Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
"HERV" перенаправляется сюда. Для использования в других целях, см Herv (значения) .
Дендрограмма различных классов эндогенных ретровирусов

Эндогенные ретровирусы ( ERV ) - это эндогенные вирусные элементы в геноме, которые очень похожи на ретровирусы и могут быть получены из них. Их много в геномах челюстных позвоночных , и они составляют до 5-8% генома человека (нижняя оценка ~ 1%). [1] [2] ERV представляют собой вертикально унаследованную провирусную последовательность и подкласс типа гена, называемого транспозоном , который обычно может быть упакован и перемещен внутри генома, чтобы играть жизненно важную роль в экспрессии генов и регуляции . [3] [4]Однако ERV лишены большей части функции транспозона, обычно не являются инфекционными и часто являются дефектными геномными остатками ретровирусного цикла репликации. [5] [6] Их называют ретроэлементами провируса зародышевой линии из-за их интеграции и обратной транскрипции в ядерный геном клетки-хозяина. Исследователи предположили, что ретровирусы произошли от типа транспозона, называемого ретротранспозоном, элементом класса I; [7] эти гены могут мутировать, и вместо перемещения в другое место в геноме они могут стать экзогенными или патогенными. Это означает, что не все ERV могли возникнуть в результате вставки ретровируса, но что некоторые из них могли быть источником генетической информации в ретровирусах, на которые они похожи. [8] Когда интеграция вирусной ДНК происходит в зародышевой линии, это может дать начало ERV, который позже может закрепиться в генофонде популяции хозяина. [1] [9]

Формирование [ править ]

Цикл репликации ретровируса влечет за собой встраивание («интеграцию») копии ДНК вирусного генома в ядерный геном клетки- хозяина . Большинство ретровирусов инфицируют соматические клетки , но иногда может происходить инфицирование клеток зародышевой линии (клеток, вырабатывающих яйцеклетки и сперму). В редких случаях интеграция ретровируса может происходить в клетке зародышевой линии, которая продолжает развиваться в жизнеспособный организм. Этот организм будет нести встроенный ретровирусный геном как неотъемлемую часть своего собственного генома - «эндогенный» ретровирус (ERV), который может быть унаследован его потомками как новый аллель.. Многие ERV сохраняются в геноме своих хозяев миллионы лет. Однако большинство из них приобрели инактивирующие мутации во время репликации ДНК хозяина и больше не способны продуцировать вирус. ERV также могут быть частично вырезаны из генома с помощью процесса, известного как рекомбинационная делеция, при котором рекомбинация между идентичными последовательностями, фланкирующими вновь интегрированные ретровирусы, приводит к удалению внутренних, кодирующих белок областей вирусного генома.

Общий геном ретровируса состоит из трех генов, жизненно важных для инвазии, репликации, ускользания и распространения его вирусного генома. Эти три гена - gag (кодирует структурные белки ядра вируса), pol (кодирует обратную транскриптазу , интегразу и протеазу ) и env (кодирует белки оболочки вируса). Эти вирусные белки кодируются как полипротеины.. Для осуществления своего жизненного цикла ретровирус в значительной степени полагается на механизмы клетки-хозяина. Протеаза разрушает пептидные связи вирусных полипротеинов, делая отдельные белки функциональными. Функция обратной транскриптазы заключается в синтезе вирусной ДНК из вирусной РНК в цитоплазме клетки-хозяина до того, как она попадет в ядро. Интеграция направляет интеграцию вирусной ДНК в геном хозяина. [9] [10]

Со временем геном ERV не только приобретает точечные мутации, но также перетасовывается и рекомбинируется с другими ERV. [11] ERV с разрушенной оболочкой окружающей среды становятся более склонными к распространению. [12]

Роль в геномной эволюции [ править ]

Диаграмма, отображающая интеграцию вирусной ДНК в геном хозяина

Эндогенные ретровирусы могут играть активную роль в формировании геномов. Большинство исследований в этой области сосредоточено на геномах людей и высших приматов, но другие позвоночные, такие как мыши и овцы, также были глубоко изучены. [13] [14] [15] [16] Последовательности длинных концевых повторов ( LTR ), фланкирующие геномы ERV, часто действуют как альтернативные промоторы и энхансеры , часто внося свой вклад в транскриптом , производя тканеспецифичные варианты. Кроме того, ретровирусные белкисами были адаптированы для выполнения новых функций хозяина, особенно при воспроизводстве и развитии. Рекомбинация между гомологичными ретровирусными последовательностями также способствовала перетасовке генов и генерации генетических вариаций. Более того, в случае потенциально антагонистических эффектов ретровирусных последовательностей репрессорные гены эволюционировали совместно, чтобы бороться с ними.

Около 90% эндогенных ретровирусов являются одиночными LTR, лишенными всех открытых рамок считывания (ORF). [17] Было показано, что одиночные LTR и LTR, связанные с полными ретровирусными последовательностями, действуют как транскрипционные элементы в генах хозяина. Диапазон их действия в основном заключается в вставке в 5 ' UTR генов, кодирующих белок; Однако они, как известно, действуют на гены до 70-100  кб прочь. [13] [18] [19] [20] Большинство этих элементов вставлены в смысловом направлении к своим соответствующим генам, но были доказательства того, что LTR действуют в антисмысловом направлении и как двунаправленный промотор для соседних генов. [21] [22]В некоторых случаях LTR функционирует как главный промотор гена. Например, у человека AMY1C имеет полную последовательность ERV в своей промоторной области; связанный LTR обеспечивает специфическую экспрессию пищеварительного фермента амилазы в слюне . [23] Кроме того, первичный промотор для CoA желчной кислоты: N-ацилтрансфераза аминокислоты (BAAT), которая кодирует фермент, который является неотъемлемой частью метаболизма желчи, имеет LTR-происхождение. [19] [24]

Встраивание одиночного LTR ERV-9 могло вызвать функциональную открытую рамку считывания, что привело к возрождению гена GTPase, связанного с иммунитетом человека (IRGM). [25] Также было показано, что вставки ERV генерируют альтернативные сайты сплайсинга либо путем прямой интеграции в ген, как в случае рецептора гормона лептина человека, либо за счет экспрессии расположенного выше LTR, как в случае белка, подобного фосфолипазе A-2. [26]

Однако большую часть времени LTR функционирует как один из многих альтернативных промоторов, часто обеспечивая тканеспецифическую экспрессию, связанную с воспроизводством и развитием. Фактически, 64% известных вариантов транскрипции, способствующих LTR, экспрессируются в репродуктивных тканях. [27] Например, ген CYP19 кодирует ароматазу P450, важный фермент для синтеза эстрогена, который обычно экспрессируется в головном мозге и репродуктивных органах большинства млекопитающих. [19] Тем не менее, у приматов вариант транскрипции, обеспечиваемый LTR, передает экспрессию плаценте и отвечает за контроль уровня эстрогена во время беременности. [19] Кроме того, нейрональный белок, ингибирующий апоптоз,(NAIP), обычно широко распространенный, имеет LTR семейства HERV-P, действующий как промотор, придающий экспрессию семенникам и простате. [28] Другие белки, такие как синтаза оксида азота 3 (NOS3), рецептор интерлейкина-2 B (IL2RB) и другой медиатор синтеза эстрогена, HSD17B1, также альтернативно регулируются LTR, которые обеспечивают экспрессию плаценты, но их специфические функции являются пока не известно. [24] [29] Считается, что высокая степень репродуктивной экспрессии является последствием метода, которым они были эндогенизированы; однако это также может быть связано с отсутствием метилирования ДНК в тканях зародышевой линии. [24]

Наиболее хорошо охарактеризованный пример экспрессии плацентарного белка происходит не от альтернативно промотированного гена-хозяина, а от полной ко-опции ретровирусного белка. Ретровирусные слитные белки env, которые играют роль в проникновении вириона в клетку-хозяина, оказали важное влияние на развитие плаценты млекопитающих . У млекопитающих интактные белки env, называемые синцитинами , отвечают за образование и функцию синцитиотрофобластов . [15] Эти многоядерные клетки в основном отвечают за поддержание обмена питательными веществами и отделение плода от иммунной системы матери. [15]Было высказано предположение, что отбор и фиксация этих белков для этой функции сыграли решающую роль в эволюции живорождения . [30]

Кроме того, вставка ERV и их соответствующих LTR может вызвать хромосомную перестройку из-за рекомбинации между вирусными последовательностями в межхромосомных локусах. Было показано, что эти перестройки вызывают дупликации и делеции генов, которые в значительной степени способствуют пластичности генома и резко изменяют динамику функции генов. [31] Кроме того, ретроэлементы в целом широко распространены в быстро развивающихся семействах генов, специфичных для млекопитающих, функция которых в значительной степени связана с реакцией на стресс и внешние раздражители. [19] В частности, гены MHC класса I и класса II человека имеют высокую плотность элементов HERV по сравнению с другими семействами мультилокусных генов. [26]Было показано, что HERV вносят вклад в формирование сильно дублированных блоков дупликонов, которые составляют семейство генов HLA класса 1. [32] Более конкретно, HERV в основном занимают регионы внутри и между точками разрыва между этими блоками, указывая тем самым, что значительные события дупликации и делеций, обычно связанные с неравным кроссовером, способствовали их образованию. [33] Генерация этих блоков, унаследованных как иммуно-гаплотипы, действует как защитный полиморфизм против широкого спектра антигенов, которые могли придавать людям преимущество перед другими приматами. [32]

Было высказано предположение, что характеристика плаценты как очень эволюционно обособленных органов у разных видов является результатом кооптации энхансеров ERV. Регуляторные мутации вместо мутаций в генах, кодирующих гормоны и факторы роста , поддерживают известную эволюцию морфологии плаценты, тем более что большинство генов гормонов и факторов роста экспрессируются в ответ на беременность, а не во время развития плаценты. Исследователи изучили регуляторный ландшафт развития плаценты у крыс и мышей, двух близкородственных видов. Это было сделано путем картирования всех регуляторных элементов стволовых клеток трофобласта крысы (TSC) и сравнения их с ихортологи в TSC мыши. TSC наблюдались, потому что они отражают исходные клетки, которые развиваются в плаценте плода. Несмотря на их ощутимое сходство, энхансерные и репрессированные области были в основном видоспецифичными. Однако большинство промоторных последовательностей у мыши и крысы было консервативным. В заключение своего исследования исследователи предположили, что ERV влияют на видоспецифичную эволюцию плаценты через посредство роста плаценты, иммуносупрессии и слияния клеток . [34]

Другим примером использования клеточных механизмов ERV является p53 , ген-супрессор опухоли (TSG). Повреждение ДНК и клеточный стресс индуцируют путь p53, который приводит к апоптозу клеток . Используя иммунопреципитацию хроматина с секвенированием, тридцать процентов всех сайтов связывания р53 были локализованы в копиях нескольких семейств ERV, специфичных для приматов. Исследование показало, что это приносит пользу ретровирусам, поскольку механизм p53 обеспечивает быструю индукцию транскрипции, что приводит к выходу вирусной РНК из клетки-хозяина. [7]

Наконец, встраивание ERV или элементов ERV в генные области ДНК хозяина или сверхэкспрессия их транскрипционных вариантов имеет гораздо более высокий потенциал для получения вредных эффектов, чем положительные. Их появление в геноме создало коэволюционную динамику паразита и хозяина, которая усилила дупликацию и экспансию репрессорных генов. Наиболее наглядный пример этого - быстрое дублирование и пролиферация тандемных генов « цинковые пальцы» в геномах млекопитающих. Гены цинковых пальцев, особенно те, которые включают домен KRAB, существуют в большом количестве копий в геномах позвоночных, и их диапазон функций ограничен транскрипционными ролями. [35]Однако на млекопитающих было показано, что диверсификация этих генов происходит из-за множественных событий дупликации и фиксации в ответ на новые ретровирусные последовательности или их эндогенные копии, подавляющие их транскрипцию. [20]

Роль в болезни [ править ]

Большинство ERV, которые встречаются в геномах позвоночных, являются древними, инактивированными мутациями и достигли генетической фиксации в своих видах-хозяевах. По этим причинам крайне маловероятно, что они окажут негативное воздействие на своих хозяев, за исключением необычных обстоятельств. Тем не менее, из исследований на птицах и других видах млекопитающих, включая мышей, кошек и коал , ясно , что более молодые (т.е. недавно интегрированные) ERV могут быть связаны с заболеванием [36] . Количество активных ERV в геноме млекопитающих отрицательно связано с размером их тела, что предполагает вклад в парадокс Пето через патогенез рака. [37] Это побудило исследователей предположить роль ERV в нескольких формах рака человека и аутоиммунных заболеваний , хотя убедительных доказательств нет. [38] [39] [40] [41]

Неврологические расстройства [ править ]

Предполагается, что у людей ERV вовлечены в рассеянный склероз (РС). Сообщалось о специфической ассоциации между MS и геном ERVWE1 или «синцитина», который происходит из вставки ERV, наряду с присутствием «MS-ассоциированного ретровируса» (MSRV) у пациентов с этим заболеванием. [42] [43] ERV человека (HERV) также вовлечены в БАС [44] и зависимость. [45] [46] [47]

В 2004 году сообщалось, что антитела к HERV чаще обнаруживались в сыворотках людей с шизофренией . Кроме того, спинномозговая жидкость людей с недавно начавшейся шизофренией содержала уровни ретровирусного маркера, обратной транскриптазы , в четыре раза выше, чем у контрольных субъектов. [48] Исследователи продолжают изучать возможную связь между HERV и шизофренией с дополнительной возможностью запуска инфекции, вызывающей шизофрению . [49]

Иммунитет [ править ]

Было обнаружено, что ERV связаны с заболеванием не только через отношения, вызывающие болезнь, но и через иммунитет. Частота ERV в длинных концевых повторах (LTR), вероятно, коррелирует с вирусной адаптацией, чтобы воспользоваться сигнальными путями иммунитета, которые способствуют вирусной транскрипции и репликации. В исследовании, проведенном в 2016 году, изучалась польза древней вирусной ДНК, интегрированной в организм хозяина через сети регуляции генов, индуцированные интерферонами , ветвью врожденного иммунитета. [50] Эти цитокины первыми реагируют на вирусную инфекцию, а также важны для иммунного надзора за злокачественными клетками. [51]Предполагается, что ERV действуют как цис-регуляторные элементы, но большая часть адаптивных последствий этого для определенных физиологических функций все еще неизвестна. Существуют данные, которые подтверждают общую роль ERV в регуляции ответа человеческого интерферона, в частности, на интерферон-гамма (IFNG). Например, было обнаружено, что гены, стимулированные интерфероном, в значительной степени обогащены ERV, связанными с преобразователем сигнала и активатором транскрипции (STAT1) и / или регуляторным фактором интерферона (IRF1) в макрофагах CD14 + . [1]

HERV также играют различные роли в формировании ответа врожденного иммунитета человека , при этом некоторые последовательности активируют систему, а другие подавляют ее. Они также могут защищать от экзогенных ретровирусных инфекций: вирусоподобные транскрипты могут активировать рецепторы распознавания образов , а белки могут мешать активным ретровирусам. Показано, что белок GAG из HERV-K (HML2) смешивается с Gag ВИЧ, в результате нарушая образование капсида ВИЧ. [52]

Генная регуляция [ править ]

Другая предложенная идея заключалась в том, что ERV из одного семейства играют роль в рекрутировании нескольких генов в одну и ту же сеть регуляции. Было обнаружено, что элементы MER41 обеспечивают дополнительное избыточное регуляторное усиление генов, расположенных рядом с сайтами связывания STAT1. [1]

Роль в медицине [ править ]

Эндогенный ретровирус свиней [ править ]

См. Также: Ксенотрансплантация § Эндогенные ретровирусы свиней

Для людей эндогенные ретровирусы свиней (PERV) представляют проблему при использовании тканей и органов свиней при ксенотрансплантации, трансплантации живых клеток, тканей и органов из организма одного вида в организм другого вида. Хотя свиньи, как правило, являются наиболее подходящими донорами для лечения заболеваний органов человека по практическим, финансовым, безопасным и этическим причинам, [50] PERV ранее не могли быть удалены от свиней из-за их вирусной природы, которая интегрируется в геном хозяина и передается. в потомство до 2017 года, когда лаборатория доктора Джорджа Черча удалила все 62 ретровируса из генома свиней. [53] Последствия межвидовой передачи остаются неизученными и имеют очень опасный потенциал. [54]

Исследователи указали, что инфицирование тканей человека PERV очень возможно, особенно у людей с ослабленным иммунитетом. Состояние с подавленным иммунитетом потенциально может позволить более быструю и стойкую репликацию вирусной ДНК, и впоследствии будет меньше проблем с адаптацией к передаче от человека к человеку. Хотя известные инфекционные патогены, присутствующие в донорском органе / ткани, могут быть устранены путем разведения стада, свободного от патогенов, у донора могут присутствовать неизвестные ретровирусы. Эти ретровирусы часто являются латентными и бессимптомными у донора, но могут становиться активными у реципиента. Некоторые примеры эндогенных вирусов, которые могут инфицировать и размножаться в клетках человека, происходят от павианов (BaEV), кошек (RD114) и мышей. [50]

Существует три разных класса PERV: PERV-A, PERV-B и PERV-C. PERV-A и PERV-B являются политропными и могут инфицировать клетки человека in vitro, тогда как PERV-C экотропен и не реплицируется на человеческих клетках. Основные различия между классами заключаются в домене связывания рецептора белка env и длинных концевых повторах (LTR), которые влияют на репликацию каждого класса. PERV-A и PERV-B отображают LTR, которые имеют повторы в U3область, край. Однако PERV-A и PERV-C показывают повторяющиеся LTR. Исследователи обнаружили, что PERV в культуре активно адаптировались к повторяющейся структуре своих LTR, чтобы соответствовать наилучшим характеристикам репликации, которые могла выполнять клетка-хозяин. В конце своего исследования исследователи пришли к выводу, что повторяющиеся PERV LTR произошли от повторяющихся LTR. Вероятно, это произошло из-за инсерционной мутации и было доказано с использованием данных о LTR и env / Env. Считается, что генерация повторяющихся LTR может отражать процесс адаптации вируса, переходящий от экзогенного к эндогенному образу жизни. [55]

В ходе клинического исследования, проведенного в 1999 г., были отобраны 160 пациентов, которые лечились различными тканями живых свиней, и не было обнаружено никаких доказательств стойкой инфекции PERV у 97% пациентов, у которых для ПЦР было доступно достаточное количество ДНК для амплификации последовательностей PERV. Однако в этом исследовании говорится, что ретроспективные исследования ограничиваются выявлением истинной частоты инфекции или связанных клинических симптомов. Было предложено использовать тщательно контролируемые проспективные исследования, которые предоставят более полную и подробную оценку возможной межвидовой передачи PERV и сравнение PERV. [56]

Эндогенные ретровирусы человека [ править ]

"HERV" перенаправляется сюда. Для использования в других целях, см Herv (значения) .

Эндогенные ретровирусы человека (HERV) составляют значительную часть генома человека , примерно 98 000 элементов и фрагментов ERV составляют 5–8%. [1] Согласно исследованию, опубликованному в 2005 году, HERV, способные к репликации, не были идентифицированы; все оказались дефектными, содержали серьезные делеции или бессмысленные мутации. Это потому, что большинство HERV - это просто следы исходных вирусов, впервые интегрированных миллионы лет назад. Анализ интеграции HERV продолжается в рамках проекта « 100 000 геномов» . [57]

Эндогенные ретровирусы человека были обнаружены случайно в нескольких различных экспериментах. Геномные библиотеки человека были подвергнуты скринингу в условиях низкой строгости с использованием зондов из ретровирусов животных, что позволило выделить и охарактеризовать несколько, хотя и дефектных, провирусов, которые представляли различные семейства. Другой эксперимент зависел от олигонуклеотидов, гомологичных сайтам связывания вирусных праймеров. [1]

HERV классифицируются на основе их гомологии с ретровирусами животных. Семейства, принадлежащие к классу I, сходны по последовательности с гаммаретровирусами млекопитающих (тип C) и эпсилонретровирусами (тип E). Семейства, принадлежащие к классу II, демонстрируют гомологию с бетаретровирусами (тип B) и дельтаретровирусами (тип D) млекопитающих . Семейства, относящиеся к классу III, похожи на пенистые вирусы . Для всех классов, если гомологии выглядят хорошо законсервированными в генах gag , pol и env , они группируются в суперсемейство . Известно, что существует больше семей класса I. [1] [11]Сами семейства названы менее единообразно, со смесью наименований на основе экзогенного ретровируса, праймирующей тРНК (HERV-W, K) или некоторого соседнего гена (HERV-ADP), номера клонга (HERV-S71). или какой-либо аминокислотный мотив (HERV-FRD). Предлагаемая номенклатура призвана очистить иногда парафилетические стандарты. [58]

Есть два предположения о том, как HERV закрепились в геноме человека. Первый предполагает, что когда-то в процессе эволюции человека экзогенные предшественники HERV внедрялись в клетки зародышевой линии, а затем реплицировались вместе с генами хозяина, используя и эксплуатируя клеточные механизмы хозяина. Из-за своей особой геномной структуры HERV подвергались множеству раундов амплификации и транспозиции, что привело к широкому распространению ретровирусной ДНК. Вторая гипотеза предполагает непрерывную эволюцию ретро-элементов от более простых по структуре предков. [1]

Тем не менее, одно семейство вирусов активно с момента расхождения людей и шимпанзе . Это семейство, получившее название HERV-K (HML2), составляет менее 1% элементов HERV, но является одним из наиболее изученных. Есть признаки того, что он был активен в последние несколько сотен тысяч лет, например, некоторые люди несут больше копий HML2, чем другие. [59] Традиционно оценка возраста HERV выполняется путем сравнения 5 'и 3' LTR HERV; однако этот метод актуален только для полноразмерных HERV. Недавний метод, называемый перекрестным датированием, [60]использует вариации в пределах одного LTR для оценки возраста вставок HERV. Этот метод более точен при оценке возраста HERV и может использоваться для любых вставок HERV. Поперечное датирование было использовано, чтобы предположить, что два члена HERV-K (HML2), HERV-K106 и HERV-K116, были активны в течение последних 800000 лет и что HERV-K106, возможно, заразил современных людей 150 000 лет назад. [61] Однако отсутствие известных инфекционных членов семейства HERV-K (HML2) и отсутствие элементов с полным кодирующим потенциалом в опубликованной последовательности генома человека наводит на мысль о том, что это семейство с меньшей вероятностью будет активным. в настоящий момент. В 2006 и 2007 годах исследователи, работавшие независимо во Франции и США, воссоздали функциональные версии HERV-K (HML2). [62] [63]

MER41.AIM2 - это HERV, который регулирует транскрипцию AIM2 (отсутствует в меланоме 2), который кодирует датчик чужеродной цитозольной ДНК. Он действует как сайт связывания для AIM2, что означает, что он необходим для транскрипции AIM2. Исследователи показали это, удалив MER41.AIM2 в клетках HeLa с помощью CRISPR / Cas9, что привело к неопределяемому уровню транскрипта AIM2 в модифицированных клетках HeLa. Контрольные клетки, которые все еще содержали ERV MER41.AIM2, наблюдались с нормальными количествами транскрипта AIM2. Что касается иммунитета, исследователи пришли к выводу, что MER41.AIM2 необходим для воспалительного ответа на инфекцию. [64]

Иммунологические исследования показали некоторые доказательства иммунного ответа Т-клеток против HERV у ВИЧ-инфицированных. [65] Гипотеза о том, что ВИЧ индуцирует экспрессию HERV в ВИЧ-инфицированных клетках, привела к предположению, что вакцина, нацеленная на антигены HERV, может специфически уничтожать ВИЧ-инфицированные клетки. Потенциальное преимущество этого нового подхода состоит в том, что, используя антигены HERV в качестве суррогатных маркеров ВИЧ-инфицированных клеток, можно обойти трудности, связанные с прямым нацеливанием на заведомо разнообразные и быстро мутирующие антигены ВИЧ. [65]

Есть несколько классов эндогенных ретровирусов человека, которые все еще имеют неповрежденные открытые рамки считывания. Например, экспрессия HERV-K, биологически активного семейства HERV, продуцирует белки, обнаруженные в плаценте. Кроме того, экспрессия генов оболочки HERV-W ( ERVW-1 ) и HERV-FRD ( ERVFRD-1 ) продуцирует синцитины, которые важны для образования слоя синцитиотрофобластных клеток во время плацентогенеза, индуцируя слияние клеток с клетками. [66] Гена Номенклатура комитета HUGO (HGNC) утверждает символы гена для расшифрованных ERVs человека. [67]

Методы описания ERV [ править ]

Секвенирование всего генома [ править ]

Пример: свиная ERV (PERV) китайское происхождение minipig изолят, PERV-A-BM, секвенировали полностью , и наряду с различными породами и клеточными линиями для того , чтобы понять его генетическую изменчивость и эволюцию. Наблюдаемое количество нуклеотидных замен и среди различных последовательностей генома помогло исследователям определить приблизительный возраст, в котором PERV-A-BM был интегрирован в геном хозяина, который, как было установлено, имеет эволюционный возраст раньше, чем изоляты свиней европейского происхождения. [54]

Иммунопреципитация хроматина с секвенированием (ChIP-seq) [ править ]

Этот метод используется для поиска гистоновых меток, указывающих на промоторы и энхансеры, которые являются сайтами связывания для белков ДНК, а также для репрессированных областей и триметилирования. [34] Метилирование ДНК, как было показано, жизненно важно для поддержания сайленсинга ERVs в соматических клетках мышей, тогда как гистоновые метки жизненно важны для той же цели в эмбриональных стволовых клетках (ESCs) и раннем эмбриогенезе. [7]

Приложения [ править ]

Построение филогении [ править ]

Поскольку большинство HERV не имеют функции, избирательно нейтральны и очень распространены в геномах приматов, они легко служат филогенетическими маркерами для анализа сцепления. Их можно использовать путем сравнения полиморфизмов сайтов интеграции или развивающихся провирусных нуклеотидных последовательностей ортологов. Чтобы оценить, когда произошла интеграция, исследователи использовали расстояния от каждого филогенетического дерева, чтобы определить скорость молекулярной эволюции в каждом конкретном локусе. Также полезно, что ERV богаты геномами многих видов (например, растений, насекомых, моллюсков, рыб, грызунов, домашних животных и домашнего скота), потому что их применение можно использовать для ответа на множество филогенетических вопросов. [9]

Определение возраста провируса и временные точки событий разделения видов [ править ]

Это достигается путем сравнения различных HERV из разных эволюционных периодов. Например, это исследование было проведено для различных гоминоидов, от людей до обезьян и обезьян. Это сложно сделать с PERV из-за большого разнообразия. [55]

Дальнейшие исследования [ править ]

Эпигенетическая изменчивость [ править ]

Исследователи могли анализировать отдельные эпигеномы и транскриптомы, чтобы изучить реактивацию бездействующих мобильных элементов посредством эпигенетического высвобождения и их потенциальную связь с болезнями человека, а также изучить особенности сетей регуляции генов. [7]

Иммунологические проблемы ксенотрансплантации [ править ]

Мало что известно об эффективном способе преодоления сверхострого отторжения (HAR), который следует за активацией комплемента, инициированной ксенореактивными антителами, распознающими галактозил-альфа1-3галатозил (альфа-Gal) антигены на донорском эпителии. [50]

Факторы риска HERV в генной терапии [ править ]

Поскольку ретровирусы способны рекомбинировать друг с другом и с другими эндогенными последовательностями ДНК, для генной терапии было бы полезно изучить потенциальные риски, которые могут вызвать HERV, если таковые имеются. Кроме того, этой способностью HERV рекомбинировать можно манипулировать для сайт-направленной интеграции путем включения последовательностей HERV в ретровирусные векторы. [1]

Экспрессия гена HERV [ править ]

Исследователи считают, что РНК и белки, кодируемые генами HERV, следует продолжать изучать на предмет предполагаемой функции в физиологии клетки и при патологических состояниях. Это имело бы смысл изучить, чтобы глубже определить биологическое значение синтезированных белков. [1]

См. Также [ править ]

  • Вирус лейкоза саркомы птиц (ASLV)
  • Эндогенный вирусный элемент
  • ERV3
  • HERV-FRD
  • Горизонтальный перенос генов
  • Ретровирус овец Jaagsiekte (JSRV)
  • Ретровирус коалы (KoRV)
  • Вирус опухоли молочной железы мыши (MMTV)
  • Вирус лейкемии мышей (MLV) и вирус, связанный с ксенотропным вирусом лейкемии мышей (XMRV)
  • Палеовирология

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e f g h i j Белшоу Р., Перейра В., Кацуракис А., Талбот Г., Пейс Дж., Берт А., Тристем М. (апрель 2004 г.). «Длительная реинфекция генома человека эндогенными ретровирусами» . Proc Natl Acad Sci USA . 101 (14): 4894–99. Bibcode : 2004PNAS..101.4894B . DOI : 10.1073 / pnas.0307800101 . PMC  387345 . PMID  15044706 .
  2. ^ Нельсон П.Н., Хули П., Роден Д., Давари Эйтехади Н., Райланс П., Уоррен П. и др. (Октябрь 2004 г.). "Эндогенные ретровирусы человека: мобильные элементы с потенциалом?" . Клиническая и экспериментальная иммунология . 138 (1): 1–9. DOI : 10.1111 / j.1365-2249.2004.02592.x . PMC 1809191 . PMID 15373898 .  
  3. ^ Ходосевич K, Лебедев Y, Свердлов E (октябрь 2002). «Эндогенные ретровирусы и эволюция человека» . Сравнительная и функциональная геномика . 3 (6): 494–98. DOI : 10.1002 / cfg.216 . PMC 2448423 . PMID 18629260 .  
  4. ^ Ким FJ, Battini JL, Manel N, Sitbon M (январь 2004). «Появление ретровирусов позвоночных и захват оболочки». Вирусология . 318 (1): 183–91. DOI : 10.1016 / j.virol.2003.09.026 . PMID 14972546 . 
  5. ^ Стой JP, Boeke JD (1997). «Ретротранспозоны, эндогенные ретровирусы и эволюция ретроэлементов» . Ретровирусы . Колд-Спринг-Харбор (Нью-Йорк): Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. п. 343. PMID 21433351 . NBK19468 . Проверено 22 февраля 2021 года . 
  6. ^ Гиффорд Р.Дж., Бломберг Дж., Гроб Дж. М., Фан Х, Хайдманн Т., Майер Дж., Стой Дж., Тристем М., Джонсон В.Е. (2018-09-28). «Номенклатура локусов эндогенного ретровируса (ERV)» . Ретровирология . 15 (1): 59. DOI : 10,1186 / s12977-018-0442-1 . PMC 6114882 . PMID 30153831 .  
  7. ^ а б в г Реболло Р., Romanish MT, Mager DL (2012-01-01). «Мобильные элементы: богатый и естественный источник регуляторных последовательностей для генов-хозяев» . Ежегодный обзор генетики . 46 (1): 21–42. DOI : 10.1146 / annurev-genet-110711-155621 . PMID 22905872 . 
  8. ^ Коттон, Дж. (2001). «Ретровирусы из ретротранспозонов» . Геномная биология . 2 (2): 6. DOI : 10,1186 / GB-2001-2-2-reports0006 . Похоже, что переход от невирусного ретротранспозона к ретровирусу происходил независимо по крайней мере восемь раз, и источник гена оболочки, ответственного за инфекционную способность, теперь можно отнести к вирусу, по крайней мере, в четырех из этих случаев. Это предполагает, что потенциально любой ретротранспозон LTR может стать вирусом в результате приобретения существующих вирусных генов.
  9. ^ a b c Джонсон В. Е., Гроб Дж. М. (август 1999 г.). «Построение филогении приматов из последовательностей древних ретровирусов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (18): 10254–60. Bibcode : 1999PNAS ... 9610254J . DOI : 10.1073 / pnas.96.18.10254 . PMC 17875 . PMID 10468595 .  
  10. ^ Fujiwara T, Mizuuchi K (август 1988). «Интеграция ретровирусной ДНК: структура интермедиата интеграции». Cell . 54 (4): 497–504. DOI : 10.1016 / 0092-8674 (88) 90071-2 . PMID 3401925 . 
  11. ^ а б Варджиу, L; Rodriguez-Tomé, P; Спербер, GO; Кадедду, М; Grandi, N; Бликстад, В; Tramontano, E; Бломберг, Дж (22 января 2016 г.). «Классификация и характеристика эндогенных ретровирусов человека; часто встречаются мозаичные формы» . Ретровирология . 13 : 7. DOI : 10,1186 / s12977-015-0232-у . PMC 4724089 . PMID 26800882 .  
  12. ^ Magiorkinis, G; Гиффорд, Р.Дж.; Кацуракис, А; Де Рантер, Дж; Белшоу, Р. (8 мая 2012 г.). «Эндогенные ретровирусы, не содержащие Env, являются суперраспространителями генома» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (19): 7385–90. DOI : 10.1073 / pnas.1200913109 . PMC 3358877 . PMID 22529376 .  
  13. ^ a b Li J, Akagi K, Hu Y, Trivett AL, Hlynialuk CJ, Swing DA, Volfovsky N, Morgan TC, Голубева Y, Stephens RM, Smith DE, Symer DE (март 2012 г.). «Мышиные эндогенные ретровирусы могут вызывать преждевременное прекращение транскрипции на расстоянии» . Genome Res . 22 (5): 870–84. DOI : 10.1101 / gr.130740.111 . PMC 3337433 . PMID 22367191 .  
  14. ^ Spencer TE, Palmarini M (2012). «Эндогенные ретровирусы овец: модельная система для понимания физиологической адаптации к эволюционирующему геному жвачных животных» . J Reprod Dev . 58 (1): 33–37. DOI : 10.1262 / jrd.2011-026 . PMID 22450282 . 
  15. ^ a b c Блэк С.Г., Арно Ф, Пальмарини М, Спенсер Т.Э. (2010). «Эндогенные ретровирусы в дифференцировке трофобластов и развитии плаценты» . Американский журнал репродуктивной иммунологии . 64 (4): 255–64. DOI : 10.1111 / j.1600-0897.2010.00860.x . PMC 4198168 . PMID 20528833 .  
  16. ^ Ryan FP (декабрь 2004). «Человеческие эндогенные ретровирусы в состоянии здоровья и болезни: симбиотическая перспектива» . Журнал Королевского медицинского общества . 97 (12): 560–65. DOI : 10,1258 / jrsm.97.12.560 . PMC 1079666 . PMID 15574851 .  
  17. ^ Ishak, Чарльз A .; Де Карвалью, Даниэль Д. (2020). «Реактивация эндогенных ретроэлементов в развитии и терапии рака» . Ежегодный обзор биологии рака . 4 : 159–176. DOI : 10,1146 / annurev-cancerbio-030419-033525 .
  18. ↑ Pi W, Zhu X, Wu M, Wang Y, Fulzele S, Eroglu A, Ling J, Tuan D (июль 2010 г.). «Дальнодействующая функция межгенного ретротранспозона» . PNAS . 107 (29): 12992–97. Bibcode : 2010PNAS..10712992P . DOI : 10.1073 / pnas.1004139107 . PMC 2919959 . PMID 20615953 .  
  19. ^ a b c d e van de Lagemaat LN, Landry JR, Mager DL, Medstrand P (октябрь 2003 г.). «Мобильные элементы у млекопитающих способствуют регуляторной изменчивости и диверсификации генов со специализированными функциями». Тенденции Genet . 19 (10): 530–36. DOI : 10.1016 / j.tig.2003.08.004 . PMID 14550626 . 
  20. ^ a b Ковальская Э., Буздин А, Гогвадзе Э, Виноградова Т, Свердлов Э. (2006). «Функциональные сайты начала транскрипции эндогенных ретровирусных LTR человека расположены между областями R и U5». Вирусология . 346 (2): 373–78. DOI : 10.1016 / j.virol.2005.11.007 . PMID 16337666 . 
  21. Перейти ↑ Dunn CA, Romanish MT, Gutierrez LE, van de Lagemaat LN, Mager DL (2006). «Транскрипция двух генов человека с двунаправленного промотора эндогенного ретровируса». Джин . 366 (2): 335–42. DOI : 10.1016 / j.gene.2005.09.003 . PMID 16288839 . 
  22. ^ Gogvadze E, Стукачева E, Буздина A, E Свердлов (2009). «Специфическая для человека модуляция транскрипционной активности, обеспечиваемая эндогенными ретровирусными вставками» . J Virol . 83 (12): 6098–105. DOI : 10,1128 / JVI.00123-09 . PMC 2687385 . PMID 19339349 .  
  23. ^ Тин CN, Розенберг МП, снег СМ, Сэмуелсон LC, Meisler MH (1992). «Эндогенные ретровирусные последовательности необходимы для тканеспецифической экспрессии гена амилазы слюны человека» . Genes Dev . 6 (8): 1457–65. DOI : 10,1101 / gad.6.8.1457 . PMID 1379564 . 
  24. ^ a b c Коэн CJ, Лок WM, Mager DL (2009). «Эндогенные ретровирусные LTR как промоторы для генов человека: критическая оценка». Джин . 448 (2): 105–14. DOI : 10.1016 / j.gene.2009.06.020 . PMID 19577618 . 
  25. ^ Bekpen С, Marques-Бонет T, Алькан C, Антоначчи F, Leogrande MB, Вентура M, Кидд JM, Siswara P, Говард JC, Эйхлер EE (2009). «Смерть и воскрешение человеческого гена IRGM» . PLOS Genet . 5 (3): e1000403. DOI : 10.1371 / journal.pgen.1000403 . PMC 2644816 . PMID 19266026 .  
  26. ^ а б Джерн П., Гроб JM (2008). «Влияние ретровирусов на функцию генома хозяина». Анну Рев Жене . 42 : 709–32. DOI : 10.1146 / annurev.genet.42.110807.091501 . PMID 18694346 . 
  27. ↑ Оливер KR, Грин WK (2011). «Мобильная ДНК и гипотеза TE-Thrust: подтверждающие данные от приматов» . ДНК мафии . 2 (1): 8. DOI : 10,1186 / 1759-8753-2-8 . PMC 3123540 . PMID 21627776 .  
  28. ^ Папистский MT, блокировка WM, ван де Лагемаат Л.Н., Dunn CA, Mager DL (2007). «Повторное привлечение ретротранспозонов LTR в качестве промоторов антиапоптотического локуса NAIP во время эволюции млекопитающих» . PLOS Genet . 3 (1): e10. DOI : 10.1371 / journal.pgen.0030010 . PMC 1781489 . PMID 17222062 .  
  29. ^ Ха JW, Ха - HS, Ким Д.С., Ким HS (2008). «Ограниченная плацентой экспрессия NOS3, производного от LTR». Плацента . 29 (7): 602–08. DOI : 10.1016 / j.placenta.2008.04.002 . PMID 18474398 . 
  30. ^ Вильярреал LP, Вильярреал LP (февраль 1997 г.). «О вирусах, сексе и материнстве» . J. Virol . 71 (2): 859–65. DOI : 10,1128 / JVI.71.2.859-865.1997 . PMC 191132 . PMID 8995601 .  
  31. ^ Hughes JF, Coffin JM (декабрь 2001). «Доказательства геномных перестроек, опосредованных человеческими эндогенными ретровирусами во время эволюции приматов». Генетика природы . 29 (4): 487–89. DOI : 10.1038 / ng775 . PMID 11704760 . S2CID 20262212 .  
  32. ^ a b Докинз Р., Лилаюват С., Гаудиери С., Тай Г., Хуэй Дж., Каттли С. и др. (Февраль 1999 г.). «Геномика главного комплекса гистосовместимости: гаплотипы, дупликация, ретровирусы и болезни». Иммунологические обзоры . 167 : 275–304. DOI : 10.1111 / j.1600-065X.1999.tb01399.x . PMID 10319268 . 
  33. ^ Doxiadis Г.Г., де Гроот N, Bontrop RE (июль 2008 г.). «Влияние эндогенных интронных ретровирусов на разнообразие и стабильность класса II главного комплекса гистосовместимости» . Журнал вирусологии . 82 (13): 6667–77. DOI : 10,1128 / JVI.00097-08 . PMC 2447082 . PMID 18448532 .  
  34. ^ a b Чуонг Э. Б., Руми М. А., Соарес MJ, Бейкер JC (март 2013 г.). «Эндогенные ретровирусы функционируют как видоспецифичные энхансерные элементы в плаценте» . Генетика природы . 45 (3): 325–29. DOI : 10.1038 / ng.2553 . PMC 3789077 . PMID 23396136 .  
  35. Перейти ↑ Thomas JH, Schneider S (2011). «Коэволюция ретроэлементов и тандемных генов цинковых пальцев» . Genome Res . 21 (11): 1800–12. DOI : 10.1101 / gr.121749.111 . PMC 3205565 . PMID 21784874 .  
  36. ^ МакИвен, Гейл К .; Алькесар-Планас, Дэвид Э .; Дайарам, Аниша; Джиллетт, Эмбер; Тарлинтон, Рэйчел; Монган, Найджел; Чаппелл, Кейт Дж .; Хеннинг, Йорг; Тан, Милтон; Тиммс, Питер; Янг, Пол Р. (26.02.2021). «Ретровирусные интеграции способствуют повышению частоты рака хозяина во время вторжения зародышевой линии» . Nature Communications . 12 (1): 1316. DOI : 10.1038 / s41467-021-21612-7 . ISSN 2041-1723 . 
  37. ^ Katzourakis А, Magiorkinis G, Лим А.Г., Гупта S, Belshaw R, R Джиффорд (июль 2014). «Больший размер тела млекопитающего приводит к снижению ретровирусной активности» . PLOS Патогены . 10 (7): e1004214. DOI : 10.1371 / journal.ppat.1004214 . PMC 4102558 . PMID 25033295 .  
  38. ^ Bannert N, Курта R (октябрь 2004). «Ретроэлементы и геном человека: новые взгляды на старые отношения» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 Дополнение 2 (Дополнение 2): 14572–79. Bibcode : 2004PNAS..10114572B . DOI : 10.1073 / pnas.0404838101 . PMC 521986 . PMID 15310846 .  
  39. ^ Nelson PN, Carnegie PR, Martin J, Davari Ejtehadi H, Hooley P, Roden D и др. (Февраль 2003 г.). «Демистифицировано. Эндогенные ретровирусы человека» . Молекулярная патология . 56 (1): 11–18. DOI : 10.1136 / mp.56.1.11 . PMC 1187282 . PMID 12560456 .  
  40. Перейти ↑ Singh SK (июнь 2007 г.). «Эндогенные ретровирусы: подозреваемые в мире болезней». Будущая микробиология . 2 (3): 269–75. DOI : 10.2217 / 17460913.2.3.269 . PMID 17661701 . 
  41. ^ Magiorkinis G, Belshaw R, Katzourakis A (сентябрь 2013). « « Туда и обратно »: пересмотр патофизиологической роли эндогенных ретровирусов человека в постгеномную эру» . Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки . 368 (тысяча шестьсот двадцать шесть): 20120504. DOI : 10.1098 / rstb.2012.0504 . PMC 3758188 . PMID 23938753 .  
  42. ^ Мамели Г., Астон V, Арру Г., Маркони С., Ловато Л., Серра С. и др. (Январь 2007 г.). «Мозг и мононуклеарные клетки периферической крови пациентов с рассеянным склерозом (РС) гиперэкспрессируют РС-ассоциированный ретровирус / эндогенный ретровирус HERV-W, но не герпесвирус 6 человека» . Журнал общей вирусологии . 88 (Pt 1): 264–74. DOI : 10.1099 / vir.0.81890-0 . PMID 17170460 . 
  43. ^ Serra C, Mameli G, АРПБ G, Sotgiu S, Rosati G, Dolei A (декабрь 2003). «Модуляция in vitro ретровируса, ассоциированного с рассеянным склерозом (РС), цитокинами: последствия для патогенеза РС». Журнал нейровирологии . 9 (6): 637–43. DOI : 10.1080 / 714044485 . PMID 14602576 . 
  44. ^ «Реактивированный вирус может способствовать развитию БАС» . 2016-01-23.
  45. ^ Karamitros T, Hurst T, Marchi E, Karamichali E, Georgopoulou U, Mentis A и др. (Октябрь 2018 г.). «RASGRF2 связан со злоупотреблением наркотиками внутривенно и модулирует транскрипцию в модели клеточной линии» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 115 (41): 10434–39. DOI : 10.1073 / pnas.1811940115 . PMC 6187174 . PMID 30249655 .  
  46. ↑ Роб Пичета. «Зависимость может быть вызвана древним ретровирусом, - говорится в исследовании» . CNN . Проверено 13 октября 2019 .
  47. ^ «Древний вирус может способствовать развитию зависимости у современных людей» . Экономист . 2018-10-02. ISSN 0013-0613 . Проверено 13 октября 2019 . 
  48. ^ Yolken R (июнь 2004). «Вирусы и шизофрения: в центре внимания вирус простого герпеса» . Герпес . 11 (Дополнение 2): 83A – 88A. PMID 15319094 . 
  49. Перейти ↑ Fox D (2010). «Вирус безумия» . Откройте для себя . Проверено 17 февраля 2011 .
  50. ^ a b c d Пейшенс С., Такеучи Ю., Вайс Р.А. (март 1997 г.). «Заражение клеток человека эндогенным ретровирусом свиней». Природная медицина . 3 (3): 282–86. DOI : 10.1038 / nm0397-282 . PMID 9055854 . 
  51. ↑ Platanias LC (май 2005 г.). «Механизмы передачи сигналов, опосредованной интерфероном типа I и типа II». Обзоры природы. Иммунология . 5 (5): 375–86. DOI : 10.1038 / nri1604 . PMID 15864272 . 
  52. ^ Гранди, N; Трамонтано, Э (2018). «Человеческие эндогенные ретровирусы - это древние приобретенные элементы, все еще формирующие врожденные иммунные реакции» . Границы иммунологии . 9 : 2039. DOI : 10.3389 / fimmu.2018.02039 . PMC 6139349 . PMID 30250470 .  
  53. ^ Niu D, Wei HJ, Lin L, George H, Wang T, Lee IH, Zhao HY, Wang Y, Kan Y, Shrock E, Lesha E, Wang G, Luo Y, Qing Y, Jiao D, Zhao H, Zhou X, Ван С., Вэй Х, Гуэль М., Чёрч Г.М., Ян Л. (сентябрь 2017 г.). «Инактивация эндогенного ретровируса свиней у свиней с использованием CRISPR-Cas9» . Наука . 357 (6357): 1303–07. Bibcode : 2017Sci ... 357.1303N . DOI : 10.1126 / science.aan4187 . PMC 5813284 . PMID 28798043 .  
  54. ^ а б Тан Х. Б., Оуян К., Рао ГБ, Ма Л, Чжун Х, Бай А. и др. (01.01.2016). «Характеристика полных последовательностей генома свиного эндогенного ретровируса, выделенного из китайских мини-свиней, выявляет время эволюции раньше, чем у изолятов европейских мини-свиней». Трансплантация . 48 (1): 222–28. DOI : 10.1016 / j.transproceed.2015.12.005 . PMID 26915872 . 
  55. ^ a b Tönjes RR, Niebert M (ноябрь 2003 г.). «Относительный возраст провирусных последовательностей эндогенного ретровируса свиней в Sus scrofa на основе гипотезы молекулярных часов» . Журнал вирусологии . 77 (22): 12363–68. DOI : 10,1128 / JVI.77.22.12363-12368.2003 . PMC 254287 . PMID 14581574 .  
  56. ^ Paradis K, Langford G, Long Z, Heneine W, Sandstrom P, Switzer WM, et al. (Август 1999 г.). «Поиск межвидовой передачи эндогенного ретровируса свиней у пациентов, получавших лечение живыми тканями свиней. Исследовательская группа XEN 111». Наука . 285 (5431): 1236–41. DOI : 10.1126 / science.285.5431.1236 . PMID 10455044 . 
  57. ^ «Genomics England› Комплексный домен GeCIP для патогенов и мобильных элементов » . Проверено 13 октября 2019 .
  58. ^ Гиффорд, RJ; Бломберг, Дж; Гроб, JM; Вентилятор, H; Хайдманн, Т; Майер, Дж; Стоу, Дж; Тристем, М; Джонсон, WE (28 августа 2018 г.). «Номенклатура локусов эндогенных ретровирусов (ERV)» . Ретровирология . 15 (1): 59. DOI : 10,1186 / s12977-018-0442-1 . PMC 6114882 . PMID 30153831 .  
  59. ^ Belshaw R, Доусон А.Л., Woolven-Аллен Дж, Реддинг Дж, Берт А, Tristem М (октябрь 2005 г.). «Общегеномный скрининг выявляет высокие уровни инсерционного полиморфизма в семействе эндогенных ретровирусов человека HERV-K (HML2): последствия для современной деятельности» . J. Virol . 79 (19): 12507–14. DOI : 10,1128 / JVI.79.19.12507-12514.2005 . PMC 1211540 . PMID 16160178 .  
  60. ↑ Jha AR, Pillai SK, York VA, Sharp ER, Storm EC, Wachter DJ, Martin JN, Deeks SG, Rosenberg MG, Nixon DF, Garrison KE (август 2009). «Поперечное датирование новых гаплотипов HERV-K 113 и HERV-K 115 указывает на то, что эти провирусы возникли в Африке до появления Homo sapiens» . Mol Biol Evol . 26 (11): 2617–26. DOI : 10.1093 / molbev / msp180 . PMC 2760466 . PMID 19666991 .  
  61. ↑ Jha AR, Nixon DF, Rosenberg MG, Martin JN, Deeks SG, Hudson RR, Garrison KE, Pillai SK (май 2011 г.). «Человеческий эндогенный ретровирус K106 (HERV-K106) был заразным после появления анатомически современных людей» . PLOS ONE . 6 (5): e20234. Bibcode : 2011PLoSO ... 620234J . DOI : 10.1371 / journal.pone.0020234 . PMC 3102101 . PMID 21633511 .  
  62. ^ Bieniasz, Пол ; Ли, Ён Нам (январь 2007 г.). «Восстановление инфекционного эндогенного ретровируса человека» . PLOS Pathog . 3 (1): e10. DOI : 10.1371 / journal.ppat.0030010 . PMC 1781480 . PMID 17257061 .  
  63. ^ Dewannieux M, Harper F, Richaud A, Letzelter C, D Рибет, Pierron G, Heidmann T (декабрь 2006). «Идентификация инфекционного предшественника многокопийных эндогенных ретроэлементов HERV-K человека» . Genome Res . 16 (12): 1548–56. DOI : 10.1101 / gr.5565706 . PMC 1665638 . PMID 17077319 . Краткое содержание - ScienceNOW Daily News .  
  64. ^ Чыонг EB, Elde NC, Feschotte C (март 2016). «Регуляторная эволюция врожденного иммунитета посредством кооптации эндогенных ретровирусов» . Наука . 351 (6277): 1083–87. Bibcode : 2016Sci ... 351.1083C . DOI : 10.1126 / science.aad5497 . PMC 4887275 . PMID 26941318 .  
  65. ^ a b Гаррисон К.Э., Джонс Р.Б., Мейкледжон Д.А., Анвар Н., Ндхлову Л.С., Чепмен Дж. М., Эриксон А. Л., Агравал А., Споттс Г., Хехт FM, Ракофф-Нахум С., Ленц Дж., Островски М. А., Никсон Д. Ф. (ноябрь 2007 г.) . «Т-клеточные ответы на человеческие эндогенные ретровирусы при ВИЧ-1-инфекции» . PLOS Pathog . 3 (11): e165. DOI : 10.1371 / journal.ppat.0030165 . PMC 2065876 . PMID 17997601 .  
  66. ↑ Морозов В.А., Дао Тхи В.Л., Деннер Дж. (2013). «Трансмембранный белок эндогенного ретровируса человека - K (HERV-K) модулирует высвобождение цитокинов и экспрессию генов» . PLOS ONE . 8 (8): e70399. Bibcode : 2013PLoSO ... 870399M . DOI : 10.1371 / journal.pone.0070399 . PMC 3737193 . PMID 23950929 .  
  67. Перейти ↑ Mayer J, Blomberg J, Seal RL (май 2011 г.). «Пересмотренная номенклатура транскрибированных человеческих эндогенных ретровирусных локусов» . Мобильная ДНК . 2 (1): 7. DOI : 10,1186 / 1759-8753-2-7 . PMC 3113919 . PMID 21542922 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Лёвер Р., Лёвер Дж., Курт Р. (май 1996 г.). «Вирусы в каждом из нас: характеристики и биологическое значение последовательностей эндогенных ретровирусов человека» . Proc Natl Acad Sci USA . 93 (11): 5177–84. Bibcode : 1996PNAS ... 93.5177L . DOI : 10.1073 / pnas.93.11.5177 . PMC  39218 . PMID  8643549 .
  • Молес Дж. П., Тесьер А., Гильху Дж. Дж. (Июль 2005 г.). «Новая эндогенная ретровирусная последовательность экспрессируется в коже пациентов с псориазом». Br J Dermatol . 153 (1): 83–89. DOI : 10.1111 / j.1365-2133.2005.06555.x . PMID  16029331 .
  • Зайфарт В., Франк О., Цайльфельдер Ю., Шписс Б., Гринвуд А. Д., Хельманн Р., Лейб-Мёш К. (январь 2005 г.). «Комплексный анализ транскрипционной активности эндогенного ретровируса человека в тканях человека с помощью специфичного для ретровируса микроматрицы» . J. Virol . 79 (1): 341–52. DOI : 10,1128 / JVI.79.1.341-352.2005 . PMC  538696 . PMID  15596828 .
  • Кнерр И., Байндер Э, Рашер В. (февраль 2002 г.). «Синцитин, новый человеческий эндогенный ретровирусный ген в человеческой плаценте: доказательства его дисрегуляции при преэклампсии и HELLP-синдроме». Am J Obstet Gynecol . 186 (2): 210–13. DOI : 10.1067 / mob.2002.119636 . PMID  11854637 .
  • Гиффорд Р., Тристем М. (май 2003 г.). «Эволюция, распространение и разнообразие эндогенных ретровирусов» (PDF) . Гены вирусов . 26 (3): 291–315. DOI : 10,1023 / A: 1024455415443 . PMID  12876457 . Архивировано из оригинального (PDF) 15 февраля 2013 года . Проверено 16 января 2008 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Эндогенные + ретровирусы в медицинских предметных рубриках Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)
  • HERVd - база данных эндогенных ретровирусов человека