Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Чтобы узнать о вымышленном персонаже, см. Джим Кент (Напряжение) . Для новозеландского политика см Джим Кент (политик) .
Джим Кент
Джим Кент.JPG
Фото любезно предоставлено Джимом Кентом.
Родившийся( 1960-02-10 )10 февраля 1960 г. (61 год)
Гавайи
НациональностьСоединенные Штаты
Альма-матерКалифорнийский университет в Санта-Крус
НаградыПремия Овертона Премия
Бенджамина Франклина (биоинформатика)
Научная карьера
ТезисПатч и раскрашивание рабочего проекта генома человека  (2002)
ДокторантАлан М. Захлер
Другие научные консультантыДэвид Хаусслер [1]
Веб-сайтwww .soe .ucsc .edu / ~ kent

Уильям Джеймс Кент (родился 10 февраля 1960 г.) - американский ученый-исследователь и программист . Он участвовал в проектах по созданию баз данных генома и был лауреатом премии Бенджамина Франклина в 2003 году .

Ранняя жизнь [ править ]

Кент родился на Гавайях и вырос в Сан-Франциско, Калифорния , США .

Компьютерная анимация [ править ]

Кент начал свою карьеру программиста в 1983 году в компании Island Graphics Inc., где он написал программу Aegis Animator для домашнего компьютера Amiga . Эта программа объединила анимацию многоугольников в 3D с простой 2D-анимацией на основе cel. В 1985 году он основал и побежал программного обеспечения компании, Dancing Flame, который приспособил Aegis Аниматор на Atari ST , [2] и создал Cyber Paint [3]для этой машины. Cyber ​​Paint - это программа для 2D-анимации, которая объединила широкий спектр функций анимации и рисования, а также формат дельта-сжатой анимации, разработанный для CAD-3D. Пользователь мог свободно перемещаться между кадрами анимации и рисовать произвольно или использовать различные инструменты анимации для автоматического перехода между кадрами. Cyber ​​Paint была одной из первых, если не первой, потребительской программой, которая позволяла пользователю рисовать во времени в сжатом цифровом видеоформате. Позже он разработал аналогичную программу, совместимую с Autodesk Animator для ПК., где сжатие изображения улучшилось до такой степени, что оно могло воспроизводиться на жестком диске, и можно было рисовать, используя «чернила», которые выполняли алгоритмические преобразования, такие как сглаживание, прозрачность и мозаичные узоры. Autodesk Animator использовался для создания иллюстраций для самых разных видеоигр. [4]

Участие в проекте "Геном человека" [ править ]

В 2000 году он написал программу GigAssembler [5], которая позволила финансируемому государством Проекту генома человека собрать и опубликовать первую последовательность генома человека. Его усилия были мотивированы исследовательскими потребностями его самого и его коллег, но также и опасениями, что данные могут быть запатентованы Celera Genomics . [6] В их тесной гонке с Celera, Кент и профессор UCSC Дэвид Хаусслер быстро построили скромный кластер из 50 стандартных персональных компьютеров под управлением операционной системы Linux. для запуска программного обеспечения. Напротив, Celera использовала то, что тогда считалось одним из самых мощных гражданских суперкомпьютеров в мире. Первая сборка Кента о геноме человека была выпущена 22 июня. Celera завершила сборку через три дня, 25 июня, и 26 июня в Белом доме были объявлены двойные результаты . 7 июля 2000 г. были опубликованы данные Санта-Крус. публично доступен на World Wide Web , а исследовательская работа , описывающую этот финансируемое государство генома была опубликована в феврале 2001 года специального выпуска природы , [7] параллельно с результатами Селер в в журнале Science . [8] В 2002 году Тим О'Рейлиохарактеризовал работу Кента как «самую значительную работу в области разработки открытого исходного кода за последний год». Хотя все программное обеспечение для геномики Кента является открытым исходным кодом в том смысле, что исходный код можно загрузить и прочитать бесплатно, и все программное обеспечение можно свободно использовать для академического, некоммерческого и личного использования, для некоторых из них требуется лицензия , либо от UCSC или от Kent Informatics Inc. для коммерческого использования. [9]

После GigAssembler Кент написал BLAT (BLAST-подобный инструмент выравнивания) [10] и UCSC Genome Browser [11], чтобы помочь анализировать важные данные генома. Кент продолжает работать в UCSC в основном над веб-инструментами, помогающими понять геном человека. Он помогает поддерживать и обновлять браузер, а также работал над сравнительной геномикой, [12] Parasol, программным обеспечением для управления заданиями для килокластера UCSC, а также над проектом ENCODE .

Ссылки [ править ]

  1. ^ Gitschier, J. (2013). «Жизнь, Вселенная и все: интервью с Дэвидом Хаусслером» . PLOS Genetics . 9 (1): e1003282. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1003282 . PMC  3561096 . PMID  23382705 .
  2. ^ "Aegis Animator ST и Art Pak ST" . Atarimagazines.com . Проверено 21 октября 2016 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  3. ^ "Cyber ​​Paint" . Ataricq.org . 2009-05-23 . Проверено 21 октября 2016 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  4. ↑ Бретонская Сливка (2008-05-08). «По швам: Autodesk Animator» . Bustingseams.blogspot.com . Проверено 21 октября 2016 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  5. ^ Кент WJ, Хаусслер D (2001). «Сборка рабочего проекта генома человека с помощью GigAssembler» . Геномные исследования . 11 (9): 1461–2. DOI : 10.1101 / gr.183201 . PMC 311095 . PMID 11544197 .  
  6. ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2012-03-20 . Проверено 19 сентября 2010 . CS1 maint: не рекомендуется параметр ( ссылка ) CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
  7. ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (2001). «Первоначальное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Bibcode : 2001Natur.409..860L . DOI : 10.1038 / 35057062 . PMID 11237011 .  
  8. ^ Вентер, JC; и другие. (2001). «Последовательность генома человека» (PDF) . Наука . 291 (5507): 1304–1351. Bibcode : 2001Sci ... 291.1304V . DOI : 10.1126 / science.1058040 . PMID 11181995 . S2CID 85981305 .   
  9. ^ "Указатель / ~ kent / src" . Hgwdev.cse.ucsc.edu . Проверено 21 октября 2016 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  10. Перейти ↑ Kent, WJ (2002). «BLAT --- Инструмент для выравнивания типа BLAST» . Геномные исследования . 12 (4): 656–664. DOI : 10.1101 / gr.229202 . PMC 187518 . PMID 11932250 .  
  11. ^ Кент, WJ ; Sugnet, CW; Фьюри, ТС; Роскин, КМ; Pringle, TH; Захлер, AM; Хаусслер, AD (2002). «Браузер генома человека в UCSC» . Геномные исследования . 12 (6): 996–1006. DOI : 10.1101 / gr.229102 . PMC 186604 . PMID 12045153 .   CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  12. ^ Кент WJ, Baertsch R, Хинрикс A, Миллер W, Хаусслер D (2003). «Котел эволюции: дублирование, удаление и перестройка в геномах мыши и человека» . Proc Natl Acad Sci USA . 100 (20): 11484–9. Bibcode : 2003PNAS..10011484K . DOI : 10.1073 / pnas.1932072100 . PMC 208784 . PMID 14500911 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • О'Рейли Интервью с Джимом Кентом
  • Wired статья о Джиме Кенте