Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

CSIR Институт геномики и интегративной биологии
Институт геномики и интегративной биологии.svg
СокращениеCSIR-IGIB
ДевизПартнер по геномике
Учредил1977 г.
ТипПравительственная организация
ЦельПеревод концепций, разработанных в фундаментальных биологических исследованиях, в коммерчески жизнеспособные технологии для здравоохранения.
Место расположения
  • Сухдев Вихар, Матхура-роуд,
    Дели -110 025.
Директор
Анураг Агравал
Головная организация
Совет по научным и промышленным исследованиям
Интернет сайтwww .igib .res .in
Южный кампус CSIR-IGIB

CSIR Институт геномики и интегративной биологии ( CSIR-IGIB ) - это научно- исследовательский институт, занимающийся в основном биологическими исследованиями. Он входит в состав Совета по научным и промышленным исследованиям (CSIR), Индия. [1]

Институт был основан в 1977 году как Центр биохимических технологий с основным упором на биохимические исследования, но с тех пор сфокусировался на интегративной биологии.

Местоположение [ править ]

Институт имеет два кампуса в Дели. Северный кампус является более старым из двух кампусов и находится в кампусе Университета Дели , на Молл-роуд, напротив Джубили-холла. Новый кампус находится в Южном Дели , на улице Матхура в районе Сукхдев Вихар.

История [ править ]

IGIB был основан в 1977 году как Центр биохимических технологий (CBT). Подразделение функциональной геномики было создано в 1998 году, и его внимание сместилось с химических исследований на геномику. В 2002 году институт был переименован в «Институт геномики и интегративной биологии».

Достижения [ править ]

В 2009 году команда института секвенировала геном рыбок данио дикого типа с примерно 1,7 миллиардами пар оснований. Это сделало рыбу, которая является местной для Гималаев , первым позвоночным животным , весь геном которого был секвенирован в Индии, поскольку ранее индийские ученые секвенировали только геномы бактерий и растений. [2] [3]

В декабре 2009 года ученые IGIB провели первое в Индии повторное секвенирование генома человека. [4] [5] [6] Институт также сотрудничал с расшифровкой первого шри-ланкийского [7] [8] генома и малазийского генома. [9] Институт также является членом Консорциума Open Personal Genomics. [10]

Пандемия COVID-19 :

Исследователи института сообщили о первом высокопроизводительном [11] подходе, основанном на секвенировании следующего поколения, для обнаружения и генетической эпидемиологии SARS-CoV-2. [12] Этот подход широко используется для понимания генетической эпидемиологии SARS-COV-2 в штате Керала , [13] , которые значительно влияют политику и готовность в состоянии ограничить распространение этой эпидемии.

Исследователи института также сообщили о первых случаях повторного заражения COVID-19 в стране [14], помимо идентификации новой клады SARS-CoV-2 в Индии под названием I / A3i. [15] Исследователи из института также обнаружили новую ветвь с мутацией N440K в спайковом белке, связанном с иммунным бегством. [16] [17] Поддерживается полный набор вычислительных ресурсов для понимания геномов и генетической эпидемиологии SARS-CoV-2 [18]

Исследователи из CSIR-IGIB также разработали тест под названием FELUDA на основе редактирования генов CRISPR, который является высокоэффективным и быстрым для борьбы с возможностями тестирования в стране и был одобрен Генеральным контролером по лекарственным средствам Индии . Тест был лицензирован Tata Group для коммерческого производства. [19]

Геномика редких генетических заболеваний [ править ]

Институт инициировал уникальную программу по использованию передовых геномных технологий для понимания редких генетических заболеваний в Индии и стал пионером в применении геномики для точной медицины в клиниках. Одной из программ, инициированных в этом направлении, является «Геномика для понимания редких заболеваний», Сеть альянса Индии (ГВАРДИАН). [20] GUaRDIAN - это крупномасштабная совместная сеть клиницистов со всей Индии, пытающихся использовать геномику в клинической практике, с основной целью понять генетическую структуру редких генетических заболеваний в Индии. [21]

Консорциум стремится использовать передовые технологии геномики, чтобы позволить идентифицировать генетические вариации в заболеваниях и позволить клиницистам ставить точный диагноз для редких генетических заболеваний. Помимо тесного сотрудничества с клиницистами, консорциум нацелен на содействие образованию, осведомленности и повсеместному внедрению геномных технологий в клинических условиях, а также на создание и распространение высочайших стандартов генерации и интерпретации геномных данных в Индии. [22]

За несколько лет он смог тесно сотрудничать с клиницистами в сети, чтобы иметь возможность предложить доказательства принципов применения геномики для точной медицины. [23] [24] [25] Также действует комплексная программа для направления пациентов. [26]

Программа IndiGen для общественного здравоохранения [ править ]

Программа IndiGen по геномике общественного здравоохранения [27] направлена ​​на проведение полного секвенирования генома 1000 индейцев, представляющих различные этнические группы из Индии. Данные, полученные в рамках IndiGen, предоставят основу для частот аллелей генетических вариантов для генетической эпидемиологии и принятия политических решений. Частоты клинически значимых генетических вариантов могли бы сформировать шаблон для включения диагностических подходов для распространенных генетических заболеваний, а также для оптимизации терапии с помощью фармакогеномики. Также доступен исчерпывающий ресурс, обеспечивающий доступ к данным с возможностью поиска [28]

Центры расширения (филиалы) [ править ]

Главный кампус IGIB расположен на Mall Road, Нью-Дели, недалеко от Северного кампуса Университета Дели. Альянс IGIB с Biotech / Pharmaceuticals привел к его росту и созданию двух центров распространения знаний - одного в Южном Дели (приложение IGIB в TCGA, Охла) и другого в Западном Дели в Нарайне.

Международные встречи [ править ]

IGIB был одним из организаторов 13-го заседания Организации генома человека (HUGO) в 2008 году, которое проходило в Хайдарабадском международном конференц-центре . [29]

См. Также [ править ]

  • Национальный институт биомедицинской геномики
  • Национальный институт исследования генома растений

Ссылки [ править ]

  1. ^ Совет по научным и промышленным исследованиям Индии Сайт Архивированные 2015-09-27 в Wayback Machine .
  2. ^ Данио рерио Геном Webpage архивации 19 июля 2018 в Вайбак Machine «Института геномики и интегративной биологии» (ИГИБ)
  3. ↑ Decoding the Genome Mystery Indian Express , 5 июля 2009 г.
  4. ↑ Индийские ученые расшифровывают геном человека Indian Express , 10 декабря 2009 г. [ мертвая ссылка ]
  5. ^ * Патовари А., Пурканти Р., Сингх М., Чаухан Р.К., Бхартия Д., Двиведи О.П. и др. (Июль 2012 г.). «Систематический анализ и функциональная аннотация вариаций в геноме индейцев» . Мутация человека . 33 (7): 1133–40. DOI : 10.1002 / humu.22091 . PMID  22461382 . S2CID  11466942 . [1]
  6. ↑ Сборник новостных статей и пресс-релизов по индийскому геному , 10 декабря 2009 г.
  7. ^ "Шри-Ланкийский геном" . Архивировано из оригинального 18 февраля 2013 года . Проверено 17 января 2013 года .
  8. ^ Диссанаяке VH, Samarakoon PS, Scaria V, Patowary A, Sivasubbu S, Gokhale RS и др. (2012). «Шри-ланкийский проект личного генома: обзор». Шри-Ланкийский журнал биомедицинской информатики . 1 (2): 4–8. [2] Архивировано 5 апреля 2013 года в Wayback Machine.
  9. ^ "Свадебный день Ancilleries" .[ постоянная мертвая ссылка ]
  10. ^ "Консорциум OpenPGx" . Архивировано из оригинала 18 декабря 2017 года . Проверено 7 ноября 2018 .
  11. ^ «Планируется создать мегалабраны в четырех штатах для усиления наблюдения» . Hindustan Times . 24 сентября 2020 . Проверено 30 октября 2020 года .
  12. ^ Bhoyar, Rahul C .; Джайн, абхинав; Сегал, Парас; Дивакар, Мохит Кумар; Шарма, Диша; Имран, Мохамед; Веселый, Бани; Ранджан, Гьян; Рофина, Милосердие; Шарма, Сумит; Сивах, Санджай (10 августа 2020 г.). «Высокопроизводительное обнаружение и генетическая эпидемиология SARS-CoV-2 с использованием секвенирования нового поколения COVIDSeq» . bioRxiv : 2020.08.10.242677. DOI : 10.1101 / 2020.08.10.242677 . S2CID 221141897 . 
  13. ↑ Maya, C. (12 сентября 2020 г.). «Поездка между штатами принесла в Кералу штаммы коронавируса: исследование» . Индус . ISSN 0971-751X . Проверено 30 октября 2020 года . 
  14. ^ Гупта, Вивек; Bhoyar, Rahul C .; Джайн, абхинав; Шривастава, Саурабх; Упадхайай, Рашми; Имран, Мохамед; Веселый, Бани; Дивакар, Мохит Кумар; Шарма, Диша; Сегал, Парас; Ранджан, Гьян (2020). «Бессимптомная реинфекция у 2 медицинских работников из Индии с генетически определенным тяжелым острым респираторным синдромом, коронавирусом 2» . Клинические инфекционные болезни . DOI : 10.1093 / CID / ciaa1451 . PMC 7543380 . PMID 32964927 .  
  15. ^ Бану, София; Веселый, Бани; Мукерджи, Пайел; Сингх, Прия; Хан, Шагуфта; Завери, Ламук; Шамбхави, Сакши; Гаур, Намами; Редди, Шашикала; Kaveri, K .; Шринивасан, Шивасубраманиан (2020). «Отдельный филогенетический кластер индийских изолятов SARS-CoV-2» . Открытый форум по инфекционным болезням . 7 (11): ofaa434. DOI : 10.1093 / ФОМР / ofaa434 . PMC 7543508 . PMID 33200080 .  
  16. ^ «Индийская мутация Covid-19« N440k »обнаружена в одной трети геномов коронавируса Андхра-Прадеш» . Deccan Herald . 27 декабря 2020 . Проверено 28 декабря 2020 .
  17. ^ Веселый, Бани; Рофина, Милосердие; Шамнатх, Афра; Имран, Мохаммед; Bhoyar, Rahul C .; Дивакар, Мохит Кумар; Рани, Паллави Роха; Ранджан, Гьян; Сегал, Парас; Чандрасекар, Пулала; Афсар, С. (26 декабря 2020 г.). «Генетическая эпидемиология вариантов, связанных с иммунным бегством из глобальных геномов SARS-CoV-2» . bioRxiv : 2020.12.24.424332. DOI : 10.1101 / 2020.12.24.424332 .
  18. ^ «Генетическая эпидемиология новых и появляющихся патогенов в Индии» . clingen.igib.res.in . Проверено 30 октября 2020 года .
  19. ^ Rajalakshmi, Ниранджан (28 октября 2020). «Разъяснение: как работает тест Feluda COVID-19 в Индии?» . Проволочная наука . Проверено 30 октября 2020 года .
  20. ^ Геномика для понимания редких заболеваний Сеть альянса Индии (GUaRDIAN)
  21. ^ Sivasubbu S, Scaria V и др. (Консорциум GUaRDIAN) (сентябрь 2019 г.). «Геномика редких генетических заболеваний - опыт Индии» . Геномика человека . 14 (1): 52. DOI : 10,1186 / s40246-019-0215-5 . PMC 6760067 . PMID 31554517 .  
  22. ^ Scaria В, Sivasubbu S (2015). Exome Sequence Analysis and Interpretation - Handbook for Clinitors (First ed.). Читательский рай. ISBN 978-93-82110-58-3.
  23. ^ Гупта А., Шарма Ю.К., Веллариккал С.К., Джаяраджан Р., Диксит В., Верма А. и др. (Апрель 2016 г.). «Секвенирование всего экзома решает диагностическую дилемму в редком случае спорадического бородавчатого акрокератоза». Журнал Европейской академии дерматологии и венерологии . 30 (4): 695–7. DOI : 10.1111 / jdv.12983 . PMID 25622760 . S2CID 35181817 .  
  24. ^ Гупта А., Шарма Y, Део К., Веллариккал С., Джаяраджан Р., Диксит В. и др. (2015). «Отчет о клиническом случае: Секвенирование всего экзома помогает в точной молекулярной диагностике у братьев и сестер с редким сочетанием унаследованной от отца дупликации 22q12 и аутосомно-рецессивного несиндромального ихтиоза» . F1000 Исследования . 4 : 446. DOI : 10,12688 / f1000research.6779.1 . PMC 4648218 . PMID 26594337 .  
  25. ^ Vellarikkal SK, Patowary A, M Singh, Кумари R, Фарук M, Master DC и др. (2014). «Секвенирование экзома выявляет новую мутацию, p.L325H, в гене KRT5, ассоциированную с аутосомно-доминантным эпидермолизом простого буллезного типа Кебнера в большой семье из западной Индии» . Вариации генома человека . 1 (1): 14007. DOI : 10.1038 / hgv.2014.7 . PMC 4785511 . PMID 27081501 .  
  26. ^ Страница направления пациентов Genomics for Understanding Rare Diseases India Alliance Network (GUaRDIAN)
  27. ^ «Геномика для общественного здравоохранения» . sites.google.com . Дата обращения 3 сентября 2019 .
  28. ^ Джайн, Абхинав; Bhoyar, Rahul C .; Пандхаре, Кавита; Мишра, Анушри; Шарма, Диша; Имран, Мохамед; Сентхивел, Виннешвар; Дивакар, Мохит Кумар; Рофина, Милосердие; Веселый, Бани; Батра, Аруши (2020). «IndiGenomes: исчерпывающий ресурс генетических вариантов из более чем 1000 индийских геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . DOI : 10.1093 / NAR / gkaa923 . PMID 33095885 . 
  29. ^ Сайт HGM-2008 архивации 2 октября 2016 в Wayback Machine .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный сайт IGIB