Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Ферментная неразборчивость - это способность фермента катализировать случайную побочную реакцию в дополнение к своей основной реакции. Хотя ферменты являются чрезвычайно специфическими катализаторами, они часто могут выполнять побочные реакции в дополнение к своей основной природной каталитической активности. [1] Эти беспорядочные половые связи обычно протекают медленно по сравнению с основной деятельностью и находятся под нейтральным отбором. Несмотря на то, что обычно они физиологически нерелевантны, в условиях нового избирательного давления эти действия могут принести пользу фитнесу, тем самым побуждая развитие ранее беспорядочных полов, чтобы стать новым основным видом деятельности. [2] Примером этого является атразин chlorohydrolase ( atzA кодируются) изPseudomonas sp. АДФ, который произошел из меламин дезаминазы (кодируемой triA ), которая имеет очень небольшую беспорядочную активность по отношению к атразину, химическому веществу, созданному руками человека. [3]

Введение [ править ]

Ферменты развиваются, чтобы катализировать конкретную реакцию на конкретном субстрате с высокой каталитической эффективностью ( k cat / K M , ср . Кинетика Михаэлиса-Ментен ). Однако в дополнение к этой основной деятельности они обладают другими видами деятельности, которые обычно на несколько порядков ниже, и которые не являются результатом эволюционного отбора и, следовательно, не участвуют в физиологии организма. [nb 1] Этот феномен позволяет получить новые функции, поскольку беспорядочные половые связи могут принести пользу фитнесу под новым давлением отбора, ведущим к его дублированию и выбору в качестве нового основного вида деятельности.

Эволюция ферментов [ править ]

Дублирование и расхождение [ править ]

Существует несколько теоретических моделей для предсказания порядка дублирования и специализации событий, но реальный процесс более взаимосвязан и нечеткий (§ Реконструированные ферменты ниже ). [4] С одной стороны, амплификация гена приводит к увеличению концентрации фермента и, возможно, к освобождению от рестриктивной регуляции, следовательно, увеличивает скорость реакции ( v ) беспорядочной активности фермента, делая его эффекты более выраженными физиологически («дозировка гена эффект"). [5] С другой стороны, ферменты могут развить повышенную вторичную активность с небольшой потерей первичной активности («устойчивость») с небольшим адаптивным конфликтом (§ Устойчивость и пластичность ниже). [6]

Прочность и пластичность [ править ]

Исследование четырех различных гидролаз (параоксоназа сыворотки крови человека (PON1), фосфотриэстераза псевдомонад (PTE), протеинтирозинфосфатаза (PTP) и карбоангидраза II человека (CAII)) показало, что основная активность является «устойчивой» к изменениям, тогда как беспорядочные связи деятельность слабая и более «пластичная». В частности, выбор деятельности, которая не является основной деятельностью (посредством направленной эволюции ), изначально не уменьшает основную деятельность (следовательно, ее надежность), но сильно влияет на невыбранные виды деятельности (отсюда их гибкость). [6]

Фосфотриэстераза (PTE) из Pseudomonas diminuta эволюционировала, чтобы стать арилэстеразой (гидролаза P – O в C – O) за восемнадцать циклов, получив 10 9 сдвигов специфичности (отношение K M ), однако большая часть изменений произошла в начальном Раунды, в которых неизбираемая рудиментарная активность PTE сохранялась и развивающаяся активность арилэстеразы росла, в то время как в последних раундах имел место небольшой компромисс с потерей рудиментарной активности PTE в пользу активности арилэстеразы. [7]

Это означает, во-первых, что специализированный фермент (монофункциональный) в процессе эволюции проходит через универсальную стадию (многофункциональный), прежде чем снова стать специалистом - предположительно после дупликации гена в соответствии с моделью IAD, - и, во-вторых, беспорядочные связи более пластичны, чем основная деятельность.

Реконструированные ферменты [ править ]

Самым последним и наиболее ярким примером эволюции ферментов является появление ферментов с биологическим восстановлением за последние 60 лет. Из-за очень небольшого количества замен аминокислот они представляют собой отличную модель для исследования эволюции ферментов в природе. Однако использование существующих ферментов для определения того, как эволюционировало семейство ферментов, имеет недостаток, заключающийся в том, что недавно возникший фермент сравнивают с паралогами, не зная истинной идентичности предка до того, как два гена расходятся. Эта проблема может быть решена благодаря реконструкции предков. Впервые предложенная в 1963 году Линусом Полингом и Эмилем Цукеркандлом, предковая реконструкция - это вывод и синтез гена из предковой формы группы генов [8].который недавно возродился благодаря усовершенствованным методам вывода [9] и недорогостоящему искусственному синтезу генов [10], в результате чего необходимо изучить несколько наследственных ферментов, которые некоторые называют «стемзимами» [11] . [12]

Доказательства, полученные с помощью реконструированного фермента, предполагают, что порядок событий, когда новая активность улучшается, а ген дублируется, не является четким, в отличие от того, что предполагают теоретические модели эволюции генов.

Одно исследование показало, что предковый ген семейства протеаз иммунной защиты у млекопитающих имел более широкую специфичность и более высокую каталитическую эффективность, чем современное семейство паралогов [11], тогда как другое исследование показало, что предковый стероидный рецептор позвоночных был рецептором эстрогена с небольшая неоднозначность субстрата для других гормонов, что указывает на то, что они, вероятно, не были синтезированы в то время. [13]

Эта вариабельность наследственной специфичности наблюдалась не только между разными генами, но и внутри одного семейства генов. В свете большого количества паралогичных генов α-глюкозидазы грибов с рядом специфических мальтозоподобных (мальтоза, тураноза, мальтотриоза, мальтулоза и сахароза) и изомальтозоподобных (изомальтоза и палатиноза) субстратов, исследование реконструировало всех ключевых предков и обнаружил, что последний общий предок паралогов был в основном активен на мальтозоподобных субстратах с лишь следовой активностью для изомальтозоподобных сахаров, несмотря на то, что он привел к линии изомальтозоглюкозидаз и линии, которая далее расщеплялась на мальтозоглюкозидазы и изомальтозу глюкозидазы. В противоположность этому, предок до последнего разделения имел более выраженную изомальтозоподобную активность глюкозидазы. [4]

Изначальный метаболизм [ править ]

Рой Дженсен в 1976 году предположил, что первичные ферменты должны быть очень беспорядочными, чтобы метаболические сети собирались лоскутным способом (отсюда и его название, лоскутная модель ). Эта изначальная каталитическая универсальность позже была утрачена в пользу высококаталитических специализированных ортологичных ферментов. [14] Как следствие, многие центральные метаболические ферменты имеют структурные гомологи, которые расходились до появления последнего универсального общего предка . [15]

Распространение [ править ]

Беспорядочные половые связи - это не только изначальная черта, но и очень распространенное свойство в современных геномах. Был проведен ряд экспериментов для оценки распределения активности беспорядочных ферментов в E. coli . В E. coli 21 из 104 протестированных единичных генов (из коллекции Keio [16] ) можно было устранить за счет сверхэкспрессии непонятного белка E. coli (с использованием объединенного набора плазмид из коллекции ASKA [17].). Механизмы, с помощью которых нераспознаваемая ORF может спасти нокаут, можно сгруппировать в восемь категорий: избыточная экспрессия изоферментов (гомологи), неоднозначность субстрата, транспортная неоднозначность (очистка), каталитическая неразборчивость, поддержание метаболического потока (включая сверхэкспрессию большого компонента синтазы в отсутствие субъединицы аминотрансферазы), обход пути, регуляторные эффекты и неизвестные механизмы. [5] Точно так же сверхэкспрессия коллекции ORF позволила E. coli на порядок повысить устойчивость в 86 из 237 токсичных сред. [18]

Гомология [ править ]

Известно, что гомологи иногда проявляют неразборчивость в отношении основных реакций друг друга. [19] Эта перекрестная неразборчивость наиболее изучена с представителями суперсемейства щелочных фосфатаз , которые катализируют гидролитическую реакцию по сульфатной, фосфонатной, монофосфатной, дифосфатной или трифосфатной сложноэфирной связи нескольких соединений. [20] Несмотря на расхождение, гомологи имеют разную степень взаимной неразборчивости: различия в неразборчивости связаны с задействованными механизмами, особенно с требуемым промежуточным звеном. [20]

Степень распущенности [ править ]

Ферменты, как правило, находятся в состоянии, которое является не только компромиссом между стабильностью и каталитической эффективностью, но также и в отношении специфичности и эволюционируемости, причем последние два фактора определяют, является ли фермент универсальным (высокоразвитым из-за большой неразборчивости, но низкой основной активностью) или специалист (высокая основная активность, плохо развивающаяся из-за низкой распущенности). [21] Примерами являются ферменты для первичного и вторичного метаболизма в растениях (§ Вторичный метаболизм растений ниже ). Могут играть роль и другие факторы, например, глицерофосфодиэстераза ( gpdQ ) из Enterobacter aerogenes показывает разные значения своей беспорядочной активности в зависимости от двух ионов металлов, которые она связывает, что продиктовано доступностью ионов.[22] В некоторых случаях беспорядочные половые связи могут быть увеличены путем ослабления специфичности активного сайта путем увеличения его с помощью одной мутации, как это было в случае мутанта D297Gэпимеразы L-Ala-D / L-Glu E. coli ( ycjG ) и E323G мутант лактонизирующего фермента II псевдомонад муконата, что позволяет им беспорядочно катализировать активность О-сукцинилбензоатсинтазы ( menC ). [23] И наоборот, беспорядочные половые связи могут быть уменьшены, как это было в случае с гамма-гумуленсинтазой (сесквитерпенсинтаза) из Abies grandis, которая, как известно, производит 52 различных сесквитерпена из фарнезилдифосфата после нескольких мутаций. [24]

Исследования ферментов с широкой специфичностью - не беспорядочных, но концептуально близких - таких как трипсин и химотрипсин млекопитающих, а также бифункциональная изопропилмалат-изомераза / гомоаконитаза из Pyrococcus horikoshii показали, что подвижность петли активного центра в значительной степени способствует каталитической эластичности фермента. [25] [26]

Токсичность [ править ]

Беспорядочная активность - это ненативная активность, для которой фермент не эволюционировал, но возникает из-за аккомодационной конформации активного сайта. Однако основная активность фермента является результатом не только отбора в сторону высокой каталитической скорости по отношению к конкретному субстрату для получения конкретного продукта, но также и предотвращения образования токсичных или ненужных продуктов. [2] Например, если тРНК синтезирует загрузку неправильной аминокислоты на тРНК, полученный пептид будет иметь неожиданно измененные свойства, следовательно, для повышения точности присутствуют несколько дополнительных доменов. [27] Подобно реакции синтеза тРНК, первая субъединица тирокидинсинтетазы ( tyrA ) из Bacillus brevisаденилирует молекулу фенилаланина, чтобы использовать аденильный фрагмент в качестве рычага для получения тироцидина , циклического не рибосомального пептида . Когда была исследована специфичность фермента, было обнаружено, что он обладает высокой селективностью в отношении природных аминокислот, которые не являются фенилаланином, но гораздо более толерантны к неестественным аминокислотам. [28] В частности, большинство аминокислот не катализировались, тогда как следующей наиболее катализированной нативной аминокислотой был тирозин по структуре, но в тысячную часть от фенилаланина, тогда как несколько неприродных аминокислот катализировались лучше, чем тирозин, а именно D-фенилаланин. , β-циклогексил-L-аланин, 4-амино-L-фенилаланин и L-норлейцин. [28]

Одним из специфических случаев выбранной вторичной активности являются полимеразы и эндонуклеазы рестрикции, где неправильная активность фактически является результатом компромисса между точностью и эволюционируемостью. Например, для рестрикционных эндонуклеаз неправильная активность ( звездчатая активность ) часто смертельна для организма, но небольшое количество позволяет развиваться новым функциям против новых патогенов. [29]

Вторичный метаболизм растений [ править ]

Антоцианы (на фото дельфинидин ) наделяют растения, особенно их цветы, разнообразной окраской, чтобы привлечь опылителей, и являются типичным примером вторичного метаболита растений.

Растения производят большое количество вторичных метаболитов благодаря ферментам, которые, в отличие от тех, которые участвуют в первичном метаболизме, менее каталитически эффективны, но обладают большей механической эластичностью (типы реакций) и более широкой специфичностью. Порог либерального дрейфа (вызванный низким давлением отбора из-за небольшого размера популяции) позволяет приросту физической формы, обеспечиваемому одним из продуктов, поддерживать другие виды деятельности, даже если они могут быть физиологически бесполезными. [30]

Биокатализ [ править ]

Основная статья: биокатализ

В биокатализе ищут множество реакций, которые отсутствуют в природе. Для этого ферменты с небольшой беспорядочной активностью по отношению к требуемой реакции идентифицируются и развиваются посредством направленной эволюции или рационального дизайна . [31]

Примером широко развивающегося фермента является ω-трансаминаза, которая может заменять кетон хиральным амином [32], и, следовательно, библиотеки различных гомологов коммерчески доступны для быстрого биодобычи ( например, Codexis [33] ).

Другой пример - возможность использования беспорядочной активности цистеинсинтазы ( cysM ) по отношению к нуклеофилам для получения непротеиногенных аминокислот . [34]

Сходство реакции [ править ]

Сходство между ферментативными реакциями ( ЕС ) можно рассчитать, используя изменения связей, реакционные центры или показатели субструктуры ( EC-BLAST ). [35]

Наркотики и распущенность [ править ]

В то время как беспорядочные половые связи в основном изучаются с точки зрения стандартной кинетики ферментов, связывание лекарств и последующая реакция представляют собой беспорядочную активность, поскольку фермент катализирует реакцию инактивации по отношению к новому субстрату, который он не эволюционировал, чтобы катализировать. [6] Это могло быть из-за демонстрации того, что в белках существует лишь небольшое количество различных карманов связывания лиганда.

С другой стороны, метаболизм ксенобиотиков у млекопитающих был разработан так, чтобы обладать широкой специфичностью для окисления, связывания и удаления чужеродных липофильных соединений, которые могут быть токсичными, таких как алкалоиды растений, поэтому их способность детоксифицировать антропогенные ксенобиотики является продолжением этого. [36]

См. Также [ править ]

  • Эволюция путем дупликации генов
  • Кинетика Михаэлиса – Ментен
  • Молекулярная распущенность
  • Белок подрабатывает
  • Сусуму Оно

Сноски [ править ]

  1. ^ Большинство авторов называют беспорядочной деятельностью неразвивающиеся виды деятельности, а не второстепенные виды деятельности, которые были развиты. [2] Следовательно, глутатион-S-трансферазы (GST) и монооксигеназы цитохрома P450 (CYP) называют мультиспецифическими ферментамиилиферментами с широкой специфичностью . [2] Способность катализировать различные реакции часто называют каталитической неразборчивостью или неразборчивостью реакций , тогда как способность воздействовать на разные субстраты называется неразборчивостью субстратов или неоднозначностью субстратов . Термин скрытыйимеет разное значение в зависимости от автора, а именно, относится либо к беспорядочной деятельности, которая возникает при мутации одного или двух остатков, либо просто как синоним неразборчивости, чтобы избежать последнего термина.Promiscuity здесь означает muddledom , а не разврат -The последний недавно приобрел смысл слова. [37]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Шринивасан, Бхарат; Маркс, Ханна; Митра, Среёши; Смолли, Дэвид М .; Сколник, Джеффри (2016-07-12). «Каталитическая и субстратная неразборчивость: различные многочисленные химические процессы, катализируемые фосфатазным доменом рецепторного протеина тирозинфосфатазы» . Биохимический журнал . 473 (14): 2165–2177. DOI : 10.1042 / bcj20160289 . ISSN  0264-6021 . PMC  5049700 . PMID  27208174 .
  2. ^ а б в г Херсонский О., Тауфик Д.С. (2010). «Ферментная неразборчивость: механистическая и эволюционная перспектива». Ежегодный обзор биохимии . 79 : 471–505. DOI : 10.1146 / annurev-biochem-030409-143718 . PMID 20235827 . 
  3. ^ Скотт C, Джексон CJ, Коппин CW, Mourant RG, Hilton ME, Sutherland TD, Russell RJ, Oakeshott JG (апрель 2009 г.). «Каталитическое улучшение и развитие атразинхлоргидролазы» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (7): 2184–91. DOI : 10,1128 / AEM.02634-08 . PMC 2663207 . PMID 19201959 .  
  4. ^ a b Voordeckers K, Brown CA, Vanneste K, van der Zande E, Voet A, Maere S, Verstrepen KJ (2012). Торнтон JW (ред.). «Реконструкция предковых метаболических ферментов раскрывает молекулярные механизмы, лежащие в основе эволюционных инноваций посредством дупликации генов» . PLOS Биология . 10 (12): e1001446. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1001446 . PMC 3519909 . PMID 23239941 .  
  5. ^ a b Патрик WM, Квандт Э.М., Swartzlander DB, Matsumura I (декабрь 2007 г.). «Подавление множественных копий лежит в основе метаболической эволюции» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (12): 2716–22. DOI : 10.1093 / molbev / msm204 . PMC 2678898 . PMID 17884825 .  
  6. ^ a b c Aharoni A, Гайдуков L, Херсонский O, McQ Gould S, Roodveldt C, Tawfik DS (январь 2005 г.). «Эволюционируемость» беспорядочных функций белков ». Генетика природы . 37 (1): 73–6. DOI : 10.1038 / ng1482 . PMID 15568024 . S2CID 8245673 .  
  7. ^ Tokuriki N, Джексон CJ, Afriat-Jurnou L, Wyganowski KT, Tang R, Тауфик DS (2012). «Уменьшение прибыли и компромиссы ограничивают лабораторную оптимизацию фермента» . Nature Communications . 3 : 1257. Bibcode : 2012NatCo ... 3.1257T . DOI : 10.1038 / ncomms2246 . PMID 23212386 . 
  8. ^ Полинг, Л. и Э. Цукеркандл, Химические исследования молекулярного восстановления палеогенетики вымерших форм жизни. Acta Chemica Scandinavica, 1963. 17: p. 9- и.
  9. Перейти ↑ Williams PD, Pollock DD, Blackburne BP, Goldstein RA (июнь 2006 г.). «Оценка точности методов реконструкции предковых белков» . PLOS Вычислительная биология . 2 (6): e69. Bibcode : 2006PLSCB ... 2 ... 69W . DOI : 10.1371 / journal.pcbi.0020069 . PMC 1480538 . PMID 16789817 .  
  10. ^ Штеммер WP, Crameri A, Ha KD, Бреннан TM, Heyneker HL (октябрь 1995). «Одностадийная сборка гена и всей плазмиды из большого количества олигодезоксирибонуклеотидов». Джин . 164 (1): 49–53. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (95) 00511-4 . PMID 7590320 . 
  11. ^ a b Воутерс М.А., Лю К., Рик П., Хусейн А. (август 2003 г.). «Шаг деспециализации, лежащий в основе эволюции семейства сериновых протеаз» . Молекулярная клетка . 12 (2): 343–54. DOI : 10.1016 / s1097-2765 (03) 00308-3 . PMID 14536074 . 
  12. ↑ Thornton JW (май 2004 г.). «Воскрешая древние гены: экспериментальный анализ вымерших молекул» (PDF) . Природа Обзоры Генетики . 5 (5): 366–75. DOI : 10.1038 / nrg1324 . PMID 15143319 . S2CID 205482979 . Архивировано (PDF) из оригинала 27 марта 2012 года.   
  13. ↑ Thornton JW, Need E, Crews D (сентябрь 2003 г.). «Возрождение предкового стероидного рецептора: древнее происхождение передачи сигналов эстрогена». Наука . 301 (5640): 1714–7. Bibcode : 2003Sci ... 301.1714T . DOI : 10.1126 / science.1086185 . PMID 14500980 . S2CID 37628350 .  
  14. Перейти ↑ Jensen RA (1976). «Набор ферментов в эволюции новой функции». Ежегодный обзор микробиологии . 30 : 409–25. DOI : 10.1146 / annurev.mi.30.100176.002205 . PMID 791073 . 
  15. ^ Фонди М, Брилли М, Эмилиани G, D Paffetti, Фани R (2007). «Первобытный метаболизм: древняя взаимосвязь между лейцином, аргинином и биосинтезом лизина» . BMC Evolutionary Biology . 7 Приложение 2: S3. DOI : 10.1186 / 1471-2148-7-S2-S3 . PMC 1963480 . PMID 17767731 .  
  16. ^ Баба Т, Ара Т, Хасегава М, Такай Й, Окумура Й, Баба М, Даценко К.А., Томита М, Ваннер Б.Л., Мори Х (2006). «Конструирование Escherichia coli K-12 в рамке считывания, нокаут-мутантов по одному гену: коллекция Keio» . Молекулярная системная биология . 2 : 2006.0008. DOI : 10.1038 / msb4100050 . PMC 1681482 . PMID 16738554 .  
  17. ^ Китагава М, Т Ара, Arifuzzaman М, Ioka-Nakamichi Т, Инамото Е, Toyonaga Н, Н Мори (2006). «Полный набор клонов ORF библиотеки ASKA Escherichia coli (полный набор архива ORF E. coli K-12): уникальные ресурсы для биологических исследований» . Исследования ДНК . 12 (5): 291–9. DOI : 10,1093 / dnares / dsi012 . PMID 16769691 . 
  18. ^ Soo VW, Hanson-Manful P, Patrick WM (январь 2011). «Искусственная амплификация гена выявляет множество детерминант беспорядочной устойчивости у Escherichia coli» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (4): 1484–9. Bibcode : 2011PNAS..108.1484S . DOI : 10.1073 / pnas.1012108108 . PMC 3029738 . PMID 21173244 .  
  19. ^ О'Брайен PJ, Herschlag D (май 2001). «Функциональные взаимосвязи в суперсемействе щелочной фосфатазы: фосфодиэстеразная активность щелочной фосфатазы Escherichia coli». Биохимия . 40 (19): 5691–9. CiteSeerX 10.1.1.322.8876 . DOI : 10.1021 / bi0028892 . PMID 11341834 .  
  20. ^ а б Чжао С., Кумада Ю., Иманака Х., Имамура К., Наканиши К. (июнь 2006 г.). «Клонирование, сверхэкспрессия, очистка и характеристика O-ацетилсеринсульфгидрилазы-B из Escherichia coli». Экспрессия и очистка белков . 47 (2): 607–13. DOI : 10.1016 / j.pep.2006.01.002 . PMID 16546401 . 
  21. ^ Tokuriki N, Тауфик DS (октябрь 2009). «Эффекты стабильности мутаций и эволюционируемости белков». Текущее мнение в структурной биологии . 19 (5): 596–604. DOI : 10.1016 / j.sbi.2009.08.003 . PMID 19765975 . 
  22. ^ Дауманн LJ, Маккарти BY, Хадлер KS, Мюррей TP, Gahan LR, Ларраби JA, Оллис DL, Шенк G (январь 2013). «Беспорядочные связи имеют свою цену: каталитическая универсальность по сравнению с эффективностью в различных производных ионов металлов потенциального биоремедиатора GpdQ». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1834 (1): 425–32. DOI : 10.1016 / j.bbapap.2012.02.004 . PMID 22366468 . 
  23. ^ Schmidt DM, Mundorff EC, Dojka M, Bermudez E, Ness JE, Govindarajan S, Babbitt PC, Minshull J, Gerlt JA (июль 2003 г.). «Эволюционный потенциал (бета / альфа) 8-баррелей: функциональная неразборчивость, вызванная одиночными заменами в суперсемействе енолаз». Биохимия . 42 (28): 8387–93. DOI : 10.1021 / bi034769a . PMID 12859183 . 
  24. ^ Yoshikuni Y, Ferrin TE, Кислинг JD (апрель 2006). «Разработанная дивергентная эволюция функции фермента». Природа . 440 (7087): 1078–82. Bibcode : 2006Natur.440.1078Y . DOI : 10,1038 / природа04607 . PMID 16495946 . S2CID 4394693 .  
  25. Перейти ↑ Ma W, Tang C, Lai L (август 2005). «Специфичность трипсина и химотрипсина: динамическая корреляция, управляемая петлей и движением, как определяющий фактор» . Биофизический журнал . 89 (2): 1183–93. arXiv : q-bio / 0505037 . Bibcode : 2005BpJ .... 89.1183M . DOI : 10.1529 / biophysj.104.057158 . PMC 1366603 . PMID 15923233 .  
  26. ^ Ясутаки Y, Яо М, Н Сакаи, Kiriţă Т, Танака I (ноябрь 2004 г.). «Кристаллическая структура малой субъединицы изопропилмалат-изомеразы Pyrococcus horikoshii дает представление о двойной субстратной специфичности фермента». Журнал молекулярной биологии . 344 (2): 325–33. DOI : 10.1016 / j.jmb.2004.09.035 . PMID 15522288 . 
  27. ^ Перона JJ, Hadd A (ноябрь 2012). «Структурное разнообразие и белковая инженерия аминоацил-тРНК синтетаз». Биохимия . 51 (44): 8705–29. DOI : 10.1021 / bi301180x . PMID 23075299 . 
  28. ^ a b Villiers BR, Hollfelder F (март 2009 г.). «Картирование пределов субстратной специфичности домена аденилирования TycA». ChemBioChem . 10 (4): 671–82. DOI : 10.1002 / cbic.200800553 . PMID 19189362 . S2CID 21536526 .  
  29. ^ ВАСУ K, Nagamalleswari E, Nagaraja V (май 2012). «Беспорядочное ограничение - это стратегия клеточной защиты, которая дает бактериям преимущество в фитнесе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (20): E1287–93. Bibcode : 2012PNAS..109E1287V . DOI : 10.1073 / pnas.1119226109 . PMC 3356625 . PMID 22509013 .  
  30. ^ Вэн JK, Филипп Р.Н., Noel JP (июнь 2012). «Рост химического разнообразия растений». Наука . 336 (6089): 1667–70. Bibcode : 2012Sci ... 336.1667W . DOI : 10.1126 / science.1217411 . PMID 22745420 . S2CID 206539148 .  
  31. ^ Bornscheuer UT, Huisman GW, Kazlauskas RJ, Lutz S, Мур JC, Robins K (май 2012). «Инжиниринг третьей волны биокатализа». Природа . 485 (7397): 185–94. Bibcode : 2012Natur.485..185B . DOI : 10.1038 / nature11117 . PMID 22575958 . S2CID 4379415 .  
  32. ^ Shin JS, Ким BG (август 2001). «Сравнение омега-трансаминаз из разных микроорганизмов и применение для производства хиральных аминов» . Биологические науки, биотехнология и биохимия . 65 (8): 1782–8. DOI : 10.1271 / bbb.65.1782 . PMID 11577718 . 
  33. ^ http://www.codexis.com/pdf/Codexis_EnzymePlatforms.pdf [ постоянная мертвая ссылка ]
  34. ^ Майер TH (апрель 2003 г.). «Полусинтетическое производство неприродных L-альфа-аминокислот путем метаболической инженерии пути биосинтеза цистеина». Природа Биотехнологии . 21 (4): 422–7. DOI : 10.1038 / nbt807 . PMID 12640465 . S2CID 22280900 .  
  35. ↑ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (февраль 2014 г.). «EC-BLAST: инструмент для автоматического поиска и сравнения ферментативных реакций» . Природные методы . 11 (2): 171–4. DOI : 10.1038 / nmeth.2803 . PMC 4122987 . PMID 24412978 .  
  36. ^ Jakoby WB, Зиглер DM (декабрь 1990). «Ферменты детоксикации» . Журнал биологической химии . 265 (34): 20715–8. DOI : 10.1016 / S0021-9258 (17) 45272-0 . PMID 2249981 . 
  37. ^ "распущенность" . Оксфордский словарь английского языка (Интернет-изд.). Издательство Оксфордского университета. (Требуется подписка или членство в учреждении-участнике .)