Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Исследованию модельного организма Drosophila melanogaster способствовало создание ряда онлайн-баз данных для хранения и обработки определенных биологических данных.

DroID [ править ]

База данных взаимодействий дрозофилы (DroID) - это онлайн-база данных взаимодействий генов и белков дрозофилы . [1] Он был разработан лабораторией Рассела Л. Финли на медицинском факультете государственного университета Уэйна в 2008 году и финансировался Национальным исследовательским институтом генома человека , Национальным центром исследовательских ресурсов Национального института здравоохранения, Мичиганским протеомным консорциумом и Государственный университет Уэйна. [2] [3]

FlyBase [ править ]

FlyBase - это основная онлайн-база данных для ученых, работающих с дрозофилами . [4] Он содержит данные генома для различных видов дрозофилы , аннотации генов, прогнозы функций генов и множество экспериментальных данных, которые могут быть наложены на геном. [5] FlyBase был разработан в 1992 году Майкл Ашбернер в Кембриджском университете , но в настоящее время управляется консорциумом групп из Гарвардского университета , Кембриджский университет, Университет Индианы , и Университета штата Нью - Мексико . [6] [5]

FlyFactorSurvey [ править ]

FlyFactorSurvey - это база данных факторов транскрипции дрозофилы, определенных с помощью бактериальной одногибридной системы . [7] Он был разработан лабораториями Майкла Х. Бродски и Скота Вулфа в Медицинской школе Массачусетского университета в 2011 году и финансировался Национальным институтом исследования генома человека [8]

FlyMine [ править ]

FlyMine - это база данных транскрипции, экспрессии белков и других данных о белках для видов Drosophila и Anopheles . [9] Он был первоначально разработан Gos Micklem группы «s в Кембриджском университете в 2007 году [10] FlyMine финансируется главным образом Wellcome Trust , с элементами базы данных , поддерживаемой Национальным исследовательским институтом генома человека и биотехнологии и биологических наук Исследования Совет . [11]

OnTheFly [ править ]

OnTheFly - это база данных факторов транскрипции D. melanogaster и последовательностей ДНК, которые они связывают. [12] [13] Он был разработан лабораторией Барри Хонига в Медицинской школе Колумбийского университета в 2013 году. [12]

REDfly [ править ]

REDfly (База данных регуляторных элементов) - это база данных цис-регуляторных элементов дрозофилы . [14] Он был разработан лабораторией Марка С. Халфона в Университете Буффало в 2006 году и финансировался Национальным научным фондом и Национальным институтом общих медицинских наук . [15]

Ссылки [ править ]

  1. ^ "DroID - База данных взаимодействий дрозофил" . Проверено 10 июля 2019 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  2. ^ Ю, Jingkai; Пасифико, Светлана; Лю, Гочжэнь; Финли-младший, Рассел Л. (2008). «DroID: База данных взаимодействий дрозофилы, исчерпывающий ресурс для аннотированных взаимодействий генов и белков» . BMC Genomics . 9 : 461. DOI : 10.1186 / 1471-2164-9-461 . PMC 2572628 . PMID 18840285 .  
  3. ^ «О нас» . DroID . Проверено 10 июля 2019 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  4. ^ Сен-Пьер, Сьюзен; Маккуилтон, Питер (2009). "Inside Fly Base : Биокуратура как карьера" . Лети . 3 (1): 112–114. DOI : 10.4161 / fly.3.1.7769 . PMC 2837272 . PMID 19182544 .  
  5. ^ a b Thurmond, Джим; Goodman, Joshua L .; Стрелец, Виктор Б .; Аттрилл, Хелен; Gramates, L Sian; Мэриголд, Стивен Дж .; Мэтьюз, Беверли Б.; Миллберн, Джиллиан; Антонаццо, Джулия; Тровиско, Витор; Кауфман, Томас С .; Кальви, Брайан Р .; Перримон, Норберт; Гелбарт, Сьюзан Руссо; Агапите, Джули; Бролл, Крис; Кросби, Линн; Сантос, Жилберту дос; Эммерт, Дэвид; Граматес, Л. Сиан; Падения, Кэтлин; Дженкинс, Виктория; Мэтьюз, Беверли; Сазерленд, Кэрол; Табоне, Кристофер; Чжоу, Пинглей; Зыткович, Марк; Браун, Ник; Антонаццо, Джулия; и другие. (2019). «Fly Base 2.0: следующее поколение» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D759 – D765. DOI : 10.1093 / NAR / gky1003 .PMC  6323960 . PMID  30364959 .
  6. ^ "FlyBase: About" . Проверено 10 июля 2019 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  7. ^ Чжу, Лихуа Джули; Кристенсен Райан Г; Каземиан Маджид; Халл Кристофер Дж; Энуаме Метево Селасе; Basciotta Matthew D; Брейсфилд Джесси А; Чжу Цун; Асриян Юна; Lapointe David S; Синха Саурабх; Вулф Скот А; Бродский Михаил Н (янв 2011). «FlyFactorSurvey: база данных специфичностей связывания факторов транскрипции дрозофилы, определенных с использованием бактериальной одногибридной системы» . Nucleic Acids Res . Англия. 39 (Проблема с базой данных): D111-7. DOI : 10.1093 / NAR / gkq858 . PMC 3013762 . PMID 21097781 .  
  8. ^ "Домашняя страница FlyFactorSurvey" . UMass . Проверено 10 июля 2019 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  9. ^ "О FlyMine" . 2014-11-17 . Проверено 10 июля 2019 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  10. ^ Лайн, Рэйчел; Смит, Ричард; Резерфорд, Ким; Уэйклинг, Мэтью; Варлей, Андрей; Гийе, Франсуа; Янссенс, Хильде; Цзи, Вэньян; Макларен, Питер; Север, Филипп; Рана, Дебашис; Райли, Том; Салливан, Джули; Уоткинс, Ксавьер; Вудбридж, Марк; Лилли, Кэтрин; Рассел, Стив; Эшбернер, Майкл; Мидзугути, Кендзи; Миклем, Гос (2007). «Fly Mine : интегрированная база данных по геномике Drosophila и Anopheles» . Геномная биология . 8 (7): R129. DOI : 10.1186 / GB-2007-8-7-R129 . PMC 2323218 . PMID 17615057 .  
  11. ^ "FlyMine" . Проверено 10 июля 2019 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  12. ^ а б Шазман, Шула; Ли, Хунджун; Сокол, Яков; Манн, Ричард С .; Хониг, Барри (2014). «OnThe Fly : база данных факторов транскрипции Drosophila melanogaster и их сайтов связывания» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (выпуск базы данных): D167 – D171. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1165 . PMC 3965123 . PMID 24271386 .  
  13. ^ "Домашняя страница OnTheFly" . Honig Lab . Проверено 10 июля 2019 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )
  14. ^ Ривера, Джон; Keränen, Soile VE; Галло, Стивен М .; Халфон, Марк С. (2019). "REDfly: База данных регуляторных элементов транскрипции для Drosophila" . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (D1): D828 – D834. DOI : 10.1093 / NAR / gky957 . PMC 6323911 . PMID 30329093 .  
  15. ^ «REDfly о нас» . REDfly . Проверено 10 июля 2019 . CS1 maint: обескураженный параметр ( ссылка )