Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено из секвенирования генома )
Перейти к навигации Перейти к поиску
«Секвенирование генома» перенаправляет сюда. Для секвенирования только ДНК см. Секвенирование ДНК .
Электрофореграммы обычно используются для секвенирования частей генома. [1]
Изображение 46 хромосом, составляющих диплоидный геном мужчины. ( Митохондриальная хромосома не показана.)

Полногеномное секвенирование ( WGS ), также известное как полное секвенирование генома , полное секвенирование генома или полное секвенирование генома , - это процесс определения всей или почти полной последовательности ДНК генома организма за один раз. [2] Это влечет за собой секвенирование всей хромосомной ДНК организма, а также ДНК, содержащейся в митохондриях и, в случае растений, в хлоропласте .

Полное секвенирование генома в основном использовалось в качестве инструмента исследования, но оно было представлено в клиниках в 2014 году. [3] [4] [5] В будущем персонализированной медицины данные полных геномных последовательностей могут стать важным инструментом для руководства терапевтическим вмешательством. . [6] Инструмент секвенирования генов на уровне SNP также используется для определения функциональных вариантов на основе ассоциативных исследований и улучшения знаний, доступных исследователям, интересующимся эволюционной биологией , и, следовательно, может заложить основу для прогнозирования восприимчивости к болезням и реакции на лекарства.

Секвенирование всего генома не следует путать с профилированием ДНК , которое определяет только вероятность того, что генетический материал был получен от конкретного человека или группы, и не содержит дополнительной информации о генетических отношениях, происхождении или предрасположенности к конкретным заболеваниям. [7] Кроме того, не следует путать секвенирование всего генома с методами секвенирования определенных подмножеств генома - такие методы включают секвенирование всего экзома (1-2% генома) или генотипирование SNP (<0,1% генома). По состоянию на 2017 год не было полных геномов каких-либо млекопитающих , включая человека . От 4% до 9% генома человека, в основном сателлитная ДНК, не была секвенирована. [8]

История [ править ]

Первым секвенированным полным геномом бактерии была бактерия Haemophilus influenzae .
Червь Caenorhabditis elegans был первым животным, у которого был секвенирован весь геном.
Дрозофилы ' s весь геном был секвенирован в 2000 году.
Arabidopsis thaliana был первым секвенированным геномом растения.
Геном лабораторной мыши Mus musculus был опубликован в 2002 году.
Потребовалось 10 лет и 50 ученых со всего мира, чтобы секвенировать геном Elaeis guineensis ( масличной пальмы ). Этот геном было особенно сложно секвенировать, потому что он имел много повторяющихся последовательностей, которые трудно организовать. [9]

Методы секвенирования ДНК, используемые в 1970-х и 1980-х годах, были ручными, например, секвенирование Максама-Гилберта и секвенирование по Сэнгеру . С помощью этих методов были секвенированы несколько полных геномов бактериофагов и вирусов животных, но переход к более быстрым, автоматизированным методам секвенирования в 1990-х годах облегчил секвенирование более крупных бактериальных и эукариотических геномов. [10]

Первым организмом, чей геном был полностью секвенирован, был Haemophilus influenzae в 1995 году. [11] После этого были впервые секвенированы геномы других бактерий и некоторых архей , в основном из-за их небольшого размера. Геном H. influenzae состоит из 1830 140 пар оснований ДНК. [11] Напротив, эукариоты , как одноклеточные, так и многоклеточные, такие как Amoeba dubia и человек ( Homo sapiens ) соответственно, имеют гораздо более крупные геномы (см. Парадокс C-значения ). [12] Amoeba dubia имеет геном из 700 миллиардов нуклеотидов.пары распространяются по тысячам хромосом . [13] У человека меньше нуклеотидных пар (около 3,2 миллиарда в каждой зародышевой клетке - обратите внимание, что точный размер генома человека все еще пересматривается), чем у A. dubia, однако размер их генома намного превышает размер генома отдельных бактерий. [14]

Первые бактериальные и архейные геномы, включая H.influenzae , были секвенированы методом Shotgun . [11] В 1996 году был секвенирован первый геном эукариот ( Saccharomyces cerevisiae ). S. cerevisiae , модельный организм в биологии, имеет геном всего около 12 миллионов пар нуклеотидов [15] и был первым одноклеточным эукариотом, весь геном которого был секвенирован. Первым многоклеточным эукариотом и животным , весь геном которого был секвенирован, был червь нематода :Caenorhabditis elegans в 1998 году. [16] Геномы эукариот секвенируются несколькими методами, включая секвенирование коротких фрагментов ДНК и секвенирование более крупных клонов ДНК из библиотек ДНК, таких как бактериальные искусственные хромосомы (ВАС) и искусственные хромосомы дрожжей (YAC). [17]

В 1999 году была опубликована полная последовательность ДНК хромосомы 22 человека , самой короткой аутосомы человека . [18] К 2000 году был секвенирован геном второго животного и второго беспозвоночного (еще первого насекомого ) - геном плодовой мушки Drosophila melanogaster - популярный выбор модельного организма в экспериментальных исследованиях. [19] Первый геном растения - модельного организма Arabidopsis thaliana - также был полностью секвенирован к 2000 году. [20] К 2001 году был опубликован проект всей последовательности генома человека. [21] Геном лабораторной мыши.Mus musculus был завершен в 2002 году. [22]

В 2004 году проект « Геном человека» опубликовал неполную версию генома человека. [23] В 2008 году группа из Лейдена, Нидерланды, сообщила о секвенировании первого женского генома человека ( Marjolein Kriek ).

В настоящее время полностью или частично секвенированы тысячи геномов .

Детали эксперимента [ править ]

Клетки, используемые для секвенирования [ править ]

Практически любой биологический образец, содержащий полную копию ДНК - даже очень небольшое количество ДНК или древней ДНК - может предоставить генетический материал, необходимый для полного секвенирования генома. Такие образцы могут включать слюну , эпителиальные клетки , костный мозг , волосы (при условии, что волосы содержат волосяной фолликул ), семена , листья растений или все, что имеет ДНК-содержащие клетки.

Последовательность генома отдельной клетки, выбранной из смешанной популяции клеток, может быть определена с использованием методов секвенирования генома одной клетки . Это дает важные преимущества в микробиологии окружающей среды в тех случаях, когда отдельную клетку определенного вида микроорганизма можно выделить из смешанной популяции с помощью микроскопии на основе ее морфологических или других отличительных характеристик. В таких случаях обычно необходимые этапы выделения и роста организма в культуре могут быть опущены, что позволяет секвенировать гораздо больший спектр геномов организмов. [24]

Секвенирование единичного клеточного генома тестируется как метод доимплантационной генетической диагностики , при котором перед переносом эмбриона в матку берется и анализируется клетка из эмбриона, созданного в результате оплодотворения in vitro . [25] После имплантации внеклеточная ДНК плода может быть взята простой венепункцией у матери и использована для секвенирования всего генома плода. [26]

Ранние методы [ править ]

Генетический анализатор ABI PRISM 3100. Такие капиллярные секвенаторы автоматизировали первые попытки секвенирования геномов.

Секвенирование почти всего генома человека было впервые выполнено в 2000 году, частично благодаря использованию технологии секвенирования «дробовик» . В то время как полногеномное секвенирование для небольших (4000–7000 пар оснований ) геномов уже использовалось в 1979 году, [27] более широкое применение выиграло от парного секвенирования концов, известного в просторечии как двуствольное секвенирование.. Поскольку проекты секвенирования начали включать более длинные и сложные геномы, несколько групп начали понимать, что полезную информацию можно получить путем секвенирования обоих концов фрагмента ДНК. Хотя секвенирование обоих концов одного и того же фрагмента и отслеживание парных данных было более обременительным, чем секвенирование одного конца двух отдельных фрагментов, знание того, что две последовательности были ориентированы в противоположных направлениях и были длиной примерно с фрагмент отдельно от каждого из них. другой был ценным при восстановлении последовательности исходного целевого фрагмента.

Первое опубликованное описание использования парных концов было в 1990 году как часть секвенирования локуса HPRT человека [28], хотя использование парных концов было ограничено закрытием пробелов после применения традиционного подхода к секвенированию с дробовиком. Первое теоретическое описание стратегии чистого попарного концевого секвенирования, предполагающей наличие фрагментов постоянной длины, было сделано в 1991 году. [29] В 1995 году было введено новшество, заключающееся в использовании фрагментов различного размера, [30] и продемонстрировано, что чистое попарное концевое секвенирование Стратегия возможна для крупных целей. Стратегия была впоследствии принята Институтом геномных исследований (TIGR) для секвенирования всего генома бактерии.Haemophilus influenzae в 1995 г. [31], а затем Celera Genomics для секвенирования всего генома плодовой мушки в 2000 г. [32], а затем и всего генома человека. Applied Biosystems , теперь называемая Life Technologies , произвела автоматизированные капиллярные секвенаторы, используемые как Celera Genomics, так и The Human Genome Project.

Современные методы [ править ]

Основная статья: Секвенирование ДНК

Хотя капиллярное секвенирование было первым подходом к успешному секвенированию почти полного генома человека, оно все еще слишком дорого и занимает слишком много времени для коммерческих целей. С 2005 года капиллярное секвенирование постепенно вытесняется высокопроизводительными (ранее «новым поколением») технологиями секвенирования, такими как секвенирование красителей Illumina , пиросеквенирование и секвенирование SMRT . [33] Все эти технологии продолжают использовать базовую стратегию дробовика, а именно распараллеливание и создание матрицы посредством фрагментации генома.

Появляются и другие технологии, в том числе нанопористая технология . Хотя технология секвенирования нанопор все еще дорабатывается, ее переносимость и потенциальная способность генерировать длинные считывания имеют отношение к приложениям полногеномного секвенирования. [34]

Анализ [ править ]

В принципе, полное секвенирование генома может предоставить необработанную нуклеотидную последовательность ДНК отдельного организма. Однако необходимо провести дополнительный анализ, чтобы выяснить биологическое или медицинское значение этой последовательности, например, как эти знания могут быть использованы для предотвращения заболевания. Методы анализа данных секвенирования разрабатываются и уточняются.

Поскольку при секвенировании генерируется много данных (например, в каждом диплоидном геноме человека содержится примерно шесть миллиардов пар оснований ), его выходные данные хранятся в электронном виде и требуют больших вычислительных мощностей и емкости памяти.

Хотя анализ данных WGS может быть медленным, этот шаг можно ускорить, используя специальное оборудование. [35]

Коммерциализация [ править ]

Основная статья: геном за 1000 долларов
Общая стоимость секвенирования всего генома человека, рассчитанная NHGRI .

Ряд государственных и частных компаний соревнуются за разработку платформы для полного секвенирования генома, коммерчески надежной как для исследований, так и для клинического использования [36], включая Illumina, [37] Knome , [38] Sequenom , [39] 454 Life Sciences , [40] Pacific Biosciences, [41] Complete Genomics , [42] Helicos Biosciences , [43] GE Global Research ( General Electric ), Affymetrix , IBM , Intelligent Bio-Systems, [44] Life Technologies, Oxford Nanopore Technologies, [45 ]и Пекинский институт геномики . [46] [47] [48] Эти компании в значительной степени финансируются и поддерживаются венчурными капиталистами , хедж-фондами и инвестиционными банками . [49] [50]

До конца 2010-х годов коммерческая цель затрат на секвенирование, которую часто упоминают, составляла 1000 долларов , однако частные компании работают над достижением новой цели - всего 100 долларов. [51]

Поощрение [ править ]

В октябре 2006 года фонд X Prize Foundation , работая в сотрудничестве с J. Craig Venter Science Foundation, учредил Archon X Prize for Genomics [52], намереваясь вручить 10 миллионов долларов «первой команде, которая сможет создать устройство и использовать его. секвенировать 100 геномов человека в течение 10 дней или меньше, с точностью не более одной ошибки на каждые 1000000 оснований, с последовательностью, точно покрывающей не менее 98% генома, и с повторяющейся стоимостью не более 1000 долларов за геном ". [53] Премия Archon X Prize в области геномики была отменена в 2013 году до его официальной даты начала. [54] [55]

История [ править ]

В 2007 году Applied Biosystems начала продавать секвенсор нового типа под названием SOLiD System. [56] Технология позволяла пользователям секвенировать 60 гигабайт за один прогон. [57]

В июне 2009 года Illumina объявила, что они запускают свою собственную услугу персонального полного геномного секвенирования с глубиной 30x по цене 48000 долларов за геном. [58] [59] В августе основатель Helicos Biosciences Стивен Квейк заявил, что с помощью компании Single Molecule Sequencer он секвенировал свой собственный полный геном менее чем за 50 000 долларов. [60] В ноябре Complete Genomics опубликовала рецензируемую статью в Science, демонстрирующую ее способность секвенировать полный геном человека за 1700 долларов. [61] [62]

В мае 2011 года Illumina снизила объем услуг по полному секвенированию генома до 5000 долларов за геном человека или до 4000 долларов при заказе 50 или более. [63] Helicos Biosciences, Pacific Biosciences, Complete Genomics, Illumina, Sequenom, ION Torrent Systems, Halcyon Molecular, NABsys, IBM и GE Global, похоже, идут лицом к лицу в гонке за коммерциализацию полного секвенирования генома. [33] [64]

При затраты секвенирования снижается, ряд компаний начали утверждать , что их оборудование будет вскоре достичь $ 1000 генома: эти компании включены Life Technologies в январе 2012 года [65] Oxford нанопористых Technologies в феврале 2012 года , [66] и Illumina в феврале 2014 г. [ 67] [68] В 2015 году NHGRI оценил стоимость получения полногеномной последовательности примерно в 1500 долларов. [69] В 2016 году Veritas Genetics начала продавать секвенирование всего генома, включая отчет о некоторой информации в секвенировании, за 999 долларов. [70] Летом 2019 года Veritas Genetics снизила стоимость WGS до 599 долларов.[71] В 2017 году BGI начала предлагать WGS по цене 600 долларов. [72]

Однако в 2015 году некоторые отмечали, что эффективное использование секвенирования всего гена может стоить значительно больше 1000 долларов. [73] Также, как сообщается, остаются части генома человека, которые не были полностью секвенированы к 2017 году. [74] [75] [76]

Сравнение с другими технологиями [ править ]

Микромассивы ДНК [ править ]

Полное секвенирование генома дает информацию о геноме, которая на порядки больше, чем массивы ДНК , предыдущий лидер в технологии генотипирования.

Для людей массивы ДНК в настоящее время предоставляют генотипическую информацию до одного миллиона генетических вариантов [77] [78] [79], в то время как полное секвенирование генома предоставит информацию обо всех шести миллиардах оснований в геноме человека, или в 3000 раз больше данных. Из-за этого полное секвенирование генома считается прорывным нововведением на рынке массивов ДНК, поскольку точность обоих диапазонов составляет от 99,98% до 99,999% (в неповторяющихся областях ДНК), а стоимость расходных материалов в размере 5000 долларов США за 6 миллиардов пар оснований является конкурентоспособной. (для некоторых приложений) с массивами ДНК (500 долларов за 1 миллион пар оснований). [40]

Приложения [ править ]

Частоты мутаций [ править ]

Секвенирование всего генома установило частоту мутаций для целых геномов человека. Частота мутаций во всем геноме между поколениями людей (от родителей к детям) составляет около 70 новых мутаций на поколение. [80] [81] Еще более низкий уровень вариации был обнаружен при сравнении секвенирования полного генома в клетках крови у пары монозиготных (однояйцевых близнецов) 100-летних долгожителей. [82] Было обнаружено только 8 соматических различий, хотя соматические вариации, встречающиеся менее чем в 20% клеток крови, не будут обнаружены.

В специфически кодирующих белки областях генома человека, по оценкам, существует около 0,35 мутаций, которые могут изменить последовательность белка между родительскими / дочерними поколениями (менее одного мутировавшего белка на поколение). [83]

При раке частота мутаций намного выше из-за нестабильности генома . Эта частота может дополнительно зависеть от возраста пациента, воздействия агентов, повреждающих ДНК (таких как УФ-излучение или компоненты табачного дыма), и активности / бездействия механизмов репарации ДНК. [ необходима цитата ] Кроме того, частота мутаций может варьироваться в зависимости от типа рака: в клетках зародышевой линии частота мутаций составляет примерно 0,023 мутации на мегабазу, но это число намного выше при раке груди (1,18–1,66 соматических мутаций на мегабазу), при раке легких. (17,7) или при меланомах (≈33). [84] Так как гаплоидный геном человека состоит примерно из 3200 мегабаз, [85] это означает 74 мутации (в основном внекодирующие области) в ДНК зародышевой линии на поколение, но 3,776-5,312 соматических мутаций на гаплоидный геном при раке груди, 56 640 при раке легких и 105 600 при меланомах.

Распределение соматических мутаций по геному человека очень неравномерно [86] , так что богатые генами области с ранней репликацией получают меньше мутаций, чем бедный генами, поздно реплицирующийся гетерохроматин, вероятно, из-за дифференциальной активности репарации ДНК. [87] В частности, модификация гистона H3K9me3 связана с высокой, [88] и H3K36me3 с низкой частотой мутаций. [89]

Полногеномные исследования ассоциаций [ править ]

Основная статья: Полногеномное ассоциативное исследование

В исследованиях полногеномное секвенирование может быть использовано в исследовании общегеномной ассоциации (GWAS) - проекте, направленном на определение генетического варианта или вариантов, связанных с заболеванием или каким-либо другим фенотипом. [90]

Диагностическое использование [ править ]

Дополнительная информация: персональная геномика , прогнозная медицина и выборочное генетическое и геномное тестирование.

В 2009 году Illumina выпустила свои первые полногеномные секвенаторы, которые были одобрены для клинического использования, а не только для исследований, и врачи академических медицинских центров начали незаметно использовать их, чтобы попытаться диагностировать, что не так с людьми, которым стандартные подходы не помогли. [91] В 2009 году команда из Стэнфорда во главе с Юаном Эшли выполнила клиническую интерпретацию полного генома человека, биоинженера Стивена Квейка. [92] В 2010 году команда Эшли сообщила о молекулярной аутопсии всего генома [93], а в 2011 расширила рамки интерпретации до полностью секвенированной семьи, семьи Вест, которые были первой семьей, секвенированной на платформе Illumina. [94]Стоимость секвенирования генома в то время составляла 19 500 долларов США, которые выставлялись пациенту, но обычно оплачивались из гранта на исследования; один человек в то время обратился за возмещением в свою страховую компанию. [91] Например, одному ребенку потребовалось около 100 операций к тому времени, когда ему исполнилось три года, и его врач обратился к полному секвенированию генома, чтобы определить проблему; потребовалось около 30 человек, в которую входили 12 экспертов по биоинформатике , три специалиста по секвенированию, пять врачей, два консультанта по генетическим вопросам и два специалиста по этике, чтобы идентифицировать редкую мутацию в XIAP, которая вызывала широко распространенные проблемы. [91] [95] [96]

Благодаря недавнему снижению затрат (см. Выше) секвенирование всего генома стало реальным применением в диагностике ДНК. В 2013 году консорциум 3Gb-TEST получил финансирование от Европейского Союза для подготовки системы здравоохранения к этим инновациям в ДНК-диагностике. [97] [98] Должны быть в наличии схемы оценки качества, оценка технологий здравоохранения и руководящие принципы . Консорциум 3Gb-TEST определил анализ и интерпретацию данных последовательностей как наиболее сложный этап диагностического процесса. [99] На встрече Консорциума в Афинах в сентябре 2014 г. Консорциум придумал термин « генотрансляция» для обозначения этого важного шага. Этот шаг приводит к так называемомугенорепортаж . Необходимы руководящие принципы для определения необходимого содержания этих отчетов.

Genomes2People (G2P), инициатива Бригама и женской больницы и Гарвардской медицинской школы, была создана в 2011 году для изучения интеграции геномного секвенирования в клиническую помощь взрослым и детям. [100] Директор G2P Роберт С. Грин ранее руководил исследованием REVEAL - Оценка риска и образование в отношении болезни Альцгеймера - серией клинических испытаний, изучающих реакцию пациентов на знание их генетического риска для болезни Альцгеймера. [101] [102]

В 2018 году исследователи из Института геномной медицины Rady Children's в Сан-Диего, Калифорния, определили, что быстрое секвенирование всего генома (rWGS) может вовремя диагностировать генетические нарушения, чтобы изменить неотложное медицинское или хирургическое лечение (клиническое применение) и улучшить результаты у остро больных младенцев. . Исследователи сообщили о ретроспективном когортном исследовании остро больных новорожденных, находящихся в стационаре, в областной детской больнице с июля 2016 года по март 2017 года. 42 семьи получили rWGS для этиологической диагностики генетических нарушений. Диагностическая чувствительность rWGS составила 43% (восемнадцать из 42 младенцев) и 10% (четыре из 42 младенцев) для стандартных генетических тестов (P = 0,0005). Показатель клинической применимости rWGS (31%, тринадцать из 42 младенцев) был значительно выше, чем для стандартных генетических тестов (2%, один из 42; P = 0,0015).Одиннадцать (26%) младенцев с диагностической rWGS избежали заболеваемости, у одного была снижена вероятность смертности на 43%, а один начал паллиативную помощь. У шести из одиннадцати младенцев смена руководства позволила снизить затраты на стационарное лечение на 800-20000 долларов. Эти результаты повторяют предыдущее исследование клинической применимости rWGS для лечения острых заболеваний у новорожденных в стационаре и демонстрируют улучшение результатов и чистую экономию на здравоохранении. rWGS заслуживает рассмотрения в качестве теста первого уровня в этой настройке.rWGS заслуживает рассмотрения в качестве теста первого уровня в этой настройке.rWGS заслуживает рассмотрения в качестве теста первого уровня в этой настройке.[103]

Исследование ассоциации редких вариантов [ править ]

Исследования секвенирования всего генома позволяют оценить ассоциации между сложными признаками и как кодирующими, так и некодирующими редкими вариантами ( частота минорных аллелей (MAF) <1%) по всему геному. Одновариантный анализ обычно имеет низкую мощность для выявления ассоциаций с редкими вариантами, а тесты набора вариантов были предложены для совместной проверки эффектов данных наборов нескольких редких вариантов. [104] Аннотации SNP помогают расставить приоритеты в отношении редких функциональных вариантов, и включение этих аннотаций может эффективно повысить эффективность анализа генетической ассоциации редких вариантов в исследованиях секвенирования всего генома. [105]

Этические проблемы [ править ]

Введение полногеномного секвенирования может иметь этические последствия. [106] С одной стороны, генетическое тестирование потенциально может диагностировать предотвратимые заболевания как у человека, проходящего генетическое тестирование, так и у его родственников. [106] С другой стороны, генетическое тестирование имеет потенциальные недостатки, такие как генетическая дискриминация , потеря анонимности и психологические последствия, такие как обнаружение отсутствия отцовства . [107]

Некоторые специалисты по этике настаивают на том, что конфиденциальность людей, проходящих генетическое тестирование, должна быть защищена. [106] Действительно, вопросы конфиденциальности могут вызывать особую озабоченность, когда несовершеннолетние проходят генетическое тестирование. [108] Генеральный директор Illumina Джей Флэтли заявил в феврале 2009 г., что «к 2019 г. станет обычным делом картировать гены младенцев при их рождении». [109] Такое возможное использование секвенирования генома является весьма спорным, поскольку оно противоречит установленным этическим нормам для прогнозирующего генетического тестирования бессимптомных несовершеннолетних, которые были хорошо установлены в области медицинской генетики и генетического консультирования .[110] [111] [112] [113] Традиционные руководства по генетическому тестированию разрабатывались в течение нескольких десятилетий с тех пор, как впервые появилась возможность тестировать генетические маркеры, связанные с заболеванием, до появления рентабельных, комплексный генетический скрининг.

Когда человек подвергается полному секвенированию генома, он раскрывает информацию не только о своих собственных последовательностях ДНК, но и о возможных последовательностях ДНК своих близких генетических родственников. [106] Эта информация может дополнительно раскрыть полезную прогностическую информацию о нынешних и будущих рисках для здоровья родственников. [114] Таким образом, возникают важные вопросы о том, какие обязательства, если таковые имеются, возлагаются на членов семей лиц, проходящих генетическое тестирование. В западном / европейском обществе испытуемых обычно поощряют делиться важной информацией о любых генетических диагнозах со своими близкими родственниками, поскольку важность генетического диагноза для потомства и других близких родственников обычно является одной из причин обращения за генетическим тестированием в больницу. первое место.[106] Тем не менее, серьезная этическая дилемма может возникнуть, когда пациенты отказываются поделиться информацией о диагнозе серьезного генетического нарушения, которое можно легко предотвратить и где существует высокий риск для родственников, несущих ту же мутацию заболевания. В таких обстоятельствах клиницист может подозревать, что родственники хотели бы знать о диагнозе, и, следовательно, клиницист может столкнуться с конфликтом интересов в отношении конфиденциальности между пациентом и врачом. [106]

Проблемы конфиденциальности могут также возникнуть, когда в научных исследованиях используется секвенирование всего генома. Исследователям часто требуется помещать информацию о генотипах и фенотипах пациентов в общедоступные научные базы данных, такие как базы данных по локусам. [106] Хотя в локус-специфические базы данных передаются только анонимные данные о пациентах, их родственники могут идентифицировать пациентов в случае обнаружения редкого заболевания или редкой миссенс-мутации. [106]Общественная дискуссия о внедрении передовых методов судебной экспертизы (таких как расширенный семейный поиск с использованием общедоступных веб-сайтов о родословной ДНК и подходов к фенотипированию ДНК) была ограниченной, несвязной и несосредоточенной. По мере того, как судебная генетика и медицинская генетика сходятся в направлении секвенирования генома, проблемы, связанные с генетическими данными, становятся все более взаимосвязанными, и может потребоваться дополнительная правовая защита. [115]

Люди с общедоступными последовательностями генома [ править ]

Первые почти полные геномы человека были секвенированы у двух американцев преимущественно северо-западного европейского происхождения в 2007 году ( Дж. Крейг Вентер в 7,5-кратном охвате , [116] [117] [118] и Джеймс Уотсон в 7,4-кратном масштабе). [119] [120] [121] Вслед за этим в 2008 году путем секвенирования анонимного Хан китайского человека (в 36 раз), [122] Yoruban человек из Нигерии (на 30-кратное), [123] женский клинический генетик ( Марджолейн Крик ) из Нидерландов (в 7-8 раз) и женщина европеоидной расыБольной лейкемией (при 33- и 14-кратном охвате опухолевыми и нормальными тканями). [124] Стив Джобс был одним из первых 20 человек, чей геном был секвенирован полностью, как сообщается, за 100 000 долларов. [125] По состоянию на июнь 2012 года в открытом доступе было 69 почти полных геномов человека. [126] В ноябре 2013 года испанская семья сделала свои личные данные геномики общедоступными в соответствии с лицензией Creative Commons, являющейся общественным достоянием . Работой руководил Мануэль Корпас, а данные были получены путем непосредственного генетического тестирования потребителя с помощью 23andMe и Пекинского института геномики.). Считается, что это первый такой набор данных Public Genomics для всей семьи. [127]

См. Также [ править ]

  • Охват (генетика)
  • Секвенирование ДНК
  • ДНК-микрочип
  • ДНК-профилирование
  • Дуплексное секвенирование
  • Горизонтальная корреляция
  • Медицинская генетика
  • Последовательность нуклеиновой кислоты
  • Проект "Геном человека"
  • Персональный проект генома
  • Геномика Англия
  • Прогностическая медицина
  • Персонализированная медицина
  • Редкий функциональный вариант
  • Аннотация SNP
  • Секвенирование всего экзома

Секвенированные геномы

  • Список секвенированных геномов водорослей
  • Список секвенированных геномов животных
  • Список секвенированных геномов архей
  • Список секвенированных бактериальных геномов
  • Список секвенированных эукариотических геномов
  • Список секвенированных геномов грибов
  • Список секвенированных геномов растений
  • Список секвенированных пластомов
  • Список секвенированных геномов протистов

Ссылки [ править ]

  1. ^ Альбертс, Брюс; Джонсон, Александр; Льюис, Джулиан; Рафф, Мартин; Робертс, Кейт; Уолтер, Питер (2008). «Глава 8». Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Наука о гирляндах. п. 550. ISBN 978-0-8153-4106-2.
  2. ^ «Определение полногеномного секвенирования - Словарь терминов NCI по раку» . Национальный институт рака . 2012-07-20 . Проверено 13 октября 2018 .
  3. ^ Gilissen (июль 2014). «Секвенирование генома определяет основные причины тяжелой умственной отсталости». Природа . 511 (7509): 344–7. Bibcode : 2014Natur.511..344G . DOI : 10,1038 / природа13394 . PMID 24896178 . S2CID 205238886 .  
  4. ^ Нет, K; Waddell, N; Wayte, N; Патч, AM; Бейли, П; Ньюэлл, Ф; Холмс, О; Финк, JL; Куинн, MC; Тан, YH; Лампе, G; Quek, K; Loffler, KA; Manning, S; Идрисоглу, S; Миллер, Д; Сюй, Q; Waddell, N; Уилсон, П.Дж.; Bruxner, TJ; Христос, АН; Харливонг, я; Nourse, C; Нурбахш, Э; Андерсон, М; Kazakoff, S; Леонард, C; Дерево, S; Simpson, PT; Reid, LE; Краузе, L; Хасси, диджей; Уотсон, доктор медицинских наук; Lord, RV; Nancarrow, D; Филлипс, Вашингтон; Готли, Д; Смитерс, Б.М.; Уайтмен, округ Колумбия; Hayward, NK; Кэмпбелл, П.Дж.; Пирсон, СП; Гриммонд, С.М.; Барбур, AP (29 октября 2014 г.). «Геномные катастрофы часто возникают при аденокарциноме пищевода и приводят к онкогенезу» . Nature Communications . 5 : 5224. Bibcode : 2014NatCo ... 5.5224N .DOI : 10.1038 / ncomms6224 . PMC  4596003 . PMID  25351503 .
  5. ^ ван Эль, CG; Корнел, MC; Борри, П; Hastings, RJ; Fellmann, F; Ходжсон, SV; Ховард, ХК; Камбон-Томсен, А; Knoppers, BM; Meijers-Heijboer, H; Scheffer, H; Tranebjaerg, L; Дондорп, Вт; де Верт, GM (июнь 2013 г.). «Секвенирование всего генома в здравоохранении. Рекомендации Европейского общества генетики человека» . Европейский журнал генетики человека . 21 Дополнение 1: S1–5. DOI : 10.1038 / ejhg.2013.46 . PMC 3660957 . PMID 23819146 .  
  6. ^ Муни, Шон (сентябрь 2014 г.). «Прогресс в направлении интеграции фармакогеномики в практику» . Генетика человека . 134 (5): 459–65. DOI : 10.1007 / s00439-014-1484-7 . PMC 4362928 . PMID 25238897 .  
  7. ^ Журнал Kijk, 1 января 2009
  8. ^ "Psst, геном человека никогда не был полностью секвенирован" . СТАТ . 2017-06-20. Архивировано 23 октября 2017 года . Проверено 23 октября 2017 .
  9. ↑ Маркс, Вивьен (11 сентября 2013 г.). «Секвенирование следующего поколения: головоломка генома» . Природа . 501 (7466): 263–268. Bibcode : 2013Natur.501..263M . DOI : 10.1038 / 501261a . PMID 24025842 . 
  10. ^ др.], Брюс Альбертс ... [и др. (2008). Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Наука о гирляндах. п. 551. ISBN. 978-0-8153-4106-2.
  11. ^ a b c Fleischmann, R .; Адамс, М .; Белый, О; Clayton, R .; Киркнесс, Э .; Kerlavage, A .; Bult, C .; Могила, Дж .; Догерти, Б.; Меррик, Дж .; др., д. (28 июля 1995 г.). «Полное геномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука . 269 (5223): 496–512. Bibcode : 1995Sci ... 269..496F . DOI : 10.1126 / science.7542800 . PMID 7542800 . 
  12. ↑ Эдди, Шон Р. (ноябрь 2012 г.). «Парадокс C-ценности, мусорная ДНК и КОДИРОВКА» . Текущая биология . 22 (21): R898 – R899. DOI : 10.1016 / j.cub.2012.10.002 . PMID 23137679 . 
  13. ^ Пеллисер, Жауме; ФЭЙ, Майкл Ф .; Лейтч, Илья Дж. (15 сентября 2010 г.). "Самый крупный из них эукариотический геном?" . Ботанический журнал Линнеевского общества . 164 (1): 10–15. DOI : 10.1111 / j.1095-8339.2010.01072.x .
  14. ^ Консорциум по секвенированию генома человека, Международный (21 октября 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека» . Природа . 431 (7011): 931–945. Bibcode : 2004Natur.431..931H . DOI : 10,1038 / природа03001 . PMID 15496913 . 
  15. ^ Goffeau, A .; Barrell, BG; Bussey, H .; Дэвис, RW; Dujon, B .; Feldmann, H .; Галиберт, Ф .; Hoheisel, JD; Jacq, C .; Johnston, M .; Louis, EJ; Mewes, HW; Murakami, Y .; Philippsen, P .; Tettelin, H .; Оливер, С. Г. (25 октября 1996 г.). «Жизнь с 6000 генов» . Наука . 274 (5287): 546–567. Bibcode : 1996Sci ... 274..546G . DOI : 10.1126 / science.274.5287.546 . PMID 8849441 . S2CID 16763139 . Архивировано 7 марта 2016 года (PDF) .  
  16. ^ В С. Элеганс Секвенирование Consortium (11 декабря 1998). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–2018. Bibcode : 1998Sci ... 282.2012. . DOI : 10.1126 / science.282.5396.2012 . PMID 9851916 . 
  17. ^ Альбертс, Брюс (2008). Молекулярная биология клетки (5-е изд.). Нью-Йорк: Наука о гирляндах. п. 552. ISBN. 978-0-8153-4106-2.
  18. Перейти ↑ Dunham, I. (декабрь 1999 г.). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека» . Природа . 402 (6761): 489–495. Bibcode : 1999Natur.402..489D . DOI : 10.1038 / 990031 . PMID 10591208 . 
  19. ^ Адамс MD; Celniker SE; Холт Р.А.; и другие. (2000-03-24). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука . 287 (5461): 2185–2195. Bibcode : 2000Sci ... 287.2185. . CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . DOI : 10.1126 / science.287.5461.2185 . PMID 10731132 .  
  20. ^ Инициатива по геному арабидопсиса (2000-12-14). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana» . Природа . 408 (6814): 796–815. Bibcode : 2000Natur.408..796T . DOI : 10.1038 / 35048692 . PMID 11130711 . 
  21. ^ Venter JC; Адамс MD; Myers EW; и другие. (2001-02-16). «Последовательность генома человека» . Наука . 291 (5507): 1304–1351. Bibcode : 2001Sci ... 291.1304V . DOI : 10.1126 / science.1058040 . PMID 11181995 . 
  22. ^ Waterston RH; Линдблад-То К; Бирни Э; и другие. (2002-10-31). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши» . Природа . 420 (6915): 520–562. Bibcode : 2002Natur.420..520W . DOI : 10,1038 / природа01262 . PMID 12466850 . 
  23. ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (07.09.2004). «Завершение эухроматической последовательности генома человека» . Природа . 431 (7011): 931–945. Bibcode : 2004Natur.431..931H . DOI : 10,1038 / природа03001 . PMID 15496913 . 
  24. ^ Браславский, Идо; и другие. (2003). «Информация о последовательности может быть получена из отдельных молекул ДНК» . Proc Natl Acad Sci USA . 100 (7): 3960–3984. Bibcode : 2003PNAS..100.3960B . DOI : 10.1073 / pnas.0230489100 . PMC 153030 . PMID 12651960 .  
  25. ↑ Хегер, Моника (2 октября 2013 г.). «Секвенирование отдельных клеток делает большие успехи в клинике онкологических и первичных применений ПГД» . Новости клинического секвенирования .
  26. ^ Юркевич, IR; Корф, БР; Леманн, LS (2014). «Пренатальное полногеномное секвенирование - этично ли стремление узнать будущее плода?». Медицинский журнал Новой Англии . 370 (3): 195–7. DOI : 10.1056 / NEJMp1215536 . PMID 24428465 . 
  27. ↑ Staden R (июнь 1979 г.). «Стратегия секвенирования ДНК с использованием компьютерных программ» . Nucleic Acids Res . 6 (7): 2601–10. DOI : 10.1093 / NAR / 6.7.2601 . PMC 327874 . PMID 461197 .  
  28. ^ Эдвардс, A; Каски, Т. (1991). «Стратегии закрытия для случайного секвенирования ДНК». Методы: дополнение к методам энзимологии . 3 (1): 41–47. DOI : 10.1016 / S1046-2023 (05) 80162-8 .
  29. ^ Эдвардс А; Voss H; Рис P; Чивителло А; Stegemann J; Schwager C; Zimmermann J; Erfle H; Caskey CT; Ансорге В. (апрель 1990 г.). «Автоматизированное секвенирование ДНК человеческого локуса HPRT». Геномика . 6 (4): 593–608. DOI : 10.1016 / 0888-7543 (90) 90493-E . PMID 2341149 . 
  30. ^ Роуч JC; Boysen C; Ван К; Худ L (март 1995 г.). «Парное секвенирование конца: единый подход к геномному картированию и секвенированию». Геномика . 26 (2): 345–53. DOI : 10.1016 / 0888-7543 (95) 80219-C . PMID 7601461 . 
  31. ^ Fleischmann RD; Адамс MD; Белый O; Clayton RA; Киркнесс Э.Ф .; Kerlavage AR; Bult CJ; Могила JF; Догерти Б.А.; Меррик Дж. М.; Маккенни; Саттон; Фитцхью; Поля; Гоцин; Скотт; Ширли; Лю; Глодек; Келли; Вайдман; Филлипс; Spriggs; Хедблом; Хлопок; Utterback; Ханна; Нгуен; Саудек; и другие. (Июль 1995 г.). «Полное геномное случайное секвенирование и сборка Haemophilus influenzae Rd». Наука . 269 (5223): 496–512. Bibcode : 1995Sci ... 269..496F . DOI : 10.1126 / science.7542800 . PMID 7542800 . 
  32. ^ Адамс, Мэриленд; и другие. (2000). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Наука . 287 (5461): 2185–95. Bibcode : 2000Sci ... 287.2185. . CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . DOI : 10.1126 / science.287.5461.2185 . PMID 10731132 .  
  33. ^ a b Mukhopadhyay R (февраль 2009 г.). «Секвенаторы ДНК: следующее поколение». Анальный. Chem . 81 (5): 1736–40. DOI : 10.1021 / ac802712u . PMID 19193124 . 
  34. ^ Квонг, JC; McCallum, N; Синченко, В; Хауден, ВР (апрель 2015 г.). «Секвенирование всего генома в клинической микробиологии и здравоохранении» . Патология . 47 (3): 199–210. DOI : 10.1097 / pat.0000000000000235 . PMC 4389090 . PMID 25730631 .  
  35. ^ Стрикленд, Элиза (2015-10-14). «Новые генетические технологии позволяют диагностировать тяжелобольных младенцев в течение 26 часов - IEEE Spectrum» . Spectrum.ieee.org . Архивировано 16 ноября 2015 года . Проверено 11 ноября 2016 .
  36. ^ "Статья: Гонка за сокращение затрат на секвенирование всего генома Новости генной инженерии и биотехнологии - Биотехнология от места работы до бизнеса" . Genengnews.com. Архивировано из оригинала на 2006-10-17 . Проверено 23 февраля 2009 .
  37. ^ «Стоимость секвенирования всего генома продолжает снижаться» . Eyeondna.com. Архивировано 25 марта 2009 года . Проверено 23 февраля 2009 .
  38. ^ Хармон, Кэтрин (2010-06-28). «Секвенирование генома для всех нас» . Scientific American. Архивировано 19 марта 2011 года . Проверено 13 августа 2010 .
  39. ^ Сан-Диего / Новости технологий округа Ориндж. «Sequenom для разработки технологии секвенирования одиночных молекул на основе нанопор третьего поколения» . Freshnews.com. Архивировано из оригинала на 2008-12-05 . Проверено 24 февраля 2009 .
  40. ^ a b "Статья: Секвенирование всего генома за 24 часа Новости генной инженерии и биотехнологии - Биотехнология от места работы до бизнеса" . Genengnews.com. Архивировано из оригинала на 2006-10-17 . Проверено 23 февраля 2009 .
  41. ^ "Pacific Bio приоткрывает завесу над своим усилием по высокоскоростному секвенированию генома" . VentureBeat. 2008-02-10. Архивировано 20 февраля 2009 года . Проверено 23 февраля 2009 .
  42. ^ "Био-IT Мир" . Био-IT Мир. 2008-10-06. Архивировано 17 февраля 2009 года . Проверено 23 февраля 2009 .
  43. ^ «С новой машиной Helicos приближает персональное секвенирование генома» . Xconomy. 2008-04-22. Архивировано 02 января 2011 года . Проверено 28 января 2011 .
  44. ^ «Стоимость секвенирования всего генома продолжает падать: 300 миллионов долларов в 2003 году, 1 миллион долларов в 2007 году, 60 000 долларов сейчас, 5000 долларов к концу года» . Nextbigfuture.com. 2008-03-25. Архивировано 20 декабря 2010 года . Проверено 28 января 2011 .
  45. ^ «Наножидкостный чип Хань Цао может значительно сократить расходы на секвенирование ДНК» . Обзор технологий. Архивировано из оригинала на 2011-03-29.
  46. ^ Julia Karow (26 октября 2015). «BGI запускает настольный секвенсор в Китае; планирует зарегистрировать платформу в CFDA» . GenomeWeb . Проверено 2 декабря 2018 .
  47. ^ «BGI запускает новый настольный секвенсор в Китае, регистрирует более крупную версию в CFDA» . 360Dx . GenomeWeb. 11 ноября 2016 . Проверено 2 декабря 2018 .
  48. ↑ Моника Хегер (26 октября 2018 г.). «BGI запускает новый секвенсор, поскольку клиенты сообщают данные с более ранних инструментов» . GenomeWeb . Проверено 2 декабря 2018 .
  49. ^ Джон Кэрролл (2008-07-14). «Pacific Biosciences получает 100 миллионов долларов за технологию секвенирования» . FierceBiotech. Архивировано 01 мая 2009 года . Проверено 23 февраля 2009 .
  50. ↑ Сибли, Лиза (2008-02-08). «Полная геномика радикально снижает стоимость» . Силиконовая долина / Бизнес-журнал Сан-Хосе . Sanjose.bizjournals.com . Проверено 23 февраля 2009 .
  51. ↑ Сара Невилл (5 марта 2018 г.). «Более дешевое секвенирование ДНК открывает секреты редких болезней» . Financial Times . Проверено 2 декабря 2018 .
  52. ^ Карлсон, Роб (2007-01-02). «Несколько мыслей о быстром секвенировании генома и приз Архонта - синтез» . Synthesis.cc. Архивировано 8 августа 2009 года . Проверено 23 февраля 2009 .
  53. ^ «Обзор ПРИЗА: ПРИЗ Archon X за геномику» .
  54. ^ Диамандис, Питер. «Опережая инновации: отмена XPRIZE» . Huffington Post . Архивировано 25 августа 2013 года.
  55. ^ Aldhous, Питер. «X Prize для геномов отменен до его начала» . Архивировано 21 сентября 2016 года.
  56. ^ "SOLiD System - анонсирована платформа для секвенирования ДНК следующего поколения" . Gizmag.com. 2007-10-27. Архивировано 19 июля 2008 года . Проверено 24 февраля 2009 .
  57. ^ "Геном за 1000 долларов: скоро?" . Dddmag.com. 2010-04-01. Архивировано 15 апреля 2011 года . Проверено 28 января 2011 .
  58. ^ "Индивидуальное секвенирование генома - Illumina, Inc" . Everygenome.com. Архивировано из оригинала на 2011-10-19 . Проверено 28 января 2011 .
  59. ^ «Illumina запускает услугу персонального секвенирования генома за 48 000 долларов: Genetic Future» . Scienceblogs.com. Архивировано из оригинального 16 -го июня 2009 года . Проверено 28 января 2011 .
  60. ↑ Уэйд, Николас (11 августа 2009 г.). «Стоимость расшифровки генома снижается» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано 21 мая 2013 года . Проверено 3 мая 2010 .
  61. ^ «Индекс технологий» . ABC News . Архивировано 15 мая 2016 года . Проверено 29 апреля 2018 года .CS1 maint: bot: исходный статус URL неизвестен ( ссылка )
  62. ^ Drmanac R, Sparks AB, Callow MJ и др. (2010). «Секвенирование генома человека с использованием несвязанного основания считывает самособирающиеся наномассивы ДНК». Наука . 327 (5961): 78–81. Bibcode : 2010Sci ... 327 ... 78D . DOI : 10.1126 / science.1181498 . PMID 19892942 . S2CID 17309571 .  
  63. ^ "Illumina объявляет о расценках на геном в размере 5000 долларов - Мир биотехнологий" . Архивировано из оригинала на 2011-05-17.
  64. ^ "NHGRI награждает более чем 50 миллионов долларов за разработку недорогих технологий секвенирования ДНК" . Genome Web . 2009. Архивировано 03 июля 2011 года.
  65. ^ «Life Technologies представляет настольный секвенсор Ion Proton ™; разработанный для расшифровки генома человека за один день за 1000 долларов» (пресс-релиз). Архивировано из оригинального 23 декабря 2012 года . Проверено 30 августа 2012 года .
  66. ^ ЭНДРЮ ПОЛЛАК (2012-02-17). «Oxford Nanopore представляет крошечное устройство для секвенирования ДНК - The New York Times» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано 07 января 2013 года . Проверено 11 ноября 2016 .
  67. ^ «Секвенсор Illumina позволяет геном за 1000 долларов». Новости: Геномика и протеомика. Gen. Eng. Biotechnol. Новости (бумага). 34 (4). 15 февраля 2014. с. 18.
  68. ↑ Отметьте Хайден, Эрика (15 января 2014 г.). «Неужели геном за 1000 долларов на самом деле?». Природа . DOI : 10.1038 / nature.2014.14530 .
  69. ^ «Стоимость секвенирования генома человека» . www.genome.gov . Архивировано 25 ноября 2016 года.
  70. ^ «С услугой секвенирования всего генома за 999 долларов, Veritas приступает к достижению цели демократизации информации о ДНК» .
  71. ^ Эндрюс, Джо (2019-07-01). «Veritas Genetics, конкурент 23andMe, снижает стоимость секвенирования всего генома на 40% до 600 долларов» . CNBC . Проверено 2 сентября 2019 .
  72. ^ Меган Молтени (18 мая 2017). «Китайский геномный гигант нацелился на совершенный секвенсор» . Проводной . Проверено 2 декабря 2018 .
  73. ^ Филлипс, К. А; Плетчер, М. Дж; Ладабаум, У (2015). «Является ли« Геном за 1000 долларов »на самом деле 1000 долларов? Понимание всех преимуществ и затрат геномного секвенирования» . Технологии и здравоохранение . 23 (3): 373–379. DOI : 10.3233 / THC-150900 . PMC 4527943 . PMID 25669213 .  
  74. ^ «Блог: Истинный размер генома человека | Veritas Genetics» .
  75. ^ "Psst, геном человека никогда не был полностью секвенирован" . statnews.com . 2017-06-20.
  76. ^ «Несмотря на то, что вы слышали, геном человека не полностью секвенирован» . Geneticliteracyproject.org . 2017-06-23.
  77. ^ «Ядро геномики» . Gladstone.ucsf.edu. Архивировано из оригинала на 30 июня 2010 года . Проверено 23 февраля 2009 .
  78. ^ Nishida N; Koike A; Tajima A; Огасавара Y; Ishibashi Y; Uehara Y; Иноуэ I; Токунага К. (2008). «Оценка производительности платформы Affymetrix SNP Array 6.0 с участием 400 японцев» . BMC Genomics . 9 (1): 431. DOI : 10.1186 / 1471-2164-9-431 . PMC 2566316 . PMID 18803882 .  
  79. ^ Петроне, Джастин. «Illumina, чип DeCode Build 1M SNP; запуск во втором квартале должен совпасть с выпуском массива SNP Affy 6.0 | Новости BioArray | Массивы» . GenomeWeb. Архивировано 16 июля 2011 года . Проверено 23 февраля 2009 .
  80. ^ Роуч JC; Glusman G; Смит AF; и другие. (Апрель 2010 г.). «Анализ генетической наследственности в семейном квартете методом полногеномного секвенирования» . Наука . 328 (5978): 636–9. Bibcode : 2010Sci ... 328..636R . DOI : 10.1126 / science.1186802 . PMC 3037280 . PMID 20220176 .  
  81. ^ Компакт-диск Кэмпбелла; Chong JX; Malig M; и другие. (Ноябрь 2012 г.). «Оценка частоты мутаций человека с использованием аутозиготности в популяции-основателе» . Nat. Genet . 44 (11): 1277–81. DOI : 10.1038 / ng.2418 . PMC 3483378 . PMID 23001126 .  
  82. ^ Йе К; Бикман М; Lameijer EW; Zhang Y; Moed MH; ван ден Аккер Э. Б.; Дилен Дж; Houwing-Duistermaat JJ; Кремер Д; Анвар SY; Ларос Дж. Ф.; Джонс Д; Рейн К; Блэкберн B; Potluri S; Длинный Q; Гурьев В; ван дер Брегген Р; Westendorp RG; 't Hoen PA; ден Даннен Дж; van Ommen GJ; Willemsen G; Pitts SJ; Cox DR; Нин З; Boomsma DI; Slagboom PE (декабрь 2013 г.). «Старение как ускоренное накопление соматических вариантов: полногеномное секвенирование пар монозиготных близнецов столетнего и среднего возраста» . Twin Res Hum Genet . 16 (6): 1026–32. DOI : 10.1017 / thg.2013.73 . PMID 24182360 . 
  83. ^ Кейтли PD (февраль 2012). «Скорость и фитнес-последствия новых мутаций у людей» . Генетика . 190 (2): 295–304. DOI : 10.1534 / genetics.111.134668 . PMC 3276617 . PMID 22345605 .  
  84. ^ Тунец М; Амос CI (ноябрь 2013 г.). «Геномное секвенирование при раке» . Cancer Lett . 340 (2): 161–70. DOI : 10.1016 / j.canlet.2012.11.004 . PMC 3622788 . PMID 23178448 .  
  85. ↑ Моран, Лоуренс А. (24 марта 2011 г.). "Sandwalk: насколько велик геном человека?" . sandwalk.blogspot.com . Архивировано 1 декабря 2017 года . Проверено 29 апреля 2018 года .
  86. ^ Ходжкинсон, Алан; Чен, Инь; Эйр-Уокер, Адам (январь 2012 г.). «Масштабное распространение соматических мутаций в геномах рака». Мутация человека . 33 (1): 136–143. DOI : 10.1002 / humu.21616 . ISSN 1098-1004 . PMID 21953857 . S2CID 19353116 .   
  87. ^ Supek, Fran; Ленер, Бен (2015-05-07). «Дифференциальная репарация несовпадений ДНК лежит в основе вариаций скорости мутаций в геноме человека» . Природа . 521 (7550): 81–84. Bibcode : 2015Natur.521 ... 81S . DOI : 10,1038 / природа14173 . ISSN 0028-0836 . PMC 4425546 . PMID 25707793 .   
  88. ^ Шустер-Бёклер, Бенджамин; Ленер, Бен (23.08.2012). «Организация хроматина оказывает большое влияние на частоту региональных мутаций в раковых клетках человека». Природа . 488 (7412): 504–507. Bibcode : 2012Natur.488..504S . DOI : 10.1038 / nature11273 . ISSN 1476-4687 . PMID 22820252 . S2CID 205229634 .   
  89. ^ Supek, Fran; Ленер, Бен (27.07.2017). «Кластерные сигнатуры мутаций показывают, что подверженная ошибкам репарация ДНК нацелена на мутации активных генов» . Cell . 170 (3): 534–547.e23. DOI : 10.1016 / j.cell.2017.07.003 . ЛВП : 10230/35343 . ISSN 1097-4172 . PMID 28753428 .  
  90. ^ Яно, K; Ямамото, Э; Ая, К; Такеучи, H; Ло, ПК; Hu, L; Ямасаки, М; Йошида, S; Китано, Н; Хирано, К; Мацуока, М. (август 2016 г.). «Полногеномное ассоциативное исследование с использованием полногеномного секвенирования позволяет быстро выявить новые гены, влияющие на агрономические характеристики риса». Генетика природы . 48 (8): 927–34. DOI : 10.1038 / ng.3596 . PMID 27322545 . S2CID 22427006 .  
  91. ^ a b c Эбботт, Фил (2010). «Американские клиники спокойно принимают секвенирование всего генома: Nature News» . Природа . DOI : 10.1038 / news.2010.465 . Архивировано 16 апреля 2017 года . Проверено 11 ноября 2016 .
  92. ^ Эшли, EA; Бьютт, Эй Джей; Уиллер, MT; Chen, R; Klein, TE; Дьюи, ИП; Дадли, JT; Ormond, KE; Павлович, А; Морган, АА; Пушкарев Д; Нефф, Н.Ф .; Хаджинс, L; Гонг, L; Ходжес, Л. М.; Берлин, DS; Thorn, CF; Сангкуль, К; Hebert, JM; Вун, М; Сагрейя, H; Whaley, R; Ноулз, JW; Чжоу, MF; Thakuria, СП; Розенбаум AM; Заранек, А.В.; Церковь, GM; Грили, HT; Quake, SR; Альтман, РБ (1 мая 2010 г.). «Клиническая оценка с использованием личного генома» . Ланцет . 375 (9725): 1525–35. DOI : 10.1016 / S0140-6736 (10) 60452-7 . PMC 2937184 . PMID 20435227 .  
  93. ^ Дьюи, Фредерик Э .; Уилер, Мэтью Т .; Кордеро, Серджио; Perez, Marco V .; Павлович, Алекс; Пушкарев Дмитрий; Freeman, Джеймс V .; Quake, Стив Р .; Эшли, Юан А. (апрель 2011 г.). «Молекулярная аутопсия при внезапной сердечной смерти с использованием секвенирования всего генома». Журнал Американского колледжа кардиологии . 57 (14): E1159. DOI : 10.1016 / S0735-1097 (11) 61159-5 .
  94. ^ Дьюи, Фредерик Э .; Чен, Ронг; Cordero, Sergio P .; Ормонд, Келли Э .; Калешу, Коллин; Karczewski, Konrad J .; Whirl-Carrillo, Мишель; Уилер, Мэтью Т .; Дадли, Джоэл Т .; Бирнс, Джейк К .; Cornejo, Omar E .; Ноулз, Джошуа В .; Вун, Марк; Сангкуль, Катрин; Гонг, Ли; Торн, Кэролайн Ф .; Hebert, Joan M .; Каприотти, Эмидио; Дэвид, Шон П .; Павлович, Александра; Уэст, Энн; Такурия, Джозеф V .; Болл, Мадлен П .; Заранек, Александр В .; Rehm, Heidi L .; Церковь, Джордж М .; West, John S .; Bustamante, Carlos D .; Снайдер, Майкл; Альтман, Русь Б .; Klein, Teri E .; Butte, Atul J .; Эшли, Юан А. (15 сентября 2011 г.). «Поэтапный геномный геномный риск в семейном квартете с использованием контрольной последовательности главного аллеля» . PLOS Genetics . 7 (9): e1002280.DOI : 10.1371 / journal.pgen.1002280 . PMC  3174201 . PMID  21935354 .
  95. ^ «Один на миллиард: жизнь мальчика, медицинская загадка» . Jsonline.com . Архивировано 5 октября 2013 года . Проверено 11 ноября 2016 .
  96. ^ Майер А.Н., Диммок Д.П., Арка М.Дж. и др. (Март 2011 г.). «Своевременный приход в геномную медицину» . Genet. Med . 13 (3): 195–6. DOI : 10.1097 / GIM.0b013e3182095089 . PMID 21169843 . S2CID 10802499 .  
  97. ^ «Внедрение диагностических приложений« 3Gb-тестирования »в генетике человека» . Архивировано 10 ноября 2014 года.
  98. ^ Бочча S, Мак Ки М, Adany R, Боффетта Р, Бертон Н, Камбон-Томсен А, Корнел MC, Серый M, Яни А, Knoppers БМ, Хури МДж, Меслен Е.М., Ван Duijn СМ, Виллари Р, Циммерн R, Чезарио А., Пуггина А., Колотто М., Риккарди В. (август 2014 г.). «Помимо геномики общественного здравоохранения: предложения международной рабочей группы» . Eur J Public Health . 24 (6): 877–879. DOI : 10.1093 / eurpub / cku142 . PMC 4245010 . PMID 25168910 .  
  99. ^ «Новости RD-Connect 18 июля 2014 г.» . Rd-connect.eu . Архивировано 10 октября 2016 года . Проверено 11 ноября 2016 .
  100. ^ «Genomes2People: дорожная карта для геномной медицины» . www.frontlinegenomics.com . Архивировано 14 февраля 2017 года . Проверено 29 апреля 2018 года .
  101. ^ "Оценка риска и образование для исследования болезни Альцгеймера (REVEAL) - HBHE Genetics Research Group" . hbhegenetics.sph.umich.edu . Архивировано 29 сентября 2017 года . Проверено 29 апреля 2018 года .
  102. ^ «Оценка риска и образование для болезни Альцгеймера (REVEAL) II - Просмотр полного текста - ClinicalTrials.gov» . Clinicaltrials.gov . Архивировано 14 февраля 2017 года . Проверено 29 апреля 2018 года .
  103. ^ Фарнэс L; Хилдрет А; Суини Н.М.; Кларк ММ; Чоудхури S; Nahas S; Cakici JA; Benson W; Каплан РХ; Kronick R; Bainbridge MN; Фридман Дж; Золотой JJ; Ding Y; Veeraraghavan N; Dimmock D; Kingsmore SF (2018). «Быстрое секвенирование всего генома снижает младенческую заболеваемость и стоимость госпитализации» . NPJ Геномная медицина . 3 : 10. DOI : 10.1038 / s41525-018-0049-4 . PMC 5884823 . PMID 29644095 .  
  104. ^ Ли, Seunggeung; Abecasis, Gonçalo R .; Бёнке, Майкл; Линь, Сихун (июль 2014 г.). «Редко-вариантный анализ ассоциации: планы исследований и статистические тесты» . Американский журнал генетики человека . 95 (1): 5–23. DOI : 10.1016 / j.ajhg.2014.06.009 . ISSN 0002-9297 . PMC 4085641 . PMID 24995866 .   
  105. ^ Ли, Сихао; Ли, Зилин; Чжоу, Хуфэн; Гейнор, Шейла М .; Лю, Яову; Чен, Хан; Солнце, Райан; Дей, Рунак; Арнетт, Донна К .; Аслибекян Стелла; Баллантайн, Кристи М .; Bielak, Lawrence F .; Бланжеро, Джон; Бурвинкль, Эрик; Боуден, Дональд У .; Брум, Джай Джи; Conomos, Мэтью П.; Корреа, Адольфо; Каплс, Л. Адриенн; Curran, Joanne E .; Фридман, Барри I .; Го, Сюцин; Хинди, Джордж; Ирвин, Маргарита Р .; Кардиа, Шарон Л.Р .; Катиресан, Секар; Хан, Алина Т .; Куперберг, Чарльз Л .; Лори, Кэти С.; Лю, X. Ширли; Махани, Майкл С .; Manichaiku, Ani W .; Мартин, Лиза В .; Матиас, Расика А .; МакГарви, Стивен Т .; Mitchell, Braxton D .; Montasser, May E .; Мур, Джилл Э .; Morrison3, Alanna C .; О'Коннелл, Джеффри Р .; Palmer, Nicholette D .; Пампана, Ахил; Peralta, Juan M .; Пейзер, Патрисия А .; Псати, Брюс М .; Redline, Сьюзен; Райс, Кеннет М .; Богатый,Стивен С .; Смит, Дженнифер А .; Tiwari, Hemant K .; Цай, Майкл Й .; Vasan, Ramachandran S .; Ван, Фэй Фэй; Weeks, Daniel E .; Вен, Чжипин; Уилсон, Джеймс Дж .; Янек, Лиза Р .; Консорциум NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed); Рабочая группа TOPMed Lipids; Нил, Бенджамин М .; Сюняев, Шамиль Р .; Abecasis, Gonçalo R .; Роттер, Джером I .; Виллер, Кристен Дж .; Peloso, Gina M .; Натараджан, Прадип; Линь, Сихун (сентябрь 2020 г.).«Динамическое включение нескольких in silico функциональных аннотаций дает возможность проводить анализ ассоциации редких вариантов в крупных масштабных исследованиях секвенирования всего генома» . Генетика природы . 52 (9): 969–983. DOI : 10.1038 / s41588-020-0676-4 . ISSN  1061-4036 . PMC  7483769 . PMID  32839606 .
  106. ^ a b c d e f g h Sijmons, RH; Ван Ланген, И.М. (2011). «Клинический взгляд на этические вопросы генетического тестирования». Подотчетность в исследованиях: политика и обеспечение качества . 18 (3): 148–162. Bibcode : 2013ARPQ ... 20..143D . DOI : 10.1080 / 08989621.2011.575033 . PMID 21574071 . S2CID 24935558 .  
  107. ^ Ayday E; Де Кристофаро Э; Hubaux JP; Цудик Г (2015). "Озноб и острые ощущения от секвенирования всего генома". arXiv : 1306.1264 [ cs.CR ].
  108. ^ Borry, P .; Evers-Kiebooms, G .; Корнел, MC; Кларк, А; Dierickx, K; Комитет общественной профессиональной политики (PPPC) Европейского общества генетиков человека (ESHG) (2009 г.). «Генетическое тестирование бессимптомных несовершеннолетних. Основные соображения относительно рекомендаций ESHG» . Eur J Hum Genet . 17 (6): 711–9. DOI : 10.1038 / ejhg.2009.25 . PMC 2947094 . PMID 19277061 .  
  109. ^ Хендерсон, Марк (2009-02-09). «Генетическое картирование младенцев к 2019 году преобразит профилактическую медицину» . Лондон: Times Online. Архивировано 11 мая 2009 года . Проверено 23 февраля 2009 .
  110. ^ МакКейб LL; McCabe ER (июнь 2001 г.). «Постгеномная медицина. Пресимптоматическое тестирование для прогноза и профилактики». Clin Perinatol . 28 (2): 425–34. DOI : 10.1016 / S0095-5108 (05) 70094-4 . PMID 11499063 . 
  111. ^ Нельсон RM; Botkjin JR; Кодиш Э.Д .; и другие. (Июнь 2001 г.). «Этические вопросы генетического тестирования в педиатрии» . Педиатрия . 107 (6): 1451–5. DOI : 10.1542 / peds.107.6.1451 . PMID 11389275 . 
  112. ^ Борри П; Fryns JP; Schotsmans P; Dierickx K (февраль 2006 г.). «Тестирование несущей способности несовершеннолетних: систематический обзор руководящих принципов и документов с изложением позиции» . Евро. J. Hum. Genet . 14 (2): 133–8. DOI : 10.1038 / sj.ejhg.5201509 . PMID 16267502 . 
  113. ^ Борри П; Stultiens L; Nys H; Cassiman JJ; Dierickx K (ноябрь 2006 г.). «Пресимптомное и прогностическое генетическое тестирование несовершеннолетних: систематический обзор руководящих принципов и документов с изложением позиции». Clin. Genet . 70 (5): 374–81. DOI : 10.1111 / j.1399-0004.2006.00692.x . PMID 17026616 . S2CID 7066285 .  
  114. ^ Макгуайр, Эми, L; Колфилд, Тимоти (2008). «Наука и общество: этика исследований и проблема секвенирования всего генома» . Природа Обзоры Генетики . 9 (2): 152–156. DOI : 10.1038 / nrg2302 . PMC 2225443 . PMID 18087293 .  
  115. ^ Кертис, Кейтлин; Херевард, Джеймс; Мангельсдорф, Мари; Хасси, Карен; Деверо, Джон (18 декабря 2018 г.). «Защита доверия к медицинской генетике в новую эру судебной медицины» . Генетика в медицине . 21 (7): 1483–1485. DOI : 10.1038 / s41436-018-0396-7 . PMC 6752261 . PMID 30559376 .  
  116. ↑ Уэйд, Николас (4 сентября 2007 г.). «В гонке геномов продолжение личное» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано 11 апреля 2009 года . Проверено 22 февраля 2009 года .
  117. ^ Ледфорд, Heidi (2007). «Доступ: Все о Крейге: первая« полная »последовательность генома» . Природа . 449 (7158): 6–7. Bibcode : 2007Natur.449 .... 6L . DOI : 10.1038 / 449006a . PMID 17805257 . 
  118. ^ Леви S, Саттон G, Ng PC, Feuk L, Halpern AL, Валенц Б.П., Аксельрод N, Хуанг Дж., Киркнесс EF, Денисов G, Лин Y, Макдональд JR, Панг AW, Шаго М., Стоквелл ТБ, Циамоури А., Бафна V, Bansal V, Kravitz SA, Busam DA, Beeson KY, McIntosh TC, Remington KA, Abril JF, Gill J, Borman J, Rogers YH, Frazier ME, Scherer SW, Strausberg RL, Venter JC (сентябрь 2007 г.). «Диплоидная последовательность генома отдельного человека» . PLOS Biol . 5 (10): e254. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0050254 . PMC 1964779 . PMID 17803354 .  
  119. ↑ Уэйд, Уэйд (1 июня 2007 г.). «Пионер ДНК Ватсон получает собственную карту генома» . Интернэшнл Геральд Трибюн. Архивировано из оригинального 27 сентября 2008 года . Проверено 22 февраля 2009 года .
  120. ↑ Уэйд, Николас (31 мая 2007 г.). «Расшифрован геном первопроходца ДНК» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано 20 июня 2011 года . Проверено 21 февраля 2009 года .
  121. ^ Уиллер DA; Srinivasan M; Egholm M; Shen Y; Chen L; Макгуайр А; Он W; Chen YJ; Махиджани V; Roth GT; Gomes X; Тартаро К; Niazi F; Turcotte CL; Ирзык Г.П .; Лупски-младший; Chinault C; Песня XZ; Лю И; Юань Y; Назарет L; Цинь X; Музный ДМ; Маргулис М; Weinstock GM; Гиббс Р.А.; Ротберг JM (2008). «Полный геном человека путем массового параллельного секвенирования ДНК» . Природа . 452 (7189): 872–6. Bibcode : 2008Natur.452..872W . DOI : 10,1038 / природа06884 . PMID 18421352 . 
  122. ^ Ван Дж; Ван, Вэй; Ли, Жуйцян; Ли, Инжруй; Тиан, Гэн; Гудман, Лори; Fan, Wei; Чжан, Цзюньцин; Ли, Цзюнь; Чжан, Цзюаньбинь, Цзюаньбинь; Го, Йиран, Йиран; Фэн, Биньсяо, Биньсяо; Ли, Хэн, Хэн; Лу, Яо, Яо; Фанг, Сяодун, Сяодун; Лян, Хуэйцин, Хуэцин; Ду, Чжэнлинь, Чжэнлинь; Ли, Донг, Донг; Чжао, Ицин, Ицин; Ху, Yujie, Yujie; Ян, Чжэньчжэнь, Чжэньчжэнь; Чжэн, Ханьчэн, Ханьчэн; Хеллманн, Инес, Инес; Иноуе, Майкл, Майкл; Пул, Джон, Джон; И, Синь, Синь; Чжао, Цзин, Цзин; Дуань, Цзиньцзе, Цзиньцзе; Чжоу, Ян, Ян; и другие. (2008). «Диплоидная последовательность генома азиатского человека» . Природа . 456 (7218): 60–65. Bibcode : 2008 Натур 456 ... 60 Вт . doi :10.1038 / природа07484 . PMC  2716080 . PMID  18987735 .
  123. ^ Bentley DR; Баласубраманский S; и другие. (2008). «Точное секвенирование всего человеческого генома с использованием химии обратимых терминаторов» . Природа . 456 (7218): 53–9. Bibcode : 2008Natur.456 ... 53В . DOI : 10,1038 / природа07517 . PMC 2581791 . PMID 18987734 .  
  124. ^ Ley TJ; Mardis ER; Ding L; Фултон Б; McLellan MD; Chen K; Dooling D; Данфорд-Шор BH; McGrath S; Hickenbotham M; Повар L; Abbott R; Larson DE; Кобольдт Д.К .; Pohl C; Smith S; Хокинс А; Abbott S; Локк Д; Hillier LW; Майнер Т; Fulton L; Магрини V; Wylie T; Glasscock J; Коньерс Дж; Sander N; Ши X; Осборн-младший; и другие. (2008). «Секвенирование ДНК цитогенетически нормального генома острого миелоидного лейкоза» . Природа . 456 (7218): 66–72. Bibcode : 2008Natur.456 ... 66L . DOI : 10,1038 / природа07485 . PMC 2603574 . PMID 18987736 .  
  125. ^ Лор, Стив (2011-10-20). "Новая книга описывает борьбу Джобса с раком" . Нью-Йорк Таймс . Архивировано 28 сентября 2017 года.
  126. ^ «Полные наборы данных секвенирования генома человека в его общедоступный геномный репозиторий» . Архивировано из оригинального 10 июня 2012 года.
  127. ^ Corpas M, Cariaso M, Coletta A, D Вайс, Харрисон AP, Moran F, Ян H (12 ноября 2013). «Полный набор данных общедоступной семейной геномики». bioRxiv 10.1101 / 000216 . 

Внешние ссылки [ править ]

  • Последовательность личного генома Джеймса Уотсона
  • AAAS / Science: Плакат по секвенированию генома