Программное обеспечение для масс-спектрометрии - это программное обеспечение, используемое для сбора данных [1], анализа или представления в масс-спектрометрии .
Программное обеспечение для протеомики
В масс-спектрометрии белков для идентификации белков / пептидов используются эксперименты с тандемной масс-спектрометрией (также известные как МС / МС или МС 2 ) . Алгоритмы идентификации пептидов делятся на два широких класса: поиск в базе данных и поиск de novo . Первый поиск осуществляется по базе данных, содержащей все аминокислотные последовательности, предположительно присутствующие в анализируемом образце, тогда как последний позволяет вывести пептидные последовательности без знания геномных данных.
Алгоритмы поиска в базе данных
Имя | Тип | Описание |
---|---|---|
ProSightPC и ProSightPD | проприетарный | ProSightPC / PD - это программные инструменты для поиска данных тандемной масс-спектрометрии пептидов и белков в базах данных UniProt. Используя набор известных протеоформ, программное обеспечение может эффективно искать в известном пространстве протеоформ, идентифицируя и характеризуя протеоформы. |
TopPIC | открытый источник | TopPIC (Идентификация и характеристика протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз) идентифицирует и характеризует протеоформы на уровне протеома путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров по базе данных последовательностей белков. TopPIC является преемником MS-Align +. Он эффективно идентифицирует протеоформы с неожиданными изменениями, такими как мутации и посттрансляционные модификации (PTM), точно оценивает статистическую значимость идентификации и характеризует зарегистрированные протеоформы с неизвестными массовыми сдвигами. Он использует несколько методов, таких как индексы, спектральное выравнивание, методы функции генерации и оценка идентификации модификации (MIScore), для увеличения скорости, чувствительности и точности. [2] |
TopMG | открытый источник | TopMG (Идентификация протеоформ на основе масс-спектрометрии сверху вниз с использованием масс-графиков) - это программный инструмент для идентификации ультрамодифицированных протеоформ путем поиска нисходящих тандемных масс-спектров по базе данных последовательностей белков. Он способен идентифицировать протеоформы с множественными вариабельными PTM и неожиданными изменениями, такие как протеоформы гистонов и фосфорилированные. Он использует массовые графики, которые эффективно представляют кандидаты протеоформ с множеством переменных PTM, чтобы увеличить скорость и чувствительность идентификации протеоформ. Кроме того, методы приблизительной фильтрации на основе спектра используются для фильтрации последовательностей белков, а метод Монте-Карло с цепью Маркова (TopMCMC) используется для оценки статистической значимости идентификаций. [3] |
Андромеда (часть MaxQuant) | бесплатное ПО | Andromeda - это система поиска пептидов, основанная на вероятностной оценке. В отношении протеомных данных Andromeda работает так же, как Mascot, широко используемая коммерческая поисковая машина, если судить по анализу чувствительности и специфичности, основанному на поиске ложных целей. Он может обрабатывать данные с произвольно высокой точностью массы фрагментов, он способен назначать и оценивать сложные шаблоны посттрансляционных модификаций, таких как сильно фосфорилированные пептиды, и вмещает чрезвычайно большие базы данных. Andromeda может работать независимо или интегрироваться в MaxQuant. Эта комбинация позволяет анализировать большие наборы данных на настольном компьютере. Идентификация ко-фрагментированных пептидов увеличивает количество идентифицированных пептидов. Разработано Юргеном Коксом и другими в Институте биохимии Макса Планка . [4] |
Byonic | проприетарный | Алгоритм поиска в базе данных, выпущенный в 2011 году компанией Protein Metrics Inc. с оригинальными разработками в PARC [5], который выполняет поиск данных MS / MS со всех типов инструментов и внутренне использует программу Combyne [6], которая объединяет идентификацию пептидов для получения оценок и идентификации белков. вероятности. |
Комета | открытый источник | Алгоритм поиска в базе данных, разработанный в Вашингтонском университете, доступен для Windows и Linux. Обратите внимание, что Comet - это просто двоичный файл командной строки, который выполняет поиск в базе данных MS / MS. Он принимает спектры в некотором поддерживаемом формате ввода и записывает файлы .pep.xml, .pin.xml, .sqt и / или .out. Вам понадобится какой-то другой инструмент (ы) поддержки, чтобы действительно использовать результаты Comet (доступен только графический интерфейс для Windows). [7] |
Tide (переписывание Crux) | открытый источник | Tide - это инструмент для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам. Это независимая реализация алгоритма SEQUEST, который идентифицирует пептиды путем сравнения наблюдаемых спектров с каталогом теоретических спектров, полученных in silico из базы данных известных белков. Непосредственным предком Tide является Crux, но Tide был полностью переработан, чтобы добиться тысячекратного увеличения скорости при точном воспроизведении результатов SEQUEST XCorr. Разработан в Вашингтонском университете . [8] |
Серый | открытый источник | Алгоритм поиска в базе данных, разработанный в Институте медицинских исследований Стоуэрса, предназначен для выполнения больших поисков в вычислительных кластерах с сотнями узлов. |
Осмотреть | открытый источник | Алгоритм поиска MS-выравнивания доступен в Центре вычислительной масс-спектрометрии Калифорнийского университета в Сан-Диего [9] |
Талисман | проприетарный | Выполняет анализ данных масс-спектрометрии посредством статистической оценки совпадений между наблюдаемыми и прогнозируемыми пептидными фрагментами. [10] |
MassMatrix | бесплатное ПО | MassMatrix - это алгоритм поиска в базе данных тандемных масс-спектрометрических данных. Для ранжирования совпадений пептидов и белков используется модель вероятностной оценки, чувствительная к массе. |
MassWiz | открытый источник | Алгоритм поиска, разработанный в Институте геномики и интегративной биологии, доступен в виде инструмента командной строки Windows. |
MS-GF + | открытый источник | MS-GF + (также известный как MSGF + или MSGFPlus) выполняет идентификацию пептидов путем оценки спектров МС / МС против пептидов, полученных из базы данных последовательностей белков. Он поддерживает стандартный входной файл HUPO PSI (mzML) и сохраняет результаты в формате mzIdentML, хотя результаты можно легко преобразовать в TSV. ProteomeXchange поддерживает отправку полных данных с использованием результатов поиска MS-GF +. Разработан в Центре вычислительной масс-спектрометрии Калифорнийского университета в Сан-Диего, позже работал в Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL) |
MSFragger | бесплатное ПО | Быстрый поиск в базе данных на основе эффективной индексации ионных фрагментов. Возможность открытого (толерантного к массе) поиска для обнаружения посттрансляционных модификаций, поиска по O- и N-связанной гликопротеомике , полу- и неферментативного поиска в дополнение к традиционному поиску в базе данных. Разработан в Мичиганском университете . [11] |
MyriMatch | открытый источник | Программа поиска в базе данных, разработанная в Медицинском центре Университета Вандербильта, предназначена для работы в среде с одним компьютером или во всем кластере узлов обработки. [12] |
МС-ЛАМПА | Открытый источник | Автономное программное обеспечение, способное помочь в интерпретации данных масс-спектрометрии липидов с ионизацией электрораспылением (ESI) и / или лазерной десорбцией и ионизацией с использованием матрицы (MALDI). [13] |
OMSSA | бесплатное ПО | Алгоритм открытого масс-спектрометрического поиска (OMSSA) - это эффективная поисковая машина для идентификации спектров МС / МС пептидов путем поиска в библиотеках известных последовательностей белков. OMSSA оценивает значимые совпадения с помощью шкалы вероятности, разработанной с использованием классической проверки гипотез, того же статистического метода, который используется в BLAST. Он разработан в Национальном центре биотехнологической информации . [14] [15] |
ПИКС БД | проприетарный | Механизм поиска по базам данных, работающий параллельно с секвенированием de novo, для автоматической проверки результатов поиска, что позволяет найти большее количество найденных последовательностей при заданном уровне ложного обнаружения. Помимо обеспечения независимого поиска в базе данных, результаты могут быть включены в состав многопроцессорного программного обеспечения (Sequest, Mascot, X! Tandem, OMSSA, PEAKS DB) консенсусного инструмента отчетности inChorus. [16] Инструмент также предоставляет список последовательностей, идентифицированных исключительно путем секвенирования de novo. |
pFind | бесплатное ПО | pFind Studio - это вычислительное решение для протеомики на основе масс-спектрометрии, оно появилось в 2002 году в Институте вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай. |
Феникс | проприетарный | Разработано Женевской биоинформатикой (GeneBio) в сотрудничестве со Швейцарским институтом биоинформатики (SIB). Phenyx включает OLAV, семейство статистических моделей оценки, для создания и оптимизации схем оценки, которые могут быть адаптированы для всех видов инструментов, инструментальных установок и общей обработки образцов. [17] |
ProbID | открытый источник | PI - это мощный пакет для анализа тандемного масс-спектра. ProbID стремится удовлетворить потребность в глубоком анализе тандемного масс-спектра, включая правила фрагментации, предпочтение расщепления, нейтральные потери и т. Д. Разработано в группе биоинформатики Института вычислительных технологий Китайской академии наук, Пекин, Китай. [18] |
ProLuCID | бесплатное ПО | ProLuCID - это быстрая и чувствительная программа идентификации белков на основе тандемных масс-спектров, недавно разработанная Тао Сю и другими в лаборатории Йейтса в Исследовательском институте Скриппса. [19] |
Программное обеспечение ProteinPilot | проприетарный | Использует алгоритм поиска в базе данных Paragon, который сочетает в себе создание тегов коротких последовательностей («теглетов») для вычисления значений температуры последовательности и оценок вероятностей признаков, чтобы обеспечить идентификацию пептидов с учетом сотен модификаций, нетриптических расщеплений и аминокислотных замен. Использует алгоритм Pro Group для анализа логического вывода белков, чтобы сообщить минимальный набор белков, обоснованный на основе данных о пептидах. Поддерживает количественную оценку рабочих процессов на основе меток (реагенты iTRAQ, реагенты mTRAQ и маркировка SILAC). Уровень перевода переводит элементы управления пользовательского интерфейса на языке исследователя-протеомика в базовые комплексные параметры информатики. [20] |
Исследователь протеина | открытый источник | Protein Prospector - это пакет из около двадцати инструментов протеомного анализа, разработанный в Калифорнийском университете в Сан-Франциско . Программное обеспечение для тандемного масс-спектрометрического поиска - это Batch-Tag / Batch-Tag Web, результаты которого обрабатываются и отображаются с помощью Search Compare. Он использует системы оценки, адаптированные к инструментам и режиму фрагментации, чтобы оптимизировать анализ различных типов данных фрагментации. |
RAId | потерянный | Разработанный в Национальном центре биотехнологической информации, надежная точная идентификация (RAId) [21] представляет собой набор инструментов протеомики для анализа данных тандемной масс-спектрометрии с точной статистикой. [22] |
ЗАПРОС | проприетарный | Идентифицирует коллекции тандемных масс-спектров пептидных последовательностей, которые были созданы из баз данных белковых последовательностей. [23] |
SIMS | открытый источник | SIMS (Sequential Interval Motif Search) - это программный инструмент, предназначенный для выполнения неограниченного поиска PTM по тандемным масс-спектрам; пользователям не нужно характеризовать потенциальные PTM. Вместо этого пользователям нужно только указать диапазон масс модификации для каждой отдельной аминокислоты. [24] |
SimTandem | бесплатное ПО | Механизм поиска по базе данных для идентификации пептидных последовательностей по данным ЖХ / МС / МС; Движок можно использовать как внешний инструмент в OpenMS / TOPP. [25] |
SQID | открытый источник | SeQuence IDentification (SQID) - это алгоритм идентификации белков с включенной интенсивностью для тандемной масс-спектрометрии. |
X! Тандем | открытый источник | Соответствует тандемным масс-спектрам с пептидными последовательностями. |
WsearchVS2020 | бесплатное ПО | Программное обеспечение для анализа данных, которое может отображать спектры, полученные на коммерческих приборах МС. Может также искать / сопоставлять коммерческую базу данных NIST |
Алгоритмы секвенирования de novo
Алгоритмы секвенирования пептидов de novo в основном основаны на подходе, предложенном Bartels et al. (1990). [26]
Имя | Тип | Описание |
---|---|---|
CycloBranch | открытый источник | Автономный кроссплатформенный механизм de novo с открытым исходным кодом для идентификации нерибосомальных пептидов (линейных, циклических, разветвленных и разветвленных) по точным спектрам ионов-продуктов. [27] |
DeNovoX | проприетарный | De novo секвенирование на спектрах CID, полученных с помощью масс-спектрометров с ионной ловушкой, доставляющих полные и / или частичные пептидные последовательности (теги последовательностей). [28] |
DeNoS | Секвенирование пептидов с использованием всей информации из спектров CAD и ECD; часть программного инструмента Proteinmatching Analysis Software (PAS), который, в свою очередь, является частью программного пакета Medicwave Bioinformatics Suite (MBS). [29] | |
Лютефиск | открытый источник | Программа для интерпретации de novo спектров CID пептидов. |
Новор | проприетарный, бесплатно для академических исследований | Механизм определения последовательности пептидов de novo в реальном времени, который является быстрым, точным и простым для интеграции в исследовательские программы. Novor может de novo секвенировать более 300 спектров МС / МС в секунду на портативном компьютере Macbook Pro. [30] |
ПИКС | проприетарный | Секвенирование de novo для каждого пептида, оценка достоверности при назначении отдельных аминокислот в ручном режиме и автоматическое секвенирование de novo на всем цикле ЖХ обрабатывали данные быстрее, чем 1 спектр в секунду. [31] [32] |
Сверхново | проприетарный | Уникальное решение без использования рук для сквозного секвенирования de novo моноклональных антител |
Алгоритмы поиска гомологий
Имя | Тип | Описание |
---|---|---|
MS-гомология | открытый источник | MS-Homology - это программа поиска в базе данных в пакете Protein Prospector, которая позволяет выполнять поиск по строкам, которые объединяют массы и аминокислотные отрезки, где можно указать количество разрешенных аминокислотных несоответствий. |
ПАУК | проприетарный | Алгоритм SPIDER сопоставляет теги последовательностей с ошибками с последовательностями базы данных с целью идентификации белков и пептидов и может использоваться в сочетании с программным обеспечением для анализа данных масс-спектрометрии PEAKS. |
Количественное определение пептидов МС / МС
Имя | Тип | Описание |
---|---|---|
Программное обеспечение MarkerView | проприетарный | Коммерческое программное обеспечение для статистического анализа наборов количественных данных масс-спектрометрии из приложений метаболомики и протеомного профилирования. |
Талисман Дистиллятор | проприетарный | Программное обеспечение для пикового пика и предварительной обработки необработанных данных. Имеет дополнительный набор инструментов для количественной оценки без меток, а также для изобарической и изотопной маркировки . Поддерживает необработанные форматы файлов от всех основных поставщиков инструментов. |
Сервер талисмана | проприетарный | Поисковая машина поддерживает количественную оценку на основе изобарической маркировки, если вся необходимая информация является частью спектра МС / МС. |
MassChroQ | открытый источник | Количественный анализ пептидов без использования меток или различных методов мечения изотопов ( SILAC , ICAT, N-15, C-13…), работает со спектрометрическими системами высокого и низкого разрешения, поддерживает комплексную обработку данных, например фракционирование пептидов или белков перед анализом ЖХ-МС (SCX, SDS-PAGE и т. Д.). |
MaxQuant | бесплатное ПО | Программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Юргеном Коксом и другими в Институте биохимии Макса Планка в Мартинсриде , Германия, написанное на C #, которое позволяет анализировать протеомные эксперименты без меток и на основе SILAC . |
Программное обеспечение MultiQuant | проприетарный | Может обрабатывать наборы количественных данных из систем TripleTOF или QTRAP, включая MRM и SWATH Acquisition . |
OpenMS / TOPP | открытый источник | Программное обеспечение Библиотека C ++ для управления и анализа данных ЖХ-МС / МС, предлагающая инфраструктуру для разработки программного обеспечения, связанного с масс-спектрометрией. Позволяет пептид и метаболит квантификации, поддерживая этикетки , свободной и изотопно-меток на основе количественной оценки (например, iTRAQ и TMT и SILAC ), а также целевой ВАЛКА-MS количественной оценки. [33] |
OpenPIP | сайт, открытый доступ | OpenPIP - это веб-инструмент с открытым доступом, разработанный InterVenn Biosciences для интеграции пиков, полученных в экспериментах по мониторингу множественных реакций (MRM). Программное обеспечение работает на рекуррентных нейронных сетях и было обучено массивному набору аннотированных вручную хроматографических пиков. |
ProtMax | бесплатное ПО | ProtMAX [34] - это программный инструмент для анализа наборов данных масс-спектрометрии протеомики дробовика, разработанный Фолькером Эгельхофером из Венского университета. |
Спектронавт | проприетарный | Коммерческое программное обеспечение для количественной протеомики, разработанное Biognosys AG (Шлирен, Швейцария) на основе алгоритма mProphet [35], которое позволяет проводить целевой анализ наборов данных независимого сбора данных (DIA) для количественного определения пептидов без меток, также называемого сбором SWATH. [36] |
Горизонт | открытый источник | Клиентское программное обеспечение Windows с открытым исходным кодом (Apache 2.0), разработанное в лаборатории MacCoss в Вашингтонском университете [37], которое поддерживает создание мониторинга выбранных реакций (SRM) / мониторинга множественных реакций (MRM), мониторинга параллельных реакций (PRM - Target MS / MS), Независимый сбор данных (DIA / SWATH) и целевой DDA с количественными методами MS1 и анализ полученных данных масс-спектрометра. |
Программное обеспечение SWATH 2.0 | проприетарный | Коммерческий программный инструмент обработки в PeakView, который позволяет целенаправленно обрабатывать данные, полученные SWATH . Используя библиотеку белков / пептидных ионов, генерируют ионные хроматограммы с экстракцией ионных фрагментов (XIC), оценивают и количественно определяют пептиды из библиотеки. После анализа частоты ложных открытий (FDR) результаты фильтруются, и количественные данные о пептидах / белках могут быть экспортированы для статистического анализа. |
BACIQ | открытый источник | BACIQ - это математически строгий подход, который объединяет интенсивности пептидов и согласованность измерений пептидов в доверительные интервалы для соотношений белков (BACIQ). Основными преимуществами BACIQ являются: 1) он устраняет необходимость порогового значения сообщаемого пептидного сигнала на основе произвольного отсечения, тем самым сообщая больше измерений из данного эксперимента; 2) доверие может быть присвоено без повторов; 3) для повторных экспериментов BACIQ обеспечивает доверительные интервалы для объединения, а не пересечения количественно определенных белков; 4) для повторных экспериментов доверительные интервалы BACIQ более предсказуемы, чем доверительные интервалы, основанные на согласовании измерений белка. |
Другое программное обеспечение
Имя | Тип | Описание | |
---|---|---|---|
HI квант | открытый источник | Модель из первых принципов и алгоритм для количественной оценки стехиометрии протеоформ на основе восходящих данных. [38] | |
TopFD | открытый источник | TopFD (Нисходящее масс-спектральное обнаружение) - это программный инструмент для нисходящей спектральной деконволюции, преемник MS-Deconv. Он группирует нисходящие спектральные пики в изотопомерные оболочки и конвертирует изотопомерные оболочки в моноизотопные нейтральные массы. Кроме того, он извлекает свойства протеоформ из данных ЖХ-МС или КЭ-МС. | |
ВОСХОЖДЕНИЕ | проприетарный | Инструмент автоматизации анализа данных ЖХ и ГХ-МС, предоставляемый как SaaS на облачной платформе. Использует алгоритмы машинного обучения для анализа графиков MS и уменьшения количества ручных проверок. | |
ArtIST от Clover Biosoft | проприетарный | (Искусственный интеллект) Инструменты анализа данных MALDI-TOF MS и обнаружения биомаркеров, основанные на алгоритмах искусственного интеллекта и машинного обучения. ArtIST - это онлайн-сервис. | |
Развитие химии | проприетарный | Коммерческие решения для интерпретации данных MS и xC / MS с сопоставлением спектра / структуры, идентификации известных и неизвестных метаболитов, а также для идентификации соединений посредством спектрального сравнения. | |
Аналитик | проприетарный | Программное обеспечение от AB Sciex, подразделения Danaher Corporation . | |
AnalyzerPro | проприетарный | Независимое от производителя программное обеспечение SpectralWorks для обработки данных масс-спектрометрии. Он может обрабатывать данные как ГХ-МС, так и ЖХ-МС с использованием качественной и количественной обработки данных и используется в метаболомике с помощью MatrixAnalyzer для сравнения нескольких наборов данных. Недавно расширен и включает инструменты статистического анализа и визуализации (PCA). AnalyzerPro XD - это 64-битная версия, которая включает поддержку двухмерной обработки данных, такой как GCxGC-MS. | |
CFM-ID | открытый источник | Программное обеспечение для in-silico предсказания спектров ESI-MS / MS, аннотации спектров MS / MS и идентификации соединений на основе спектра MS / MS. Разработано в Wishartlab [39] [40] [41] [42] | |
Хромелеон | проприетарный | Программное обеспечение от Thermo Fisher Scientific, используемое с масс-спектрометрическими приборами, а также с приборами для хроматографии. | |
Crosslinx | открытый источник | Определите сшитые пептиды из файлов mzML. Скрипт Python или автономные исполняемые файлы для Linux и Windows. Возможно для больших баз данных с двухэтапным подходом. [43] | |
DeNovoGUI | открытый источник | Программное обеспечение с графическим пользовательским интерфейсом для запуска параллельных версий свободно доступных программных инструментов для секвенирования de novo Novor и PepNovo +. [44] | |
Изотоп | открытый источник | Программное обеспечение для архивирования, систематизации и анализа данных масс-спектрометра. В настоящее время ориентирован на анализ слипшегося CO 2, но также полезен для работы с объемным CO 2 и может быть расширен на другие изотопные системы. | |
[Эль-МАВЕН] | открытый источник | Настольное программное обеспечение от Elucidata для обработки помеченных данных ЖХ-МС, ГХ-МС и ЖХ-МС / МС в открытых форматах (mzXML, mzML, CDF). Программное обеспечение имеет графический интерфейс и интерфейс командной строки с интеграцией с облачной платформой для хранения и дальнейшего анализа, такого как относительный поток и количественная оценка. [45] | |
ESIprot | Позволяет определять зарядовое состояние и вычислять молекулярную массу для данных масс-спектрометрии (МС) с ионизацией электрораспылением (ESI) низкого разрешения (МС) белков. [46] | ||
Экспрессионист | проприетарный | Корпоративное программное решение Genedata для обработки, анализа и представления данных масс-спектрометрии в таких прикладных областях, как определение характеристик биотерапевтических средств, мониторинг качества и связанные с ними приложения для протеомики и метаболомики. | |
Программное обеспечение для спектроскопии KnowItAll и библиотека масс- спектров | проприетарный | Программное обеспечение от Wiley с решениями для масс-спектрометрии, включая: спектральный анализ, поиск в базе данных (спектр, структура, пик, свойства и т. Д.), Обработку, создание базы данных (МС или несколько методов, включая ИК, Раман, ЯМР, УФ, хроматограммы), спектральные вычитание, а также инструменты для составления отчетов и рисования структуры ChemWindow . | |
LabSolutions ЖХМС | проприетарный | Программное обеспечение Shimadzu Corporation, используемое с приборами масс-спектрометрии и ВЭЖХ. | |
Масса ++ | открытый источник | Программное обеспечение для анализа масс-спектрометрии, которое может импортировать и экспортировать файлы с открытыми форматами (mzXML, mzML) и загружать некоторые форматы поставщиков приборов; пользователи могут разрабатывать и добавлять оригинальные функции в виде подключаемых модулей Mass ++. | |
MassBank.jp | Веб-сайт | веб-сайт Института передовых биологических наук в университете Кейо , город Цуруока , Ямагата , Япония, с масс-спектрометрическими данными для органических соединений. | |
MassBank.eu | Веб-сайт | Европейский сервер MassBank. Веб-сайт поддерживается и размещается Центром экологических исследований им. Гельмгольца (Лейпциг, Германия). | |
MassBank | открытый источник | Веб-сайт разработки MassBank и RMassBank, предоставленный консорциумом MassBank. Данные MassBank доступны по лицензии Creative Commons. | |
MassCenter | проприетарный | Программное обеспечение JEOL, используемое с масс-спектрометрическими приборами. | |
Массовая граница | проприетарный | Программное обеспечение HighChem, используемое для интерпретации и управления масс-спектрами малых молекул. | |
MassLynx | проприетарный | Программное обеспечение от Waters Corporation . | |
MassMap | проприетарный | Универсальный программный пакет для автоматической оценки данных МС от MassMap GmbH & Co. KG , подходящий для данных ЖХ / МС и ГХ / МС всех видов молекул, анализа неповрежденных масс-спектров белков, анализа общих экспериментов HDX и анализ пептидов на фрагмент HDX с особым методом идентификации неожиданных / неизвестных компонентов даже в очень сложных смесях. | |
Массой до | открытый источник | Утилита для протеомики, предназначенная для поддержки предварительной обработки и анализа данных масс-спектрометрии MALDI-TOF, которая загружает данные из файлов mzML, mzXML и CSV и позволяет пользователям применять базовую коррекцию, нормализацию, сглаживание, обнаружение пиков и сопоставление пиков. Кроме того, он позволяет применять различные методы машинного обучения и статистические методы к предварительно обработанным данным для обнаружения биомаркеров, неконтролируемой кластеризации и контролируемой классификации образцов. [47] | |
massXpert | GPL с открытым исходным кодом | Программное обеспечение на основе графического интерфейса пользователя (GUI) для моделирования и анализа масс-спектрометрических данных, полученных на известных последовательностях биополимеров. [48] Преемник polyxmass. Программа из программного комплекса msxpertsuite.org . | |
матчи | открытый источник | Библиотека Python для импорта, очистки, обработки и количественного сравнения спектров МС / МС. Разработано в Нидерландском центре электронной науки . [49] | |
МЕТАСПАС | бесплатно и с открытым исходным кодом | Облачная платформа для идентификации метаболитов и липидов, а также коллективная база знаний о пространственных метаболомах с тысячами общедоступных наборов данных, которыми пользуются пользователи: metaspace2020.eu . Он также предоставляет возможности для онлайн-визуализации, обмена и публикации данных. | |
База данных и технологическая платформа МЕТЛИН | проприетарный | Созданный в 2003 году, METLIN теперь включает более миллиона молекул, включая липиды, стероиды, метаболиты растений и бактерий, небольшие пептиды, углеводы, экзогенные лекарства / метаболиты, метаболиты центрального углерода и токсические вещества. Метаболиты и другие небольшие молекулы были индивидуально проанализированы для получения как эмпирических, так и in silico данных МС / МС. | |
mineXpert | GPL с открытым исходным кодом | Программное обеспечение на основе графического пользовательского интерфейса (GUI) для визуализации / анализа масс-спектральных данных. Поддерживает масс-спектрометрию ионной подвижности. [50] Программа из программного комплекса msxpertsuite.org . | |
мМасса | открытый источник | Мультиплатформенный пакет инструментов для анализа и интерпретации масс-спектрометрических данных, написанный на Python (больше не разрабатывается). | |
Молана | Молана был разработан Phenomenome Открытий Inc (PDI) для использования в ионики масс - спектрометрии группы 3Q Molecular Analyzer, тройной квадрупольный масс - спектрометр | ||
ms2mz | бесплатное ПО | Утилита для преобразования между форматами файлов масс-спектрометра, например, для преобразования закрытых двоичных файлов в файлы списка пиков MGF для подготовки файлов для загрузки в Proteome Cluster. | |
MSGraph | открытый источник | ||
MSight | бесплатное ПО | Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, разработанное Швейцарским институтом биоинформатики . [51] | |
MSiReader | бесплатное ПО | Не зависящий от поставщика интерфейс, созданный на платформе Matlab, предназначенный для просмотра и анализа данных масс-спектрометрических изображений (MSI). [52] Matlab не требуется для использования MSiReader. | |
mspire | открытый источник | Набор инструментов для разработчиков масс-спектрометрии и информатики, написанный на ruby, который включает в себя считывающее / записывающее устройство mzML, расщепление in-silico и расчет изотопной структуры и т. Д .; субмодули, такие как mspire-lipidomics, mspire-sequest и mspire-simulator, расширяют функциональность. [53] | |
MSqRob | открытый источник | Пакет R с графическим пользовательским интерфейсом для надежного дифференциального анализа численности количественных протеомных данных без меток. [54] [55] [56] | |
Multimaging | проприетарный | Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для нормализации, проверки и интерпретации МС-изображений. | |
multiMS-toolbox | открытый источник | ms-alone и multiMS-toolbox - это набор инструментов для извлечения пиков данных масс-спектрометрии и статистического анализа. | |
mzCloud | Веб-сайт | Интернет-база данных масс-спектров, которая включает в себя коллекцию данных тандемной масс-спектрометрии с высоким и низким разрешением, полученных при различных экспериментальных условиях. | |
MZmine 2 | открытый источник | Программное обеспечение с открытым исходным кодом для обработки данных масс-спектрометрии с упором на данные ЖХ-МС. | |
OmicsHub Протеомика | OmicsHub Proteomics сочетает в себе LIMS для управления массовой информацией с функциями анализа данных на одной платформе. | ||
OpenChrom | открытый источник | Программное обеспечение для хроматографии и масс-спектрометрии, которое может быть расширено с помощью плагинов и доступно для нескольких операционных систем (Microsoft Windows, Linux, Unix, Mac OS X) и архитектур процессоров (x86, x86_64, ppc). с конвертерами для собственного доступа к различным файлам данных, например конвертерами для файловых форматов mzXML, netCDF, Agilent, Finnigan и Varian. | |
ОРИГАМИ | открытый источник | Программный пакет для анализа наборов данных масс-спектрометрии и масс-спектрометрии ионной подвижности. ORIGAMI изначально был разработан для улучшения рабочих процессов анализа активированных наборов данных IM-MS / развертки, вызванной столкновениями (CIU), и обеспечения бесшовной визуализации результатов. Недавно ORIGAMI был изменен, чтобы в большей степени воспринимать результаты, не относящиеся к MS, и позволяет визуализировать результаты из других источников, а также позволяет экспортировать все результаты в интерактивном формате, в котором пользователь может делиться любым набором данных и визуализировать его в интернет-браузере. [57] | |
PatternLab | бесплатное ПО | Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска в базе данных SEQUEST, ProLuCID или Comet, отфильтрованных с помощью DTASelect или Census. [58] | |
pyOpenMS | открытый источник | pyOpenMS - это библиотека Python с открытым исходным кодом для масс-спектрометрии, специально для анализа данных протеомики и метаболомики в Python. | |
SIM-XL | бесплатное ПО | Машина для определения спектра для сшитых пептидов (SIM-XL) - это быстрая и чувствительная поисковая машина XL, которая является частью PatternLab для среды протеомики и предназначена для анализа данных тандемной масс-спектрометрии, полученных из сшитых пептидов. [59] | |
Павлин | открытый источник | Приложение Mac OS X, разработанное Йоханом Кулом, которое можно использовать для интерпретации файлов данных газовой хроматографии / масс-спектрометрии (ГХ / МС). | |
PeakInvestigator | проприетарный | Эффективное улучшение разрешения в 3-4 раза при постобработке исходных данных профиля, выводимых из массовых спецификаций. Усовершенствованное программное обеспечение Veritomyx для обработки сигналов для обнаружения пиков, деконволюции и центроида необработанных данных масс-спектрометрии выявляет несколько пиков, скрытых в перекрывающихся данных. Примечательные особенности: улучшение на порядок точности массы и содержания для деконволюционных пиков; локальная динамическая базовая линия; усовершенствованный алгоритм определения пороговых значений увеличивает чувствительность в широком динамическом диапазоне; статистически управляемый и полностью автоматизированный (без вариаций от пользователя к пользователю). Более полные и точные результирующие списки масс позволяют более быстрое и экономичное последующее определение правильных биомолекулярных идентификаций. | |
Pinnacle | Проприетарный | От всестороннего количественного определения многих тысяч белков в сотнях образцов с использованием DDA, DIA, PRM или SRM с полностью интегрированной статистикой и биологической интерпретацией до полной процедуры идентификации N-связанных гликопротеинов до очень глубокого анализа характеристик белков, включая картирование пептидов, поиск устойчивых к ошибкам и анализ дисульфидов - все это доступно в одном программном обеспечении. Анализ сотен образцов создает большие проблемы с вариациями ЖХ и МС в течение нескольких месяцев после сбора данных, и программное обеспечение может автоматически исправить это. Возможности визуализации, редактирования и аннотации могут быть адаптированы для работы на высоком уровне белков или на гораздо более низком уровне переходов или изотопов. | |
PIQMIe | сеть | Proteomics Identification / Quantitations Data Management and Integration Service - это веб-инструмент, который помогает в надежном и масштабируемом управлении данными, анализе и визуализации полуколичественных ( SILAC ) протеомических экспериментов. [60] | |
ПОТАМО | открытый источник | Веб-приложение, которое предоставляет рассчитанные масс-спектрометрические данные независимо от приборов, ориентированных на хорошо известное семейство белков гистонов, чьи PTM, как полагают, играют решающую роль в регуляции генов; вычисляет вид, количество и комбинации возможных PTM, соответствующих данной пептидной последовательности и данной массе. | |
ProMass | проприетарный | ProMass - это автоматизированный пакет программного обеспечения для деконволюции биомолекул и создания отчетов, который используется для обработки данных ESI / LC / MS или отдельных масс-спектров ESI. Он использует новый алгоритм деконволюции, ZNova, для получения деконволюционных масс-спектров без артефактов. ProMass в настоящее время доступен для платформ Thermo, Waters и Shimadzu. Он также доступен в "облегченном" формате на основе браузера под названием ProMass для Интернета, который не требует установки или загрузки программного обеспечения. | |
ПРОТРАЛЕР | Приложение для обработки данных ЖХ / МС, которое считывает необработанные данные поставщиков масс-спектрометрии (от множества известных производителей приборов) и создает списки триплетов {масса, время удерживания, интегральная интенсивность сигнала}, обобщая хроматограмму ЖХ / МС. | ||
ProteoIQ | проприетарный | Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска по базам данных Mascot, SEQUEST или X! Tandem. [61] [62] [63] | |
Протеоматический | Бесплатное ПО | Конвейер обработки данных, созданный с целью оценки масс-спектрометрических протеомических экспериментов. [64] | |
ProteomicsИнструменты | открытый источник | Программное обеспечение для пост-анализа результатов поиска по базам данных MASCOT, SEQUEST, Comet, XTandem, PFind, PeptidePhophet, MyriMatch, MSGF, OMSSA, MSAmanda или Percolator. [65] | |
ProteoWizard | открытый источник | Библиотека ссылок и инструменты, которые представляют собой набор модульных и расширяемых кроссплатформенных инструментов и программных библиотек с открытым исходным кодом, которые упрощают анализ протеомических данных. | |
ProteoWorker | проприетарный | Облачное программное обеспечение для анализа протеомических данных, включая COMET, Peptide Prophet, ProteinProphet и обширные инструменты сортировки, фильтрации и аннотации данных. | |
Обеспечение | открытый источник | Облачное программное обеспечение, написанное на R для анализа протеомических данных, созданных MaxQuant. Это программное обеспечение предназначено для анализа данных дифференциальной количественной оценки и предоставляет инструменты, а также варианты визуализации для облегчения анализа. Возможна обработка данных без меток и данных с тандемными массовыми метками. [66] | |
pymzML | открытый источник | Модуль Python для интерфейса данных mzML в Python на основе cElementTree с дополнительными инструментами для MS-информатики. [67] | |
Питеомика | открытый источник | Python рамки для анализа протеомики данных. [68] | |
Quantem | Программное обеспечение для количественной оценки ESI-MS без аналитических стандартов. Разработано в Kruvelab , распространяется Quantem Analytics | ||
Квантинетикс | проприетарный | Программное обеспечение для масс-спектрометрической визуализации, предназначенное для количественной оценки и нормализации изображений МС в различных типах исследований, которое совместимо с различными приборами MSI, включая Bruker, Sciex, Thermo и iMZML. | |
Надстройка Rational Numbers для Excel | проприетарный | De Novo инструмент идентификации для малых молекул , которая работает с Microsoft Excel 2010, Excel 2013, Excel 2016 и Excel 2019. Это программное обеспечение обрабатывает небольшие молекулы , как математические перегородки молекулярной массы и генерирует субфрагмент формулу с атомами , которые являются множеством разделов , содержащим молекулярную формула. | |
Рациональные числа SPS | проприетарный | Идентификация малых молекул путем сравнения данных фрагментации с точной массой с базой данных из 250000 молекул, представленных в виде математических разделов точных молекулярных масс. SPS (поиск похожих разделов) разработан для быстрого анализа и обобщения нескольких наборов хроматографических данных МС / МС, полученных с помощью DDA (сбор данных, зависимый от данных). | |
РЕГАТА | Приложение сравнения списков ЖХ / МС, которое работает с ProTrawler (но принимает ввод в форме Excel / CSV), чтобы обеспечить среду для списков фильтрации и нормализации списков результатов ЖХ / МС {масса, время удерживания, интегрированная интенсивность}. | ||
RemoteAnalyzer | проприетарный | Программное обеспечение SpectralWorks для независимых от поставщиков решений на базе клиент / сервер с открытым доступом для обеспечения возможности использования системы данных ЖХ-МС и ГХ-МС; поддержка управления приборами и обработки данных для оборудования различных производителей. Также поддерживает приборы ЯМР и обработку данных. | |
Строительные леса | проприетарный | Набор инструментов протеомики для анализа спектров пептидов и белков в нескольких образцах. | |
ОС SCIEX | проприетарный | Программное обеспечение нового поколения от SCIEX для управления масс-спектрометрами серии X и поддержки анализа данных, полученных с помощью пакета программного обеспечения Analyst. | |
Лаборатория SCiLS | проприетарный | Мультивендорное программное обеспечение для статистического анализа данных масс-спектрометрии. | |
SimGlycan | проприетарный | Предсказывает структуру гликанов и гликопептидов, используя данные масс-спектрометрии MS / MS. | |
SIMION | проприетарный | Программа моделирования ионной оптики | |
Спектролизер | Spectrolyzer - это программный пакет на базе Microsoft Windows, который предоставляет инструменты анализа биоинформатических данных для различных масс-спектрометров, которые фокусируются на поиске белковых биомаркеров и обнаружении белковых отклонений. | ||
Спектромания | проприетарный | Программное обеспечение для анализа и визуализации масс-спектрометрических данных. [69] | |
Ставрокс | бесплатное ПО | Программное обеспечение для идентификации сшитых пептидов по масс-спектрометрическим данным, написанным на Java, которое можно использовать для широкого спектра сшивающих агентов и протеаз, используемых в эксперименте с перекрестным сшиванием MS он сравнивает теоретические комбинации пептид-пептидных поперечных связей для анализируемых белков с данными МС / МС. [70] | |
Швейцарские массовые счеты | открытый источник | Swiss Mass Abacus - это калькулятор масс пептидов и гликопептидов. Он целенаправленно сделан таким же простым, как базовый калькулятор, выполняющий арифметические операции. | |
TOF-DS | проприетарный | Программное обеспечение Markes International, используемое с времяпролетными масс-спектрометрами BenchTOF | |
ТурбоМасс | проприетарный | Программное обеспечение ГХ / МС от PerkinElmer . | |
Транс-протеомный трубопровод (TPP) | открытый источник | Trans-Proteomic Pipeline (TPP) - это набор интегрированных инструментов для протеомики MS / MS, который включает PeptideProphet для статистической проверки PSM с использованием результатов поисковой системы, iProphet для проверки отдельной пептидной последовательности с использованием результатов PeptideProphet (также может объединять результаты несколько поисковых систем) и ProteinProphet для идентификации и проверки белков с использованием результатов PeptideProphet ИЛИ iProphet. TPP также выполняет количественную оценку белка с помощью XPRESS (расчет относительного содержания пептидов и белков из меченных изотопами образцов МС / МС), ASAPRatio (автоматический статистический анализ отношения белков; альтернатива XPRESS) и Libra (количественная оценка образцов с изобарической меткой (например, iTraq, TMT и т. д.) для любого количества каналов). В настоящее время TPP поддерживает Sequest, Mascot, ProbID, X! Tandem, Comet, SpectraST, MSGF +, Inspect, MyriMatch и Phenyx. Разработано в Сиэтлском протеомном центре (SPC). [71] [72] | |
Универсальный калькулятор массы | Универсальный калькулятор массы (UMC) для Windows, написанный на C ++, представляет собой запатентованный набор инструментов для вычисления соответствующей информации из формул суммы, например, распределения изотопов, разностей масс, отклонений масс и информации о массе / изотопах элементов, степени дейтерирования. | ||
VIPER | Анализ точной массы и хроматографический анализ времени удерживания характеристик ЖХ-МС (подход с точной массой и временной меткой). [73] | ||
Xcalibur | проприетарный | Программное обеспечение Thermo Fisher Scientific, используемое с масс-спектрометрическими приборами. | |
XCMS Online (облачный) | проприетарный | Свободно доступная и наиболее широко используемая платформа обработки метаболомных и липидомных данных с более чем 21000 пользователей по состоянию на 2017 год. |
Смотрите также
- Формат данных масс-спектрометрии : для списка программ просмотра данных масс-спектрометрии и конвертеров формата.
- Список программ для предсказания структуры белков
Рекомендации
- ^ Кри, Дункан; Плия, Проспер (ноябрь 2019 г.). «Влияние повышенной температуры на яичную скорлупу, порошок яичной скорлупы и порошковые растворы яичной скорлупы для применения в кладке». Журнал строительной техники . 26 : 100852. дои : 10.1016 / j.jobe.2019.100852 . ISSN 2352-7102 .
- ^ ко, Цян; Сюнь, Ликунь; Лю, Сяовэнь (2016). «TopPIC: программный инструмент для нисходящей масс-спектрометрии, основанной на идентификации и характеристике протеоформ» . Биоинформатика . 32 (22): 3495–3497. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btw398 . ISSN 1460-2059 . PMC 5181555 . PMID 27423895 .
- ^ ко, Цян; Ву, Си; Толич, Никола; Паша-Толич, Лиляна; Лю Юньлун; Лю, Сяовэнь (2017). «Основанный на масс-графике подход для идентификации модифицированных протеоформ с использованием нисходящих тандемных масс-спектров» . Биоинформатика . 33 (9): 1309–1316. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btw806 . ISSN 1460-2059 . PMC 5860502 . PMID 28453668 .
- ^ Кокс, Юрген; Нойхаузер, Надин; Михальски, Аннетт; Scheltema, Richard A .; Olsen, Jesper V .; Манн, Матиас (2011). «Андромеда: поисковая машина по пептидам, интегрированная в среду MaxQuant». Журнал протеомных исследований . 10 (4): 1794–1805. DOI : 10.1021 / pr101065j . ISSN 1535-3893 . PMID 21254760 .
- ^ Берн, Маршалл; Цай, Юхан; Гольдберг, Дэвид (2007). «Пики поиска: гибрид de Novo-секвенирования и поиска в базе данных для идентификации белков с помощью тандемной масс-спектрометрии». Аналитическая химия . 79 (4): 1393–1400. DOI : 10.1021 / ac0617013 . PMID 17243770 .
- ^ Берн, Маршалл; Гольдберг, Дэвид (2008). «Улучшенные функции ранжирования для идентификации белков и сайтов модификации». Журнал вычислительной биологии . 15 (7): 705–719. DOI : 10,1089 / cmb.2007.0119 . PMID 18651800 .
- ^ Eng, Джимми К .; Jahan, Tahmina A .; Хупманн, Майкл Р. (2013). «Комета: инструмент поиска по базе данных MS / MS с открытым исходным кодом». Протеомика . 13 (1): 22–24. DOI : 10.1002 / pmic.201200439 . ISSN 1615-9853 . PMID 23148064 . S2CID 13533125 .
- ^ Diament, Бенджамин Дж .; Благородный, Уильям Стаффорд (2011). «Более быстрый поиск SEQUEST для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам» . Журнал протеомных исследований . 10 (9): 3871–3879. DOI : 10.1021 / pr101196n . ISSN 1535-3893 . PMC 3166376 . PMID 21761931 .
- ^ «Осмотр и MS-выравнивание».
- ^ Перкинс, Дэвид Н .; Паппин, Дэррил Дж. К.; Кризи, Дэвид М .; Коттрелл, Джон С. (1999). «Вероятностная идентификация белков путем поиска в базах данных последовательностей с использованием данных масс-спектрометрии». Электрофорез . 20 (18): 3551–67. DOI : 10.1002 / (SICI) 1522-2683 (19991201) 20:18 <3551 :: AID-ELPS3551> 3.0.CO; 2-2 . PMID 10612281 .
- ^ Конг, Энди Т .; Leprevost, Felipe V .; Автономов, Дмитрий М .; Меллачеруву, Даттатрея; Несвижский, Алексей И. (2017). «MSFragger: сверхбыстрая и всесторонняя идентификация пептидов в протеомике на основе масс-спектрометрии» . Природные методы . 14 (5): 513–520. DOI : 10.1038 / nmeth.4256 . PMC 5409104 . PMID 28394336 .
- ^ Табб, Дэвид Л .; Фернандо, Кристофер Дж .; Чемберс, Мэтью С. (2007). «MyriMatch: высокоточная тандемная масс-спектральная идентификация пептидов с помощью многомерного гипергеометрического анализа» . Журнал протеомных исследований . 6 (2): 654–61. DOI : 10.1021 / pr0604054 . PMC 2525619 . PMID 17269722 .
- ^ Сабариш, Варатхараджан; Сингх, Гурприт (2013). «Анализатор липидов (ом) на основе масс-спектрометрии и молекулярная платформа: новое программное обеспечение для интерпретации и анализа данных масс-спектрометрии липидов с электрораспылением и / или лазерной десорбцией / ионизацией с использованием матрицы: пример из Mycobacterium tuberculosis». Журнал масс-спектрометрии . 48 (4): 465–477. Bibcode : 2013JMSp ... 48..465S . DOI : 10.1002 / jms.3163 . ISSN 1096-9888 . PMID 23584940 .
- ^ «Поисковая система OMSSA ms / ms» . Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 сентября 2011 .
- ^ Geer, Lewis Y .; Марки, Сэнфорд П .; Ковалак, Джеффри А .; Вагнер, Лукас; Сюй, Мин; Maynard, Dawn M .; Ян, Сяоюй; Ши, Вэньяо; Брайант, Стивен Х. (2004). «Открытый алгоритм поиска масс-спектрометрии». Журнал протеомных исследований . 3 (5): 958–64. arXiv : q-bio / 0406002 . Bibcode : 2004q.bio ..... 6002G . DOI : 10.1021 / pr0499491 . PMID 15473683 . S2CID 12218715 .
- ^ Liang, C; Смит, JC; Хендри, Кристофер (2003). Сравнительное исследование программных средств секвенирования пептидов для МС / МС . Американское общество масс-спектрометрии.
- ^ Колиндж, Жак; Массело, Александр; Жирон, Марк; Дессинги, Тьерри; Маньен, Жером (2003). «OLAV: на пути к высокопроизводительной тандемной масс-спектрометрической идентификации данных». Протеомика . 3 (8): 1454–63. DOI : 10.1002 / pmic.200300485 . PMID 12923771 . S2CID 36666495 .
- ^ Чжан, Чжо; Сунь, Шивэй; Чжу, Сяопэн; Чанг, Сухуа; Лю, Сяофэй; Ю, Чунгун; Бу, Донгбо; Чен, Runsheng (2006). «Новая схема оценки для идентификации пептидов путем поиска в базах данных последовательностей белков с использованием данных тандемной масс-спектрометрии» . BMC Bioinformatics . 7 (1): 222. DOI : 10,1186 / 1471-2105-7-222 . ISSN 1471-2105 . PMC 1463009 . PMID 16638152 .
- ^ Xu, T .; Парк, СК; Венейбл, JD; Wohlschlegel, JA; Дидрих, JK; Cociorva, D .; Лу, Б .; Liao, L .; Hewel, J .; Хан, X .; Вонг, CCL; Fonslow, B .; Delahunty, C .; Gao, Y .; Shah, H .; Йетс, младший (2015). «ProLuCID: улучшенный алгоритм, подобный SEQUEST, с повышенной чувствительностью и специфичностью» . Журнал протеомики . 129 : 16–24. DOI : 10.1016 / j.jprot.2015.07.001 . ISSN 1874-3919 . PMC 4630125 . PMID 26171723 .
- ^ Шилов, Игнат В .; Сеймур, Шон Л .; Patel, Alpesh A .; Лобода, Алексей; Тан, Уилфред Х .; Китинг, Шон П .; Хантер, Кристи Л .; Nuwaysir, Lydia M .; Шеффер, Дэниел А. (2007). «Алгоритм Paragon, поисковая машина нового поколения, которая использует значения температуры последовательности и вероятности признаков для идентификации пептидов по тандемным масс-спектрам». Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (9): 1638–1655. DOI : 10.1074 / mcp.T600050-MCP200 . ISSN 1535-9476 . PMID 17533153 . S2CID 7097773 .
- ^ "Поисковая система RAId MS / MS" . QMBP NCBI NLM NIH . Проверено 1 января 2008 .
- ^ Алвес, Гелио; Огурцов Алексей Юрьевич; Ю, И-Куо (2007). «RAId_DbS: идентификация пептидов с использованием поиска в базе данных с реалистичной статистикой» . Биол Директ . 2 : 25. DOI : 10.1186 / 1745-6150-2-25 . PMC 2211744 . PMID 17961253 .
- ^ Джимми К. Энг; Эшли Л. Маккормак; Джон Р. Йейтс, III (1994). «Подход к корреляции тандемных масс-спектральных данных пептидов с аминокислотными последовательностями в базе данных белков». J Am Soc масс-спектрометрия . 5 (11): 976–989. DOI : 10.1016 / 1044-0305 (94) 80016-2 . PMID 24226387 . S2CID 18413192 .
- ^ Гриковини, Милош; Тварошка, Игорь; Хирш, Ян; Дубен, Энтони Дж. (1991). «Ядерные эффекты overhauser и гибкость сахаридов: метил β-ксилобиозид». Углеводные исследования . 210 : 13–20. DOI : 10.1016 / 0008-6215 (91) 80109-Z . ISSN 0008-6215 . PMID 1878875 .
- ^ Новак, Иржи; Саксенберг, Тимо; Хокша, Давид; Скопал, Томас; Кольбахер, Оливер (2013). «О сравнении SimTandem с современными инструментами идентификации пептидов, эффективности фильтра масс-предшественников и работе с переменными модификациями». Журнал интегративной биоинформатики . 10 (3): 1–15. DOI : 10,1515 / сверлильно-2013-228 . PMID 24231142 . S2CID 22469656 .
- ^ Бартельс, Кристиан (31 мая 1990 г.). «Быстрый алгоритм секвенирования пептидов с помощью масс-спектроскопии». Биологическая масс-спектрометрия . 19 (6): 363–368. DOI : 10.1002 / bms.1200190607 . PMID 24730078 .
- ^ Новак, Иржи; Лемр, Карел; Schug, Kevin A .; Гавличек, Владимир (2015). "CycloBranch: De Novo секвенирование нерибосомальных пептидов по точным масс-спектрам ионов продукта". Варенье. Soc. Масс-спектрометрия . 26 (10): 1780–1786. Bibcode : 2015JASMS.tmp..155N . DOI : 10.1007 / s13361-015-1211-1 . PMID 26195308 . S2CID 207470364 .
- ^ thermo finnigan представляет denovox - результаты поиска от HighBeam Business [ мертвая ссылка ]
- ^ Савицкий, Михаил М .; Nielsen, Michael L .; Кьельдсен, Франк; Зубарев, Роман А. (2005). «Подход к секвенированию Proteomics-Grade de Novo». Журнал протеомных исследований . 4 (6): 2348–54. DOI : 10.1021 / pr050288x . PMID 16335984 .
- ^ Ма, Бин (30 июня 2015 г.). "Новор: Программное обеспечение для секвенирования пептидов Novo в реальном времени" . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 26 (11): 1885–1894. Bibcode : 2015JASMS..26.1885M . DOI : 10.1007 / s13361-015-1204-0 . PMC 4604512 . PMID 26122521 .
- ^ Ма, Бин; Чжан, Кайчжун; Хендри, Кристофер; Лян, Чэнчжи; Ли, Мин; Доэрти-Кирби, Аманда; Лажуа, Жиль (2003). «ПИКС: мощная программа для секвенирования пептидов novo методом тандемной масс-спектрометрии». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии . 17 (20): 2337–42. Bibcode : 2003RCMS ... 17.2337M . DOI : 10.1002 / rcm.1196 . PMID 14558135 .
- ^ Танну, Нилеш С; Хемби, Скотт Э (2007). «De novo анализ белковой последовательности Macaca mulatta» . BMC Genomics . 8 : 270. DOI : 10.1186 / 1471-2164-8-270 . PMC 1965 481 . PMID 17686166 .
- ^ Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U , Вейт Дж., Вальцер М., Войнар Д., Вольски В.Е., Шиллинг О., Чоудхари Дж. С., Мальмстрём Л., Эберсолд Р., Райнерт К., Кольбахер О. (2016). «OpenMS: гибкая программная платформа с открытым исходным кодом для анализа данных масс-спектрометрии» (PDF) . Nat. Методы . 13 (9): 741–8. DOI : 10.1038 / nmeth.3959 . PMID 27575624 . S2CID 873670 .
- ^ Egelhofer V, Hoehenwarter W, Lyon D, Weckwerth W, Wienkoop S (2013). «Использование ProtMAX для создания выравниваний предшественников с высокой массой на основе безметочных количественных данных масс-спектрометрии, полученных в экспериментах по протеомике с дробовиком». Nat Protoc . 8 (3): 595–601. DOI : 10.1038 / nprot.2013.013 . PMID 23449253 . S2CID 29653992 .
- ^ Reiter, L; и другие. (2011). «mProphet: автоматизированная обработка данных и статистическая проверка для крупномасштабных экспериментов SRM». Нат методы . 8 (5): 430–435. DOI : 10.1038 / nmeth.1584 . PMID 21423193 . S2CID 205419625 .
- ^ Закон, КП; Лим Ю.П. (2013). «Последние достижения в масс-спектрометрии: независимый анализ данных и мониторинг гиперреакций». Эксперт Rev Proteomics . 10 (6): 551–566. DOI : 10.1586 / 14789450.2013.858022 . PMID 24206228 . S2CID 29969570 .
- ^ Маклин, Б. (2010). «Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых протеомических экспериментов» . Биоинформатика . 26 (7): 966–968. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq054 . PMC 2844992 . PMID 20147306 .
- ^ Малиутов, Дмитрий; Чен, Тяньчи; Аирольди, Эдоардо; Яффе, Джейкоб; Будник, Богдан; Славов, Николай (01.01.2019). «Количественная оценка гомологичных белков и протеоформ» . Молекулярная и клеточная протеомика . 18 (1): 162–168. DOI : 10.1074 / mcp.TIR118.000947 . ISSN 1535-9476 . PMC 6317479 . PMID 30282776 .
- ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Уилсон, Майкл; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2014). «CFM-ID: веб-сервер для аннотации, прогнозирования спектра и идентификации метаболитов по тандемным масс-спектрам» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (выпуск веб-сервера): W94 – W99. DOI : 10.1093 / NAR / gku436 . PMC 4086103 . PMID 24895432 .
- ^ Аллен, Фелисити; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2015). «Конкурентное моделирование фрагментации спектров ESI-MS / MS для предполагаемой идентификации метаболитов» . Метаболомика . 11 : 98–110. arXiv : 1312.0264 . DOI : 10.1007 / s11306-014-0676-4 . S2CID 256589 .
- ^ Аллен, Фелисити; Пон, Эллисон; Greiner, Russ; Уишарт, Дэвид (2016). «Вычислительное прогнозирование масс-спектров электронной ионизации для помощи в идентификации соединений ГХ / МС» . Аналитическая химия . 88 (15): 7689–7697. DOI : 10.1021 / acs.analchem.6b01622 . PMID 27381172 .
- ^ Джумбу-Феунанг, Янник; Пон, Эллисон; Кару, Наама; Чжэн, Цзяминь; Ли, Карин; Арндт, Дэвид; Гаутам, Махешвор; Аллен, Фелисити; Уишарт, Дэвид С. (2019). «CFM-ID 3.0: значительно улучшенное прогнозирование ESI-MS / MS и идентификация соединений» . Метаболиты . 9 (4): 72. DOI : 10,3390 / metabo9040072 . PMC 6523630 . PMID 31013937 . S2CID 129941603 .
- ^ Ozawa, SI; Лысый, Т; Ониши, Т; Сюэ, Н; Мацумура, Т; Кубо, Р. Такахаши, H; Хипплер, М; Такахаши, Y (октябрь 2018 г.). «Конфигурация десяти светособирающих субъединиц комплекса I хлорофилла a / b в фотосистеме I Chlamydomonas reinhardtii ». Физиология растений . 178 (2): 583–595. DOI : 10.1104 / pp.18.00749 . PMC 6181050 . PMID 30126869 .
- ^ Мут, Тило; Вайльнбек, Лиза; Рапп, Эрдманн; Huber, Christian G .; Мартенс, Леннарт; Водель, Марк; Барснес, Харальд (2014). "DeNovoGUI: графический интерфейс пользователя с открытым исходным кодом для de Novo секвенирования тандемных масс-спектров" . Журнал протеомных исследований . 13 (2): 1143–1146. DOI : 10.1021 / pr4008078 . ISSN 1535-3893 . PMC 3923451 . PMID 24295440 .
- ^ Сахил; Шубхра Агравал; Джордж Сабу; Ришаб Гупта; Панкадж Кумар; Сайфул Б. Хан; Кайлаш Ядав; Наман Гупта; Raghav Сегал (2019-01-11), ElucidataInc / ElMaven: v0.6.1 , DOI : 10,5281 / zenodo.2537593
- ^ Винклер, Роберт (2010). «ESIprot: универсальный инструмент для определения зарядового состояния и расчета молекулярной массы белков по данным масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением». Быстрые коммуникации в масс-спектрометрии . 24 (3): 285–94. DOI : 10.1002 / rcm.4384 . PMID 20049890 .
- ^ Лопес-Фернандес, Х; Сантос, HM; Capelo, JL; Фдез-Риверола, Ф; Глез-Пенья, Д; Ребойро-Джато, М. (2015). «Mass-Up: универсальное открытое программное приложение для открытия знаний масс-спектрометрии MALDI-TOF» . BMC Bioinformatics . 16 : 318. DOI : 10,1186 / s12859-015-0752-4 . PMC 4595311 . PMID 26437641 .
- ^ Рускони, Ф. (2009). «massXpert 2: кроссплатформенная программная среда для моделирования химии полимеров и моделирования / анализа масс-спектрометрических данных». Биоинформатика . 25 (20): 2741–2. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp504 . PMID 19740912 .
- ^ Хубер, Флориан; Верховен, Стефан; Мейер, Христиан; Spreeuw, Hanno; Вильянуэва, Эфраин; Гэн, Цуньлян; ван дер Хоофт, Джастин Джей Джей; Роджерс, Саймон; Беллум, Адам; Диблен, Фарук; Спаакс, Джурриан Х. (2020). «Matchms - обработка и оценка сходства данных масс-спектрометрии» . ДЖОСС . 5 (52): 2411. DOI : 10,21105 / joss.02411 .
- ^ Рускони, Ф. (2019). «mineXpert: визуализация и анализ данных биологической масс-спектрометрии с полной поддержкой JavaScript» (PDF) . J. Proteome Res . 18 (5): 2254–2259. DOI : 10.1021 / acs.jproteome.9b00099 . PMID 30950277 .
- ^ Palagi, Patricia M .; Вальтер, Даниэль; Квадрони, Манфредо; Катрин, Себастьен; Берджесс, Дженнифер; Циммерманн-Ивол, Екатерина Г .; Санчес, Жан-Шарль; Бинц, Пьер-Ален; Hochstrasser, Denis F .; Аппель, Рон Д. (2005). «MSight: программное обеспечение для анализа изображений для жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии». Протеомика . 5 (9): 2381–4. DOI : 10.1002 / pmic.200401244 . PMID 15880814 . S2CID 33296427 .
- ^ Робишо, Гийом; Garrard, Kenneth P .; Барри, Джереми А .; Муддиман, Дэвид К. (март 2013 г.). «MSiReader: интерфейс с открытым исходным кодом для просмотра и анализа файлов изображений MS с высокой разрешающей способностью на платформе Matlab» . Журнал Американского общества масс-спектрометрии . 24 (5): 718–721. Bibcode : 2013JASMS..24..718R . DOI : 10.1007 / s13361-013-0607-Z . PMC 3693088 . PMID 23536269 .
- ^ Prince, JT; Маркотт, Э.М. (2008). "Mspire: Масс-спектрометрическая протеомика в Ruby" . Биоинформатика . 24 (23): 2796–2797. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btn513 . PMC 2639276 . PMID 18930952 .
- ^ Goeminne, LJE; Gevaert, K .; Клемент, Л. (2016). «Робастная гребенчатая регрессия на уровне пептидов улучшает оценку, чувствительность и специфичность в зависящей от данных количественной безмаркированной протеомике дробовика» . Молекулярная и клеточная протеомика . 15 (2): 657–668. DOI : 10.1074 / mcp.M115.055897 . PMC 4739679 . PMID 26566788 .
- ^ Goeminne, LJE; Gevaert, K .; Клемент, Л. (2018). «Экспериментальный дизайн и анализ данных в безметочной количественной протеомике ЖХ / МС: учебное пособие с MSqRob». Журнал протеомики . 171 : 23–26. DOI : 10.1016 / j.jprot.2017.04.004 . PMID 28391044 .
- ^ Goeminne, LJE; Наклейка А .; Martens, M .; Gevaert, K .; Клемент, Л. (2020). «MSqRob преодолевает недостающее препятствие: объединяет протеомику, основанную на интенсивности и подсчете» . Аналитическая химия . XXXX (XX): 6278–6287. DOI : 10.1021 / acs.analchem.9b04375 . PMID 32227882 .
- ^ Migas, Lukasz G .; Франция, Aidan P .; Беллина, Бруно; Барран, Пердита Э. (апрель 2018 г.). «ORIGAMI: пакет программного обеспечения для масс-спектрометрии подвижности активированных ионов (AIM-MS), применяемый к сборкам мультимерных белков» . Международный журнал масс-спектрометрии . 427 : 20–28. Bibcode : 2018IJMSp.427 ... 20M . DOI : 10.1016 / j.ijms.2017.08.014 . ISSN 1387-3806 .
- ^ Карвалью, Пауло К.; Фишер, Джулиана С.Г .; Чен, Эмили I; Йейтс, Джон Р.; Барбоза, Валмир C (2008). «PatternLab для протеомики: инструмент для дифференциальной протеомики дробовика» . BMC Bioinformatics . 9 : 316. DOI : 10,1186 / 1471-2105-9-316 . PMC 2488363 . PMID 18644148 .
- ^ Лима, DB; Де Лима, ТБ; Balbuena, TS; Невеш-Феррейра, AG; Barbosa, VC; Гоццо, ФК; Карвалью, ПК (2015). «SIM-XL: мощный и удобный инструмент для анализа сшивания пептидов». Журнал протеомики . 129 : 51–5. DOI : 10.1016 / j.jprot.2015.01.013 . hdl : 11449/158584 . PMID 25638023 .
- ^ Кузняр, А .; Канаар, Р. (2014). «PIQMIe: веб-сервер для управления данными полуколичественной протеомики и анализа» . Nucleic Acids Res . 42 (W1): W100 – W106. DOI : 10.1093 / NAR / gku478 . PMC 4086067 . PMID 24861615 .
- ^ Weatherly, DB; Этвуд Джа, 3-й; Миннинг, TA; Cavola, C; Tarleton, RL; Орландо, Р. (2005). «Эвристический метод для присвоения уровня ложного обнаружения для идентификации белков из результатов поиска в базе данных талисманов». Молекулярная и клеточная протеомика . 4 (6): 762–72. DOI : 10.1074 / mcp.M400215-MCP200 . PMID 15703444 . S2CID 18408543 .
- ^ Келлер, Эндрю; Несвижский, Алексей И .; Колкер, Юджин; Эберсольд, Руеди (2002). «Эмпирическая статистическая модель для оценки точности идентификации пептидов с помощью MS / MS и поиска в базе данных». Аналитическая химия . 74 (20): 5383–92. DOI : 10.1021 / ac025747h . PMID 12403597 .
- ^ Несвижский, AI; Келлер, А; Колкер, Э; Эберсольд, Р. (2003). «Статистическая модель для идентификации белков тандемной масс-спектрометрией». Аналитическая химия . 75 (17): 4646–58. DOI : 10.1021 / ac0341261 . PMID 14632076 .
- ^ Шпехт, Майкл; Кульгерт, Себастьян; Фуфезан, Кристиан; Хипплер, Майкл (2011). «Протеомика на ходу: Proteomatic позволяет с легкостью создавать универсальные рабочие процессы для оценки данных МС / МС». Биоинформатика . 27 (8): 1183–1184. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btr081 . PMID 21325302 .
- ^ Шэн, Цюаньху; Дай, Джи; Ву, Ибо; Тан, Хайсю; Цзэн, Ронг (2012). «BuildSummary: использование группового подхода для повышения чувствительности идентификации пептидов / белков в протеомике дробовика». J Proteome Res . 11 (3): 1494–1502. DOI : 10.1021 / pr200194p . PMID 22217156 .
- ^ Галант, Джеймс; Heunis, Tiaan; Сэмпсон, Саманта; Горький, Уилберт (2020). «ProVision: веб-платформа для быстрого анализа протеомических данных, обрабатываемых MaxQuant». Биоинформатика . 36 . DOI : 10.1093 / биоинформатики / btaa620 . PMID 32638008 .
- ^ Лысый, Тилль; Барт, Йоханнес; Ниеуэс, Анна; Шпехт, Майкл; Хипплер, Майкл; Фуфезан, Кристиан (2012). «pymzML - модуль Python для высокопроизводительной биоинформатики по данным масс-спектрометрии». Биоинформатика . 28 (7): 1052–3. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts066 . PMID 22302572 .
- ^ Голобородько, Антон; Левицкий, Лев; Иванов, Марк; Горшков, Михаил (2013). «Pyteomics - среда Python для исследовательского анализа данных и быстрого прототипирования программного обеспечения в протеомике». J Am Soc масс-спектрометрия . 24 (2): 301–4. Bibcode : 2013JASMS..24..301G . DOI : 10.1007 / s13361-012-0516-6 . PMID 23292976 . S2CID 22009929 .
- ^ Зухт, Ханс-Дитер; Ламерц, Йенс; Хамения, Валерий; Шиллер, Карстен; Аппель, Аннетт; Таммен, Харальд; Крамери, Рето; Селле, Хартмут (2005). "Методология анализа данных для профилирования пептидов на основе ЖХ-МАЛДИ-МС". Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг . 8 (8): 717–23. DOI : 10.2174 / 138620705774962481 . PMID 16464158 .
- ^ Гётце, Майкл; Петтелькау Дж; Schaks S; Bosse K; Ihling CH; Krauth F; Fritzsche R; Kühn U; Синз А. (январь 2012 г.). «StavroX - программа для анализа сшитых продуктов в исследованиях взаимодействия белков». J Am Soc масс-спектрометрия . 23 (1): 76–87. Bibcode : 2012JASMS..23 ... 76G . DOI : 10.1007 / s13361-011-0261-2 . PMID 22038510 . S2CID 38037472 .
- ^ Педриоли, Патрик GA (2010). «Транс-протеомный трубопровод: трубопровод для протеомного анализа». Протеомная биоинформатика . Методы молекулярной биологии. 604 . С. 213–238. DOI : 10.1007 / 978-1-60761-444-9_15 . ISBN 978-1-60761-443-2. PMID 20013374 .
- ^ Deutsch, Eric W .; Мендоса, Луис; Штейнберг, Давид; Фарра, Терри; Лам, Генри; Тасман, Натали; Сунь, Чжи; Нильссон, Эрик; Пратт, Брайан; Празен, Брайан; Eng, Джимми К .; Мартин, Дэниел Б .; Несвижский, Алексей И .; Эберсольд, Руеди (2010). «Экскурсия по Транс-протеомному трубопроводу» . Протеомика . 10 (6): 1150–1159. DOI : 10.1002 / pmic.200900375 . ISSN 1615-9853 . PMC 3017125 . PMID 20101611 .
- ^ Монро, Мэн; Толич, Н .; Jaitly, N .; Шоу, JL; Адкинс, JN; Смит, RD (2007). «VIPER: расширенный пакет программного обеспечения для поддержки идентификации пептидов методом ЖХ-МС с высокой пропускной способностью». Биоинформатика . 23 (15): 2021–203. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btm281 . PMID 17545182 .
Внешние ссылки
- Программное обеспечение для масс-спектрометрии в Curlie