| Eco RI | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура Eco RI. Димер, связанный с ДНК ( PDB 1ckq) | ||||||||
| Идентификаторы | ||||||||
| Символ | Eco RI | |||||||
| Pfam | PF02963 | |||||||
| ИнтерПро | IPR004221 | |||||||
| SCOP2 | 1na6 / SCOPe / SUPFAM | |||||||
| CDD | 79lll | |||||||
| ||||||||
Eco RI (произносится как «eco R one») представляет собойфермент эндонуклеазы рестрикции, выделенный из видов E. coli . Это рестрикционный фермент, который расщепляет двойные спирали ДНК на фрагменты в определенных сайтах, а также является частью системы рестрикционной модификации . Эки часть названия происходит фермент из видаиз которого он был выделен - «Е» обозначает родовое названиекоторое «кишечный» и «совместный» имя обозначает вид, «палочка» -то время как R представляет собой конкретный штамм, в этом case RY13, а I означает, что это был первый фермент, выделенный из этого штамма.
В молекулярной биологии он используется как рестрикционный фермент . Eco RI создает 4-х нуклеотидные липкие концы с 5'- выступающими концами AATT. Последовательность распознавания нуклеиновой кислоты, в которой фермент разрезает, представляет собой G ↓ AATTC, которая имеет палиндромную комплементарную последовательность CTTAA ↓ G. Другие рестрикционные ферменты, в зависимости от их участков разреза, также могут оставлять 3 'выступы или тупые концы без выступов.
Структура [ править ]
Первичная структура [ править ]
Eco RI содержит мотив PD..D / EXK в своем активном сайте, как и многие эндонуклеазы рестрикции .
Третичная и четвертичная структура [ править ]
Фермент представляет собой гомодимер субъединицы 31 килодальтон, состоящий из одного глобулярного домена с архитектурой α / β. Каждая субъединица содержит петлю, которая выступает из глобулярного домена и при связывании оборачивается вокруг ДНК. [1] [2]
Eco RI был сокристаллизован с последовательностью, которую он обычно разрезает. Этот кристалл был использован для решения структуры комплекса 1QPS . Решенная кристаллическая структура показывает, что субъединицы гомодимера фермента взаимодействуют с ДНК симметрично. [1] В комплексе две α-спирали из каждой субъединицы объединяются, образуя пучок из четырех спиралей. [3] На взаимодействующих спиралях находятся остатки Glu144 и Arg145, которые взаимодействуют вместе, образуя перекрестное кольцо, которое, как полагают, позволяет двум активным сайтам фермента взаимодействовать. [4]
Использует [ редактировать ]
Рестрикционные ферменты, такие как Eco RI, используются в широком спектре методов молекулярной генетики, включая клонирование , скрининг ДНК и удаление участков ДНК in vitro . Ферменты рестрикции, такие как Eco RI, которые генерируют липкие концы ДНК, часто используются для разрезания ДНК перед лигированием , поскольку липкие концы делают реакцию лигирования более эффективной. Eco RI может проявлять неспецифическое разрезание, известное как звездчатая активность , в зависимости от условий, присутствующих в реакции. Условия, которые могут вызвать звездную активность при использовании EcoRI включают низкую концентрацию соли, высокую концентрацию глицерина, чрезмерное количество фермента, присутствующего в реакции, высокий pH и загрязнение определенными органическими растворителями. Разрез, сделанный ферментом Eco RI, приводит к образованию липких концов вектора, в основном плазмид или вирусных ДНК. [5]
См. Также [ править ]
- EcoRII , еще один фермент нуклеазы из E. coli .
- EcoRV , еще один фермент нуклеазы из E. coli .
Ссылки [ править ]
- ^ a b Pingoud A, Jeltsch A (сентябрь 2001 г.). «Структура и функция эндонуклеаз рестрикции II типа» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (18): 3705–27. DOI : 10.1093 / NAR / 29.18.3705 . PMC 55916 . PMID 11557805 .
- ^ Курпевский М.Р., Энглер Л.Е., Возняк Л.А., Кобылянска А., Козиолкевич М., Стек В.Дж., Джен-Якобсон Л. (октябрь 2004 г.). «Механизмы связи между специфичностью распознавания ДНК и катализом в эндонуклеазе EcoRI». Структура . 12 (10): 1775–88. DOI : 10.1016 / j.str.2004.07.016 . PMID 15458627 .
- ^ Bitinaite J, Вах Д.А., Аггарваль А.К., Schildkraut I (сентябрь 1998). «Для расщепления ДНК требуется димеризация FokI» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (18): 10570–5. Bibcode : 1998PNAS ... 9510570B . DOI : 10.1073 / pnas.95.18.10570 . PMC 27935 . PMID 9724744 .
- ^ Ким YC, Грейбл JC, Любовь R, Greene PJ, Розенберг JM (сентябрь 1990). «Уточнение кристаллической структуры эндонуклеазы Eco RI: пересмотренное отслеживание белковой цепи» . Наука . 249 (4974): 1307–9. Bibcode : 1990Sci ... 249.1307K . DOI : 10.1126 / science.2399465 . PMID 2399465 .
- ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2012-10-15 . Проверено 21 января 2010 .CS1 maint: archived copy as title (link)
Внешние ссылки [ править ]
- Eco-RI в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
- Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P00642 (рестрикционный фермент EcoRI типа 2) в PDBe-KB .
