Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

deCODE genetics, Inc.
ТипЧастный
ПромышленностьГенетика
Основан1996 г.
Штаб-квартираРейкьявик , Исландия
Ключевые людиКари Стефанссон , генеральный директор
Доход77 миллионов долларов США (2015)
Количество работников190
РодительAmgen (2012-настоящее время)
Веб-сайтwww.decode.com

deCODE genetics ( исландское : Íslensk erfðagreining ) - биофармацевтическая компания, базирующаяся в Рейкьявике , Исландия . Компания была основана в 1996 году Кари Стефансон [1] с целью использования популяционных генетических исследований для выявления вариаций в геноме человека, связанных с распространенными заболеваниями, и применения этих открытий «для разработки новых методов выявления, лечения и профилактики заболеваний. " [2]

По состоянию на 2019 год более двух третей взрослого населения Исландии участвовало в исследованиях компании [3], и этот «популяционный подход» служит моделью для крупномасштабных проектов точной медицины и национальных геномных проектов по всему миру. [4] deCODE, вероятно, наиболее известен своими открытиями в области генетики человека, опубликованными в крупных научных журналах и широко освещенными в международных средствах массовой информации. Но он также внес новаторский вклад в реализацию точной медицины в более широком смысле через участие общественности в крупномасштабных научных исследованиях; разработка тестов на риск заболеваний на основе ДНК для отдельных лиц и для всех систем здравоохранения; и новые модели участия и партнерства частного сектора в области фундаментальной науки и общественного здравоохранения.[5]

С 2012 года она является независимой дочерней компанией Amgen, и ее возможности и открытия напрямую используются при открытии и разработке новых лекарств. Этот пример помог стимулировать инвестиции в геномику и прецизионную терапию со стороны других фармацевтических и биотехнологических компаний. [6]

Исландия и демографический подход [ править ]

В 1996 году, когда Стефанссон оставил постоянную должность в Гарвардской медицинской школе, чтобы вернуться в Исландию, чтобы основать предприятие по геномике, почти все его мысли были бездоказательными или противоречивыми. В то время начали выясняться причины некоторых редких заболеваний - часто вариации отдельных генов, которые можно было обнаружить при изучении небольших семей. [7] Тем не менее, далеко не все было признано, что существует какой-либо значительный генетический компонент общих / сложных заболеваний, таких как болезнь сердца или диабет 2 типа, с хорошо известными поведенческими и экологическими факторами риска; и даже если бы они были, можно ли было бы найти такие вариации с учетом элементарной технологии считывания ДНК. [8]

Стефанссон был убежден, что они существуют и могут быть идентифицированы, но только в промышленных масштабах. За десять лет до того, как этот термин стал широко использоваться, предпосылка deCODE заключалась в том, что это проблема больших данных: поиск вариантов, влияющих на риск в динамическом взаимодействии с образом жизни и другими факторами, потребует исследований не на уровне семьи, а в масштабе общественного здравоохранения. Стратегия открытия неизведанной территории заключалась в том, чтобы собрать и запросить как можно больше данных: ДНК, предоставленную десятками тысяч людей; как общие, так и подробные медицинские данные и данные о состоянии здоровья; и, что особенно важно, исчерпывающие генеалогии, связывающие всех этих участников вместе. [9]Короче говоря, для этого требовалось население с людьми, желающими участвовать в исследованиях, современная система здравоохранения с значительным количеством случаев наиболее распространенных заболеваний и большим количеством генеалогических данных. Исландия, родная страна Стефанссона, в которой в то время проживало 270 000 человек, лучше всего подходит под это описание. [10]

В 1996 году на средства американского венчурного капитала в размере 12 миллионов долларов, deCODE открыла лабораторию и начала свою деятельность. [11] В течение первых нескольких лет он набрал и генотипировал десятки тысяч участников. Он быстро продвинулся в создании национальной генеалогической базы данных; разработала новую систему защиты конфиденциальности с шифрованием личных данных под надзором государства; подписали знаковое партнерство со швейцарской фармацевтической компанией Roche; и картировали предполагаемые гены болезней в нескольких условиях. [12]

В то же время, когда компания начинала доказывать свою науку, компания вызвала огромную полемику с предложением о создании исследовательской базы данных - Исландской базы данных по сектору здравоохранения (или сокращенно IHD), содержащей копии медицинских записей со всех концов страны. медицинское обслуживание. [13] В декабре 1998 г. при лоббировании со стороны deCODE парламент Исландии принял Закон о базе данных сектора здравоохранения, который разрешал публичные торги на право компании создавать эту базу данных о здоровье и использовать ее для коммерческих исследований и для поддержки национальной системы здравоохранения. . [14] Вскоре после этого парламент предоставил deCODE право создавать эту базу данных после того, как компания сделала успешную заявку на это. [15]Широко поддержанные общественностью и парламентом, открыто коммерческие цели IHD и предложенное включение данных медицинских карт, если отдельные лица не откажутся от участия, вызвали яростную оппозицию, разыгранную в местных и международных средствах массовой информации во главе с группой исландских активистов, а также рядом зарубежных биоэтиков. [16] Хотя IHD так и не был построен, дебаты подчеркнули политические проблемы, связанные с привлечением всего общества к научному предприятию, особенно с явной целью коммерциализации своих открытий. [17] Это также обеспечило то, что deCODE и его подход превратились из второстепенного любопытства в одно из важнейших предприятий в глобальных усилиях по изучению генома человека. [18]

Геном нации [ править ]

К тому времени, когда Билл Клинтон и Тони Блэр объявили о завершении первого чернового наброска последовательности человеческого генома в июне 2000 года, [19] deCODE активно расширяла свой поиск генов при десятках болезней и публиковала свои первые открытия. [20] Компания использовала самую масштабируемую технологию чтения ДНК того времени - микросателлитное генотипирование - для размещения и измерения очень вариабельных и, следовательно, информативных маркеров в сотнях точек генома. Анализируемый в тандеме с генеалогиями, это позволило сосредоточиться на областях определенных хромосом, которые люди с данным заболеванием, как правило, унаследовали от своих общих предков. [21]Считалось, что в этих регионах хранились гены или варианты последовательностей, связанные с заболеванием, которые впоследствии можно было обнаружить с помощью методов и инструментов более точного определения. [22]

Но главное значение этих ранних публикаций было сосредоточено на аналитике и суггестивной силе подхода. Большая часть поля и общественного внимания была сосредоточена на гонке между финансируемым государством Проектом генома человека (HGP) и частной компанией Celera.для создания полной последовательности одного целого генома для использования в качестве эталона для будущих исследований. Это была техническая проблема для генерации и сбора необработанных данных. В отличие от этого, deCODE продвигал стратегию анализа вариаций в десятках тысяч геномов с помощью генетики, используя природу генома как средство репликации и передачи информации. Сила генетики стала полностью очевидной к 2002 году, когда deCODE опубликовала генетическую карту генома, состоящую из 5000 микросателлитных маркеров, которые с помощью генеалогии можно было правильно упорядочить по всем хромосомам. Карта имела решающее значение для исправления и завершения общедоступной эталонной последовательности генома в 2003 году, повысив точность сборки HGP с 93% до 99%. [23]

Одним из ключей к этому подходу было массовое участие. С самого начала более 90% людей, которых попросили принять участие в исследовании болезней deCODE, согласились на это. [24] Участие добровольное, но не тривиальное. Это требует обращения в центр сбора данных, чтобы сдать кровь, ответить на анкеты и пройти клинические обследования и тесты, относящиеся к данному заболеванию. [25] К 2003 году более 100 000 человек вызвались принять участие в одной или нескольких из трех десятков программ исследования распространенных болезней deCODE. [26] К 2007 году это число выросло до 130 000 [27].и более 160 000 к 2018 году. Это составляет две трети всех взрослых граждан. К 2019 году были напрямую секвенированы геномы около 60000 из этих участников, и еще тысячи секвенировались каждый месяц. [28]

Второй и уникальный столп работы deCODE - это генеалогии. Генетик Мэри Клэр Кинг , чье семейное исследование в начале 1990-х годов привело к открытию генов рака груди BRCA1 и BRCA2, вскоре после основания deCODE предсказала, что способность «прослеживать генеалогию целой нации ... может стать одно из сокровищ современной медицины ». [29] В 1997 году deCODE заключила партнерство с местной фирмой по разработке программного обеспечения Fridrik Skulason ehf, чтобы ускорить создание всеобъемлющей компьютеризированной национальной генеалогической базы данных. Он опирался на все доступные источники, от самых ранних записей и саг о телячьей шкуре до переписи населения 1703 года и приходских записей до современного национального реестра. [30]

К началу 2000-х они создали то, что до сих пор является самой полной генеалогией всей страны. Он связывает воедино всех живых граждан с помощью практически полных записей, начиная с 1703 года (сама признанная ЮНЕСКО как первая номинальная национальная перепись населения в мире ) и восходит к временам до заселения страны в девятом веке. В исследовательской версии базы данных личности людей зашифрованы с помощью той же системы анонимизации, которая используется для ДНК и медицинских данных, так что данные могут быть коррелированы. [31] В 2003 году deCODE запустила общедоступную онлайн-версию базы данных под названием Íslendingabók, или Книга исландцев. Любой, у кого есть исландский номер социального страхования, может запросить пароль, а затем изучить свое генеалогическое древо и увидеть ближайшую семейную связь с кем-либо еще в стране. В течение первого месяца работы в сети более трети населения запрашивали пароль. [32] К 2020 году у него было более 200 000 зарегистрированных пользователей и более 900 000 связанных записей, что составляет большинство когда-либо живших исландцев. В среднем в день с базой данных обращаются почти 6000 человек, или около двух процентов всех граждан. [33]

В стране, которая, по сути, представляет собой огромную расширенную семью с, соответственно, острым интересом к тому, как связаны ее члены, Ислендингабок стал постоянным элементом национальной жизни и повседневным и прямым средством социального взаимодействия с работой deCODE. Но с научной точки зрения способность понимать точные генеалогические отношения всех участников его исследовательских проектов дала deCODE неоспоримое преимущество в качестве исследовательского предприятия, гарантируя, что его наборы геномных и медицинских данных остаются одними из крупнейших и наиболее эффективных коллекций где бы то ни было. [34]

С каждым последующим прогрессом в технологии чтения ДНК генеалогии увеличивали как объем данных, которые могут быть получены из них, так и способность извлекать информацию из данных. [35] В эпоху микросателлитов было возможно установить, что участники разделяли определенные маркеры и сегменты генома не случайно, а по происхождению . С появлением в середине 2000-х чипов генотипирования , которые могли измерять сотни тысяч однобуквенных вариаций ( SNP) по всему геному, статистики deCODE смогли точно фазировать сегменты генома - чтобы понять родительский источник сегментов - а затем приписать генотипы, измеренные у некоторых людей во всей популяции. [36]

Это эффективно увеличивает размер и мощность любого исследования. Когда Illumina начала продавать машины, которые могли экономично секвенировать целые геномы, deCODE смогла напрямую секвенировать несколько тысяч исландцев, а затем ввести данные о последовательности всего генома (WGS) практически для всего населения. Это одна из крупнейших коллекций данных WGS в мире, и первые результаты ее анализа были опубликованы в 2015 году в специальном выпуске журнала Nature Genetics . [37] С тех пор прямое секвенирование еще нескольких десятков тысяч людей сделало возможным рутинный поиск все более редких вариантов в беспрецедентном масштабе. [38]

Открытия и научный вклад [ править ]

Исследования генома в целом и глобальная репутация deCODE как организации, занимающейся открытием, начали развиваться с появлением в середине 2000-х чипов для генотипирования SNP. [39] Эти инструменты вызвали мировой бум исследований ассоциаций на уровне всего генома ( GWAS), при котором весь геном сканируется для выявления SNP, которые у людей с данным заболеванием, как правило, есть одна версия, а у здоровых людей - другая. При распространенных заболеваниях, как и при многих признаках или фенотипах, таких как реакция на лекарственные препараты, разница заключается не в причинной определенности, а в статистических шансах, представляющих повышенный или пониженный риск по сравнению со средним показателем для популяции. Поэтому возможность проводить большие исследования и анализировать полученные данные - от тысяч пациентов с заболеванием и во много раз большего числа субъектов контрольной группы, в идеале здоровых родственников - очень важна. [40]

Обширная коллекция deCODE ДНК, медицинских и генеалогических данных, которые можно было собрать вместе - и обогатить с помощью повторяющихся запросов и вменения - почти идеально подходила для этого типа исследования. С 2003 года компания обнаружила и опубликовала сотни вариантов, связанных с восприимчивостью к множеству заболеваний и состояний, в том числе значительный постоянный вклад в понимание наследственного риска болезни Альцгеймера, шизофрении и других психических расстройств; дюжина распространенных форм рака; ишемическая болезнь сердца, инсульт, фибрилляция предсердий и другие наиболее распространенные сердечно-сосудистые заболевания; а также черты и фенотипы, варьирующиеся от реакции на лекарства до познания, цвета волос и глаз. [41]Компания публикует свои открытия в рецензируемых журналах, и многие из них, такие как варианты TCF7L2 при диабете 2 типа, используются в качестве стандартных маркеров риска при полигенном моделировании рисков и в исследованиях. [42]

Обзор эпохи GWAS, опубликованный в Nature Communications в 2019 году, дал количественную оценку огромному вкладу deCODE в эту область: исландцы составляли 12% всех участников всех опубликованных исследований GWAS во всем мире в период с 2007 по 2017 год, при этом каждый гражданин участвовал в среднем в 19 опубликованных результатах в только тот период. [43] Стефанссон, руководитель исследований deCODE Уннур Торстейнсдоттир и статистик Гудмар Торлейфссон заняли соответственно первое, второе и шестое место в мире среди авторов GWAS по влиянию. [44]

Добавление полногеномного секвенирования (WGS) к его данным генотипирования дало новое измерение и возможности для возможностей обнаружения deCODE. По определению, общие SNP на стандартных чипах для генотипирования давали надежные маркеры риска, но не определяли точку опоры в биологии сложных заболеваний. Тем не менее, управляя растущим числом напрямую секвенированных полных геномов через данные генотипирования и генеалогии в качестве основы, статистики компании смогли приписать WGS очень высокой четкости всему населению. В результате появилась возможность проводить исследования GWAS с использованием от 20 до 50 миллионов вариантов и систематически искать редкие варианты, которые либо вызывают, либо создают очень высокий риск крайних версий общих фенотипов, и тем самым указывают непосредственно на предполагаемые мишени для лекарств. [45]

Ценность этого подхода лучше всего известна из модели PCSK9 , в которой изучение семей с чрезвычайно высоким уровнем холестерина и ранним началом болезни сердца привело к пониманию ключевой роли этого гена и разработке нового класса препараты, борющиеся с холестерином. В настоящее время deCODE регулярно ищет такие редкие варианты по многим фенотипам, и результаты легли в основу программ открытия и разработки лекарств. [46] Например, с 2016 года его важный вклад в сердечно-сосудистые заболевания включает демонстрацию того, что именно холестерин не-ЛПВП, а не просто уровни ЛПНП наиболее точно отражают риск сердечных заболеваний; [47] нашли варианты в гене ASGR1, защищающие от ишемической болезни сердца; [48]и определение роли липопротеина (а) как основного фактора риска сердечного приступа. [49]

Поскольку все данные deCODE находятся на его серверах и могут запрашиваться одновременно, их также можно запрашивать с поразительной скоростью. В 2014 году группа из Института Броуда заехала в deCODE на обратном пути из Финляндии, где в результате масштабных исследований они обнаружили вариант, защищающий носителей от диабета 2 типа. За кофе команда deCODE подтвердила, что финского варианта не существует в Исландии, но есть другой. [50] Группа Броуд добавила его в газету, объявляющую об открытии. [51]

Из-за его уникальных ресурсов населения и вопросов, которые его ученые могут задавать и на которые могут ответить, многие из самых замечательных открытий deCODE относятся к фундаментальной науке. Один из примечательных моментов был сделан на выяснении того, как генерируются вариации в последовательности генома. Следуя своей генетической карте генома на основе микросателлитов в 2002 году, компания создала и предоставила научному сообществу еще две: одну в 2010 году на основе 300 000 SNP [52], а другую в 2019 году на основе данных WGS. [53]Рекомбинация - перестановка хромосом, происходящая при образовании яйцеклеток и сперматозоидов, - это основной механизм создания разнообразия и построения этих карт. За пятнадцать лет deCODE опубликовал серию прорывных статей, в которых подробно описывается в реальной человеческой популяции, как скорость рекомбинации изменяется в зависимости от пола, возраста и других характеристик, и как эти различия влияют на генерацию геномного разнообразия и разнообразия многих видов. Общая картина, которая сложилась, заключается в том, что геном генерирует разнообразие, но в определенных пределах, обеспечивая динамичный, но в целом стабильный субстрат для естественного отбора и эволюции. [54]

Чтобы понять популяцию, в которой он работает, и ответить на более широкие вопросы, немногие могут таким же образом, у deCODE с самого начала была своя собственная группа генетической антропологии. Он опубликовал новаторскую работу по мутации митохондрий и Y-хромосомы, чтобы проследить норвежскую и кельтскую смесь в ранней популяции; секвенированная древняя ДНК времен поселения; сравнили древние и современные исландские геномы, чтобы увидеть, как дрейф генов , эпидемии и стихийные бедствия привели к появлению современной популяции, генетически отличной от своих предков и исходных популяций. [55] и наблюдали варианты при положительном естественном отборе в современном обществе. [56]Компания также каталогизировала нокауты людей - людей, у которых отсутствуют определенные гены - и реконструировала геном первого человека африканского происхождения, жившего в Исландии, проанализировав последовательности сотен его живых потомков. [57] За этими исследованиями охотно следят как иностранные, так и исландские СМИ, и они представляют собой еще один вид отдачи, которую deCODE оказывает обществу, которое изучает и в котором работает.

Новинка продукта [ править ]

Научное лидерство deCODE на протяжении более чем двадцати лет позволяло ей неоднократно создавать новые типы партнерских отношений, продукты и приложения для многих аспектов точной медицины. В период с 1998 по 2004 год компания подписала важные и инновационные партнерские отношения с фармацевтическими компаниями Roche , Merck , Bayer , Wyeth.и другие. Эти альянсы предоставили финансирование исследований для продвижения работы deCODE с целью поиска новых генетически проверенных лекарств для лечения распространенных болезней; разработать диагностику на основе ДНК, которая могла бы измерить риск заболевания или предсказать реакцию на лекарство и выявить пациентов, которые с наибольшей вероятностью получат пользу от лекарства; и разработать «богатые информацией» клинические испытания, в которых будут участвовать участники с определенными генетическими вариантами, с потенциалом сделать испытания меньше, более информативными и с большими шансами на успех. [58]

В 2002 году deCODE приобрела базирующуюся в Чикаго компанию, занимающуюся медицинской химией, чтобы открывать соединения на основе своих генетических открытий и, таким образом, начать разработку собственного ассортимента новых лекарств. [59] В течение следующих нескольких лет компания инициировала и завершила несколько ранних стадий клинических испытаний потенциальных новых методов лечения сердечного приступа, заболевания периферических артерий и вела работу с партнерами по астме и СМА . [60] Это были ранние примеры того, что сегодня назвали бы программами « точной медицины »: использование генетики для обнаружения целей и отбора участников испытаний путем тестирования их на восприимчивость к болезням по тому же пути, на который нацелен препарат. [61]

В середине 2000-х годов deCODE запустила новый вид диагностики рисков, ориентированный в основном на профилактику и оздоровление. Эти диагностические тесты на основе ДНК выявили генетические варианты, идентифицированные deCODE и другими, которые коррелировали со значительно повышенным индивидуальным риском общих заболеваний, включая сердечный приступ, [62] фибрилляцию предсердий и инсульт, диабет 2 типа, распространенный (не BRCA) рак груди, простаты. рак и глаукома. [63]Например, тест на диабет 2 типа был основан на опубликованных исследованиях, которые показали, что примерно у 10% людей есть две копии варианта с самым высоким риском воздействия deCODE, что вдвое превышает средний риск развития диабета, независимо от ожирения. Медицинская цель теста состояла в том, чтобы «выявить предиабетиков с более высоким, чем средний риск развития диабета, и чтобы эти же люди могли эффективно противодействовать этому дополнительному риску посредством потери веса и использования определенных лекарств». [64]

Еще одной новой характеристикой этих тестов была интеграция множества хорошо подтвержденных генетических факторов риска. Общее влияние этих различных факторов риска было объединено и рассчитано в так называемую полигенную оценку риска , помещающую человека в спектр риска по сравнению с населением в целом, независимо от других рисков для здоровья или образа жизни и в дополнение к ним. факторы. [65] С каждым новым открытием deCODE может расширять проверенные факторы риска. Идея заключалась в том, чтобы сделать стратегии скрининга и профилактики и методы лечения более специфичными и более эффективными для людей из группы повышенного риска и, как мы надеемся, предоставить новый стимул для людей, чтобы довести до конца хорошо понятные изменения образа жизни, такие как потеря веса, отказ от курения и т.д. [66 ]В этом заключалась суть того, что тогда называлось персонализированной медициной , но поскольку эти тесты были новыми, их медицинская полезность еще не была доказана. Поскольку каждый по определению подвержен риску общих заболеваний, а врачи обычно понимали генетический риск только как относящийся к редким заболеваниям, медицинское сообщество подошло к этим тестам со скептицизмом. [67] В 2018 г. началась возрождение пропаганды использования полигенных оценок риска для выявления лиц, подверженных значительно повышенному риску распространенных заболеваний, а также использования полногеномных данных и новых алгоритмов для построения многих ранних маркеров deCODE. [68]

Судя по интенсивному освещению открытий deCODE в СМИ, обычных людей наверняка интересовали эти генетические факторы риска и то, как они могут иметь отношение к их здоровью. В конце 2007 года компания фактически открыла сферу личной геномики с помощью сканирования deCODEme [69] прямого к потребителю (DTC), направленного на то, чтобы дать людям возможность лучше понять свой риск распространенных заболеваний и использовать эту информацию для сохранения здоровья. deCODEme появился на рынке за день до широко известного, финансируемого Google 23andMe . [70]Маркетинг deCODEme подчеркивал его происхождение, серьезность и научную строгость: «предоставлено мировым лидером в области открытия генетических факторов риска заболеваний ... [чтобы его клиенты] извлекали непосредственную пользу из знаний и опыта ученых, проводящих всемирно известные исследования» (его конкуренты использовали опубликованные варианты deCODE как основу для многих своих результатов); со сканированием, обработанным в тех же лабораториях, которые их нашли. К 2012 году полное сканирование deCODEme измеряло один миллион SNP и рассчитывало риск 47 распространенных заболеваний и признаков, а также основную информацию о происхождении от матери и отца, при этом отмечая, что большинство сканирований предков за этот период не были основаны на большом количестве данных. [71]

Несмотря на акцент deCODEme на то, что его результаты были в информационных целях - «дорожная карта для улучшения вашего здоровья» - и предоставление генетического консультирования для пользователей, у которых были вопросы по поводу их результатов, регулирующие органы США быстро критически оценили оценку риска заболеваний, помещенную непосредственно в руки потребителей. [72] В июне 2010 года FDA написало deCODE [73] и его основным конкурентам, что они считают такие сканирования медицинскими устройствами, требующими одобрения FDA. [74] Столкнувшись с регуляторными ветрами, а затем с корпоративной реорганизацией, deCODE прекратила продажу deCODEme в конце 2012 года. [75] В 2017 году FDA начало утверждать определенные оценки генетического риска заболеваний в потребительских тестах. [76]

В 2018 году deCODE открыла новые возможности, приняв непосредственное участие в общественном здравоохранении и запустив первую в своем роде национальную программу генетического скрининга. Компания запустила веб-сайт, который позволяет любому жителю Исландии бесплатно попросить компанию выполнить поиск данных последовательности всего своего генома, чтобы определить, являются ли они вероятными носителями SNP в гене BRCA2, который создает высокий риск рака груди и простаты в Исландия. В течение нескольких месяцев десять процентов населения запросили статус BRCA2, и Национальная больница создала свои консультационные и другие услуги, чтобы помочь людям отслеживать свои предварительные результаты и использовать информацию для защиты своего здоровья. [77]

Бизнес [ править ]

Несмотря на свою новаторскую науку или, возможно, потому, что она часто намного опережала отрасль, у deCODE была непостоянная история как самостоятельного бизнеса. В июле 2000 года он завершил IPO на 200 миллионов долларов на Nasdaq, крупное для того времени и первое листинг исландской компании на бирже США. Его первые фармацевтические союзы, особенно с Roche, дополнительно помогли профинансировать зачисление большинства взрослых в стране в первое десятилетие его исследований, а также быстрое расширение как его исследовательских возможностей, так и его усилий по разработке продуктов в области лекарств и диагностики. и личная геномика. [78]

С научной точки зрения, как сказал Дэвид Альтшулер из Института Броуда в MIT Tech Review в 2004 году, «это бизнес, в котором важна критическая масса, и они достигли критической массы». [79] Но бизнес также был связан с деньгами. Будучи новаторским предприятием, выходящим на новые рынки, компания потратила более 500 миллионов долларов на НИОКР за первое десятилетие и никогда не была прибыльной. К 2006 г. он занимал больше [80] для финансирования программ разработки лекарств, основанных на совершенно новых предпосылках; продвигать диагностические тесты на рынок, который даже сторонники называют «все еще находящимся в зачаточном состоянии»; и продвигать личную геномику там, где ее затмевали гламур Кремниевой долины и деньги 23andMe. [81]

По словам Стефанссона, к концу 2008 года компания находилась «между скалой и наковальней». [82] Под угрозой исключения из Nasdaq из-за падающей цены акций компании потребовалось больше капитала как раз в момент, когда мировые рынки вступали в кризис. [83] Хотя ее ученые продолжали публиковать открытия с поразительной скоростью, в конце 2009 года зарегистрированная в США холдинговая компания deCODE genetics, Inc. объявила о банкротстве. [84] Ее ключевые активы, в основе которых лежала деятельность по генетике в Исландии, были куплены и сохранены консорциумом двух основных первоначальных спонсоров компании: Arch Venture и Polaris Ventures , а также Illumina, Inc., доминирующий производитель чипов для генотипирования и оборудования для секвенирования. [85] Он отказался от работы над своими программами по разработке лекарств. [86]

Как бизнес, deCODE в каком-то смысле ушел в будущее: это была 13-летняя компания с глобальной репутацией, опять же поддерживаемая своими первоначальными венчурными капиталистами, которых Newsweek назвал «самым успешным провалом в мире». [87] В течение следующего периода Стефанссон публично размышлял о том, что deCODE была основана на шесть-десять лет раньше. [88] Технология для точного считывания ДНК с достаточной детализацией, рассуждал он, не появилась до середины 2000-х, оставив deCODE в долгах за годы исследований и разработок, но основанная на выводах, которые не давали достаточно подробного понимания биологии болезнь, чтобы быстро создать коммерчески привлекательные диагностические средства и препараты для развития. [89]Что могло дать такое понимание, так это данные WGS в масштабе популяции. К 2010 году Стефанссон обрисовывал в общих чертах, как секвенировать несколько тысяч человек, а затем использовать вменение - опять же на основе генеалогий - чтобы гарантировать, что deCODE будет первым в мире, имеющим что-либо подобное. [90]

Несмотря на стесненные обстоятельства, с Illumina в качестве одного из владельцев компания все еще могла получать новейшие машины для секвенирования и реагенты. В 2011 году deCODE и Illumina совместно работали над статьей, которая дала первый намек на силу вменения WGS, превратив 500 последовательностей в 40 000 полных геномов данных. Этого было достаточно, чтобы начать обнаруживать редкие варианты, подтвержденные путем репликации в нескольких других популяциях. [91] В отличие от распространенных вариантов, мутации, вызывающие редкие заболевания, как правило, находятся в областях генов, кодирующих белки, обеспечивая как прямое окно в биологию болезни, так и более прямую полезность в качестве мишеней для лекарств. В декабре 2012 года американская фармацевтическая компания Amgen приобрела deCODE за 415 миллионов долларов.

Ключевым аргументом в пользу приобретения была уникальная способность deCODE использовать данные WGS для обнаружения редких вариантов кодирования и вызывать экстремальные версии более распространенных заболеваний. Как сказал Forbes Шон Харпер, тогдашний руководитель отдела исследований и разработок Amgen, «он действительно работал над такими целями, как PCSK9 [от сердечных заболеваний] ... что действительно подчеркивало огромную ценность наличия целей, которые были либо обнаружены, либо подтверждены генетический анализ человека, в котором Decode является мировым экспертом ". [92] В более широком смысле, эти возможности могут быть применены также для оценки текущих программ, и в течение месяца после приобретения deCODE проверил весь процесс разработки Amgen. В 2018 году Харпер подсчитал, что «просто [имея] сильную генетическую поддержку для половины вашего конвейера вы можете улучшить свою норму прибыли от НИОКР».D примерно на 50% ".[93] К 2020 году Amgen ввела в клинические испытания два новых сердечно-сосудистых препарата, основанных непосредственно на открытиях deCODE, которые продолжают публиковаться в ведущих научных журналах. [94]

Как глобальная модель [ править ]

Представляя Stefansson для организаций на Американском обществе генетики человека ежегодной встречи в 2017 годе Broad институт «s Марк Дейли отметил , что встречу и поле доминировали«распространяющаяся парадигму с участием биобанков работы с полной вовлеченностью населения, историческими данными медицинского реестра , инвестиции в крупномасштабный сбор генетических данных и статистическую методологию, а также совместную последующую деятельность в академических и отраслевых областях ... [и] deCODE послужили шаблоном для этого механизма открытия ». [95]

С первых дней своего существования пример deCODE дал новый импульс другим, охотящимся за генами болезней в изолированных сообществах и небольших популяциях на Сардинии, Квебеке, Ньюфаундленде, северной Швеции, Финляндии и других местах. Однако deCODE рекламировал «относительную однородность» исландского населения не для того, чтобы найти варианты, вызывающие редкие синдромы, а потому, что наличие мутаций-основателей могло бы помочь в открытии вариантов, влияющих на общие заболевания. [96] С точки зрения актуальности глобальных медицинских проблем, Исландия не была инбредной популяцией с высокой распространенностью редких синдромов, а скорее европейским обществом в миниатюре, которое можно было бы изучить как единое целое: не самое большое и маленькое население, а самый маленький большой.

Первой крупной страной, последовавшей примеру deCODE, была Великобритания. [97] Опыт Исландии, лежащий в основе научной и медицинской ценности применения обширных возможностей и ресурсов NHS для одной из самых разнообразных групп населения в мире, [98] послужил основой для разрешения Биобанка Великобритании в 2003 году [99], а затем Genomics England. в 2013 году. Другие ранние крупномасштабные усилия в области биобанка и геномики, связанные с основными системами здравоохранения, включали программу « Миллион ветеранов» в США, начатую в 2009 году; [100] Программа исследований по Гены, окружающая среда и здоровье в Калифорнии Kaiser Permanente , начатый в 2007 году; и China Kadoorie Biobankв материковом Китае и Гонконге началось в середине 2000-х годов. [101]

После 2014 года, когда Illumina объявила, что ее новая система X-Ten может секвенировать целые геномы в масштабе по 1000 долларов за каждый, начали распространяться национальные проекты генома [102] из США ( все мы , наряду с MVP) и (наряду с CKB) в Австралию. , Канада , Дубай , Эстония (первоначально начата в 2000 году), Франция , Гонконг , Япония , Нидерланды , Катар , Саудовская Аравия , Сингапур , Южная Корея , Швеция и Турция., и не только. Хотя с разными целями и подходами, все эти программы, по крайней мере, неявно были вдохновлены примером deCODE. [103]

Другие крупные проекты, возглавляемые фармацевтическими компаниями, внимательно следовали модели deCODE и ее работе с Amgen. К ним относятся Regeneron с системой здравоохранения Geisinger в США [104] и гибридное государственно-частное / академическое партнерство Astra Zeneca с Wellcome Trust в Великобритании, Human Longevity Крейга Вентера в Калифорнии и Finngen в Хельсинки. [105] Последний, основанный лидерами Broad Institute и финскими университетами, министерством здравоохранения и биобанками, чтобы способствовать открытию новых лекарств, [106]замечательно близок к первоначальному видению deCODE в Исландии, но с учеными и государственными органами в качестве партнеров по капиталу. Эта модель государственно-частного партнерства может объяснить принятие в Финляндии в 2019 году закона, разрешающего почти полное использование анонимных медицинских карт, данных социального обеспечения и образцов биобанков для биомедицинских исследований, что выходит далеко за рамки амбиций закона 1998 года об ИБС, который вызвал это. много споров в Исландии двадцатью годами ранее. [107]

Прямое участие и происхождение deCODE также очевидно во всех областях. deCODE - член-основатель и лидер Северного общества генетики человека и точной медицины , которое объединяет ресурсы всех скандинавских стран, Исландии и Эстонии для продвижения открытия генов и применения точной медицины во всем регионе. В 2013 году группа выпускников deCODE создала дополнительный филиал NextCODE Health (ныне Genuity Science ), который лицензировал и развивал инструменты управления данными информатики и последовательностей, первоначально разработанные в Исландии для поддержки клинической диагностики и популяционной геномики в других странах. [108] Его системы и инструменты использовались национальными геномными проектами в Англии, [109] Катаре,[110] Сингапур; [111] педиатрические программы по лечению редких заболеваний в Великобритании, США [112] и Китае; [113] и в ее дочерней компании Genomics Medicine Ireland. В 2019 году, дешифровать и США региональной системы здравоохранения Intermountain партнера провести исследование исследования и точность медицины в 500000-человеке WGS основы, [114] и расшифровывать также начал секвенирование 225000 участников в Великобритании Биобанке. [115]

Ответ на пандемию Covid-19 [ править ]

В марте 2020 года, когда вирус SARS-CoV-2 начал широко распространяться в Исландии, deCODE временно перенаправила свои клинические исследования, лабораторный персонал и операции для проведения широкомасштабного тестирования на COVID-19 . Эти усилия ознаменовали собой самое глубокое и самое прямое участие компании в области общественного здравоохранения и представляют собой важный компонент одной из самых интенсивных и успешных стратегий сдерживания в любой стране в первые месяцы глобальной пандемии. [116]

Реакция органов здравоохранения Исландии на пандемию примечательна тем, что стала ранним, прозрачным и эффективным примером передовой практики эпидемиологического контроля «тестируй, отслеживай и изолируй». В конце января 2020 года Национальное управление здравоохранения начало тестирование людей, прибывающих в Исландию из зон повышенного риска или демонстрирующих возможные симптомы инфекции, и совместно с Департаментом гражданской защиты и управления в чрезвычайных ситуациях активировало систему для изоляции всех, у кого был диагностирован вирус. а также для отслеживания и карантина всех их контактов. [117] Первый случай заболевания в Исландии был диагностирован 28 февраля, через месяц после начала целевого тестирования, и в течение нескольких дней десятки людей каждый день давали положительный результат. Чуть более двух месяцев спустя в Исландии практически не было активных инфекций. [118]

Основанием для этого ответа и данными, которыми он руководствовался, было тестирование. Тем не менее, хотя официальные усилия по тестированию были быстрыми и энергичными, они были сосредоточены на тех, кто имел симптомы или подвергался высокому риску из-за вероятного контакта с инфицированными людьми. В начале марта генеральный директор deCODE Кари Стефанссон обеспокоился тем, что без скрининга населения в целом невозможно понять распространение вируса или уровень его смертности, что является важной информацией для комплексного противодействия эпидемии. [119] В этот момент «все руки на палубе» и с ноу-хау, людьми и оборудованием, чтобы быстро превратить лабораторию генетических исследований компании в центр диагностического тестирования ПЦР, [120]он предложил использовать возможности компании для проверки населения в целом под эгидой Управления здравоохранения. [121] Персонал deCODE быстро работал над созданием рабочих процессов для всего, от сбора образцов до проведения тестов и создания отчетов с соблюдением конфиденциальности, а также для подготовки мазков и реагентов для начала крупномасштабного тестирования. В четверг, 12 марта 2020 года, компания открыла свой веб-сайт, чтобы записаться на прием для тестирования, и в течение нескольких часов зарегистрировались 12000 человек. На следующее утро тестирование началось бесплатно. [122]

Усилия по deCODE были быстро увеличены до объема более 1000 образцов в день. С начала скрининга населения было обнаружено, что менее 1% участников были инфицированы, что указывает на то, что стратегия сдерживания органов здравоохранения работает. [123] [ требуется неосновной источник ]С середины марта до конца мая 2020 года компания проводила в среднем 600 тестов в день, в дополнение к 250 тестам, проводимым органами здравоохранения в день в больнице Национального университета. Те, кто дал положительный результат при скрининге deCODE, были аналогичным образом изолированы, их контакты отслеживались и их просили изолировать себя. Всего к началу июня в Исландии было проведено более 60 000 тестов, что эквивалентно 18 процентам населения. Благодаря этой комбинированной стратегии тестирования, отслеживанию и изоляции, количество инфекций в Исландии достигло пика в первую неделю апреля и резко снизилось к концу месяца. К середине мая в стране было всего несколько активных инфекций,хотя deCODE и органы здравоохранения продолжали проводить до 200 тестов в день после этого, чтобы попытаться обнаружить любые новые вспышки.[124]

В тандеме со своей работой по скринингу deCODE использовала свои генетические возможности для секвенирования вируса у сотен инфицированных людей и для составления своего рода генеалогии различных кладов вируса в стране. Это показало, как в первые недели пандемии вирус проник в страну с людьми, инфицированными в разных странах, а затем распространился по Исландии. [125] [ требуется неосновной источник ] В апреле 2020 года компания вместе с коллегами из Управления здравоохранения и национальной больницы опубликовала в New England Journal of Medicineдокумент, в котором подробно описывается, как выглядит распространение COVID-19 среди населения и как надежная политика тестирования, отслеживания и изоляции может эффективно сдерживать его. В мае компания начала работу по разработке и проведению тестирования на антитела среди населения, и первые результаты показали, что около одного процента населения в целом, у которого не была диагностирована инфекция, имеют антитела к вирусу. Это означало, с одной стороны, что вирус был быстро и надежно локализован, но также что почти три раза было инфицировано, как было официально диагностировано с конца февраля, а также что население все еще было более чем на 98% наивным. [126]Это указывало на то, что для выявления более поздних вспышек болезни необходимо продолжить масштабные испытания, поскольку страна вновь открыла свои границы для поездок своих граждан и других лиц, прибывающих в Исландию. [127] В июне компания сообщила, что работает с подразделением Amgen в Британской Колумбии, чтобы использовать лейкоциты выздоровевших исландских пациентов с коронавирусом, чтобы начать производство антител к вирусу, которые можно было бы использовать в профилактических или терапевтических целях. [128]

Появления в массовой культуре [ править ]

Работа deCODE подвергается критике в романе Арнальдура Индриасона « Город Джар» от 2000 года, который был адаптирован в одноименный фильм 2006 года . [129]

дешифровать и Кари Стфанссон являются сатира , как VikingDNA и профессор Larus Johannsson в Dauðans óvissi TIMI по Реиннам Бертелссона (Рейкьявик: JPV Útgáfu, 2004).

deCODE и, в частности, Кари Стефанссон, представлен как создатель чудовищных генетических гибридов в сатирической работе Оттара М. Норфьорё 2007 года Jón Ásgeir & afmælisveislan (Reykjavík: Sögur, 2007), а история DeCODE появляется как прямо, так и в вымышленной форме (в вымышленной форме) имя ОриГенес) в романе того же автора Lygarinn: Sönn saga (Рейкьявик: Sögur, 2011). deCODE - это модель компании CoDex, в CoDex 1962 автор Sjón . [130] [131]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Объявление Decode начала осуществления операций, а также интервью с Stefansson на цели компании, в главной газете страны Моргунбладида , 31 мая 1996 года соучредители были педиатр Kristleifur Кристьянссон, который работал в компаниитечение двадцати лет, и психиатр и поэт Ernir Кристьян Сноррасон .
  2. ↑ Хорошее раннее изложение подхода и миссии содержится в первом пресс-релизе компании , в котором объявляется об изоляции гена болезни, 25 августа 1997 г.
  3. ^ Анна Azvolinsky, "Мастер Decoder: профиль Кари Стфанссон" The Scientist , 1 марта 2019 года
  4. ^ Дейли, Марк Дж. "Премия Уильяма Аллана, 2017 г. Введение: Кари Стефанссон", Американский журнал генетики человека , вып. 102, номер 3 (2018) doi: 10.1016 / j.ajhg.2018.01.010
  5. ^ Основные публикации deCODEи его пресс-релизы с момента основания доступны на его веб-сайте .
  6. ^ Основные инвестиции в популяционную геномику фармацевтическими компаниями с 2012 года включают в себя Regeneron , AstraZeneca , AbbVie , Glaxo и другие.
  7. ^ См., Например, Francesco Cuca et al. , «Распределение гаплотипов DR4 на Сардинии предполагает первичную ассоциацию диабета типа I с локусами DRB1 и DQB1», Human Immunology , Vol 43, Issue 4, pp 301-308 (август 1995); EM Petty et al. , «Картирование гена наследственного гиперпаратиреоза и пролактиномы (MEN1Burin) на хромосому 11q: доказательства эффекта основателя у пациентов из Ньюфаундленда», Американский журнал генетики человека , том 54, номер 6, стр 1060–1066 (июнь 1994); Мелани М. Махтани и др. , «Картирование гена диабета 2 типа, связанного с дефектом секреции инсулина, с помощью сканирования генома в финских семьях», Nature Genetics(требуется подписка), том 14, стр. 90–94 (сентябрь 1996 г.); Steinnun Thorlacius et al. , «Одна мутация BRCA2 в семьях рака груди у мужчин и женщин из Исландии с различными фенотипами рака», Nature Genetics (требуется подписка), том 13, стр 117–119 (май 1996 г.)
  8. ^ О подходе и его сомневающихся см. Стивен Д. Мур, «Биотехнологическая фирма превращает Исландию в гигантскую генетическую лабораторию», Wall Street Journal (требуется подписка), 3 июля 1997 г.
  9. ^ Раннее описание модели открытие Стефанссона и его директором лаборатории, Джеффри Gulcher, в «геномики населения: создание основы для моделирования генетических заболеваний и ориентации,» клинической химии и лабораторной медицины (требуется подписка)том 36, номер 8, стр 523-7 (август 1998)
  10. ^ Население и другие статистические данные Статистического управления Исландии
  11. ↑ Первое крупное интервью со Стефанссоном о компании, которая уже работает, в Моргунблацк , 24 ноября 1996 г.
  12. ^ Обзор деятельности и достижений компании в эти первые годы см. За 1997–2003 годы в разделе новостей на ее веб-сайте .
  13. ^ Гулчер и Стефанссон процитировали опросы, показывающие общественную поддержку ИБС на уровне 75% в «Исландской саге о централизованной базе данных здравоохранения и демократическом принятии решений», Nature Biotechnology (требуется подписка), том 17, стр. 620, июль 1999.
  14. ^ Дж. Гулчер и К. Стефанссон, «Исландская база данных по здравоохранению и информированное согласие», Медицинский журнал Новой Англии , том 342, стр 1827-1830 (июнь 2000 г.)
  15. Перейти ↑ Chadwick, R. (1999). «Исландская база данных - нужны ли современности современные саги?». BMJ . 319 (7207): 441–444. DOI : 10.1136 / bmj.319.7207.441. PMC  1127047. PMID  10445931.
  16. ^ Противники IHD создали организацию под названием Mannvernd, чтобы бороться с ней и побуждать людей реализовывать свое право на отказ. Количество отказов дает конкретную меру противодействия идее, а также, наоборот, показатель того, сколько людей либо поддерживает идею, либо не придерживается твердого мнения. Согласно архивному снимку веб-сайта Маннвернда от сентября 2003 года , за пять лет после принятия закона, разрешающего IHD, немногим более 20 000 человек отказались от участия, или 7% от 288 000 населения 2003 года.
  17. ^ Книги и основные исследовательские статьи специалистов по биоэтике и других противников ИБС и коммерческой геномики включают: Майк Фортун, « Перспективная геномика: Исландия» и генетика deCODE в мире спекуляций (Беркли: University of California Press, 2008); Дэвид Виникофф, «Геном и нация: база данных сектора здравоохранения Исландии и ее наследие», «   Инновации: глобализация управления технологиями» , том 1, номер 2, стр. 80–105 (февраль 2006 г.); Генри Т. Грили, «План Исландии по исследованию геномики: факты и последствия», Jurimetrics (требуется подписка), том 40, номер 2, стр. 153-91 (зима 2000 г.); и Джон Мерц, "Iceland, Inc ?: Об этике коммерческой популяционной геномики", Социальные науки и медицинатом 58, номер 6, стр 1201-9 (апрель 2004 г.). Помимо сайта Маннвернда, еще один веб-сайт, расположенный в Беркли, Калифорния, был посвящен антропологическим последствиям deCODE и генетическим исследованиям в Исландии.
  18. ^ Сотни статей были написаны за и против IHD и deCODE и их подхода. Краткое представление об их характере и их огромном количестве можно найти вархивном виде от мая 1999 г. веб-сайта Mannvernd, исландской организации, созданной для противодействия IHD, и в очень подробной библиографии, созданной доктором Скули Сигурессоном, ведущим членом Маннвернда.
  19. ↑ См. Архивную версию объявления в архивах Клинтона.
  20. ^ См. Публикации deCODE за 1997-2000 гг. На сайте компании.
  21. ^ См., Например , ранний пресс-релиз компании , «deCODE Genetics of Iceland отображает ген, связанный с преэклампсией», 19 сентября 1999 г.
  22. ^ Хорошее изложение подхода содержится в Николасе Уэйде: «Охота за геномными сокровищами может принести золото», New York Times , 18 июня 2002 г.
  23. ^ Конг и др. , «Карта рекомбинации человеческого генома с высоким разрешением», Nature Genetics (требуется подписка), том 31, стр. 241–247, 10 июня 2002 г.
  24. ^ Уровень участия более 90% даже в то время, когда споры об ИБС были еще свежими, в годовом отчете deCODE за 2002 год, поданном в SEC, стр. 8; профиль компании в области фармакогеномики , 4 ноября 2004 г.
  25. ^ Хорошее раннее описание того, как людей просят участвовать и как их данные используются в исследованиях, находится на стр. 7-9 годового отчета deCODE за 2002 год, поданного в SEC.
  26. ↑ Хелен Пирсон, "Профиль: Кари Стефанссон", " Природная медицина" , том 9, стр. 1099, 1 сентября 2003 г .; уровень участия в годовом отчете deCODE за 2002 год, поданномв Комиссию по ценным бумагам и биржам, стр. 8
  27. ↑ Джеймс Батчер, "Кари Стефанссон, генеральный директор генетики", The Lancet , 27 января 2007 г.
  28. ^ Анна Azvolinsky, оп. cit
  29. ↑ Майкл Спектер, «Расшифровка Исландии», The New Yorker (требуется подписка), 18 января 1999 г.
  30. ^ См. Страницу википедии Islendingabok на английском языке.
  31. ↑ Ольга Хазан, «Как одержимость исландской генеалогией ведет к научным открытиям», The Atlantic , 7 октября 2014 г.
  32. ^ Моргунбладид на старте Книги об исландцах - с фото
  33. ^ Islendingabok.is , доступ осуществляется как пользователь
  34. ^ Meg Тирелл, "генетический кладезь Исландии," CNBC , 6 апреля 2017
  35. ^ Екатерина Vaydylevich, «Исследование Исландии дает представлениеболезни, открывает путь для крупномасштабных геномных исследований,» онлайн новость для научноисследовательского института National Human Genome, 1 мая 2015 года
  36. ^ Конг и др. , «Обнаружение совместного использования по происхождению, фазировке на большие расстояния и вменению гаплотипа», Nature Genetics , Vol. 40, Number 9, pp 1068–1075 (август 2008)
  37. ^ "Геномы исландцев", Nature , постоянная ссылка, 25 марта 2015 г.
  38. ^ DO Арнар и Р. Палссон, "Генетика общих сложных заболеваний: взгляд из Исландии", Европейский журнал внутренней медицины , Vol. 40, стр 3-9 (2017)
  39. ^ Т. ЛаФрамбуаз, «Массивы однонуклеотидных полиморфизмов: десятилетие биологических, вычислительных и технологических достижений», Nucleic Acids Research , vol 37, issue 13, pp 4181-93 (2009) doi: 10.1093 / nar / gkp552
  40. ^ Обзор подхода и масштаба области в J Macarthur et al., «Новый каталог NHGRI-EBI опубликованных исследований ассоциаций всего генома (каталог GWAS)», Nucleic Acids Research , vol 45, issue D1, pp D896– D901 (январь 2017 г.)
  41. ^ Список сотен основных публикаций компании на странице публикаций ее веб-сайта.
  42. ^ См., Например, S Srinivasan et al. , "Генетическая изменчивость TCF7L2 увеличивает устойчивость к инкретину и влияет на реакцию на сульфонилмочевину и метформин: исследование для понимания генетики острого ответа на метформин и глипизид у людей (SUGAR-MGH)", Diabetes Care , vol 41, number 3, pp 554-561 (2018); А.В. Хера и соавт. , «Полногеномные полигенные оценки распространенных заболеваний выявляют людей с риском, эквивалентным моногенным мутациям», Nature Genetics , том 50, стр. 1219–1224 (2018)
  43. ^ Таблица 2 в MC Mills и CA Rahal, "Наукометрический обзор исследований ассоциаций всего генома", Nature Communications Biology , том 2, номер 9 (2019)
  44. ^ Таблица 4, Миллс и Рахал, op. cit
  45. ^ Предварительный обзор и 20 миллионов SNP были размещены в открытом доступе в DF Gudbjartsson et al. , «Варианты последовательности из всего генома, секвенирующего большую группу исландцев», Nature Scientific Data , том 2, статья 150011 (март 2015 г.); Десятки последующих работ с использованием этой шкалы данных находятся на странице публикаций сайта deCODE с 2015 года.
  46. ^ См. Публикации deCODE с 2014 г. по настоящее время
  47. ^ A Helgadottir et al. , «Варианты с большим влиянием на липиды крови и роль холестерина и триглицеридов в ишемической болезни сердца», Nature Genetics , vol. 48, стр. 634–639 (май 2016 г.)
  48. ^ P Nioi et al. , «Вариант ASGR1, связанный со сниженным риском ишемической болезни сердца», Медицинский журнал Новой Англии , том 374, стр. 2131-2141 (июнь 2016 г.)
  49. ^ DF Gudbjartsson et al. , «Концентрация липопротеинов (а) и риски сердечно-сосудистых заболеваний и диабета», J Am Coll Cardiol. , т. 74, номер 24, стр. 2982-2994 (декабрь 2019 г.)
  50. ↑ История, рассказанная Джиной Колата: «Редкая мутация убивает ген, ответственный за диабет», New York Times , 2 марта 2014 г.
  51. ^ J Flannick et al. , «Мутации с потерей функции в SLC30A8 защищают от диабета 2 типа», Nature Genetics (требуется подписка), том 46, стр. 357–363 (2 марта 2014 г.)
  52. ^ A Kong et al., «Мелкомасштабные различия в скорости рекомбинации между полами, популяциями и индивидуумами», Nature , том 467, стр. 1099–1103 (октябрь 2010 г.)
  53. ^ BV Halldorsson, et al. , «Характеристика мутагенных эффектов рекомбинации с помощью генетической карты на уровне последовательности», Science , том 363, выпуск 6425, eaau1043 (январь 2019 г.)
  54. ↑ Роджер Хайфилд, «Как люди развиваются», блог Британского музея науки , 24 января 2019 г.
  55. ^ S Ebenesersdottir et al. , «Древние геномы из Исландии раскрывают происхождение человеческой популяции», Science , vol. 360, выпуск 6392, стр. 1028-1032 (июнь 2018 г.)
  56. ^ H Stefansson et al. , «Обычная инверсия при отборе у европейцев», Nature Genetics , том 37, стр 129–137 (16 января 2005 г.)
  57. ^ Jagadeesanдр., «Воссоздание африканскую гаплоидный геном из 18го века,» Nature Genetics , том 50, стр 199-205 (январь 2018)
  58. ^ Краткое изложение сотрудничества и направлений деятельности компании в ее 10 тыс. За 2005 г. , стр. 9-10
  59. ^ "DeCode для приобретения MediChem Life Sciences в рамках сделки с акциями на $ 84 млн ", Genomeweb , 8 января 2002 г.
  60. ^ Пресс-релиз компании "deCODE genetics, Inc. предоставляет обновленную информацию о разработке продукта - CEP-1347, DG041, DG031, DG051", переизданный в Biospace , 26 июня 2006 г.
  61. ^ H Hakonsarson et al. , «Влияние ингибитора белка, активирующего 5-липоксигеназу, на биомаркеры, связанные с риском инфаркта миокарда: рандомизированное исследование», JAMA , том 293, выпуск 18, стр. 2245–2256 (май 2005 г.)
  62. ^ Пресс-релиз компании : «deCODE запускает deCODE MI ™ - тест на основной генетический фактор риска раннего сердечного приступа», 11 октября 2007 г.
  63. ^ Список тестов и пример того, как их полезность описана в пресс-релизе компании , «deCODE запускает deCODE BreastCancer ™, генетический тест для выявления риска наиболее распространенных форм рака груди», 8 октября 2008 г.
  64. ^ Пресс-релиз компании «deCODE запускает deCODE T2 ™, новый ДНК-тест для оценки наследственного риска диабета 2 типа», 15 апреля 2007 г.
  65. ^ Пример SNP, включенных в deCODEme в SNPedia
  66. ^ Новый вариант добавлен в deCODE AF в пресс-релизе компании «deCODE обнаруживает второй общий генетический фактор риска для фибрилляции предсердий и инсульта», 13 июля 2009 г.
  67. ^ О сохраняющемся скептицизме в отношении тестирования на общие заболевания даже в 2019 г. см. Иан Сэмпл: «NHS отказывается от плана, позволяющего здоровым людям платить за секвенирование ДНК», Guardian , 25 июля 2019
  68. ^ AV Khera et al. , «Полногеномные полигенные оценки распространенных заболеваний выявляют людей с риском, эквивалентным моногенным мутациям», Nature Genetics , vol. 50, стр. 1219–1224 (август 2018).
  69. ^ Компания пресс - релиз , "Decode запускает deCODEme ™," 16 ноября 2007
  70. ^ О deCODEme запуска и 23andMe позади, Николас Уэйд, «Предложения компании геномов оценок,» Нью - Йорк Таймс , 16 ноября 2007 г. Через год, когда журнал Time назвал тест розничной ДНК как его изобретение года, она хлынула о 23andMeх ссылается на Google, но не упоминает deCODE. "Тест ДНК розничной торговли", Time , 29 октября 2008 г.
  71. ^ См. Архивную версию сайта deCODEme от июля 2012 г.
  72. ↑ Калифорнийские письма о прекращении и воздержании тестирующим компаниям в Эндрю Поллаке, «Тестирование генов, подвергшееся сомнению регулирующими органами», New York Times , 26 июня 2008 г.
  73. ^ Письмо FDA в deCODE , 10 июня 2010 г.
  74. ^ Письма FDA к 23andMe, Navigenics and Knome, в Эндрю Поллаке, «FDA выдает ошибки компаниям в неутвержденных генетических тестах», New York Times , 11 июня 2010 г.
  75. ^ Turna Ray, «С покупкой deCODE Amgen приобретает опыт, потребители теряют возможность тестирования DTC», Genomeweb , 12 декабря 2012 г.
  76. ^ FDA пресс - релиз , «FDA позволяет маркетинг первых испытаний прямых к потребителюкоторые обеспечивают генетическую информациюрисках для определенных условий,» 6 апреля 2017
  77. ^ Статистические данные в отчете о 6-м клиническом семинаре NACG, Северный альянс клинической геномики , 21 ноября 2018 г., стр.9
  78. ^ Мэтью Herper, "Choppy IPO для Decode генетики", Forbes 19 июля 2000
  79. ^ Corie Лок, "Гены Транслейтинг Исландии в медицине," MIT Technology Review , 1 сентября 2004 года
  80. ^ Об инвестициях и эффективности бизнеса см., Например , 10-K deCODE за 2006 год, поданное в SEC; Пресс-релиз компании «deCODE genetics, Inc. объявляет о размещении конвертируемых облигаций на сумму 65 миллионов долларов», перепечатанный в Biospace , 14 ноября 2006 г.
  81. ^ Даниэль Макартур, "Decode Genetics на грани банкротства," Wired , 8 ноября 2009
  82. ^ Vermazis, BioIT World , ноябрь 2008
  83. ^ "DeCODE Genetics on the Ropes", Science , 7 ноября 2008 г.
  84. ^ Пресс - релиз компании «Decode Генетик, Inc. Файлы Добровольной Глава 11 Прошения об облегчении продажи активов,» 17 ноября 2009
  85. ↑ Николас Уэйд, «Из-за банкротства генетическая компания отказывается от лекарств», New York Times , 21 января 2010 г.
  86. ^ Эмили Сингер, "Decode канавы разработки лекарственных средств," MIT Technology Review , 22 января 2010
  87. ^ Хорошее резюме проблем и размышлений о возрождении deCODE после банкротства, Мэри Кармайкл, «Самый успешный провал в мире», Newsweek , 11 февраля 2010 г.
  88. ^ Stefansson сказал шесть лет слишком рано Кевин Дэвис, в BioIT в 2008 году; Кевин Дэвис, Геном стоимостью 1000 долларов: революция в секвенировании ДНК и новая эра персонализированной медицины (Нью-Йорк: The Free Press, 2010), стр. 148
  89. ↑ Стефанссон сказал, что компания была основана на десять лет раньше, и изложил свои причины Виктору Макилхенни в книге « Рисование карты жизни: внутри проекта генома человека» (Лондон: Hachette UK, 2012).
  90. ^ "Для Кари Стефанссон и deCODE диагностика выглядит многообещающей", Sciencewatch , сентябрь / октябрь 2010 г.
  91. ^ Компания пресс - релиз на бумаге, «Decode Genetics, в сотрудничестве с академическими коллегами и Illumina, Обнаруживает Мутации высокого риска присвоении рака яичников»2 октября 2011
  92. ^ Matt Herper, "С Decode Deal, Amgen целичтобы обнаружить наркотики Как мы имеливиду в 1999 году," Forbes , 12 декабря 2012
  93. ↑ Цитата: Ашер Маллард, «Аудитория с ... Шоном Харпером», Nature Reviews Drug Discovery (требуется подписка), том 17, стр. 10-11 (январь 2018 г.)
  94. ^ Один нацелен на липопротеин (а), на основе открытия deCODE, опубликованного в 2019 году ; Другие цели не-ЛПВП на строительные открытия Decode о вариантах в гене ASGR1 в 2016 году знакомства Amgen по трубопроводу и М. Янишевский и др. , Журнал Американского колледжа кардиологии , том 73, выпуск 9, приложение 1 (март 2019 г.)
  95. ^ MJ Daly, "2017 Уильям Аллан премии Введение," ор. соч.
  96. ^ О роли однородности и общих целей см. J Gulcher и K Stefansson, "Population Genomics: Laying the Foundation for Genetic Disease Modeling and Targeting", Clinical Chemistry and Laboratory Medicine , vol 36, Number 8 (1998)
  97. ^ Британский ученый Джон Белл был особенно предвидящим относительно будущего использования геномики в здравоохранении. См. Джон Белл, «Новая генетика в клинической практике», BMJ , том 316, выпуск 7131 (14 февраля 1998 г.)
  98. ↑ См. J Fears и G Poste, «Создание ресурсов популяционной генетики с использованием Национальной службы здравоохранения Великобритании », Science , том 284, выпуск 5412, стр. 267-8 (апрель 1999 г.)
  99. ^ Pallab Гош "Will биобанк окупится ?," BBC , 24 сентября 2003
  100. ^ JM Gaziano et al. , «Программа на миллион ветеранов: мегабиобанк для изучения генетического влияния на здоровье и болезни», Журнал клинической эпидемиологии , том 70, стр. 214-223 (февраль 2016 г.)
  101. ^ З. Чен и др. , «China Kadoorie Biobank на 0,5 миллиона человек: методы обследования, исходные характеристики и долгосрочное наблюдение», Международный журнал эпидемиологии , том 40, выпуск 6, стр. 1652–1666 (декабрь 2011 г.)
  102. ↑ Эрика Чек Хайден, «Является ли геном стоимостью 1000 долларов реальным?», Nature , 15 января 2014 г.
  103. ↑ Кэтрин Оффорд, «Изучение исландской модели для генетических исследований», The Scientist , 31 мая 2017 г.
  104. ↑ Пресс-релиз : «Regeneron и Geisinger Health System объявляют о крупном сотрудничестве в области генетических исследований человека», regeneron.com, 13 января 2014 г.
  105. ^ Хайди Ледфорд, «AstraZeneca запускает проект по секвенированию 2 миллионов геномов», Nature , 22 апреля 2016 г.
  106. ^ См., Например, страницу факультета Марка Дейли в качестве директора Института молекулярной медицины при Хельсинкском университете.
  107. ^ ES Hautamäki и J Lilja, «Вторичное использование данных о здоровье - новый финский закон», блог Insights , Roschier.com, 19 ноября 2019 г.   
  108. ^ Пресс-релиз «NextCODE Health запускает операции с эксклюзивной лицензией на использование платформы геномики deCODE genetics для клинической диагностики на основе последовательностей и 15 миллионов долларов венчурного финансирования», PRNewswire , 23 октября 2013 г.
  109. ↑ См. Вивьен Маркс, «ДНК нации», Nature , том 524, стр. 503–505 (август 2015 г.)
  110. ^ Прессрелиз, «Сидр Выбор WuXi NextCODE для питания населения геномика и прецизионной медицины в Катаре,» PRNewswire , 6 октября 2015 года
  111. ^ Эллисон Проффитт, «WuXi NextCODE, выбранный для поддержки сингапурского пилотного проекта точной медицины», BioIT World , 5 января 2017 г.
  112. ^ C Brownstein, et al. , «Если бы я знал тогда то, что знаю сейчас: необходимость инфраструктуры для обеспечения точной медицины», Вектор (блог Бостонской детской больницы), 14 августа 2017 г.
  113. ^ "ДНК нации", соч. соч. ; «WuXi NextCode, Детская больница Фудань сотрудничают в области диагностики редких заболеваний», Genomeweb , 16 сентября 2015 г.
  114. ^ "Intermountain, Decode Genetics to Sequence 500K Genomes for Research", Genomeweb , 12 июня 2019 г.
  115. ^ Джонатан Смит, «Исландская компания по секвенированию 225 000 геномов пациентов из Великобритании», Labiotech , 13 сентября 2019 г.
  116. ^ Тестов на миллион по странам на странице Wiki Шаблон: тестирование на COVID-19 по странам ; к концу апреля, через восемь недель после начала тестирования, отслеживания и изоляции, практически не было обнаружено новых случаев, как это видно на https://www.covid.is/data
  117. ^ Лучшим источником информации об официальном ответе, от исторической хронологии до последних данных, является официальный сайт правительства covid.is, доступный на исландском, английском и многих других языках. Страница Википедии о пандемии COVID-19 в Исландии опирается на это с дополнительными источниками, ссылками и графикой.
  118. ^ Смотрите данные и графики на официальной странице данных https://www.covid.is/data
  119. ^ Элизабет Колберт, "Как Исландия Удар коронавируса," The New Yorker , 1 июня 2020
  120. ^ Полезная схема того, что влечет за собой это тестирование, содержится в книге Клайва Куксона и Камиллы Ходжсон «Какие тесты на коронавирус нужны миру для отслеживания пандемии?», Financial Times , 1 апреля 2020 года.
  121. ^ Þórunn Kristjándóttir, "Eðlilegt" og "sjálfsagt" að leggjast á árarnar ", Morgunblaið , 6 марта 2020 г.
  122. ^ "Tólf þúsund bókað tíma í skimun", Morgunblaið , 13 марта 2020 г.
  123. ↑ Пресс-релиз , «Крупномасштабное тестирование населения в Исландии в стадии реализации», Министерство иностранных дел Исландии, 15 марта 2020 г.
  124. ^ Полную статистику тестирования органами здравоохранения и deCODE по дате, а также количество активных инфекций с 28 февраля по 14 июня можно найти на английском языке по адресу https://www.covid.is/data-old
  125. ↑ Пресс-релиз , «Исландия представляет картину раннего распространения COVID-19 среди населения с согласованной реакцией общественного здравоохранения», deCODE genetics, 14 апреля 2020 г.
  126. ^ "Þrisvar sinnum fleiri smit en greindust", Morgunblaðið , 5 июня 2020 г.
  127. ^ Дагни Хульда Эрлендсдоттир, "Mikill minnihlutilandsmanna með mótefni við COVID-19", RUV , 28 мая 2020 г.
  128. ^ "Einkaþotan mætt að sækja blóðkornin", RUV , 6 июня 2020 г.
  129. ^ Burke, Люси, «Генетика и место преступления: Декодирование Tainted Blood », журнал литературные и культурные исследований по инвалидности , 6 (2012), 193-208. DOI: 10.3828 / jlcds.2012.16.
  130. ^ Рейкьявика: JPV, 2016.
  131. ^ Эйнар Кари Johannsson, ' Þjóð (ар) сага Sjóns: Pólitísk ummyndun á sameiginlegum minningum Íslendinga í sögulegum skáldverkum Sjóns ' (неопубликованные М.А. Тезис, Университет Исландии, 2018), стр. 67.

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Траинн Эггертссон. 2011. « Эволюция прав собственности: странный случай истории болезни Исландии» . Международный журнал общин Vol. 5, № 1 февраля 2011 г., стр. 50–65
  • О deCODE в контексте новой геномики: Дэвис, Кевин, Геном за 1000 долларов: революция в секвенировании ДНК и новая эра персонализированной медицины (Нью-Йорк: The Free Press, 2010)
  • Собрание эссе исландского антрополога, касающееся Исландии, deCODE и геномики: Палссон, Гисли, Природа, культура и общество: антропологические перспективы жизни (Кембридж: Cambridge University Press, 2016)
  • Критический взгляд на deCODE и коммерческую геномику в начале 2000-х годов: Fortun, Michael, Promising Genomics: Iceland и deCODE Genetics in a World of Speculation . Беркли: Калифорнийский университет Press, 2008.
  • "Gene Frenzy" разогревает Исландию, CBS News, 2 декабря 2002 г.

Внешние ссылки [ править ]

  • сайт генетики deCODE
  • deCODE genetics исландский веб-сайт
  • Кари Стефанссон страница в Википедии

Координаты : 64 ° 08′08 ″ с.ш. 21 ° 56′45 ″ з.д. / 64,13556 ° с.ш. 21,94583 ° з.д. / 64.13556; -21,94583