Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Дэвид Хаусслер
Дэвид Хаусслер 1.jpg
Родившийся
Дэвид Хаусслер

Октябрь 1953 г. (возраст  ( 1953-10 )67) [1]
НациональностьСоединенные Штаты
Альма-матер
Известен
Награды
Научная карьера
Поля
УчрежденияКалифорнийский университет, Университет Санта-Крус,
Колорадо
ТезисВставка и повторная вставка как операции на формальном языке  (1982)
ДокторантАнджей Эренфойхт [8]
Докторанты
Другие известные студентыАндерс Крог [10]
Под влияниемКэтрин Поллард [11]
Интернет сайтwww .soe .ucsc .edu / people / haussler Отредактируйте это в Викиданных

Дэвид Хаусслер (родился в 1953 г.) - американский биоинформатик, известный своей работой, возглавляющей команду, которая собрала первую последовательность генома человека в гонке для завершения проекта «Геном человека», а затем для сравнительного анализа генома, который углубляет понимание молекулярной функции и эволюции генома. . [12] [13] [14] Он является исследователем в Медицинском институте Говарда Хьюза (HHMI), профессором биомолекулярной инженерии и научным директором-основателем Института геномики Калифорнийского университета в Санта-Круз при Калифорнийском университете в Санта-Крузе , директором Калифорнийского института. для количественных биологических наук(QB3) в кампусе Калифорнийского университета в Санта-Крус, а также профессором-консультантом Медицинской школы Стэнфордского университета и Департамента биофармацевтических наук Калифорнийского университета в Сан-Франциско . [10] [15]

Образование [ править ]

Хаусслер недолго изучал искусство в Академии художеств в Сан-Франциско в 1971 году, а затем психотерапию в колледже Непорочного сердца в Голливуде до 1973 года, когда он перешел в колледж Коннектикута , окончив его в 1975 году по специальности математика и небольшая физика. Он получил степень магистра прикладной математики в Калифорнийском политехническом университете в Сан-Луис-Обиспо в 1979 году. Хаусслер получил докторскую степень по информатике в Университете Колорадо в Боулдере в 1982 году.

Карьера и исследования [ править ]

В течение лета в то время как он был в колледже, Хаусслер работал его брат, Марк Хаусслер, биохимик в Университете штата Аризона изучения витамина D метаболизма . Они первыми измерили уровень кальцитриола , гормональной формы витамина D, в кровотоке человека. [16] С 1975 по 1979 год он путешествовал и работал на различных работах, включая работу на нефтеперерабатывающем заводе в Бургхаузене, Германия, выращивании томатов на Крите и выращивании киви, миндаля и грецких орехов в Темплтоне, Калифорния. Находясь в Темплтоне, он работал над получением степени магистра в соседнем Калифорнийском политехническом университете . [10]

Хаусслер был доцентом математики и информатики в Денверском университете в Колорадо с 1982 по 1986 год. С 1986 года по настоящее время он работал в Калифорнийском университете в Санта-Крус, сначала в отделе компьютерных наук, а в 2004 году в качестве первого члена отдела биомолекулярной инженерии. [10]

Во время получения докторской степени по теоретической информатике в Университете Колорадо Хаусслер вместе с сокурсниками Джином Майерсом , Гэри Стормо и Манфредом Вармутом заинтересовался математическим анализом ДНК . Текущее исследование Хаусслера основано на его ранних работах в области машинного обучения. В 1988 году он организовал первый семинар по теории вычислительного обучения с Леонардом Питтом. Вместе с Блумером, Эренфойхтом и Вармутом он представил структуру Вапника-Червоненкиса в теории вычислительного обучения, решив некоторые проблемы, поставленные Лесли Валиантом . В 1990-е годы он получил различные результаты в теории информации , эмпирических процессах,искусственный интеллект , [17] нейронные сети , [18] теория статистических решений и распознавание образов . [19]

Исследования Хаусслера объединяют математику, информатику и молекулярную биологию. [7] Он разрабатывает новые статистические и алгоритмические методы для изучения молекулярной функции и эволюции генома человека, интегрируя межвидовые сравнительные и высокопроизводительные данные геномики для изучения структуры, функции и регуляции генов. [20] [21] [22] [23] Ему приписывают новаторство в использовании скрытых марковских моделей (HMM), стохастических контекстно-свободных грамматик и метода дискриминантного ядра для анализа последовательностей ДНК , РНК и белков.. Он был первым, кто применил последние методы к полногеномному поиску биомаркеров экспрессии генов при раке, что теперь является основной задачей его лаборатории.

В качестве соавтора международного Human Genome Project , его команда, показывая программирования работы по аспиранта Джима Кента , вычислительно собрал первый проект генома человека [24] и разместил его в Интернете по 7 июля 2000 года [25] После это, его команда разработала браузер УСК генома , [26] [27] [28] инструмент веб-который широко используется в биомедицинских исследованиях и служит платформой для нескольких крупномасштабных проектов по геномике. К ним относятся проект ENCODE Национального института исследования генома человека (NHGRI) по использованию омиков.методы для изучения функции каждой основы в геноме человека (для которого UCSC служит центром координации данных), Коллекция генов млекопитающих NIH, проект 1000 геномов NHGRI по изучению генетических вариаций человека и Атлас генома рака Национального института рака (NCI) проект по изучению геномных изменений рака.

Работа его группы в области информатики по геномике рака, включая UCSC Cancer Genomics Browser [29], обеспечивает полный конвейер анализа от необработанных считываний ДНК до обнаружения и интерпретации мутаций и измененной экспрессии генов в образцах опухолей. Его группа сотрудничает с исследователями в медицинских центрах по всей стране, в том числе с членами «Команды противостояния раку » и Атласа генома рака, чтобы обнаружить молекулярные причины рака и разработать новый персонализированный, основанный на геномике подход к лечению рака. [30]

Хаусслер - один из восьми членов оргкомитета Глобального альянса по обмену геномными и клиническими данными, наряду с Дэвидом Альтшулером из Института Броуда Гарварда и Массачусетского технологического института; Питер Гудхенд и Томас Хадсон из Института онкологических исследований Онтарио ; Брэд Маргус из детского проекта AT; Элизабет Набель из Бригама и женской больницы; Чарльз Сойерс из Мемориала Слоан-Кеттеринг; и Майкл Стрэттон из института Wellcome Trust Sanger . [31]

Он стал соучредителем проекта Genome 10K Project по созданию геномного зоопарка - коллекции последовательностей ДНК, представляющих геномы 10 000 видов позвоночных, - с целью охвата генетического разнообразия в качестве ресурса для наук о жизни и всемирных усилий по сохранению. [32] [33]

Награды и награды [ править ]

Хаусслер является членом Национальной академии наук , [2] Национальной инженерной академии , [34] и Американской академии искусств и наук [35] и член из Ассоциации по улучшению искусственного интеллекта [36] ( AAAI). Среди его наград - Мемориальная премия Уэлдона 2011 года от Оксфордского университета, премия Американского общества генетики человека (ASHG) 2009 года в области генетики человека, премия ISCB для старших ученых от Международного общества вычислительной биологии (которое также избрало его членом ISCB). Пареньв 2009 г.) [5], Премией Диксона 2005 г. в области науки Университета Карнеги-Меллона и Премией Аллена Ньюэлла в области искусственного интеллекта Ассоциации вычислительной техники (ACM) / Ассоциации по развитию искусственного интеллекта (AAAI) 2003 г. [37]

Вместе с Сайрусом Чотиа и Майклом Уотерманом Хаусслер был удостоен премии Дэна Дэвида 2015 года за его вклад в область биоинформатики . [38]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Джонс, Певзнер Введение в алгоритмы биоинформатики , 2004, стр. 403.
  2. ^ а б Анон (2006). «Список участников: Дэвид Хаусслер из Калифорнийского университета в Санта-Круз» . nasonline.org . Национальная академия наук.
  3. ^ Анон (2010). «Награды и адреса ASHG 2009» . Американский журнал генетики человека . 86 (3): 309–310. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2010.02.013 . PMC 3591852 . 
  4. ^ Sansom, C .; Моррисон Маккей, Би Джей (2008). Борн, Филип Э. (ред.). "ISCB чествует Дэвида Хаусслера и Авив Регева" . PLOS Вычислительная биология . 4 (7): e1000101. Bibcode : 2008PLSCB ... 4E0101S . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.1000101 . PMC 2536508 . PMID 18795145 .  
  5. ^ а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала на 2017-03-20.
  6. ^ «Соучредитель Википедии Джимми Уэльс среди лауреатов премии Дэна Дэвида 2015 года» . Дата обращения 13 февраля 2015 .
  7. ^ a b Публикации Дэвида Хаусслера, проиндексированные Google Scholar
  8. ^ a b c Дэвид Хаусслер в проекте « Математическая генеалогия»
  9. ^ Фройнд, Йоав (1993). Алгоритмы моделирования фильтрации и распределения данных для машинного обучения (кандидатская диссертация). Калифорнийский университет в Санта-Крус. OCLC 679396091 . 
  10. ^ a b c d Gitschier, Джейн (2013). «Жизнь, Вселенная и все: интервью с Дэвидом Хаусслером» . PLOS Genetics . 9 (1): e1003282. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1003282 . PMC 3561096 . PMID 23382705 .  
  11. ^ Поллард К. С. , Салама С. Р., Кинг В, Керн А.Д., Dreszer Т, S Кацман, Siepel А, Педерсен JS, Бехерано G, R Baertsch, Розенблюм КР, Кент Дж, Хаусслер D (2006). «Силы, формирующие наиболее быстро эволюционирующие области в геноме человека» . PLOS Genetics . 2 (10): e168. DOI : 10.1371 / journal.pgen.0020168 . PMC 1599772 . PMID 17040131 .  
  12. ^ Хаусслер, D. (2011). «Дэвид Хаусслер». Природа Биотехнологии . 29 (3): 243. DOI : 10.1038 / nbt.1808 . PMID 21390032 . S2CID 8173735 .  
  13. ^ Дауни, П. (2008). «Профиль Дэвида Хаусслера» . Труды Национальной академии наук . 105 (38): 14251–14253. Bibcode : 2008PNAS..10514251D . DOI : 10.1073 / pnas.0808284105 . PMC 2567157 . PMID 18799747 .  
  14. ^ Публикации Дэвида Хаусслера из Europe PubMed Central
  15. ↑ Не выбрасывайте: «Мусорная ДНК» необходима в эволюции , радиоинтервью Джо Палка, NPR, 19 августа 2011 г.
  16. ^ Брамбо, PF; Haussler, DH; Bressler, R .; Хаусслер, MR (1974). «Радиорецепторный анализ на 1 альфа, 25-дигидроксивитамин D3». Наука . 183 (4129): 1089–1091. Bibcode : 1974Sci ... 183.1089B . DOI : 10.1126 / science.183.4129.1089 . PMID 4812038 . S2CID 83858470 .  
  17. ^ "MIT Notes" (PDF) .
  18. ^ Баум, Эрик Б .; Хаусслер, Дэвид (1988-01-01). "Какой размер сети дает правильное обобщение?" . Труды 1-й Международной конференции по системам обработки нейронной информации . НИПС'88. Кембридж, Массачусетс, США: MIT Press: 81–90.
  19. ^ "Вероятно ..." (PDF) .
  20. ^ Пирсон, Хелен (2004). « „ Мусорная ДНК“показывает важную роль» . Природа . DOI : 10.1038 / news040503-9 .
  21. ^ Biello, Дэвид. «Ученые определяют разницу в генах между людьми и шимпанзе» . Scientific American. 17 августа 2006 г. Проверено 29 февраля 2012 г.
  22. ^ "Эволюция позвоночных произошла в генетически отличные эпохи" . Новости HHMI. 19 августа 2011. Дата обращения 29 февраля 2012.
  23. ^ Циммер, Карл. «Когда летучие мыши и люди были одним и тем же» . Нью-Йорк Таймс. 7 декабря 2004. Проверено 29 февраля 2012 г.
  24. ^ Wade, Николай (2001-02-13). «ЧТЕНИЕ КНИГИ ЖИЗНИ; аспирант становится невероятным героем Джина Усилия (опубликовано в 2001 году)» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Проверено 15 февраля 2021 . 
  25. ^ https://www.sfchronicle.com/news/article/UC-Santa-Cruz-Puts-Human-Genome-Online-2749939.php
  26. ^ Браузер генома UCSC
  27. ^ Кент, У. Джеймс; Sugnet, Чарльз У .; Furey, Terrence S .; Роскин, Кришна М .; Pringle, Tom H .; Захлер, Алан М .; Хаусслер и Дэвид (июнь 2002 г.). «Браузер генома человека в UCSC» . Геномные исследования . 12 (6): 996–1006. DOI : 10.1101 / gr.229102 . ISSN 1088-9051 . PMC 186604 . PMID 12045153 .   
  28. ^ Кент, У. Джеймс; Sugnet, Чарльз У .; Furey, Terrence S .; Роскин, Кришна М .; Pringle, Tom H .; Захлер, Алан М .; Хаусслер и Дэвид (2002-06-01). «Браузер генома человека в UCSC» . Геномные исследования . 12 (6): 996–1006. DOI : 10.1101 / gr.229102 . ISSN 1088-9051 . PMC 186604 . PMID 12045153 .   
  29. ^ Чжу, J .; Sanborn, JZ; Benz, S .; Szeto, C .; Hsu, F .; Kuhn, RM; Карольчик, Д .; Archie, J .; Ленбург, Мэн; Esserman, LJ; Кент, WJ; Haussler, D .; Ван, Т. (2009). "Браузер геномики рака UCSC" . Природные методы . 6 (4): 239–240. DOI : 10.1038 / nmeth0409-239 . PMC 5027375 . PMID 19333237 .  
  30. ^ Паттерсон, Дэвид. «У компьютерных ученых может быть то, что нужно для лечения рака» . Нью-Йорк Таймс. 5 декабря 2011. Проверено 29 февраля 2012 г.
  31. ^ "Дом - Институт Велкома Сэнгера" . www.sanger.ac.uk . Проверено 15 февраля 2021 .
  32. ^ Пенниси, Элизабет. Ни один геном не останется позади . Новости науки . Ноябрь 2009. Проверено 29 февраля 2012 г.
  33. ^ «Построение зоопарка генома: проект Genome 10K» . Проект 7-й авеню. 22 ноября 2009 г. Проверено 29 февраля 2012 г.
  34. ^ "Национальная инженерная академия" .
  35. ^ "Американская академия искусств и наук" .
  36. ^ "Избранные стипендиаты AAAI" . www.aaai.org . Проверено 15 февраля 2021 .
  37. ^ «Все обладатели награды» . awards.acm.org . Проверено 15 февраля 2021 .
  38. ^ "Приз Дэна Дэвида" .