Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Этот список программного обеспечения для филогенетики представляет собой компиляцию программного обеспечения для вычислительной филогенетики, используемого для создания филогенетических деревьев . Такие инструменты обычно используются в сравнительной геномике , кладистике и биоинформатике . Методы оценки филогенеза включают в себя объединение соседей , максимальную экономию (также называемую просто экономией), UPGMA , байесовский филогенетический вывод , методы максимального правдоподобия и матрицы расстояний .

ИмяОписаниеМетодыАвтор
AncesTree [1]Алгоритм реконструкции клонального дерева на основе данных секвенирования рака.Максимальное правдоподобие, целочисленное линейное программирование (ILP)М. Эль-Кебир, Л. Эспер, Х. Ачесон-Филд и Б.Дж. Рафаэль
АлиГРУВ [2]Визуализация дивергенции гетерогенных последовательностей в пределах нескольких выравниваний последовательностей и обнаружение поддержки раздутой ветвиИдентификация отдельных таксонов, которые демонстрируют преимущественно рандомизированное сходство последовательностей по сравнению с другими таксонами при множественном выравнивании последовательностей, и оценка надежности поддержки узлов в данной топологииПатрик Кюк, Сандра А Мейд, Кристиан Гросс, Бернхард Мисоф, Иоганн Вольфганг Вегеле.
обезьяна [3]Пакет R-Project для анализа филогенетики и эволюцииОбеспечивает широкий спектр филогенетических функцийМайнтейнер: Emmanuel Paradis
Платформа рабочего процесса Armadillo [4]Платформа рабочего процесса, посвященная филогенетическому и общему биоинформатическому анализуВывод филогенетических деревьев с использованием методов расстояния, максимального правдоподобия, максимальной экономии, байесовских методов и связанных рабочих процессов.Э. Лорд, М. Леклерк, А. Бок, А.Б. Диалло, В. Макаренков
Бали-Пхи [5]Одновременный байесовский вывод о выравнивании и филогенииБайесовский вывод, выравнивание, а также поиск по дереву.М.А. Сушард, BD Redelings
КУПАНИЕ [6]Байесовский анализ деревьев с генерацией внутренних узловБайесовский вывод, демографическая история, разделение населенияЭй Джей Уилсон, Уил, Д.Болдинг
Байесовская филогения [7]Байесовский вывод деревьев с использованием методов Монте-Карло цепи МарковаБайесовский вывод, множественные модели, смешанная модель (автоматическое разбиение)М. Пагель, А. Мид
Байесовские черты [8]Анализирует эволюцию признаков среди групп видов, для которых имеется филогения или образец филогении.Анализ чертМ. Пагель, А. Мид
ЗВЕРЬ [9]Деревья выборки байесовского эволюционного анализаБайесовский вывод, расслабленные молекулярные часы, демографическая историяAJ Drummond, MA Suchard, D Xie и A. Rambaut
BioNumericsУниверсальная платформа для управления, хранения и анализа всех типов биологических данных, включая древовидный и сетевой вывод данных о последовательностях.Соседство, максимальная экономия, UPGMA, максимальное правдоподобие, методы матрицы расстояний, ... Расчет надежности деревьев / ветвей с использованием бутстрэппинга, перестановочной повторной выборки или повторной выборки ошибок.Л. Вотерин и П. Вотерин.
BosqueИнтегрированное графическое программное обеспечение для выполнения филогенетического анализа, от импорта последовательностей до построения и графического редактирования деревьев и сопоставленийМетоды расстояния и максимального правдоподобия (через phyml, phylip и tree-puzzle)С. Рамирес, Э. Родригес.
БАКИБайесовское соответствие генных деревьевБайесовское согласование с использованием модифицированного жадного консенсуса некорневых квартетовК. Ане, Б. Ларже, Д. А. Баум, С. Д. Смит, А. Рокас и Б. Ларже, С. К. Котха, К. Н. Дьюи, К. Ане
Навес [10]Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживание продольной и пространственной истории эволюции клонов с помощью секвенирования следующего поколенияМаксимальное правдоподобие, методы Монте-Карло цепи Маркова (MCMC)Ю. Цзян, Ю. Цю, А. Дж. Минн и Н. Р. Чжан
CITUPВывод о клональности опухолей с использованием филогенииИсчерпывающий поиск, квадратичное целочисленное программирование (QIP)С. Маликич, А. В. Макферсон, Н. Донмез, С. С. Сахиналп
ClustalWПрогрессивное множественное выравнивание последовательностейМатрица расстояний / ближайший соседТомпсон и др. [11]
Дендроскоп [12]Инструмент для визуализации корневых деревьев и расчета корневых сетейДеревья с корнями, путаница, сети консенсуса, сети гибридизацииDaniel Huson et al.
EzEditor [13]EzEditor - это редактор выравнивания последовательностей на основе Java для генов, кодирующих рРНК и белки. Это позволяет манипулировать выравниванием последовательностей как ДНК, так и белков для филогенетического анализа.Присоединение к соседуJeon, YS et al.
fastDNAmlОптимизированная максимальная вероятность (только нуклеотиды)Максимальная вероятностьGJ Olsen
FastTree 2 [14]Быстрый филогенетический вывод для выравнивания до сотен тысяч последовательностейПримерная максимальная вероятностьПрайс М.Н., Дехал П.С., Аркин А.П.
FitmodelПодходит для моделей кодонов ответвлений без необходимости предварительного знания клад, подвергающихся положительному отборуМаксимальная вероятностьС. Гуиндон
ГениальныйGeneious предоставляет инструменты для исследования генома и протеомаПрисоединение к соседям, UPGMA, плагин MrBayes, плагин PHYML, плагин RAxML, плагин FastTree, плагин GARLi, плагин PAUP *AJ Drummond, M.Suchard, V.Lefort et al.
HyPhyПроверка гипотез с использованием филогенииМаксимальное правдоподобие, объединение соседей, методы кластеризации, матрицы расстоянийС.Л. Косаковский пруд, SDW Frost, SV Muse
IQPNNIИтеративный поиск дерева машинного обучения с правилом остановкиМаксимальная вероятность, присоединение соседаЛ.С. Винь, А. фон Хезелер, Б.К. Минь
IQ-ДЕРЕВО [15]Эффективное филогеномное программное обеспечение с максимальной вероятностью, как преемник IQPNNI и TREE-PUZZLE.Максимальное правдоподобие, выбор модели, поиск схемы разделения, AIC, AICc, BIC, сверхбыстрая самозагрузка, [16] тесты ветвления, тесты топологии дерева, отображение правдоподобияЛам-Тунг Нгуен, О. Черномор, Х.А. Шмидт, А. фон Хезелер, Б.К. Минь
jModelTest 2Высокопроизводительная вычислительная программа для статистического отбора наиболее подходящих моделей нуклеотидного замещения.Максимальная вероятность, AIC, BIC, DT, hLTR, dLTRД. Дарриба, GL. Табоада, Р. Доалло, Д. Посада
ЛизбетАнализ по трем пунктам для филогенетики и биогеографииАнализ по трем пунктамЖ. Дюкасс, Н. Као и Р. Зарагуэта-Багилс
МЕГАМолекулярно-эволюционный генетический анализМетоды расстояния, экономии и максимального сложного правдоподобияТамура К., Дадли Дж., Ней М и Кумар С.
МескитовыйMesquite - это программа для эволюционной биологии, призванная помочь биологам анализировать сравнительные данные об организмах. Его упор делается на филогенетический анализ, но некоторые из его модулей касаются сравнительного анализа или популяционной генетики, в то время как другие выполняют нефилогенетический многомерный анализ. Его также можно использовать для построения деревьев времени, включающих геологическую шкалу времени, с некоторыми дополнительными модулями.Максимальная экономия, матрица расстояний, максимальное правдоподобиеУэйн Мэддисон и доктор Мэддисон
MetaPIGA2Многоядерная программа вывода филогении с максимальной вероятностью для последовательностей ДНК и белков, а также морфологических данных. Анализ может выполняться с использованием обширного и удобного графического интерфейса или с помощью командных файлов. Он также реализует инструменты визуализации дерева, наследственные последовательности и автоматический выбор лучшей модели и параметров замещения.Максимальное правдоподобие, стохастическая эвристика ( генетический алгоритм , генетический алгоритм метапопуляции, имитация отжига и т. Д.), Дискретная гетерогенность гамма-диапазона, реконструкция предкового состояния, тестирование модели.Мишель С. Милинкович и Рафаэль Хелэрс
Генератор моделейВыбор модели (белок или нуклеотид)Максимальная вероятностьТомас Кин
МОЛФИМолекулярная филогенетика (белок или нуклеотид)Максимальная вероятностьДж. Адачи и М. Хасегава
МорфоБанкВеб-приложение для организации данных о признаках (морфологических символах) для построения деревадля использования с максимальной экономией (через портал CIPRES), максимальным правдоподобием и байесовским анализом)О'Лири, Массачусетс, и С. Кауфман, [17] также К. Альфонс
MrBayesОценка апостериорной вероятностиБайесовский выводJ. Huelsenbeck и др. [18]
СетьБесплатное программное обеспечение для филогенетической сетиМедианное соединение, уменьшенная медиана, сеть ШтейнераА. Роэль
НонаФилогенетический выводМаксимальная экономия, подразумеваемое взвешивание, храповикП. Голобов
PAMLФилогенетический анализ по максимальному правдоподобиюМаксимальное правдоподобие и байесовский выводЗ. Ян
Парафило [19]Вычисление деревьев генов и видов на основе событийных отношений (ортология, паралогия)Редактирование графа и тройной выводГельмут
PartitionFinderКомбинированный выбор моделей молекулярной эволюции и схем разделения для выравнивания ДНК и белков.Максимальная вероятность, AIC, AICc, BICР. Ланфир, Б. Калкотт, С. У. Хо, С. Гиндон
ПАСТИСПакет R для филогенетической сборкиR, двухэтапный байесовский вывод с использованием MrBayes 3.2Thomas et al. 2013 [20]
ПАУП *Филогенетический анализ с использованием экономичности (* и других методов)Максимальная экономия, матрица расстояний, максимальное правдоподобиеД. Своффорд
фангорн [21]Филогенетический анализ в RML, MP, матрица расстояний, бутстрап, филогенетические сети, бутстрап, выбор модели, SH-тест, SOWH-тестМайнтейнер: K. Schliep
Phybase [22]пакет R для анализа дерева видовфилогенетические функции, STAR, NJst, STEAC, maxtree и т. д.Л. Лю и Л. Ю
фикластФилогенетическая кластеризация (филокластеризация)Максимальная вероятность режимов конечной смесиВэй-Чен Чен
ФИЛИППакет филогенетических выводовМаксимальная экономия, матрица расстояний, максимальное правдоподобиеЯ. Фельзенштейн
филОТСоздает филогенетические деревья в различных форматах на основе таксономии NCBIниктоИ. Летунич
PhyloQuartРеализация квартета (использует последовательности или расстояния)Квартетный методВ. Берри
PhyloWGSРеконструкция субклонального состава и эволюции на основе полногеномного секвенирования опухолейMCMCА. Г. Дешвар, С. Вембу, С. К. Юнг, Г. Х. Янг, Л. Штайн и К. Моррис
PhyMLБыстрая и точная оценка филогении с использованием максимального правдоподобияМаксимальная вероятностьС. Гуиндон и О. Гаскуэль
фикса [23]Филогенетические инструменты командной строки Unix / GNU / LinuxИсследуйте, манипулируйте, анализируйте и моделируйте филогенетические объекты (выравнивания, деревья и журналы MCMC)Дж. У. Браун, Дж. Ф. Уокер и С. А. Смит
POYПрограмма филогенетического анализа, которая поддерживает несколько типов данных и может выполнять выравнивание и вывод филогении. Для этого были разработаны различные эвристические алгоритмы.Максимальная экономия, максимальная вероятность, хромосомная перестройка, незаметные символы, непрерывные символы, выравниваниеА. Варон, Н. Лукарони, Л. Хонг, У. Уиллер
ProtTest 3Программа высокопроизводительных вычислений для выбора модели эволюции белка, которая наилучшим образом соответствует заданному набору выровненных последовательностейМаксимальное правдоподобие, AIC, BIC, DTД. Дарриба, GL. Табоада, Р. Доалло, Д. Посада
PyCogentПрограммная библиотека для геномной биологииМоделирование последовательностей, выравнивание, управление сторонними приложениями, рабочими процессами, запросы к базам данных, создание графики и филогенетических деревьевKnight et al.
QuickTreeКонструкция дерева оптимизирована для повышения эффективностиСоседствоК. Хау, А. Бейтман, Р. Дурбин
RAxML-HPCРандомизированное максимальное правдоподобие для высокопроизводительных вычислений (нуклеотиды и аминокислоты)Максимальная вероятность, простая Максимальная экономияА. Стаматакис
RAxML-NG [24]Рандомизированная акселерация максимального правдоподобия для высокопроизводительных вычислений (нуклеотиды и аминокислоты) Следующее поколениеМаксимальная вероятность, простая Максимальная экономияА. Козлов, Д. Дарриба, Т. Флури, Б. Морель, А. Стаматакис
СЕМФИРеконструкция дерева с использованием сочетания сильных сторон максимального правдоподобия (точности) и объединения соседей (скорости). SEMPHY устарела. Теперь авторы отсылают пользователей к RAxML, который превосходит как по точности, так и по скорости.Гибридный метод максимального правдоподобия / объединения соседейМ. Нинио, Э. Привман, Т. Пупко, Н. Фридман
sowhat [25]Проверка гипотезыSOWH тестЧерч, Райан и Данн
SplitsTree [26]Дерево и сетевая программаВычисление, визуализация и исследование филогенетических деревьев и сетейД.Х. Хьюсон и Д. Брайант
TNTФилогенетический выводЭкономия, взвешивание, храповик, снос дерева, сплавление деревьев, поиск по секторамП. Голобов и др.
TOPALiФилогенетический выводВыбор филогенетической модели, байесовский анализ и оценка филогенетического дерева максимального правдоподобия, обнаружение сайтов с положительным отбором и анализ местоположения контрольной точки рекомбинацииИэн Милн, Доминик Линднер и др.
TreeGenПостроение дерева с учетом предварительно вычисленных данных о расстоянииМатрица расстоянийETH Цюрих
TreeAlignЭффективный гибридный методМатрица расстояний и приблизительная экономияДж. Хайн
Древоискатель [27]Быстрая реконструкция дерева машинного обучения, анализ начальной загрузки, выбор модели, проверка гипотез, калибровка дерева, манипуляции с деревом и визуализация, вычисление процентных ставок, моделирование последовательности, множество моделей эволюции (ДНК, белок, рРНК, смешанный белок, определяемый пользователем), графический интерфейс пользователя и язык сценариевМаксимальная вероятность, расстояния и др.Йобб Г., фон Хезелер А., Стриммер К.
ДЕРЕВО-ГОЛОВОЛОМКА [28] [29]Максимальное правдоподобие и статистический анализМаксимальная вероятностьМакаренков
T-REX (веб-сервер) [30]Выявление и визуализация дерева, обнаружение горизонтального переноса генов , множественное выравнивание последовательностейРасстояние ( соединение соседей ), вывод дерева экономичности и максимального правдоподобия (PhyML, RAxML), выравнивание последовательностей MUSCLE, MAFFT и ClustalW и связанные приложенияBoc A, Диалло А.Б., Макаренков В.
UGENEБыстрый и бесплатный мультиплатформенный редактор дереваалгоритмы пакета на основе Phylip 3.6Юнипро
ВинкладаГрафический интерфейс и редактор дерева (требуется Nona)Максимальная экономия, трещоткаК. Никсон
XrateФилограмматический движокОценка скорости, оценка длины ответвления, аннотация выравниванияИ. Холмс

См. Также [ править ]

  • Список программ визуализации филогенетического дерева

Ссылки [ править ]

  1. ^ Эль-Кебир М, Oesper л, Ачесон-поле Н, Рафаэль BJ (июнь 2015). «Реконструкция клональных деревьев и опухолевого состава из данных секвенирования с несколькими образцами» . Биоинформатика . 31 (12): i62-70. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btv261 . PMC  4542783 . PMID  26072510 .
  2. ^ Kuck P, Meid SA, Грос C, Wägele JW, Misof B (август 2014). «AliGROOVE - визуализация дивергенции гетерогенных последовательностей при множественном выравнивании последовательностей и обнаружение поддержки раздутых ветвей» . BMC Bioinformatics . 15 : 294. DOI : 10,1186 / 1471-2105-15-294 . PMC 4167143 . PMID 25176556 .  
  3. ^ Паради Е, Клода Дж, Strimmer К (январь 2004 г.). «APE: анализ филогенетики и эволюции на языке R» . Биоинформатика . Оксфорд, Англия. 20 (2): 289–90. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btg412 . PMID 14734327 . 
  4. ^ Господь E, Леклерк M, Вос A, Диалло AB, Макаренков V (2012). «Armadillo 1.1: оригинальная платформа рабочего процесса для проектирования и проведения филогенетического анализа и моделирования» . PLOS ONE . 7 (1): e29903. Bibcode : 2012PLoSO ... 729903L . DOI : 10.1371 / journal.pone.0029903 . PMC 3256230 . PMID 22253821 .  
  5. ^ Suchard MA, Redelings BD (август 2006). "BAli-Phy: одновременный байесовский вывод выравнивания и филогении" . Биоинформатика . 22 (16): 2047–8. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btl175 . PMID 16679334 . 
  6. ^ Уилсон И.Я., Уил ME, Болдинг DJ (июнь 2003). «Выводы на основе данных ДНК: истории популяции, эволюционные процессы и вероятности совпадений» . Журнал Королевского статистического общества, серия A (Статистика в обществе) . 166 (2): 155–88. DOI : 10.1111 / 1467-985X.00264 .
  7. ^ Pagel M, Meade A (2007), BayesPhylogenies 1.0. Программное обеспечение, распространяемое авторами.
  8. ^ Pagel M, Meade A (2007). «BayesTraits. Компьютерная программа и документация» . С. 1216–23.
  9. ^ Drummond A, Suchard MA, Се D, Rambaut A (2012). «Байесовская филогенетика с BEAUti and the BEAST 1.7» . Молекулярная биология и эволюция . 29 (8): 1969–1973. DOI : 10.1093 / molbev / mss075 . PMC 3408070 . PMID 22367748 .  
  10. ↑ Jiang Y, Qiu Y, Minn AJ, Zhang NR (сентябрь 2016 г.). «Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживание продольной и пространственной истории эволюции клонов с помощью секвенирования следующего поколения» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (37): E5528-37. DOI : 10.1073 / pnas.1522203113 . PMC 5027458 . PMID 27573852 .  
  11. ^ Томпсон, Джули Д .; Гибсон, Тоби Дж .; Хиггинс, Дез Г. (август 2002 г.). «Множественное выравнивание последовательностей с использованием ClustalW и ClustalX». Текущие протоколы в биоинформатике . Глава 2: 2.3.1–2.3.22. DOI : 10.1002 / 0471250953.bi0203s00 . ISSN 1934-340X . PMID 18792934 . S2CID 34156490 .   
  12. ^ Huson DH, Scornavacca C (декабрь 2012). «Дендроскоп 3: интерактивный инструмент для корневых филогенетических деревьев и сетей» . Систематическая биология . 61 (6): 1061–7. DOI : 10.1093 / sysbio / sys062 . PMID 22780991 . 
  13. ^ Джеон Ю.С., Ли K, Парк SC, Ким Б. С., Чо YJ, Ха - SM, Chun J (февраль 2014). «EzEditor: универсальный редактор выравнивания последовательностей для генов, кодирующих как рРНК, так и белок». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 64 (Pt 2): 689–91. DOI : 10.1099 / ijs.0.059360-0 . PMID 24425826 . 
  14. ^ Цена MN, Dehal PS, Аркин AP (март 2010). «FastTree 2 - примерно деревья максимального правдоподобия для больших трасс» . PLOS ONE . 5 (3): e9490. Bibcode : 2010PLoSO ... 5.9490P . DOI : 10.1371 / journal.pone.0009490 . PMC 2835736 . PMID 20224823 .  
  15. ^ Нгуен LT, Шмидт HA, фон Haeseler А, Мин BQ (январь 2015). «IQ-TREE: быстрый и эффективный стохастический алгоритм для оценки филогении максимального правдоподобия» . Молекулярная биология и эволюция . 32 (1): 268–74. DOI : 10.1093 / molbev / msu300 . PMC 4271533 . PMID 25371430 .  
  16. ^ Minh BQ, Нгуен М.А., фон Haeseler A (май 2013). «Сверхбыстрое приближение для филогенетического бутстрапа» . Молекулярная биология и эволюция . 30 (5): 1188–95. DOI : 10.1093 / molbev / mst024 . PMC 3670741 . PMID 23418397 .  
  17. ^ О'Лири, Морин А .; Кауфман, Сет (октябрь 2011 г.). «MorphoBank: филофеномика в« облаке » » . Кладистика . 27 (5): 529–537. DOI : 10.1111 / j.1096-0031.2011.00355.x . S2CID 76652345 . 
  18. ^ Huelsenbeck, JP; Ронквист, Ф. (август 2001 г.). "MRBAYES: Байесовский вывод филогенетических деревьев" . Биоинформатика . 17 (8): 754–755. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 17.8.754 . ISSN 1367-4803 . PMID 11524383 .  
  19. ^ Хельмут M, N Wieseke, Lechner M, Lenhof HP, Миддендорф M, Stadler PF (февраль 2015). «Филогеномика с паралогами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (7): 2058–63. arXiv : 1712.06442 . Bibcode : 2015PNAS..112.2058H . DOI : 10.1073 / pnas.1412770112 . PMC 4343152 . PMID 25646426 .  
  20. ^ Томас, Гэвин Х .; Хартманн, Клаас; Джетц, Уолтер; Джой, Джеффри Б.; Мимото, Аки; Муерс, Арне О. (2013). «PASTIS: пакет R для облегчения филогенетической сборки с мягкими таксономическими выводами». Методы экологии и эволюции . 4 (11): 1011–1017. DOI : 10.1111 / 2041-210X.12117 . ISSN 2041-210X . 
  21. ^ Шлип КП (февраль 2011). «фангорн: филогенетический анализ в R» . Биоинформатика . 27 (4): 592–3. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq706 . PMC 3035803 . PMID 21169378 .  
  22. Перейти ↑ Liu L, Yu L (апрель 2010 г.). «Phybase: пакет R для анализа деревьев пород» . Биоинформатика . 26 (7): 962–3. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btq062 . PMID 20156990 . 
  23. Перейти ↑ Brown JW, Walker JF, Smith SA (июнь 2017 г.). «Phyx: филогенетические инструменты для unix» . Биоинформатика . 33 (12): 1886–1888. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btx063 . PMC 5870855 . PMID 28174903 .  
  24. ^ Козлов А.М., Darriba Д, Flouri Т, Морель В, Stamatakis А (Май 2019). «RAxML-NG: быстрый, масштабируемый и удобный инструмент для максимально вероятного филогенетического вывода» . Биоинформатика . 35 (21): 4453–4455. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btz305 . PMC 6821337 . PMID 31070718 .  
  25. Перейти ↑ Church SH, Ryan JF, Dunn CW (ноябрь 2015 г.). «Автоматизация и оценка теста SOWH с SOWHAT» . Систематическая биология . 64 (6): 1048–58. DOI : 10.1093 / sysbio / syv055 . PMC 4604836 . PMID 26231182 .  
  26. ^ Huson DH, Bryant D (февраль 2006). «Применение филогенетических сетей в эволюционных исследованиях» . Молекулярная биология и эволюция . 23 (2): 254–67. DOI : 10.1093 / molbev / msj030 . PMID 16221896 . 
  27. ^ Jobb G, фон Haeseler A, Strimmer K (июнь 2004). «TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики» . BMC Evolutionary Biology . 4 : 18. DOI : 10.1186 / 1471-2148-4-18 . PMC 459214 . PMID 15222900 .  
  28. ↑ Макаренков В (июль 2001). «T-REX: реконструкция и визуализация филогенетических деревьев и ретикуляционных сетей» . Биоинформатика . 17 (7): 664–8. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 17.7.664 . PMID 11448889 . 
  29. ^ Schmidt HA, Strimmer K, M Vingron, фон Haeseler A (март 2002). «ДЕРЕВО-ЗАГАДКА: филогенетический анализ максимального правдоподобия с использованием квартетов и параллельных вычислений» . Биоинформатика . 18 (3): 502–4. DOI : 10.1093 / биоинформатики / 18.3.502 . PMID 11934758 . 
  30. ↑ Boc A, Diallo AB, Makarenkov V (июль 2012 г.). «T-REX: веб-сервер для вывода, проверки и визуализации филогенетических деревьев и сетей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск веб-сервера): W573–9. DOI : 10.1093 / NAR / gks485 . PMC 3394261 . PMID 22675075 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • Полный список веб-серверов Института Пастера филогении
  • ExPASy Список программ филогенетики
  • Очень полный список филогенетических инструментов (реконструкция, визуализация и т. Д. )
  • Еще один список программ эволюционной генетики
  • Список филогенетического программного обеспечения, предоставленного Зоологическим исследовательским музеем А. Кенига.