Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из мутаций Frameshift )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Различные типы индел-мутации. Панель C - это просто делеция, а не мутация сдвига рамки.

Мутации рамки считывания (также называется ошибкой кадрирования или рамки считывания сдвиг ) представляют собой генетические мутации , вызванные инсерции ( вставки или делеции ) ряда нуклеотидов в последовательности ДНК , которая не делится на три. Из-за триплетного характера экспрессии генов по кодонам вставка или удаление может изменить рамку считывания (группировку кодонов), что приведет к полностью отличной трансляции от оригинала. Чем раньше в последовательности происходит делеция или вставка, тем больше изменяется белок. [1]Мутация сдвига рамки считывания - это не то же самое, что однонуклеотидный полиморфизм, при котором нуклеотид заменяется, а не вставляется или удаляется. Рамки считывания Мутации в общем деле чтения кодонов после мутации в коду для различных аминокислот. Мутация сдвига рамки также изменит первый стоп-кодон («UAA», «UGA» или «UAG»), встречающийся в последовательности. Создаваемый полипептид может быть аномально коротким или аномально длинным и, скорее всего, не будет функционировать. [2]

Мутации сдвига рамки очевидны при тяжелых генетических заболеваниях, таких как болезнь Тея – Сакса ; они повышают восприимчивость к определенным видам рака и классам семейной гиперхолестеринемии ; в 1997 г. [3] мутация сдвига рамки считывания была связана с устойчивостью к инфекции ретровирусом ВИЧ. Мутации сдвиг рамки были предложены в качестве источника биологической новизны, так как с предполагаемым созданием nylonase , однако, эта интерпретация является спорной. Исследование Негоро и др. (2006) [4] показало, что мутация сдвига рамки считывания вряд ли была причиной, и что скорее всего произошла замена двух аминокислот в активном сайте предковой эстеразы. привело к нейлоназе.

Фон [ править ]

Информация, содержащаяся в ДНК, определяет функцию белков в клетках всех организмов. Транскрипция и трансляция позволяют передавать эту информацию для создания белков. Однако ошибка при чтении этого сообщения может привести к неправильной функции белка и в конечном итоге вызвать заболевание, даже если клетка включает в себя различные корректирующие меры.

Центральная догма модель

Центральная догма [ править ]

Основная статья: Центральная догма молекулярной биологии

В 1956 году Фрэнсис Крик описал поток генетической информации от ДНК к определенной аминокислотной структуре для создания белка как центральную догму. [1] Чтобы клетка могла нормально функционировать, белки должны продуцироваться точно для структурной и каталитической активности. Неправильно произведенный белок может иметь пагубные последствия для жизнеспособности клеток и в большинстве случаев вызывать нездоровье высшего организма из- за аномальных клеточных функций. Чтобы гарантировать, что геном успешно передает информацию, механизмы проверки , такие как экзонуклеазы иСистемы репарации несоответствия включены в репликацию ДНК . [1]

Транскрипция и перевод [ править ]

Основные статьи: Транскрипция (генетика) и перевод (биология)
Перевод процесса

После репликации ДНК считывание выбранного участка генетической информации выполняется путем транскрипции . [1] Нуклеотиды, содержащие генетическую информацию, теперь находятся на одноцепочечной матрице-мессенджере, называемой мРНК . МРНК встроена в субъединицу рибосомы и взаимодействует с рРНК . Генетическая информация, содержащаяся в кодонах мРНК, теперь считывается (декодируется) антикодонами тРНК. При считывании каждого кодона (триплета) аминокислоты соединяются вместе, пока не будет достигнут стоп-кодон (UAG, UGA или UAA). На этом этапе полипептид (белок) синтезирован и высвобождается. [1]На каждые 1000 аминокислот, включенных в белок, неверно не более одной. Эта точность распознавания кодонов, сохраняющая важность правильной рамки считывания, достигается за счет правильного спаривания оснований в сайте рибосомы A, активности GTP гидролиза EF-Tu, формы кинетической стабильности и механизма корректуры при высвобождении EF-Tu. . [1]

Сдвиг рамки может также происходить во время профазной трансляции, продуцируя различные белки из перекрывающихся открытых рамок считывания, такие как ретровирусные белки gag-pol-env . Это довольно часто встречается у вирусов, а также у бактерий и дрожжей (Farabaugh, 1996). Обратная транскриптаза , в отличие от РНК-полимеразы II , считается более сильной причиной возникновения мутаций сдвига рамки считывания. В экспериментах только 3–13% всех мутаций сдвига рамки считывания происходили из-за РНК-полимеразы II. У прокариот частота ошибок, вызывающих мутации со сдвигом рамки, находится где-то в диапазоне от 0,0001 до 0,00001. [5]

Есть несколько биологических процессов, которые помогают предотвратить мутации сдвига рамки считывания. Происходят обратные мутации, которые изменяют мутированную последовательность обратно на исходную последовательность дикого типа . Другая возможность коррекции мутации - использование мутации-супрессора . Это компенсирует эффект исходной мутации, создавая вторичную мутацию, сдвигая последовательность, чтобы можно было прочитать правильные аминокислоты. Направляющая РНК также может быть использована для вставки или удаления уридина в мРНК после транскрипции, это позволяет получить правильную рамку считывания. [1]

Важность кодонов-триплетов [ править ]

Основная статья: Генетический код
Трехбуквенный код, кодон

Кодон представляет собой набор из трех нуклеотидов , триплет , что код определенной аминокислоты . Первый кодон устанавливает рамку считывания, посредством чего начинается новый кодон. Белок , в аминокислоте магистральной последовательности определяются смежными триплетами. [6]Кодоны являются ключом к трансляции генетической информации для синтеза белков. Рамка считывания устанавливается, когда начинается трансляция мРНК, и сохраняется, когда она считывает один триплет за другим. Считывание генетического кода подчиняется трем правилам: отслеживание кодонов в мРНК. Сначала кодоны считываются в направлении от 5 'до 3'. Во-вторых, кодоны не перекрываются, и сообщение не имеет пробелов. Последнее правило, как указано выше, что сообщение переводится в фиксированной рамке чтения. [1]

Пример различных типов точечных мутаций

Механизм [ править ]

Мутации со сдвигом рамки могут происходить случайно или быть вызваны внешним стимулом. Обнаружение мутаций сдвига рамки считывания может происходить несколькими различными методами. Сдвиг рамки - это всего лишь один из типов мутаций, которые могут привести к неполным или неправильным белкам, но они составляют значительный процент ошибок в ДНК.

Генетические или экологические [ править ]

Основная статья: мутация

Это генетическая мутация на уровне нуклеотидных оснований. Почему и как происходят мутации со сдвигом рамки считывания, постоянно выясняется. Было проведено экологическое исследование, в частности, производство УФ- индуцированных мутаций сдвига рамки считывания ДНК-полимеразами, дефицитными по активности экзонуклеазы 3 '→ 5'. Нормальная последовательность 5 'GTC GTT TTA CAA 3' была изменена на GTC GTT T TTA CAA (MIDT) из GTC GTT C TTA CAA (MIDC) для изучения сдвигов кадров. Мутантные ферменты ДНК-полимеразы E.coli pol I Kf и T7, лишенные 3 '→ 5' экзонуклеазной активности, продуцируют УФ-индуцированные ревертанты с большей частотой, чем их опытные аналоги с экзонуклеазами . Данные показывают, что потеря активности корректуры увеличивает частоту сдвига кадров, вызванного УФ-излучением. [7]

Обнаружение [ править ]

Флуоресценция [ править ]

Эффекты соседних оснований и вторичной структуры для определения частоты мутаций сдвига рамки считывания были глубоко исследованы с использованием флуоресценции . Флуоресцентно меченая ДНК с помощью аналогов основания позволяет изучать локальные изменения последовательности ДНК. [8] Исследования влияния длины праймерной цепи показывают, что равновесная смесь четырех гибридизационных конформаций наблюдалась, когда основания матрицы выходили петлей в виде выпуклости, то есть структуры, фланкированной с обеих сторон дуплексной ДНК. Напротив, двойная петлевая структура с необычной конформацией разнесенной ДНК на ее нижнем крае наблюдалась, когда экструдированные основания располагались на стыке праймер-матрица, показывая, что смещения могут быть изменены с помощью соседней вторичной структуры ДНК.[9]

Последовательность [ править ]

Мутация с делецией изменяет каждый следующий за ней кодон и может преждевременно остановить синтез белка, образуя стоп-кодон .

Секвенирование по Сэнгеру и пиросеквенирование - это два метода, которые использовались для обнаружения мутаций сдвига рамки считывания, однако вполне вероятно, что полученные данные не будут самого высокого качества. Тем не менее, с помощью секвенирования по Сэнгеру было идентифицировано 1,96 миллиона инделей , которые не перекрываются с другими базами данных. Когда наблюдается мутация со сдвигом рамки считывания, ее сравнивают с базой данных мутаций генома человека (HGMD), чтобы определить, оказывает ли мутация повреждающий эффект. Это делается путем изучения четырех функций. Во-первых, соотношение между затронутой и консервативной ДНК, во-вторых, расположение мутации относительно транскрипта, в-третьих, соотношение консервативных и затронутых аминокислот и, наконец, расстояние от инделя до конца экзона . [10]

Массивно-параллельное секвенирование - это новый метод, который можно использовать для обнаружения мутаций. Используя этот метод, можно одновременно секвенировать до 17 гигабаз, в отличие от ограниченных диапазонов для секвенирования по Сэнгеру, составляющих всего около 1 килобаз. Для проведения этого теста доступно несколько технологий, и сейчас рассматривается возможность его использования в клинических применениях. [11] При тестировании на различные карциномы современные методы позволяют исследовать только один ген за раз. Массивно параллельное секвенирование позволяет одновременно выявить множество мутаций, вызывающих рак, в отличие от нескольких конкретных тестов. [12] Эксперимент по определению точности этого нового метода секвенирования, проверенный на 21 гене, не дал ложноположительных вызовов мутаций сдвига рамки считывания. [13]

Диагноз [ править ]

В патенте США (5 958 684), выданном Лиувеном в 1999 г., подробно описаны методы и реагенты для диагностики заболеваний, вызванных или связанных с геном, имеющим соматическую мутацию, приводящую к мутации сдвига рамки считывания. Способы включают в себя получение образца ткани или жидкости и проведение анализа гена на мутацию сдвига рамки считывания или белок из этого типа мутации. Нуклеотидная последовательность предполагаемого гена обеспечивается из опубликованных последовательностей генов или из клонирования и секвенирования подозреваемого гена. Затем прогнозируется аминокислотная последовательность, кодируемая геном. [14]

Частота [ править ]

Несмотря на правила, которые управляют генетическим кодом и различными механизмами, присутствующими в клетке, чтобы гарантировать правильную передачу генетической информации в процессе репликации ДНК, а также во время трансляции, мутации все же происходят; Мутация сдвига рамки считывания - не единственный тип. Есть по крайней мере два других типа распознаваемых точечных мутаций, а именно миссенс-мутация и бессмысленная мутация . [1] Мутация со сдвигом рамки может кардинально изменить кодирующую способность (генетическую информацию) сообщения. [1] Небольшие вставки или делеции (менее 20 пар оснований) составляют 24% мутаций, которые проявляются при признанном в настоящее время генетическом заболевании. [10]

Обнаружено, что мутации со сдвигом рамки считывания чаще встречаются в повторяющихся областях ДНК. Причина этого заключается в проскальзывании фермента полимеразы в повторяющихся областях, что позволяет мутациям войти в последовательность . [15] Можно проводить эксперименты , чтобы определить частоту мутации сдвига рамки считывания, добавляя или удаляя предварительно установленное количество нуклеотидов. Были проведены эксперименты с добавлением четырех пар оснований, которые называются экспериментами +4, но команда из Университета Эмори изучила разницу в частоте мутации, добавляя и удаляя пару оснований. Было показано, что не было никакой разницы в частоте добавления и удаления пары оснований. Однако есть разница в конечном результате белка. [15]

болезнь Хантингтонаявляется одним из девяти нарушений повторения кодонов, вызванных мутациями экспансии полиглутамина, которые включают спино-мозжечковую атаксию (SCA) 1, 2, 6, 7 и 3, спинобульбарную мышечную атрофию и дентаторубально-паллидолизианатрофию. Может существовать связь между заболеваниями, вызванными мутациями экспансии полиглутамина и полиаланина, например сдвиг рамки считывания исходного продукта гена SCA3, кодирующего CAG / полиглутамины, на GCA / полиаланины. Рибосомное проскальзывание во время трансляции белка SCA3 было предложено как механизм, приводящий к переходу от полиглутамина к кодирующей полиаланин рамке. Динуклеотидная делеция или вставка одного нуклеотида в полиглутаминовый тракт экзона 1 хантингтина сдвигает CAG, полиглутамин-кодирующую рамку на +1 (сдвиг рамки +1) к GCA,рамка, кодирующая полиаланин, и вводят новый эпитоп на С-конец экзона 1 Htt ​​(APAAAPAATRPGCG).[16]

Заболевания [ править ]

Некоторые заболевания имеют мутации сдвига рамки считывания, которые, по крайней мере, являются одной из причин. Знание распространенных мутаций также может помочь в диагностике болезни. В настоящее время делаются попытки использовать мутации сдвига рамки считывания с пользой для лечения заболеваний, изменяя рамку считывания аминокислот.

Частота мутаций гена BRCA1 на 17 хромосоме
Частота мутаций гена BRCA2 на 13 хромосоме

Рак [ править ]

Основная статья: рак

Известно, что мутации сдвига рамки считывания являются фактором колоректального рака, а также других видов рака с микросателлитной нестабильностью . Как указывалось ранее, мутации сдвига рамки считывания более вероятны в области повторяющейся последовательности. Когда репарация ошибочного спаривания ДНК не фиксирует добавление или удаление оснований, эти мутации с большей вероятностью будут патогенными. Это может быть отчасти потому, что опухоли не говорят перестать расти. Эксперименты на дрожжах и бактериях помогают выявить характеристики микросателлитов, которые могут способствовать исправлению дефектных несоответствий ДНК. Сюда входит длина микроспутника., состав генетического материала и чистота повторов. На основании экспериментальных результатов более длинные микросателлиты имеют более высокий уровень мутаций сдвига рамки считывания. Фланкирующая ДНК также может вносить вклад в мутации сдвига рамки считывания. [17] При раке простаты мутация сдвига рамки считывания изменяет открытую рамку считывания (ORF) и предотвращает апоптоз . Это приводит к нерегулируемому росту опухоли . Хотя существуют факторы окружающей среды, которые способствуют прогрессированию рака простаты , есть также генетический компонент. В ходе тестирования кодирующих областей для выявления мутаций было обнаружено 116 генетических вариантов, в том числе 61 мутация сдвига рамки считывания. [18]Существует более 500 мутаций на хромосоме 17, которые, по-видимому, играют роль в развитии рака груди и яичников в гене BRCA1, многие из которых связаны со сдвигом рамки считывания. [19]

Болезнь Крона [ править ]

Болезнь Крона связана с геном NOD2. Мутация представляет собой вставку цитозина в положение 3020. Это приводит к преждевременному стоп-кодону, укорачивающему белок, который должен быть транскрибирован. Когда белок может нормально формироваться, он реагирует на бактериальные липосахариды, а мутация 3020insC не позволяет белку реагировать. [20]

Муковисцидоз [ править ]

Муковисцидоз (МВ) - это заболевание, основанное на мутациях в гене регулятора трансмембранной проводимости МВ (CFTR). Выявлено более 1500 мутаций, но не все вызывают заболевание. [21] Большинство случаев кистозного фиброза является результатом мутации ∆F508, которая удаляет всю аминокислоту. Две мутации сдвига рамки считывания представляют интерес для диагностики CF, CF1213delT и CF1154-insTC. Обе эти мутации обычно возникают вместе, по крайней мере, с одной другой мутацией. Оба они приводят к небольшому снижению функции легких и встречаются примерно у 1% обследованных пациентов. Эти мутации были идентифицированы с помощью секвенирования по Сэнгеру. [22]

ВИЧ [ править ]

Основная статья: ВИЧ / СПИД

CCR5 является одним из кофакторов проникновения в клетки, связанных с ВИЧ, наиболее часто участвующих в штаммах, индуцирующих несинцитий, и наиболее очевиден у пациентов с ВИЧ, а не у пациентов со СПИДом. Делеция 32 пары оснований в CCR5 была идентифицирована как мутация, которая сводит на нет вероятность ВИЧ-инфекции. Эта область на открытой рамке считывания ORF содержит мутацию сдвига рамки считывания, приводящую к преждевременному стоп-кодону. Это приводит к потере функции корецепторов ВИЧ in vitro. CCR5-1 считается диким типом, а CCR5-2 - мутантным аллелем. Те, у кого была гетерозиготная мутация CCR5, были менее восприимчивы к развитию ВИЧ. В исследовании, несмотря на высокую подверженность вирусу ВИЧ, не было ни одного гомозиготного по мутации CCR5, который дал бы положительный результат на ВИЧ. [3]

Болезнь Тея – Сакса [ править ]

Болезнь Тея – Сакса - смертельное заболевание, поражающее центральную нервную систему. Чаще всего встречается у младенцев и маленьких детей. Прогресс болезни начинается еще в утробе матери, но симптомы не проявляются примерно до 6-месячного возраста. От болезни нет лекарства. [23] Известно, что мутации в гене β-гексозаминидазы A (Hex A) влияют на наступление болезни Тай-Сакса, при этом описано 78 мутаций различных типов, 67 из которых, как известно, вызывают заболевание. Большинство наблюдаемых мутаций (65/78) представляют собой замены одного основания или SNP, 11 делеций, 1 большую и 10 малых и 2 вставки. 8 из наблюдаемых мутаций - это сдвиг рамки считывания, 6 делеций и 2 вставки. Вставка 4 пар оснований в экзон 11 наблюдается в 80% случаев болезни Тея-Сакса у ашкенази.Еврейское население. Мутации сдвига рамки считывания приводят к раннему стоп-кодону, который, как известно, играет роль в заболевании у младенцев. Отсроченное начало заболевания, по-видимому, вызвано 4 различными мутациями, одна из которых представляет собой делецию 3 пар оснований. [24]

Синдром Смита – Магениса [ править ]

Синдром Смита – Магениса (SMS) - это сложный синдром, включающий умственную отсталость, нарушение сна, поведенческие проблемы и различные черепно-лицевые, скелетные и висцеральные аномалии. В большинстве случаев SMS имеется общая делеция размером ~ 3,5 млн п.н., которая включает ген-1, индуцированный ретиноевой кислотой (RAI1). Другие случаи иллюстрируют изменчивость фенотипа SMS.ранее не показывалась для мутации RAI1, включая потерю слуха, отсутствие самоубийственного поведения и умеренные глобальные задержки. Секвенирование RAI1 выявило мутацию гептамерного тракта (ССКСС) в экзоне 3, приводящую к мутациям сдвига рамки считывания. Из семи сообщенных мутаций сдвига рамки считывания, встречающихся в поли C-трактах в RAI1, четыре случая (~ 57%) встречаются в этом гептамерном C-тракте. Результаты показывают, что этот гептамерный C-тракт является предпочтительной рекомбинационной горячей точкой вставки / удаления (SNindels) и, следовательно, основной мишенью для анализа у пациентов с подозрением на мутации в RAI1. [25]

Гипертрофическая кардиомиопатия [ править ]

Гипертрофическая кардиомиопатия является наиболее частой причиной внезапной смерти у молодых людей, включая тренированных спортсменов, и вызывается мутациями в генах, кодирующих белки сердечного саркомера. Мутации в гене тропонина C (TNNC1) - редкая генетическая причина гипертрофической кардиомиопатии. Недавнее исследование показало, что мутация сдвига рамки считывания (c.363dupG или p.Gln122AlafsX30) в тропонине C была причиной гипертрофической кардиомиопатии (и внезапной сердечной смерти) у 19-летнего мужчины. [26]

Лекарства [ править ]

Лекарство от болезней, вызванных мутациями сдвига рамки считывания, бывает редко. Исследования по этому поводу продолжаются. Одним из примеров является первичный иммунодефицит (ВЗОМТ), наследственное заболевание, которое может привести к увеличению числа инфекций. Есть 120 генов и 150 мутаций, которые играют роль в первичных иммунодефицитах. Стандартным лечением в настоящее время является генная терапия , но это лечение очень рискованно и часто может привести к другим заболеваниям, таким как лейкемия. Процедуры генной терапии включают модификацию слитого белка с нуклеазой цинкового пальца, отщепление обоих концов мутации, что, в свою очередь, удаляет ее из последовательности. Пропуск экзона, опосредованный антисмысловыми олигонуклеотидами, является еще одной возможностью мышечной дистрофии Дюшенна.. Этот процесс позволяет обойти мутацию, так что остальная часть последовательности остается в рамке, а функция белка остается неизменной. Это, однако, не излечивает болезнь, а только лечит симптомы и применимо только к структурным белкам или другим повторяющимся генам. Третья форма репарации - это ревертантный мозаицизм , который возникает в природе путем создания обратной мутации или мутации во втором сайте, корректирующем рамку считывания. Эта реверсия может произойти в результате внутригенной рекомбинации , митотическойгенная конверсия, проскальзывание ДНК второго сайта или сайт-специфическая реверсия. Это возможно при нескольких заболеваниях, таких как Х-связанный тяжелый комбинированный иммунодефицит (ТКИД), ​​синдром Вискотта – Олдрича и синдром Блума. Не существует лекарств или других фармакогеномных методов, помогающих при ВЗОМТ. [27]

В европейском патенте (EP 1369126A1), выданном Bork в 2003 году, описан метод, используемый для профилактики рака и для лечения рака и предраковых состояний, таких как спорадические опухоли с дефицитом репарации ДНК-несоответствия (MMR) и опухоли, связанные с HNPCC. Идея состоит в том, чтобы использовать иммунотерапию с комбинаторными смесями опухолеспецифических пептидов, происходящих из мутации сдвига рамки считывания, чтобы вызвать цитотоксический Т-клеточный ответ, специфически направленный против опухолевых клеток. [28]

См. Также [ править ]

  • Трансляционный сдвиг кадров
  • Мутация
  • Транскрипция (генетика)
  • Перевод (биология)
  • кодон
  • белок
  • рамка чтения
  • точечная мутация
  • болезнь Крона
  • Болезнь Тея – Сакса

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e f g h i j Лосик, Ричард; Уотсон, Джеймс Д .; Бейкер, Таня А .; Белл, Стивен; Ганн, Александр; Левин, Майкл В. (2008). Молекулярная биология гена (6-е изд.). Сан-Франциско: Пирсон / Бенджамин Каммингс. ISBN 978-0-8053-9592-1.
  2. ^ «ДНК постоянно меняется в процессе мутации» . Природа . Дата обращения 17 мая 2019 .
  3. ^ a b Циммерман П.А., Баклер-Уайт А., Алхатиб Г., Сполдинг Т., Кубофчик Дж., Комбадьер С., Вайсман Д., Коэн О, Рубберт А., Лам Г., Ваккарецца М., Кеннеди П.Е., Кумарасвами В., Джорджи Дж. Хантер Дж., Чопек М., Бергер Е.А., Фаучи А.С., Нутман ТБ, Мерфи П.М. (январь 1997 г.). «Унаследованная устойчивость к ВИЧ-1, обусловленная инактивирующей мутацией в рецепторе 5 хемокинов CC: исследования в популяциях с контрастирующими клиническими фенотипами, определенным расовым происхождением и определенным риском» . Молекулярная медицина (Кембридж, Массачусетс) . 3 (1): 23–36. PMC 2230106 . PMID 9132277 .  
  4. ^ Negoro S, Охки Т, Шибата Н, Н Mizuno, Wakitani Y, Tsurukame Дж, Мацумото К, Кавамото я, Такео М, Хигути Y (ноябрь 2005 г.). «Рентгеновский кристаллографический анализ 6-аминогексаноат-димер гидролазы: молекулярная основа для рождения фермента, разрушающего олигомер нейлона» . J Biol Chem . 280 (47): 39644–52. DOI : 10,1074 / jbc.m505946200 . PMID 16162506 . 
  5. Перейти ↑ Zhang, J (август 2004 г.). «Хозяин РНК-полимераза II вносит минимальный вклад в мутации ретровирусного сдвига рамки считывания» . Журнал общей вирусологии . 85 (Pt 8): 2389–95. DOI : 10.1099 / vir.0.80081-0 . PMID 15269381 . 
  6. ^ Кокс, Майкл; Нельсон, Дэвид Р .; Ленингер, Альберт Л (2008). Принципы биохимии Ленингера . Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-7108-1.
  7. ^ Сагер, Дафна; Теркингтон, Эдит; Ачарья, Соня; Штраус, Бернард (июль 1994). "Производство УФ-индуцированных мутаций сдвига рамки in vitro ДНК-полимеразами, дефицитными по 3 '→ 5' экзонуклеазной активности". Журнал молекулярной биологии . 240 (3): 226–242. DOI : 10.1006 / jmbi.1994.1437 . PMID 8028006 . 
  8. ^ Джонсон, Нил П .; Уолтер А. Баасе; Питер Х. фон Хиппель (март 2004 г.). «Низкоэнергетический круговой дихроизм 2-аминопуриндинуклеотида как проба локальной конформации ДНК и РНК» . Proc Natl Acad Sci USA . 101 (10): 3426–31. DOI : 10.1073 / pnas.0400591101 . PMC 373478 . PMID 14993592 .  
  9. ^ Баасе, Уолтер А .; Дэвис Хосе; Бенджамин С. Понедел; Питер Х. фон Хиппель; Нил П. Джонсон (2009). «ДНК-модели делеций тринуклеотидного сдвига рамки считывания: образование петель и выпуклостей на стыке праймер-матрица» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (5): 1682–9. DOI : 10.1093 / NAR / gkn1042 . PMC 2655659 . PMID 19155277 .  
  10. ^ а б Ху, Дж; Ng, PC (9 февраля 2012 г.). «Прогнозирование эффектов сдвига рамки» . Геномная биология . 13 (2): R9. DOI : 10.1186 / GB-2012-13-2-R9 . PMC 3334572 . PMID 22322200 .  
  11. ^ Такер, Трейси; Марра, Марко; Фридман, Ян М. (2009). «Массивно параллельное секвенирование: следующая большая вещь в генетической медицине» . Американский журнал генетики человека . 85 (2): 142–154. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2009.06.022 . PMC 2725244 . PMID 19679224 .  
  12. ^ Уолш, Т .; Casadei, S .; Ли, МК; Pennil, CC; Nord, AS; Торнтон, AM; Roeb, W .; Agnew, KJ; Stray, SM; Wickramanayake, A .; Norquist, B .; Пеннингтон, КП; Гарсия, Р.Л .; King, M.-C .; Свишер, EM (2011). «С обложки: мутации в 12 генах унаследованной карциномы яичников, маточных труб и брюшной полости, идентифицированные массовым параллельным секвенированием» . Proc Natl Acad Sci USA . 108 (44): 18032–7. DOI : 10.1073 / pnas.1115052108 . PMC 3207658 . PMID 22006311 .  
  13. ^ Уолш, Т .; Ли, МК; Casadei, S .; Торнтон, AM; Stray, SM; Pennil, C .; Nord, AS; Mandell, JB; Swisher, EM; Кинг, М.-К. (2010). «Обнаружение наследственных мутаций рака груди и яичников с использованием геномного захвата и массового параллельного секвенирования» . Proc Natl Acad Sci USA . 107 (28): 12629–33. DOI : 10.1073 / pnas.1007983107 . PMC 2906584 . PMID 20616022 .  
  14. ^ В патенте США 5958684 (28 сентября, 1999) «Диагностика нейродегенеративных заболеваний» от Leeuwen и др
  15. ^ a b Harfe, BD; Джинкс-Робертсон, S (июль 1999 г.). «Удаление промежуточных продуктов сдвига рамки считывания с помощью белков репарации несоответствия в Saccharomyces cerevisiae» . Молекулярная и клеточная биология . 19 (7): 4766–73. DOI : 10,1128 / MCB.19.7.4766 . PMC 84275 . PMID 10373526 .  
  16. ^ Дэвис, JE; Рубинштейн, округ Колумбия (2006). «Полиаланин и полисериновые продукты сдвига рамки при болезни Хантингтона» . Журнал медицинской генетики . 43 (11): 893–896. DOI : 10.1136 / jmg.2006.044222 . PMC 2563184 . PMID 16801344 .  
  17. ^ Шмольдт, А; Бенте, ВЧ; Haberland, G (1 сентября 1975 г.). «Метаболизм дигитоксина микросомами печени крысы» . Биохимическая фармакология . 24 (17): 1639–41. DOI : 10.1016 / 0006-2952 (75) 90094-5 . PMID 10 . 
  18. ^ Сюй, Сяолинь; Чжу, Кайчанг; Лю, Фэн; Ван, Юэ; Шен, Цзяньго; Джин, Цзичжун; Ван, Чжун; Чен, Линь; Ли, Цзядун; Сюй, Мин (май 2013 г.). «Выявление соматических мутаций рака простаты человека с помощью RNA-Seq». Джин . 519 (2): 343–7. DOI : 10.1016 / j.gene.2013.01.046 . PMID 23434521 . 
  19. ^ «Геномика рака» . Национальный институт рака при Национальном институте здоровья . Проверено 24 марта 2013 года .
  20. ↑ Ogura Y, Bonen DK, Inohara N, Nicolae DL, Chen FF, Ramos R, Britton H, Moran T, Karaliuskas R, Duerr RH, Achkar JP, Brant SR, Bayless TM, Kirschner BS, Hanauer SB, Nuñez G, Cho JH (31 мая 2001 г.). «Мутация сдвига рамки считывания в NOD2, связанная с восприимчивостью к болезни Крона» (PDF) . Природа . 411 (6837): 603–6. DOI : 10.1038 / 35079114 . ЛВП : 2027,42 / 62856 . PMID 11385577 . S2CID 205017657 .   
  21. ^ Фаррелл PM, Розенштейн BJ, Белый TB, Accurso FJ, Castellani C, Cutting GR, Durie PR, Legrys VA, Massie J, Parad RB, Rock MJ, Campbell PW (2008). «Рекомендации по диагностике кистозного фиброза у новорожденных и пожилых людей: консенсусный отчет Фонда кистозного фиброза» . Журнал педиатрии . 153 (2): S4 – S14. DOI : 10.1016 / j.jpeds.2008.05.005 . PMC 2810958 . PMID 18639722 .  
  22. ^ Iannuzzi, MC; Кормовой, RC; Коллинз, Ф.С. Hon, CT; Hidaka, N; Сильный, Т; Беккер, Л; Драмм, мл; Белый, МБ; Джеррард, Б. (февраль 1991 г.). «Две мутации сдвига рамки считывания в гене кистозного фиброза» . Американский журнал генетики человека . 48 (2): 227–31. PMC 1683026 . PMID 1990834 .  
  23. ^ "Изучение болезни Тея-Сакса" . Национальный институт исследования генома человека . Проверено 24 марта 2013 года .
  24. ^ Myerowitz R (1997). «Болезненные мутации Тея-Сакса и нейтральный полиморфизм в гене Hex A». Мутация человека . 9 (3): 195–208. DOI : 10.1002 / (SICI) 1098-1004 (1997) 9: 3 <195 :: AID-HUMU1> 3.0.CO; 2-7 . PMID 9090523 . 
  25. ^ Чыонг, Hoa T; Даддинг, Трейси; Blanchard, Christopher L .; Эльси, Сара Х (2010). «Горячая точка мутации сдвига рамки считывания, выявленная при синдроме Смита-Магениса: отчет о болезни и обзор литературы» . BMC Medical Genetics . 11 (1): 142. DOI : 10,1186 / 1471-2350-11-142 . PMC 2964533 . PMID 20932317 .  
  26. ^ Chung WK, Kitner C, Марон BJ (июнь 2011). «Новая мутация сдвига рамки считывания в тропонине C (TNNC1), связанная с гипертрофической кардиомиопатией и внезапной смертью». Кардиол Янг . 21 (3): 345–8. DOI : 10.1017 / S1047951110001927 . PMID 21262074 . 
  27. ^ Ху, Хайлянь; Гатти, Ричард А (2008). «Новые подходы к лечению первичных иммунодефицитов: исправление мутаций химическими препаратами» . Современное мнение в области аллергии и клинической иммунологии . 8 (6): 540–6. DOI : 10.1097 / ACI.0b013e328314b63b . PMC 2686128 . PMID 18978469 .  
  28. ^ Европейский патент [1] (10 декабря 2003 г.) «Использование кодирующих пептидов, полученных из мутации сдвига рамки считывания, кодирующих микросателлитные области для лечения рака», автор Bork et al.

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Фарабо П.Дж. (1996). «Программный поступательный сдвиг кадров» . Анну. Преподобный Жене . 30 (1): 507–28. DOI : 10.1146 / annurev.genet.30.1.507 . PMC  239420 . PMID  8982463 .
  • Льюис, Рики (2005). Генетика человека: концепции и приложения (6-е изд.). Бостон Массачусетс: Макгроу Хилл. С. 227–8. ISBN 978-0-07-111156-0.
  • «Ферменты нейлоназы» . 20 апреля 2004 . Проверено 2 июня 2009 года .

Внешние ссылки [ править ]

  • Frameshift + Mutation в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
  • База данных NCBI dbSNP - «центральный репозиторий для замен одноосновных нуклеотидов и коротких делеций и вставок полиморфизмов»
  • Wise2 - выравнивает белок относительно последовательности ДНК, позволяя сдвиг рамки считывания и интроны
  • FastY - сравнение последовательности ДНК с базой данных последовательностей белков, с учетом пропусков и сдвигов рамки
  • Путь - инструмент, сравнивающий два белка сдвига рамки ( принцип обратного перевода )
  • HGMD - База данных мутаций генома человека