dTDP-глюкозо-4,6-дегидратаза

Первые белковые структуры dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазы (RmlB) были завершены Джимом Тоденом в лаборатории Хейзел Холден ( Университет Висконсина-Мэдисон ) и Саймоном Аллардом в лаборатории Джима Нейсмита ( Университет Сент-Эндрюс ). ^[1]^[2] Дальнейшие структурные , мутагенные и ферментативные исследования обеими группами, а также важная механистическая работа групп Уоллеса Клеланда и Перри Фрея привели к хорошему пониманию этого фермента. ^[3]^[4] Вкратце, фермент представляет собой димерный белок со складкой Россмана.; он использует прочно связанный кофермент НАД ⁺ для временного окисления субстрата, активируя его на стадии дегидратации . ^[5]^[6]

Номенклатура [ править ]

Этот фермент принадлежит к семейству лиаз , а именно к гидролазам, которые расщепляют углерод-кислородные связи. Систематическое название данного фермента класса DTDP-глюкоза 4,6-гидро-лиазы (DTDP-4-дегидро-6-дезокси-D-глюкоза-образующих) . Другие широко используемые названия включают тимидиндифосфоглюкозооксидоредуктазу , TDP-глюкозооксидоредуктазу , RmlB , DESIV и dTDP-глюкозо-4,6-гидролазу . Этот фермент участвует в 4 - метаболических путях : нуклеотидная сахара метаболизм , стрептомицин биосинтез , биосинтез блока сахара поликетидного , ибиосинтез антибиотиков группы ванкомицина .

Ссылки [ править ]

^ Аллард, СТМ; Cleland WW ; Холден, HM. (2004). «Рентгеновская структура высокого разрешения dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазы из Streptomyces venezuelae» . Журнал биологической химии . 279 (3): 2211–20. DOI : 10.1074 / jbc.M310134200 . PMID 14570895 .
^ Аллард, СТМ; Жиро, MF; Нейсмит, JH; и другие. (2001). «Кристаллическая структура dTDP-d-глюкозо-4,6-дегидратазы (RmlB) из Salmonella enterica serovar typhimurium, второго фермента в пути dTDP-1-рамнозы». Журнал молекулярной биологии . 307 (1): 283–295. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.4470 . PMID 11243820 .
^ Hegeman Д., Гросс JW, Frey PA (февраль 2002). «Согласованные и поэтапные механизмы дегидратации, наблюдаемые у мутантной Escherichia coli dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазы». Биохимия . 41 (8): 2797–804. CiteSeerX 10.1.1.557.8752 . DOI : 10.1021 / bi011748c . PMID 11851427 .
^ Gerratana B, Клиланд WW, Frey PA (август 2001). «Механистические роли Thr134, Tyr160 и Lys 164 в реакции, катализируемой dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазой». Биохимия . 40 (31): 9187–95. DOI : 10.1021 / bi0108249 . PMID 11478886 .
^ Аллард, СТМ; Beis K; Жиро MF; Hegeman AD; Брутто JW; Уилмут RC; Whitfield C; Graninger M; Месснер П; Allen AG; Маскелл DJ ; Нейсмит Дж. Х. (январь 2002 г.). «К структурному пониманию механизма дегидратазы». Структура . 10 (1): 81–92. DOI : 10.1016 / S0969-2126 (01) 00694-3 . PMID 11796113 .
^ Бейс К., Аллард; STM, Hegeman AD; Муршудов Г; Philp D; Нейсмит Дж. Х. (октябрь 2003 г.). «Структура НАДН в ферменте dTDP-d-глюкозодегидратаза (RmlB)». Варенье. Chem. Soc . 125 (39): 11872–8. DOI : 10.1021 / ja035796r . PMID 14505409 .

Дальнейшее чтение [ править ]

Гилберт Дж. М., Матшуши М., Строминджер Дж. Л. (1965). «Тимидиндифосфат 4-ацетамидо-4,6-дидезоксигексозы. II Очистка и свойства тимидиндифосфат d-глюкозооксидоредуктазы». J. Biol. Chem . 240 : 1305–8. PMID 14284740 .
Мело А, Эллиотт WH, Глейзер L (1968). «Механизм синтеза 6-дезоксигексозы. I. Внутримолекулярный перенос водорода, катализируемый дезокситимидиндифосфат D-глюкозооксидоредуктазой». J. Biol. Chem . 243 (7): 1467–74. PMID 4869560 .
Ван SF, Габриэль О. (1969). «Биологические механизмы, участвующие в образовании дезоксисахаров. V Выделение и кристаллизация тимидиндифосфат-D-глюкозооксидоредуктазы из Escherichia coli B». J. Biol. Chem . 244 (13): 3430–7. PMID 4307450 .

Эта статья о ферменте EC 4.2 является незавершенной . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[High_resolution_X-ray_structure_of_dTDP-glucose_4,6-dehydratase_from_Streptomyces_venezuelae-1] Аллард, СТМ; Cleland WW ; Холден, HM. (2004). «Рентгеновская структура высокого разрешения dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазы из Streptomyces venezuelae» . Журнал биологической химии . 279 (3): 2211–20. DOI : 10.1074 / jbc.M310134200 . PMID 14570895 .

[The_crystal_structure_of_dTDP-d-glucose_4,6-dehydratase_(RmlB)_from_Salmonella_enterica_serovar_typhimurium,_the_second_enzyme_in_the_dTDP-l-rhamnose_pathway-2] Аллард, СТМ; Жиро, MF; Нейсмит, JH; и другие. (2001). «Кристаллическая структура dTDP-d-глюкозо-4,6-дегидратазы (RmlB) из Salmonella enterica serovar typhimurium, второго фермента в пути dTDP-1-рамнозы». Журнал молекулярной биологии . 307 (1): 283–295. DOI : 10.1006 / jmbi.2000.4470 . PMID 11243820 .

[Concerted_and_stepwise_dehydration_mechanisms_observed_in_wild-type_and_mutated_Escherichia_coli_dTDP-glucose_4,6-dehydratase.-3] Hegeman Д., Гросс JW, Frey PA (февраль 2002). «Согласованные и поэтапные механизмы дегидратации, наблюдаемые у мутантной Escherichia coli dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазы». Биохимия . 41 (8): 2797–804. CiteSeerX 10.1.1.557.8752 . DOI : 10.1021 / bi011748c . PMID 11851427 .

[Mechanistic_roles_of_Thr134,_Tyr160,_and_Lys_164_in_the_reaction_catalyzed_by_dTDP-glucose_4,6-dehydratase.-4] Gerratana B, Клиланд WW, Frey PA (август 2001). «Механистические роли Thr134, Tyr160 и Lys 164 в реакции, катализируемой dTDP-глюкозо-4,6-дегидратазой». Биохимия . 40 (31): 9187–95. DOI : 10.1021 / bi0108249 . PMID 11478886 .

[pmid11796113-5] Аллард, СТМ; Beis K; Жиро MF; Hegeman AD; Брутто JW; Уилмут RC; Whitfield C; Graninger M; Месснер П; Allen AG; Маскелл DJ ; Нейсмит Дж. Х. (январь 2002 г.). «К структурному пониманию механизма дегидратазы». Структура . 10 (1): 81–92. DOI : 10.1016 / S0969-2126 (01) 00694-3 . PMID 11796113 .

[pmid14505409-6] Бейс К., Аллард; STM, Hegeman AD; Муршудов Г; Philp D; Нейсмит Дж. Х. (октябрь 2003 г.). «Структура НАДН в ферменте dTDP-d-глюкозодегидратаза (RmlB)». Варенье. Chem. Soc . 125 (39): 11872–8. DOI : 10.1021 / ja035796r . PMID 14505409 .

[1]

vтеУглеродно-кислородные лиазы ( EC 4.2) (преимущественно дегидратазы )
4.2.1 : Гидролиасы	Карбоангидраза Фумараза Аконитаза Энолаза Альфа Энолаза 2 Эноил-CoA гидратаза / 3-гидроксиацил ACP дегидраза Метилглутаконил-КоА гидратаза Триптофансинтаза Цистатионин бета-синтаза Порфобилиногенсинтаза 3-изопропилмалатдегидратаза Уроканаза Синтаза уропорфириноген III Нитрилгидратаза
4.2.2 : Воздействие на полисахариды	Гиалуронатлиаза
4.2.3 : Воздействие на фосфаты	Треонинсинтаза
4.2.99 : Другое	Карбоксиметилоксисукцинатлиаза Гидропероксид лиаза

vтеФерменты
Мероприятия	Активный сайт Связывающий сайт Каталитическая триада Оксианионная дыра Ферментная неразборчивость Каталитически совершенный фермент Коэнзим Кофактор Ферментный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Сотрудничество Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Ферментное суперсемейство Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Ханеса – Вульфа Заговор Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферазы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4 Lyases ( список ) EC5 Изомеразы ( список ) Лигазы EC6 ( список ) EC7 Translocases ( список )