Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Экзонуклеаза III
ExonucleaseIIIfromEColi.png
Кристаллическая структура экзонуклеазы III из E. coli . [1] [2]
Идентификаторы
ОрганизмШтамм E. coli K-12 / MG1655
Условное обозначениеxthA
Альт. символыExoIII
Entrez946254
RefSeq (Prot)NP_416263
UniProtP09030
Прочие данные
Номер ЕС3.1.11.2
Хромосомагеном: 1.83 - 1.83 Мб
Искать
СтруктурыШвейцарская модель
ДоменыИнтерПро

Экзонуклеаза III (ExoIII) - это фермент , принадлежащий к семейству экзонуклеаз . ExoIII катализирует ступенчатое удаление мононуклеотидов с 3'-гидроксильных концов двухцепочечной ДНК . [1] Ограниченное количество нуклеотидов удаляется во время каждого события связывания, что приводит к скоординированным прогрессирующим делециям в популяции молекул ДНК . [2]

Функция [ править ]

Предпочтительными субстратами являются тупые или утопленные 3'-концы, хотя ExoIII также действует в разрывах в дуплексной ДНК, создавая одноцепочечные разрывы. Фермент не активен в отношении одноцепочечной ДНК, и поэтому выступающие 3'-концы устойчивы к расщеплению. Степень сопротивления зависит от длины удлинения, при этом удлинения, составляющие 4 основания или более, по существу устойчивы к расщеплению. Это свойство используется для получения однонаправленных делеций линейной молекулы с одним устойчивым (3´-выступ) и одним чувствительным (тупым или 5´-выступающим) концом. [3]

Активность ExoIII частично зависит от спиральной структуры ДНК [4] и проявляет зависимость от последовательности (C> A = T> G). [5]

Сообщалось также, что ExoIII обладает активностью РНКазы H, 3´-фосфатазы и AP-эндонуклеазы. [1]

Текущие исследования [ править ]

Существует много различных экзонуклеаз, и многие из них еще предстоит обнаружить в бактериях, в настоящее время проводятся исследования на E. coli . Многие экзонуклеазы попадают в суперсемейства с разными доменами жизни, что доказывает, что экзонуклеаза III является древней. Экзонуклеазы возникли на раннем этапе истории жизни и играют жизненно важную биологическую роль. [6]

Регламент [ править ]

Температура , концентрация соли и соотношение фермента к ДНК сильно влияют на активность фермента, что требует адаптации условий реакции для конкретных применений.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c PDB : 1ako ; Мол CD, Куо С.Ф., Тайер М.М., Каннингем Р.П., Тайнер Дж.А. (март 1995 г.). «Структура и функция многофункционального фермента репарации ДНК экзонуклеазы III». Природа . 374 (6520): 381–6. Bibcode : 1995Natur.374..381M . DOI : 10.1038 / 374381a0 . PMID  7885481 .
  2. ^ a b Изображение визуализировано в MacPyMOL © 2006 DeLano Scientific
  3. Перейти ↑ Rogers SG, Weiss B (1980). «Экзонуклеаза III Escherichia coli K-12, эндонуклеаза AP» . Методы в энзимологии. 65 (1): 201–11 . DOI : 10.1016 / S0076-6879 (80) 65028-9 . ISBN 978-0-12-181965-1. PMID  6246343 . Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  4. ^ Маниатис T, Sambrook J, Fritsch EF (1989). Молекулярное клонирование: лабораторное руководство (2-е изд.). Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. С.  5.84–5 . ISBN 978-0-87969-309-1.
  5. ^ Henikoff S (июнь 1984). «Однонаправленное расщепление экзонуклеазой III создает целевые точки останова для секвенирования ДНК». Джин . 28 (3): 351–9. DOI : 10.1016 / 0378-1119 (84) 90153-7 . PMID 6235151 . 
  6. ^ Lovett ST (декабрь 2011 г.). «Экзонуклеазы ДНК Escherichia coli» . EcoSal Plus . 4 (2). DOI : 10.1128 / ecosalplus.4.4.7 . PMC 4238392 . PMID 26442508 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Ричардсон С.К., Леман И.Р., Корнберг А. (январь 1964 г.). «Фосфатаза-экзонуклеаза дезоксирибонуклеиновой кислоты из Escherichia coli . II. Характеристика активности экзонуклеазы» (PDF) . Журнал биологической химии . 239 (1): 251–8. PMID  14114851 .
  • Linxweiler W., Hörz W. (август 1982 г.). «Последовательность специфичности экзонуклеазы III из E. coli» . Исследования нуклеиновых кислот . 10 (16): 4845–59. DOI : 10.1093 / NAR / 10.16.4845 . PMC  320823 . PMID  6752885 .