Винтовая колесо представляет собой тип сюжета или визуального представления , используемого для иллюстрации свойств альфа - спиралей в белках .
Последовательность из аминокислот , которые составляют спиральную область белка в вторичных структурах нанесены во вращающемся образом , когда угол поворота между последовательными аминокислотами составляет 100 °, так что окончательное представление выглядит вниз по винтовой оси.
Полярность и характеристики [ править ]
График показывает, сконцентрированы ли гидрофобные аминокислоты на одной стороне спирали, обычно с полярными или гидрофильными аминокислотами на другой. Такое расположение является обычным для альфа-спиралей внутри глобулярных белков , где одна грань спирали ориентирована к гидрофобному ядру, а одна грань ориентирована на открытую для растворителя поверхность. Выявлены также специфические паттерны, характерные для белковых складок и мотивов стыковки белков , например, при идентификации участков димеризации лейциновой молнии и спиральных спиралей.. Эту проекционную диаграмму часто называют и «колесом Эдмундсона» по имени ее изобретателя. [1]
Рисование винтовых колес [ править ]
Спиральные колеса можно рисовать с помощью различных программных пакетов, включая helixvis [2] в R , heliquest в R или через сервер HELIQUEST. [3]
Ссылки [ править ]
- ^ Шиффер M, Эдмундсона AB (1967). «Использование спиральных колес для представления структур белков и идентификации сегментов со спиральным потенциалом» . Биофизический журнал . 7 (2): 121–35. Bibcode : 1967BpJ ..... 7..121S . DOI : 10.1016 / S0006-3495 (67) 86579-2 . PMC 1368002 . PMID 6048867 .
- ^ Wadhwa, R; Субраманиан, V; Стивенс-Трасс, Р. (2018). «Визуализация альфа-спиральных пептидов в R с помощью helixvis» . Журнал открытого программного обеспечения . 3 (31): 1008. Bibcode : 2018JOSS .... 3.1008W . DOI : 10,21105 / joss.01008 .
- ^ Готье, R; Дуге, Д; Антонни, Б; Дрин, Г. (2008). «HELIQUEST: веб-сервер для просмотра последовательностей с определенными альфа-спиральными свойствами» . Биоинформатика . 24 (18): 2101–2102. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btn392 . PMID 18662927 .
Дальнейшее чтение [ править ]
- Mount DM (2004). Биоинформатика: анализ последовательности и генома (2-е изд.). Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк: Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. ISBN 0-87969-712-1.
Внешние ссылки [ править ]
- Менее традиционные, более красочные колеса (требуется Macromedia Flash )
- DrawCoil 1.0
- Выступы винтовых колес, UC Riverside
- NetWheels, высококачественные винтовые колеса и проекции сетки
- Качественные косозубые колеса в R
