Изменение сгиба - это мера, описывающая, насколько изменяется количество между исходным и последующим измерением. Он определяется как соотношение между двумя величинами; для величин A и B кратность замены B относительно A равна B / A. Другими словами, изменение от 30 до 60 определяется как изменение в 2 раза. Это также называется «однократным увеличением». Аналогичным образом изменение с 30 до 15 называется «0,5-кратным уменьшением». Изменение кратности часто используется при анализе нескольких измерений биологической системы, сделанных в разное время, поскольку изменение, описываемое соотношением между точками времени, легче интерпретировать, чем разницу .
Fold изменения называется так потому , что является общим для описания увеличения кратных X как « X - кратное увеличение». Таким образом, несколько словарей, включая Oxford English Dictionary [1] и Merriam-Webster Dictionary [2], а также Математический словарь Коллинза, определяют «-fold» как «раз», как в «2-fold» = «2 раза» = «двойной». Вероятно, из-за этого определения многие ученые используют не только «кратность», но также «кратное изменение», чтобы быть синонимом «раз», например, «в 3 раза больше» = «в 3 раза больше». [3] [4] [5]
Изменение кратности часто используется при анализе данных экспрессии генов из экспериментов с микрочипами и RNA-Seq для измерения изменения уровня экспрессии гена. [6] Недостатком и серьезным риском использования кратного изменения в этом параметре является то, что оно смещено [7] и может неправильно классифицировать дифференциально экспрессируемые гены с большими различиями ( B - A ), но небольшими отношениями ( B / A ), что приводит к плохой идентификации. изменений на высоких уровнях экспрессии. Кроме того, когда знаменатель близок к нулю, отношение нестабильно, и на значение кратного изменения может непропорционально влиять шум измерения.
Альтернативное определение
Существует альтернативное определение кратности изменения, [ цитата необходима ], хотя обычно оно вышло из употребления. Здесь кратное изменение определяется как отношение разницы между конечным значением и начальным значением, деленное на начальное значение. Для величин A и B кратное изменение задается как ( B - A ) / A или, что эквивалентно, B / A - 1. Эта формула имеет привлекательные свойства, такие как отсутствие изменений, равных нулю, 100% увеличение равно 1. , а уменьшение на 100% равно −1. Однако словесная ссылка на удвоение как на однократное изменение и утроение как на двукратное изменение противоречит интуиции, и поэтому эта формулировка используется редко.
Эта формулировка иногда называется относительным изменением и обозначается как дробная разница в программном пакете Prism. [8]
Свернуть изменения в геномике и биоинформатике
В области геномики (и в более общем плане в биоинформатике ) современное использование заключается в определении кратного изменения в терминах соотношений, а не альтернативного определения. [9] [10]
Однако логарифмические отношения часто используются для анализа и визуализации кратных изменений. Чаще всего используется логарифм с основанием 2 [9] [10], поскольку его легко интерпретировать, например, удвоение исходного масштабирования равно логарифмическому 2- кратному изменению 1, учетверение равно логарифмическому 2- кратному изменению. изменение 2 и так далее. С другой стороны , эта мера является симметричным , когда изменение уменьшается на эквивалентное количество , например , уменьшение в два раза будет равен лог 2 - кратным изменением -1, A Расквартирование равен лог 2 - кратным изменением -2 и так далее. Это приводит к более эстетичным графикам, поскольку экспоненциальные изменения отображаются как линейные, и поэтому динамический диапазон увеличивается. Например, на оси графика, показывающей логарифмические 2- кратные изменения, будет отображаться 8-кратное увеличение при значении оси 3 (поскольку 2 3 = 8). Тем не менее, нет никаких оснований математических только использовать логарифм по основанию 2, и из - за многие расхождения в описании журнала 2 кратных изменений в гене / белке экспрессии , новый термин « loget был предложены». [11]
Смотрите также
Заметки
- ^ "Free OED - Oxford English Dictionary" .
- ^ «Определение ДВОЙНОЙ» .
- ^ Cieńska, M .; Labus, K .; Lewańczuk, M .; Koźlecki, T .; Liesiene, J .; Брыжак, Дж. (2016). «Эффективное гидроксилирование L-тирозина нативной и иммобилизованной тирозиназой» . PLOS One . 11 : e0164213. DOI : 10.1371 / journal.pone.0164213 . PMC 5053437 . PMID 27711193 .
- ^ Каннингем, М.В. Младший; Уильямс, JM; Amaral, L .; Usry, N .; Wallukat, G .; Dechend, R .; Ламарка, Б. (2016). «Агонистические аутоантитела к рецептору ангиотензина II типа 1 повышают чувствительность сосудов почек, индуцированную ангиотензином II, и снижают почечную функцию во время беременности» . Гипертония . 68 : 1308–1313. DOI : 10.1161 / HYPERTENSIONAHA.116.07971 . PMC 5142826 . PMID 27698062 .
- ^ Li, B .; Ли, ГГ; Wu, HM; Чжан, Ф.Ф .; Ли, CJ; Ли, XX; Lambers, H .; Ли, Л. (2015). «Корневые экссудаты стимулируют межвидовое облегчение за счет усиления клубеньков и фиксации N 2 » . PNAS . 113 (23): 6496–6501. DOI : 10.1073 / pnas.1523580113 . PMC 4988560 . PMID 27217575 .
- ^ Тушер, Вирджиния Госс; Тибширани, Роберт; Чу, Гилберт (2001). «Анализ значимости микрочипов применительно к отклику на ионизирующее излучение» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (18): 5116–5121. DOI : 10.1073 / pnas.091062498 . PMC 33173 . PMID 11309499 .
- ^ Мариани, Т.Дж.; Budhraja V .; Mecham BH; Gu CC; Watson MA; Садовский Ю. (2003). «Переменный порог изменения кратности определяет значимость экспрессионных микроматриц». FASEB J . 17 (2): 321–323. DOI : 10,1096 / fj.02-0351fje . PMID 12475896 .
- ^ «Призма» . www.graphpad.com . Проверено 7 июня 2018 .
- ^ а б Робинсон, доктор медицины; Смит, GK (2008). «Оценка отрицательной биномиальной дисперсии по малой выборке с приложениями к данным SAGE» . Биостатистика . 9 (2): 321–332. DOI : 10.1093 / биостатистику / kxm030 . PMID 17728317 .
- ^ а б Люби меня; Huber, W .; Андерс, С. (2014). «Умеренная оценка кратного изменения и дисперсии данных РНК-seq с помощью DESeq2» . Геномная биология . 15 : 550. DOI : 10.1186 / s13059-014-0550-8 . PMC 4302049 . PMID 25516281 .
- ^ Паолевска, Алисия (2017). « ' Loget' - единообразная единица дифференциального выражения для замены 'logFC' и 'log2FC ' » . Имеет значение . DOI : 10,19185 / matters.201706000011 . ISSN 2297-8240 .
Внешние ссылки
- Сравнение кратности изменения и t-статистики для анализа данных микрочипа