Это хорошая статья. Для получения дополнительной информации нажмите здесь.
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Схема соединения Холлидея, показывающая последовательность оснований и вторичную структуру, но не третичную структуру . Показанная последовательность - лишь одна из многих возможностей. Это неподвижный перекресток Холлидея, потому что последовательности не симметричны.

Соединение Холлидея - это разветвленная структура нуклеиновой кислоты, которая содержит четыре двухцепочечных плеча, соединенных вместе. Эти рычаги могут принимать одно из нескольких конформаций в зависимости от буферных концентраций соли и последовательность из нуклеотидов , наиболее близких к переходу. Структура названа в честь Робина Холлидея , молекулярного биолога , предложившего ее существование в 1964 году.

В биологии соединения Холлидея являются ключевым промежуточным звеном во многих типах генетической рекомбинации , а также в репарации двухцепочечных разрывов . Эти соединения обычно имеют симметричную последовательность и, таким образом, подвижны, что означает, что четыре отдельных плеча могут скользить через соединение по определенному шаблону, который в значительной степени сохраняет спаривание оснований . Кроме того, в некоторых функциональных молекулах РНК появляются четырехлепестковые соединения, похожие на соединения Холлидея .

Неподвижные соединения Холлидея с асимметричными последовательностями, которые фиксируют нити в определенном положении, были искусственно созданы учеными для изучения их структуры в качестве модели естественных соединений Холлидея. Эти соединения также позже нашли применение в качестве основных структурных строительных блоков в нанотехнологиях ДНК , где несколько соединений Холлидея могут быть объединены в определенные геометрические формы, которые обеспечивают молекулам высокую степень структурной жесткости .

Структура [ править ]

Молекулярная структура разнесенного соединения Холлидея. В этой конформации отсутствует наложение оснований между двойными спиральными доменами, и она стабильна только в растворах, в которых отсутствуют ионы двухвалентных металлов, такие как Mg 2+ . Из PDB : 3CRX .
Схематические диаграммы трех конформационных изомеров стэкинга оснований соединения Холлидея. Два уложенных друг на друга конформера различаются тем, какие наборы из двух плеч связаны коаксиальным стопкой : слева стопки красно-синие и голубо-пурпурные, а справа стопки красно-голубые и сине-пурпурные. Основания, ближайшие к точке соединения, определяют, какой сложенный изомер доминирует.

Соединения Холлидея могут существовать во множестве конформационных изомеров с различными паттернами коаксиального стэкинга между четырьмя двойными спиральными плечами. Коаксиальный стэкинг - это тенденция тупых концов нуклеиновых кислот связываться друг с другом за счет взаимодействий между открытыми основаниями. Есть три возможных конформера: форма без стопки и две формы в стопке. Неупакованная форма преобладает в отсутствие двухвалентных катионов, таких как Mg 2+ , из-за электростатического отталкивания между отрицательно заряженными остовами нитей. В присутствии по крайней мере примерно 0,1 м M Mg 2+электростатическому отталкиванию противодействуют и преобладают многослойные структуры. По состоянию на 2000 год не было достоверно известно, является ли электростатическое экранирование результатом сайт-специфического связывания катионов с переходом или присутствием диффузного скопления ионов в растворе. [1]

Несложенная форма представляет собой почти квадратную плоскую вытянутую форму. С другой стороны, уложенные друг на друга конформеры имеют два непрерывных двойных спиральных домена, разделенных углом примерно 60 ° в правом направлении. Две из четырех цепей остаются примерно спиральными, оставаясь внутри каждого из двух двухспиральных доменов, в то время как другие две перекрещиваются между двумя доменами антипараллельным образом. [1]

Две возможные формы штабелирования различаются тем, какие пары плеч сложены друг с другом; какая из двух доминирует, сильно зависит от последовательностей оснований, ближайших к соединению. Некоторые последовательности приводят к равновесию между двумя конформерами, в то время как другие сильно предпочитают единственный конформер. В частности, соединения, содержащие последовательность A-CC, соединяющую точку соединения, по-видимому, сильно предпочитают конформер, который позволяет образовывать водородную связь между вторым цитозином и одним из фосфатов в точке соединения. В то время как большинство исследований было сосредоточено на идентичности четырех оснований, ближайших к соединению на каждом плече, очевидно, что более удаленные основания также могут влиять на наблюдаемые конформации стэкинга. [1]

В соединениях с симметричными последовательностями точка ветвления является мобильной и может перемещаться в процессе случайного блуждания . Скорость миграции ответвлений сильно зависит от концентрации ионов, при этом время одного шага увеличивается от 0,3-0,4 мс при отсутствии ионов до 270-300 мс при 10 мМ Mg 2+ . Изменение скорости коррелирует с формированием составных структур по сравнению с несложенными. [1]

Соединения Холлидея с зазубриной или разрывом одной из нитей в точке соединения принимают перпендикулярную ориентацию и всегда предпочитают конформер штабелирования, который размещает зарубку на перекрестной нити, а не в спиральной нити. [1]

Соединения Холлидея РНК принимают антипараллельную стопку конформацию при высоких концентрациях магния, перпендикулярную стопку конформацию при умеренных концентрациях и вращаются в параллельную стопку конформацию при низких концентрациях, в то время как даже небольшие концентрации ионов кальция благоприятствуют антипараллельному конформеру. [1]

Биологическая функция [ править ]

Два пути гомологичной рекомбинации у эукариот , показывающие образование и разрешение соединений Холлидея

Соединение Холлидея является ключевым промежуточным звеном в гомологичной рекомбинации , биологическом процессе, который увеличивает генетическое разнообразие за счет смещения генов между двумя хромосомами , а также событий сайт-специфической рекомбинации с участием интеграз . Они дополнительно участвуют в ремонте двухцепочечных разрывов . [1] Кроме того, крестообразные структуры, включающие соединения Холлидея, могут возникать для снятия спиральной деформации в симметричных последовательностях суперспиралей ДНК . [2] Хотя четырехлепестковые соединения также появляются в функциональных молекулах РНК , таких как сплайсосомная РНК U1 ишпилька рибозит из вируса табачной кольцевой пятнистости , они обычно содержат неспаренный нуклеотид между парным двуспиральными доменами, и , таким образом , строго говоря , не принимают структуру Холлидей. [1]

Соединения Холлидея при гомологичной рекомбинации находятся между идентичными или почти идентичными последовательностями, что приводит к симметричному расположению последовательностей вокруг центрального соединения. Это позволяет процессу миграции ветвей происходить там, где пряди перемещаются через точку соединения. [1] Раскол или разрешение соединения Холлидея может происходить двумя способами. Расщепление исходного набора цепей приводит к двум молекулам, которые могут показывать конверсию гена, но не хромосомный кроссовер , в то время как расщепление другого набора двух цепей вызывает кроссовер в результирующих рекомбинантных молекулах. Все продукты, независимо от расщепления, представляют собой гетеродуплексы в области миграции соединений Холлидея. [3]

Многие белки способны распознавать или искажать структуру соединения Холлидея. Один из таких классов содержит ферменты , расщепляющие соединения, которые расщепляют соединения, иногда специфичным для последовательности образом. Такие белки по-разному искажают структуру соединения, часто превращая соединение в разложенную конформацию, разрывая центральные пары оснований и / или изменяя углы между четырьмя плечами. К другим классам относятся белки миграции ветвей, которые увеличивают скорость обмена на порядки, и сайт-специфические рекомбиназы . [1] У прокариот резольвазы соединения Холлидея делятся на два семейства, интегразы и нуклеазы, каждое из которых структурно сходно, хотя их последовательности не консервативны. [3]

У эукариот двумя основными моделями того, как гомологичная рекомбинация восстанавливает двухцепочечные разрывы в ДНК, являются путь репарации двухцепочечных разрывов (DSBR) (иногда называемый моделью двойного соединения Холлидея ) и путь зависимого от синтеза цепи отжига (SDSA). [4] В случае двухцепочечного разрыва 3'-конец разрушается, а более длинный 5'-конец вторгается в смежную сестринскую хроматиду, образуя репликационный пузырь. Когда этот пузырь приближается к разорванной ДНК, более длинная 5 'антисмысловая цепь снова вторгается в смысловую цепь этой части ДНК, транскрибируя вторую копию. Когда репликация заканчивается, оба хвоста повторно соединяются с образованием двух соединений Холлидея, которые затем расщепляются белками по разным образцам. [5]Анимацию этого процесса можно увидеть здесь . [6]

Двухцепочечные разрывы ДНК у бактерий репарируются путем гомологичной рекомбинации RecBCD . Считается, что разрывы, которые происходят только на одной из двух цепей ДНК, известные как одноцепочечные разрывы, восстанавливаются путем RecF . Оба пути RecBCD и RecF включают серию реакций, известных как миграция ветвей , в которой отдельные нити ДНК обмениваются между двумя пересекающимися молекулами дуплексной ДНК, и разрешение , при котором эти две пересекающиеся молекулы ДНК разделяются и восстанавливаются до их нормального состояния. двухцепочечное состояние. [7] Гомологичная рекомбинация происходит у нескольких групп вирусов. В ДНК-вирусах, таких как вирус герпеса.рекомбинация происходит по механизму разрыва и воссоединения, как у бактерий и эукариот. [8] У бактерий миграции ветвей способствует комплекс RuvABC или белок RecG , молекулярные моторы, которые используют энергию гидролиза АТФ для перемещения соединения. Затем соединение необходимо разделить на два отдельных дуплекса, восстановив либо родительскую конфигурацию, либо перекрестную конфигурацию. Разделение может происходить либо в горизонтальном, либо в вертикальном направлении во время гомологичной рекомбинации, давая заплаты (если они находятся в той же ориентации во время ремонта двухцепочечного разрыва) или продукты сращивания (если в разных ориентациях во время восстановления двухцепочечного разрыва). [9] [10]RuvA и RuvB представляют собой белки миграции ветвей, а RuvC - фермент, разрешающий соединения. [1]

Имеются данные о рекомбинации в некоторых РНК-вирусах , особенно в вирусах с положительным смыслом ssRNA, таких как ретровирусы , пикорнавирусы и коронавирусы . Существуют разногласия по поводу того, происходит ли гомологичная рекомбинация в вирусах с отрицательной ssRNA, таких как грипп . [11]

Разрешение [ править ]

У почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae , соединения Холлидея могут разрешаться четырьмя разными путями, которые составляют по существу все разрешение соединений Холлидея in vivo . [12] Путь, который вызывает большинство кроссоверов у почкующихся дрожжей S. cerevisiae и, возможно, у млекопитающих, включает белки EXO1 , MLH1 - гетеродимер MLH3 (называемый MutL гамма) и SGS1 (ортолог геликазы синдрома Блума ). [12] Гетеродимер MLH1-MLH3 связывается преимущественно с соединениями Холлидея. [13] Это эндонуклеаза, которая делает одноцепочечные разрывы в суперспиральной двухцепочечной ДНК. [13] [14] Гетеродимер MLH1-MLH3 способствует образованию кроссоверных рекомбинантов . [15] В то время как другие три пути, включающие протеины MUS81 -MMS4, SLX1 и YEN1, соответственно, может способствовать разрешение перехода Холлидей в естественных условиях, отсутствие всех трех нуклеаз имеет только умеренное влияние на формирование перекрестных продуктов.

Двойные мутанты, удаленные как для MLH3 (основной путь), так и для MMS4 (второстепенный путь), показали резко сниженный кроссинговер по сравнению с мутантами дикого типа (в 6-17 раз); однако жизнеспособность спор была достаточно высокой (62%), а расхождение хромосом оказалось в основном функциональным. [15]

Хотя MUS81 является компонентом минорного пути кроссовера в мейозе почкующихся дрожжей, растений и позвоночных, [16] у простейших Tetrahymena thermophila , MUS81, по-видимому, является частью важного, если не преобладающего пути кроссовера. [16] Путь MUS81 также, по-видимому, является преобладающим перекрестным путем у делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe . [16]

В MSH4 и MSH5 белки образуют гетероциклическое-олигомерные структуры (гетеродимера) у дрожжей и человека. [17] [18] [19] В дрожжах Saccharomyces cerevisiae MSH4 и MSH5 действуют специфически, способствуя кроссоверам между гомологичными хромосомами во время мейоза. [17] Комплекс MSH4 / MSH5 связывает и стабилизирует двойные соединения Холлидея и способствует их разделению на продукты кроссинговера. Гипоморфный (частично функциональный) мутант S. cerevisiae MSH4 показал 30% -ное снижение числа кроссоверов по всему геному и большое количество мейозов с необменными хромосомами. [20] Тем не менее, этот мутант привел к паттернам жизнеспособности спор, предполагающим, что сегрегация необменных хромосом происходит эффективно. Таким образом, у S. cerevisiae собственное сегрегация, по-видимому, не полностью зависит от кроссоверов между гомологичными парами.

Использование в нанотехнологиях ДНК [ править ]

Этот супрамолекулярный комплекс с двойным кроссовером (DX) содержит два соединения Холлидея между двумя двойными спиральными доменами, вверху и внизу на этом изображении. Эта плитка способна образовывать двухмерные массивы. [21]
Основная статья: ДНК-нанотехнологии

ДНК-нанотехнология - это разработка и производство искусственных структур нуклеиновых кислот в качестве инженерных материалов для нанотехнологий, а не в качестве носителей генетической информации в живых клетках. Эта область использует разветвленные структуры ДНК в качестве фундаментальных компонентов для создания более сложных, рационально спроектированных структур. Таким образом, соединения Холлидея являются компонентами многих таких структур ДНК. Поскольку изолированные комплексы соединений Холлидея слишком гибки, чтобы собираться в большие упорядоченные массивы, структурные мотивы с множественными соединениями Холлидея используются для создания жестких « плиток », которые затем могут собираться в более крупные «массивы». [22] [23]

Диаграммы комплекса треугольника тенсегрити, содержащего три соединения Холлидея, как изолированно (а), так и как часть кристалла (б, в). В дополнение к показанному двумерному массиву эта структура способна формировать трехмерные кристаллы. [24]

Наиболее распространенным таким мотивом является комплекс двойного кроссовера (DX), который содержит два соединения Холлидея в непосредственной близости друг от друга, что приводит к жесткой структуре, которая может самособираться в более крупные массивы. Структура молекулы DX вынуждает соединения Холлидея принимать конформацию с двухспиральными доменами, расположенными непосредственно бок о бок, в отличие от их предпочтительного угла около 60 °. Комплекс может быть спроектирован таким образом, чтобы обеспечить параллельную или антипараллельную ориентацию соединений, но на практике антипараллельная разновидность ведет себя более хорошо, а параллельная версия используется редко. [22] [23]

Структурный мотив DX является фундаментальным строительным блоком метода ДНК-оригами , который используется для создания более крупных двух- и трехмерных структур произвольной формы. Вместо использования отдельных плиток DX, одна длинная прядь каркаса складывается в желаемую форму с помощью нескольких коротких скоб. При сборке нить каркаса непрерывна через двойные спиральные домены, тогда как нити скобки участвуют в соединениях Холлидея как перекрестные нити. [25]

Были продемонстрированы некоторые типы плиток, которые сохраняют естественный угол перекрестка Холлидей 60 °. В одном из таких массивов используются плитки, содержащие четыре узла Холлидея в виде параллелограмма. Эта структура имела то преимущество, что позволяла непосредственно визуализировать угол перехода с помощью атомно-силовой микроскопии . Плитки из трех переходов Холлидея в виде треугольника были использованы для создания периодических трехмерных массивов для использования в рентгеновской кристаллографии биомолекул. Эти структуры названы из-за их сходства со структурными единицами, основанными на принципе тенсегрити , в котором элементы используются как при растяжении, так и при сжатии. [22] [23]

История [ править ]

Робин Холлидей предложил структуру соединения, которая теперь носит его имя, как часть своей модели гомологичной рекомбинации в 1964 году, основываясь на своих исследованиях организмов Ustilago maydis и Saccharomyces cerevisiae . Модель предоставила молекулярный механизм, объясняющий как конверсию генов, так и хромосомный переход . Холлидей понял, что предлагаемый путь будет создавать сегменты гетеродуплексной ДНК с несоответствием оснований между различными версиями одного гена. Он предсказал, что у клетки будет механизм восстановления несоответствия, который позже был обнаружен. [3] До модели Холлидея в принятой модели использовался механизм выбора копии.[26], где новая цепь синтезируется непосредственно из частей различных родительских цепей. [27]

В исходной модели Холлидея для гомологичной рекомбинации однонитевые разрывы происходят в одной и той же точке на одной цепи каждой родительской ДНК. Затем свободные концы каждой разорванной нити перемещаются к другой спирали ДНК. Там вторгающиеся нити присоединяются к свободным концам, с которыми они сталкиваются, в результате чего получается соединение Холлидея. По мере того, как каждая перекрестная цепь повторно отжигается с исходной партнерской цепью, она вытесняет исходную дополнительную цепь впереди себя. Это заставляет соединение Холлидея мигрировать, создавая сегменты гетеродуплекса. В зависимости от того, какая цепь была использована в качестве матрицы для восстановления другой, четыре клетки, полученные в результате мейоза, могут иметь три копии одного аллеля и только одну из других, вместо нормальных двух аллелей каждого, свойство, известное как преобразование генов. . [3]

Исходная модель Холлидея предполагала, что гетеродуплексная ДНК будет присутствовать на обеих хромосомах, но экспериментальные данные по дрожжам опровергли это. Обновленная модель Мэтта Мезельсона и Чарли Рэддинга в 1975 году представила идею миграции ветвей. [26] Дальнейшие наблюдения в 1980-х годах привели к предложению альтернативных механизмов рекомбинации, таких как модель двухцепочечного разрыва ( Джек Шостак , Франк Шталь и другие) и модель одноцепочечного отжига. Третья, модель зависимого от синтеза отжига цепей, не включала соединения Холлидея. [3]

Первое экспериментальное доказательство структуры соединения Холлидея было получено в результате исследований с помощью электронной микроскопии в конце 1970-х годов, когда четырехлепестковая структура была четко видна на изображениях плазмидной и бактериофаговой ДНК. Позднее, в 1980-х годах, были идентифицированы ферменты, ответственные за инициирование образования и связывание с соединениями Холлидея, хотя по состоянию на 2004 г. идентификация резольваз соединений Холлидея у млекопитающих оставалась неуловимой (однако, см. Раздел «Разрешение соединений Холлидея» выше для получения дополнительной информации. последняя информация). В 1983 году Надриан Симан впервые сконструировал искусственные соединения Холлидея из синтетических олигонуклеотидов ., что позволяет более непосредственно изучать их физические свойства. Большая часть раннего анализа структуры соединений Холлидея была сделана на основе гель-электрофореза , FRET , а также исследований следов гидроксильных радикалов и нуклеаз . В 1990-х годах стали доступны методы кристаллографии и ЯМР нуклеиновых кислот , а также инструменты компьютерного молекулярного моделирования . [1] [3] [28]

Первоначально генетики предполагали, что соединение будет принимать параллельную, а не антипараллельную конформацию, потому что это приведет к более близкому выравниванию гомологичных дуплексов друг с другом. [1] Химический анализ в 1980-х годах показал, что соединение фактически предпочло антипараллельную конформацию, открытие, которое было сочтено спорным, и сам Робин Холлидей сначала сомневался в результатах. [1] [3] Антипараллельная структура позже получила широкое признание благодаря данным рентгеновской кристаллографии о молекулах in vitro , хотя с 2004 г. последствия для структуры in vivo оставались неясными, особенно структура соединений часто изменялась белками. привязан к нему.[3]

Концептуальные основы нанотехнологии ДНК были впервые заложены Надрианом Симаном в начале 1980-х годов. [29] В то время был известен ряд естественных разветвленных структур ДНК, в том числе вилка репликации ДНК и мобильное соединение Холлидея, но, по мнению Симана, неподвижные соединения нуклеиновых кислот могут быть созданы путем правильного проектирования последовательностей цепей для удаления симметрии в собранная молекула, и что эти неподвижные переходы в принципе могут быть объединены в жесткие кристаллические решетки. Первая теоретическая статья, предлагающая эту схему, была опубликована в 1982 году, а первая экспериментальная демонстрация неподвижного соединения ДНК была опубликована в следующем году. [23] [30]Симан разработал более жесткий мотив двойного кроссовера (DX) , подходящий для формирования двумерных решеток, продемонстрированный им и Эриком Винфри в 1998 году . [22] В 2006 году Пол Ротемунд впервые продемонстрировал технику ДНК-оригами для простого и надежного создания свернутых структур ДНК произвольной формы. Этот метод позволил создать структуры гораздо большего размера, чем это было возможно ранее, и которые технически менее требовательны для проектирования и синтеза. [31] Синтез трехмерной решетки был наконец опубликован Симаном в 2009 году, почти через тридцать лет после того, как он намеревался его реализовать. [32]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Б с д е е г ч я J к л м н Лилли, Дэвид МДж (2000). «Структуры спиральных соединений в нуклеиновых кислотах». Ежеквартальные обзоры биофизики . 33 (2): 109–159. DOI : 10.1017 / S0033583500003590 . PMID  11131562 .
  2. ^ Блумфилд, Виктор А .; Crothers, Donald M .; Тиноко-младший, Игнасио (2000). Нуклеиновые кислоты: строение, свойства и функции . Саусалито, Калифорния: Научные книги университета. п. 468 . ISBN 0935702490.
  3. ^ a b c d e f g h Лю Й., West S (2004). «С праздником: 40-летие перекрестка Холлидей». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология . 5 (11): 937–44. DOI : 10.1038 / nrm1502 . PMID 15520813 . 
  4. ^ Sung, P; Кляйн, H (октябрь 2006 г.). «Механизм гомологичной рекомбинации: регуляторные функции берут на себя медиаторы и геликазы». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология . 7 (10): 739–750. DOI : 10.1038 / nrm2008 . PMID 16926856 . 
  5. ^ Хартель, Дэниел Л .; Джонс, Элизабет В. (2009). «Глава 6: Молекулярная биология репликации и рекомбинации ДНК» . Генетика: анализ генетики и геномов . Берлингтон: Джонс и Бартлетт.
  6. ^ Helleday, T. «Ремонт двухцепочечного разрыва с помощью двойных соединений Холлидея (модель Шостака)» . Анимация . Массачусетский технологический институт.
  7. ^ Роча, EPC; Корнет, E; Мишель, Б. (август 2005 г.). «Сравнительный и эволюционный анализ бактериальных гомологичных рекомбинационных систем» . PLoS Genetics . 1 (2): e15. DOI : 10.1371 / journal.pgen.0010015 . PMC 1193525 . PMID 16132081 .  
  8. ^ Флейшман Jr, WR (1996). «Глава 43» . Медицинская микробиология (4-е изд.). Медицинский филиал Техасского университета в Галвестоне. ISBN 0-9631172-1-1.
  9. ^ Запад SC (2003). «Молекулярные взгляды на рекомбинационные белки и их контроль». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология . 4 (6): 435–45. DOI : 10.1038 / nrm1127 . PMID 12778123 . 
  10. Перейти ↑ Kowalczykowski SC (2000). «Инициирование генетической рекомбинации и рекомбинационно-зависимой репликации». Направления биохимических наук . 25 (4): 156–65. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (00) 01569-3 . PMID 10754547 . 
  11. ^ Бони, MF; де Йонг, доктор медицины; ван Дорн, HR; Холмс, ЕС; Мартин, Даррен П. (3 мая 2010 г.). Мартин, Даррен П. (ред.). «Рекомендации по выявлению случаев гомологичной рекомбинации у вируса гриппа А» . PLoS ONE . 5 (5): e10434. DOI : 10.1371 / journal.pone.0010434 . PMC 2862710 . PMID 20454662 .  
  12. ^ а б Захарьевич, К; Тан, S; Май; Хантер, Н. (апрель 2012 г.). «Определение совместных путей разрешения молекул в мейозе позволяет идентифицировать кроссинговер-специфическую резольвазу» . Cell . 149 (2): 334–47. DOI : 10.1016 / j.cell.2012.03.023 . PMC 3377385 . PMID 22500800 .  
  13. ^ а б Ранджа, L; Ананд, Р; Cejka, P (2014). «Гетеродимер Saccharomyces cerevisiae Mlh1-Mlh3 представляет собой эндонуклеазу, которая предпочтительно связывается с соединениями Холлидея» . J. Biol. Chem . 289 (9): 5674–86. DOI : 10.1074 / jbc.M113.533810 . PMC 3937642 . PMID 24443562 .  
  14. ↑ Рогачева М.В., Манхарт CM, Чен С, Гуарне А, Сёртиз Дж, Алани Э (2014). «Mlh1-Mlh3, фактор мейотического кроссовера и репарации ошибочного спаривания ДНК, является эндонуклеазой, стимулированной Msh2-Msh3» . J. Biol. Chem . 289 (9): 5664–73. DOI : 10.1074 / jbc.M113.534644 . PMC 3937641 . PMID 24403070 .  
  15. ^ a b Sonntag Brown M, Lim E, Chen C, Nishant KT, Alani E (2013). «Генетический анализ мутаций mlh3 показывает взаимодействие между факторами, способствующими кроссоверу, во время мейоза у пекарских дрожжей» . G3: Гены, геномы, генетика . 3 (1): 9–22. DOI : 10,1534 / g3.112.004622 . PMC 3538346 . PMID 23316435 .  
  16. ^ a b c Лукашевич А., Ховард-Тилль Р.А., Лоидл Дж. (2013). «Нуклеаза Mus81 и геликаза Sgs1 необходимы для мейотической рекомбинации у протиста, лишенного синаптонемного комплекса» . Nucleic Acids Res . 41 (20): 9296–309. DOI : 10.1093 / NAR / gkt703 . PMC 3814389 . PMID 23935123 .  
  17. ^ a b Pochart P, Woltering D, Hollingsworth NM (1997). «Сохранение свойств между функционально различными гомологами MutS в дрожжах» . J. Biol. Chem . 272 (48): 30345–9. DOI : 10.1074 / jbc.272.48.30345 . PMID 9374523 . 
  18. ^ Winand NJ, Panzer JA, Колоднер RD (1998). «Клонирование и характеристика гомологов человека и Caenorhabditis elegans гена MSH5 Saccharomyces cerevisiae». Геномика . 53 (1): 69–80. DOI : 10.1006 / geno.1998.5447 . PMID 9787078 . 
  19. ^ Bocker Т, Barusevicius А, Т Сноуден, Rasio D, Guerrette S, D Robbins, Шмидт С, Burczak Дж, Кроче СМ, Copeland Т, Kovatich AJ, Фишел R (1999). «hMSH5: гомолог MutS человека, который образует новый гетеродимер с hMSH4 и экспрессируется во время сперматогенеза». Cancer Res . 59 (4): 816–22. PMID 10029069 . 
  20. ^ Кришнапрасад Г. Н., Ананд М. Т., Лин Г., Теккедил М. М., Штейнмец Л. М., Нишант К. Т. (2015). «Вариация частот кроссовера нарушает гарантию кроссовера, не влияя на сегрегацию мейотических хромосом у Saccharomyces cerevisiae» . Генетика . 199 (2): 399–412. DOI : 10.1534 / genetics.114.172320 . PMC 4317650 . PMID 25467183 .  
  21. Перейти ↑ Mao, Chengde (декабрь 2004 г.). «Возникновение сложности: уроки ДНК» . PLoS Биология . 2 (12): 2036–2038. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0020431 . PMC 535573 . PMID 15597116 .  
  22. ^ a b c d Симан, Надриан К. (июнь 2004 г.). «Нанотехнологии и двойная спираль». Scientific American . 290 (6): 64–75. DOI : 10.1038 / Scientificamerican0604-64 . PMID 15195395 . 
  23. ^ a b c d Симан, Надриан К. (2010). «Наноматериалы на основе ДНК» . Ежегодный обзор биохимии . 79 : 65–87. DOI : 10.1146 / annurev-biochem-060308-102244 . PMC 3454582 . PMID 20222824 .  
  24. ^ Пан, Кеяо; Ким, До-Ньюн; Чжан, Фэй; Адендорф, Мэтью Р .; Ян, Хао; Купайся, Марк (3 декабря 2014 г.). «Бесклеточное предсказание трехмерной структуры запрограммированных сборок ДНК» . Nature Communications . 5 : 5578. DOI : 10.1038 / ncomms6578 . PMC 4268701 . PMID 25470497 .  
  25. ^ Сакка, Барбара; Нимейер, Кристоф М. (2012). «ДНК оригами: искусство складывания ДНК» (PDF) . Angewandte Chemie International Edition . 51 (1): 58–66. DOI : 10.1002 / anie.201105846 . PMID 22162047 . Проверено 25 февраля 2015 года .  
  26. ^ a b Stahl FW (1 октября 1994 г.). "Перекресток Холлидей к его тридцатилетию" ( PDF ) . Генетика . 138 (2): 241–246. PMC 1206142 . PMID 7828807 .   
  27. ^ Успехи генетики . Академическая пресса. 1971. ISBN. 9780080568027.
  28. Перейти ↑ Hays FA, Watson J, Ho PS (2003). «Осторожно! Скрещивание ДНК: кристаллические структуры узлов Холлидея» . J Biol Chem . 278 (50): 49663–49666. DOI : 10.1074 / jbc.R300033200 . PMID 14563836 . 
  29. ^ Пелеско, Джон А. (2007). Самосборка: наука о том, что соединяется вместе . Нью-Йорк: Chapman & Hall / CRC. С. 201, 242, 259. ISBN 978-1-58488-687-7.
  30. ^ Пинейро, А.В.; Рука.; Ши, ВМ; Ян, Х. (декабрь 2011 г.). «Вызовы и возможности структурной нанотехнологии ДНК» . Природа Нанотехнологии . 6 (12): 763–772. DOI : 10.1038 / nnano.2011.187 . PMC 3334823 . PMID 22056726 .  
  31. ^ Ротемунд, Пол WK (2006). «Каркасное ДНК-оригами: от обобщенных мультиперекрестков до полигональных сетей». Ин Чен, Чжунхуэй; Йоноска, Наташа; Розенберг, Гжегож (ред.). Нанотехнологии: наука и вычисления . Серия Natural Computing. Нью-Йорк: Спрингер. стр.  3 -21. DOI : 10.1007 / 3-540-30296-4_1 . ISBN 978-3-540-30295-7.
  32. ↑ Service, Роберт Ф. (3 июня 2011 г.). «ДНК-нанотехнология растет». Наука . 332 (6034): 1140–1143. DOI : 10.1126 / science.332.6034.1140 . PMID 21636754 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Holliday + переходы в Национальную медицинскую библиотеку США по предметным заголовкам по медицинским предметам (MeSH)
  • Конформационное изменение перекрестка Холлидей
  • Анализ активности миграции ветвей белков с использованием синтетических ДНК-субстратов (протокол)