Caryophanaceae является семья из грам-положительных бактерий . В 2020 году ныне несуществующее семейство Planococcaceae было объединено с Caryophanaceae, чтобы исправить номенклатурную аномалию. [1] Типовой род этого семейства - Caryophanon . [2]
Caryophanaceae | |
---|---|
Научная классификация | |
Королевство: | |
Разделение: | |
Класс: | |
Заказ: | |
Семья: | Caryophanaceae Пешков, 1939 г. |
Роды | |
Bhargavea |
Семейство Planococcacae было официально опубликовано в 1949 году, однако оно содержало в себе другой таксономический ранг на уровне семейства, семейство Caryophanaceae, которое было официально опубликовано в 1939 году. [3] Согласно Международному кодексу номенклатуры прокариот (ICNP) , название Caryophanacaeae имеет более высокий приоритет, чем Planococcaceae, из-за его более ранней публикации. [3] Таким образом, измененное семейство сохранило название Caryophanaceae .
Название Caryophanaceae происходит от латинского термина Caryophanon , обозначающего типовой род семейства, и суффикса «-aceae», окончания, используемого для обозначения семейства. Вместе Caryophanaceae относится к семейству, номенклатурным типом которого является род Caryophanon . [1]
Биохимические характеристики [1]
Клетки членов семейства Caryophanaceae могут быть кокками или палочками, иногда образующими нити или трихомы. Большинство видов являются строго аэробными гетеротрофами, хотя некоторые также являются факультативно аэробами. Клетки обычно подвижны с помощью жгутиков или скольжения, и они могут образовывать или не образовывать эндоспоры. Большинство видов являются каталазо-положительными и оксидазно-положительными или отрицательными.
Историческая систематика и современная таксономия
Caryophanaceae , по состоянию на 2021 год, содержит 19 официально опубликованных родов. [2]
Помимо номенклатурной аномалии, Caryophanaceae также включает более 100 видов, которые имеют различные морфологические / биохимические характеристики, демонстрируя, что они филогенетически не связаны. [4] Первоначальное отнесение видов к семейству Caryophanaceae было в значительной степени основано на анализе последовательности генома 16S рРНК, который, как известно, имеет низкую дискриминационную способность, и результаты изменений зависят от используемого алгоритма и информации об организме. Несмотря на это, анализы по-прежнему демонстрируют полифилетическое ветвление, что указывает на присутствие различных подгрупп внутри семейства. [4]
В 2020 году Гупта и Патель предложили исправление Caryophanaceae, в частности объединение с Planoccocacae , предложение трех новых родов, а также перевод ряда ошибочно классифицированных видов в соответствующие роды. [1] Изменения были предложены на основе различных филогенетических деревьев, построенных на основе множества больших наборов данных последовательностей белков и идентификации уникальных молекулярных маркеров, известных как индели консервативных сигнатур в нескольких белках. [1]
Молекулярные подписи
Члены этого семейства можно надежно отличить от всех других бактерий с помощью молекулярных маркеров, известных как консервативные индели сигнатуры (CSI). CSI обнаруживаются в консервативных областях генов и белков группы организмов и фланкируются с обеих сторон высококонсервативными последовательностями, что обеспечивает надежное выравнивание последовательностей и их надежность в качестве молекулярного маркера. [5] Эти специфические вставки и делеции являются результатом редких генетических изменений у общего предка и передаются по вертикали потомкам предка. [5] CSI также могут служить основой для разработки методов диагностики патогенных видов. [6] [7]
13 CSI были идентифицированы для этого семейства в белках фенилаланин – тРНК-лигаза субъединица альфа, шаперонине GroEL, факторе созревания рибосом RimP, бацилредоксине семейства BrxA / BrxB, РНК-метилтрансферазе, внутримембранной сериновой протеазе семейства ромбов, АТФ-зависимой Clp-протеазе, АТФ-связывающей субъединице. ДНК-направленная субъединица РНК-полимеразы бета, хоризматсинтаза, белок споруляции A стадии IV, пептидаза, белок активации сигнального пути KinB и белок, содержащий домен DUF423. [1] Эти CSI могут быть использованы для идентификации дополнительных видов, принадлежащих к Caryophanacaeae, с помощью in-silico или других экспериментальных методов.
Рекомендации
- ^ a b c d e е Гупта, Радхи S .; Патель, Судип (14 января 2020 г.). «Надежная демаркация семейства Caryophanaceae (Planococcaceae) и его различных родов, включая три новых рода на основе филогеномики и высокоспецифичных молекулярных сигнатур» . Границы микробиологии . 10 . DOI : 10.3389 / fmicb.2019.02821 . ISSN 1664-302X .
- ^ а б «Семейство: Caryophanaceae» . lpsn.dsmz.de . Проверено 5 июня 2021 .
- ^ а б Тиндалл, BJ (2019-08-01). «При рассмотрении как гетеротипных синонимов имена Caryophanaceae Peshkoff 1939 (Утвержденные списки 1980) и Caryophanales Peshkoff 1939 (Утвержденные списки 1980) имеют приоритет над именами Planococcaceae Krasil'nikov 1949 (Утвержденные списки 1980) и Bacillales Prévot 1953 (Утвержденные списки 1980). Bacillales Prevot 1953 (утвержденные списки 1980), соответственно " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 69 (8): 2187–2195. DOI : 10.1099 / ijsem.0.003354 . ISSN 1466-5026 .
- ^ а б Людвиг, Вольфганг; Шлейфер, Карл-Хайнц; Уитмен, Уильям Б. (14 сентября 2015 г.). «Planococcaceae» . Руководство Берджи по систематике архей и бактерий : 1–1. DOI : 10.1002 / 9781118960608.fbm00116 .
- ^ а б Наушад, Хафиз Сохаил; Ли, Брайан; Гупта, Радхи С. (01.02.2014). «Сохраненные индели сигнатур и сигнатурные белки как новые инструменты для понимания микробной филогении и систематики: идентификация молекулярных сигнатур, специфичных для фитопатогенных родов Dickeya, Pectobacterium и Brenneria» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 64 (Pt_2): 366–383. DOI : 10.1099 / ijs.0.054213-0 . ISSN 1466-5026 .
- ^ Вонг, Ширли Ю.; Пашос, Афанасий; Gupta, Radhey S .; Шеллхорн, Херб Э. (07.10.2014). «Подход на основе вставки / удаления для обнаружения Escherichia coli O157: H7 в пресноводных средах» . Наука об окружающей среде и технологии . 48 (19): 11462–11470. DOI : 10.1021 / es502794h . ISSN 1520-5851 . PMID 25166281 .
- ^ Ахмод, Надя З .; Gupta, Radhey S .; Шах, Харун Н. (01.12.2011). «Идентификация Bacillus anthracis в гене yeaC и разработка метода быстрого пиросеквенирования для отличия B. anthracis от группы B. cereus» . Журнал микробиологических методов . 87 (3): 278–285. DOI : 10.1016 / j.mimet.2011.08.015 . ISSN 1872-8359 . PMID 21907250 .