Sporosarcina является родом из бактерий .
Споросарцина | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Королевство: | |
Тип: | |
Класс: | |
Заказ: | Карифаны |
Семья: | |
Род: | Споросарцина |
Технические характеристики
Клетки вида из Sporosarcina либо в форме стерженьков или кокковидные . [1] Sporosarcina образует эндоспоры . Большинство видов Sporosarcina подвижны (подвижны).
Метаболизм
Все виды Sporosarcina являются гетеротрофными . Они не осуществляют фотосинтез. [1] Некоторые виды облигатно аэробны , им нужен кислород. Другие являются факультативно аэробными , они также могут осуществлять метаболизм в отсутствие кислорода. [1]
Экология
Некоторые виды, такие как S. ureae имеют фермента уреазы и, таким образом , способны сломать мочевину . [1] Вид образует наибольшую плотность населения в почвах, подверженных влиянию мочи. К ним относятся, например, луга, на которых держат скот. Таким образом, S. ureae играет важную роль в экосистеме . [2]
Молекулярные подписи
Члены этого рода можно надежно отличить от всех других бактерий с помощью молекулярных маркеров, известных как консервативные индели сигнатуры (CSI). CSI обнаруживаются в консервативных областях генов и белков группы организмов и фланкируются с обеих сторон высококонсервативными последовательностями, что обеспечивает надежное выравнивание последовательностей и их надежность в качестве молекулярного маркера. [3] Эти специфические вставки и делеции являются результатом редких генетических изменений общего предка и передаются по вертикали потомкам предка. [3] CSI также могут служить основой для разработки методов диагностики патогенных видов. [4] [5]
Восемь CSI были идентифицированы для этого рода в белках аспартат-тРНК-лигаза, A / G-специфическая аденингликозилаза, тимидилатсинтаза, белок семейства RDD, DEAD / DEAH-бокс-геликаза, мембранный белок insase YidC, цитохром b6 и гипотетический белок (присоединение № WP_083035866). [6] Эти CSI могут быть использованы для идентификации дополнительных видов, принадлежащих Sporosarcina, с помощью in-silico или других экспериментальных методов.
Систематика
Sporosarcina относится к фирмикутам . [7] Некоторые примеры видов:
- Sporosarcina luteola Tominaga et al. 2009 г.
- Sporosarcina aquimarina Yoon et al. 2001 г.
- Sporosarcina contaminans Kämpfer et al. 2010 г.
- Sporosarcina globispora (Larkin, Stokes, 1967) Yoon et al. 2001 г.
- Sporosarcina newyorkensis Wolfgang et al. 2012 г.
- Sporosarcina pasteurii (Miquel 1889) Yoon et al. 2001 г.
- Sporosarcina Psyrophila (Nakamura 1984) Yoon et al. 2001 г.
- Sporosarcina saromensis An et al. 2007 г.
- Sporosarcina siberiensis Zhang et al. 2014 г.
- Sporosarcina soli Kwon et al. 2007 г.
- Sporosarcina terrae Sun et al. 2017 г.
- Sporosarcina thermotolerans Kämpfer et al. 2010 г.
- Sporosarcina ureae (Beijerinck 1901) Клюйвер и ван Ниль 1936
Рекомендации
- ^ a b c d Гаррити, Джордж М. (2009). Руководство Берджи по систематической бактериологии: The Firmicutes, Том 3 Руководства Берджи по систематической бактериологии .
- ^ Шлегель, Ханс Г. (1992). Allgemeine Mikrobiologie . ISBN 3-13-444607-3.
- ^ а б Наушад, Хафиз Сохаил; Ли, Брайан; Гупта, Радхи С. (01.02.2014). «Сохраненные индели сигнатур и сигнатурные белки как новые инструменты для понимания микробной филогении и систематики: идентификация молекулярных сигнатур, специфичных для фитопатогенных родов Dickeya, Pectobacterium и Brenneria» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 64 (Pt_2): 366–383. DOI : 10.1099 / ijs.0.054213-0 . ISSN 1466-5026 .
- ^ Вонг, Ширли Ю.; Пашос, Афанасий; Gupta, Radhey S .; Шеллхорн, Херб Э. (07.10.2014). «Подход на основе вставки / удаления для обнаружения Escherichia coli O157: H7 в пресноводных средах» . Наука об окружающей среде и технологии . 48 (19): 11462–11470. DOI : 10.1021 / es502794h . ISSN 1520-5851 . PMID 25166281 .
- ^ Ахмод, Надя З .; Gupta, Radhey S .; Шах, Харун Н. (01.12.2011). «Идентификация Bacillus anthracis в гене yeaC и разработка метода быстрого пиросеквенирования для отличия B. anthracis от группы B. cereus» . Журнал микробиологических методов . 87 (3): 278–285. DOI : 10.1016 / j.mimet.2011.08.015 . ISSN 1872-8359 . PMID 21907250 .
- ^ Gupta, Radhey S .; Патель, Судип (14 января 2020 г.). «Надежная демаркация семейства Caryophanaceae (Planococcaceae) и его различных родов, включая три новых рода на основе филогеномики и высокоспецифичных молекулярных сигнатур» . Границы микробиологии . 10 . DOI : 10.3389 / fmicb.2019.02821 . ISSN 1664-302X .
- ^ JP Euzéby: Список прокариотических имен, стоящих в номенклатуре (LPSN)