Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Консорциум функциональной гликомики
CFGLogo.jpg
Формирование2001 г.
Цельопределить парадигмы, с помощью которых белок-углеводные взаимодействия опосредуют межклеточную коммуникацию
Штаб-квартираНаучно-исследовательский институт Скриппса
Членство открыт для любого исследователя, проводящего финансируемые грантом исследования гликановых белков или их лигандов
Главный следовательДжеймс Полсон, доктор философии.
Бюджет финансируется за счет 10-летнего гранта на клей от Национального института общих медицинских наук, входящего в состав Национальных институтов здравоохранения США (NIH)
Веб-сайтhttp://www.functionalglycomics.org

Консорциум функциональных Glycomics ( CFG ) является крупной научно - исследовательской инициативой , финансируемой в 2001 годе гранта клеевого из Национального института общих медицинских наук (NIGMS) «определить парадигмы , с помощью которого белка - углевод взаимодействия опосредованных сотовой связи ». [1] Для достижения этой цели CFG изучает функции:

CFG включает восемь основных объектов и более 500 участвующих исследователей, которые работают вместе, чтобы разработать ресурсы и услуги и сделать их доступными для научного сообщества бесплатно. Данные, генерируемые этими ресурсами, фиксируются в базах данных, доступных через Functional Glycomics Gateway, веб-ресурс, поддерживаемый посредством партнерства между CFG и Nature Publishing Group .

Организация [ править ]

CFG состоит из трех основных компонентов: участвующих исследователей, основных участников и руководящего комитета.

Участвующие следователи [ править ]

Прогресс в достижении общей цели CFG обеспечивается исследованиями, проведенными более чем 500 участвующими исследователями] (PI) по всему миру, чьи лаборатории используют ресурсы, услуги и данные, полученные от научных центров CFG.

ИП являются крупнейшим компонентом программы, и каждый год они продолжают расти за счет новых участников. У каждого PI также есть программа исследований в рамках CFG, поддерживаемая фондами, не относящимися к CFG. Исследователи подают заявку на членство и должны иметь финансируемый грант в рамках CFG, но они не обязаны присоединяться к CFG для доступа к ресурсам. Некоторые ИП также имеют промежуточные гранты, финансируемые CFG, которые в первую очередь связаны с целями научных центров и обеспечивают их выполнение на благо всех ИП.

ИП разделены на 10 подгрупп, возглавляемых руководителями подгрупп:

  • Распознавание микроорганизмами гликанов хозяина
  • Иммунное распознавание гликанов
  • Гликаны в коммуникации иммунных клеток
  • Гликаны в развитии и физиологии
  • Гликаны в биологии рака
  • Гликаны в структуре и функции белка
  • Аналитическая гликомика
  • Химический синтез и гликановые микрочипы
  • 3-D структурная гликобиология
  • Биоинформатика

Подгруппы проводят не менее трех семинаров в год, где они сформировали несколько рабочих групп, чтобы использовать финансирование CFG в своих усилиях по определению биологии GBP. Вклад PI в разъяснение парадигм, определяющих функцию GBP, отражен в базах данных CFG, а также в исследовательских публикациях и обзорных статьях.

Ядра [ править ]

Большая часть средств CFG инвестируется в научные центры, которые несут ответственность за создание новых ресурсов, новых технологий и платформы информации, которую исследователи используют в своих исследованиях. Ниже описаны восемь ядер CFG:

  • Административное ядро ​​(A) , расположенное в Исследовательском институте Скриппса , поддерживает руководящий комитет CFG, основных и участвующих исследователей, планирует встречи и семинары, публикует ежеквартальный информационный бюллетень, способствует запросам ресурсов, отслеживает публикации, связанные с CFG, и пишет отчеты о проделанной работе в НИГМС. Core A также тесно сотрудничает с Core B для обновления и разработки нового контента для сайта Functional Glycomics Gateway.
  • Ядро биоинформатики (B) , расположенное в Массачусетском технологическом институте , отвечает за сбор, хранение и распространение всех данных и информации, связанных с CFG. С этой целью Core B работает с Nature Publishing Group над разработкой сайта CFG Functional Glycomics Gateway. Здесь Core B построил сложные реляционные базы данных для интеграции различных наборов данных, созданных научными ядрами CFG и участвующими исследователями, а также наборов данных из других общедоступных баз данных. Чтобы повысить удобство использования этих баз данных, Core B сотрудничает с научными ядрами для разработки инструментов биоинформатики для интеллектуального анализа данных и прогнозирования [2] [3]
  • Ядро аналитической гликотехнологии (C) , расположенное в Имперском колледже Лондона , предлагает масс-спектрометрическое профилирование белковых N- и O-связанных гликанов из клеток млекопитающих, причем наивысший приоритет отдается чистым популяциям иммунных клеток человека или мыши. [4] [5]
  • Glycan Array Synthesis Core (D) , расположенный в Исследовательском институте Скриппса , производит и собирает углеводные соединения (моносахариды, дисахариды и т. Д.), Связывающие гликаны белки и анти-гликановые антитела для распространения среди исследователей. Многие из этих реагентов были щедро предоставлены участвовавшими исследователями. Core D также синтезирует гликаны и печатает массив гликанов CFG (см. Core H ниже) [6] [7] [8]
  • Gene Microarray Core (E) , расположенный в Исследовательском институте Скриппса , проверяет образцы РНК, предоставленные исследователями, на специально разработанном массиве гликогенных чипов, разработанном с использованием технологии Affymetrix . Чип содержит наборы зондов, предназначенные для мониторинга экспрессии примерно 2000 генов человека и мыши, включая гликозилтрансферазы, гликансвязывающие белки, белки деградации гликанов, белки межклеточного транспорта белков, переносчики сахара, молекулы адгезии, интерлейкины, муцины, факторы роста, цитокины, хемокины и многое другое. [9]
  • Ядро трансгенных мышей (F) , ранее находившееся в Исследовательском институте Скриппса , теперь закрыто. С 2001-2009 гг. Core F сгенерировал 26 линий мышей с полным и условным нокаутом, дефицитных по гликан-связывающим белкам или гликозилтрансферазам. Все штаммы Core F теперь хранятся в Региональном ресурсном центре мутантных мышей (MMRRC) Калифорнийского университета в Дэвисе или в лаборатории Джексона (Jax). В качестве услуги сообществу CFG по-прежнему поддерживает сайт в функциональном шлюзе гликомики, чтобы помочь исследователям найти потенциальные источники линий мышей с нокаутом гликогена.
  • Ядро фенотипа мыши (G) , расположенное в Медицинском научно-исследовательском институте Сэнфорд-Бернхэм , работает с участвующими «наставниками» исследователей для оценки гистологии, гематологии, метаболизма, иммунологической функции и поведения линий мышей, созданных Core F, с целью описания фенотипические результаты удаления одного или нескольких гликогенов. По усмотрению Подкомитета по мышам, Core G также иногда оценивает линии мыши, предоставленные следователями.
  • Ядро взаимодействия белок-гликан (H) , расположенное в Университете Эмори , анализирует созданные исследователем лектины, антитела, антисыворотки, микроорганизмы или предполагаемые гликан-связывающие белки человеческого, животного и микробного происхождения на гликановом массиве млекопитающих для определения углеводной специфичности и определить конкретные лиганды. Текущая версия массива (v4.1), разработанная и напечатанная Core D, содержит 465 различных гликанов. [10] [11]

Руководящий комитет [ править ]

CFG управляется руководящим комитетом под председательством Джеймса К. Полсона , доктора философии, профессора Исследовательского института Скриппса и главного исследователя гранта на клей CFG. Одиннадцать дополнительных экспертов по гликомике и один научный сотрудник NIGMS составляют остальную часть комитета.

Пять подкомитетов контролируют основные и дают рекомендации руководящему комитету относительно приоритетов ресурсов и развития технологий: подкомитет по биоинформатике, подкомитет по гликановым массивам / углеводным библиотекам, подкомитет по анализу гликанов, подкомитет по мышам и подкомитет по номенклатуре.

Ресурсы [ править ]

Ресурсы и услуги CFG, описанные выше, бесплатны для использования исследователями, изучающими сложную биологию, которая управляет взаимодействиями гликановых белков и их лигандов при посредничестве клеточной коммуникации.

Ресурсы можно запросить, отправив форму на веб-сайте Functional Glycomics Gateway. Как только запрос получен, соответствующий главный директор рассматривает его и связывается с исследователем, если требуется дополнительная информация. После того, как главный директор завершает запрос и определяет, способно ли ядро ​​его выполнить, Руководящий комитет CFG рассматривает запрос для окончательного утверждения.

Членство в CFG не является требованием для получения ресурсов, но исследовательское учреждение должно одобрить соглашение CFG о совместном использовании данных, чтобы завершить процесс запроса ресурсов.

Базы данных [ править ]

Данные, полученные научными центрами CFG с образцами, предоставленными ИП, и данные, полученные исследователями в их собственных лабораториях с использованием ресурсов CFG, загружаются в базы данных CFG для распространения среди исследователей и научного сообщества. Специальные базы данных для GBP, гликановых структур и гликозилтрансфераз разработаны, чтобы помочь интегрировать данные и оценить прогресс в достижении общей цели. [12]

Самый простой способ поиска по всей информации, связанной с CFG, - это ввести ключевое слово (например, «галектин-1», «сиаловая кислота» и т. Д.) Или номенклатуру углеводов IUPAC в поле поиска в верхней части функционального шлюза гликомики.

Финансирование [ править ]

В 2001 году CFG получила пятилетний грант в размере 34 миллионов долларов США от NIGMS. [13] В 2006 году грант на клей CFG был продлен еще на пять лет с дополнительными 40,7 миллиона долларов. [14] Финансирование гранта Glue закончилось 31 августа 2011 года. CFG ищет альтернативное финансирование для продолжения многих аспектов CFG после периода финансирования гранта Glue.

Ссылки [ править ]

  1. ^ Пресс-релиз NIGMS: " Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2010-05-27 . Проверено 5 марта 2010 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
  2. ^ Комбинационное R, S Raguram, Венкатараман G, Полсон JC, Sasisekharan R (2005). «Гликомика: комплексный системный подход к структурно-функциональным отношениям гликанов». Методы природы . 2 (11): 817–24. DOI : 10.1038 / nmeth807 . PMID 16278650 . 
  3. Перейти ↑ Taniguchi N, Paulson JC (май 2007 г.). «Границы гликомики; биоинформатика и биомаркеры болезней. 11–13 сентября 2006 г., Конференц-центр Натчера, кампус NIH, Бетесда, Мэриленд, США». Протеомика . 7 (9): 1360–3. DOI : 10.1002 / pmic.200700123 . PMID 17436269 . 
  4. ^ Хэслэма SM, North SJ, Dell A (октябрь 2006). «Масс-спектрометрический анализ N- и O-гликозилирования тканей и клеток». Текущее мнение в структурной биологии . 16 (5): 584–91. DOI : 10.1016 / j.sbi.2006.08.006 . PMID 16938453 . 
  5. ^ Хэслэма С.М., Julien S, Burchell JM, Монах CR, Ceroni A, Сад OA, Dell A (октябрь 2008). «Характеристика гликома иммунной системы млекопитающих». Иммунология и клеточная биология . 86 (7): 564–73. DOI : 10.1038 / icb.2008.54 . PMID 18725885 . 
  6. ^ Новые технологии улучшат наше понимание роли сложных сахарных цепочек, украшающих поверхность клеток в организме . Новости-Medical.Net . 8 декабря 2004 г.
  7. ^ Полсон JC, Blixt O, Collins ВЕ (май 2006). «Сладкие точки в функциональной гликомике». Природа Химическая биология . 2 (5): 238–48. DOI : 10,1038 / nchembio785 . PMID 16619023 . 
  8. ^ Blixt O, N - Рази (2006). «Хемоферментный синтез гликановых библиотек». Методы в энзимологии . 415 : 137–53. DOI : 10.1016 / S0076-6879 (06) 15009-0 . PMID 17116472 . 
  9. ^ Comelli Е.М., Амадо М, руководитель SR, Полсон JC (2002). «Пользовательский микроматрица для гликобиологов: соображения по профилированию экспрессии генов гликозилтрансферазы». Симпозиум Биохимического общества (69): 135–42. PMID 12655780 . 
  10. ^ Blixt O, Head S, Mondala T и др. (Декабрь 2004 г.). «Печатный ковалентный гликановый массив для определения профиля лигандов различных связывающих гликанов белков» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (49): 17033–8. DOI : 10.1073 / pnas.0407902101 . PMC 534418 . PMID 15563589 .  
  11. ^ Alvarez RA, Blixt O (2006). «Идентификация специфичности лигандов для белков, связывающих гликаны, с использованием массивов гликанов». Методы в энзимологии . 415 : 292–310. DOI : 10.1016 / S0076-6879 (06) 15018-1 . PMID 17116481 . 
  12. ^ Комбинационное R, Венкатараман M, S Ramakrishnan, Lang W, S Raguram, Sasisekharan R (май 2006). «Развитие гликомики: стратегии реализации в консорциуме функциональной гликомики» . Гликобиология . 16 (5): 82R – 90R. DOI : 10.1093 / glycob / cwj080 . PMID 16478800 . 
  13. ^ "Гранты клея - Национальный институт общих медицинских наук" . 29 января 2010. Архивировано из оригинала 29 января 2010 года.
  14. ^ Пресс-релиз TSRI: http://www.scripps.edu/news/press/090706.html