Х .; Фараг, Ибрагим Ф .; Хан, К. Райан; Прематилаке, Хасита; Фрай, Эмили; Харт, Мэтью; Хаффакер, Кристал; Птица, Эдвард; Хэмбрайт, Джиммре; Hoff, Wouter D .; Эльшахед, Мостафа С. (1 января 2019 г.). «Candidatus Krumholzibacterium zodletonense gen. Nov., Sp nov, первый представитель типа-кандидата Krumholzibacteriota phyl. Nov., Извлеченный из бескислородного сульфидного источника с использованием метагеномики с определенным геномом» . Систематическая и прикладная микробиология . Таксономия некультивируемых бактерий и архей. 42 (1): 85–93. DOI : 10.1016 / j.syapm.2018.11.002 . ISSN 0723-2020 . PMID 30477901 .  
  32. ^ Herlemann, DPR; Geissinger, O .; Ikeda-Ohtsubo, W .; Кунин, В .; Sun, H .; Lapidus, A .; Hugenholtz, P .; Брюн, А. (1 мая 2009 г.). «Геномный анализ« Elusimicrobium minutum », первого культивируемого представителя типа« Elusimicrobia »(ранее группа термитов 1)» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (9): 2841–2849. DOI : 10,1128 / AEM.02698-08 . ISSN 0099-2240 . PMC 2681670 . PMID 19270133 .   
  33. ^ Ногалес, Балбина; Мур, Эдвард РБ; Льобет-Бросса, Энрике; Росселло-Мора, Рамон; Аманн, Рудольф; Тиммис, Кеннет Н. (1 апреля 2001 г.). «Комбинированное использование 16S рибосомальной ДНК и 16S рРНК для изучения бактериального сообщества загрязненной полихлорированными бифенилами почвы» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (4): 1874–1884. DOI : 10,1128 / AEM.67.4.1874-1884.2001 . ISSN 0099-2240 . PMC 92809 . PMID 11282645 .   
  34. ^ Уорд, Льюис М .; Кардона, Танай; Холланд-Мориц, Ханна (29 января 2019 г.). «Эволюционные последствия аноксигенной фототрофии в бактериальном филюме Candidatus Palusbacterota (WPS-2)». DOI : 10.1101 / 534180 . S2CID 92796436 .  Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  35. ^ Knittel, Katrin; Боэтиус, Антье; Лемке, Андреас; Эйлерс, Хайке; Лохте, Карин; Пфаннкуче, Олаф; Линке, Питер; Аманн, Рудольф (июль 2003 г.). «Активность, распределение и разнообразие сульфатредукторов и других бактерий в отложениях над газовым гидратом (Каскадия Марджин, Орегон)». Геомикробиологический журнал . 20 (4): 269–294. DOI : 10.1080 / 01490450303896 . hdl : 21.11116 / 0000-0001-D20F-2 . ISSN 0149-0451 . S2CID 140639772 .  
  36. ^ а б Чжан, Хуэй; Сэкигучи, Юдзи; Ханада, Сатоши; Гугенгольц, Филипп; Ким, Хонгик; Камагата, Йоичи; Накамура, Кадзунори (2003). «Gemmatimonas aurantiaca gen. Nov., Sp. Nov., Грамотрицательный, аэробный, накапливающий полифосфат микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. Nov» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (4): 1155–1163. DOI : 10.1099 / ijs.0.02520-0 . ISSN 1466-5026 . PMID 12892144 .  
  37. ^ a b Ley, Ruth E .; Харрис, Дж. Кирк; Уилкокс, Джошуа; Копье, Джон Р .; Миллер, Скотт Р .; Бебаут, Брэд М .; Maresca, Julia A .; Брайант, Дональд А .; Sogin, Mitchell L .; Пейс, Норман Р. (1 мая 2006 г.). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Guerrero Negro» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (5): 3685–3695. DOI : 10,1128 / AEM.72.5.3685-3695.2006 . ISSN 0099-2240 . PMC 1472358 . PMID 16672518 .   
  38. ^ Гермази, Сонда; Дэгелен, Патрик; Дауга, Екатерина; Ривьер, Дельфина; Бушез, Теодор; Годон, Жан Жак; Гьяпай, Габор; Сгир, Абдельгани; Пеллетье, Эрик; Вайссенбах, Жан; Ле Пелье, Дени (август 2008 г.). «Открытие и характеристика нового бактериального подразделения кандидата с помощью метагеномного подхода анаэробного варочного котла» . Экологическая микробиология . 10 (8): 2111–2123. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2008.01632.x . ISSN 1462-2912 . PMC 2702496 . PMID 18459975 .   
  39. ^ Eloe-Fadrosh, Emiley A .; Паэс-Эспино, Дэвид; Джаретт, Джессика; Данфилд, Питер Ф .; Hedlund, Brian P .; Декас, Энн Э .; Grasby, Stephen E .; Брэди, Эллисон Л .; Донг, Хайлянь; Бриггс, Брэндон Р .; Ли, Вэнь-Цзюнь (27 января 2016 г.). «Глобальное метагеномное исследование выявляет новый бактериальный тип кандидата в геотермальных источниках» . Nature Communications . 7 (1): 10476. Bibcode : 2016NatCo ... 710476E . DOI : 10.1038 / ncomms10476 . ISSN 2041-1723 . PMC 4737851 . PMID 26814032 .   
  40. ^ Юсеф, Ноха Х .; Фараг, Ибрагим Ф .; Хан, К. Райан; Джаретт, Джессика; Беккрафт, Эрик; Элоэ-Фадрош, Эмили; Лайтфут, Хорхе; Буржуа, Остин; Коул, Таннер; Ферранте, Стефани; Трулок, Мэнди (15 мая 2019 г.). «Геномная характеристика кандидата на деление LCP-89 выявляет атипичную структуру клеточной стенки, производство микрокомпартментов и двойную респираторную и ферментативную способности» . Прикладная и экологическая микробиология . 85 (10). DOI : 10,1128 / AEM.00110-19 . ISSN 0099-2240 . PMC 6498177 . PMID 30902854 .   
  41. ^ NCBI: Candidatus Magasanikbacteria (тип)
  42. ^ Ди Риенци, Сара C; Шарон, Итаи; Райтон, Келли С; Корен, Омри; Обними, Лаура А; Томас, Брайан С; Гудрич, Юлия К; Белл, Джордана Т; Спектор, Тимоти Д; Банфилд, Джиллиан Ф; Лей, Рут Э (1 октября 2013 г.). «В кишечнике человека и грунтовых водах обитают нефотосинтезирующие бактерии, принадлежащие к новому типу-кандидату, родственнику цианобактерий» . eLife . 2 : e01102. DOI : 10.7554 / eLife.01102 . ISSN 2050-084X . PMC 3787301 . PMID 24137540 .   
  43. ^ Гугенгольц, Филипп; Goebel, Brett M .; Пейс, Норман Р. (15 декабря 1998 г.). «Влияние культурно-независимых исследований на формирующееся филогенетическое представление о бактериальном разнообразии» . Журнал бактериологии . 180 (24): 4765–74. DOI : 10.1128 / jb.180.24.6793-6793.1998 . ISSN 1098-5530 . PMC 107498 . PMID 9733676 .   
  44. ↑ Секигучи, Юдзи; Охаши, Акико; Парки, Донован Х .; Ямаути, Тошихиро; Тайсон, Джин У .; Гугенгольц, Филипп (27 января 2015 г.). «Первые сведения о геноме членов потенциального бактериального филума, ответственного за накопление сточных вод» . PeerJ . 3 : e740. DOI : 10,7717 / peerj.740 . ISSN 2167-8359 . PMC 4312070 . PMID 25650158 .   
  45. ^ Холмс, Эндрю Дж .; Tujula, Niina A .; Холли, Марита; Контос, Анналиса; Джеймс, Джулия М .; Роджерс, Питер; Жиллингс, Майкл Р. (2001). «Филогенетическая структура необычных водных микробных образований в пещерах Налларбор, Австралия». Экологическая микробиология . 3 (4): 256–264. DOI : 10,1046 / j.1462-2920.2001.00187.x . ISSN 1462-2920 . PMID 11359511 .  
  46. ^ Люкер, Себастьян; Новка, Борис; Раттей, Томас; Шпик, Ева; Даймс, Хольгер (2013). «Геном Nitrospina gracilis освещает метаболизм и эволюцию основного морского нитритного окислителя» . Границы микробиологии . 4 : 27. DOI : 10,3389 / fmicb.2013.00027 . ISSN 1664-302X . PMC 3578206 . PMID 23439773 .   
  47. ^ Мюллер, Анна J .; Юнг, Ман-Янг; Strachan, Cameron R .; Гербольд, Крейг В .; Kirkegaard, Rasmus H .; Вагнер, Майкл; Даймс, Хольгер (март 2021 г.). «Геномный и кинетический анализ новых Nitrospinae, обогащенных путем сортировки клеток» . Журнал ISME . 15 (3): 732–745. DOI : 10.1038 / s41396-020-00809-6 . ISSN 1751-7362 . 
  48. ^ Спик, Ева; Койтер, Сабина; Венцель, Тило; Бок, Эберхард; Людвиг, Вольфганг (май 2014 г.). «Характеристика новой морской нитритокисляющей бактерии, Nitrospina watsonii sp. Nov., Члена недавно предложенного типа« Nitrospinae » » . Систематическая и прикладная микробиология . 37 (3): 170–176. DOI : 10.1016 / j.syapm.2013.12.005 .
  49. ^ LPSN: Тип "Candidatus Parcunitrobacteria"
  50. ^ Синди Дж. Кастель, Кристофер Т. Браун, Брайан С. Томас, Кеннет Х. Уильямс, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Необычная дыхательная способность и азотный метаболизм в Parcubacterium (OD1) излучения Candidate Phyla . В: Sci Rep 7, 40101; 9 января 2017 г .; DOI: 10.1038 / srep40101
  51. ^ Астудильо-Гарсия, Кармен; Slaby, Beate M .; Уэйт, Дэвид В .; Байер, Кристина; Hentschel, Ute; Тейлор, Майкл В. (2018). «Филогения и геномика SAUL, загадочной бактериальной линии, часто связанной с морскими губками» (PDF) . Экологическая микробиология . 20 (2): 561–576. DOI : 10.1111 / 1462-2920.13965 . ISSN 1462-2920 . PMID 29098761 . S2CID 23892350 .    
  52. ^ Райтон, KC; Томас, Британская Колумбия; Sharon, I .; Миллер, CS; Castelle, CJ; VerBerkmoes, NC; Уилкинс, MJ; Hettich, RL; Lipton, MS; Уильямс, KH; Лонг, ЧП (27 сентября 2012 г.). «Ферментация, водород и метаболизм серы в множественных некультивируемых бактериальных типах». Наука . 337 (6102): 1661–1665. Bibcode : 2012Sci ... 337.1661W . DOI : 10.1126 / science.1224041 . ISSN 0036-8075 . PMID 23019650 . S2CID 10362580 .   
  53. ^ NCBI: Candidatus Peregrinibacteria (тип)
  54. ^ UniProt: Таксономия - Candidatus Peregrinibacteria (PHYLUM)
  55. ^ Картик Анантараман, Кристофер Т. Браун, Дэвид Бурштейн, Синди Кастель: Анализ пяти полных последовательностей генома для членов класса Peribacteria в недавно признанном бактериальном типе Peregrinibacteria . В: PeerJ 4 (8): e1607; Янв 2016; DOI: 10.7717 / peerj.1607
  56. ^ Физелер, Ларс; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл; Хентшель, Юте (июнь 2004 г.). "Открытие нового кандидатного филума" Poribacteria "у морских губок" . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (6): 3724–3732. DOI : 10,1128 / AEM.70.6.3724-3732.2004 . ISSN 0099-2240 . PMC 427773 . PMID 15184179 .   
  57. ^ Виганд, Сандра; Джоглер, Марейке; Кон, Тимо; Авал, Рам Прасад; Обербекманн, Соня; Кеси, Катарина; Еске, Ольга; Шуман, Питер; Петерс, Стейн Х. (24 октября 2019 г.). «Новый облик бактериального типа Saltatorellota». DOI : 10.1101 / 817700 . S2CID 208566371 .  Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  58. ^ Деракшани, Маниджи; Луков, Томас; Лизак, Вернер (1 февраля 2001 г.). «Новые бактериальные линии на уровне (под) подразделений, обнаруженные с помощью целевого выделения сигнатурных нуклеотидов генов 16S рРНК из основной массы почвы и корней риса микрокосмов затопленного риса» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (2): 623–631. DOI : 10.1128 / aem.67.2.623-631.2001 . ISSN 1098-5336 . PMC 92629 . PMID 11157225 .   
  59. ^ Кадников, Виталий В .; Марданов, Андрей В .; Белецкий, Алексей В .; Ракитин, Андрей Л .; Франк, Юлия А .; Карначук, Ольга В .; Равин, Николай В. (январь 2019). «Филогения и физиология кандидата типа BRC1, выведенная из первого полного метагеномного генома, полученного из глубокого подземного водоносного горизонта». Систематическая и прикладная микробиология . 42 (1): 67–76. DOI : 10.1016 / j.syapm.2018.08.013 . ISSN 1618-0984 . PMID 30201528 .  
  60. ^ a b c d Бейкер, Бретт Дж .; Лазар, Кассандра Сара; Теске, Андреас П .; Дик, Грегори Дж. (13 апреля 2015 г.). «Геномное разрешение связей в круговороте углерода, азота и серы среди широко распространенных бактерий эстуарных отложений» . Микробиом . 3 (1): 14. DOI : 10,1186 / s40168-015-0077-6 . ISSN 2049-2618 . PMC 4411801 . PMID 25922666 .   
  61. ^ Уилсон, Майкл С .; Мори, Тецуши; Рюкерт, Кристиан; Uria, Agustinus R .; Helf, Максимилиан Дж .; Такада, Кентаро; Гернерт, Кристина; Стеффенс, Урсула А.Е .; Хейке, Нина; Шмитт, Сюзанна; Ринке, Кристиан (февраль 2014 г.). «Таксон экологических бактерий с большим и отличным метаболическим репертуаром» . Природа . 506 (7486): 58–62. Bibcode : 2014Natur.506 ... 58W . DOI : 10,1038 / природа12959 . ISSN 1476-4687 . PMID 24476823 .  
  62. ^ Рейзенбах, Анна-Луиза; Хубер, Роберт; Stetter, Karl O .; Дэйви, Мэри Эллен; МакГрегор, Барбара Дж .; Stahl, David A. (2001), "Филюм БИЯ Thermotogae PHY ноября.", Manual® Бергея систематической бактериологии , Springer Нью - Йорк, стр 369-387,. Дои : 10.1007 / 978-0-387-21609-6_19 , ISBN 978-1-4419-3159-7
  63. ^ Пробст, AJ; Castelle, CJ; Сингх, А; Браун, CT; Анантараман, К; Шарон, я; Hug, LA; Бурштейн, Д; Emerson, JB; Томас, Британская Колумбия; Банфилд, Дж. Ф. (февраль 2017 г.). «Геномное разрешение сообщества холодных подземных водоносных горизонтов дает представление о метаболизме новых микробов, адаптированных к высоким концентрациям CO 2 » . Экологическая микробиология . 19 (2): 459–474. DOI : 10.1111 / 1462-2920.13362 . PMID 27112493 . S2CID 21126011 .  
  64. ^ Кастель, Синди Дж .; Hug, Laura A .; Райтон, Келли С.; Томас, Брайан Ч .; Уильямс, Кеннет Х .; У, Дунъин; Триндж, Сюзанна Дж .; Певец, Стивен У .; Eisen, Jonathan A .; Банфилд, Джиллиан Ф. (27 августа 2013 г.). «Чрезвычайное филогенетическое разнообразие и метаболическая универсальность в отложениях водоносного горизонта» . Nature Communications . 4 (1): 2120. Bibcode : 2013NatCo ... 4.2120C . DOI : 10.1038 / ncomms3120 . ISSN 2041-1723 . PMC 3903129 . PMID 23979677 .   
  65. ^ Castelle CJ, Бэнфилд JF (март 2018). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и изменяют наше понимание Древа жизни» . Cell . 172 (6): 1181–1197. DOI : 10.1016 / j.cell.2018.02.016 . PMID 29522741 . 
  66. ^ Кастель, Синди Дж .; Банфилд, Джиллиан Ф. (8 марта 2018 г.). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и изменяют наше понимание Древа жизни» . Cell . 172 (6): 1181–1197. DOI : 10.1016 / j.cell.2018.02.016 . ISSN 0092-8674 . PMID 29522741 .  
  67. ^ a b c Сэкигучи Y; и другие. (2015). «Первые сведения о геноме членов потенциального бактериального филума, ответственного за накопление сточных вод» . PeerJ . 3 : e740. DOI : 10,7717 / peerj.740 . PMC 4312070 . PMID 25650158 .  
  68. ^ а б Ярза П; и другие. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Обзоры природы микробиологии . 12 (9): 635–645. DOI : 10.1038 / nrmicro3330 . hdl : 10261/123763 . PMID 25118885 . S2CID 21895693 .  
  69. ^ Обнять LA; и другие. (2016). «Новый взгляд на древо жизни» . Природная микробиология . Статья 16048 (5): 16048. doi : 10.1038 / nmicrobiol.2016.48 . PMID 27572647 . 
  70. ^ a b Battistuzzi FU, Feijao A, Hedges SB (ноябрь 2004 г.). «Геномная шкала времени эволюции прокариот: понимание происхождения метаногенеза, фототрофии и колонизации земли» . BMC Evolutionary Biology . 4 : 44. DOI : 10.1186 / 1471-2148-4-44 . PMC 533871 . PMID 15535883 .  
  71. ^ Battistuzzi, FU; Hedges, SB (6 ноября 2008 г.). «Основная клада прокариот с древними приспособлениями к жизни на суше» . Молекулярная биология и эволюция . 26 (2): 335–343. DOI : 10.1093 / molbev / msn247 . PMID 18988685 . 
  72. ^ Schluenzen F; и другие. (2000). «Структура функционально активированной малой субъединицы рибосомы при разрешении 3,3 ангстрем». Cell . 102 (5): 615–23. DOI : 10.1016 / S0092-8674 (00) 00084-2 . PMID 11007480 . S2CID 1024446 .  
  73. ^ a b Вёзе, CR (1987). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–71. DOI : 10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987 . PMC 373105 . PMID 2439888 .  
  74. ↑ Holland L (22 мая 1990 г.). «Карл Вёзе в авангарде революции бактериальной эволюции» . Ученый . 3 (10).
  75. ^ Stackebrandt; и другие. (1988). «Proteobacteria classis nov., Название филогенетического таксона, включающего« пурпурные бактерии и их родственники » » . Int. J. Syst. Бактериол . 38 (3): 321–325. DOI : 10.1099 / 00207713-38-3-321 .
  76. ^ Hugenholtz, P .; Тайсон, GW; Уэбб, Род-Айленд; Вагнер AM; Блэколл, LL (2001). «Исследование кандидатного подразделения TM7, недавно признанной основной линии доменных бактерий без известных представителей чистой культуры» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (1): 411–9. DOI : 10,1128 / AEM.67.1.411-419.2001 . PMC 92593 . PMID 11133473 .  
  77. ^ Yabe, S .; Aiba, Y .; Sakai, Y .; Hazaka, M .; Йокота, А. (2010). « Thermogemmatispora onikobensis gen. Nov., Sp. Nov. И Thermogemmatispora foliorum sp. Nov., Выделенные из опавших листьев на геотермальных почвах, и описание Thermogemmatisporaceae fam. Nov. И Thermogemmatisporales ord. Nov. В пределах класса Ktedonobacteria» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (4): 903–910. DOI : 10.1099 / ijs.0.024877-0 . PMID 20495028 . 
  78. Перейти ↑ Sutcliffe, IC (2011). «Архитектура клеточной оболочки в Chloroflexi: сдвигающаяся линия фронта в филогенетической войне за территорию». Экологическая микробиология . 13 (2): 279–282. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2010.02339.x . PMID 20860732 . 
  79. ^ a b Stackebrandt, E .; Рейни, FA; Уорд-Рейни, Нидерланды (1997). «Предложение по новой иерархической системе классификации, Actinobacteria classis nov» . Международный журнал систематической бактериологии . 47 (2): 479–491. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-479 .
  80. ^ JP Euzéby. «Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре: классификация Deinococcus – Thermus» . Архивировано из оригинального 27 января 2013 года . Проверено 30 декабря 2010 года .
  81. ^ Руководство Берджи систематической бактериологии 1-е изд.
  82. Перейти ↑ Cavalier-Smith, T (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 1): 7–76. DOI : 10.1099 / 00207713-52-1-7 . PMID 11837318 . 
  83. ^ «Список прокариотических названий со стоящими в номенклатуре - класс Hadobacteria» . LPSN . Архивировано из оригинального 19 апреля 2012 года . Проверено 30 декабря 2010 года . Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Int J Syst Bacteriol . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . ISSN  0020-7713 . PMID  9103655 .
  84. ^ Бун DR; Castenholz RW (18 мая 2001 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Гаррити GM (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии . Руководство Берджи по систематической бактериологии. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. С.  721 . ISBN 978-0-387-98771-2. Британская библиотека № GBA561951.
  85. ^ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (1994). «Ветры (эволюционных) изменений: вдохновение новой жизни в микробиологию» . Журнал бактериологии . 176 (1): 1–6. DOI : 10.2172 / 205047 . PMC 205007 . PMID 8282683 .