Из Википедии, бесплатной энциклопедии
  (Перенаправлено с секвенирования всего экзома )
Перейти к навигации Перейти к поиску
Рабочий процесс секвенирования экзома: часть 1.
Рабочий процесс секвенирования экзома: часть 1.

Секвенирование экзома , также известное как секвенирование всего экзома ( WES ), представляет собой геномный метод секвенирования всех кодирующих белок областей генов в геноме (известный как экзом ). Он состоит из двух шагов: первый шаг - выбрать только ту часть ДНК, которая кодирует белки . Эти области известны как экзоны - у человека около 180000 экзонов, составляющих около 1% генома человека , или около 30 миллионов пар оснований . Второй шаг - секвенировать экзонную ДНК с использованием любого высокопроизводительногоТехнология секвенирования ДНК . [1]

Цель этого подхода - идентифицировать генетические варианты, которые изменяют белковые последовательности, и сделать это с гораздо меньшими затратами, чем секвенирование всего генома . Поскольку эти варианты могут быть ответственны как за менделевские, так и за обычные полигенные заболевания, такие как болезнь Альцгеймера , секвенирование всего экзома применялось как в академических исследованиях, так и в качестве клинической диагностики.

Рабочий процесс секвенирования экзома: часть 2.
Рабочий процесс секвенирования экзома: часть 2.

Мотивация и сравнение с другими подходами [ править ]

Секвенирование экзома особенно эффективно при изучении редких менделевских болезней, потому что это эффективный способ идентифицировать генетические варианты во всех генах человека. Эти заболевания чаще всего вызываются очень редкими генетическими вариантами, которые присутствуют только у небольшого числа людей; [2] , напротив, такие методы, как массивы SNP, могут обнаруживать только общие генетические варианты, которые являются общими для многих людей в более широкой популяции. [3] Кроме того, поскольку варианты, вызывающие серьезные заболевания, гораздо более вероятно (но ни в коем случае не исключительно) находятся в кодирующей последовательности белка [ необходима цитата ] , сосредоточение внимания на этом 1% стоит намного меньше, чем секвенирование всего генома. но по-прежнему обнаруживает высокий выход соответствующих вариантов.

Раньше клинические генетические тесты выбирались на основе клинической картины пациента (т. Е. Фокусировались на одном гене или небольшом количестве, которое, как известно, связано с определенным синдромом), или изучались только определенные типы вариаций (например, сравнительная геномная гибридизация ) но поставили окончательный генетический диагноз менее чем у половины всех пациентов. [4] В настоящее время секвенирование экзома все чаще используется в дополнение к этим другим тестам: как для поиска мутаций в генах, которые, как известно, вызывают заболевание, так и для выявления новых генов путем сравнения экзомов от пациентов со схожими характеристиками. [ необходима цитата ]

Техническая методология [ править ]

Шаг 1. Стратегии целевого обогащения [ править ]

Методы обогащения мишеней позволяют выборочно захватывать интересующие области генома из образца ДНК до секвенирования. Со времени первоначального описания метода прямого геномного отбора (DGS) в 2005 году было разработано несколько стратегий обогащения мишеней [5].

Хотя для целевого захвата было описано много методов, лишь некоторые из них были расширены для захвата целых экзомов. [6] Первой стратегией целевого обогащения, которая была применена к секвенированию всего экзома, был метод гибридного захвата на основе массива в 2007 году, но в последние годы захват в растворе приобрел популярность.

Захват на основе массива [ править ]

Захват в растворе.

Микроматрицы содержат одноцепочечные олигонуклеотиды с последовательностями из генома человека для фиксации интересующей области на поверхности. Геномная ДНК разрезается с образованием двухцепочечных фрагментов. Фрагменты подвергаются репарации на концах с образованием тупых концов, и добавляются адаптеры с универсальными последовательностями прайминга. Эти фрагменты гибридизируются с олигонуклеотидами на микрочипе. Негибридизированные фрагменты смываются и желаемые фрагменты элюируются. Затем фрагменты амплифицируют с помощью ПЦР . [7] [8]

Roche NimbleGen была первой, кто взял оригинальную технологию DGS [5] и адаптировал ее для секвенирования следующего поколения. Они разработали массив 2.1M Sequence Capture Human Exome для захвата ~ 180 000 кодирующих экзонов. [9] Этот метод экономит время и экономичен по сравнению с методами, основанными на ПЦР. Массив захвата Agilent и массив сравнительной геномной гибридизации - это другие методы, которые можно использовать для гибридного захвата целевых последовательностей. Ограничения этого метода включают необходимость в дорогостоящем оборудовании, а также в относительно большом количестве ДНК. [10]

Захват в решении [ править ]

Для захвата представляющих интерес областей генома с помощью захвата в растворе синтезируется пул пользовательских олигонуклеотидов (зондов) и гибридизируется в растворе с образцом фрагментированной геномной ДНК. Зонды (помеченные шариками) селективно гибридизуются с интересующими областями генома, после чего шарики (теперь включающие интересующие фрагменты ДНК) могут быть сняты и промыты для удаления излишков материала. Затем гранулы удаляются, и геномные фрагменты могут быть секвенированы, что позволяет селективно секвенировать ДНК геномных областей (например, экзонов), представляющих интерес.

Этот метод был разработан для улучшения метода гибридизационного захвата-обогащения. При захвате раствора (в отличие от гибридного захвата) существует избыток зондов для целевых областей, представляющих интерес, по сравнению с количеством требуемой матрицы. [10] Оптимальный размер мишени составляет около 3,5 мегабаз и обеспечивает превосходный охват последовательностей целевых областей. Предпочтительный метод зависит от нескольких факторов, включая: количество пар оснований в интересующей области, требования к считыванию на мишени, оборудование в доме и т. Д. [11]

Шаг 2. Последовательность [ править ]

Основная статья: Секвенирование ДНК § Высокопроизводительные методы

Существует множество платформ секвенирования Next Generation Sequencing , появившихся после классических методологий секвенирования Sanger. Другие платформы включают Roche 454 секвенсор и Life Technologies Solid систем, Life Technologies Ion Torrent и Illumina в Illumina Genome Analyzer II (несуществующей) и последующего Illumina MiSeq, HiSeq и инструменты серии NovaSeq, все из которых могут быть использованы для массивно параллельных ExoME последовательности. Эти системы NGS с «коротким считыванием» особенно хорошо подходят для анализа многих относительно коротких участков последовательности ДНК, обнаруженных в экзонах человека.

Сравнение с другими технологиями [ править ]

Доступно несколько технологий, позволяющих идентифицировать генетические варианты. Каждая технология имеет преимущества и недостатки с точки зрения технических и финансовых факторов. Двумя такими технологиями являются микроматрицы и секвенирование всего генома .

Генотипирование на основе микрочипов [ править ]

В микрочипах используются зонды гибридизации для проверки распространенности известных последовательностей ДНК, поэтому их нельзя использовать для выявления неожиданных генетических изменений. [10] Напротив, высокопроизводительные технологии секвенирования, используемые при секвенировании экзома, напрямую обеспечивают нуклеотидные последовательности ДНК в тысячах тестируемых экзонных локусов. [12] Таким образом, WES устраняет некоторые существующие ограничения гибридизационных наборов генотипирования .

Хотя секвенирование экзома дороже технологий на основе гибридизации для каждого образца, его стоимость снижается из-за снижения стоимости и увеличения пропускной способности секвенирования всего генома . [ необходима цитата ]

Секвенирование всего генома [ править ]

Секвенирование экзома позволяет идентифицировать только те варианты, обнаруженные в кодирующей области генов, которые влияют на функцию белка. Он не может идентифицировать структурные и некодирующие варианты, связанные с заболеванием, которые можно найти с помощью других методов, таких как полногеномное секвенирование . [1] Остается 99% генома человека, не охваченного секвенированием экзома. В настоящее время секвенирование всего генома редко применяется в клинических условиях из-за высоких затрат и времени, связанных с секвенированием полных геномов. Секвенирование экзома позволяет секвенировать части генома по крайней мере в 20 раз большему количеству образцов по сравнению с секвенированием всего генома при тех же затратах. [1] Для перевода идентифицированных редких вариантовВ клинике размер выборки и способность интерпретировать результаты для постановки клинического диагноза указывает на то, что при нынешних знаниях в области генетики секвенирование экзома может быть наиболее ценным. [9]

Анализ данных [ править ]

Статистический анализ большого количества данных, полученных с помощью методов секвенирования, является сложной задачей. Даже при секвенировании только экзомов людей создается большое количество данных и информации о последовательностях, что требует значительного анализа данных. Проблемы, связанные с анализом этих данных, включают изменения в программах, используемых для выравнивания и сборки считываний последовательностей. [10] Различные технологии секвенирования также имеют разную частоту ошибок и генерируют разную длину считывания, что может создавать проблемы при сравнении результатов с разных платформ секвенирования.

Ложноположительные и ложноотрицательные результаты связаны с подходами к геномному ресеквенированию и являются критическими проблемами. Было разработано несколько стратегий для улучшения качества данных экзома, таких как:

  • Сравнение генетических вариантов, выявленных в результате секвенирования и генотипирования на основе массивов [1]
  • Сравнение кодирующих SNP с секвенированным по всему геному индивидуумом с заболеванием [1]
  • Сравнение кодирующих SNP с секвенированием по Сэнгеру индивидов HapMap [1]

Редкие рецессивные заболевания не имеют однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в общедоступных базах данных, таких как dbSNP . Более распространенные рецессивные фенотипы могут иметь вызывающие заболевание варианты, описанные в dbSNP. Например, наиболее распространенный вариант муковисцидоза имеет частоту аллелей около 3% в большинстве популяций. Скрининг таких вариантов может ошибочно исключить такие гены из рассмотрения. Гены рецессивных расстройств обычно легче идентифицировать, чем доминантные расстройства, потому что у этих генов меньше шансов иметь более одного редкого несинонимичного варианта. [1]Система, которая проверяет общие генетические варианты, полагается на dbSNP, который может не иметь точной информации об изменении аллелей. Использование списков общих вариаций от исследуемого экзома или индивидуума, секвенированного по всему геному, было бы более надежным. Проблема в этом подходе состоит в том, что по мере увеличения количества секвенированных экзомов dbSNP также будет увеличивать количество необычных вариантов. Потребуется разработать пороговые значения для определения общих вариантов, которые вряд ли связаны с фенотипом заболевания. [12]

Генетическая гетерогенность и этническая принадлежность популяции также являются серьезными ограничениями, так как они могут увеличить количество ложноположительных и ложноотрицательных результатов, что затруднит идентификацию генов-кандидатов. Конечно, можно снизить строгость пороговых значений при наличии неоднородности и этнической принадлежности, однако это также снизит возможность обнаружения вариантов. Использование подхода «сначала генотип» для идентификации генов-кандидатов также может предложить решение для преодоления этих ограничений.

Этические последствия [ править ]

Новые технологии в геномике изменили подход исследователей как к фундаментальным, так и к трансляционным исследованиям. С помощью таких подходов, как секвенирование экзома, можно значительно улучшить данные, полученные из отдельных геномов, что поставило ряд вопросов о том, как обращаться с огромным объемом информации. Следует ли предоставить участникам этих исследований доступ к информации о последовательности? Следует ли передавать эту информацию страховым компаниям? Эти данные могут привести к неожиданным результатам и усложнить клиническую полезность и пользу для пациентов. Эта область геномики по-прежнему остается сложной задачей, и исследователи ищут пути решения этих вопросов. [12]

Применение секвенирования экзома [ править ]

Используя секвенирование экзома, исследования с фиксированной стоимостью позволяют секвенировать образцы до гораздо большей глубины, чем можно было бы достичь с помощью секвенирования всего генома. Эта дополнительная глубина делает секвенирование экзома хорошо подходящим для нескольких приложений, которым требуются надежные вызовы вариантов.

Картирование редких вариантов при сложных расстройствах [ править ]

Текущие исследования ассоциации сосредоточены на общих вариациях в геноме, поскольку их легче всего идентифицировать с помощью наших текущих анализов. Однако в исследованиях генов-кандидатов было обнаружено, что вызывающие заболевание варианты с большим эффектом лежат внутри экзомов, и из-за отрицательного отбора обнаруживаются с гораздо более низкими частотами аллелей и могут оставаться нетипизированными в текущих стандартных анализах генотипирования. Полногеномное секвенирование - это потенциальный метод анализа нового варианта генома. Однако при сложных расстройствах (таких как аутизм) считается, что большое количество генов связано с риском заболевания. [13]Эта неоднородность основного риска означает, что для открытия генов требуются очень большие размеры выборки, и, следовательно, секвенирование всего генома не является особенно рентабельным. Эта проблема размера выборки решается разработкой новых передовых аналитических методов, которые эффективно картируют гены болезней, несмотря на то, что генетические мутации редки на уровне вариантов. [13] Кроме того, варианты в кодирующих областях были гораздо более подробно изучены, и их функциональное значение гораздо проще получить, что делает практическое применение вариантов в целевой области экзома более доступным.

Секвенирование экзома при обнаружении редких вариантов генов остается очень активной и постоянной областью исследований: на сегодняшний день обнаружено несколько связанных генов, но появляется все больше свидетельств того, что значительное бремя риска наблюдается для наборов генов.

Открытие менделевских расстройств [ править ]

В случае менделевских расстройств с большим эффектом, полученные к настоящему времени данные свидетельствуют о том, что в основе всего состояния лежит один или очень небольшое количество вариантов в кодирующих генах. Из-за серьезности этих нарушений предполагается, что несколько причинных вариантов являются чрезвычайно редкими или новыми в популяции и могут быть пропущены любым стандартным анализом генотипирования. Секвенирование экзома обеспечивает вызовы вариантов с высоким охватом в кодирующих областях, которые необходимы для отделения истинных вариантов от шума. Успешная модель открытия менделевских генов включает открытие вариантов de novo с использованием трио-секвенирования, при котором родители и пробанд генотипируются.

Тематические исследования [ править ]

В исследовании, опубликованном в сентябре 2009 года, обсуждалось доказательство концептуального эксперимента, чтобы определить, можно ли идентифицировать причинные генетические варианты с помощью секвенирования экзома. Они секвенировали четырех человек с синдромом Фримена-Шелдона (FSS) (OMIM 193700), редким аутосомно-доминантным заболеванием, которое, как известно, вызвано мутацией в гене MYH3 . [1] Восемь индивидуумов HapMap также были секвенированы для удаления общих вариантов с целью определения причинного гена FSS. После исключения распространенных вариантов авторы смогли идентифицировать MYH3 , что подтверждает, что секвенирование экзома может быть использовано для выявления причинных вариантов редких заболеваний. [1]Это было первое опубликованное исследование, в котором секвенирование экзома использовалось как подход к идентификации неизвестного причинного гена редкого менделевского расстройства.

Впоследствии другая группа сообщила об успешном клиническом диагнозе пациента турецкого происхождения с подозрением на синдром Барттера . [9] Синдром Барттера - это заболевание, вызывающее почечную недостаточность соли. Секвенирование экзома выявило неожиданную хорошо законсервированную рецессивную мутацию в гене под названием SLC26A3, который связан с врожденной хлоридной диареей (CLD). Этот молекулярный диагноз ХЗЛ был подтвержден лечащим врачом. Этот пример предоставил доказательство концепции использования секвенирования всего экзома в качестве клинического инструмента при оценке пациентов с недиагностированными генетическими заболеваниями. Этот отчет считается первым применением технологии секвенирования нового поколения для молекулярной диагностики пациента.

Второй отчет был проведен по секвенированию экзома людей с менделевским расстройством, известным как синдром Миллера (MIM # 263750), редким расстройством аутосомно-рецессивного наследования. Были изучены два брата и сестры и два неродственных человека с синдромом Миллера. Они рассмотрели варианты, которые потенциально могут быть патогенными, такие как несинонимичные мутации, акцепторные и донорские сайты сплайсинга, а также короткие кодирующие вставки или делеции. [2] Поскольку синдром Миллера является редким заболеванием, ожидается, что его причинный вариант ранее не был идентифицирован. Предыдущие исследования секвенирования экзома общих однонуклеотидных полиморфизмов(SNP) в общедоступных базах данных SNP были использованы для дальнейшего исключения генов-кандидатов. После исключения этих генов авторы обнаружили мутации в DHODH, которые были характерны для людей с синдромом Миллера. Каждый человек с синдромом Миллера был сложной гетерозиготой по мутациям DHODH, которые были унаследованы, поскольку каждый родитель пораженного человека оказался носителем. [2]

Это был первый случай, когда при секвенировании экзома был выявлен новый ген, ответственный за редкую менделевскую болезнь. Это захватывающее открытие демонстрирует, что секвенирование экзома может определять местонахождение генов, вызывающих сложные заболевания, что ранее было невозможно из-за ограничений традиционных методов. Целевой захват и массовое параллельное секвенирование представляют собой экономичную, воспроизводимую и надежную стратегию с высокой чувствительностью и специфичностью для обнаружения вариантов, вызывающих изменения кодирования белков в отдельных геномах человека.

Клиническая диагностика [ править ]

Секвенирование экзома может использоваться для диагностики генетической причины заболевания пациента. Выявление мутации (мутаций) в гене основного заболевания может иметь большое значение для диагностических и терапевтических подходов, может служить ориентиром для прогнозирования естественного течения болезни и дает возможность тестировать членов семьи из группы риска. [1] [2] [9] [14] [15] [16] Существует множество факторов, которые делают секвенирование экзома лучше анализа отдельного гена, включая способность идентифицировать мутации в генах, которые не были протестированы из-за атипичной клинической картины [ 16] или способность идентифицировать клинические случаи, когда мутации из разных генов вносят вклад в разные фенотипы у одного и того же пациента. [2]

После установления генетической причины заболевания эта информация может помочь в выборе подходящего лечения. Впервые эта стратегия была успешно реализована в клинике при лечении младенца с воспалительным заболеванием кишечника. [15] [17] Ранее использовался ряд традиционных диагностических методов, но результаты не могли объяснить симптомы младенца. Анализ данных секвенирования экзома выявил мутацию в гене XIAP . Знание функции этого гена послужило основой для лечения младенца, что привело к трансплантации костного мозга, которая вылечила ребенка от болезни. [15]

Исследователи использовали секвенирование экзома для определения основной мутации у пациента с синдромом Барттера и врожденной хлоридной диареей. [9] Группа Билгулара также использовала секвенирование экзома и определила основную мутацию у пациента с тяжелыми пороками развития мозга, заявив: «[Эти результаты] подчеркивают использование полного секвенирования экзома для идентификации локусов болезни в условиях, в которых традиционные методы оказались сложными. Наши результаты демонстрируют, что эта технология будет особенно ценной для открытия генов в тех условиях, когда картирование было затруднено из-за гетерогенности локусов и неопределенности в отношении границ диагностической классификации, указывая на светлое будущее для ее широкого применения в медицине » . [14]

Исследователи из Университета Кейптауна, Южная Африка, использовали секвенирование экзома, чтобы обнаружить генетическую мутацию CDH2 как основную причину генетического нарушения, известного как аритмогенная кардиомиопатия правого желудочка (ARVC), которая увеличивает риск сердечных заболеваний и остановки сердца. [1]

Секвенирование экзома напрямую к потребителю [ править ]

Дополнительная информация: Персональная геномика

Несколько компаний предложили потребителям секвенирование экзома.

Knome была первой компанией, предложившей потребителям услуги по секвенированию экзома [ когда? ] стоимостью в несколько тысяч долларов. [18] Позже 23andMe запустила пилотную программу WES, о которой было объявлено в сентябре 2011 года и которая была прекращена в 2012 году. Потребители могли получить данные экзома за 999 долларов. Компания предоставила необработанные данные и не предложила анализ. [18] [19] [20]

В ноябре 2012 года DNADTC, подразделение Gene by Gene, начало предлагать экзомы с 80-кратным покрытием и начальной ценой 695 долларов. [21] Эта цена за веб-сайт DNADTC в настоящее время составляет 895 долларов США. В октябре 2013 года BGI объявила о поощрении персонального секвенирования всего экзома с 50-кратным покрытием за 499 долларов. [22] В июне 2016 года Genos смогла добиться еще более низкой цены в 399 долларов с CLIA-сертифицированным потребительским экзомом 75X, секвенированным из слюны. [23] [24] [25]

См. Также [ править ]

  • ДНК-профилирование
  • Генетическое консультирование
  • Персонализированная медицина
  • Транскриптомика
  • Секвенирование всего генома
  • Сравнение услуг по секвенированию ДНК

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c d e f g h i j Ng SB, Turner EH, Robertson PD, Flygare SD, Bigham AW, Lee C, Shaffer T, Wong M, Bhattacharjee A, Eichler EE, Bamshad M, Nickerson DA, Shendure J ( 10 сентября 2009 г.). «Целенаправленный захват и массовое параллельное секвенирование 12 экзомов человека» . Природа . 461 (7261): 272–276. Bibcode : 2009Natur.461..272N . DOI : 10,1038 / природа08250 . PMC  2844771 . PMID  19684571 .
  2. ^ а б в г д Сара Б. Нг; Кэти Дж. Бэкингем; Чоли Ли; Эбигейл Бигхэм; Холли К. Табор; Карин М Дент; Чад Д. Хафф; Пол Т. Шеннон; Этилин Ван Джабс; Дебора Никерсон; Джей Шендуре; Майкл Дж. Бамшад (2010). «Секвенирование экзома определяет причину менделевского расстройства» . Генетика природы . 42 (1): 30–35. DOI : 10.1038 / ng.499 . PMC 2847889 . PMID 19915526 .  
  3. ^ Wang, DG; Fan, JB; Сиао, CJ; Берно, А .; Young, P .; Сапольский, Р .; Ghandour, G .; Perkins, N .; Винчестер, Э. (15 мая 1998 г.). «Крупномасштабная идентификация, картирование и генотипирование однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека». Наука . 280 (5366): 1077–1082. Bibcode : 1998Sci ... 280.1077W . DOI : 10.1126 / science.280.5366.1077 . ISSN 0036-8075 . PMID 9582121 .  
  4. ^ Раух, А; Хойер, Дж; Guth, S; Zweier, C; Краус, С; Беккер, С; Зенкер, М; Hüffmeier, U; Тиль, К; Рюшендорф, Ф; Nürnberg, P; Рейс, А; Trautmann, U (1 октября 2006 г.). «Диагностические возможности различных генетических подходов у пациентов с необъяснимой задержкой развития или умственной отсталостью» . Американский журнал медицинской генетики Часть А . 140 (19): 2063–74. DOI : 10.1002 / ajmg.a.31416 . PMID 16917849 . S2CID 24570999 .  
  5. ^ a b Ставрос Басиардес; Роза Вейл; Синди Хелмс; Элейн Р. Мардис; Энн М. Боукок; Майкл Ловетт (2005). «Прямой геномный отбор». Природные методы . 1 (2): 63–69. DOI : 10.1038 / nmeth0105-63 . PMID 16152676 . S2CID 667227 .  
  6. ^ Тир, JK; Мулликин, JC (12 августа 2010 г.). «Секвенирование экзома: золотая середина перед целыми геномами» . Молекулярная генетика человека . 19 (R2): R145 – R151. DOI : 10,1093 / HMG / ddq333 . PMC 2953745 . PMID 20705737 .  
  7. ^ Эмили Х. Тернер; Сара Б. Нг; Дебора А. Никерсон; Джей Шендур (2009). «Методы геномного разделения». Анну Рев Геном Хум Генет . 10 (1): 30–35. DOI : 10.1146 / annurev-genom-082908-150112 . PMID 19630561 . 
  8. ^ Mertes Р, Эльшарави А, Sauer S, ван Helvoort JM, ван - дер - Zaag PJ, Franke A, M Nilsson, Lehrach H, Brookes AJ (2011). «Целевое обогащение участков геномной ДНК для секвенирования следующего поколения» (PDF) . Краткая функциональная геномика . 10 (6): 374–386. DOI : 10.1093 / bfgp / elr033 . PMC 3245553 . PMID 22121152 .   
  9. ^ а б в г д Чой М., Шолл У.И., Джи В., Лю Т., Тихонова И.Р., Зумбо П., Найир А., Баккалоглу А., Озен С., Санджад С., Нельсон-Уильямс К., Фархи А., Мане С., Лифтон Р.П. ( 10 ноября 2009 г.). «Генетическая диагностика путем захвата всего экзома и массового параллельного секвенирования ДНК» . Proc Natl Acad Sci USA . 106 (45): 19096–19101. Bibcode : 2009PNAS..10619096C . DOI : 10.1073 / pnas.0910672106 . PMC 2768590 . PMID 19861545 .  
  10. ^ a b c d Каведжян А., Квакенбуш Дж., Томпсон Дж. Ф. (2008). "Что бы вы сделали, если бы могли все упорядочить?" . Природа Биотехнологии . 26 (10): 1125–1133. DOI : 10.1038 / nbt1494 . PMC 4153598 . PMID 18846086 .  
  11. ^ Лира Маманова; Коффи, Элисон Дж; Скотт, Кэрол Э; Козарева, Иванка; Тернер, Эмили Х; Кумар, Акаш; Ховард, Элеонора; Шендуре, Джей; Тернер, Дэниел Дж; и другие. (Февраль 2010 г.). «Стратегии обогащения мишеней для секвенирования следующего поколения». Природные методы . 7 (2): 111–118. DOI : 10.1038 / nmeth.1419 . PMID 20111037 . S2CID 21410733 .  
  12. ^ a b c Biesecker LG (январь 2010 г.). «Секвенирование экзома делает медицинскую геномику реальностью» . Nat. Genet . 42 (1): 13–14. DOI : 10.1038 / ng0110-13 . PMID 20037612 . 
  13. ^ a b Вэйцзюнь Ло; Чаолинь Чжан; Юн-хуэй Цзян; Кори Р. Брауэр (2018). «Систематическая реконструкция биологии аутизма из профилей массивных генетических мутаций» . Успехи науки . 4 (4): e1701799. Bibcode : 2018SciA .... 4.1799L . DOI : 10.1126 / sciadv.1701799 . PMC 5895441 . PMID 29651456 .  
  14. ^ a b Билгювар К., Озтюрк А.К., Луви А., Кван К.Ю., Чой М., Татли Б., Ялнизоглу Д., Тюйсуз Б., Цаглаян А.О., Гёкбен С., Каймакчалан Х., Барак Т., Бакирджоглу М., Ясуно К., Хо В., Сандерс , Zhu Y, Yilmaz S, Dinçer A, Johnson MH, Bronen RA, Koçer N, Per H, Mane S, Pamir MN, Yalçinkaya C, Kumandaş S, Topçu M, Ozmen M, Sestan N, Lifton RP, State MW, Günel М (9 сентября 2010 г.). «Секвенирование всего экзома выявляет рецессивные мутации WDR62 при тяжелых пороках развития мозга» . Природа . 467 (7312): 207–210. Bibcode : 2010Natur.467..207B . DOI : 10,1038 / природа09327 . PMC 3129007 . PMID  20729831 .CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  15. ^ a b c Worthey EA, Mayer AN, Syverson GD, Helbling D, Bonacci BB, Decker B, Serpe JM, Dasu T, Tschannen MR, Veith RL, Basehore MJ, Broeckel U, Tomita-Mitchell A, Arca MJ, Casper JT , Марголис Д.А., Бик Д.П., Хесснер М.Дж., Маршруты Ю.М., Вербски Д.В., Джейкоб Г.Дж., Диммок Д.П. (март 2011 г.). «Постановка окончательного диагноза: успешное клиническое применение секвенирования всего экзома у ребенка с трудноизлечимым воспалительным заболеванием кишечника» . Genet. Med . 13 (3): 255–262. DOI : 10.1097 / GIM.0b013e3182088158 . PMID 21173700 . 
  16. ^ a b Раффан Э., Херст Л.А., Турки С.А., Карпентер Дж., Скотт К., Дейли А., Коффи А., Бхаскар С., Ховард Е., Хан Н., Кингстон Н., Палоти А., Сэвидж Д. Б., О'Дрисколл М., Смит К., О'Рахилли С, Баррозу I, Семпл РК (2011). «Ранняя диагностика синдрома Вернера с помощью экзомного секвенирования у одного атипичного пациента» . Фронт-эндокринол (Лозанна) . 2 (8): 8. DOI : 10,3389 / fendo.2011.00008 . PMC 3356119 . PMID 22654791 .  
  17. ^ Warr, A .; Роберт, C .; Hume, D .; Арчибальд, А .; Deeb, N .; Уотсон, М. (2 июля 2015 г.). «Секвенирование экзома: текущие и будущие перспективы» . G3 . 5 (8): 1543–1550. DOI : 10,1534 / g3.115.018564 . PMC 4528311 . PMID 26139844 .  
  18. ^ a b Херпер, Мэтью (27 сентября 2011 г.). «Будущее уже наступило: 23andMe теперь предлагает все ваши гены за 999 долларов» . Forbes . Проверено 11 декабря 2011 года .
  19. ^ «23andMe запускает пилотную программу для прямого к потребителю секвенирования экзома» . GenomeWeb . GenomeWeb LLC. 28 сентября 2011 . Проверено 11 декабря 2011 года .
  20. ^ «Персональное секвенирование генома у якобы здоровых людей и Консорциум PeopleSeq» (PDF) . Genomes2People. 14 июня 2016 г.
  21. ^ Vorhaus, Dan (29 ноября 2012). «ДНК DTC: возвращение прямого к потребителю секвенирования всего генома» . Отчет о законе о геномике . Проверено 30 мая 2013 года .
  22. ^ "Окончательное продвижение экзома" . BGI Americas. 18 октября 2013. Архивировано из оригинала 10 ноября 2013 года . Проверено 17 ноября 2013 года .
  23. ^ «Владение вашими данными: модель Genos» . Био-IT Мир. 6 июля 2016 г.
  24. ^ «Стартап Genos в области потребительской геномики планирует исследовать, чтобы клиенты могли исследовать и делиться своими данными» . GenomeWeb LLC. 13 июня 2016 г.
  25. ^ «Генос - владейте своей ДНК, узнавайте о себе, ведите исследования» . www.genosresearch.com . Проверено 18 октября 2016 .

Внешние ссылки [ править ]

  • Новости о секвенировании экзома
  • Руководство для пациентов и семей