Шаблон: Clade

Документация по шаблону [ просмотреть ] [ изменить ] [ история ] [ очистить ]

Этот шаблон используется для рисования ветвящихся деревьев, где метки узла и базы являются интерактивными ссылками. Такие диаграммы особенно подходят для представления эволюционных деревьев ( кладограмм ).

Основные характеристики

Применение

{{clade| label1 = База| 1 = Узел}}

производит

{{clade| 1 = {{clade | label1 = [[Поддерево1]] | 1 = Лист1 | label2 = Поддерево2 | 2 = [[Leaf2]] }}}}

производит

{{clade| 1 = {{clade | label1 = Поддерево1 | 1 = Лист1 | label2 = Поддерево2 | 2 = Leaf2 }}}}

производит

Обратите внимание, что порядок параметров не имеет значения. Точно такой же результат производит

{{clade| 1 = {{clade | 2 = Leaf2 | 1 = Лист1 | label1 = Поддерево1 | label2 = Поддерево2 }}}}

Техническое образование

Шаблон clade имеет множество функций для настройки внешнего вида. Их оптимальное использование требует некоторого понимания того, как работает шаблон. Кладограмма строится с использованием вложенных HTML-таблиц, а линии кладограммы являются границами ячеек ( тегов). Каждый шаблон clade создает HTML-таблицу со следующими элементами:

{{clade | толщина = 3| label1 = labelA| sublabel1 = sublabelA| 1 = LeafA}}

{{clade | толщина = 3| label1 = labelA| sublabel1 = sublabelA| 1 = {{clade | толщина = 3 | label1 = label1 | sublabel1 = sublabel1 | 1 = лист1 | label2 = label2 | sublabel2 = sublabel2 | 2 = лист2 }}}}

Укладка кронштейнов и ответвлений

Появление кладограммя может быть изменено путем изменения границ атрибутов элементов HTML ячейки, используя параметры |state=, |color=и , |thickness=как показано ниже:

{{clade | label1 = Стиль кронштейна | sublabel1 = (без суффикса) | style1x = цвет фона: #ffffee; | 1 = {{Clade | label2 = цвет | 2 = {{Clade | цвет = красный  | 1 = А | 2 = B  | 3 = С  }} | label1 = толщина | 1 = {{Clade | толщина = 3 | 1 = Я  | 2 = J  | 3 = K  }} | label3 = состояние | 3 = {{Clade | состояние = пунктирная линия | 1 = Х  | 2 = Y  | 3 = Z   }} }}}}

{{clade | label1 = Стиль ветки | sublabel1 = (добавить номер ветки) | style1x = цвет фона: #eeeeee; | 1 = {{Clade | label2 = цветN | 2 = {{Clade | 1 = черный (по умолчанию) | color1 = черный  | 2 = красный | color2 = красный  | 3 = синий | color3 = синий  | 4 = # 00ff00 | цвет4 = # 00ff00  }} | label1 = толщинаN | 1 = {{Clade | 1 = 1 (по умолчанию) | толщина1 = 1  | 2 = 2 | толщина2 = 2  | 3 = 3 | толщина3 = 3  }} | label3 = stateN | 3 = {{Clade | 1 = твердое тело (по умолчанию) | состояние1 = твердое тело  | 2 = пунктир | state2 = пунктир  | 3 = штриховой | state3 = штриховой  | 4 = нет | state4 = нет  | 5 = двойной | state5 = двойной  }} }}}}

Обратная клада

Кладограммы также могут быть созданы справа налево с помощью {{ cladeR }}, как показано ниже.

{{cladeR | reverse = да| label1 = '' Пантера ''| 1 = {{cladeR | 1 = {{cladeR | 1 = снежный барс | 2 = тигр }} | 2 = {{cladeR | 1 = ягуар | 2 = {{cladeR | 1 = лев | 2 = леопард }} }} }}}}

Хотя это имеет ограниченную ценность в английской Википедии, это может быть полезно для представления альтернативных филогений, например, как в следующем примере:

Данные в формате Ньюика

Распространенным методом представления филогенетических данных является использование формата Ньюика . Многие опубликованные статьи предоставляют данные в формате Newick в своих дополнительных материалах, а некоторые таксономические и фитогенетические веб-сайты предоставляют возможность загрузки (например, Open Tree of Life ). Эти струны Ньюика можно использовать для создания кладограмм несколькими способами.

Строки Ньюика как ресурс

Во-первых, данные формата Newick можно использовать для создания разметки структуры клады с помощью текстового редактора или одного из нескольких инструментов.

Филогенетическое дерево, показанное справа, представлено следующим кодом Newick и {{ Clade }}

• Формат Ньюика: ((a,b),(c,d))
• Код клады: {{clade |1={{clade |1=a |2=b}} |2={{clade |1=c |2=d }} }} }}

Ручная процедура преобразования в текстовом редакторе:

1. Замените "(" на "{{clade |"
2. Заменить "}}"
3. Изменить, чтобы заменить запятые на трубы и числа
4. При необходимости отредактируйте метки клады

К счастью, есть несколько способов автоматизировать эту задачу.

1. Один из способов - использовать шаблон NewickConverter (см. Инструкции в нем).
2. В качестве альтернативы можно легко сгенерировать требуемый кладовый код, загрузив бесплатную утилиту Windows «Claded» по ссылке http://code.google.com/p/claded , «Claded», позволяющей редактировать кладограммы с использованием элемента управления в виде дерева.
3. Пример сценария Perl для автоматизации преобразования:

использовать  константу  N => "\ n" ; использовать  константу  T => "\ t" ;мое  $ tree = '((a, b), (c, d));' ;  # получаем последовательность $ tree = ~ s / [\ n \ r] // g ;  # теряем эти пробелы $ tree = ~  s / \: [\. \ d] + // g ;  # теряем эти длины, пока  ( $ tree = ~  m / \ (/ )  { foreach  my  $ clade  ( $ tree = ~  m / \ (([^ \ (\)] +) \) / g )  { my  @branches = split  / \, / , $ clade ; s / (\ t +) / $ 1 \ t / g  для  @branches ; die  'ОШИБКА: вырожденный / пустой узел!' . N,  если  $ # ветвей < 1 ; $ tree = ~  s / \ (\ Q $ clade \ E \) / $ {\ join ('', '{{clade', N, map (T. '|'. ($ _ + 1). '='. $ Branch [$ _]. N, 0 .. $ # ветки), T. '}}')} / ;  # Замена } pos ( $ tree ) = 0 ; } $ tree = ~ s / (\ t *) \ t \} \} / $ 1 \} \} / g ;  # отложенное исправлениеprint  $ tree ;

Прямое использование строк Ньюика

Данные формата Newick также могут быть добавлены с помощью |newickN=, где N относится к дочернему узлу (как и другие параметры).

Например, следующая строка Ньюика

((лев, ягуар, леопард), ((сибирский, бенгальский) тигр, снежный барс)) пантера

можно вставить в код клады, как в следующем примере:

{{clade| label1 = Метка| 1 = {{clade | label1 = большие кошки | 1 = {{clade  | 1 = дымчатые леопарды | style2 = цвет фона: #ffdddd | newick2 = ((лев, ягуар, леопард), ((сибирский, бенгальский) тигр, снежный барс)) panthera | 2 = Лист B }} }}}}

Данные формата Newick, предоставленные Open Tree of Life, и другие источники обычно содержат посторонние данные кодирования. Это может быть удалено с использованием |newickN-pattern=и |newickN-replace=параметров , которые поставляют шаблон Lua ( по аналогии с Regex) и замену. В следующем коде используются данные в формате Ньюика для рода Prionailurus, загруженные с помощью Open Tree of Life ( исходные данные ):

{{clade | Newick1 = (Prionailurus_planiceps_ott86166, (((Prionailurus_bengalensis_chinensis_ott198595, Prionailurus_bengalensis_euptilurus_ott547362, Prionailurus_bengalensis_bengalensis_ott5557509, Prionailurus_bengalensis_rabori_ott7067613) Prionailurus_bengalensis_ott280108, Prionailurus_iriomotensis_ott418475), Prionailurus_viverrinus_ott862641), Prionailurus_rubiginosus_ott507541) Prionailurus_ott570215 | newick1-pattern1 = ([% a _] *) _? (ott [% d] *) | newick1-replace1 = ''% 1 '' | newick1-pattern2 = Prionailurus_ | newick1-replace2 = P._ | newick1-pattern3 = bengalensis_ | newick1-replace3 = b._  }}}}

производит

Использование коробки

Вы можете вкладывать шаблоны и использовать ссылки вокруг текста. Вы можете использовать неразрывные пробелы (& nbsp;), чтобы получить пробелы или иметь метки с пробелами.

Вся кладограмма может быть помещена в рамку, чтобы текст плавно обтекал ее. Вы можете использовать {{ Cladogram }} для изготовления коробки.

{{cladogram | title = Пример| caption = Образец {{tl | Cladogram}}| clades = {{clade | стиль = размер шрифта: 75%; высота строки: 75%; | label1 = [[Neornithes]]   | 1 = {{clade | label1 = [[Paleognathae]] | 1 =  | label2 = [[Neognathae]]  | 2 = {{clade | 1 = Другие птицы | label1 =  | label2 = [[Galloanserae]]  | 2 = {{clade | 1 = [[Anseriformes]] | label2 =     | 2 = {{clade | 1 = [[Galliformes]] | 2 = [[Craciformes]] }} }} }} }} }}}}

Управление планировкой сестер

Когда одна сестра представлена ​​как листовой узел, а другая - как помеченный субклад, они не кажутся находящимися на одном уровне. Рассмотрим кладограмму:

Хотя Banksia  subser. Sphaerocarpae и Banksia  subser. Leptophyllae - сестры, их названия на кладограмме не совмещены. Если это считается нежелательным, одним из решений является использование метки в обоих случаях, как показано ниже, которая теперь показывает сестер на одном уровне.

Еще одна «уловка» - ввести пустую кладу. Красная линия в следующем примере показывает, где была вставлена ​​дополнительная кладка:

Для этого вместо

{{clade | 1 = Сестра1 | label2 = Sister2 | 2 = {{clade | 1 = таксон1 | 2 = taxon2}}}}

который отображается как:

использовать

{{clade | 1 = Сестра1 | 2 = {{clade  | label1 = Sister2 | 1 = {{clade | 1 = таксон1 | 2 = таксон2 }} }}}}

который отображается как:

Брекетинг и маркировка узлов

Добавление вертикальных полос и скобок

Чтобы вставить цветную `` скобку '' вокруг набора листовых узлов, следующих друг за другом на сгенерированной кладограмме:

• Добавьте для первого листового узла, где N - порядок этого листового узла в его кладе, а цвет - это требуемый цвет.barbeginN=colour
• Добавьте для остальных узлов, кроме последнего (обратите внимание, что N должен быть порядком этого узла в его кладе).barN=colour
• Добавьте для последнего узла.barendN=colour

{{clade | style = font-size: 85%; line-height: 100%;| 1 = {{clade | 1 = Лист А | 2 = Лист B | barbegin2 = зеленый | 3 = Лист C | bar3 = зеленый | 4 = {{clade | 1 = Лист D | barend1 = зеленый | 2 = Лист E | 3 = Лист F | barbegin3 = фиолетовый | 4 = {{clade | 1 = Лист G | bar1 = фиолетовый | 2 = лист H | barend2 = фиолетовый }} }} }}}}

Обратите внимание на использование неразрывного пробела (  ) для перемещения вертикальной полосы из конечного текста.

Горизонтальные линии можно опустить, если использовать повсюду. Таким образом, следующие простые вертикальные полосы:|barN=colour

{{clade | style = font-size: 85%; line-height: 100%;| 1 = Лист А| 2 = {{clade | 1 = Лист B | bar1 = полуночно-синий | 2 = Лист C | bar2 = полуночно-синий }}| 3 = лист D | bar3 = полуночно-синий}}

{{clade | style = font-size: 85%; line-height: 100%;| 1 = Лист А| bar2 = полуночно-синий| 2 = {{clade | 1 = Лист B | 2 = Лист C }}| 3 = лист D | bar3 = полуночно-синий}}

Указание цветов скобок

Вы можете использовать любой из способов указания цветов в HTML ; например, стандартные названия цветов , обозначения из трех или шести шестнадцатеричных цифр, такие как # FC3 или # F3C630, или rgb()обозначения.

Добавление текстовых меток в скобки

Рекомендации по обеспечению доступности требуют, чтобы страницы не полагались только на цвет, поэтому особенно важно добавлять метки, если у вас более одной скобки / полосы и вам нужно ссылаться на них отдельно. Доступны несколько методов.

1. Текстовые метки для каждой скобки / полосы можно добавить с помощью {{ Barlabel }} (см. Инструкции на странице шаблона).
2. Используйте |grouplabelN=параметр. Это добавляет метку справа от правой скобки или полосы, как показано в следующем примере. В правом столбце показано, как |grouplabel=добавить ячейку HTML справа от листа терминала.

{{clade| label1 = labelA | grouplabel1 = Grouplabel A| bar1 = синий| 1 = {{clade  | label1 = label1 | 1 = лист1  | label2 = label2 | 2 = лист2  }}}}

В приведенном выше примере grouplabel использовался для маркировки стержня, обозначающего всю кладу. Он предоставил альтернативу labelA. Однако, если полоса применяется только к некоторым терминалам, |grouplabelN=ее можно использовать для обозначения парафилетических групп. В следующем примере также демонстрируется использование |grouplabelstyleN=CSS-стиля для групповой метки, в данном случае - color.

{{clade| grouplabel1 = Группа ANA| label1 = '' 'Покрытосеменные' ''| 1 = {{clade | 1 = [[Amborellales]] | barbegin1 = зеленый | 2 = {{clade | 1 = [[Nymphaeales]] | bar1 = зеленый | 2 = {{clade | 1 = [[Austrobaileyales]] | barend1 = зеленый | 2 = [[Мезангиосеменные]]  }} }} }}}}

|grouplabel=Параметр может быть использован для добавления нескольких меток с помощью {{ ответвлений меток }} шаблона. Этот шаблон использует абсолютное позиционирование CSS для определения размещения метки. При применении к |grouplabel1=параметру на внешнем кладе он ведет себя очень похоже на {{ barlabel }}. Ниже показан простой пример обозначения двух групп:

{{clade| label1 = корень| 1 = {{clade | 1 = Лист 1 | bar1 = зеленый | 2 = {{clade | 1 = Лист 2 | bar1 = зеленый | bar2 = красный | 2 = {{clade | 1 = Лист 3   | 2 = Лист 4  }} }} }}| grouplabel1 = {{метки клады | ширина = 10em; | label1 = группа стволов | top1 = 20% | color1 = зеленый | label2 = группа короны | top2 = 70% | color2 = red }} }}

|grouplabel=Параметр может содержать любые или вика - текст допустимого содержания HTML и это дает большую гибкость в настройке кладограмм. В следующем примере используется |grouplabel=для добавления альтернативной топологии с использованием {{ cladeR }}:

{{clade| label1 = '' Пантера ''| 1 = {{clade | 1 = {{clade | 1 = снежный барс | 2 = тигр }} | 2 = {{clade | 1 = ягуар | 2 = {{clade | 1 = лев | 2 = леопард }} }} }}| grouplabel1 =  {{cladeR | label1 =  | 1 = {{cladeR | 1 = {{cladeR | 1 = {{cladeR | 1 =}} | 2 = {{cladeR | 1 =}} }} | label2 =  | 2 = {{cladeR | 1 = {{cladeR | 1 =  | 2 =  }} | 2 = {{cladeR | 1 =}} }} }}  }}}}}}

Отладка

Если на кладограмме не отображаются скобки / полосы, как вы ожидали, проверьте, что:

• Вы понимаете систему нумерации параметров barNи т. Д. N должно быть таким же, как номер дочернего элемента в его кладе. Таким образом, обычно вы должны написать , например .|N=label for leaf|barN=colour for bar|2=[[Passeridae]]|bar2=midnightblue
• Вы только попытались применить скобки / полосы к листовым узлам.

Ограничения

Длина этикетки

Этикетки, произведенные компанией |labelN=, где Nравно 1, 2, ..., могут привести к плохой разметке полученной кладограммы. (Это не относится к тексту листов, то есть к тексту, созданному |N=.) Чтобы избежать проблем:

• Ярлыки должны быть как можно короче, в идеале - одно слово.
• Все необходимые пробелы в метках должны быть представлены как & nbsp; не как настоящие пространства.
• Разрывы строк (например,
  ) использовать не следует.

Различия в браузерах

Вариант браузера: слева - большинство браузеров; справа - Safari

Кладограммы строятся путем создания скрытых таблиц. Горизонтальные и вертикальные линии, составляющие дерево, на самом деле являются краями ячеек таблицы. Таблицы затем рисуются браузером или пользовательским агентом с использованием своих внутренних алгоритмов. Поскольку они отличаются от браузера к браузеру, созданные деревья не будут выглядеть одинаково во всех браузерах.

В частности, по состоянию на январь 2017 ^{[Обновить]}года существует два алгоритма компоновки таблиц с пустыми ячейками, которые используются двумя группами браузеров. Большинство браузеров теперь используют алгоритм, который создает кладограммы, подобные двум слева на диаграмме. Safari (как под MacOS, так и под iOS) использует другой алгоритм, создавая кладограммы, подобные двум справа на диаграмме.

Автоматического «исправления» этих различий в настоящее время не существует.

Если есть выбор порядка расположения конечных узлов (листьев) дерева, кладограммы выглядят лучше всего в браузере, подобном Safari, если в нижней части кладограммы имеется как можно больше ветвлений. Обычно это достигается расположением конечных узлов на странице вниз в порядке их эволюционного расхождения. Сравните нижний ряд диаграммы с верхним.

Включение в книги

Есть много известных ошибок в отображении таблиц в программном обеспечении, которое выпускает книги Википедии ; см. страницу отзывов об инструменте для книги . По состоянию на июль 2011 г. ^{[Обновить]}это приводит к тому, что строки на кладограммах не отображаются в книгах.

Большие кладограммы

Существуют ограничения по размеру и сложности кладограмм, которые можно нарисовать:

• На узел допускается не более 20 дочерних элементов.

• Программное обеспечение Викимедиа имеет определенные ограничения на обработку, разрешенную шаблонами и модулями. Большие кладограммы потенциально могут превышать некоторые из этих ограничений.
  • Включать размер после расширения. По сути, это результат работы всех шаблонов, модулей и вызовов парсера. Страницы с очень большими или несколькими большими кладограммами иногда превышают этот предел, особенно на больших страницах с большим количеством ссылок и другими требованиями к системе.
  • Предел глубины раскрытия шаблона. Когда используется шаблон, он увеличивает глубину раскрытия, один раз для расширения шаблона и один раз для расширения параметров. В результате вызовы шаблонов могут быть вложены не более 20 в глубину. Поскольку кладограммы строятся путем вложения шаблонов друг в друга, это обычная проблема для более крупных филогенетических деревьев. К счастью, теперь есть способы обойти эту проблему (см. Следующий раздел).

Приемы построения больших кладограмм.

Поскольку кладограммы создаются путем вложения шаблонов {{ clade }} друг в друга, более крупные кладограммы могут превышать глубину расширения, разрешенную программным обеспечением Викимедиа. Кладограмма справа не работает на двадцатом шаблоне вложенной клады.

Есть два способа обойти это ограничение:

• использование шаблона {{ clade sequence }} и
• использование поддеревьев в шаблоне {{ clade }}.

Использование последовательного перечисления таксонов

В этом подходе используется шаблон {{ clade sequence }} для перечисления таксонов в таксономической последовательности . В следующем примере в шаблоне последовательно перечислены шесть таксонов, и на кладограмме первый из них является первой ветвью, второй - следующей и так далее, пока последние два не станут сестрами. Поскольку все таксоны добавляются за один вызов шаблона, это учитывается только один раз при достижении предела в 20. Обратной стороной является то, что невозможно отформатировать каждый уровень независимо.

{{clade последовательный | 1 = Лист 1 | 2 = Лист 2 | 3 = Лист 3 | 4 = Лист 4 | 5 = Лист 5 | 6 = Лист 6 }}

{{clade последовательный | 1 = Лист 1 | label2 = Clade 2 | 2 = {{clade  | 1 = Лист 2A  | 2 = Лист 2B }} | 3 = Лист 3 | label4 = Clade 4 | 4 = {{clade  | 1 = Лист 4A  | 2 = Лист 4B }} | 5 = Лист 5 | 6 = Leaf6 }}

Второй пример показывает, что некоторая подструктура может быть добавлена ​​к каждому уровню при обычном использовании шаблона {{ clade }}.

Использование поддеревьев

Этот метод использует параметры |target=и |subclade=для «модульности» филогенетического дерева. Каждое поддерево обрабатывается параллельно, поэтому они не влияют на глубину раскрытия аддитивным образом. Ограничение применяется к каждому дереву, но можно использовать много поддеревьев.

Базовая компоновка проиллюстрирована ниже. Главное дерево имеет два подклада, A и B, а подклад B вызывает третий.

{{Clade| label1 = root | sublabel1 = [12/40]| 1 = {{Clade | 1 = Лист 1 | 2 = {{clade | 1 = Лист 2.1 | 2 = {{clade | 1 = Лист 2.2.1 | 2 = {{clade | label1 = Подклад A | 1 = {SUBCLADE_A}  | label2 = Подклад B | 2 = {SUBCLADE_B}  }} }} }} }}| targetA = {SUBCLADE_A}| subcladeA = {{Clade | 1 = Лист A1 | 2 = {{clade | 1 = Лист A2.1 | 2 = {{clade | 1 = Лист A2.2.1 | 2 = Лист A2.2.2 }} }} }}| targetB = {SUBCLADE_B}| subcladeB = {{Clade | 1 = Лист B1 | 2 = {{clade | 1 = Лист B.1 | 2 = {{clade | 1 = Лист B2.2.1 | label2 = Подклад C | 2 = {TARGET_C} }} }} }}| targetC = {TARGET_C}| subcladeC = {{Clade | 1 = Лист C1 | 2 = {{clade | 1 = Лист C2.1 | 2 = {{clade | 1 = Лист C2.2.1 | 2 = Лист C2.2.2 }} }} }} 

Кодирование основано на ряде соглашений.

• Имена подкладов пишутся прописными буквами и заключаются в одинарные фигурные скобки. Это не является абсолютно необходимым, если имена уникальны, но некоторые дополнительные функции (например, частичное включение) полагаются на это соглашение.
• Параметры |subcladeA=, |subcladeB=... |subcladeZ=содержат поддерева в филогенетической ветви структуры , которые будут подставлены в основное дерево.
• Параметры |targetA=, |targetB=... |subcladeZ=содержат цели , где будут замещены поддеревья. Например, |targetA={SUBCLADE_A} указывает, что цель {SUBCLADE_A}будет заменена содержимым .|subcladeA=content
• Целевые параметры могут быть опущены, а целевыми значениями по умолчанию являются {SUBCLADE_A}и {SUBCLADE_B}для |subcladeA=и |subcladeB=, соответственно.
• Суффиксы AZ были выбраны потому, что эти параметры не соответствуют другим пронумерованным параметрам, используемым в шаблоне (например |1=, |label2=и т. Д.
• Все подклады могут быть перечислены во внешнем шаблоне клады или вложены в соответствующее дерево. Например, в примере субклад C указан в конце внешнего шаблона клады, но он мог быть вложен в шаблон клады, прикрепленный к поддереву B.

Пример большого филогенетического дерева, разделенного на несколько поддеревьев, можно найти в {{ Phylogeny / APG IV }}.

Добавьте интерактивности с помощью складных кладов

Иногда с большими филогенетическими деревьями трудно увидеть лес за деревьями. Кладограмма может превышать высоту экрана, что затрудняет просмотр всей структуры, а также необходимо видеть важные небольшие клады. Чтобы решить эту проблему, нужно свернуть большие клады и развернуть их в интерактивном режиме.

В следующем примере показан простой пример, иллюстрирующий принцип:

{{clade | style = font-size: 80%; line-height: 90%;| label1 = '' 'Амфибия' ''| 1 = {{clade | 1 = [[Gymnophiona]] (цецилии) | label2 = [[Батрахия]] | 2 = {{clade hidden | id = 1 | mode = left | expand-text = (лягушки и саламандры)  | 1 = [[Хвостатые]] (саламандры) | 2 = [[Anura (лягушка) | Anura]] (лягушки) }} }}}}

Предупреждение. Сворачиваемые элементы Викимедиа требуют JavaScript и в настоящее время отключены в мобильной версии. В таких случаях будет показана вся кладограмма. Как и в случае с любыми большими филогенетическими деревьями, редакторы должны решить, делает ли мысль более ясной, имея меньшее, менее инклюзивное дерево.

Графическое резюме