Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Пример стебля-петли РНК. Если теперь вторая стеблевая петля РНК имеет комплементарную последовательность оснований, две петли могут образовывать пару оснований, в результате чего получается петля поцелуя.
На этом анимированном GIF-изображении показаны две петли РНК (оранжевая и зеленая), связывающиеся друг с другом в структуре, называемой петлей поцелуев. Две петли РНК взаимодействуют посредством стэкинг-взаимодействий и посредством водородных связей (взаимодействующие основания показаны в представлении, заполняющем пространство). [1]

Целуя стволовых петли , или целуя взаимодействие стволовых петли, формируется в РНК , когда две базы между двумя шпилька петли пары. Эти внутри- и межмолекулярные целующиеся взаимодействия важны для формирования третичной или четвертичной структуры многих РНК. [2]

Взаимодействия поцелуев РНК, также называемые псевдоузлами петля-петля , происходят, когда неспаренные нуклеотиды в одной петле шпильки соединяются с неспаренными нуклеотидами в другой петле шпильки. [3] Когда петли шпильки расположены на отдельных молекулах РНК, их межмолекулярное взаимодействие называется комплексом поцелуев. Эти взаимодействия обычно образуются между стержнями и петлями. Однако наблюдались стабильные комплексы, содержащие только две межмолекулярные пары оснований Уотсона – Крика . [4] [5]

Биологическое значение [ править ]

Молекулы рибонуклеиновой кислоты (РНК) выполняют свою функцию в живых клетках, принимая специфические и очень сложные трехмерные структуры. Считается, что рекомбинация может быть инициирована петлями поцелуев. Рекомбинация имеет решающее значение для успешной эволюции, особенно в адаптации и выживании вирусов. [6] [7]

Значение взаимодействия «стебель-петля» при поцелуях у ретровирусов [ править ]

Ретровирусы - это вирусы, которые очень похожи по структуре, что позволяет им молча реплицироваться внутри хоста, сохраняя его в живых до тех пор, пока репликация не будет завершена и хост больше не понадобится. Геномная РНК ретровирусов нековалентно связана с димерной структурой связи (DLS), некодирующей областью в 5 'UTR. Для взаимодействия петли поцелуя существует тройное взаимодействие, которое включает 5'-фланкирующий пурин и 2 централизованных основания в комплементарной цепи. Это взаимодействие транскрипции происходит в большой бороздке димера целующейся петли. [8]

Вирус иммунодефицита человека ( ВИЧ ) - это ретровирус, который может передаваться через жидкости организма. Существует два типа вирусов ВИЧ: вирус иммунодефицита человека типа 1 ( ВИЧ-1 ) и вирус иммунодефицита человека типа 2 ( ВИЧ-2).). Из двух типов штамма вируса иммунодефицита человека ВИЧ-1 является наиболее распространенным штаммом. РНК вируса ВИЧ-1 использует взаимодействие петли поцелуев стебля как средство распознавания, основной этап взаимодействия сайта инициации димеризации (DIS) с образованием дуплекса. Для изучения взаимодействия «целующийся стебель-петля» было замечено, что комплекс сайта инициации димеризации (DIS) был важен для репликации вируса ВИЧ типа 1 в эукариотической клетке, и любые изменения в структуре петли стебля уменьшали взаимодействие димеризации. . Экспериментально было замечено, что in vivo мутация сайта инициации димеризации (DIS) препятствует димеризации комплекса DIS. [9]

См. Также [ править ]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Адаптировано со страницы Proteopedia .
  2. ^ Forsdyke DR (сентябрь 1995). «Модель« поцелуя »стебель-петля для инициации рекомбинации и происхождения интронов» . Молекулярная биология и эволюция . 12 (5): 949–58. DOI : 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a040273 . PMID  7476142 .
  3. ^ Новаковский Дж, Тиноко младший I (1997). «Семин». Вирусология . 8 : 153–165. DOI : 10.1006 / smvy.1997.0118 .
  4. ^ Ким CH, Тиноко I (август 2000). «Целующийся комплекс ретровирусной РНК, содержащий только две пары оснований GC» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (17): 9396–401. DOI : 10.1073 / pnas.170283697 . PMC 16875 . PMID 10931958 .  
  5. ↑ Андерсен А.А., Коллинз Р.А. (июль 2001 г.). «Внутримолекулярная перестройка вторичной структуры за счет целующегося взаимодействия рибозима Neurospora VS» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (14): 7730–5. DOI : 10.1073 / pnas.141039198 . PMC 35410 . PMID 11427714 .  
  6. ^ Чен, Ю и Varani, Габриэле (июнь 2010) РНК структура. В: eLS. John Wiley & Sons Ltd, Чичестер.
  7. ^ «Структура РНК». Энциклопедия наук о жизни . DOI : 10.1002 / 9780470015902.a0001339.pub2 .
  8. ^ Paillart JC, Westhof Е, Эресман С, Эресманом В, Marquet R (июль 1997 года). «Неканонические взаимодействия в комплексе целующейся петли: сайт инициации димеризации геномной РНК ВИЧ-1». Журнал молекулярной биологии . 270 (1): 36–49. DOI : 10.1006 / jmbi.1997.1096 . PMID 9231899 . 
  9. ^ Paillart JC, Скрипкин Е, Эресман В, Эресмане С, Marquet Р (май 1996 г.). «Целующийся» комплекс «петля-петля» является неотъемлемой частью димерной связи геномной РНК ВИЧ-1 » . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 93 (11): 5572–7. DOI : 10.1073 / pnas.93.11.5572 . JSTOR 39474 . PMC 39288 . PMID 8643617 .   

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Rakotondrafara AM, Polacek C, Harris E, Miller WA (октябрь 2006 г.). «Колеблющиеся целующиеся взаимодействия стебель-петля опосредуют 5'-зависимую трансляцию от вирусного 3'-кэп-независимого трансляционного элемента» . РНК . 12 (10): 1893–906. DOI : 10,1261 / rna.115606 . PMC  1581982 . PMID  16921068 .

Внешние ссылки [ править ]

  • "Мотив петли поцелуев" . Биомолекулярные изображения и фильмы для обучения . Калифорнийский университет в Санта-Барбаре.