Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Desulfitobacterium hafniense
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Фирмикуты
Класс:
Clostridia
Заказ:
Clostridiales
Семья:
Peptococcaceae
Род:
Десульфитобактерии
Разновидность:
D. hafniense
Биномиальное имя
Desulfitobacterium hafniense
Кристиансен и Аринг, 1996 г.

Desulfitobacterium hafniense является однимвидов грамположительных бактерий, его типа штамм Д-2 Т . [1] (идентификатор таксономии NCBI 272564; DSM 10664).

D. hafniense - анаэробные спорообразующие бактерии. Большинство описанных изолят organohalide дышащих факультативно бактерии , способные к восстановительному дехлорированию из organohalides , таких как хлорфенолы и тетрахлореэтны . Клетки D. hafniense имеют палочковидную форму, длину от 3,3 до 6 мкм и ширину от 0,6 до 0,7 мкм, они подвижны , каждая клетка имеет один или два концевых жгутика . Все протестированные штаммы устойчивы к антибиотику ванкомицину . [2] [3]

За прошедшие годы было описано несколько дополнительных штаммов, принадлежащих к видам hafniense , из самых разных сред. Штаммы PCP-1, TCE1, DP7, TCP-A и G2 были первоначально опубликованы как представители отдельного вида Frappieri, но сегодня все они считаются принадлежащими к виду hafniense . [4] [5]

Изоляты D. hafniense
ШтаммИсточникDSM
ДКБ-2 Т [1]Осадок сточных вод10664
ПКП-1 [6]Осадок сточных вод12420
TCP-A [7]Речные отложения13557
GBFH [4]Речные отложения---
Y51 [8]Загрязненная почва---
TCE1 [9]Загрязненная почва---
PCE-S [10]Загрязненная почва14645
G2 [11]Подземный16228
DP7 [12]Человеческие фекалии13498
LBE [13]не описано---

Геномы

Геном D. hafniense содержит механизмы как для пирролизина, так и для селеноцистеина , что делает его единственным известным организмом, который потенциально использует 22 аминокислоты при трансляции белков. [14] Штамм Desulfitobacterium hafniense DCB-2 T имеет единственный кольцевой геном, который содержит 5,78 Мбп, кодирующих 5045 генов. Геном штамма Desulfitobacterium hafniense DCB-2 T содержит семь генов, кодирующих редуктивные дегалогеназы, пять из них, по-видимому, функциональны, а два нарушены мутациями. [15]

Полная информация о последовательности генома доступна для девяти штаммов desulfitobacterium hafniense . Все они имеют размер генома от 5 до 5,7 Мбп, ни один из секвенированных штаммов не содержит плазмид. Геномы кодируют лишь ограниченное количество редуктивных дегалогеназ в дополнение к генам, использующим широкий спектр доноров и акцепторов электронов.

ШтаммРазмер генома (Мбайт)Количество восстановительных

дегалогеназы

Описанный геном
Y515,712006 [16]
ДКБ-2 Т5,372012 [15]
PCE-S5,722015 [17]
DH5,402016 [18]
TCE15,712017 [19]
PCP-15,672017 [19]
LBE5,522017 [19]
DP75,202017 [19]
TCP-A552017 [19]


Ссылки [ править ]

  1. ^ a b Кристиансен Н., Аринг Б.К. (1996). «Desulfitobacterium hafniense sp. Nov., Анаэробная бактерия, восстанавливающая дехлорирование» . Международный журнал систематической бактериологии . 46 (2): 442–448. DOI : 10.1099 / 00207713-46-2-442 .
  2. ^ Kalan L, Эберт S, Келли T, Райт GD (июль 2009). «Кластер устойчивости к неканоническому ванкомицину из Desulfitobacterium hafniense Y51» . Противомикробные препараты и химиотерапия . 53 (7): 2841–5. DOI : 10,1128 / AAC.01408-08 . PMC 2704641 . PMID 19414574 .  
  3. ^ Kruse T, Левиссон М, де Вос WM, Smidt H (сентябрь 2014). «vanI: новый кластер генов устойчивости к ванкомицину D-Ala-D-Lac, обнаруженный в Desulfitobacterium hafniense» . Микробная биотехнология . 7 (5): 456–66. DOI : 10.1111 / 1751-7915.12139 . PMC 4229326 . PMID 25042042 .  
  4. ^ a b Niggemyer A, Spring S, Stackebrandt E, Rosenzweig RF (декабрь 2001 г.). «Выделение и характеристика новой бактерии, восстанавливающей As (V): значение для мобилизации мышьяка и рода Desulfitobacterium» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (12): 5568–80. DOI : 10,1128 / AEM.67.12.5568-5580.2001 . PMC 93345 . PMID 11722908 .  
  5. ^ Villemur R, Lanthier M, Beaudet R, Lépine F (сентябрь 2006). «Род Desulfitobacterium» . FEMS Microbiology Reviews . 30 (5): 706–33. DOI : 10.1111 / j.1574-6976.2006.00029.x . PMID 16911041 . 
  6. ^ Бушар B, Beaudet R, Villemur R, G Максвин, Lépine F, Bisaillon JG (октябрь 1996). «Выделение и характеристика Desulfitobacterium frappieri sp. Nov., Анаэробной бактерии, которая восстанавливает дехлорирование пентахлорфенола до 3-хлорфенола» . Международный журнал систематической бактериологии . 46 (4): 1010–5. DOI : 10.1099 / 00207713-46-4-1010 . PMID 8863430 . 
  7. ^ Breitenstein А, Saano А, Salkinoja-Салонен M, Андрисен JR, Lechner U (февраль 2001). «Анализ 2,4,6-трихлорфенол-дегалогенирующей обогащенной культуры и выделение дегалогенирующего члена Desulfitobacterium frappieri штамм TCP-A». Архив микробиологии . 175 (2): 133–42. DOI : 10.1007 / s002030000248 . PMID 11285741 . S2CID 25261490 .  
  8. ^ Suyama А, Iwakiri Р, Кай К, Токунаг Т, Н Сыворотка, Furukawa К (июль 2001 г.). «Выделение и характеристика штамма Desulfitobacterium sp. Y51, способного к эффективному дегалогенированию тетрахлорэтена и полихлорэтанов». Биология, биотехнология и биохимия . 65 (7): 1474–81. DOI : 10.1271 / bbb.65.1474 . PMID 11515528 . S2CID 11762181 .  
  9. ^ Gerritse Дж, Drzyzga О, Kloetstra О, Keijmel М, Wiersum Л.П., Хутсон R, Коллинз MD, Gottschal JC (декабрь 1999 г.). «Влияние различных доноров и акцепторов электронов на дегалоидиспирацию тетрахлорэтена Desulfitobacterium frappieri TCE1» . Прикладная и экологическая микробиология . 65 (12): 5212–21. DOI : 10,1128 / AEM.65.12.5212-5221.1999 . PMC 91707 . PMID 10583967 .  
  10. ^ Миллер E, Wohlfarth G, Diekert G (декабрь 1997). «Сравнительные исследования восстановительного дехлорирования тетрахлорэтилена, опосредованного штаммом Desulfitobacterium sp. PCE-S». Архив микробиологии . 168 (6): 513–9. DOI : 10.1007 / s002030050529 . PMID 9385143 . S2CID 11883954 .  
  11. ^ Shelobolina ES, VanPraagh CG, Lovley DR (март 2003). "Использование содержащих железо и железо минералов для дыхания Desulfitobacterium frappieri". Геомикробиологический журнал . 20 (2): 143–156. DOI : 10.1080 / 01490450303884 . S2CID 93574898 . 
  12. ^ ван де Пас Б.А., Хармсен Х.Дж., Раангс Г.К., де Вос WM, Шраа Г., Стамс А.Дж. (июнь 2001 г.). «Штамм Desulfitobacterium, выделенный из фекалий человека, не дехлорирующий хлорэтены или хлорфенолы». Архив микробиологии . 175 (6): 389–94. DOI : 10.1007 / s002030100276 . PMID 11491079 . S2CID 35998991 .  
  13. ^ Comensoli л, Майяр Дж, Олбините М, Сандоз Р, Р Junier, Джозеф E (май 2017 г.). «Использование бактерий для стабилизации археологического железа» . Прикладная и экологическая микробиология . 83 (9). DOI : 10,1128 / AEM.03478-16 . PMC 5394308 . PMID 28283522 .  
  14. ^ Селедка, S .; Амброгелли, А .; Поликарпо, CR; Soll, D. Распознавание пирролизиновой TRNA с помощью Desulfitobacterium Hafniense Pyrrolysyl-TRNA Synthetase. Исследование нуклеиновых кислот 2007, 35 (4), 1270–1278. https://doi.org/10.1093/nar/gkl1151 .
  15. ^ а б Ким С.Х., Харцман С., Дэвис Дж. К., Хатчесон Р., Бродерик Дж. Б., Марш Т. Л., Тидже Дж. М. (февраль 2012 г.). «Последовательность генома Desulfitobacterium hafniense DCB-2, грамположительного анаэроба, способного к дегалогенированию и восстановлению металлов» . BMC Microbiology . 12 : 21. DOI : 10,1186 / 1471-2180-12-21 . PMC 3306737 . PMID 22316246 .  
  16. ^ Nonaka H, Keresztes G, Shinoda Y, Ikenaga Y, Abe M, Найто K, Inatomi K, Furukawa K, Инуи M, Yukawa H (март 2006). «Полная последовательность генома дегалогенированной бактерии Desulfitobacterium hafniense Y51 и сравнение с Dehalococcoides ethenogenes 195» . Журнал бактериологии . 188 (6): 2262–74. DOI : 10.1128 / JB.188.6.2262-2274.2006 . PMC 1428132 . PMID 16513756 .  
  17. ^ Горисский Т, Хорнанг В, Kruse Т, Рейнхольд А, Вестерманн М, Шаап PJ, Smidt Н, Diekert G (2015). «Проект последовательности генома и характеристика Desulfitobacterium hafniense PCE-S» . Стандарты геномных наук . 10 : 15. DOI : 10,1186 / 1944-3277-10-15 . PMC 4511579 . PMID 26203328 .  
  18. ↑ Zhang X, Li GX, Chen SC, Jia XY, Wu K, Cao CL, Bao P (февраль 2016 г.). «Проект последовательности генома штамма DH Desulfitobacterium hafniense, сульфатредуцирующей бактерии, выделенной из рисовых почв» . Анонсы генома . 4 (1). DOI : 10,1128 / genomeA.01693-15 . PMC 4751313 . PMID 26868389 .  
  19. ^ a b c d e Круз Т., Горис Т., Майяр Дж, Войк Т., Лехнер Ю., де Вос В., Смидт Г. (декабрь 2017 г.). «Сравнительная геномика рода Desulfitobacterium» . FEMS Microbiology Ecology . 93 (12). DOI : 10.1093 / femsec / fix135 . PMID 29040502 . 

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Виллемур Р., Лантье М., Боде Р., Лепин Ф. (сентябрь 2006 г.). «Род Desulfitobacterium» . FEMS Microbiology Reviews . 30 (5): 706–33. DOI : 10.1111 / j.1574-6976.2006.00029.x . PMID  16911041 .
  • Нонака Х., Керестес Г., Шинода Й., Икенага Й., Абе М., Наито К., Инатоми К., Фурукава К., Инуи М., Юкава Х. и др. (Март 2006 г.). «Полная последовательность генома дегалогенированной бактерии Desulfitobacterium hafniense Y51 и сравнение с Dehalococcoides ethenogenes 195» . Журнал бактериологии . 188 (6): 2262–74. DOI : 10.1128 / JB.188.6.2262-2274.2006 . PMC  1428132 . PMID  16513756 .
  • Ким С.Х., Харцман С., Дэвис Дж. К., Хатчесон Р., Бродерик Дж. Б., Марш Т. Л., Тидже Дж. М. (февраль 2012 г.). «Последовательность генома Desulfitobacterium hafniense DCB-2, грамположительного анаэроба, способного к дегалогенированию и восстановлению металлов» . BMC Microbiology . 12 (1): 21. DOI : 10,1186 / 1471-2180-12-21 . PMC  3306737 . PMID  22316246 .
  • Lanthier M, Juteau P, Lépine F, Beaudet R, Villemur R (февраль 2005 г.). «Desulfitobacterium hafniense в большом количестве присутствует в биопленках высокоэффективного метаногенного реактора с фиксированной пленкой, разлагающего пентахлорфенол» . Прикладная и экологическая микробиология . 71 (2): 1058–65. DOI : 10,1128 / AEM.71.2.1058-1065.2005 . PMC  546785 . PMID  15691966 .
  • Виллемур Р. (апрель 2013 г.). «Пентахлорфенол-дегалогенирующий штамм Desulfitobacterium hafniense PCP-1» . Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки . 368 (1616): 20120319. DOI : 10.1098 / rstb.2012.0319 . PMC  3638460 . PMID  23479749 .

Внешние ссылки [ править ]

  • LPSN
  • "Desulfitobacterium hafniense" в Энциклопедии жизни
  • Типовой штамм Desulfitobacterium hafniense в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию
  • v
  • т
  • е