Этот список программ для просмотра филогенетических деревьев представляет собой компиляцию программных инструментов и веб-порталов, используемых для визуализации филогенетических деревьев .
Онлайн-программное обеспечение
Имя | Описание | Цитата |
---|---|---|
Аквапония | Средство просмотра дерева Javascript для Beast | [1] |
Инструментарий ETE Tree Viewer | онлайн-инструмент для просмотра филогенетического дерева (формат newick), который позволяет отображать несколько выравниваний последовательностей вместе с деревьями (формат fasta) | [2] |
EvolView | онлайн-инструмент для визуализации, аннотирования и управления филогенетическими деревьями | [3] |
Ледяное дерево | Клиентская программа просмотра SVG Javascript для аннотированных корневых деревьев. Также поддерживает филогенетические сети | [4] |
Ироки | Автоматическая настройка и визуализация филогенетических деревьев | [5] |
iTOL - интерактивное Древо Жизни | аннотировать деревья с различными типами данных и экспортировать в различные графические форматы; возможность создания сценариев через пакетный интерфейс | [6] |
Микрореагировать | Связывайте, визуализируйте и исследуйте последовательность и метаданные, используя филогенетические деревья, карты и временные шкалы | [7] |
OneZoom | использует IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) для отображения филогенетических деревьев, которые можно увеличивать для увеличения детализации | [8] |
ящер | Назначьте данный образец геномной последовательности SARS-CoV-2 его клону. | [9] |
Phylo.io | Просматривайте и сравнивайте до 2 деревьев бок о бок с помощью интерактивных визуализаций HTML5. | [10] |
PhyloExplorer | инструмент для облегчения оценки коллекций филогенетических деревьев и управления ими. Учитывая входную коллекцию корневых деревьев, PhyloExplorer предоставляет средства для получения статистики, описывающей коллекцию, исправления недопустимых имен таксонов, извлечения таксономически релевантных частей коллекции с использованием специального языка запросов и определения связанных деревьев в базе данных TreeBASE . | [11] |
PHYLOViZ Online | Веб-инструмент для визуализации, филогенетического вывода, анализа и совместного использования минимальных остовных деревьев | [12] |
PhyloWidget | просматривать, редактировать и публиковать филогенетические деревья в Интернете; интерфейсы с базами данных | [13] |
T-REX (веб-сервер) | Вывод и визуализация дерева (иерархические, радиальные и осевые представления дерева), обнаружение горизонтального переноса генов и визуализация сети HGT | [14] |
TidyTree | Клиентский модуль рендеринга филогенетического дерева HTML5 / SVG, основанный на D3.js | [15] |
ДеревоВектор | масштабируемые, интерактивные, филогенетические деревья для Интернета, производят динамический вывод в формате SVG или PNG, реализованный на Java | [16] |
Настольное программное обеспечение
Имя | Описание | ОС 1 | Цитата |
---|---|---|---|
ARB | Интегрированная программная среда для визуализации дерева и аннотации | LM | [17] |
Археоптерикс | Средство просмотра и редактирования дерева Java (раньше было ATV) | [18] | |
BioNumerics | Универсальная платформа для управления, хранения и анализа всех типов биологических данных, включая древовидный и сетевой вывод данных о последовательностях | W | [19] |
Bio :: Phylo | Коллекция модулей Perl для управления и визуализации филогенетических данных. Bio :: Philo является частью всеобъемлющего набора инструментов Perl для биологии. | Все | [20] |
Дендроскоп | Интерактивный просмотрщик больших филогенетических деревьев и сетей | Все | [21] |
DensiTree | Средство просмотра, способное просматривать несколько наложенных деревьев. | Все | [22] |
Смоковница | Простой просмотрщик дерева Java, способный читать файлы деревьев newick и nexus. Может использоваться для окраски ветвей и создания векторных изображений. | Все | [23] |
JEvTrace | Многовалентный браузер для выравнивания последовательностей, филогении и структуры. Выполняет интерактивный эволюционный след [24] и другой анализ, основанный на филогенезе. | Все | [25] |
МЕГА | Программное обеспечение для статистического анализа молекулярной эволюции. Он включает в себя различные функции визуализации дерева | Все | [26] |
Мультидендрограммы | Интерактивное приложение с открытым исходным кодом для расчета и построения филогенетических деревьев | Все | [27] |
ФИЛОВИЗ | Филогенетический вывод и визуализация данных для профилей аллельных / SNP последовательностей с использованием минимальных связующих деревьев | Все | [28] |
TreeDyn | Программное обеспечение с открытым исходным кодом для управления деревьями и аннотации, позволяющее включать метаинформацию | Все | [29] |
Treevolution | Инструмент с открытым исходным кодом для круговой визуализации с секционным и кольцевым искажением и рядом других функций, таких как кластеризация ветвей и обрезка. | Все | [30] |
TreeGraph 2 | Редактор дерева с открытым исходным кодом с многочисленными операциями редактирования и форматирования, включая комбинирование различных филогенетических анализов. | Все | [31] |
В виде дерева | Программное обеспечение для просмотра деревьев | Все | [32] [33] |
UGENE | Визуальный интерфейс с открытым исходным кодом для пакета Phylip 3.6. | Все | [34] |
1 «Все» относится к Microsoft Windows, Apple OSX и Linux; L = Linux, M = Apple Mac, W = Microsoft Windows
Библиотеки
Имя | Язык | Описание | Цитата |
---|---|---|---|
ggtree | р | Пакет R для визуализации дерева и аннотации с поддержкой грамматики графики | [35] |
jsPhyloSVG | Javascript | библиотека javascript с открытым исходным кодом для визуализации расширяемых настраиваемых филогенетических деревьев; используется для интерактивных деревьев Elsevier | [36] [37] |
PhyD3 | Javascript | интерактивная визуализация филогенетического дерева с числовыми аннотационными графами, с выводом SVG или PNG, реализованная в D3.js | [38] |
phylotree.js | Javascript | phylotree.js - это библиотека, которая расширяет популярную среду визуализации данных D3.js и подходит для создания приложений JavaScript, в которых пользователи могут просматривать филогенетические деревья и взаимодействовать с ними. | [39] |
PhyloPlots.jl | Юлия | PhyloPlots.jl - это пакет julia для построения филогенетических деревьев и сетей, интегрированный с PhyloNetworks.jl. | [40] |
Фитоинструменты | р | Филогенетические инструменты для сравнительной биологии (и других вещей) на основе R | [41] |
игрушечное дерево | Python | Toytree: минималистичная библиотека для визуализации деревьев и управления ими для Python. | [42] |
Смотрите также
- Список программ филогенетики
Рекомендации
- ^ Казо, Бастьен; Кастель, Гийом; Соперники, Эрик (2019-01-14). «АКВАПОНИЯ: визуализация и интерпретация филогеографической информации о филогенетических деревьях» (PDF) . Биоинформатика . 35 (17): 3163–3165. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btz011 . ISSN 1367-4803 . PMID 30649190 .
- ^ Уэрта-Сепас Дж., Допазо Дж., Габальдон Т. (январь 2010 г.). «ETE: среда Python для исследования деревьев» . BMC Bioinformatics . 11 : 24. DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-24 . PMC 2820433 . PMID 20070885 .
- ^ Чжан Х., Гао С., Леркер М.Дж., Ху С., Чен У.Х. (июль 2012 г.). «EvolView, онлайн-инструмент для визуализации, аннотирования и управления филогенетическими деревьями» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск веб-сервера): W569–72. DOI : 10.1093 / NAR / gks576 . PMC 3394307 . PMID 22695796 .
- ^ Воан Т.Г. (август 2017 г.). «IcyTree: быстрая браузерная визуализация для филогенетических деревьев и сетей» . Биоинформатика . 33 (15): 2392–2394. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btx155 . PMC 5860111 . PMID 28407035 .
- ^ Мур Р.М., Харрисон А.О., Макаллистер С.М., Полсон С.В., Воммак К.Е. (февраль 2020 г.). «Ироки: автоматическая настройка и визуализация филогенетических деревьев» . PeerJ . 8 (e8584): e8584. DOI : 10,7717 / peerj.8584 . PMC 7049256 . PMID 32149022 .
- ^ Letunic I, Bork P (январь 2007 г.). «Интерактивное древо жизни (iTOL): онлайн-инструмент для отображения и аннотации филогенетического дерева» (PDF) . Биоинформатика . 23 (1): 127–8. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl529 . PMID 17050570 .
- ^ Аргимон, Сильвия; Абудахаб, Халил; Goater, Ричард Дж. Э .; Федосеев, Артемий; Бхаи, Джйотиш; Гласнер, Коринна; Фейл, Эдвард Дж .; Холден, Мэтью Т.Г.; Йейтс, Корин А. (30 ноября 2016 г.). «Microreact: визуализация и обмен данными для геномной эпидемиологии и филогеографии» . Микробная геномика . 2 (11): e000093. DOI : 10.1099 / mgen.0.000093 . ISSN 2057-5858 . PMC 5320705 . PMID 28348833 .
- ^ Розинделл Дж., Хармон Л. Дж. (2012). «OneZoom: исследователь фракталов для дерева жизни» . PLOS Биология . 10 (10): e1001406. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1001406 . PMC 3472976 . PMID 23091419 .
- ^ Рамбаут, А .; Холмс, ЕС; О'Тул, Б .; и другие. (2020). «Предложение по динамической номенклатуре для линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии» . Природная микробиология . 5 (11): 1403–1407. DOI : 10.1038 / s41564-020-0770-5 . PMID 32669681 . S2CID 220544096 .
- ^ Робинсон О., Дилус Д., Дессимоз С. (август 2016 г.). «Phylo.io: интерактивный просмотр и сравнение крупных филогенетических деревьев в сети» . Молекулярная биология и эволюция . 33 (8): 2163–6. arXiv : 1602.04258 . Bibcode : 2016arXiv160204258R . DOI : 10.1093 / molbev / msw080 . PMC 4948708 . PMID 27189561 .
- ^ Ранвез В., Клерон Н., Делсук Ф., Поурали С., Оберваль Н., Дизер С., Берри В. (май 2009 г.). «PhyloExplorer: веб-сервер для проверки, исследования и запроса филогенетических деревьев» . BMC Evolutionary Biology . 9. 9 : 108. DOI : 10.1186 / 1471-2148-9-108 . PMC 2695458 . PMID 19450253 .
- ^ Рибейру-Гонсалвеш Б., Франсиско А. П., Ваз С., Рамирес М., Каррису Дж. А. (июль 2016 г.). «PHYLOViZ Online: веб-инструмент для визуализации, филогенетического вывода, анализа и совместного использования минимальных остовных деревьев» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (W1): W246–51. DOI : 10.1093 / NAR / gkw359 . PMC 4987911 . PMID 27131357 .
- ^ Jordan GE, Piel WH (июль 2008 г.). «PhyloWidget: веб-визуализации для дерева жизни» . Биоинформатика . 24 (14): 1641–2. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btn235 . PMID 18487241 .
- ^ Boc A, Diallo AB, Макаренков V (июль 2012 г.). «T-REX: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск веб-сервера): W573–9. DOI : 10.1093 / NAR / gks485 . PMC 3394261 . PMID 22675075 .
- ^ Бойлс, Энтони (2019). «TidyTree: бескомпромиссно гибкие филогенетические деревья» . CDC.
- ^ Петика Р., Баркер Г., Ковач Т., Гоф Дж. (Январь 2010 г.). «TreeVector: масштабируемые интерактивные филогенетические деревья для Интернета» . PLOS ONE . 5 (1): e8934. Bibcode : 2010PLoSO ... 5.8934P . DOI : 10.1371 / journal.pone.0008934 . PMC 2812488 . PMID 20126613 .
- ^ Людвиг В., Странк О, Вестрам Р., Рихтер Л., Майер Х., Бюхнер А., Лай Т., Степпи С., Йобб Г., Фёрстер В., Бреттске I, Гербер С., Гинхарт А. В., Гросс О, Груманн С., Герман С., Йост Р. , König A, Liss T, Lüssmann R, May M, Nonhoff B, Reichel B, Strehlow R, Stamatakis A, Stuckmann N, Vilbig A, Lenke M, Ludwig T., Bode A, Schleifer KH (2004). «ARB: программная среда для данных последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (4): 1363–71. DOI : 10.1093 / NAR / gkh293 . PMC 390282 . PMID 14985472 .
- ^ Змасек CM, Эдди С.Р. (апрель 2001 г.). «ATV: отображение аннотированных филогенетических деревьев и управление ими» . Биоинформатика . 17 (4): 383–4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 17.4.383 . PMID 11301314 .
- ^ BioNumerics протоколы , используемые PulseNet Архивированных 6 декабря 2011, на Wayback Machine
- ^ Вос Р.А., Каравас Дж., Хартманн К., Йенсен М.А., Миллер С. (февраль 2011 г.). «БИО :: Филофилоинформатический анализ с использованием Perl» . BMC Bioinformatics . 12 : 63. DOI : 10,1186 / 1471-2105-12-63 . PMC 3056726 . PMID 21352572 .
- ^ Хусон Д.Х., Рихтер Д.К., Рауш К., Дезулиан Т., Франц М., Рупп Р. (ноябрь 2007 г.). «Дендроскоп: интерактивный просмотрщик больших филогенетических деревьев» . BMC Bioinformatics . 8 : 460. DOI : 10,1186 / 1471-2105-8-460 . PMC 2216043 . PMID 18034891 .
- ^ Bouckaert R, Heled J (2014-12-08). «DensiTree 2: Видя деревья сквозь лес». bioRxiv 10.1101 / 012401 .
- ^ Rambaut A. 2018. FigTree 1.4.4 github.com, по состоянию на 17 апреля 2018 г.
- ^ Lichtarge, O .; Борн, HR; Коэн, FE (1996-03-29). «Метод эволюционного отслеживания определяет поверхности связывания, общие для семейств белков». Журнал молекулярной биологии . 257 (2): 342–358. DOI : 10.1006 / jmbi.1996.0167 . ISSN 0022-2836 . PMID 8609628 .
- ^ Иоахимиак МП, Коэн Ф.Э. (2002). «JEvTrace: уточнение и вариации эволюционного следа в Java» . Геномная биология . 3 (12): research0077.1. DOI : 10.1186 / GB-2002-3-12-research0077 . PMC 151179 . PMID 12537566 .
- ^ Кумар С., Стечер Г., Ли М., Князь С., Тамура К. (июнь 2018 г.). «MEGA X: молекулярно-эволюционный генетический анализ на вычислительных платформах» . Молекулярная биология и эволюция . 35 (6): 1547–1549. DOI : 10.1093 / molbev / msy096 . PMC 5967553 . PMID 29722887 .
- ^ Фернандес А., Гомес С. (2008). «Решение проблемы неединственности в агломеративной иерархической кластеризации с использованием мультидендрограмм». Журнал классификации . 25 (1): 43–65. arXiv : cs / 0608049 . DOI : 10.1007 / s00357-008-9004-х . S2CID 434036 .
- ^ Франсиско А.П., Ваз С., Монтейро П.Т., Мело-Кристино Дж., Рамирес М., Каррису Дж. А. (май 2012 г.). «PHYLOViZ: филогенетический вывод и визуализация данных для методов последовательной типизации» . BMC Bioinformatics . 13 : 87. DOI : 10,1186 / 1471-2105-13-87 . PMC 3403920 . PMID 22568821 .
- ^ Chevenet F, Brun C, Bañuls AL, Jacq B, Christen R (октябрь 2006 г.). «TreeDyn: к динамической графике и аннотациям для анализа деревьев» . BMC Bioinformatics . 7 : 439. DOI : 10,1186 / 1471-2105-7-439 . PMC 1615880 . PMID 17032440 .
- ^ Сантамария Р., Терон Р. (август 2009 г.). «Treevolution: визуальный анализ филогенетических деревьев» . Биоинформатика . 25 (15): 1970–1. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btp333 . PMID 19470585 .
- ^ Стёвер BC, Мюллер К.Ф. (январь 2010 г.). «TreeGraph 2: объединение и визуализация доказательств из различных филогенетических анализов» . BMC Bioinformatics . 11 : 7. DOI : 10,1186 / 1471-2105-11-7 . PMC 2806359 . PMID 20051126 .
- ^ "Анализ публикаций 1996-2006 гг. Эволюционная биология" (PDF) . Архивировано из оригинального (PDF) 14 февраля 2015 года . Проверено 22 октября 2008 .
- ^ Пейдж РД (август 1996 г.). «TreeView: приложение для отображения филогенетических деревьев на персональных компьютерах» . Компьютерные приложения в биологических науках . 12 (4): 357–8. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 12.4.357 . PMID 8902363 .
- ^ Оконечников К., Голосова О., Фурсов М., команда UGENE (2012). «Unipro UGENE: единый инструментарий биоинформатики» . Биоинформатика . 28 (8): 1166–7. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bts091 . PMID 22368248 .
- ^ Ю. Г., Смит Д. К., Чжу Х., Гуань Ю., Лам Т. Т. (1 января 2017 г.). «ggtree: пакет R для визуализации и аннотации филогенетических деревьев с их ковариатами и другими связанными данными» . Методы экологии и эволюции . 8 (1): 28–36. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12628 . S2CID 63705866 .
- ^ интерактивные-филогенетические-деревья www.elsevier.com [ мертвая ссылка ]
- ^ Смитс С.А., Оверни С.К. (август 2010 г.). Пун А.Ф. (ред.). «jsPhyloSVG: библиотека javascript для визуализации интерактивных и векторных филогенетических деревьев в сети» . PLOS ONE . 5 (8): e12267. Bibcode : 2010PLoSO ... 512267S . DOI : 10.1371 / journal.pone.0012267 . PMC 2923619 . PMID 20805892 .
- ^ Kreft L, Botzki A, Coppens F, Vandepoele K, Van Bel M (сентябрь 2017 г.). «PhyD3: программа просмотра филогенетического дерева с расширенной поддержкой phyloXML для функциональной визуализации данных геномики» . Биоинформатика . 33 (18): 2946–2947. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btx324 . PMID 28525531 .
- ^ Шэнк С.Д., Уивер С., Косаковский пруд С.Л. (июль 2018 г.). «phylotree.js - библиотека JavaScript для разработки приложений и интерактивной визуализации данных в филогенетике» . BMC Bioinformatics . 19 (1): 276. DOI : 10,1186 / s12859-018-2283-2 . PMC 6060545 . PMID 30045713 .
- ^ Солис-Лемус С., Бастид П., Ане С. (2017). «PhyloNetworks: пакет для филогенетических сетей» . Молекулярная биология и эволюция . 34 (12): 3292–3298.
- ^ Ревелл, LJ (2012). «phytools: пакет R для сравнительной филогенетической биологии (и других вещей)» . Методы экол. Evol . 3 (2): 217–223. DOI : 10.1111 / j.2041-210X.2011.00169.x . S2CID 32670711 .
- ^ Итон, ДАР (2019). «Toytree: минималистичная библиотека для визуализации деревьев и управления ими для Python» . Методы экол. Evol . 11 (1): 187–191. DOI : 10.1111 / 2041-210X.13313 .
Внешние ссылки
- Полный список древовидных редакторов
- Список редакторов дерева