Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
CodonCode Aligner
Разработчики)CodonCode Corporation
Стабильный выпуск
4.2.5 / 2013
Операционная системаMac OS X, Windows
ТипБиоинформатика
Лицензиякоммерческий; бесплатно для ограниченного использования (просмотр и редактирование трассировки)
Веб-сайтhttp://www.codoncode.com/aligner

CodonCode Aligner - это коммерческое приложение для сборки последовательностей ДНК , выравнивания последовательностей и редактирования в Mac OS X и Windows .

Особенности [ править ]

Возможности включают редактирование хроматограммы , обрезание концов и обрезку вектора, сборку последовательностей и редактирование контигов, выравнивание кДНК относительно геномных шаблонов, выравнивание и редактирование последовательностей , выравнивание контигов друг с другом с помощью ClustalW , MUSCLE или встроенных алгоритмов, обнаружение мутаций, включая обнаружение гетерозиготного однонуклеотидного полиморфизма , анализ гетерозиготных вставок и удалений, запуск онлайн- поиска BLAST , рестрикционный анализ (поиск и просмотр сайтов ограничения рестрикции), повышение резкости следов и поддержка Phred , Phrap , ClustalW иМЫШЦЫ .

История [ править ]

Первая бета-версия CodonCode Aligner была выпущена в апреле 2003 года, а первая полная версия - в июне 2003 года. Основные обновления были выпущены в 2003, 2004, 2005, 2006, 2007 и 2008 годах.

В апреле 2009 года CodonCode Aligner цитировался более чем в 400 научных публикациях. Ссылки охватывают широкий спектр областей биомедицинских исследований, включая исследования ВИЧ, [1] [2] [3] биогеографию и экологическую биологию, [4] [5] исследования метилирования ДНК, [6] генетические заболевания, [7] [8] [9] клиническая микробиология, [10] [11] и эволюционные исследования и филогенетика. [12] [13] [14]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Бейли JR, Sedaghat AR, Kieffer T, Brennan T, Lee PK, Wind-Rotolo M, Haggerty CM, Kamireddi AR, Liu Y, Lee J, Persaud D, Gallant JE, Cofrancesco J, Quinn TC, Wilke CO, Ray SC , Силичиано Дж. Д., Крапива Р. Е., Силичиано РФ (2006). «Остаточная виремия вируса иммунодефицита человека типа 1 у некоторых пациентов, получающих антиретровирусную терапию, определяется небольшим количеством инвариантных клонов, редко обнаруживаемых в циркулирующих CD4 + Т-клетках» . J Virol . 80 (13): 6441–6457. DOI : 10,1128 / JVI.00591-06 . PMC  1488985 . PMID  16775332 .
  2. ^ Калис JC, Rotteveel HP, ван дер Kuyl AC, Zorgdrager F, D, Качала ван Hensbroek MB, Корнелиссена M (2008). «Тяжелая анемия не связана с характеристиками гена env ВИЧ-1 у малавийских детей» . BMC Infect Dis . 8 : 26. DOI : 10,1186 / 1471-2334-8-26 . PMC 2311312 . PMID 18312662 .  
  3. ^ Мягкий М, Esbjörnsson J, Fenyő Е.М., Medstrand Р (2007). «Частая внутрибольничная рекомбинация между оболочкой вируса иммунодефицита человека типа 1 R5 и X4: последствия для переключения корецепторов» . J Virol . 81 (7): 3369–3376. DOI : 10,1128 / JVI.01295-06 . PMC 1866041 . PMID 17251288 .  
  4. ^ Pendley CJ, Becker EA, Карл JA, Blasky AJ, Wiseman RW, Hughes AL, O'Connor SL, O'Connor DH (2008). «Характеристика MHC класса I индонезийских макак cynomolgus» . Иммуногенетика . 60 (7): 339–351. DOI : 10.1007 / s00251-008-0292-4 . PMC 2612123 . PMID 18504574 .  
  5. ^ Беенке А, Bunge Дж, Баргер К, Брейнер Н, Алла В, Stoeck Т (2006). "Структура сообщества микроэукариот вдоль градиента O2 / H2S в суперсульфидном аноксическом фьорде (Фрамварен, Норвегия) 'Ä †" . Appl Environ Microbiol . 72 (5): 3626–3636. DOI : 10,1128 / AEM.72.5.3626-3636.2006 . PMC 1472314 . PMID 16672511 .  
  6. ^ Барта А, ван Пассел MWJ, ван Амстердам К, ван - дер - Ende A (2005). «Прямое обнаружение метилирования в геномной ДНК» . Nucleic Acids Res . 33 (14): e124. DOI : 10.1093 / NAR / gni121 . PMC 1184226 . PMID 16091626 .  
  7. ^ Андерссон Л.С., Юрас R, Рэмси ДТ, Исон-Батлера Дж, Юарт S, Cothran G, G Линдгрен (2008). «Множественные врожденные глазные аномалии лошадей соответствуют интервалу 4,9 мегабаз на хромосоме 6 лошади» . BMC Genet . 9 : 88. DOI : 10.1186 / 1471-2156-9-88 . PMC 2653074 . PMID 19099555 .  
  8. ↑ Tremblay K, Lemire M, Potvin C, Tremblay A, Hunninghake GM, Raby BA, Hudson TJ, Perez-Iratxeta C, Andrade-Navarro MA, Laprise C (2008). "Гены к болезням (G2D) Вычислительный метод для идентификации генов-кандидатов астмы" . PLOS ONE . 3 (8): e2907. Bibcode : 2008PLoSO ... 3.2907T . DOI : 10.1371 / journal.pone.0002907 . PMC 2488373 . PMID 18682798 .  
  9. ↑ McCullough BJ, Adams JC, Shilling DJ, Feeney MP, Sie KCY, Tempel BL (2007). «3p-синдром определяет локус потери слуха в 3p25.3» . Послушайте Res . 224 (1–2): 51–60. DOI : 10.1016 / j.heares.2006.11.006 . PMC 1995240 . PMID 17208398 .  
  10. ^ Пиньон М, Greth КМ, Купер Дж, Эмерсон D, Тан J (2006). «Идентификация микобактерий с помощью матричной лазерной десорбционной ионизации-времяпролетной масс-спектрометрии» . J Clin Microbiol . 44 (6): 1963–1970. DOI : 10.1128 / JCM.01959-05 . PMC 1489414 . PMID 16757585 .  
  11. ↑ van Amsterdam K, Bart A, van der Ende A (2005). «Насос для оттока Helicobacter pylori TolC придает устойчивость к метронидазолу» . Противомикробные агенты Chemother . 49 (4): 1477–1482. DOI : 10,1128 / AAC.49.4.1477-1482.2005 . PMC 1068630 . PMID 15793129 .  
  12. ^ Бакстер SW, папа R, Чемберлен N, Humphray SJ, Joron М, Моррисона С, Френч-Константа RH, Макмиллэн WO, Джиггинс компакт - диск (2008). «Конвергентная эволюция в генетической основе мюллеровской мимикрии у бабочек Heliconius» . Генетика . 180 (3): 1567–1577. DOI : 10.1534 / genetics.107.082982 . PMC 2581958 . PMID 18791259 .  
  13. ^ Siddall ME, Trontelj P, Утевский SY, Nkamany M, Macdonald KS (2007). «Разнообразные молекулярные данные демонстрируют, что коммерчески доступные медицинские пиявки не являются Hirudo medicinalis» . Proc Biol Sci . 274 (1617): 1481–1487. DOI : 10.1098 / rspb.2007.0248 . PMC 2176162 . PMID 17426015 .  
  14. ^ Stoeck Т, Каспер Дж, Bunge Дж, Леслин С, Ильин В, Эпштейна S (2007). «Разнообразие Протистана в Арктике: пример палеоклимата, повлиявшего на современное биоразнообразие?» . PLOS ONE . 2 (8): e728. Bibcode : 2007PLoSO ... 2..728S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0000728 . PMC 1940325 . PMID 17710128 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • CodonCode Aligner домашняя страница