BindingDB [1] [2] [3] [4] - это общедоступная, доступная в Интернете база данных измеренных аффинностей связывания, в которой основное внимание уделяется взаимодействиям белков, которые считаются кандидатами-мишенями для лекарств, с лигандами, которые представляют собой небольшие молекулы, подобные лекарствам. . По состоянию на март 2011 года BindingDB содержит около 650 000 данных о связывании для 5700 белков-мишеней и 280 000 малых молекул. BindingDB также включает небольшую коллекцию данных о связывании хозяина и гостя, представляющих интерес для химиков, изучающих супрамолекулярные системы.
Содержание | |
---|---|
Описание | Химическая база данных |
Типы данных захвачены | Молекулы с лекарственными свойствами и биологической активностью |
Контакт | |
Авторы | Майкл Гилсон, руководитель группы |
Первичное цитирование | PMID 17145705 |
Дата выпуска | 1995 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | BindingDB |
Скачать URL | Загрузки |
Разнообразный | |
Лицензия | Данные BindingDB доступны по непортированной лицензии Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0. |
Целью BindingDB является поддержка медицинской химии и открытия лекарств посредством ознакомления с литературой и развития взаимосвязей между структурой и активностью (SAR и QSAR); проверка подходов компьютерной химии и молекулярного моделирования, таких как стыковка , скоринг и методы свободной энергии; химическая биология и химическая геномика; и фундаментальные исследования физической химии молекулярного распознавания .
Сбор данных осуществляется с помощью различных методов измерения, включая ингибирование и кинетику ферментов, калориметрию изотермического титрования, ЯМР, радиоактивные лиганды и конкурентные анализы. BindingDB включает данные, извлеченные из научной литературы в рамках проекта BindingDB, выбранных подтверждающих биологических анализов PubChem и записи ChEMBL, для которых предоставляется четко определенный белок-мишень («TARGET_TYPE = 'PROTEIN'»).
История и финансирование
Проект BindingDB был задуман в середине 1990-х годов на основе признания широкой ценности количественных данных о сродстве и неадекватности журнальных статей как средства обеспечения доступа к этим данным. Семинар, организованный NIST в сентябре 1997 года, подтвердил эту концепцию, а финансирование со стороны NSF и NIST позволило начальную разработку базы данных со сбором данных для систем многих типов, включая связывание белок-лиганд, белок-белок и связывание хозяина с гостем. . Однако надежды на то, что база данных будет заполнена в основном за счет показаний экспериментаторов, не оправдались, и стало ясно, что проект должен взять на себя ответственность за извлечение данных из литературы. Учитывая обширность литературы по молекулярному распознаванию и ограниченность доступных ресурсов, это означало, что создание полезной базы данных потребует ограничения внимания к четко определенному набору данных о связывании высокой ценности.
Было принято решение сосредоточиться на данных о связывании малых молекул с белками, которые являются мишенями для лекарств или потенциальными мишенями для лекарств, и для которых трехмерная структура доступна в PDB или потенциально может быть смоделирована с высокой точностью на основе структура аналогичного белка. Этот выбор будет способствовать открытию лекарств для выбранных мишеней, а также развитию методов компьютерного конструирования лигандов как на основе лигандов, так и на основе структур. Это текущий фокус BindingDB, который возглавляет Майкл Gilson , основанный на UC San Diego «s Skaggs школы фармации и фармацевтической науки , и при поддержке гранта от НИЗ .
Возможности
Веб-интерфейс BindingDB предоставляет ряд инструментов для просмотра, запросов и загрузки данных. К ним относятся просмотр по названию белка-мишени или по цитированию в журнале, запрос по химическому сходству и субструктуре, а также загрузки по цели или результату запроса.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Лю, Т., Лин, Ю., Вен, X., Джоррисен, Р.Н. и Гилсон, М.К. BindingDB: доступная в Интернете база данных экспериментально определенных сродств связывания белок-лиганд Nucleic Acids Research 35: D198-D201 (2007).
- ^ Чен, X., Лин, Y. и Гилсон, М.К. База данных о связывании: обзор и руководство пользователя Biopolymers Nucleic Acid Sci. 61: 127-141 (2002).
- Перейти ↑ Chen, X., Lin, Y., Liu, M. и Гилсон, М.К. Связывающая база данных: биоинформатика управления данными и проектирования интерфейсов 18: 130-139 (2002).
- ^ Чен, X., Лю, М., и Гилсон, MK Binding DB: доступная в Интернете база данных молекулярного распознавания J. Combi. Chem. Экран высокой пропускной способности 4: 719-725 (2001).
Внешние ссылки
- BindingDB.org
- Учебная информация и документация по BindingDB
- Видеоуроки по основным задачам BindingDB [ постоянная мертвая ссылка ]