Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Статей о биодокументации в PubMed за год с момента первого упоминания в 2006 г. по сентябрь 2020 г.

Биодокументация - это область исследований в области наук о жизни, предназначенная для перевода и интеграции биомедицинских знаний из научных статей в совместимые базы данных. [1] [2] Биокоррекция биомедицинских знаний стала возможной благодаря совместной работе биокураторов, разработчиков программного обеспечения и биоинформатиков . [1]

Биоконтроль как профессия [ править ]

Biocurator является профессиональным ученым , который является куратором , собирает, аннотирования, и проверяет информацию, распространяемую биологических и модельных баз данных организма . [3] [4] Это новая профессия, первые упоминания о которой датируются 2006 годом в научной литературе в контексте работы в таких базах данных, как База данных иммунных эпитопов и Ресурс анализа . [5] [6] Роль биокуратора включает контроль качества первичных данных биологических исследований, предназначенных для публикации, извлечение и систематизацию данных из оригинальной научной литературы, а также описание данных со стандартной аннотацией.протоколы и словари, обеспечивающие функциональную совместимость с мощными запросами и биологическими базами данных . Биокураторы общаются с исследователями, чтобы гарантировать точность кураторской информации и способствовать обмену данными с исследовательскими лабораториями. [6]

Биокураторы присутствуют в различных исследовательских средах, но могут не идентифицировать себя как биокураторы. Такие проекты, как ELIXIR (Европейская медико-биологическая инфраструктура для биологической информации) и GOBLET (Глобальная организация по обучению, образованию и обучению в области биоинформатики) [7], продвигают обучение и поддерживают биодокументацию как карьерный путь. [8]

В 2011 году биодокументация уже была признана профессией, но не существовало официальных курсов для получения степени целенаправленной подготовки кураторов биологических данных. [9] С развитием этой области Университет Камбриджджа и EMBL-EBI начали совместно предлагать сертификат последипломного образования в области биодокументации [10], который рассматривается как шаг к признанию биодокументации как самостоятельной дисциплины. [11]

Курирование и аннотации [ править ]

Биодокументация - это интеграция биологической информации в онлайновые базы данных семантически стандартизированным способом с использованием соответствующих уникальных отслеживаемых идентификаторов и предоставлением необходимых метаданных, включая источник и происхождение.

Онтологии, контролируемые словари и стандартные имена [ править ]

Биокураторы обычно используют и принимают участие в создании и развитии общих биомедицинских онтологий : структурированных, контролируемых словарей, которые охватывают многие области биологических и медицинских знаний, таких как открытые биомедицинские онтологии . Эти области включают геномику и протеомику , анатомию , развитие животных и растений , биохимию , метаболические пути , таксономическую классификацию и мутантные фенотипы . Учитывая разнообразие существующих онтологий, существуют руководящие принципы, которые ориентируют исследователей на то, как выбрать подходящую. [12]

Единая медицинская система Язык является одним из таких систем , которая объединяет и распространяет миллионы терминов , используемых в области наук о жизни. [13]

Биокураторы обеспечивают последовательное использование руководящих принципов по номенклатуре генов и участвуют в комитетах по генетической номенклатуре различных модельных организмов , часто в сотрудничестве с Комитетом по номенклатуре генов HUGO ( HGNC ). Они также обеспечивают соблюдение других рекомендаций по номенклатуре, таких как те, которые предоставлены Номенклатурным комитетом Международного союза биохимии и молекулярной биологии (IUBMB), одним из примеров которых является номер ЕС Комиссии по ферментам .

В более общем плане, использование постоянных идентификаторов приветствуется сообществом, чтобы улучшить ясность и облегчить понимание [14]

Аннотация объекта [ править ]

Основная статья: аннотация ДНК

В геноме аннотации , например, идентификаторы , определяемые онтологии и консорциумы используются для описания частей генома. Например, онтология генов (GO) курирует термины для биологических процессов, которые используются для описания того, что мы знаем о конкретных генах .

Аннотации биомедицинского текста на платформе Europe PMC SciLite

Текстовая аннотация [ править ]

По состоянию на 2021 год общение в области наук о жизни по-прежнему осуществляется в основном с помощью свободных естественных языков, таких как английский или немецкий , которые содержат определенную степень двусмысленности и затрудняют объединение знаний. Таким образом, помимо аннотирования биологических последовательностей, биокураторы также аннотируют тексты, связывая слова с уникальными идентификаторами. Это помогает устранить неоднозначность, прояснить предполагаемый смысл и сделать тексты доступными для обработки на компьютере. Одно из применений текстовой аннотации - указать точный ген, о котором говорит ученый. [15]

Общедоступные текстовые аннотации позволяют биологам использовать дополнительные преимущества биомедицинского текста. Европа PMC имеет интерфейс прикладного программирования , который централизует текст аннотаций из различных источников и сделать их доступными в пользовательского графического интерфейса под названием SciLite. [16] PubTator Central также предоставляет аннотации, но полностью основан на компьютеризованном анализе текста и не предоставляет пользовательского интерфейса. [17] Существуют также программы, позволяющие пользователям вручную аннотировать интересующие их биомедицинские тексты, например, система ezTag. [18]

Международное общество биодокументации (ISB) [ править ]

Основная статья: Международное общество биокументации

Международное общество Biocuration (ISB) является некоммерческой организацией «способствует поле biocuration и служит форумом для обмена информацией путем проведения совещаний и семинаров.» Он вырос из Международных конференций по биокументации и основан в начале 2009 года. [4]

ИМК предлагает Biocuration Карьера премии в biocurators в общины: Biocurator Career Award (вручается ежегодно) и премии ISB за исключительный вклад в Biocuration ( с учетом двухгодичной).

Курирование сообщества [ править ]

Традиционно биодокументацию проводят специализированные специалисты, которые интегрируют данные в базы данных. Курирование сообщества стало многообещающим подходом к улучшению распространения знаний из опубликованных данных и предоставлению экономичного способа повышения масштабируемости биодокументации.

Биологические базы данных [ править ]

Портал сообщества WormBase [19]

Некоторые биологические базы данных в определенной степени включают вклад авторов в свою стратегию функционального курирования, который может варьироваться от связывания идентификаторов генов с публикациями или произвольным текстом до более структурированных и подробных аннотаций последовательностей и функциональных данных, выводящих кураторство по тем же стандартам, что и профессиональные биокураторы. . Большая часть курирования сообществом баз данных модельных организмов включает аннотации оригинальных авторов опубликованных исследований (аннотации первого прохода) для эффективного получения точных идентификаторов для объектов, подлежащих курированию, или определения типов данных для детального изучения. Например:

  • WormBase успешно запрашивает аннотации с первого прохода от пользователей и интегрировала авторское управление с процессом микропубликации. [20] WormBase также интегрирует анализ текста в свою платформу, предоставляя предложения кураторам сообщества. [19]
  • FlyBase отправляет по электронной почте запросы авторам новых публикаций [21], предлагая им перечислить гены и типы данных, описанные с помощью онлайн-инструмента, а также мобилизовал сообщество для написания параграфов с обзором генов. [22]

Другие базы данных, такие как PomBase , полагаются на авторов публикаций, которые предоставляют подробные аннотации на основе онтологий для своих публикаций и метаданные, связанные с общегеномными наборами данных с использованием контролируемых словарей. Веб-инструмент Canto ; [23] был разработан для облегчения подачи заявок сообществом. Поскольку Canto является свободно доступным, универсальным и легко настраиваемым, он был принят в других проектах. [24] Курирование подвергается проверке профессиональными кураторами, что приводит к высококачественному углубленному изучению всех типов молекулярных данных. [25]

Широко используемая база знаний UniProt также имеет механизм курирования сообщества, который позволяет исследователям добавлять информацию о белках. [26]

Ресурсы в стиле вики [ править ]

Биовики полагаются на свои сообщества в предоставлении контента. Например , AuthorReward [27] - это расширение MediaWiki, которое позволяет количественно оценить вклад исследователей в биовики. RiceWiki был примером базы данных на основе вики для сообщества по курированию генов риса, снабженной AuthorReward . [28] [29]

Одним из ярких примеров является WikiProteins / WikiProfessional , проект по семантической организации биологических данных, возглавляемый Барендом Монсом . [30] [31] В проекте 2007 года непосредственный вклад внес Джимми Уэйлс , соучредитель Википедии, и он взял Викиданные в качестве источника вдохновения. [30] Другой - WikiPathways , краудсорсинг информации о биологических путях . [32]

Википедия [ править ]

Существует некоторое совпадение между работой биокураторов и Википедией , при этом границы между научными базами данных и Википедией становятся все более размытыми. [33] [34] [35] Например, такие базы данных, как Rfam [36] [37] и Protein Data Bank [38], активно используют Википедию и ее редакторы для сбора информации. [39] [40] Однако большинство баз данных предлагают хорошо структурированные данные, которые можно искать в сложных комбинациях, что обычно невозможно в Википедии, хотя Викиданные нацелены на решение этой проблемы до некоторой степени.

Проект Gene Wiki использовал Википедию для совместного изучения тысяч генов и генных продуктов, таких как тайтин и инсулин . [41] В нескольких проектах Википедия также используется в качестве платформы для сбора медицинской информации. [42]

Викиданные [ править ]

База знаний Викимедиа. Викиданные все чаще используются сообществом специалистов по биодокументации в качестве интегрированного хранилища наук о жизни. [43] Например, он использовался проектом Gene Wiki для сбора информации о генах . [44] Некоторые проекты используют курирование через Викиданные как способ улучшить, например, информацию о биологических науках в Википедии. [45]


Геймифицированные ресурсы [ править ]

Подход к вовлечению толпы в биодокументацию заключается в использовании игровых платформ, которые используют принципы игрового дизайна для повышения вовлеченности. Вот несколько примеров:

  • Mark2Cure, игровая платформа для сообщества, курирующего биомедицинские рефераты [46] [47] [48]
  • Cochrane Crowd [49], платформа Cochrane для проведения клинических испытаний, классификации и обобщения биомедицинской литературы. [50]

Вычислительный анализ текста для курирования [ править ]

Пример извлечения биомедицинского утверждения из неструктурированного языка [51]

Технологии обработки естественного языка и интеллектуального анализа текста могут помочь биокураторам извлекать информацию для ручного редактирования. [52] Анализ текста может масштабировать усилия по курированию, поддерживая, например, идентификацию имен генов, а также для частичного вывода онтологий . [53] [54] Преобразование неструктурированных утверждений к структурированной информации использует методы , как с именем распознавание лица и разбором из зависимостей. [55] Текстовый анализ биомедицинских концепций сталкивается с проблемами, связанными с вариациями в отчетах, и сообщество работает над повышением машиночитаемости статей. [56]

Во время пандемии COVID-19 интенсивно использовался биомедицинский анализ текста, чтобы справиться с большим количеством опубликованных научных исследований по этой теме (более 50 000 статей). [57]

Популярный пакет Python для НЛП SpaCy имеет модификацию для биомедицинских текстов, SciSpaCy, которая поддерживается Институтом ИИ Аллена . [58]

Среди проблем интеллектуального анализа текста, применяемого к биодокументированию, - сложность доступа к полным текстам биомедицинских статей из-за ограничения платежеспособности, что связывает проблемы биодокументации с проблемами движения за открытый доступ . [59]

Дополнительный подход к биодокументированию посредством интеллектуального анализа текста включает применение оптического распознавания символов к биомедицинским фигурам в сочетании с автоматическими алгоритмами аннотации. Это было использовано для извлечения информации из генов Pathway фигур, например. [60]

Предложения по улучшению письменного текста для облегчения аннотаций варьируются от использования контролируемых естественных языков [61] до обеспечения четкой ассоциации понятий (таких как гены и белки ) с конкретными представляющими интерес видами . [62]

Биокреативные проблемы [ править ]

Интерфейс между текстовым горно-biocuration был движение вверх по BioCreAtIvE (критической оценка систем извлечения информации в биологии) проблемы, серия текст горных соревнований , которые имели место в первый раз в 2004 году [63]

См. Также [ править ]

  • Международное общество биокументации
  • База данных модельных организмов
  • Цифровое курирование
  • OBO Foundry

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b «Что такое биодокументация? | Международное общество биодокументации» . www.biocuration.org . Проверено 6 сентября 2020 .
  2. ^ Хау Д., Костанцо М., Фей П., Годжобори Т., Хэнник Л., Хайд В. и др. (Сентябрь 2008 г.). «Большие данные: будущее биодокументации» . Природа . 455 (7209): 47–50. Bibcode : 2008Natur.455 ... 47H . DOI : 10.1038 / 455047a . PMC 2819144 . PMID 18769432 .  
  3. ^ Burge S, Attwood TK, Bateman A, Berardini TZ, Cherry M, O'Donovan C и др. (2012-03-20). «Биокураторы и биокументация: обзор вызовов 21 века» . База данных . 2012 : bar059. DOI : 10,1093 / базы данных / bar059 . PMC 3308150 . PMID 22434828 .  
  4. ^ a b Bateman A (апрель 2010 г.). «Кураторы мира объединяются: Международное общество биокументации» . Биоинформатика . 26 (8): 991. DOI : 10,1093 / биоинформатики / btq101 . PMID 20305270 . 
  5. ^ Bourne PE, McEntyre J (октябрь 2006). «Биокураторы: вкладчики в мир науки» . PLOS Вычислительная биология . 2 (10): e142. Bibcode : 2006PLSCB ... 2..142B . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157 . PMID 17411327 .  
  6. ^ a b Салими Н., Вита Р. (октябрь 2006 г.). «Биокуратор: объединение и расширение научных данных» . PLOS Вычислительная биология . 2 (10): e125. Bibcode : 2006PLSCB ... 2..125S . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147 . PMID 17069454 .  
  7. ^ "GOBLET | Глобальная организация по обучению, образованию и обучению в области биоинформатики" . Проверено 19 декабря 2020 .
  8. ^ Александра Холински; Мелисса Берк; Сара Л. Морган; Питер Маккуилтон; Патрисия М. Паладжи (4 сентября 2020 г.). «Биодокументация - отображение ресурсов и потребностей». F1000 Исследования . 9 . DOI : 10.12688 / F1000RESEARCH.25413.1 . ISSN 2046-1402 . PMID 33145007 . Викиданные Q101217428 .   
  9. ^ Сандерсон, Кэтрин (февраль 2011 г.). «Биоинформатика: кураторское поколение» . Природа . 470 (7333): 295–296. DOI : 10.1038 / nj7333-295a . ISSN 1476-4687 . PMID 21348148 .  
  10. ^ Аноним (2019-10-30). «Аттестат о аспирантуре по биокументации» . www.ice.cam.ac.uk . Проверено 6 октября 2020 .
  11. ^ Тан Я.А., Пихлер К., Фюльграбе А, Ломакс Дж., Мэлоун Дж., Муньос-Торрес М.С. и др. (Май 2019 г.). «Десять быстрых советов по биокументированию» . PLOS Вычислительная биология . 15 (5): e1006906. Bibcode : 2019PLSCB..15E6906T . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1006906 . PMC 6497217 . PMID 31048830 .  
  12. ^ Мэлоун Дж, Стивенс R, S Юпп, Hancocks Т, Н Паркинсона, Brooksbank С (февраль 2016). «Десять простых правил выбора биоонтологии» . PLOS Вычислительная биология . 12 (2): e1004743. Bibcode : 2016PLSCB..12E4743M . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1004743 . PMC 4750991 . PMID 26867217 .  
  13. ^ Bodenreider O (январь 2004). «Единая система медицинского языка (UMLS): интеграция биомедицинской терминологии» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (выпуск базы данных): D267-70. DOI : 10.1093 / NAR / gkh061 . PMC 308795 . PMID 14681409 .  
  14. ^ Макмерри Дж. А., Джути Н., Бломберг Н., Бёрдетт Т., Конлин Т., Конте Н. и др. (Июнь 2017 г.). «Идентификаторы 21 века: как разрабатывать, предоставлять и повторно использовать постоянные идентификаторы для максимизации полезности и воздействия данных наук о жизни» . PLOS Биология . 15 (6): e2001414. DOI : 10.1371 / journal.pbio.2001414 . PMC 5490878 . PMID 28662064 .  
  15. ↑ Mons B (июнь 2005 г.). "Какой ген вы имели в виду?" . BMC Bioinformatics . 6 (1): 142. DOI : 10,1186 / 1471-2105-6-142 . PMC 1173089 . PMID 15941477 .  
  16. ↑ Venkatesan A, Kim JH, Talo F, Ide-Smith M, Gobeill J, Carter J и др. (12.12.2016). «SciLite: платформа для отображения текстовых аннотаций в качестве средства связи научных статей с биологическими данными» . Добро пожаловать в открытое исследование . 1 : 25. DOI : 10,12688 / wellcomeopenres.10210.1 . PMC 5527546 . PMID 28948232 .  
  17. ^ Wei CH, Allot A, Leaman R, Lu Z (июль 2019). «PubTator central: автоматическая аннотация концепций для биомедицинских полнотекстовых статей» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (W1): W587 – W593. DOI : 10.1093 / NAR / gkz389 . PMC 6602571 . PMID 31114887 .  
  18. ↑ Kwon D, Kim S, Wei CH, Leaman R, Lu Z (июль 2018). «ezTag: тегирование биомедицинских концепций посредством интерактивного обучения» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (W1): W523 – W529. DOI : 10.1093 / NAR / gky428 . PMC 6030907 . PMID 29788413 .  
  19. ^ а б Арнабольди В., Расити Д., Ван Аукен К., Чан Дж. Н., Мюллер Х. М., Штернберг П. В. (январь 2020 г.). «Интеллектуальный анализ текста соответствует курированию сообщества: недавно разработанная платформа курирования для улучшения опыта авторов и их участия в WormBase» . База данных . 2020 . DOI : 10,1093 / базы данных / baaa006 . PMC 7078066 . PMID 32185395 . S2CID 212750405 .   
  20. ^ Ли RY, Хоу KL, Харрис TW, Арнабольди V, Cain S, Chan J и др. (Январь 2018). «WormBase 2017: переход в новый этап» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (D1): D869 – D874. DOI : 10.1093 / NAR / gkx998 . PMC 5753391 . PMID 29069413 .  
  21. ^ Бунт SM, ворча GB, поле HI, Marygold SJ, Brown NH, Millburn GH (2012). «Прямая переписка по электронной почте с авторами недавно опубликованных статей способствует курированию сообщества» . База данных . 2012 : bas024. DOI : 10,1093 / базы данных / bas024 . PMC 3342516 . PMID 22554788 .  
  22. ^ Antonazzo G, Urbano JM, Marygold SJ, Millburn GH, Brown NH (январь 2020). «Создание конвейера для получения экспертных знаний от сообщества для помощи в обобщении генов» . База данных . 2020 . DOI : 10,1093 / базы данных / baz152 . PMC 6971343 . PMID 31960022 .  
  23. Перейти ↑ Rutherford KM, Harris MA, Lock A, Oliver SG, Wood V (июнь 2014 г.). «Песнь: онлайн-инструмент для изучения литературы в сообществе» . Биоинформатика . 30 (12): 1791–2. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btu103 . PMC 4058955 . PMID 24574118 .  
  24. ^ "Помбасе / песня" . PomBase. 25 сентября 2020.
  25. ↑ Lock A, Harris MA, Rutherford K, Hayles J, Wood V (январь 2020 г.). «Сообщество курирования в PomBase: позволяет экспертам по делящимся дрожжам предоставлять подробные, стандартизованные и доступные аннотации из научных публикаций» . База данных . 2020 . DOI : 10,1093 / базы данных / baaa028 . PMC 7192550 . PMID 32353878 .  
  26. ^ "UniProt: универсальная база знаний о белках" . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (D1): D158 – D169. 2016-11-29. DOI : 10.1093 / NAR / gkw1099 . ISSN 0305-1048 . 
  27. ^ Дай Л, Тянь М, Ву Дж, Сяо Дж, Ван Х, Таунсенд Дж.П., Чжан З. (июль 2013 г.). «Награда за авторство: усиление кураторства сообщества вики-источниками биологических знаний за счет автоматической количественной оценки авторства» . Биоинформатика . 29 (14): 1837–9. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btt284 . PMC 3702255 . PMID 23732274 .  
  28. ^ Zhang Z, Sang J, Ma L, Wu G, Wu H, Huang D и др. (Январь 2014). «RiceWiki: база данных на основе вики для сообщества, курирующего гены риса» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D1222-8. DOI : 10.1093 / NAR / gkt926 . PMC 3964990 . PMID 24136999 .  
  29. ^ "Os01g0883800 - RiceWiki" . 2017-10-20. Архивировано из оригинала на 2017-10-20 . Проверено 6 сентября 2020 .
  30. ^ a b Монс Б., Эшбернер М., Чичестер С., ван Маллиген Е., Вебер М., ден Даннен Дж. и др. (2008-05-28). «Обращение к миллиону умов для аннотации сообщества в WikiProteins» . Геномная биология . 9 (5): R89. DOI : 10.1186 / GB-2008-9-5-R89 . PMC 2441475 . PMID 18507872 .  
  31. Перейти ↑ Giles J (февраль 2007 г.). «Основные базы данных по биологии идут вики» . Природа . 445 (7129): 691. Bibcode : 2007Natur.445..691G . DOI : 10.1038 / 445691a . PMID 17301755 . S2CID 4410783 .  
  32. ^ "WikiPathways - WikiPathways" . www.wikipathways.org . Проверено 14 октября 2020 .
  33. ^ Wodak SJ, Mietchen D, Collings AM, Russell RB, Bourne PE (2012). «Тематические страницы: вычислительная биология PLOS встречается с Википедией» . PLOS Вычислительная биология . 8 (3): e1002446. Bibcode : 2012PLSCB ... 8E2446W . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1002446 . PMC 3315447 . PMID 22479174 .  
  34. Перейти ↑ Finn RD, Gardner PP, Bateman A (январь 2012 г.). «Сделать вашу базу данных доступной через Википедию: плюсы и минусы» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D9-12. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1195 . PMC 3245093 . PMID 22144683 .  
  35. ^ Страница RD (март 2011 г.). «Связывание NCBI с Википедией: подход, основанный на вики» . PLOS Currents . 3 : RRN1228. DOI : 10.1371 / currents.RRN1228 . PMC 3080707 . PMID 21516242 .  
  36. ^ Гарднер П.П., Дауб Дж., Тейт Дж., Мур Б.Л., Осуч И.Х., Гриффитс-Джонс С. и др. (Январь 2011 г.). «Рфам: Википедия, кланы и« десятичный »выпуск» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D141-5. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1129 . PMC 3013711 . PMID 21062808 .  
  37. ^ Дауб Дж, Гарднер П.П., Тейт Дж., Рамскельд Д., Манске М. , Скотт В.Г. и др. (Декабрь 2008 г.). "The RNA WikiProject: аннотации сообщества семейств РНК" . РНК . 14 (12): 2462–4. DOI : 10,1261 / rna.1200508 . PMC 2590952 . PMID 18945806 .  
  38. Перейти ↑ Burkhardt K, Schneider B, Ory J (октябрь 2006 г.). "Перспектива биокуратора: аннотация в Исследовательском сотрудничестве по структурной биоинформатике банка данных белков" . PLOS Вычислительная биология . 2 (10): e99. Bibcode : 2006PLSCB ... 2 ... 99B . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0020099 . PMC 1626146 . PMID 17069453 .  
  39. ^ Logan DW, сандал M, Gardner PP, Manske М , Bateman (сентябрь 2010). «Десять простых правил редактирования Википедии» . PLOS Вычислительная биология . 6 (9): e1000941. Bibcode : 2010PLSCB ... 6E0941L . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000941 . PMC 2947980 . PMID 20941386 .  
  40. Перейти ↑ Butler D (2008). «Опубликовать в Википедии или погибнуть: журнал, требующий от авторов публикации в бесплатной онлайн-энциклопедии». Природа . DOI : 10.1038 / новости.2008.1312 .
  41. ^ Huss JW, Lindenbaum P, Martone M, Roberts D, Pizarro A, Valafar F, et al. (Январь 2010 г.). «The Gene Wiki: интеллект сообщества в применении к аннотации генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с базой данных): D633-9. DOI : 10.1093 / NAR / gkp760 . PMC 2808918 . PMID 19755503 .  
  42. ↑ Дениз А. Смит (18 февраля 2020 г.). Стефано Триберти (ред.). «Использование Википедии как информационного ресурса здравоохранения в различных контекстах: обзорный обзор» . PLOS ONE . 15 (2): e0228786. DOI : 10.1371 / JOURNAL.PONE.0228786 . ISSN 1932-6203 . PMC 7028268 . PMID 32069322 . Викиданные Q85632863 .    
  43. ^ Waagmeester A, Stupp G, Burgstaller-Muehlbacher S, Good BM, Griffith M, Griffith OL и др. (Март 2020 г.). Роджерс П., Мунгалл С. (ред.). «Викиданные как граф знаний для наук о жизни» . eLife . 9 : e52614. DOI : 10.7554 / eLife.52614 . PMC 7077981 . PMID 32180547 . S2CID 212739087 .   
  44. ^ Burgstaller-Muehlbacher S, Waagmeester A, Mitraka E, Turner J, Putman T, Leong J, et al. (2016). «Викиданные как семантическая структура для инициативы Gene Wiki» . База данных . 2016 : baw015. DOI : 10,1093 / базы данных / baw015 . PMC 4795929 . PMID 26989148 .  
  45. ^ Александр Пфунднер; Тобиас Шёнберг; Джон Хорн; Ричард Д. Бойс; Матиас Самвальд (5 мая 2015 г.). «Использование системы Викиданных для улучшения качества медицинского контента в Википедии на разных языках: пилотное исследование» . Журнал медицинских интернет-исследований . 17 (5): e110. DOI : 10.2196 / JMIR.4163 . ISSN 1438-8871 . PMC 4468594 . PMID 25944105 . Викиданные Q21503276 .    
  46. ^ Tsueng G, Nanis С.М., Фукье Дж, Хороший БМ, Су А.И. (2016-12-31). "Гражданская наука для разработки биомедицинской литературы" . Гражданская наука . 1 (2): 14. DOI : 10,5334 / cstp.56 . PMC 6226017 . PMID 30416754 .  
  47. ^ Tsueng G, M Nanis, Фукье JT, Майерсом М, Хороший Б.М., Су AI (февраль 2020). «Применение гражданской науки к извлечению взаимосвязи генов, лекарств и болезней из биомедицинских резюме». Биоинформатика . 36 (4): 1226–1233. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btz678 . PMID 31504205 . 
  48. ^ «Играйте в Mark2Cure, помогите определить ключевые термины в резюме биомедицинских исследований» . Гражданские научные игры . Проверено 6 сентября 2020 .
  49. ^ "Кокрановская толпа" . crow.cochrane.org . Проверено 25 сентября 2020 .
  50. ^ Гартленер Г., Аффенгрубер Л., Тичер В., Ноэль-Сторр А., Дули Г., Балларини Н., Кениг Ф (май 2020 г.). «При скрининге тезисов с участием одного рецензента пропущено 13 процентов соответствующих исследований: рандомизированное контролируемое исследование на основе толпы» . Журнал клинической эпидемиологии . 121 : 20–28. DOI : 10.1016 / j.jclinepi.2020.01.005 . PMID 31972274 . 
  51. ^ Перча, Бетани; Альтман, Расс Б. (2018-08-01). «Глобальная сеть биомедицинских отношений, основанная на тексте» . Биоинформатика . 34 (15): 2614–2624. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bty114 . ISSN 1367-4803 . 
  52. ^ Hirschman L, Burns GA, Krallinger M, Arighi C, Cohen KB, Valencia A, et al. (2012). «Анализ текста для рабочего процесса биодокументации» . База данных . 2012 : bas020. DOI : 10,1093 / базы данных / bas020 . PMC 3328793 . PMID 22513129 .  
  53. ^ Ananiadou, София; Келл, Дуглас Б.; Цудзи, Джун-ичи (декабрь 2006 г.). «Интеллектуальный анализ текста и его потенциальные приложения в системной биологии» . Тенденции в биотехнологии . 24 (12): 571–579. DOI : 10.1016 / j.tibtech.2006.10.002 . ISSN 0167-7799 . 
  54. ^ Winnenburg, R .; Wachter, T .; Plake, C .; Doms, A .; Шредер, М. (11 июля 2008 г.). «Факты из текста: может ли интеллектуальный анализ текста помочь в расширении масштабов высококачественной ручной обработки генных продуктов с помощью онтологий?» . Брифинги по биоинформатике . 9 (6): 466–478. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbn043 . ISSN 1467-5463 . PMID 19060303 .  
  55. ^ Перча, Бетани; Альтман, Расс (27.02.2018). «Глобальная сеть биомедицинских отношений, основанная на тексте» . Биоинформатика . 34 (15): 2614–2624. DOI : 10.1093 / Биоинформатика / BTY114 .
  56. ^ Роберт Лиман; Чжи-Сюань Вэй; Алексис Аллот; Чжиюн (1 июня 2020 г.). «Десять советов для статьи, готовой к интеллектуальному анализу текста: как улучшить автоматическое обнаружение и интерпретируемость». PLOS Биология . 18 (6): e3000716. DOI : 10.1371 / JOURNAL.PBIO.3000716 . ISSN 1544-9173 . PMID 32479517 . Викиданные Q96032351 .   
  57. ^ Ван, Люси Лу; Ло, Кайл (07.12.2020). «Подходы интеллектуального анализа текста для работы с быстро растущей литературой по COVID-19» . Брифинги по биоинформатике . DOI : 10,1093 / BIB / BBAA296 .
  58. Перейти ↑ Neumann M, King D, Beltagy I, Ammar W (2019). «ScispaCy: быстрые и надежные модели для биомедицинской обработки естественного языка» . Труды 18-го семинара BioNLP и общая задача . Флоренция, Италия: Ассоциация компьютерной лингвистики: 319–327. arXiv : 1902.07669 . DOI : 10.18653 / v1 / W19-5034 . S2CID 67788603 . 
  59. ^ Альтман РБ, Бергман СМ, Блейк Дж, Блашке С, Коэн А, Гэннон Ф и др. (2008). «Анализ текстов для биологии - путь вперед: мнения ведущих ученых» . Геномная биология . 9 Дополнение 2 (Дополнение 2): S7. DOI : 10.1186 / ГБ-2008-9-s2-s7 . PMC 2559991 . PMID 18834498 .  
  60. ^ Хансперс, Кристина; Рютта, Андерс; Саммер-Кутмон, Мартина; Пико, Александр Р. (2020-11-09). «Информация о пути, извлеченная из цифр за 25 лет» . Геномная биология . 21 (1): 273. DOI : 10,1186 / S13059-020-02181-2 . PMC 7649569 . PMID 33168034 .  
  61. ^ Кун, Тобиас; Ройер, Лоик; Fuchs, Norbert E .; Шредер, Майкл (01.01.2006). «Улучшение интеллектуального анализа текста с помощью контролируемого естественного языка: пример взаимодействия белков» . Конспект лекций по информатике : 66–81. DOI : 10.1007 / 11799511_7 .
  62. ^ Кун, Тобиас; Ройер, Лоик; Fuchs, Norbert E .; Шредер, Майкл (01.01.2006). «Улучшение интеллектуального анализа текста с помощью контролируемого естественного языка: пример взаимодействия белков» . Конспект лекций по информатике : 66–81. DOI : 10.1007 / 11799511_7 .
  63. Перейти ↑ Hirschman L, Yeh A, Blaschke C, Valencia A (2005). «Обзор BioCreAtIvE: критическая оценка извлечения информации для биологии» . BMC Bioinformatics . 6 Дополнение 1 (Дополнение 1): S1. DOI : 10,1186 / 1471-2105-6-s1-s1 . PMC 1869002 . PMID 15960821 . S2CID 5119495 .   

Внешние ссылки [ править ]

  • Международное общество биокументации
  • Биокреативный