Консорциум исследователей из Бангладеш успешно расшифровал черновое секвенирование генома джутового растения . Консорциум состоял из Университета Дакки , Бангладешского научно-исследовательского института джута и компании-разработчика программного обеспечения DataSoft Systems Bangladesh Ltd. [1] в сотрудничестве с Центром химической биологии, Научным университетом Малайзии и Гавайским университетом в Маноа , США. 16 июня 2010 года премьер-министр Бангладеш Шейх Хасинасообщил в парламенте, что бангладешские исследователи успешно выполнили проект секвенирования генома джута, который будет способствовать улучшению качества джутового волокна. Бангладеш является второй страной после Малайзии среди развивающихся стран в этом виде достижений. [2]
История
Все началось в феврале 2008 года, когда Максудул Алам обратился к профессору Ахмаду Шамсулу Исламу , координатору GNOBB (Глобальная сеть бангладешских биотехнологов) по поводу возможности секвенирования генома джута. Бангладешское научное сообщество, которое уже рассматривало возможность секвенирования генома джута, откликнулось на это предложение, что положило начало процессу. Весь процесс начался с множества длительных конференц-звонков между доктором Аламом и молекулярными биологами растений , профессорами Хасиной Хан и Зебой Исламом Сераджем с факультета биохимии и молекулярной биологии Университета Дакки . Они установили связь с Гавайским университетом, США, и Научным университетом Малайзии для технической поддержки и подготовили проектное предложение по сбору средств от различных учреждений. Вначале было много заверений, но на самом деле все было иначе. На начальном этапе Центр исследования генома США и Научный университет Малайзии оказали техническую помощь в сборе данных исследований джута со всего мира. Для анализа огромного количества данных возникла потребность в суперкомпьютере. По-прежнему требовалось финансирование полевых исследований. Команда «Свапнаджатра» разочаровывается из-за того, что не получает должной поддержки. Стало трудно удерживать участников команды. В 2009 году The Daily Prothom Alo опубликовала статью об исследовании, которое все изменило. Министр сельского хозяйства Матиа Чоудхури представила доктора Максудула Алама премьер-министру Шейху Хасине и заверила в дальнейшей поддержке. [3] Таким образом команда «Swapnajatra» вернула себе уверенность и продолжила свою работу.
Ресурсы
Геномную ДНК (гДНК) из Тосса джута ( Corchorus olitorius O-4) использовали для высокой пропускной способности следующего поколения секвенирования (NGS) платформ, в том числе 454 GS FLX, Illumina / Solexa, и солидным. Для предварительной сборки было использовано более 50-кратное покрытие (более 100 миллиардов A, C, G и Ts) данных секвенирования джута генома. Для сборки и анализа необработанных данных использовались несколько открытых и коммерческих конвейеров сборки и аннотации генома. Для подтверждения проекта генома также был проведен анализ транскриптома . Для анализа данных использовались различные вычислительные ресурсы, от высокопроизводительного кластерного сервера до серверов Dell и Silicon Graphics SGI Altix-350 и 450. [4]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ "DataSoft Systems Bangladesh Ltd" . Datasoft-bd.com . Дата обращения 19 мая 2015 .
- ^ «Расшифрован геном джута» . The Daily Star . Дата обращения 19 мая 2015 .
- ^ নিজের জীবন, প্রাণের জীবন. Протом Ало (на бенгали). 22 декабря 2014 . Дата обращения 19 мая 2015 .
- ^ "Как команда Swapnojaatra сделала это?" . jutegenome.org . 22 июня 2010. Архивировано из оригинала 22 июня 2010 . Проверено 27 апреля 2019 года .