Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
LifeDomainKingdomPhylumClassOrderFamilyGenusSpecies
Иерархия восьми основных таксономических рангов биологической классификации . Промежуточные второстепенные рейтинги не показаны.

Бактериальная таксономия - это таксономия , т. Е. Классификация бактерий на основе рангов .

В научной классификации , установленной Carl Linnaeus , [1] каждый вид должен быть отнесен к роду ( бинарная номенклатура ), которая , в свою очередь , является более низким уровнем иерархии рангов (семейство, подотряд, порядок, подкласс, класс, деление / phyla, королевство и домен). В принятой в настоящее время классификации жизни выделяют три области ( эукариоты , бактерии и археи ) [2]которые, с точки зрения таксономии, несмотря на следование одним и тем же принципам, имеют несколько различных соглашений между собой и между своими подразделениями, поскольку они изучаются разными дисциплинами (ботаника, зоология, микология и микробиология). Например, в зоологии есть типовые экземпляры, а в микробиологии - типовые штаммы.

Разнообразие [ править ]

Основная статья: Бактерии

Прокариоты имеют много общих черт, таких как отсутствие ядерной мембраны, одноклеточность, деление на бинарное деление и, как правило, небольшой размер. Различные виды различаются между собой по нескольким характеристикам, что позволяет их идентифицировать и классифицировать. Примеры включают:

  • Филогения : все бактерии происходят от общего предка и с тех пор разнообразны, и, следовательно, обладают разными уровнями эволюционного родства (см. Типы бактерий и Хронология эволюции ).
  • Метаболизм : разные бактерии могут иметь разные метаболические способности (см. Микробный метаболизм ).
  • Окружающая среда : разные бактерии процветают в разных средах, таких как высокая / низкая температура и соль (см. Экстремофилы )
  • Морфология : Есть много структурных различий между бактериями, такими как формы клеток, окрашивание по Граму (количество липидных бислой) или композиции двухслойных (см Бактериальной клеточной морфологии , Бактериальная клеточная структура )
  • Патогенность : некоторые бактерии патогенны для растений или животных (см. Патогенные бактерии )

История [ править ]

Первые описания [ править ]

Бактерии были впервые обнаружены Антони ван Левенгук в 1676 году с помощью однолинзового микроскопа собственной конструкции. [3] Он назвал их « анималкулами » и опубликовал свои наблюдения в серии писем в Королевское общество . [4] [5] [6]

Ранние описанные роды бактерий включают Vibrio и Monas , О.Ф. Мюллер (1773, 1786), затем классифицированные как Infusoria (однако, многие виды, ранее входившие в эти роды, сегодня считаются протистами); Polyangium , созданный HF Link (1809), первая бактерия, известная до сих пор; Serratia , по Bizio (1823); и Spirillum , Spirochaeta и Bacterium , Эренберг (1838). [7] [8]

Термин « бактерии» , введенный как род Эренбергом в 1838 г. [9], стал универсальным для палочковидных клеток. [7]

Ранние формальные классификации [ править ]

Основная статья: Monera
Древо жизни в Generelle Morphologie der Organismen (1866 г.) [10]

Бактерии сначала были классифицированы как растения, составляющие класс Schizomycetes , который вместе с Schizophyceae (сине-зеленые водоросли / цианобактерии ) сформировали тип Schizophyta . [11]

Геккель в 1866 году поместил группу в тип Moneres (от μονήρης: простой) в королевстве Протиста и определяет их как полностью бесструктурные и однородные организмы, состоящие только из кусочка плазмы. [10] Он разделил тип на две группы: [10]

  • die Gymnomoneren (без конверта)
    • Protogenes - такие как Protogenes primordialis , теперь классифицируются как эукариоты, а не бактерии.
    • Протамеба - теперь классифицируется как эукариот, а не как бактерия.
    • Vibrio - род бактерий в форме запятой, впервые описанный в 1854 г. [12] )
    • Bacterium - род палочковидных бактерий, впервые описанный в 1828 году, который позже дал свое название представителям Monera, ранее называвшимся «монерон» (множественное число «monera») на английском языке и « eine Moneren » (fem. . " Moneres ") на немецком языке.
    • Bacillus - род спорообразующих палочковидных бактерий, впервые описанный в 1835 г. [13]
    • Спирохеты - тонкие спиралевидные бактерии, впервые описанные в 1835 г. [13]
    • Спириллум - спиралевидные бактерии, впервые описанные в 1832 г. [14]
    • и т.п.
  • умереть Лепомонерен (с конвертом)
    • Protomonas - теперь классифицируется как эукариот, а не как бактерия. Название было повторно использовано в 1984 году для неродственного рода бактерий [15]
    • Вампирелла - теперь классифицируется как эукариот, а не бактерия

Классификация Фердинанда Кона (1872 г.) оказала влияние на девятнадцатый век и признала шесть родов: Micrococcus , Bacterium , Bacillus , Vibrio , Spirillum и Spirochaeta . [7]

Через группа была переведена как прокариот по Чаттону . [16]

Классификация цианобактерий (в просторечии «сине-зеленые водоросли») велась между водорослями и бактериями (например, Геккель отнес Nostoc к типу водорослей Archephyta [10] ).

в 1905 году Эрвин Ф. Смит принял 33 действительных различных названия бактериальных родов и более 150 неправильных названий [17], а Вюйлемин в исследовании 1913 года [18] пришел к выводу, что все виды бактерий должны относиться к родам Planococcus , Streptococcus. , Klebsiella , Merista , Planomerista , Neisseria , Sarcina , Planosarcina , Metabacterium , Clostridium , Serratia , бактерия , и спирилла .

Кон [19] выделил четыре племени : сферобактерии, микробактерии, десмобактерии и спиробактерии. Stanier и van Neil [20] признали королевство Monera с двумя типами, Myxophyta и Schizomycetae, последняя включает классы Eubacteriae (три отряда), Myxobacteriae (один отряд) и Spirochetae (один отряд). Биссет [21] выделил 1 класс и 4 порядка: Eubacteriales, Actinomycetales, Streptomycetales и Flexibacteriales. Система Вальтера Мигулы , [22]которая была наиболее широко принятой системой своего времени и включала все известные тогда виды, но была основана только на морфологии, включала три основные группы Coccaceae, Bacillaceae и Spirillaceae, а также Trichobacterinae для нитчатых бактерий. Орла-Йенсен [23] установил два отряда: Cephalotrichinae (семь семейств) и Peritrichinae (предположительно, только с одним семейством). Bergey et al. [24] представили классификацию, которая в целом соответствует Заключительному отчету Общества американских бактериологов за 1920 г. (Winslow et al.), В котором класс шизомицетов разделен на четыре отряда: миксобактерии, тиобактерии, хламидобактерии и эубактерии, пятая группа - четыре. роды, считающиеся промежуточными между бактериями и простейшими: Spirocheta, Cristospira , Saprospira и Treponema .

Однако разные авторы часто переклассифицировали роды из-за отсутствия видимых признаков, что приводило к плохому состоянию, которое в 1915 году резюмировал Роберт Эрл Бьюкенен. [25] К тому времени вся группа получила разные звания и имена разными авторами, а именно:

  • Шизомицеты (Нейджело 1857) [11]
  • Бактерии (Cohn 1872 a) [26]
  • Бактерии (Cohn 1872 b) [27]
  • Schizomycetaceae (DeToni and Trevisan 1889) [28].

Кроме того, семейства, на которые был разделен класс, менялись от автора к автору, и для некоторых, таких как Zipf, имена были на немецком, а не на латыни. [29]

Первое издание Бактериологического кодекса в 1947 году разрешило несколько проблем. [30] [ нужен пример ]

Система А. Р. Прево [31] [32] ) имела четыре подтипа и восемь классов, а именно:

  • Eubacteriales (классы Asporulales и Sporulales)
  • Mycobacteriales (классы Actinomycetales, Myxobacteriales и Azotobacteriales)
  • Algobacteriales (классы Siderobacteriales и Thiobacteriales)
  • Protozoobacteriales (класс Spirochetales)
Линней
1735 [33]		Геккель
1866 г. [34]		Чаттон
1925 [35]		Коупленд
1938 [36]		Уиттакер
1969 [37]		Woese et al.
1990 [38]		Кавальер-Смит
1998 [39]		Кавальер-Смит
2015 [40]
2 королевства3 королевства2 империи4 королевства5 королевств3 домена2 империи, 6 королевств2 империи, 7 королевств
(не лечится)ПротистаПрокариотаMoneraMoneraБактерииБактерииБактерии
АрхейАрхей
ЭукариотыПротоктистаПротистаЭукарияПростейшиеПростейшие
ChromistaChromista
VegetabiliaPlantaePlantaePlantaePlantaePlantae
ГрибыГрибыГрибы
AnimaliaAnimaliaAnimaliaAnimaliaAnimaliaAnimalia
Основная статья: Царство (биология) § Резюме

Неформальные группы на основе окрашивания по Граму [ править ]

Несмотря на отсутствие согласия по основным подгруппам бактерий , результаты окрашивания по Граму чаще всего использовались в качестве инструмента классификации. Следовательно, до появления молекулярной филогении, Королевство Prokaryotae было разделено на четыре подразделения [41] . Схема классификации все еще формально следовала руководству Бергей по систематической бактериологии для определения порядка томов [42]

  • Gracilicutes (грамотрицательные)
    • Фотобактерии (фотосинтетические): класс Oxyphotobacteriae (вода как донор электронов, включает отряд Cyanobacteriales = сине-зеленые водоросли, теперь тип Cyanobacteria ) и класс Anoxyphotobacteriae (анаэробные фототрофы, отряды: Rhodospirillales и Chlorobiales.
    • Скотобактерии (нефотосинтетические, теперь Proteobacteria и другие грамотрицательные нефотосинтетические типы)
  • Firmacutes [sic] (грамположительный, впоследствии исправленный на Firmicutes [43] )
    • несколько отрядов, таких как Bacillales и Actinomycetales (теперь в типе Actinobacteria )
  • Молликуты (грамм переменная, например, Mycoplasma )
  • Мендокуты (неравномерное окрашивание по Граму, «метаногенные бактерии», ныне известные как археи )

Молекулярная эра [ править ]

"Архаические бактерии" и реклассификация Вёза [ править ]

Основная статья: Археи
EuryarchaeotaNanoarchaeotaCrenarchaeotaProtozoaAlgaePlantSlime moldsAnimalFungusGram-positive bacteriaChlamydiaeChloroflexiActinobacteriaPlanctomycetesSpirochaetesFusobacteriaCyanobacteriaThermophilesAcidobacteriaProteobacteria
Филогенетическое древо, показывающее отношения между археями и другими формами жизни. Эукариоты окрашены в красный цвет, археи - в зеленый, а бактерии - в синий. По материалам Ciccarelli et al. [44]

Вёзе утверждал, что бактерии, археи и эукариоты представляют собой отдельные линии происхождения, которые на раннем этапе отошли от наследственной колонии организмов. [45] [46] Однако некоторые биологи утверждают, что археи и эукариоты произошли от группы бактерий. [47] В любом случае считается, что вирусы и археи начали отношения примерно два миллиарда лет назад, и что совместная эволюция могла происходить между членами этих групп. [48]Возможно, что последним общим предком бактерий и архей был термофил, что повышает вероятность того, что более низкие температуры являются «экстремальной средой» в терминах архей, а организмы, живущие в более прохладной среде, появились только позже. [49] Поскольку археи и бактерии не более связаны друг с другом, чем с эукариотами, единственное сохранившееся значение термина « прокариот» - «не эукариот», что ограничивает его ценность. [50]

Благодаря усовершенствованным методикам стало ясно, что метаногенные бактерии сильно отличаются и (ошибочно) считались реликтами древних бактерий [51], поэтому Карл Вёзе , считающийся предшественником революции молекулярной филогении, определил три основные линии происхождения: Архебактерии , эубактерии и уркариоты , последние теперь представлены нуклеоцитоплазматическим компонентом эукариот . [52] Эти линии были формализованы в ранговый домен ( regio на латыни), который разделил жизнь на 3 области: эукариоты , археи иБактерии . [2]

Подразделения [ править ]

Основная статья: Бактериальные типы

В 1987 году Карл Вёзе разделил Eubacteria на 11 разделов на основе последовательностей 16S рибосомной РНК (SSU), которые с несколькими добавками используются до сих пор. [53] [54]

Оппозиция [ править ]

Хотя трехдоменная система широко распространена, [55] некоторые авторы выступают против нее по разным причинам.

Одним из видных ученых, выступающих против системы трех доменов, является Томас Кавалье-Смит , который предположил, что археи и эукариоты ( Neomura ) происходят от грамположительных бактерий ( Posibacteria ), которые, в свою очередь, происходят от грамотрицательных бактерий ( Negibacteria ) на основе нескольких логические аргументы [56] [57], которые весьма противоречивы и обычно игнорируются сообществом молекулярной биологии ( см. комментарии рецензентов, [57] например, Эрик Баптест является «агностиком» в отношении выводов) и часто не упоминается в обзорах ( например . [58]) из-за субъективного характера сделанных предположений. [59]

Однако, несмотря на наличие множества статистически подтвержденных исследований укоренения древа жизни между Бактериями и Неомура с помощью различных методов [60], в том числе тех, которые невосприимчивы к ускоренной эволюции, как утверждает Кавальер -Смит является источником предполагаемой ошибки в молекулярных методах [56] - есть несколько исследований, которые сделали разные выводы, некоторые из которых помещают корень в тип Firmicutes с вложенными археями. [61] [62] [63]

Молекулярная таксономия Радхи Гупты, основанная на консервативных сигнатурных последовательностях белков, включает монофилетическую грамотрицательную кладу, монофилетическую грамположительную кладу и полифилетическую археоту, полученную из грамположительных. [64] [65] [66] Молекулярный анализ Хори и Осавы показал связь между метабактериями (= Archeota) и эукариотами. [67] Единственный кладистический анализ бактерий, основанный на классических доказательствах, в значительной степени подтверждает результаты Гупты (см. Всеобъемлющую мегатаксономию ).

Джеймс Лейк представил 2 основных устройства царства (Parkaryotae + эукариоты и эоциты + Karyotae) и предложил схему 5 основных царств (Eukaryota, Eocyta, Methanobacteria, Halobacteria и Eubacteria), основанную на структуре рибосом, и схему 4 основных царств (Eukaryota, Eocyta , Methanobacteria и Photocyta ), бактерии классифицируются по трем основным биохимическим нововведениям: фотосинтез (Photocyta), метаногенез (Methanobacteria) и дыхание серы ( Eocyta ). [68] [69] [70] Он также обнаружил доказательства того, что грамотрицательные бактерии возникли в результате симбиоза двух грамположительных бактерий.[71]

Власти [ править ]

См. Также: Международный кодекс номенклатуры бактерий и LPSN.

Классификация - это группирование организмов в все более инклюзивные группы на основе филогении и фенотипа, в то время как номенклатура - это применение формальных правил для наименования организмов. [72]

Номенклатурный авторитет [ править ]

Основная статья: Бактериологический код

Несмотря на отсутствие официальной и полной классификации прокариот, названия (номенклатура), данные прокариотам, регулируются Международным кодексом номенклатуры бактерий ( Бактериологический кодекс ), книгой, которая содержит общие соображения, принципы, правила и различные примечания, и советует [73] аналогично номенклатурным кодам других групп.

Классификационные органы [ править ]

Основная статья: Руководство Берджи по систематической бактериологии

Таксоны, которые были правильно описаны, рассмотрены в руководстве Берджи по систематической бактериологии , которое призвано помочь в идентификации видов и считается авторитетным авторитетом. [42] Доступна онлайн-версия таксономического обзора бактерий и архей (ТОБА) [1] .

Основная статья: LPSN

Список имен прокариот со статусом в номенклатуре (LPSN) - это онлайн-база данных, которая в настоящее время содержит более двух тысяч принятых имен с их ссылками, этимологией и различными примечаниями. [74]

Описание новых видов [ править ]

Основная статья: Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии

Международный журнал Систематической бактериологии / Международный журнал Систематических и эволюционная микробиология (IJSB / IJSEM) является рецензируемым журналом , который выступает в качестве официального международного форума для публикации новых прокариотических таксонов. Если вид опубликован в другом рецензируемом журнале, автор может подать запрос в IJSEM с соответствующим описанием, которое, если оно верное, приведет к включению нового вида в Список валидации IJSEM.

Распространение [ править ]

Основная статья: Коллекция Культуры

Коллекции микробных культур - это хранилища штаммов, целью которых является их сохранение и распространение. Основными из них являются: [72]

Коллекция AcronymИмяМесто расположения
ATCCКоллекция американских типовых культурМанассас , Вирджиния
NCTCНациональная коллекция типовых культурОбщественное здравоохранение Англии , Соединенное Королевство
BCCMСкоординированная коллекция микроорганизмов в БельгииГент , Бельгия
CIPКоллекция Института ПастераПариж , Франция
ДСМЗDeutsche Sammlung von Mikroorganismen und ZellkulturenБрауншвейг , Германия
JCMЯпонская коллекция микроорганизмовСайтама , Япония
NCCBКоллекция культур Нидерландов бактерийУтрехт , Нидерланды
NCIMB Национальная коллекция промышленных, пищевых и морских бактерийАбердин , Шотландия
ICMPМеждународная коллекция микроорганизмов из растенийОкленд , Новая Зеландия
CECTКоллекция испанской типовой культурыВаленсия , Испания

Анализирует [ править ]

Сначала бактерии классифицировались исключительно на основании их формы (вибрионы, палочки, кокки и т. Д.), Наличия эндоспор, окраски по Граму, аэробных условий и подвижности. Эта система изменилась с изучением метаболических фенотипов, в которых использовались метаболические характеристики. [75] В последнее время, с появлением молекулярной филогении, для идентификации видов используются несколько генов, наиболее важным из которых является ген 16S рРНК , за которым следует 23S , область ITS , gyrB.и другие, чтобы подтвердить лучшее разрешение. Самый быстрый способ определить соответствие изолированного штамма какому-либо виду или роду сегодня - это амплификация его гена 16S с помощью универсальных праймеров, секвенирование ампликона размером 1,4 КБ и отправка его в специализированную базу данных идентификации в Интернете, а именно в проект Ribosomal Database Project [ 2] , которые выравнивают последовательность с другими последовательностями 16S, используя адскую, вторичную структуру, основанную на глобальном выравнивании [76] [77] или ARB SILVA , которая выравнивает последовательности через SINA (инкрементный выравниватель SILVA), который выполняет локальное выравнивание затравки. и расширяет его [3] . [78]

Существует несколько методов идентификации: [72]

  • Фенотипические анализы
    • анализы жирных кислот
    • Условия роста ( чашки с агаром , многолуночные планшеты Biolog )
  • Генетические анализы
    • ДНК-ДНК гибридизация
    • ДНК-профилирование
    • Последовательность
    • Коэффициенты GC
  • Филогенетические анализы
    • Филогения на основе 16S
    • филогения на основе других генов
    • Анализ мультигенной последовательности
    • Анализ последовательности всего генома

Новые виды [ править ]

Минимальные стандарты описания нового вида зависят от того, к какой группе принадлежит этот вид. cf [79]

Candidatus [ править ]

Основная статья: кандидат

Candidatus - это компонент таксономического названия бактерии, которая не может содержаться в коллекции бактериологических культур. Это промежуточный таксономический статус некультивируемых организмов. например " Candidatus Pelagibacter ubique "

Понятие вида [ править ]

Основная статья: Проблема видов

Бактерии делятся бесполым путем и по большей части не проявляют регионализма (« Все есть везде »), поэтому концепция вида, которая лучше всего подходит для животных, становится полностью предметом суждения.

Число названных видов бактерий и архей (приблизительно 13 000) [80] удивительно мало, учитывая их раннюю эволюцию, генетическое разнообразие и место обитания во всех экосистемах. Причиной этого являются различия в представлениях о видах между бактериями и макроорганизмами, трудности в выращивании / описании в чистой культуре (предварительное условие для наименования новых видов, см. Выше ) и обширный горизонтальный перенос генов, стирающий различия между видами. [81]

Наиболее общепринятое определение - определение многофазных видов, которое учитывает как фенотипические, так и генетические различия. [82] Однако более быстрый специальный диагностический порог для отдельных видов составляет менее 70% ДНК-ДНК-гибридизации [83], что соответствует менее 97% идентичности последовательностей ДНК 16S. [84] Было отмечено, что если бы это было применено к классификации животных, отряд приматов был бы одним видом. [85] По этой причине были предложены более строгие определения видов, основанные на полногеномных последовательностях. [86]

Патология против филогении [ править ]

В идеале таксономическая классификация должна отражать эволюционную историю таксонов, то есть филогению. Хотя есть некоторые исключения, когда фенотип различается в группе, особенно с медицинской точки зрения. Ниже приведены некоторые примеры проблемных классификаций.

Escherichia coli : слишком большая и полифилетическая [ править ]

Основная статья: кишечная палочка

В семействе Enterobacteriaceae класса Gammaproteobacteria виды рода Shigella ( S. dysenteriae , S. flexneri , S. boydii , S. sonnei ) с эволюционной точки зрения являются штаммами вида Escherichia coli (полифилетическая), но из-за генетических различий вызывают различные заболевания в случае патогенных штаммов. [87] Как ни странно, существуют также штаммы E. coli , вырабатывающие токсин шига, известный как STEC .

Escherichia coli - это плохо классифицированный вид, так как некоторые штаммы имеют только 20% общего генома. Поскольку он настолько разнообразен, ему следует дать более высокий таксономический рейтинг. [88] Однако из-за медицинских условий, связанных с этим видом, он не будет изменен, чтобы избежать путаницы в медицинском контексте.

Группа Bacillus cereus : близкая и полифилетическая [ править ]

Основная статья: Bacillus cereus

Аналогичным образом, виды Bacillus (= тип Firmicutes ), принадлежащие к « группе B. cereus » ( B. anthracis , B. cereus , B. thuringiensis , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. weihenstephanensis и B. medusa ) имеют 99-100% схожую последовательность 16S рРНК (97% - это обычно цитируемый адекватный видовой предел) и являются полифилетическими, но по медицинским причинам (сибирская язва и т. д. ) остаются отдельными. [89]

Yersinia pestis : очень недавний вид [ править ]

Основная статья: Yersinia pestis

Yersinia pestis , по сути, является штаммом Yersinia pseudotuberculosis , но с островком патогенности, который вызывает совершенно другую патологию (черная чума и симптомы, подобные туберкулезу соответственно), которая возникла от 15 000 до 20 000 лет назад. [90]

Вложенные роды в Pseudomonas [ править ]

Основная статья: Азотобактер

В отряде гаммапротеобактерий Pseudomonadales род Azotobacter и вид Azomonas macrocytogenes на самом деле являются членами рода Pseudomonas , но были неправильно классифицированы из-за способности фиксировать азот и большого размера рода Pseudomonas, что затрудняет классификацию. [75] [91] [92] Это, вероятно, будет исправлено в ближайшем будущем.

Вложенные роды в Bacillus [ править ]

Основная статья: Bacillus

Другой пример большого рода с вложенными родами - это род Bacillus , в котором роды Paenibacillus и Brevibacillus являются вложенными кладами. [93] В настоящее время недостаточно геномных данных для полного и эффективного исправления таксономических ошибок Bacillus .

Agrobacterium : устойчивость к смене названия [ править ]

Основная статья: Agrobacterium

На основе молекулярных данных было показано, что род Agrobacterium гнездится в Rhizobium, а виды Agrobacterium переданы роду Rhizobium (в результате получился следующий состав: Rhizobium radiobacter (ранее известный как A. tumefaciens) , R. rhizogenes , R . rubi , R. undicola и R. vitis ) [94] Учитывая патогенную природу видов Agrobacterium , было предложено сохранить род Agrobacterium [95], и последнее было оспорено [96].

Номенклатура [ править ]

Основная статья: Биномиальная номенклатура
Смотрите также: латинская грамматика и древнегреческая грамматика

Таксономические названия пишутся курсивом (или подчеркиваются от руки) с большой первой буквой, за исключением эпитетов для видов и подвидов. Несмотря на то, что это распространено в зоологии, тавтонимы (например, бизон бизон ) неприемлемы, а названия таксонов, используемых в зоологии, ботанике или микологии, не могут быть повторно использованы для бактерий (ботаника и зоология действительно имеют общие названия).

Номенклатура - это набор правил и условностей, регулирующих названия таксонов. Разница в номенклатуре между различными царствами / доменами рассматривается в [97].

Для бактерий допустимые имена должны иметь латинское или неолатинское имя и могут использовать только основные латинские буквы (w и j включительно, см. Историю латинского алфавита для них), следовательно, дефисы, акценты и другие буквы не принимаются и должны быть правильно транслитерированы. (например, ß = ss). [98] Древнегреческий язык, написанный греческим алфавитом, требует транслитерации в латинский алфавит.

При создании составных слов соединительная гласная необходима в зависимости от происхождения предыдущего слова, независимо от слова, которое следует за ним, если последнее не начинается с гласной, и в этом случае соединительная гласная не добавляется. Если первое соединение латинское, то соединяющая гласная - -i-, тогда как если первое соединение - греческое, соединяющая гласная - -o-. [99]

По этимологиям имен обратитесь к LPSN .

Правила для высших таксонов [ править ]

Для сравнения с другими кодами номенклатуры см. Таксономический ранг § Окончания имен .

Для прокариот ( бактерий и архей ) ранговое царство не используется [100] (хотя некоторые авторы называют филы царствами [72] ).

Если новый или измененный вид помещается в новые ранги, в соответствии с Правилом 9 Бактериологического кодекса название формируется путем добавления соответствующего суффикса к основанию названия типового рода. [73] Для подкласса и класса обычно следует рекомендация из [101] , в результате чего получается нейтральное множественное число, однако некоторые имена не следуют этому и вместо этого учитывают греко-латинскую грамматику (например, женские множественные числа Thermotogae , Aquificae и Chlamydiae , мужские множественные числа Chloroflexi , Bacilli и Deinococci и греческие множественные числа Spirochaetes , Gemmatimonadetes иChrysiogentes ). [102]

КлассифицироватьСуффиксПример
Род-ae( Elusimicrobiae )
Subtribe (не используется)-inae( Elusimicrobiinae )
Племя (вышедшее из употребления)-eae( Elusimicrobiieae )
Подсемейство-oideae( Elusimicrobioideae )
Семья-aceaeElusimicrobiaceae
Подотряд-ineae( Elusimicrobineae )
Заказ-продажиElusimicrobiales
Подкласс-idae( Elusimicrobidae )
Класс-яElusimicrobia
Типсм. текстElusimicrobia

Окончания Phyla [ править ]

Смотрите также: Бактериальные типы

Типы не подпадают под Бактериологический кодекс [102], однако научное сообщество обычно следует таксономии Ncbi и Lpsn , где название типа обычно является множественным числом от типового рода, за исключением Firmicutes , Cyanobacteria и Proteobacteria. , чьи имена не происходят от названия рода. Чем выше таксонов , предложенный Cavalier-Smith [56] , как правило , игнорируются в молекулярной филогении сообщества ( например , [58] ) ( смотри выше ).

Для архей используется суффикс -археота . [103] Для бактериального типа было предложено использовать суффикс -бактерии для типа. [104]

Следовательно, для основного типа название типа такое же, как у первого описанного класса:

  • Ацидобактерии (из Acidobacterium )
  • Актинобактерии (из Actinomyces )
  • Caldisericia (от Caldisericum )
  • Elusimicrobia (от Elusimicrobium )
  • Фузобактерии (из Fusobacterium )
  • Термодесульфобактерии (из Thermodesulfobacterium )
  • Thermotogae (от Thermotoga )
  • Aquificae (от Aquifex )
  • Хламидии (от хламидий )
  • Хлорофлекси (от Chloroflexus )
  • Chrysiogentes (из Chrysiogenes )
  • Гемматимонадетес (от Гемматимонас )
  • Deferribacteres (от Deferribacter )

В то время как для других, где суффикс -ia для класса используется независимо от грамматики, они различаются:

  • тип Bacteroidetes против класса Bacteroidia из Bacteroides
  • тип Chlorobi против класса Chlorobia из Chlorobium
  • тип Verrucomicrobia против класса Verrucomicrobiae из Verrucomicrobium (название аномального класса)
  • тип Dictyoglomi по сравнению с классом Dictyoglomia из Dictyoglomus
  • phylum Fibrobacteres по сравнению с классом Fibrobacteria из Fibrobacter (ср. суффикс -bacter , обратите внимание на разницу с Deferribacteres )
  • тип Lentisphaerae по сравнению с классом Lentisphaeria из Lentisphaera
  • тип Nitrospira или Nitrospirae по сравнению с классом Nitrospira из Nitrospira
  • тип Spirochates по сравнению с классом Spirochaetae из Spirochaeta
  • тип Synergistetes против класса Synergistetia от Synergistes
  • тип Planctomycetes против Planctomycea из Planctomyces

Исключением является тип Deinococcus – Thermus , который несет пару родов, разделенных дефисом: допустимые названия принимаются только латинскими буквами без акцента, но типы официально не признаются. [103] Совсем недавно было предложено внести поправки в Бактериологический кодекс, чтобы указать -aeota как окончание для бактериального типа и чтобы названия были производными от класса типа внутри этого типа. [105] Это потребует следующих изменений:

  • Ацидобактерии → Ацидобактерии
  • Актинобактерии → Actinobacteraeota
  • Протеобактерии → Alphaproteobacteraeota
  • Aquificae → Aquificaeota
  • Armatimonadetes → Armatimonadaeota
  • Firmicutes → Bacillaeota
  • Bacteroidetes → Bacteroidaeota
  • Caldiserica → Caldisericaeota
  • Хламидии → Chlamydaeota
  • Хлороби → Хлоробаеота
  • Chloroflexi → Chloroflexaeota
  • Chrysiogentes → Chrysiogenaeota
  • Deferribacteres → Deferribacteraeota
  • Deinococcus-Thermus → Deinococcaeota
  • Диктиогломи → Диктиогломаеота
  • Elusimicrobia → Elusimicrobaeota
  • Фибробактерии → Fibrobacteraeota
  • Фузобактерии → Fusobacteraeota
  • Гемматимонадес → Гемматимонада
  • Игнавибактерии → Игнавибактерии
  • Lentisphaerae → Lentisphaeraeota
  • Euryarchaeota → Methanobacteraeota
  • Tenericutes → Mollicutaeota
  • Таумархеи → Nitrososphaeraeota
  • Нитроспира → Нитроспираота
  • Планктомицеты → Planctomycetaeota
  • Спирохеты → Spirochaetaeota
  • Synergistetes → Synergistaeota
  • Термодесульфобактерии → Thermodesulfobacteraeota
  • Термомикробия → Термомикробаота
  • Crenarchaeota → Thermoproteaeota
  • Thermotogae → Thermotogaeota
  • Веррукомикробия → Verrucomicrobaeota

Имена в честь людей [ править ]

Основные статьи: Список родов бактерий, названных в честь личных имен, и Список родов бактерий, названных в честь мифологических персонажей

Несколько видов названы в честь людей, либо первооткрывателей, либо известных людей в области микробиологии, например, Salmonella названа в честь Д. Е. Салмона, который ее открыл (хотя и как «Bacillus typhi» [106] ). [107]

Для родового эпитета все имена, производные от людей, должны быть в женском именительном падеже, путем изменения окончания на -a или уменьшительного -ella, в зависимости от имени. [99]

Для конкретного эпитета имена могут быть преобразованы в форму прилагательного (добавление -nus (m.), -Na (f.), -Num (n.) В зависимости от пола названия рода) или в родительный падеж родового падежа. латинизированное имя. [99]

Имена после мест [ править ]

Основные статьи: Список родов бактерий, названных в честь географических названий, и Список родов бактерий, названных в честь учреждений

Многие виды (специфический эпитет) названы в честь места, где они присутствуют или встречаются (например, Thiospirillum jenense ). Их имена создаются путем образования прилагательного путем соединения названия местности с окончанием -ensis (m. Или f.) Или ense (n.) В соответствии с полом названия рода, если для места не существует классического латинского прилагательного. . Однако названия мест не следует использовать как существительные в родительном падеже. [99]

Народные имена [ править ]

См. Также: Общее имя

Несмотря на то, что некоторые гетеро / гомогенные колонии или биопленки бактерий имеют названия на английском языке (например, зубной налет или звездчатое желе ), ни один вид бактерий не имеет общеупотребительного / тривиального / общеупотребительного названия на английском языке.

Для имен в единственном числе нельзя использовать множественное число ( singulare tantum ), так как это будет означать несколько групп с одним и тем же ярлыком, а не несколько членов этой группы (аналогично, в английском языке стулья и столы - это типы мебели, которые нельзя использовать. во множественном числе «мебель» для описания обоих элементов), и наоборот, имена во множественном числе - тантум множественного числа. Однако частичным исключением из этого правила является использование имен на местном языке. Однако, чтобы избежать повторения таксономических названий, которые нарушают поток прозы, часто используются и рекомендуются народные названия представителей рода или более высоких таксонов, которые формируются путем написания названия таксона в латинском регистре предложения («стандарт» в MS Office), поэтому существительное собственное рассматривается как английское нарицательное.(например, сальмонеллы), хотя есть некоторые споры о грамматике множественного числа, которое может быть либо правильным множественным числом, добавив - (e) s (сальмонеллы), либо используя древнегреческую или латинскую форму множественного числа ( неправильное множественное число ) существительного (сальмонеллы); последнее является проблематичным, поскольку множественное число от - bacter было бы -bacteres, а множественное число myces (NL masc. n. от Gr. masc. n. mukes) - mycetes. [108]

Обычаи присутствуют для определенных имен, например, имена, оканчивающиеся на -monas , преобразуются в -monad (одна псевдомонада, две аэромонады и не -монады).

Бактерии, которые являются этиологической причиной заболевания, часто обозначаются названием болезни, за которым следует описывающее существительное (бактерия, бацилла, кокк, агент или название их типа), например, бактерия холеры ( Vibrio cholerae ) или спирохета болезни Лайма ( Borrelia burgdorferi ), отметим также риккетсиоз ( Rickettsia akari ) (подробнее см. [109] ).

Трепонема превращается в трепонему, а множественное число - это трепонемы, а не трепонемы.

Некоторые необычные бактерии имеют особые названия, такие как овал Куинелла ( Quinella ovalis ) и квадрат Уолсби ( Haloquadratum walsbyi ).

До появления молекулярной филогении у многих более высоких таксономических группировок были только тривиальные названия, которые используются до сих пор, некоторые из которых являются полифилетическими, например Rhizobacteria. Некоторые более высокие таксономические тривиальные имена:

  • Сине-зеленые водоросли являются членами филума цианобактерий.
  • Зеленые бактерии, не содержащие серы, относятся к типу Chloroflexi.
  • Зеленые серные бактерии являются членами семейства Chlorobi.
  • Пурпурные бактерии - это некоторые, но не все, члены филума Proteobacteria.
  • Пурпурные серные бактерии являются членами отряда Chromatiales.
  • грамположительные бактерии с низким содержанием G + C относятся к типу Firmicutes независимо от содержания GC.
  • грамположительные бактерии с высоким содержанием G + C являются членами филума актинобактерий независимо от содержания GC
  • Ризобактерии являются представителями различных родов протеобактерий.
  • Ризобии входят в отряд Rhizobiales.
  • Молочнокислые стрептококки относятся к роду Lactococcus.
  • Коринеформные бактерии являются членами семейства коринебактерий.
  • Плодоносящие скользящие бактерии или миксобактерии относятся к отряду Myxococcales.
  • Кишечные бактерии являются членами отряда Enterobacteriales , хотя этого термина следует избегать, если они не живут в кишечнике, например Pectobacterium.
  • Бактерии уксусной кислоты являются членами семейства Acetobacteraceae.

Терминология [ править ]

  • Сокращенное обозначение вида - sp. (множественное число spp. ) и используется после общего эпитета для обозначения вида этого рода. Часто используется для обозначения штамма рода, для которого вид неизвестен, либо потому, что этот организм еще не был описан как вид, либо было проведено недостаточно тестов для его идентификации. Например, Halomonas sp. GFAJ-1
  • Если бактерия известна и хорошо изучена, но не подлежит культивированию, в ее названии дается термин Candidatus.
  • Базоним - это исходное название новой комбинации, а именно первое название, данное таксону до его реклассификации.
  • Синоним - это альтернативное название таксона, т. Е. Таксон был ошибочно описан дважды.
  • Когда таксон переносится, он становится новой комбинацией (comb. Nov.) Или nomina nova (nom. Nov.)
  • парафилия , монофилия и полифилия

См. Также [ править ]

  • Список латинских и греческих слов, обычно используемых в систематических именах
  • Список родов бактерий
  • Список бактериальных заказов
  • Список секвенированных геномов прокариот
  • Проект микробиома человека
  • Микробная экология
  • Список клинически важных бактерий
  • Список секвенированных геномов архей
  • Список родов архей
  • Видовая проблема
  • Эволюционный класс
  • Комплекс загадочных видов
  • Синоним (таксономия)
  • Таксономия
  • LPSN , список общепринятых названий бактерий и архей
  • Цианобактерии , тип обычных бактерий, но плохо классифицированных в настоящее время
  • Типы бактерий , сложная классификация

Ссылки [ править ]

  1. ^ Линней, Карл (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, систематика предложений по классам, порядкам, родам и видам .
  2. ^ a b Woese, CR; Kandler, O .; Уилис, ML (1990). «К естественной системе организмов: предложение о доменах архей, бактерий и эукариев» . Труды Национальной академии наук . 87 (12): 4576–4579. Бибкод : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .  
  3. ^ Porter JR (1976). «Энтони ван Левенгук: трехсотлетие открытия бактерий» . Бактериологические обзоры . 40 (2): 260–9. DOI : 10.1128 / mmbr.40.2.260-269.1976 . PMC 413956 . PMID 786250 .  
  4. ^ ван Левенгук A (1684). "Отрывок из письма г-на Энтони Леввенгука из Делфта от 17 сентября 1683 г., содержащего некоторые микроскопические наблюдения о животных в зубном налете, о червях в носу, о кутикуле, состоящей из чешуек. " . Философские труды . 14 (155–166): 568–574. Bibcode : 1684RSPT ... 14..568L . DOI : 10,1098 / rstl.1684.0030 .
  5. ^ ван Левенгук A (1700). «Часть письма господина Энтони ван Левенгука о червях в печени овец, мошках и животных в экскрементах лягушек» . Философские труды . 22 (260–276): 509–518. Bibcode : 1700RSPT ... 22..509V . DOI : 10,1098 / rstl.1700.0013 .
  6. ^ ван Левенгук A (1702). «Часть письма г-на Энтони ван Левенгука, ФРС, относительно зеленых сорняков, растущих в воде, и некоторых обнаруженных вокруг них животных». Философские труды . 23 (277–288): 1304–11. Bibcode : 1702RSPT ... 23.1304V . DOI : 10,1098 / rstl.1702.0042 . S2CID 186209549 . 
  7. ^ a b c Мюррей, RGE, Холт, JG (2005). История Руководства Берджи . В: Гаррити, Дж. М., Бун, Д. Р. и Кастенхольц, Р. У. (ред., 2001). Руководство Берджи по систематической бактериологии , 2-е изд., Т. 1, Springer-Verlag, New York, p. 1-14. ссылка . [См. Стр. 2.]
  8. ^ Пот Б., Гиллис М. и Де Лей Дж. Род Aquaspirillum. В: Balows, A., Trüper, HG, Dworkin, M., Harder, W., Schleifer, K.-H. (Ред.). Прокариоты , 2-е изд., Т. 3. Springer-Verlag. Нью-Йорк. 1991 г.
  9. ^ «Этимология слова« бактерии » » . Интернет-словарь этимологии . Архивировано 18 ноября 2006 года . Источник +23 Ноябрю 2006 .
  10. ^ a b c d Геккель, Эрнст (1867). Generelle Morphologie der Organismen (на немецком языке). Берлин: Реймер. ISBN 978-1-144-00186-3 - через Интернет-архив.
  11. ^ a b Фон Нэгели, К. (1857). Каспари, Р. (ред.). "Bericht über die Verhandlungen der 33. Versammlung deutscher Naturforscher und Aerzte, gehalten в Бонне от 18 до 24 сентября 1857 г." [Отчет о переговорах на 33-м совещании немецких естествоиспытателей и врачей, состоявшемся в Бонне 18-24 сентября 1857 г.] . Botanische Zeitung (на немецком языке). 15 : 749–776 - через Интернет-архив .
  12. ^ Пачини, Ф .: Osservazione microscopiche e deduzioni patologiche sul cholera asiatico. Gazette Medicale de Italiana Toscano Firenze, 1854, 6, 405-412.
  13. ^ а б Эренберг, CG (1835). "Dritter Beitrag zur Erkenntniss grosser Organization in der Richtung des kleinsten Raumes". Physikalische Abhandlungen der Koeniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin aus den Jahren 1833-1835 , стр. 143-336.
  14. ^ Эренберг, CG (1830). "Beiträge zur Kenntnis der Organization der Infusorien und ihrer geographischen Verbreitung besonders в Сибири". Abhandlungen der Koniglichen Akademie der Wissenschaften zu Berlin 1832 , стр. 1–88.
  15. ^ Запись Protomonas в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  16. ^ Чаттон, Э. (1925). " Pansporella perplexa : Réflexions sur la biologie et la phylogénie des protozoaires". Анналы естественных наук . 10 (VII): 1–84.
  17. ^ Смит, Эрвин Ф. (1905). Номенклатура и классификация бактерий в отношении болезней растений , Vol. 1.
  18. ^ Vuillemin (1913). «Рода Schizomycetum». Annales Mycologici , Vol. 11. С. 512–527.
  19. ^ Кон, Фердинанд (1875). "Untersuchungen uber Bakterien, II". Beitrage zur Biologie der Pfanzen , Vol. 1. С. 141–207.
  20. ^ Stanier и Ван Нил (1941). «Основные положения бактериальной классификации». Журнал бактериологии , Vol. 42. С. 437–466.
  21. ^ Биссет (1962). Бактерии , 2-е изд .; Лондон: Ливингстон.
  22. ^ Мигула, Уолтер (1897). System der Bakterien . Йена, Германия: Густав Фишер.
  23. ↑ Орла-Йенсен (1909). "Die Hauptlinien des naturalischen Bakteriensystems nebst einer Ubersicht der Garungsphenomene". Центр. Бакт. Паразитенк. , Vol. II, № 22, с. 305–346
  24. ^ Руководство Берджи по детерминантной бактериологии (1925). Балтимор: Williams & Wilkins Co. (со многими последующими изданиями).
  25. ^ Бьюкенен, RE (1916). «Исследования по номенклатуре и классификации бактерий: проблема бактериальной номенклатуры» . Журнал бактериологии . 1 (6): 591–596. DOI : 10.1128 / jb.1.6.591-596.1916 . PMC 378679 . PMID 16558720 - через Национальный центр биотехнологической информации.  
  26. ^ Кон, Фердинанд (1872 г.). "Организаторы Покенлимфе". Вирхов (ред.), Архив , Vol. 55, стр. 237.
  27. ^ Кон, Фердинанд (1872 б) "Untersuchungen ilber Bakterien". Beitrage zur Biologie der Pflanzen Vol. 1, № 1, с. 136.
  28. ^ Detoni, JB; Тревизан, В. (1889). «Schizomycetaceae». Саккардо (ред.), Sylloge Fungorum , Vol. 8, стр. 923.
  29. Перейти ↑ Buchanan, RE (март 1917 г.). "Исследования по номенклатуре и классификации бактерий: II. Основные подразделения шизомицетов" . Журнал бактериологии . 2 (2): 155–64. DOI : 10.1128 / JB.2.2.155-164.1917 . PMC 378699 . PMID 16558735 .  
  30. ^ "Международный бактериологический кодекс номенклатуры" . Журнал бактериологии . 55 (3): 287–306. Март 1948 г. doi : 10.1128 / JB.55.3.287-306.1948 . PMC 518444 . PMID 16561459 .  
  31. ^ Прево, А. Р. (1958). Мануэль по классификации и определению анаэробных животных . Париж: Массон.
  32. ^ Прево, А. Р. (1963). Бактерии в Précis de Botanique . Париж: Массон.
  33. Перейти ↑ Linnaeus, C. (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, систематика предложений по классам, порядкам, родам и видам .
  34. Перейти ↑ Haeckel, E. (1866). Generelle Morphologie der Organismen . Реймер, Берлин.
  35. ^ Чаттон, Э. (1925). " Pansporella perplexa . Рефлексии о биологии и филогении простейших". Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale . 10-VII: 1–84.
  36. ^ Коупленд, Х. (1938). «Царства организмов». Ежеквартальный обзор биологии . 13 : 383–420. DOI : 10.1086 / 394568 .
  37. ↑ Whittaker, RH (январь 1969). «Новые представления о царствах организмов». Наука . 163 (3863): 150–60. Bibcode : 1969Sci ... 163..150W . DOI : 10.1126 / science.163.3863.150 . PMID 5762760 . 
  38. ^ Woese, C .; Kandler, O .; Уилис, М. (1990). «К естественной системе организмов: предложение о доменах архей, бактерий и эукариев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–9. Бибкод : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .  
  39. Перейти ↑ Cavalier-Smith, T. (1998). «Пересмотренная система жизни шести царств» . Биологические обзоры . 73 (03): 203–66. DOI : 10.1111 / j.1469-185X.1998.tb00030.x . PMID 9809012 . 
  40. ↑ Ruggiero, Michael A .; Гордон, Деннис П .; Оррелл, Томас М .; Байи, Николас; Бургуэн, Тьерри; Бруска, Ричард С .; Кавальер-Смит, Томас; Guiry, Michael D .; Кирк, Пол М .; Туэзен, Эрик В. (2015). «Классификация всех живых организмов более высокого уровня» . PLOS ONE . 10 (4): e0119248. Bibcode : 2015PLoSO..1019248R . DOI : 10.1371 / journal.pone.0119248 . PMC 4418965 . PMID 25923521 .  
  41. ^ GIBBONS NE; MURRAY RGE (1978). «Предложения по высшим таксонам бактерий» . Международный журнал систематической бактериологии . 28 : 1–6. DOI : 10.1099 / 00207713-28-1-1 .
  42. ^ a b Джордж М. Гаррити: Руководство Берджи по систематической бактериологии. 2. Auflage. Springer, Нью-Йорк, 2005 г., Том 2: Протеобактерии, Часть B: Гаммапротеобактерии
  43. ^ МЮРРЕЙ (RGE): Высшие таксоны или место для всего ...? В: NR KRIEG and JG HOLT (ed.) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 1, The Williams & Wilkins Co., Балтимор, 1984, стр. 31–34
  44. ^ Ciccarelli ФО, Doerks Т, фон Меринг С, Криви CJ, Snel В, Bork P (2006). «К автоматической реконструкции дерева жизни с высоким разрешением». Наука . 311 (5765): 1283–7. Bibcode : 2006Sci ... 311.1283C . CiteSeerX 10.1.1.381.95 14 . DOI : 10.1126 / science.1123061 . PMID 16513982 . S2CID 1615592 .   
  45. ^ Вёзе CR, Р. Гупта (1981). «Архебактерии просто производные от прокариот?». Природа . 289 (5793): 95–6. Bibcode : 1981Natur.289 ... 95W . DOI : 10.1038 / 289095a0 . PMID 6161309 . S2CID 4343245 .  
  46. ^ Вёзе C (1998). «Вселенский предок» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (12): 6854–9. Bibcode : 1998PNAS ... 95.6854W . DOI : 10.1073 / pnas.95.12.6854 . PMC 22660 . PMID 9618502 .  
  47. Перейти ↑ Gupta RS (2000). «Естественные эволюционные отношения между прокариотами». Крит. Rev. Microbiol . 26 (2): 111–31. CiteSeerX 10.1.1.496.1356 . DOI : 10.1080 / 10408410091154219 . PMID 10890353 . S2CID 30541897 .   
  48. ^ С. Майкл Хоган. 2010. Вирус . Энциклопедия Земли . Редакторы: Катлер Кливленд и Сидни Драгган
  49. ^ Gribaldo S, Brochier-Арманет C (2006). «Происхождение и эволюция архей: современное состояние» . Философские труды Королевского общества B . 361 (1470): 1007–22. DOI : 10.1098 / rstb.2006.1841 . PMC 1578729 . PMID 16754611 .  
  50. ^ Вёзе CR (1 марта 1994). «Где-то должен быть прокариот: микробиология ищет себя» . Microbiol. Ред . 58 (1): 1–9. DOI : 10.1128 / MMBR.58.1.1-9.1994 . PMC 372949 . PMID 8177167 .  
  51. ^ Balch, W .; Magrum, L .; Fox, G .; Wolfe, R .; Woese, C. (1977). «Древнее расхождение среди бактерий». Журнал молекулярной эволюции . 9 (4): 305–311. Bibcode : 1977JMolE ... 9..305B . DOI : 10.1007 / BF01796092 . PMID 408502 . S2CID 27788891 .  
  52. ^ Francolini, C .; Эгет, Х. (1979). «Перцепционная селективность зависит от задачи: всплывающий эффект исчезает» . Восприятие и психофизика . 25 (2): 99–110. DOI : 10.3758 / bf03198793 . PMID 432104 . 
  53. ↑ Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Везе, Карл в авангарде революции бактериальной эволюции». Ученый . 4 (10).
  54. ^ Вёзе, CR (1987). «Бактериальная эволюция» . Микробиологические обзоры . 51 (2): 221–271. DOI : 10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987 . PMC 373105 . PMID 2439888 .  
  55. Перейти ↑ Ward, BB (2002). "Сколько существует видов прокариот?" . Труды Национальной академии наук . 99 (16): 10234–10236. Bibcode : 2002PNAS ... 9910234W . DOI : 10.1073 / pnas.162359199 . PMC 124894 . PMID 12149517 .  
  56. ^ a b c Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 1): 7–76. DOI : 10.1099 / 00207713-52-1-7 . PMID 11837318 . 
  57. ^ a b Кавальер-Смит, Т. (2006). «Укоренение древа жизни путем анализа переходов» . Биология Директ . 1 : 19. DOI : 10.1186 / 1745-6150-1-19 . PMC 1586193 . PMID 16834776 .  
  58. ^ a b Pace, NR (2009). «Картографирование древа жизни: успехи и перспективы» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 73 (4): 565–576. DOI : 10.1128 / MMBR.00033-09 . PMC 2786576 . PMID 19946133 .  
  59. ^ Fournier, GP; Гогартен, JP (2010). «Укоренение рибосомного древа жизни» . Молекулярная биология и эволюция . 27 (8): 1792–1801. DOI : 10.1093 / molbev / msq057 . PMID 20194428 . 
  60. ^ Fournier, GP; Гогартен, JP (2010). «Укоренение рибосомного древа жизни» . Молекулярная биология и эволюция . 27 (8): 1792–1801. DOI : 10.1093 / molbev / msq057 . PMID 20194428 . 
  61. ^ Lake, J .; Servin, J .; Herbold, C .; Скопхаммер, Р. (2008). «Свидетельства нового корня древа жизни» . Систематическая биология . 57 (6): 835–843. DOI : 10.1080 / 10635150802555933 . PMID 19085327 . 
  62. ^ Скопхаммер, RG; Servin, JA; Гербольд, CW; Лейк, Дж. А. (2007). «Доказательства наличия грамположительных эубактериальных корней Древа Жизни» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (8): 1761–1768. DOI : 10.1093 / molbev / msm096 . PMID 17513883 . 
  63. ^ Валас, RE; Борн, ЧП (2011). «Происхождение производного суперкоролевства: как грамположительная бактерия пересекла пустыню, чтобы стать археоном» . Биология Директ . 6 : 16. DOI : 10.1186 / 1745-6150-6-16 . PMC 3056875 . PMID 21356104 .  
  64. Перейти ↑ Gupta, RS (1998). «Филогения белков и сигнатурные последовательности: переоценка эволюционных отношений между архебактериями, эубактериями и эукариотами» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 62 (4): 1435–1491. DOI : 10.1128 / MMBR.62.4.1435-1491.1998 . PMC 98952 . PMID 9841678 .  
  65. Перейти ↑ Gupta, RS (1998). «Третья сфера жизни (археи): установленный факт или парадигма, находящаяся под угрозой исчезновения?». Теоретическая популяционная биология . 54 (2): 91–104. DOI : 10.1006 / tpbi.1998.1376 . PMID 9733652 . 
  66. Перейти ↑ Gupta, RS (2000). «Естественные эволюционные отношения между прокариотами». Критические обзоры в микробиологии . 26 (2): 111–131. CiteSeerX 10.1.1.496.1356 . DOI : 10.1080 / 10408410091154219 . PMID 10890353 . S2CID 30541897 .   
  67. ^ Хори, H .; Осава, С. (1987). «Происхождение и эволюция организмов, выведенные из последовательностей 5S рибосомной РНК» . Молекулярная биология и эволюция . 4 (5): 445–472. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040455 . PMID 2452957 . 
  68. Перейти ↑ Lake, JA (1986). «Альтернатива архебактериальной догме» . Природа . 319 (6055): 626. Bibcode : 1986Natur.319..626L . DOI : 10.1038 / 319626b0 . S2CID 4273843 . 
  69. ^ Lake, JA; Хендерсон, Э; Оукс, М; Кларк, MW (1984). «Эоциты: новая структура рибосом указывает на царство, тесно связанное с эукариотами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 81 (12): 3786–3790. Полномочный код : 1984PNAS ... 81.3786L . DOI : 10.1073 / pnas.81.12.3786 . PMC 345305 . PMID 6587394 .  
  70. ^ Lake, JA; Хендерсон, Э .; Кларк, МВт; Scheinman, A .; Оукс, Мичиган (1986). «Картирование эволюции с трехмерной структурой рибосом». Систематическая и прикладная микробиология . 7 : 131–136. DOI : 10.1016 / S0723-2020 (86) 80135-7 .
  71. Перейти ↑ Lake, J. (2009). «Доказательства раннего прокариотического эндосимбиоза». Природа . 460 (7258): 967–971. Bibcode : 2009Natur.460..967L . DOI : 10,1038 / природа08183 . PMID 19693078 . S2CID 4413304 .  
  72. ^ a b c d Мэдиган, Майкл (2009). Брок Биология микроорганизмов . Сан-Франциско: Пирсон / Бенджамин Каммингс. ISBN 978-0-13-232460-1.
  73. ^ a b Lapage, S .; Sneath, P .; Lessel, E .; Скерман, В .; Seeliger, H .; Кларк, В. (1992). Международный кодекс номенклатуры бактерий: Бактериологическое кодекс, 1990 Revision . Вашингтон, округ Колумбия: ASM Press. PMID 21089234 . 
  74. ^ Вводная запись в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  75. ^ a b Паллерони, Нью-Джерси (2010). «История псевдомонады» . Экологическая микробиология . 12 (6): 1377–1383. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2009.02041.x . PMID 20553550 . 
  76. ^ Olsen, G .; Larsen, N .; Woese, C. (1991). «Проект базы данных рибосомных РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 Приложение: 2017–2021. DOI : 10.1093 / NAR / 19.suppl.2017 . PMC 331344 . PMID 2041798 .  
  77. ^ Коул, младший; Wang, Q .; Cardenas, E .; Fish, J .; Чай, Б .; Фаррис, Р.Дж.; Кулам-Сайед-Мохидин, А.С.; МакГаррелл, DM; Марш, Т .; Гаррити, GM; Тидже, JM (2009). «Проект базы данных рибосом: улучшенное выравнивание и новые инструменты для анализа рРНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (выпуск базы данных): D141 – D145. DOI : 10.1093 / NAR / gkn879 . PMC 2686447 . PMID 19004872 .  
  78. ^ Pruesse, E .; Quast, C .; Knittel, K .; Fuchs, BM; Ludwig, W .; Peplies, J .; Глокнер, ФО (2007). «SILVA: всеобъемлющий онлайн-ресурс для проверенных и согласованных данных о последовательностях рибосомных РНК, совместимых с ARB» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (21): 7188–7196. DOI : 10.1093 / NAR / gkm864 . PMC 2175337 . PMID 17947321 .  
  79. ^ минимальная запись стандартов в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  80. ^ «Количество опубликованных имен» .
  81. Перейти ↑ Staley, JT (2006). «Дилемма бактериального вида и геномно-филогенетическая видовая концепция» . Философские труды Королевского общества B: биологические науки . 361 (1475): 1899–1909. DOI : 10.1098 / rstb.2006.1914 . PMC 1857736 . PMID 17062409 .  
  82. ^ Gevers, D .; Коэн, FM; Лоуренс, JG; Spratt, BG; Coenye, T .; Feil, EJ; Stackebrandt, E .; Ван Де Пир, Ю. В.; Vandamme, P .; Томпсон, Флорида; Качели, Дж. (2005). «Мнение: Переоценка прокариотических видов». Обзоры природы микробиологии . 3 (9): 733–739. DOI : 10.1038 / nrmicro1236 . PMID 16138101 . S2CID 41706247 .  
  83. ^ Уэйн, Л. (1988). «Международный комитет по систематической бактериологии: Объявление отчета специального комитета по согласованию подходов к бактериальной систематике». Zentralblatt für Bakteriologie, Mikrobiologie und Hygiene. Серия A: Медицинская микробиология, инфекционные болезни, вирусология, паразитология . 268 (4): 433–434. DOI : 10.1016 / s0176-6724 (88) 80120-2 . PMID 3213314 . 
  84. ^ Stackebrandt, E; Goebel, BM (1994). «Таксономическое примечание: место для реассоциации ДНК-ДНК и анализа последовательности 16S рДНК в настоящем определении видов в бактериологии» . Int. J. Syst. Бактериол . 44 (4): 846–849. DOI : 10.1099 / 00207713-44-4-846 .
  85. Перейти ↑ Staley, J. (1997). «Биоразнообразие: угрожают ли виды микробов?». Текущее мнение в области биотехнологии . 8 (3): 340–345. DOI : 10.1016 / s0958-1669 (97) 80014-6 . PMID 9206017 . 
  86. ^ Райт, E .; Баум, Д. (2018). «Эксклюзивность предлагает надежный, но практичный критерий видовой принадлежности бактерий, несмотря на обильный поток генов» . BMC Genomics . 19 (724): 724. DOI : 10,1186 / s12864-018-5099-6 . PMC 6171291 . PMID 30285620 .  
  87. ^ Lan, R; Ривз, PR (2002). «Скрытая кишечная палочка: молекулярное происхождение шигелл». Микробы и инфекции / Институт Пастера . 4 (11): 1125–32. DOI : 10.1016 / S1286-4579 (02) 01637-4 . PMID 12361912 . 
  88. ^ Meier-Kolthoff JP, Hahnke RL, Petersen J, Scheuner C, Michael V, Fiebig A и др. (2013). «Полная последовательность генома DSM 30083 (T), типовой штамм (U5 / 41 (T)) Escherichia coli и предложение по разграничению подвидов в микробной таксономии» . Стандарты геномных наук . 9 : 2. дои : 10,1186 / 1944-3277-9-2 . PMC 4334874 . PMID 25780495 .  
  89. ^ Бавыкин, С.Г .; Лысов Ю.П .; Захариев, В .; Келли, JJ; Jackman, J .; Шталь Д.А.; Черни, А. (2004). «Использование 16S рРНК, 23S рРНК и анализа последовательности гена gyrB для определения филогенетических отношений микроорганизмов группы Bacillus cereus» . Журнал клинической микробиологии . 42 (8): 3711–30. DOI : 10.1128 / JCM.42.8.3711-3730.2004 . PMC 497648 . PMID 15297521 .  
  90. ^ Achtman, M .; Zurth, K .; Морелли, G .; Torrea, G .; Guiyoule, A .; Карниэль, Э. (1999). «Yersinia pestis, вызывающая чуму, представляет собой недавно появившийся клон Yersinia pseudotuberculosis» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (24): 14043–14048. Bibcode : 1999PNAS ... 9614043A . DOI : 10.1073 / pnas.96.24.14043 . PMC 24187 . PMID 10570195 .  
  91. ^ Янг, JM; Парк, Д. -К. (2007). «Вероятная синонимия азотфиксирующего рода Azotobacter и рода Pseudomonas» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (12): 2894–2901. DOI : 10.1099 / ijs.0.64969-0 . PMID 18048745 . 
  92. ^ Rediers, H; Vanderleyden, J; Де Мот, Р. (2004). «Azotobacter vinelandii: замаскированная псевдомонада?». Микробиология . 150 (Pt 5): 1117–9. DOI : 10.1099 / mic.0.27096-0 . PMID 15133068 . 
  93. ^ Сюй, D; Côté, JC (2003). «Филогенетические отношения между видами Bacillus и родственными родами, выведенные из сравнения нуклеотидных последовательностей 3'-конца 16S рДНК и 5'-конца 16S-23S ITS» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Pt 3): 695–704. DOI : 10.1099 / ijs.0.02346-0 . PMID 12807189 . 
  94. ^ Янг, J .; Kuykendall, L .; Martínez-Romero, E .; Kerr, A .; Савада, Х. (2001). "Пересмотр Rhizobium Frank 1889 с исправленным описанием рода и включением всех видов Agrobacterium Conn 1942 и Allorhizobium undicola de Lajudie et al. 1998 в качестве новых комбинаций: Rhizobium radiobacter, R. Rhizogenes, R. Rubi, Р. Ундикола и Р. Витис " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 51 (Pt 1): 89–103. DOI : 10.1099 / 00207713-51-1-89 . PMID 11211278 . 
  95. ^ Фарранд, S .; Van Berkum, P .; Огер, П. (2003). «Agrobacterium - определяемый род семейства Rhizobiaceae» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Pt 5): 1681–1687. DOI : 10.1099 / ijs.0.02445-0 . PMID 13130068 . 
  96. ^ Янг, J .; Kuykendall, L .; Martínez-Romero, E .; Kerr, A .; Савада, Х. (2003). «Классификация и номенклатура Agrobacterium и Rhizobium» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Pt 5): 1689–1695. DOI : 10.1099 / ijs.0.02762-0 . PMID 13130069 . 
  97. ^ С. Джеффри. 1989. Биологическая номенклатура, 3-е изд. Эдвард Арнольд, Лондон, 86 стр.
  98. ^ приложение. 9 г. до н.э. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8808/
  99. ^ a b c d Помогите! Латинский! Как избежать самых распространенных ошибок при присвоении латинских имен вновь обнаруженным прокариотам. Microbiología (Sociedad Española de Microbiología), 1996, 12, 473-475. «Архивная копия» . Архивировано из оригинального 7 -го октября 2011 года . Проверено 14 апреля 2011 года .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
  100. ^ Классификация записи Phyla в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  101. ^ STACKEBRANDT, E .; RAINEY; УОРД-РЕЙНИ, Нидерланды (1997). «Предложение новой иерархической системы классификации Actinobacteria classis nov» . Int. J. Syst. Бактериол . 47 (2): 479–491. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-479 .
  102. ^ a b Классификационная запись в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  103. ^ a b Иерархическая классификация записи прокариот в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  104. ^ Мюррей RGE. (1984). «Высшие таксоны или место всему…?». В Krieg NR, Holt JG (ed.). Руководство Бергей по систематической бактериологии . 1 . Балтимор: Williams & Wilkins Co., стр. 33.
  105. ↑ Орен А., Да Коста М.С., Гаррити ГМ, Рейни Ф.А., Росселло-Мора Р., Шинк Б., Сатклифф I, Трухильо М.Э., Уитман В.Б. (2015). «Предложение включить ранг типа в Международный кодекс номенклатуры прокариот» . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 65 (11): 4284–4287. DOI : 10.1099 / ijsem.0.000664 . PMID 26654112 . 
  106. ^ ШРОЭТЕР (Дж.). В: F. COHN (ред.), Kryptogamenflora von Schlesien. Band 3, Heft 3, Pilze. Verlag JU Kern, Бреслау, 1885–1889, стр. 1–814.
  107. ^ Запись сальмонеллы в LPSN ; Euzéby, JP (1997). «Список названий бактерий со статусом в номенклатуре: папка, доступная в Интернете» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 47 (2): 590–2. DOI : 10.1099 / 00207713-47-2-590 . PMID 9103655 . 
  108. ^ RE BUCHANAN, Таксономия, Annu. Rev. Microbiol. 1955.9: 1-20. http://www.annualreviews.org/doi/pdf/10.1146/annurev.mi.09.100155.000245
  109. ^ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/