Expasy - это онлайн- ресурс по биоинформатике, управляемый Швейцарским институтом биоинформатики SIB . Это расширяемый и интегрируемый портал, который обеспечивает доступ к более чем 160 базам данных и программным инструментам и поддерживает ряд областей науки о жизни и клинических исследований, от геномики , протеомики и структурной биологии до эволюции и филогении , системной биологии и медицинской химии.. Отдельные ресурсы (базы данных, сетевые и загружаемые программные инструменты) децентрализованно размещаются в различных группах Швейцарского института биоинформатики SIB и партнерских организаций.
Поисковая система [ править ]
Запросы Expasy позволяют:
- параллельный поиск в базах данных SIB за один поиск
- агрегированные результаты поиска по полному набору из> 160 ресурсов, доступных на портале. [1]
Expasy предоставляет самую свежую информацию о самом последнем выпуске каждого ресурса.
Термины, используемые в Expasy, основаны на всеобъемлющей онтологии EDAM . [2]
История [ править ]
Expasy был создан в августе 1993 г. Первоначально он был назван ExPASy ( Ex задорно P rotein НАЛИЗ Sy стебель) и выступал в качестве протеомики сервера для анализа белковых последовательностей и структур и двумерный гель - электрофорез (2-D Перевод электрофорез). [3] Среди прочего, на ExPASy размещалась база знаний о последовательности белков, UniProtKB / Swiss-Prot , и ее компьютерное приложение с аннотациями, UniProtKB / TrEMBL, до того, как они были перемещены на веб-сайт UniProt . [ необходима цитата ]
ExPASy был одним из первых веб-сайтов, посвященных наукам о жизни, и одним из первых 150 веб-сайтов в мире. По состоянию на 5 апреля 2007 [Обновить]г. с ExPASy обращались 1 миллиард раз с момента его установки 1 августа 1993 г. [4]
В июне 2011 года он стал порталом ресурсов SIB ExPASy Bioformatics: разнообразный каталог ресурсов по биоинформатике, разработанный SIB Group. [5] Текущая версия Expasy была выпущена в октябре 2020 года. [6]
Примечания и ссылки [ править ]
- ^ "Ресурсы SIB" . sib.swiss . Проверено 27 октября 2020 года .
- ^ Ison J, Kalas M, Jonassen I, Bolser D, Uludag M, McWilliam H и др. (Май 2013). «EDAM: онтология операций биоинформатики, типы данных и идентификаторы, темы и форматы» . Биоинформатика . 29 (10): 1325–32. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btt113 . PMC 3654706 . PMID 23479348 .
- ^ Gasteiger E, Gattiker A, C Hoogland, Ivanyi я, Аппель RD, Bairoch A (июль 2003). «ExPASy: протеомный сервер для глубокого изучения и анализа белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3784–8. DOI : 10.1093 / NAR / gkg563 . PMC 168970 . PMID 12824418 .
- ^ ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике
- ^ Artimo Р, Jonnalagedda М, Арнольд К, Д Baratin, Csardi G, Е - де - Кастро, и др. (Июль 2012 г.). "ExPASy: портал ресурсов SIB по биоинформатике" . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск веб-сервера): W597-603. DOI : 10.1093 / NAR / gks400 . PMC 3394269 . PMID 22661580 .
- ^ «Откройте для себя новый Expasy.org, Швейцарский портал ресурсов по биоинформатике» . sib.swiss . Проверено 26 октября 2020 года .
Внешние ссылки [ править ]
- Официальный веб-сайт